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基于水稻种粒高光谱的品质性状预测方法被引量：4: 1; 作者赵爽宋京燕 +3 位作者陈国兴宋鹏冯慧杨万能《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期211-219,共9页; 为探究作物种子品质性状无损检测方法,以100份水稻核心种质资源为试验材料,基于近红外高光谱相机采集水稻种粒的透射、反射光谱数据并提取光谱参数,水稻种粒脱壳后使用近红外谷物分析仪测定米粒品质;以水稻种粒光谱参数为自变量、米粒... 展开更多; 关键词水稻稻米品质无损检测高光谱预测模型; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于全基因组SNP构建甘蓝型油菜指纹图谱被引量：8: 2; 作者王升博黄一鸣 +2 位作者梁聪园王静杨庆勇《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期966-972,共7页; 甘蓝型油菜是世界上重要的油料作物,可用作油料、饲料以及食品等,具有较高的经济价值。为了高效快速地鉴定并区分油菜品种,加强油菜品种管理,本试验利用505份油菜种质的重测序数据进行SNP鉴定,根据杂合率、位点缺失率以及多态性等指标对... 展开更多; 关键词甘蓝型油菜群体基因组重测序 SNP DNA指纹图谱; 在线阅读下载PDF 职称材料

甘蓝型油菜MAGIC群体结构分析: 3; 作者罗开周金枝 +2 位作者杨植全杨庆勇周永明《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期746-753,共8页; MAGIC(multi-parent advanced generation inter-cross)群体是新一代遗传作图及育种群体。为了探究异源四倍体甘蓝型油菜的MAGIC群体的结构,利用60对SSR引物分析包括554个株系的甘蓝型油菜MAGIC群体的遗传多样性和遗传距离。60对SSR共... 展开更多; 关键词甘蓝型油菜 MAGIC群体群体结构遗传多样性; 在线阅读下载PDF 职称材料

深度挖掘肝细胞癌中遗传变异对可选择性多聚腺苷酸化的影响被引量：1: 4; 作者武肖红余展晖 +2 位作者牛晓辉杨彦波龚静《华中科技大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期741-751,共11页; 目的通过整合组学和临床信息,深度挖掘肝细胞癌中重要的可选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)数量性状基因位点(alternative polyadenylation quantitative trait locus,apaQTL),并研究这些重要位点相关的下游靶基因... 展开更多; 关键词肝细胞癌可选择性多聚腺苷酸化遗传变异 RNA结合蛋白; 在线阅读下载PDF 职称材料

紫外辐照恢复早期耐辐射奇球菌的转录组学分析: 5; 作者张彩云邱秦天马彬广《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2023年第7期1701-1715,共15页; 目的耐辐射奇球菌是一种对紫外线、电离、干燥和化学试剂具有较强抗性的极端微生物。然而,该菌在紫外辐照后恢复早期的分子响应还不完全清楚。本文的目的是揭示耐辐射奇球菌在这一阶段的转录组响应。方法本研究采用RNA-seq技术,测定了... 展开更多; 关键词耐辐射奇球菌 RNA-SEQ 紫外辐照 DNA损伤修复蛋白质-蛋白质相互作用网络; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于水稻种粒高光谱的品质性状预测方法被引量：4: 1; 作者赵爽宋京燕陈国兴宋鹏冯慧杨万能; 机构华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室华中农业大学信息学院/农业生物信息湖北省重点实验室; 出处《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期211-219,共9页; 基金国家自然科学基金联合基金项目(U21A20205) 中央高校基本科研业务费专项(2662021JC008)。; 文摘为探究作物种子品质性状无损检测方法,以100份水稻核心种质资源为试验材料,基于近红外高光谱相机采集水稻种粒的透射、反射光谱数据并提取光谱参数,水稻种粒脱壳后使用近红外谷物分析仪测定米粒品质;以水稻种粒光谱参数为自变量、米粒品质指标为因变量,建立米粒品质预测模型。结果显示,使用单一光谱建模时,透射光谱建模效果优于反射光谱建模效果;结合透射-反射特征光谱集合建模可使粗蛋白预测模型R2从0.74提高至0.91,可使直链淀粉预测模型R2从0.40提高至0.69,可使水分预测模型R2从0.53提高至0.68。结果表明,使用水稻种粒光谱参数可无损预测稻米品质,同时利用透射、反射光谱可提升建模效果。; 关键词水稻稻米品质无损检测高光谱预测模型; Keywords rice rice quality nondestructive examination hyperspectral prediction model; 分类号 TP391.41 [自动化与计算机技术—计算机应用技术] TS210.7 [轻工技术与工程—粮食、油脂及植物蛋白工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于全基因组SNP构建甘蓝型油菜指纹图谱被引量：8: 2; 作者王升博黄一鸣梁聪园王静杨庆勇; 机构华中农业大学信息学院/农业生物信息湖北省重点实验室; 出处《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期966-972,共7页; 基金国家自然科学基金(32070559) 国家重点研发计划(2017YFE0104800)。; 文摘甘蓝型油菜是世界上重要的油料作物,可用作油料、饲料以及食品等,具有较高的经济价值。为了高效快速地鉴定并区分油菜品种,加强油菜品种管理,本试验利用505份油菜种质的重测序数据进行SNP鉴定,根据杂合率、位点缺失率以及多态性等指标对SNP集合进行筛选,得到了能够高效鉴定油菜种质的核心SNP位点组合,构建了DNA指纹图谱。该套核心位点组合包括897个位点,其MAF、PIC的平均值分别为0.41、0.474。使用该套SNP位点组合进行品种区分,每两个材料之间的差异位点数目90%为357~508。对核心SNP位点进行精简,最少用17个SNP标记可完全鉴定该套种质。本研究使用高质量的油菜重测序数据,筛选出了897个核心SNP位点,并利用该套核心SNP组合构建了油菜的特征指纹图谱,为油菜遗传多样性分析、品种鉴定以及种质管理提供数据参考。; 关键词甘蓝型油菜群体基因组重测序 SNP DNA指纹图谱; Keywords Brassica napus whole-genome resequencing SNP DNA fingerprint; 分类号 S565.4 [农业科学—作物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名甘蓝型油菜MAGIC群体结构分析: 3; 作者罗开周金枝杨植全杨庆勇周永明; 机构华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室华中农业大学信息学院农业生物信息湖北省重点实验室; 出处《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期746-753,共8页; 基金国家公益性行业(农业)科研专项(201303008); 文摘 MAGIC(multi-parent advanced generation inter-cross)群体是新一代遗传作图及育种群体。为了探究异源四倍体甘蓝型油菜的MAGIC群体的结构,利用60对SSR引物分析包括554个株系的甘蓝型油菜MAGIC群体的遗传多样性和遗传距离。60对SSR共检测到261个位点,平均4.35个位点/对,多态性信息量平均为0.48。用STRUCTURE 2.3.4进行群体结构分析,显示MAGIC群体可划分为2个亚群,其中303个株系归属亚群1,234个株系归属亚群2,剩下的17个株系无特定亚群归属,属混合亚群。研究结果表明该群体具有较高的遗传多样性。; 关键词甘蓝型油菜 MAGIC群体群体结构遗传多样性; Keywords Brassica napus MAGIC population population structure genetic diversity; 分类号 S565.403 [农业科学—作物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名深度挖掘肝细胞癌中遗传变异对可选择性多聚腺苷酸化的影响被引量：1: 4; 作者武肖红余展晖牛晓辉杨彦波龚静; 机构华中农业大学信息学院; 出处《华中科技大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期741-751,共11页; 基金国家自然科学基金资助项目(No.31970644)。; 文摘目的通过整合组学和临床信息,深度挖掘肝细胞癌中重要的可选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)数量性状基因位点(alternative polyadenylation quantitative trait locus,apaQTL),并研究这些重要位点相关的下游靶基因及上游RNA结合蛋白(RNA-binding protein,RBP)。方法从SNP2APA数据库下载泛癌顺式和反式apaQTL数据,用R语言分析肝细胞癌apaQTL的分布特征。根据位置提取apaQTL上下游50 bp范围内的序列,使用STREME进行特征基序富集,进一步结合肝细胞癌临床信息,筛选改变基序和临床预后相关的apaQTL。利用Tomtom挖掘潜在调控APA的上游RBP,并通过ENCODE以及TCGA预后数据分别验证RBP在APA调控和肝细胞癌发生发展中的重要性。将apaQTL和表达数量性状位点(expression quantitative trait locus,eQTL)进行共定位,并结合差异表达和预后分析,筛选影响表达和预后的apaQTL和下游靶基因。结果通过对肝细胞癌apaQTL进行特征分析,发现肝细胞癌顺式apaQTL在其他癌症中广泛出现,而反式apaQTL在肝细胞癌中具有特异性。通过对apaQTL进行基序分析,筛选出20个可以改变多聚腺苷酸化基序的apaQTL。其中rs16742可以生成新的多聚腺苷酸化基序,从而导致赖氨酰-tRNA合成酶(leucyl-tRNA synthetase,LARS)基因的转录本增长。进一步分析表明,rs16742与肝细胞癌的预后相关。通过预测新的apaQTL基序和上游靶基因,并结合外部数据验证,发现RBP聚(RC)结合蛋白2[poly(RC)binding protein 2,PCBP2]参与肝细胞癌APA事件的调控,并与预后相关。进一步分析表明,预后显著的apaQTL rs115865883和rs150628203可能影响PCBP2与转录本的结合。通过apaQTL和eQTL共定位分析,筛选出30个潜在的影响表达和肝细胞癌发生发展的apaQTL和下游靶基因。结论研究发现了一系列功能性肝细胞癌apaQTL及下游靶基因,基于apaQTL相关分析,发现RBP PCBP2可调控肝细胞癌的APA事件及预后。; 关键词肝细胞癌可选择性多聚腺苷酸化遗传变异 RNA结合蛋白; Keywords liver hepatocellular carcinoma alternative polyadenylation genetic variation RNA binding protein; 分类号 R735.7 [医药卫生—肿瘤]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名紫外辐照恢复早期耐辐射奇球菌的转录组学分析: 5; 作者张彩云邱秦天马彬广; 机构华中农业大学信息学院; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2023年第7期1701-1715,共15页; 基金国家自然科学基金(31971184)资助项目。; 文摘目的耐辐射奇球菌是一种对紫外线、电离、干燥和化学试剂具有较强抗性的极端微生物。然而,该菌在紫外辐照后恢复早期的分子响应还不完全清楚。本文的目的是揭示耐辐射奇球菌在这一阶段的转录组响应。方法本研究采用RNA-seq技术,测定了正常和紫外辐照培养条件下耐辐射奇球菌的转录组。为确定关键的差异表达基因及其调控关系,进行了功能富集分析。选取部分关键差异表达基因,进行实时定量PCR实验验证。利用以往研究中的转录组数据,寻找紫外辐照、电离辐射和干燥胁迫条件下公共的差异表达基因。构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络;对蛋白质互作网络中的枢纽基因和主要模块进行了鉴定;对这些枢纽基因和模块进行了功能富集分析。结果紫外辐照后的恢复早期,上调基因数量是下调基因数量的2倍以上,且多数与应激反应和DNA修复有关。恢复早期的修复途径主要有单链退火(SSA)途径(涉及基因:ddrA-D)、非同源端连接(NHEJ)途径(涉及基因:ligB、pprA)和核苷酸切除修复(NER)途径(涉及基因:uvrA-C),前两种途径为同源重组(HR)做准备,而NER途径去除紫外线照射带来的嘧啶二聚体。通过比较紫外辐照、电离辐射和干燥胁迫下的转录组数据,发现公共的差异表达基因主要涉及奇球菌属特异性基因和DNA/RNA代谢相关基因。从差异表达基因的蛋白质互作网络中发现了几个重要的枢纽基因和相互作用模块,其功能集中在双链断裂修复、DNA拓扑改变和复制。结论在紫外辐照后的早期恢复阶段,耐辐射奇球菌的多种基因发生了转录组水平的分子响应,并启动了多个修复途径来应对这种胁迫,其中一些修复途径在其他应激条件下同样存在。; 关键词耐辐射奇球菌 RNA-SEQ 紫外辐照 DNA损伤修复蛋白质-蛋白质相互作用网络; Keywords Deinococcus radiodurans RNA-seq ultraviolet irradiation DNA damage repair protein-protein interaction(PPI)network; 分类号 Q7 [生物学—分子生物学] Q93 [生物学—微生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	基于水稻种粒高光谱的品质性状预测方法	赵爽宋京燕陈国兴宋鹏冯慧杨万能	《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心	2023	4	在线阅读下载PDF 职称材料
2	基于全基因组SNP构建甘蓝型油菜指纹图谱	王升博黄一鸣梁聪园王静杨庆勇	《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心	2022	8	在线阅读下载PDF 职称材料
3	甘蓝型油菜MAGIC群体结构分析	罗开周金枝杨植全杨庆勇周永明	《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心	2017	0	在线阅读下载PDF 职称材料
4	深度挖掘肝细胞癌中遗传变异对可选择性多聚腺苷酸化的影响	武肖红余展晖牛晓辉杨彦波龚静	《华中科技大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心	2022	1	在线阅读下载PDF 职称材料
5	紫外辐照恢复早期耐辐射奇球菌的转录组学分析	张彩云邱秦天马彬广	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2023	0	在线阅读下载PDF 职称材料