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6种猪病毒病微流控芯片多重检测方法的建立
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作者 梅力 王培 +7 位作者 刘海莹 李志军 张启龙 高晓龙 陈会玲 赵建晴 马银平 冯小宇 《中国动物检疫》 2025年第5期111-119,共9页
为实现对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)经典毒株、PRRSV高致病性毒株(HP-PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV2)和猪细小病毒(PPV)的多重检测,根据此6种病毒的基因保守区域分别设计引物,将引物包埋在恒温... 为实现对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)经典毒株、PRRSV高致病性毒株(HP-PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV2)和猪细小病毒(PPV)的多重检测,根据此6种病毒的基因保守区域分别设计引物,将引物包埋在恒温扩增微流控芯片的反应池内,通过优化引物浓度、反应温度和反应时间,建立了可同时检测上述6种病毒的碟式微流控芯片方法。结果显示:建立的微流控芯片方法对6种病毒质粒模板的最低检测限为10~3 copies/μL;特异性分析显示,病毒或样品只在与其相对应检测指标的反应池内有“S”形扩增曲线;重复性良好,批内和批间变异系数均小于5%;该方法与商品化荧光定量检测试剂盒对40份临床样品的检测符合率达到95%以上。结果表明,本研究成功建立了6种猪病毒病微流控芯片检测方法,其灵敏度高、特异性强、重复性好,实现了对多种动物疫病的联合检测。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 猪瘟病毒 猪伪狂犬病病毒 猪圆环病毒2型 猪细小病毒 微流控芯片
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Y染色体短串联重复序列微流控芯片复合扩增检测体系研究 被引量:1
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作者 王道宇 万群 +3 位作者 庄斌 赵丽健 韩俊萍 李彩霞 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第3期696-705,共10页
目的构建Y染色体短串联重复序列(Y-STR)微流控芯片扩增检测试剂,并进行性能验证,实现Y-STR基因座的快速全集成检测。方法使用Y-STR微流控芯片检测体系,对其灵敏度、成功率和分型准确率、峰平衡性、精准性和准确性、检材适应性、混合物... 目的构建Y染色体短串联重复序列(Y-STR)微流控芯片扩增检测试剂,并进行性能验证,实现Y-STR基因座的快速全集成检测。方法使用Y-STR微流控芯片检测体系,对其灵敏度、成功率和分型准确率、峰平衡性、精准性和准确性、检材适应性、混合物检测能力和抗抑制性进行验证评估。结果DNA标准品9948的模板量≥8 ng,血卡片数≥3片以及口腔拭子刮擦次数≥7次时可获得Y-STR完整分型;165份样本的全集成检测成功率为91.52%,分型准确率为99.74%;不同荧光通道之间的峰高比值为89.81%;10次运行的等位基因分型标准品的片段大小标准差均在0.5 bp以内,20份样本全集成检测的等位基因片段和相应的等位基因标准品之间的片段准确性均在0.5 bp以内;能够对口腔拭子、血卡、唾液卡、烟蒂、血棉签、布片精斑等检材进行准确分型;混合样本中较小贡献者与较大贡献者在1∶3的比例时可获得完整基因分型;在不同浓度的腐殖酸(50~400 mg/L)、靛蓝(20~100 nmol/L)、血红蛋白(100~500μmol/L)等抑制物的干扰下,该体系可获得完整基因分型。结论该体系可应用于国产Quick TargSeq法医DNA现场快速检测系统使用,可在法医学实践中选用。 展开更多
关键词 法医物证学 微流控芯片 Y染色体短串联重复序列
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3328例新生儿听力与耳聋基因联合筛查分析
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作者 陈敏娟 查建梅 +2 位作者 李欣欣 贾亮 张冠斌 《中华耳科学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第6期917-922,共6页
目的应用二十三项遗传性耳聋基因突变微流控诊断芯片技术联合听力筛查分析张家港市新生儿耳聋基因携带情况以及基因突变者的听力情况,为张家港市出生缺陷防治政策提供科学依据。方法采集张家港市助产机构分娩的新生儿足跟血,采用微流控... 目的应用二十三项遗传性耳聋基因突变微流控诊断芯片技术联合听力筛查分析张家港市新生儿耳聋基因携带情况以及基因突变者的听力情况,为张家港市出生缺陷防治政策提供科学依据。方法采集张家港市助产机构分娩的新生儿足跟血,采用微流控诊断芯片法对GJB2、GJB3、SLC26A4、线粒体12S rRNA基因23个突变热点进行筛查,联合听力筛查进而分析新生儿耳聋基因携带及听力情况。结果2022年5月至2022年12月,张家港市共采集3328例新生儿足跟血,耳聋基因阳性携带者465例,阳性突变携带率13.97%,GJB2基因阳性检出率最高,为11.81%,SLC26A4基因阳性检出率1.44%,线粒体12S rRNA基因阳性检出率0.24%,多基因突变携带率0.27%。各基因型中,GJB2基因c.109 G>A阳性检出率最高,为9.74%,其次为GJB2基因c.235 del C阳性检出率2.04%。通过听力学诊断为听力损失12例,GJB2基因c.109 G>A纯合突变5例、GJB2基因c.109 G>A复合杂合突变3例、GJB2基因c.235 del C纯合突变1例、GJB2基因c.235 del C复合杂合突变1例、GJB2基因c.235 del C杂合突变2例。结论张家港市新生儿GJB2基因突变携带率最高,其次为SLC26A4基因突变携带率。GJB2基因c.109G>A突变频率最高,其次为c.235delC突变频率。各基因型突变携带率在新生儿中不平衡,在今后的出生缺陷防治工作中应有侧重点,对高危人群应重点关注其听力情况,有效做到早发现、早诊断、早干预。 展开更多
关键词 微流控芯片 新生儿筛查 听力损失 突变分析
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单管直扩38重祖先信息InDels体系的构建及其在微流控芯片系统的应用 被引量:7
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作者 韩俊萍 赵蕾 +7 位作者 王庆国 江丽 谢何鑫 庄斌 赵丽健 李唐松 吴瑾 李彩霞 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2020年第9期968-981,共14页
本文基于插入-缺失多态性(insertion-deletion polymorphism,InDel)遗传标记,从相关文献和dbSNP库中筛选出38个在东亚、欧洲、非洲人群中具有等位基因频率差异的祖先来源InDel位点,同时整合Amelogenin位点和Y染色体STR(DYS439)位点,以... 本文基于插入-缺失多态性(insertion-deletion polymorphism,InDel)遗传标记,从相关文献和dbSNP库中筛选出38个在东亚、欧洲、非洲人群中具有等位基因频率差异的祖先来源InDel位点,同时整合Amelogenin位点和Y染色体STR(DYS439)位点,以辅助未知样本的性别鉴定,采用PCR-CE技术构建了可以区分三大洲际人群的单管直接扩增复合检测体系,该体系可与微流控芯片系统相结合,1.7 h内完成DNA样本自动化扩增和电泳分型,利用公共数据库1000Genomes中16个人群1 607名个体的分型数据对筛选的38个InDel位点进行初步评估;同时对构建的38-plex InDels体系的灵敏度、准确性、直接扩增能力进行验证评估;检测5种不同人群的779份样本和215份唾液卡、血卡的直接扩增样本,采用聚类分析和主成分分析方法,评价体系的推断准确性.结果表明该38-plex InDels复合检测体系分型准确,灵敏度达157 pg,能够对唾液卡和血卡直接扩增,可以区分三大洲际人群及其混合人群,能够准确推断待测样本的族群来源、估算祖先成分,且通过集成细胞裂解步骤将有望2h实现"样本进-结果出"式快速自动化InDel分型. 展开更多
关键词 法医物证学 插入-缺失多态性 祖先信息位点 微流控芯片
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基于微流控芯片的InDel快速族群推断体系研究 被引量:3
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作者 张博源 王颖希 +6 位作者 赵蕾 江丽 万群 庄斌 赵丽健 杨瑞琴 韩俊萍 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2022年第8期1564-1572,共9页
目的QuickTargSeq全集成法医DNA现场快速检测系统是国内首台自主研制的现场快检仪,可应用于InDel族群推断检测,2 h左右完成“样本进-结果出”的快速自动化InDel分型。本文对InDel族群推断微流控芯片检测体系的性能进行评估,以期为实践... 目的QuickTargSeq全集成法医DNA现场快速检测系统是国内首台自主研制的现场快检仪,可应用于InDel族群推断检测,2 h左右完成“样本进-结果出”的快速自动化InDel分型。本文对InDel族群推断微流控芯片检测体系的性能进行评估,以期为实践应用提供参考。方法使用InDel族群推断微流控芯片检测体系,对体系的灵敏度、干扰物耐受性、成功率、分型准确率、精确性、准确性、峰平衡性及检材适应性进行验证评估,同时对测试样本的族群来源进行推断。结果138份样本的全集成检测成功率为95.65%,分型准确率为98.85%;DNA模板量≥5 ng时,可获得完整InDel分型,口腔拭子样本最佳采集次数为口腔内壁左右两侧各刮擦8次,血卡样本最佳检测方式为6片(Φ=2 mm);所有基因座的平均杂合子峰高比值为0.86;10次运行的等位基因分型标准物(allelic ladder)片段大小标准差均在0.3 bp以内,测试样本等位基因和相应的等位基因分型标准物之间的片段准确性均在0.5 bp以内。结论该体系可实现对口腔拭子、血卡、唾液卡及烟蒂样本的准确分型,能够准确推断样本的族群来源。 展开更多
关键词 法医物证学 族群推断 DNA现场快速检验
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Clouston综合征家系的病例报告1例
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作者 曲春燕 王锋 +4 位作者 马登科 赵敏 王晓力 孙毅 梁凤和 《中华耳科学杂志》 CSCD 北大核心 2022年第3期522-525,共4页
1病例资料患者男,7岁,以自幼听力障碍伴头发及指(趾)甲发育异常就诊并进行基因检测,临床诊断Clouston综合征。出生未做听力筛查,2岁半时因不会说话发现听力障碍,当地诊断为双侧极重度感音神经性耳聋并验配助听器。5岁时进行右耳人工耳... 1病例资料患者男,7岁,以自幼听力障碍伴头发及指(趾)甲发育异常就诊并进行基因检测,临床诊断Clouston综合征。出生未做听力筛查,2岁半时因不会说话发现听力障碍,当地诊断为双侧极重度感音神经性耳聋并验配助听器。5岁时进行右耳人工耳蜗植入手术开始语言康复。图1是术前5岁时裸耳听力和术后7岁时助听听阈(右耳人工耳蜗,左耳助听器)。 展开更多
关键词 指(趾)甲 听力筛查 语言康复 病例报告 人工耳蜗 病例资料 发育异常 听力障碍
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