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原核基因翻译起始位点预测的新方法(英文)
被引量：
2
1
作者
胡钢清
刘永初
+3 位作者
郑晓斌
杨一帆
余振苏
朱怀球
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2008年第11期1254-1262,共9页
翻译起始位点(TIS,即基因5′端)的精确定位是原核生物基因预测的一个关键问题,而基因组GC含量和翻译起始机制的多样性是影响当前TIS预测水平的重要因素.结合基因组结构的复杂信息(包括GC含量、TIS邻近序列及上游调控信号、序列编码潜能...
翻译起始位点(TIS,即基因5′端)的精确定位是原核生物基因预测的一个关键问题,而基因组GC含量和翻译起始机制的多样性是影响当前TIS预测水平的重要因素.结合基因组结构的复杂信息(包括GC含量、TIS邻近序列及上游调控信号、序列编码潜能、操纵子结构等),发展刻画翻译起始机制的数学统计模型,据此设计TIS预测的新算法MED-StartPlus.并将MED-StartPlus 与同类方法 RBSfinder、GS-Finder、MED-Start、TiCo 和Hon-yaku等进行系统地比较和评价.测试针对两种数据集进行:当前14个已知的TIS被确认的基因数据集,以及300个物种中功能已知的基因数据集.测试结果表明,MED-StartPlus的预测精度在总体上超过同类方法.尤其是对高GC含量基因组以及具有复杂翻译起始机制的基因组,MED-StartPlus具有明显的优势.
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关键词
原核生物
基因预测
翻译起始位点
预测评价
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职称材料
题名
原核基因翻译起始位点预测的新方法(英文)
被引量：
2
1
作者
胡钢清
刘永初
郑晓斌
杨一帆
余振苏
朱怀球
机构
北京大学生物医学工程系、湍流与复杂系统国家重点实验室
北京大学
理论
生物
学中心
Department of Mathematics
The Finnish Genome Center
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2008年第11期1254-1262,共9页
基金
grants from The National Natural Science Foundation of China (30770499, 30300071,10721403)
National Basic Research Program of China (2003CB715905)~~
文摘
翻译起始位点(TIS,即基因5′端)的精确定位是原核生物基因预测的一个关键问题,而基因组GC含量和翻译起始机制的多样性是影响当前TIS预测水平的重要因素.结合基因组结构的复杂信息(包括GC含量、TIS邻近序列及上游调控信号、序列编码潜能、操纵子结构等),发展刻画翻译起始机制的数学统计模型,据此设计TIS预测的新算法MED-StartPlus.并将MED-StartPlus 与同类方法 RBSfinder、GS-Finder、MED-Start、TiCo 和Hon-yaku等进行系统地比较和评价.测试针对两种数据集进行:当前14个已知的TIS被确认的基因数据集,以及300个物种中功能已知的基因数据集.测试结果表明,MED-StartPlus的预测精度在总体上超过同类方法.尤其是对高GC含量基因组以及具有复杂翻译起始机制的基因组,MED-StartPlus具有明显的优势.
关键词
原核生物
基因预测
翻译起始位点
预测评价
Keywords
prokaryote, gene prediction, translation initiation site, prediction evaluation
分类号
Q753 [生物学—分子生物学]
TS261.11 [轻工技术与工程—发酵工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
原核基因翻译起始位点预测的新方法(英文)
胡钢清
刘永初
郑晓斌
杨一帆
余振苏
朱怀球
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2008
2
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