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蛋白质与极性配体复合物的绝对结合自由能计算
1
作者
王存新
宋伟
陈慰祖
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2003年第1期143-146,共4页
介绍了用分子动力学模拟与热力学积分法相结合 ,模拟蛋白质与配体的绝对结合自由能的方法 .通过分子转换法 ,使蛋白质分子 (包括水分子 )与配体小分子之间的相互作用逐渐减弱 (或增强 )至完全消失 (或完全出现 ) .运用体约束方法 ,计算...
介绍了用分子动力学模拟与热力学积分法相结合 ,模拟蛋白质与配体的绝对结合自由能的方法 .通过分子转换法 ,使蛋白质分子 (包括水分子 )与配体小分子之间的相互作用逐渐减弱 (或增强 )至完全消失 (或完全出现 ) .运用体约束方法 ,计算了配体与受体结合后平动、转动自由度的丧失即熵效应所引起的自由能变化 .以胰蛋白酶双突变体 (D189G/G2 2 6D)与极性配体苯甲脒为例 ,研究了蛋白质活性部位与极性配体的相互作用对结合自由能的影响 ,该复合物绝对结合自由能的模拟结果 (- 15 5kJ/mol)与实验值 (- 10 5kJ/mol)相近 .
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关键词
蛋白质
极性配体复合物
绝对结合自由能
热力学积分法
分子转换法
计算
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职称材料
题名
蛋白质与极性配体复合物的绝对结合自由能计算
1
作者
王存新
宋伟
陈慰祖
机构
北京工业大学生命科学与生物工程研究院
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2003年第1期143-146,共4页
基金
国家自然科学基金 ( 2 9992 5 90 2
30 170 2 30
+1 种基金
10 1740 0 5 )
北京市自然科学基金 ( 5 0 32 0 0 2 )资助项目 .~~
文摘
介绍了用分子动力学模拟与热力学积分法相结合 ,模拟蛋白质与配体的绝对结合自由能的方法 .通过分子转换法 ,使蛋白质分子 (包括水分子 )与配体小分子之间的相互作用逐渐减弱 (或增强 )至完全消失 (或完全出现 ) .运用体约束方法 ,计算了配体与受体结合后平动、转动自由度的丧失即熵效应所引起的自由能变化 .以胰蛋白酶双突变体 (D189G/G2 2 6D)与极性配体苯甲脒为例 ,研究了蛋白质活性部位与极性配体的相互作用对结合自由能的影响 ,该复合物绝对结合自由能的模拟结果 (- 15 5kJ/mol)与实验值 (- 10 5kJ/mol)相近 .
关键词
蛋白质
极性配体复合物
绝对结合自由能
热力学积分法
分子转换法
计算
Keywords
molecular transformation method
thermodynamic integration method
protein-ligand complex
binding free energy
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
Q61 [生物学—生物物理学]
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作者
出处
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被引量
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1
蛋白质与极性配体复合物的绝对结合自由能计算
王存新
宋伟
陈慰祖
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2003
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