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题名基于全基因组SNP构建甘蓝型油菜指纹图谱
被引量：7
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作者
王升博
黄一鸣
梁聪园
王静
杨庆勇
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机构
华中农业大学信息学院/农业生物信息湖北省重点实验室
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出处
《中国油料作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第5期966-972,共7页
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基金
国家自然科学基金(32070559)
国家重点研发计划(2017YFE0104800)。
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文摘
甘蓝型油菜是世界上重要的油料作物,可用作油料、饲料以及食品等,具有较高的经济价值。为了高效快速地鉴定并区分油菜品种,加强油菜品种管理,本试验利用505份油菜种质的重测序数据进行SNP鉴定,根据杂合率、位点缺失率以及多态性等指标对SNP集合进行筛选,得到了能够高效鉴定油菜种质的核心SNP位点组合,构建了DNA指纹图谱。该套核心位点组合包括897个位点,其MAF、PIC的平均值分别为0.41、0.474。使用该套SNP位点组合进行品种区分,每两个材料之间的差异位点数目90%为357~508。对核心SNP位点进行精简,最少用17个SNP标记可完全鉴定该套种质。本研究使用高质量的油菜重测序数据,筛选出了897个核心SNP位点,并利用该套核心SNP组合构建了油菜的特征指纹图谱,为油菜遗传多样性分析、品种鉴定以及种质管理提供数据参考。
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关键词
甘蓝型油菜
群体基因组重测序
SNP
DNA指纹图谱
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Keywords
Brassica napus
whole-genome resequencing
SNP
DNA fingerprint
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分类号
S565.4
[农业科学—作物学]
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题名甘蓝型油菜MAGIC群体结构分析
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作者
罗开
周金枝
杨植全
杨庆勇
周永明
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机构
华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室
华中农业大学信息学院农业生物信息湖北省重点实验室
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出处
《中国油料作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第6期746-753,共8页
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基金
国家公益性行业(农业)科研专项(201303008)
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文摘
MAGIC(multi-parent advanced generation inter-cross)群体是新一代遗传作图及育种群体。为了探究异源四倍体甘蓝型油菜的MAGIC群体的结构,利用60对SSR引物分析包括554个株系的甘蓝型油菜MAGIC群体的遗传多样性和遗传距离。60对SSR共检测到261个位点,平均4.35个位点/对,多态性信息量平均为0.48。用STRUCTURE 2.3.4进行群体结构分析,显示MAGIC群体可划分为2个亚群,其中303个株系归属亚群1,234个株系归属亚群2,剩下的17个株系无特定亚群归属,属混合亚群。研究结果表明该群体具有较高的遗传多样性。
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关键词
甘蓝型油菜
MAGIC群体
群体结构
遗传多样性
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Keywords
Brassica napus
MAGIC population
population structure
genetic diversity
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分类号
S565.403
[农业科学—作物学]
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