实验血液学架起实验室与临床的桥梁--血液学的希望 被引量：6

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作者 陈竺 陈赛娟 周光飚 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2008年第1期1-21,共21页

本文总结了国际近数十年来的血液学发展,展示了实验血液学如何不断地从临床实践的各种难题中寻找研究方向和新靶点,更新思路,实验室成果又如何不断地反馈和渗透到临床应用,促进了现代血液学的快速形成和发展,这是一个"转换型研究&q... 本文总结了国际近数十年来的血液学发展,展示了实验血液学如何不断地从临床实践的各种难题中寻找研究方向和新靶点,更新思路,实验室成果又如何不断地反馈和渗透到临床应用,促进了现代血液学的快速形成和发展,这是一个"转换型研究"的好典型。近数十年来,实验血液学研究所取得的累累硕果,深化了我们对自身受精细调控的造血生成的认识,即胚胎与成体造血都是造血干细胞在各种转录因子、细胞因子、表观遗传学调控因素、造血微环境等的协调作用下,进行自我更新与分化,对称性与不对称性分裂并存,维持造血功能的正常。实验血液学研究还揭示了包括血红蛋白病、再生障碍性贫血等红细胞疾病、血友病等凝血障碍性疾病、白血病、骨髓增殖性疾病等血液系恶性肿瘤的分子机理,发现了这些血液病的治疗靶点并开发了靶向治疗方法与协同靶向疗法,大大改善了这些疾病的临床预后,甚至使急性早幼粒细胞性白血病等发生了从高死亡率向高治愈率的转变。现在,实验血液学的研究进入了基因组与系统生物医学的时代,该领域的进展不仅使我们在分子水平上认识自我,还使我们看到了治愈某些恶性血液病的希望。在21世纪,整合资源、团结协作、共同发展,是促使我国实验血液学赶超世界先进水平的力量源泉。 展开更多

关键词 实验血液学 血红蛋白病 再生障碍性贫血 血友病 白血病 急性早幼粒细胞性白血病 急性髓系白血病 造血 造血干细胞

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提升转化医学理念 促进系统整合血液病学研究

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作者 陈赛娟 赵维莅 +3 位作者 张小伟 颜晓菁 张济 陈竺 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期1234-1240,共7页

白血病是严重危害人类健康的恶性肿瘤,其发病机制有待进一步阐明。科学技术日新月异,疾病机制研究不再局限于单一的角度,而是试图整合不同层次信息,着重不同部分之间的相互关系和相互作用,以期多元化地理解生物系统发生功能异常的过程... 白血病是严重危害人类健康的恶性肿瘤,其发病机制有待进一步阐明。科学技术日新月异,疾病机制研究不再局限于单一的角度,而是试图整合不同层次信息,着重不同部分之间的相互关系和相互作用,以期多元化地理解生物系统发生功能异常的过程。通过系统整合生物学方法,深入研究白血病的发生和发展,并在此基础上,运用转化医学的方法探索白血病的靶向治疗,对于最终攻克这一疾病具有重要的意义。上海血液学研究所通过"211工程"的建设,在急性早幼粒细胞白血病(APL)诱导分化和凋亡的靶向治疗的理论和临床研究方面获得重大突破,使APL成为第一种可治愈的急性髓细胞白血病,也是白血病基因产物靶向治疗的成功典范,这一思路正在进一步拓展至其他类型白血病。对白血病的系统整合生物学研究也获得重大发展,在国内外率先开展了白血病基因组解剖学计划,应用外显子组测序技术发现急性单核细胞白血病中DNA甲基转移酶3A(DNMT3A)基因存在高频率突变及表观遗传性改变,并与白血病临床诊断和预后密切相关;还在全基因组水平研究了APL发病机制和PML-RARα转录抑制的靶基因等。这些成果不仅深化了白血病的发病机制研究,为全国血液领域白血病分子分型以及规范化临床路径提供指导作用,更进一步深化了"转化医学研究"的理论内涵,以靶向治疗的方法挽救了国际范围内成千上万的白血病患者。 展开更多

关键词 白血病 系统生物学 靶向治疗

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用于高通量测序的基因组靶序列捕获方法的建立 被引量：2

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作者 陈丹 张雯 +6 位作者 朱智东 黄银 王平 周贝贝 杨晓楠 肖华胜 张庆华 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2010年第12期1296-1303,共8页

文章旨在建立一种基因组目标靶序列捕捉文库的方法,并结合第二代测序技术,以实现候选基因区段的深度测序。利用Agilent公司的eArray在线平台,对1250个基因的11824个外显子共2414977bp的基因组序列进行120个碱基长度的捕捉探针(钓饵)设计... 文章旨在建立一种基因组目标靶序列捕捉文库的方法,并结合第二代测序技术,以实现候选基因区段的深度测序。利用Agilent公司的eArray在线平台,对1250个基因的11824个外显子共2414977bp的基因组序列进行120个碱基长度的捕捉探针(钓饵)设计,并制备成SureSelect液相靶序列捕获试剂。选用2例人基因组DNA,超声打断后末端补平并磷酸化,连接SOLiD接头,回收150bp～200bp的DNA片段,与靶序列探针杂交捕获目标序列,油包水微乳滴PCR扩增后,磁珠分离富集,上SOLiD测序系统通过工作流程分析(WFA)进行文库质量的评价,或正式测序反应。结果显示对所包含的11147个基因外显子片段设计出并合成了46509个捕捉探针,制备成SureSelect试剂盒。探针可有效地捕捉并富集基因组DNA的目标靶片段,定量PCR显示富集效率可达29倍。WFA分析表明文库可以在SOLiD仪器进行正式测序。测序结果显示靶序列区域的测序数占有效总测序数的比例达到70%,覆盖率均在200×以上。结果表明本研究所建立的SureSelect基因组靶序列捕捉、富集建立测序文库的技术路线可行,可直接用于SOLiD测序仪的测序。 展开更多

关键词 靶序列捕获 第二代测序 液相杂交 油包水PCR

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白血病AML1-ETO融合蛋白转录结合位点在基因组水平的分布规律 被引量：1

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作者 何苗苗 石建涛 +4 位作者 朱雪华 金雯 王萍 张济 王侃侃 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2010年第3期553-558,共6页

本研究探讨白血病t(8;21)染色体易位形成的融合癌蛋白AML1-ETO在2、9、19号3条染色体上基因组水平的结合位点分布,从而探索其在白血病发生发展过程中异常的转录调控模式,为靶向治疗药物研发以及临床治疗方案优化提供理论基础。应用染色... 本研究探讨白血病t(8;21)染色体易位形成的融合癌蛋白AML1-ETO在2、9、19号3条染色体上基因组水平的结合位点分布,从而探索其在白血病发生发展过程中异常的转录调控模式,为靶向治疗药物研发以及临床治疗方案优化提供理论基础。应用染色质免疫沉淀技术与高通量的基因芯片相结合的ChIP-on-chip技术,使用覆盖上述3条染色体上所有基因组信息的瓦式基因芯片,在具有t(8;21)染色体易位的Kasumi细胞株上展开研究。实验分为抗ETO特异抗体组和随机打断基因组DNA对照组。通过MAT方法分析ETO抗体组相对于对照组的富集片段;应用CEAS分析工具分析富集片段在基因组上的分布特征,并进一步通过功能富集分析方法挖掘其中潜藏的生物学意义。结果表明:ETO抗体组在2、9、19号染色体上共得到富集片段588条,这些片段在基因组的定位分布特征如下:5.96%位于基因启动子区域,5.49%位于基因外显子区域,48.86%位于增强子区域,37.35%位于基因内含子区域,1.27%位于即时下游区域,0.87%位于3'UTR,0.2%位于5'UTR。进一步功能富集分析结果显示:参与代谢调节、细胞增殖、信号传导等功能的模块在AML1-ETO的潜在靶基因中富集。结论:AML1-ETO融合蛋白在基因组上的结合位点过半分布在经典转录因子结合区域(启动子、5'UTR和增强子),其余近半分布在非经典的区域,其下游调控的分子网络广泛涉及多种重要功能通路。 展开更多

关键词 急性髓系白血病 基因组分布特征 ChIP—on—chip AML1-ETO

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甲状腺弥漫性大B细胞淋巴瘤临床病理特征、基因突变谱及预后分析 被引量：1

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作者 杜沚珊 王玥 +7 位作者 石子旸 施晴 易红梅 董磊 王黎 程澍 许彭鹏 赵维莅 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期64-71,共8页

目的·探究甲状腺弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)临床病理特征、基因突变谱及预后相关因素。方法·回顾性分析2003年11月—2021年12月上海交通大学医学院附属瑞金医院收治的66例初次诊断为甲状腺DL... 目的·探究甲状腺弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)临床病理特征、基因突变谱及预后相关因素。方法·回顾性分析2003年11月—2021年12月上海交通大学医学院附属瑞金医院收治的66例初次诊断为甲状腺DLBCL患者[原发甲状腺DLBCL 23例(34.8%),继发甲状腺DLBCL 43例(65.2%)]的临床病理资料,并进行生存和预后因素分析。其中40例甲状腺DLBCL患者进行了靶向测序(55个淋巴瘤相关基因)以评估基因突变情况。结果·继发甲状腺DLBCL患者Ann Arbor分期Ⅲ~Ⅳ期(P=0.000)、乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase,LDH)升高(P=0.043)、结外器官受累数目≥2个(P=0.000)、非生发中心来源(non-GCB)(P=0.030)、MYC和BCL2蛋白双表达(double expression,DE)(P=0.026)、国际预后指数3~5分(P=0.000)的比例高于原发甲状腺DLBCL患者,其接受甲状腺手术切除的比例(P=0.012)低于原发甲状腺DLBCL患者。原发甲状腺DLBCL患者完全缓解(complete response,CR)率高于继发患者(P=0.039)。55例患者(83%)接受以利妥昔单克隆抗体联合环磷酰胺、阿霉素、长春新碱及泼尼松(R-CHOP)为基础的一线治疗方案,其中原发甲状腺DLBCL患者预期5年无进展生存(progress free survive,PFS)率95.0%,高于继发患者的49.7%(P=0.010)。单因素分析显示:Ann ArborⅢ~Ⅳ期(HR=4.411,95%CI 1.373~14.170)、LDH升高(HR=5.500,95%CI 1.519~19.911)、non-GCB(HR=5.291,95%CI 1.667~16.788)、DE(HR=6.178,95%CI 1.813~21.058)是甲状腺DLBCL患者PFS的不良预后因素;Ann ArborⅢ~Ⅳ期(HR=7.088,95%CI 0.827~60.717)、LDH升高(HR=6.982,95%CI 0.809~60.266)、DE(HR=18.079,95%CI 1.837~177.923)是总生存(overall survival,OS)时间的不良预后因素。多因素分析显示:Ann ArborⅢ~Ⅳ期(HR=4.693,95%CI 1.218~18.081)和LDH升高(HR=5.058,95%CI 1.166~21.941)是甲状腺DLBCL患者PFS的独立不良预后因素。靶向测序结果显示,TET2(n=14,35%)、KMT2D(n=13,32%)、TP53(n=11,28%)、GNA13(n=10,25%)、KMT2C(n=9,22%)突变频率>20%,且TP53突变是甲状腺DLBCL患者PFS的不良预后因素(P=0.000)。结论·原发甲状腺DLBCL生存情况优于继发甲状腺DLBCL。Ann ArborⅢ~Ⅳ期、LDH升高、non-GCB、DE(MYC和BCL2)是影响甲状腺DLBCL患者的不良预后因素。TET2、KMT2D、TP53、GNA13、KMT2C是甲状腺DLBCL中常见的高突变基因,TP53突变的患者预后不佳。 展开更多

关键词 甲状腺 弥漫性大B细胞淋巴瘤 临床病理特征 基因突变谱 预后分析

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2004年SARS-CoV毒株S基因分子进化特征 被引量：10

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作者 黄平 宋怀东 +2 位作者 邹丽容 李晖 俞守义 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期957-960,共4页

目的通过对2004年SARS-CoV毒株S基因序列的变异分析,揭示SARS-CoV毒株S基因进化与SARS流行的关系。方法对广东地区2004年2株SARS-CoV毒株S基因进行序列分析,其余15株毒株S基因序列从GenBank检索,采用DNAStar5.0软件,对检索的SARS-CoV的... 目的通过对2004年SARS-CoV毒株S基因序列的变异分析,揭示SARS-CoV毒株S基因进化与SARS流行的关系。方法对广东地区2004年2株SARS-CoV毒株S基因进行序列分析,其余15株毒株S基因序列从GenBank检索,采用DNAStar5.0软件,对检索的SARS-CoV的S基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合临床资料对变异毒株进行进化速度分析。结果17株毒株中,S基因7个氨基酸位点全部置换,35个氨基酸位点在不同毒株中置换;所有SARS-CoV均通过氨基酸227位点的置换,增加一个糖基化位点。同义进化中,S基因置换速度为1.46×10-6个核苷酸,进化线性回归方程为Y=1.46×10-6X+0.000736,同时通过Ka计算显示S基因进化明显存在选择性压力。2004年17株SARS-CoV毒株可以分为两条进化途径,其中广东地区的人类的GZ0401毒株与果子狸的PC4-115毒株核苷酸同源性达到99.97%,氨基酸同源性为100%。结论冠状病毒S基因的1个糖蛋白位点增加,可能导致人类SARS-CoV毒株出现并SARS流行;2004年果子狸冠状病毒与人类SARS-CoV毒株分子结构类似,可能存在交叉宿主。S基因同义进化速度较流感HA1基因慢4.2倍,但基因进化明显存在选择性压力。 展开更多

关键词 严重急性呼吸综合征 SARS-冠状病毒 S基因 进化

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一例Ⅰ型成骨不全家系的基因定位及突变检测 被引量：12

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作者 吴晓林 顾鸣敏 +5 位作者 崔斌 李西华 袁文涛 陆振虞 宋怀东 王铸钢 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期699-702,共4页

目的对国内1例成骨不全(OI)家系进行基因突变及突变效应分析,为研究中国人群的成骨不全基因突变特点提供线索。方法对成骨不全Ⅰ型胶原基因COL1A1和COL1A2所在的17号染色体和7号染色体分别进行连锁分析,对致病基因做初步判断,然后用聚... 目的对国内1例成骨不全(OI)家系进行基因突变及突变效应分析,为研究中国人群的成骨不全基因突变特点提供线索。方法对成骨不全Ⅰ型胶原基因COL1A1和COL1A2所在的17号染色体和7号染色体分别进行连锁分析,对致病基因做初步判断,然后用聚合酶链反应扩增致病基因外显子,并测序检出基因突变。结果该家系为COL1A1基因突变,所有患者在该基因的第8个内含子剪切受体位点处为AG→GG(IVS8-2A>G)突变。结论对比COL1A1基因突变数据库,该突变为一新发现突变。 展开更多

关键词 COL1A1基因 突变分析 成骨不全

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多发性骨髓瘤患者自体移植后感染新冠的特点及风险分析

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作者 潘萌萌 金诗炜 +5 位作者 欧阳皖雁 王焰 陶怡 刘元昉 章卫平 糜坚青 《中国实验血液学杂志》 北大核心 2025年第5期1358-1365,共8页

目的:回顾性分析多发性骨髓瘤(MM)患者行自体造血干细胞移植(AHSCT)后感染新型冠状病毒COV-ID-19(新冠)的特点及影响因素。方法:收集2021年5月26日至2022年12月26日期间在上海交通大学医学院附属瑞金医院完成AHSCT的MM患者的临床资料,... 目的:回顾性分析多发性骨髓瘤(MM)患者行自体造血干细胞移植(AHSCT)后感染新型冠状病毒COV-ID-19(新冠)的特点及影响因素。方法:收集2021年5月26日至2022年12月26日期间在上海交通大学医学院附属瑞金医院完成AHSCT的MM患者的临床资料,并通过门诊、电话或线上问卷的方式随访其感染新冠的时间、症状及相应检查结果,并进行相关分析。结果:共纳入患者96例,其中72例感染新冠,24例未感染。Logistic回归分析结果显示,疫苗接种并未显著降低新冠感染的风险,但接种2剂疫苗较不接种或接种1剂的患者发展为中型和重型的风险更低(OR=0.06,P=0.029)。有达雷妥尤单抗应用史的患者感染新冠的风险更高(OR=5.78,P=0.039),而有免疫调节剂应用史的患者感染新冠的风险降低(OR=0.31,P=0.028)。这两类药物的应用并不影响新冠感染后的严重程度。结论:对于一线行AHSCT的MM患者,新冠疫苗接种并未显著降低这些患者新冠感染率,但可以发挥防止发生中症及重症的作用。不同机制抗肿瘤药物的应用对新冠易感性有一定影响,在制定治疗方案时需综合考虑。 展开更多

关键词 新型冠状病毒2019 疫苗 多发性骨髓瘤 自体造血干细胞移植

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Adiponectin基因剔除LacZ基因敲入小鼠模型的建立 被引量：6

9

作者 任维华 李西华 +10 位作者 王芳 乔建瓯 党素英 孔辉 王龙 陆顺元 孙霞 徐国江 傅继梁 费俭 王铸钢 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第9期846-853,共8页

adiponectin是脂肪细胞特异分泌的一种活性蛋白质,具有增加胰岛素敏感性、抗炎及抗动脉硬化等活性.建立adiponectin基因剔除β-半乳糖苷酶基因(LacZ)敲入小鼠模型,可为整体动物水平研究adiponectin基因功能及其表达调控机制等提供理想工... adiponectin是脂肪细胞特异分泌的一种活性蛋白质,具有增加胰岛素敏感性、抗炎及抗动脉硬化等活性.建立adiponectin基因剔除β-半乳糖苷酶基因(LacZ)敲入小鼠模型,可为整体动物水平研究adiponectin基因功能及其表达调控机制等提供理想工具.根据生物信息学方法获得adiponectin基因组序列,设计基因剔除及敲入策略,在adiponectin基因第2和第3号外显子剔除的同时,在其ATG和信号肽序列后顺接LacZ基因完整编码序列,构建完成了Adipo-LacZ-XpPNT基因剔除质粒.通过电穿孔将打靶质粒转入ES细胞,以G418和ganciclovir进行药物筛选,获得药物抗性的ES细胞克隆,PCR和DNA印迹鉴定出正确同源重组克隆.将同源重组的ES细胞克隆注入小鼠囊胚得到嵌合体小鼠,嵌合体小鼠与C57BL/6J小鼠交配产生杂合子小鼠,杂合子间交配获得adiponectin基因剔除LacZ基因敲入纯合子小鼠.经RT-PCR、RNA印迹和ELISA检测证实纯合子小鼠脂肪和血清中adiponectin基因表达呈阴性.RT-PCR、RNA印迹及蛋白质印迹检测发现,LacZ基因在突变小鼠脂肪组织中有特异性表达,其表达谱与内源性adiponectin基因的表达谱一致.但在脂肪组织及外周血中未能检测到LacZ活性,且血清中LacZ蛋白亦呈阴性.由此成功建立了adiponectin基因完全灭活及LacZ基因以内源性adiponectin基因表达谱表达的小鼠模型,为进一步研究该基因功能及其表达调控创造了有利条件. 展开更多

关键词 ADIPONECTIN 基因剔除 β-半乳糖苷酶基因(LacZ) 基因敲入

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PLZF-RARα/RARα-PLZF双阳性转基因小鼠发生白血病模型研究 被引量：3

10

作者 陈丽娟 董颖 +6 位作者 陈思宇 张龙 周光飚 陈冰 王龙 陈竺 陈赛娟 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2005年第6期924-931,共8页

本研究目的是从生物整体水平上研究PLZFRARα/RARαPLZF双融合基因的表达在急性早幼粒细胞白血病(APL)发病中的作用及发病机制。通过交配建立PLZFRARα/RARαPLZF双阳性转基因小鼠(TM)模型;采用PCR、RTPCR方法检测融合基因的整合和表达... 本研究目的是从生物整体水平上研究PLZFRARα/RARαPLZF双融合基因的表达在急性早幼粒细胞白血病(APL)发病中的作用及发病机制。通过交配建立PLZFRARα/RARαPLZF双阳性转基因小鼠(TM)模型;采用PCR、RTPCR方法检测融合基因的整合和表达;应用血象、骨髓象、病理和流式细胞术等对疾病表型进行检测分析;并观察全反式维甲酸(ATRA)或ATRA与tricostatinA(TSA)联合用药对PLZFRARα/RARαPLZF双阳性转基因小鼠骨髓细胞的作用。结果表明,在近18个月的时间观察到51只PLZFRARα/RARαPLZF双阳性转基因小鼠中有5只小鼠发病,发病率约10%,与我所同期的仅PLZFRARα转基因阳性小鼠11.3%的发病率相似。发病时间均在6月龄以后,与PLZFRARα转基因阳性发病小鼠相比示提前,但疾病表型不同,2只(40%)为急性早幼粒细胞白血病(APL)改变,3只(60%)为慢性粒细胞白血病(CML)改变。ATRA处理组的骨髓细胞形态无改变,而ATRA+TSA组骨髓原始细胞核浆比例降低,染色质固缩,呈现粒细胞分化趋势。结论PLZFRARα/RARαPLZFTM小鼠发病存在异质性,其骨髓细胞对ATRA无反应,而ATRA与TSA联合用药可诱导骨髓原始早幼粒细胞分化。 展开更多

关键词 PLZF-RARα/RARα-PLZF 急性早幼粒细胞白血病 慢性粒细胞白血病 转基因小鼠

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重组血管紧张素转换酶2对ApoE基因缺陷小鼠肾脏caspase信号及细胞凋亡的影响 被引量：1

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作者 张振洲 徐冉 +5 位作者 常青 徐颖乐 金海燕 陈来江 宋蓓 钟久昌 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期1115-1120,共6页

目的·探讨载脂蛋白E（ApoE）基因敲除（KO）小鼠肾脏caspase信号和凋亡水平的改变以及重组血管紧张素转换酶2（ACE2）干预治疗对其的影响。方法·采用11～12周龄的ApoEKO小鼠，每日经微泵输入1.5 mg/kg血管紧张素Ⅱ（Ang Ⅱ）... 目的·探讨载脂蛋白E（ApoE）基因敲除（KO）小鼠肾脏caspase信号和凋亡水平的改变以及重组血管紧张素转换酶2（ACE2）干预治疗对其的影响。方法·采用11～12周龄的ApoEKO小鼠，每日经微泵输入1.5 mg/kg血管紧张素Ⅱ（Ang Ⅱ）和/或2 mg/kg重组人ACE2（rhACE2）治疗，为期2周。分别采用蛋白质印迹法和TUNEL法检测小鼠肾脏组织中细胞凋亡及相关信号改变。结果·与野生型对照组相比，ApoEKO小鼠肾脏细胞凋亡水平升高。Ang Ⅱ输入后促使ApoEKO小鼠收缩压水平升高，肾脏细胞凋亡水平、活化型caspase-3和caspase-8表达以及血浆尿素氮与肌酐水平均明显升高，上述作用可被重组ACE2干预所逆转。结论·重组ACE2治疗在降低Ang Ⅱ输入的ApoEKO小鼠血压水平的同时，可明显改善肾脏细胞凋亡和肾功能，提示ACE2对动脉粥样硬化性肾脏损伤具有一定的功效。 展开更多

关键词 血管紧张素转换酶2 载脂蛋白E 高血压 细胞凋亡 肾脏保护

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同位素标签技术在人肾小管上皮细胞蛋白质组学研究中的应用 被引量：1

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作者 陈永熙 李娅 +5 位作者 张文 陈晓农 王伟铭 张群业 黄秋花 陈楠 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期513-516,共4页

目的建立并优化人肾小管上皮细胞蛋白质组学分析所需的相对和绝对定量的同位素标签试剂(iTRAQ)标记技术,为进一步研究奠定基础。方法将人肾小管上皮细胞株HK-2通过细胞裂解、丙酮沉淀、蛋白变性、还原及酶解,最后进行iTRAQ标记和质谱鉴... 目的建立并优化人肾小管上皮细胞蛋白质组学分析所需的相对和绝对定量的同位素标签试剂(iTRAQ)标记技术,为进一步研究奠定基础。方法将人肾小管上皮细胞株HK-2通过细胞裂解、丙酮沉淀、蛋白变性、还原及酶解,最后进行iTRAQ标记和质谱鉴定,研究iTRAQ在HK-2细胞的标记情况和蛋白质组学。结果通过质谱检测,检测到带有iTRAQ标记肽段。随机选取20个前体离子,通过3次重复试验,鉴定出iTRAQ标记多肽肽段分别为17、15和18个,标记效率在75.5%～90.0%,且组间标记效率差异无统计学意义(P>0.05)。结论iTRAQ可以在HK-2细胞中标记效果满意,且重复性较好,为进一步研究肾脏疾病的蛋白质组学奠定了基础。 展开更多

关键词 相对和绝对定量的同位素标签试剂 定量蛋白质组学 人肾小管上皮细胞

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造血干细胞移植建立血小板整合素β3胞内段截短体转基因小鼠模型

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作者 崔雄鹰 施小凤 +5 位作者 黄建松 刘萍 陶岚岚 周玉兰 阮铮 奚晓东 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期667-673,共7页

本研究通过逆转录病毒感染整合素β3缺陷小鼠(β3-/-)骨髓造血干细胞再进行骨髓移植建立β3及其胞内段不同截短体的转基因小鼠模型,为进一步研究整合素β3胞内段在血小板双向信号转导途径中的作用提供基础。将整合素β3野生型、β3-Δ7... 本研究通过逆转录病毒感染整合素β3缺陷小鼠(β3-/-)骨髓造血干细胞再进行骨髓移植建立β3及其胞内段不同截短体的转基因小鼠模型,为进一步研究整合素β3胞内段在血小板双向信号转导途径中的作用提供基础。将整合素β3野生型、β3-Δ759(缺失R760GT762氨基酸片段)和β3-Δ754(缺失T755NITYRGT762氨基酸片段)的cDNA分别克隆至带有GFP编码基因的MSCV MigR1逆转录病毒载体质粒中,用质粒转染BOSC23包装细胞株包装出带有β3全长及不同突变体的逆转录病毒,再感染β3-/-供体小鼠骨髓细胞,尾静脉注射移植入经致死剂量辐照的野生型C57BL/6小鼠体内,移植后6-8周流式细胞术检测GFP和β3的表达率以评估转基因效率。结果表明,成功建立了空载(Vector)、β3野生型和截短突变β3-Δ759、β3-Δ754等4种小鼠模型,血小板转基因成功的比率(即GFP阳性率)为18%-66%,转基因血小板β3表达可达到β3+/-水平。结论:利用逆转录病毒感染的造血干细胞移植建立血小板转基因小鼠模型是一种高通量快速有效的建立转基因小鼠模型的方法,这为进一步研究整合素β3胞内不同区段对血小板整合素信号转导途径的影响及体内对血小板进行基因操作和基因治疗奠定了基础。 展开更多

关键词 血小板整合素β3 截短突变 逆转录病毒 转基因小鼠模型 造血干细胞移植

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ATRA诱导上调基因RIG-C的cDNA克隆和序列分析及蛋白表达

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作者 印彤 黄秋花 +2 位作者 张吉旺 熊慧 张庆华 《上海第二医科大学学报》 CSCD 2004年第2期77-80,共4页

目的 克隆和表达维甲酸诱导上调的新基因RIG-C。方法 运用Blast、pfam等生物信息学手段对RIG-C的全长cDNA序列进行结构与功能预测;将RIG-C全长阅读框架插入原核表达载体pET22b中,在JM109(DE3)菌株中进行诱导表达;将全长RIG-C插入真核表... 目的 克隆和表达维甲酸诱导上调的新基因RIG-C。方法 运用Blast、pfam等生物信息学手段对RIG-C的全长cDNA序列进行结构与功能预测;将RIG-C全长阅读框架插入原核表达载体pET22b中,在JM109(DE3)菌株中进行诱导表达;将全长RIG-C插入真核表达的绿荧光蛋白载体pEGFP-C1中,转染NIH3T3细胞以观察RIG-C的亚细胞定位。结果 RIG-C基因cDNA全长1266 bp,编码421个氨基酸,N端具有多个WD40结构域,C端有一个SOCS家族典型结构。原核表达的RIG-C蛋白大小约45 kd,NIH 3T3细胞表达的RIG-C定位于细胞浆。结论 克隆和表达了新基因RIG-C,为进一步研究其生物学功能和蛋白质的空间结构奠定了基础。 展开更多

关键词 ATRA 诱导 上调基因 RIG-C CDNA 克隆 序列分析 蛋白表达

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AML1、AML1-ETO对nucb2基因转录调控活性的影响 被引量：1

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作者 邹蓓 金雯 +3 位作者 李晶 石建涛 张济 王侃侃 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2009年第6期1482-1486,共5页

本研究旨在探讨造血特异转录因子AML1及M2b型急性髓系白血病(AML-M2b)累及的异常融合蛋白AML1-ETO对凋亡相关基因nucb2(nucleobindin-2)启动子转录活性的影响,探索AML1-ETO对AML-M2b型白血病的分子致病机制。利用实时RT-PCR方法在AML1-... 本研究旨在探讨造血特异转录因子AML1及M2b型急性髓系白血病(AML-M2b)累及的异常融合蛋白AML1-ETO对凋亡相关基因nucb2(nucleobindin-2)启动子转录活性的影响,探索AML1-ETO对AML-M2b型白血病的分子致病机制。利用实时RT-PCR方法在AML1-ETO诱导型白血病细胞株中研究AML1-ETO在转录水平对于nucb2的调控情况;利用ChIP-qPCR方法在AML1-ETO阳性白血病细胞株中研究AML1、AML1-ETO与nucb2基因启动子之间直接的体内相互作用情况;采用双荧光素酶报告基因检测方法,研究AML1、AML1-ETO对nucb2启动子转录活性的调节作用。结果表明:AML1-ETO的表达与nucb2的表达呈负相关;nucb2可能是AML1、AML1-ETO的靶基因;AML1、AML1-ETO皆对nucb2启动子具有转录抑制作用,且AML1-ETO对nucb2抑制更强。结论:nucb2是AML1、AML1-ETO的直接靶基因,AML1、AML1-ETO通过抑制nucb2启动子的活性对其进行转录调控。 展开更多

关键词 AML1 AML1-ETO nucb2 转录调控 M2b型白血病

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基于基因Panel测序数据的分析方法 被引量：5

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作者 李剑峰 严天奇 +4 位作者 崔博文 孔杰 王舒 陈冰 黄金艳 《上海交通大学学报（医学版）》 CSCD 北大核心 2017年第11期1574-1580,共7页

目的·针对基因Panel测序数据整合多种二代测序分析方法,建立一套具备质量控制、基因突变检测的自动化分析及可视化工具。方法·整合Fast QC、Prinseq等方法开发针对基因Panel测序数据的质量控制和可视化R包;BWA或TMAP用于FAST... 目的·针对基因Panel测序数据整合多种二代测序分析方法,建立一套具备质量控制、基因突变检测的自动化分析及可视化工具。方法·整合Fast QC、Prinseq等方法开发针对基因Panel测序数据的质量控制和可视化R包;BWA或TMAP用于FASTQ文件与参考基因组映射;Lofreq、Varscan2、GATK、TVC等用于基因突变检测得到含有基因突变信息的变异识别格式(VCF)文件;使用Annovar完成基因突变注释。结果·完成36例急性髓系白血病患者PGM平台数据分析,在2例示例样本数据的DNMT3A、TET2、JAK2、PHF6、ASXL1、NPM1和CEBPA基因中找到了10个经过一代测序验证的高可信度基因突变位点。结论·该分析方法整合和开发了一系列用于基因Panel数据分析的工具,能有效完成基因Panel测序数据基因突变检测工作,降低检测假阳性率,并提高检测效率,对基因Panel测序相关数据分析工作提供了有效支持。 展开更多

关键词 二代测序 基因Panel测序 质量控制 基因突变检测 可视化

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白血病细胞中不同启动子驱动外源基因表达能力差异分析 被引量：3

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作者 周雁 黄秋花 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期879-885,共7页

为了分析不同启动子在白血病细胞中驱动外源基因表达能力的差异,文章选择了4种含不同启动子EF1α、PGK、Ubiquitin和CMV驱动的GFP报告基因的慢病毒载体,用以感染4种不同的白血病细胞株——NB4、HL60、Kasumi和THP1,利用荧光显微镜、流... 为了分析不同启动子在白血病细胞中驱动外源基因表达能力的差异,文章选择了4种含不同启动子EF1α、PGK、Ubiquitin和CMV驱动的GFP报告基因的慢病毒载体,用以感染4种不同的白血病细胞株——NB4、HL60、Kasumi和THP1,利用荧光显微镜、流式细胞仪和荧光定量PCR的方法检测其GFP表达效率,发现EF1α启动子驱动GFP表达的能力最强,CMV最弱,PGK和Ubiquitin则介于两者之间。该结果提示在白血病细胞中研究基因功能时,应根据不同的研究需求选择最为合适的启动子。 展开更多

关键词 启动子 GFP报告基因 慢病毒载体 白血病细胞

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PML-RARα对BHLHB2基因转录调控的影响

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作者 贾小红 杨文涛 +3 位作者 朱雪花 杨贤雯 张济 王侃侃 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2011年第4期1005-1009,共5页

本研究探讨异常转录因子PML-RARα对BHLHB2基因的转录调控机制,进一步揭示急性早幼粒细胞性白血病(APL)的致病机理。利用RT-PCR技术研究PML-RARα融合蛋白及ATRA在APL模式细胞株PR9和APL病人来源的NB4细胞中对BHLHB2转录的影响;利用ChIP... 本研究探讨异常转录因子PML-RARα对BHLHB2基因的转录调控机制,进一步揭示急性早幼粒细胞性白血病(APL)的致病机理。利用RT-PCR技术研究PML-RARα融合蛋白及ATRA在APL模式细胞株PR9和APL病人来源的NB4细胞中对BHLHB2转录的影响;利用ChIP-PCR技术探讨PML-RARα在体内调控BHLHB2转录的作用方式;通过分析病人样本数据,观察BHLHB2在各种急性髓系白血病(AML)中的表达情况。结果表明,随着PML-RARα融合蛋白的表达升高,BHLHB2的转录受到明显抑制,并且无论在APL模式细胞株PR9还是APL病人来源的NB4细胞中,ATRA均能够解除这种抑制,诱导BHLHB2的表达上调;而在不表达PML-RARα的U937细胞株中,ATRA不能诱导BHLHB2的表达上调。研究结果提示,PML-RARα通过结合于BHLHB2的启动子区域抑制其转录。与其他类型的AML和正常的骨髓细胞相比,BHLHB2在APL中表达较低。结论:BHLHB2是PML-RARα的靶基因,PML-RARα通过与其启动子区域结合对其转录进行负调控。 展开更多

关键词 PML-RARΑ BHLHB2 转录调控 急性早幼粒细胞白血病

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舍曲林诱导Kasumi-1细胞凋亡及其作用机制的实验研究

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作者 晏伟伟 夏迪 +2 位作者 张颖婷 潘晓蓉 童建华 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期966-970,共5页

目的:探讨精神类药物舍曲林对人急性髓系白血病细胞株Kasumi-1的生物学效应。方法:将不同浓度舍曲林作用于Kasumi-1细胞不同时间,通过细胞计数、细胞形态学检查、流式细胞术和Western blot分别检测舍曲林处理前后Kasumi-1细胞增殖和凋... 目的:探讨精神类药物舍曲林对人急性髓系白血病细胞株Kasumi-1的生物学效应。方法:将不同浓度舍曲林作用于Kasumi-1细胞不同时间,通过细胞计数、细胞形态学检查、流式细胞术和Western blot分别检测舍曲林处理前后Kasumi-1细胞增殖和凋亡情况、细胞周期分布以及相关蛋白的改变。结果:舍曲林能够抑制Kasumi-1细胞增殖、诱导细胞凋亡;15和20μmol/L舍曲林处理Kasumi-1细胞24 h后,生长抑制率分别达到(19.00±7.37)%和(47.90±11.19)%;流式细胞术检测结果显示,与空白对照组相比,15和20μmol/L舍曲林处理Kasumi-1细胞24 h后,Annexin V阳性细胞百分比从(9.71±2.12)%分别上升至(20.54±2.52)%和(45.37±7.88)%(P<0.01),且细胞被明显阻滞在G0/G1期和G2/M期;此外,舍曲林还可以下调细胞内翻译控制肿瘤蛋白(translationally controlled tumor protein,TCTP)。结论:舍曲林能够显著诱导Kasumi-1细胞发生凋亡,其作用机制可能与细胞内TCTP蛋白的下调相关。 展开更多

关键词 舍曲林 Kasumi-1细胞株 翻译控制肿瘤蛋白 细胞凋亡

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急性淋巴细胞白血病基因融合与突变知识库的构建

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作者 严天奇 陈立伟 +6 位作者 朱勇梅 李剑峰 代雨婷 崔舒雅 姜璐 陈冰 黄金艳 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期1027-1032,1027,共6页

目的·建立急性淋巴细胞白血病(acute lymphoblastic leukemia,ALL)基因融合与突变知识库,以辅助临床基因检测。方法·通过对文献进行文本挖掘,收集ALL相关的基因融合与突变注释信息。基于NodeJS平台的Express框架和MySQL数据... 目的·建立急性淋巴细胞白血病(acute lymphoblastic leukemia,ALL)基因融合与突变知识库,以辅助临床基因检测。方法·通过对文献进行文本挖掘,收集ALL相关的基因融合与突变注释信息。基于NodeJS平台的Express框架和MySQL数据库系统的服务端开发环境,构建知识库服务网站。结果·通过对文献进行文本挖掘和人工手动矫正,共收集了246条ALL相关融合和突变基因词条,每项词条包含生物学性状、临床相关性解释、临床指导意见、靶向药物和化疗药物等多个生物学和临床相关条目,建立起一个便于管理的ALL相关知识库。结论·该知识库除了包含ALL相关或潜在相关癌症基因基本信息外,还着重整理了临床相关的注释信息,为ALL的临床基因检测及后续的精准医疗提供参考。 展开更多

关键词 急性淋巴细胞白血病 基因融合 基因突变 知识库

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