目的头发是一类重要的皮肤附属物,主要由角蛋白和角蛋白相关蛋白等组成。不同种族及性别样本的头发蛋白质组成和占比存在差异,且目前缺乏高效率提取头发蛋白的方法。本文探究基于定量头发蛋白质组学方法,旨在探索该方法区分不同个体的...目的头发是一类重要的皮肤附属物,主要由角蛋白和角蛋白相关蛋白等组成。不同种族及性别样本的头发蛋白质组成和占比存在差异,且目前缺乏高效率提取头发蛋白的方法。本文探究基于定量头发蛋白质组学方法,旨在探索该方法区分不同个体的可能性。方法以3例头发样本,对样品处理方法和裂解缓冲液进行探究,发展一种名为PLEE(PTM lab for protein extraction from hair with high efficiency)的稳定、高效的头发蛋白质提取方法,对7例人发样本,以PLEE法进行提取,结合胶内消化方法进行蛋白质组学实验,产出蛋白质组学数据,分析个体间的头发蛋白质组成及占比。结果共鉴定274种蛋白质,共有的蛋白质107种,非共有蛋白质种类在57~119,部分样本存在独特鉴定蛋白。使用共鉴定107种蛋白质进行定量蛋白质组分析,通过聚类和主成分分析,可将各样本进行区分,且技术重复样本可聚在一起,表明流程的稳定性。另外,筛选出10个关键蛋白(KRT33A、KRTAP9-6、KRT83、KRTAP7-1、KRT32、BLMH、KRT38、KRTAP11-1、NPAS1、KRTAP4-3)在不同个体之间差异比较大且在同个体中蛋白质鉴定稳定。结论不同个体的头发蛋白质组成存在差异,筛选出的10个蛋白质有望作为区分个体特质的关键蛋白,在个体识别、刑侦方面具有重大的应用潜力。展开更多
目的建立一种针对微量样本(1×10^(4)细胞)的蛋白质组前处理流程,用于衰老小鼠单个窦卵泡的蛋白质组图谱绘制,并对窦卵泡的衰老图谱进行解析。方法利用293T细胞,通过对比不同的裂解液、酶切条件、超声处理方式等,建立针对1×10^...目的建立一种针对微量样本(1×10^(4)细胞)的蛋白质组前处理流程,用于衰老小鼠单个窦卵泡的蛋白质组图谱绘制,并对窦卵泡的衰老图谱进行解析。方法利用293T细胞,通过对比不同的裂解液、酶切条件、超声处理方式等,建立针对1×10^(4)数量级细胞样本(约1μg数量级蛋白质)的蛋白质组前处理流程。通过与商业化的样本前处理试剂盒(iST试剂盒和Ex极微量试剂盒)进行对比,从蛋白质和肽段鉴定重叠性、蛋白质整体亲/疏水性、蛋白质理论等电点以及蛋白质分子质量4方面对本研究所建立的样本前处理流程进行评估。以100,1000和100003种数量级小鼠原代脾和肝细胞样本对样本前处理流程的样本适用性进行评估。基于该样本前处理流程,结合timsTOF Pro 2超灵敏质谱仪,绘制青年(2月龄)、中年(12月龄)和老年(22月龄)小鼠的单个窦卵泡的蛋白质组图谱。通过差异表达蛋白质分析与蛋白质表达时间序列分析,寻找与年龄因素显著相关的蛋白质,解析窦卵泡的衰老图谱。结果本研究建立了一套针对1×10^(4)数量级细胞样本的蛋白质组学前处理流程,该流程仅需一步操作完成裂解和还原烷基化,酶切过程无需超声。即对于1×10^(4)数量级细胞样本,将裂解液中的脱氧胆酸钠浓度由1%提升至10%,可以使蛋白质平均鉴定种类从4089种增加到4389种,具有更佳的裂解效果(P<0.05);在裂解液中添加碳酸氢铵缓冲液(50 mmol·L^(-1),90μL),蛋白质平均鉴定种类从2579种显著提升至4389种(P<0.01);单胰蛋白酶与混合酶(Trypsin/Lys-C)具有相似的酶切效果,均能鉴定到约3950种蛋白质;将酶切时间由过夜缩短至0.5 h,蛋白质平均鉴定量由4299种提升至4632种(P<0.05),在节省时间的同时能获得更高的蛋白质鉴定量。与商业化试剂盒相比,本流程鉴定的蛋白质中约92.3%能被iST试剂盒或Ex极微量试剂盒鉴定,且在亲/疏水性、理论等电点和分子质量等理化性质上无明显偏向,显示出良好稳健性。随着样本中细胞数量增加,鉴定的蛋白质种类显著增加(100、1000和10000个细胞样本中,小鼠脾原代细胞分别鉴定到蛋白质525,1650和3210种,小鼠肝原代细胞分别鉴定到蛋白质366、1160和3590种,P<0.05)。采用该处理流程对青、中、老年小鼠的单个窦卵泡(每组3个窦卵泡)进行了蛋白质组鉴定,每个卵泡均可鉴定超过7500种蛋白质。基于该数据,本研究通过主成分分析发现,不同年龄阶段的窦卵泡在蛋白质表达状态上表现出明显差异,证实了年龄是影响卵泡生理状态的关键因素。此外,在衰老小鼠的卵泡中,发现与染色体分离相关的蛋白显著下调(P<0.01),提示衰老卵泡中可能存在染色体分离障碍以及减数分裂的失调。通过进一步分析,本研究共识别出739种与年龄显著相关的蛋白质,其中378种正相关,361种负相关。结论本研究为微量样本提供了一种低成本、易操作、高通量和高灵敏度的蛋白质组样本前处理流程;构建了不同年龄阶段小鼠单个窦卵泡的蛋白质组动态变化图谱,为卵泡衰老基础研究提供了高质量的数据资源,为探索卵巢衰老的潜在治疗靶标和促进生殖力提升的药物开发提供了新的研究思路。展开更多
文摘目的头发是一类重要的皮肤附属物,主要由角蛋白和角蛋白相关蛋白等组成。不同种族及性别样本的头发蛋白质组成和占比存在差异,且目前缺乏高效率提取头发蛋白的方法。本文探究基于定量头发蛋白质组学方法,旨在探索该方法区分不同个体的可能性。方法以3例头发样本,对样品处理方法和裂解缓冲液进行探究,发展一种名为PLEE(PTM lab for protein extraction from hair with high efficiency)的稳定、高效的头发蛋白质提取方法,对7例人发样本,以PLEE法进行提取,结合胶内消化方法进行蛋白质组学实验,产出蛋白质组学数据,分析个体间的头发蛋白质组成及占比。结果共鉴定274种蛋白质,共有的蛋白质107种,非共有蛋白质种类在57~119,部分样本存在独特鉴定蛋白。使用共鉴定107种蛋白质进行定量蛋白质组分析,通过聚类和主成分分析,可将各样本进行区分,且技术重复样本可聚在一起,表明流程的稳定性。另外,筛选出10个关键蛋白(KRT33A、KRTAP9-6、KRT83、KRTAP7-1、KRT32、BLMH、KRT38、KRTAP11-1、NPAS1、KRTAP4-3)在不同个体之间差异比较大且在同个体中蛋白质鉴定稳定。结论不同个体的头发蛋白质组成存在差异,筛选出的10个蛋白质有望作为区分个体特质的关键蛋白,在个体识别、刑侦方面具有重大的应用潜力。
文摘目的建立一种针对微量样本(1×10^(4)细胞)的蛋白质组前处理流程,用于衰老小鼠单个窦卵泡的蛋白质组图谱绘制,并对窦卵泡的衰老图谱进行解析。方法利用293T细胞,通过对比不同的裂解液、酶切条件、超声处理方式等,建立针对1×10^(4)数量级细胞样本(约1μg数量级蛋白质)的蛋白质组前处理流程。通过与商业化的样本前处理试剂盒(iST试剂盒和Ex极微量试剂盒)进行对比,从蛋白质和肽段鉴定重叠性、蛋白质整体亲/疏水性、蛋白质理论等电点以及蛋白质分子质量4方面对本研究所建立的样本前处理流程进行评估。以100,1000和100003种数量级小鼠原代脾和肝细胞样本对样本前处理流程的样本适用性进行评估。基于该样本前处理流程,结合timsTOF Pro 2超灵敏质谱仪,绘制青年(2月龄)、中年(12月龄)和老年(22月龄)小鼠的单个窦卵泡的蛋白质组图谱。通过差异表达蛋白质分析与蛋白质表达时间序列分析,寻找与年龄因素显著相关的蛋白质,解析窦卵泡的衰老图谱。结果本研究建立了一套针对1×10^(4)数量级细胞样本的蛋白质组学前处理流程,该流程仅需一步操作完成裂解和还原烷基化,酶切过程无需超声。即对于1×10^(4)数量级细胞样本,将裂解液中的脱氧胆酸钠浓度由1%提升至10%,可以使蛋白质平均鉴定种类从4089种增加到4389种,具有更佳的裂解效果(P<0.05);在裂解液中添加碳酸氢铵缓冲液(50 mmol·L^(-1),90μL),蛋白质平均鉴定种类从2579种显著提升至4389种(P<0.01);单胰蛋白酶与混合酶(Trypsin/Lys-C)具有相似的酶切效果,均能鉴定到约3950种蛋白质;将酶切时间由过夜缩短至0.5 h,蛋白质平均鉴定量由4299种提升至4632种(P<0.05),在节省时间的同时能获得更高的蛋白质鉴定量。与商业化试剂盒相比,本流程鉴定的蛋白质中约92.3%能被iST试剂盒或Ex极微量试剂盒鉴定,且在亲/疏水性、理论等电点和分子质量等理化性质上无明显偏向,显示出良好稳健性。随着样本中细胞数量增加,鉴定的蛋白质种类显著增加(100、1000和10000个细胞样本中,小鼠脾原代细胞分别鉴定到蛋白质525,1650和3210种,小鼠肝原代细胞分别鉴定到蛋白质366、1160和3590种,P<0.05)。采用该处理流程对青、中、老年小鼠的单个窦卵泡(每组3个窦卵泡)进行了蛋白质组鉴定,每个卵泡均可鉴定超过7500种蛋白质。基于该数据,本研究通过主成分分析发现,不同年龄阶段的窦卵泡在蛋白质表达状态上表现出明显差异,证实了年龄是影响卵泡生理状态的关键因素。此外,在衰老小鼠的卵泡中,发现与染色体分离相关的蛋白显著下调(P<0.01),提示衰老卵泡中可能存在染色体分离障碍以及减数分裂的失调。通过进一步分析,本研究共识别出739种与年龄显著相关的蛋白质,其中378种正相关,361种负相关。结论本研究为微量样本提供了一种低成本、易操作、高通量和高灵敏度的蛋白质组样本前处理流程;构建了不同年龄阶段小鼠单个窦卵泡的蛋白质组动态变化图谱,为卵泡衰老基础研究提供了高质量的数据资源,为探索卵巢衰老的潜在治疗靶标和促进生殖力提升的药物开发提供了新的研究思路。
