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携带SXT/R391家族整合接合元件多重耐药菌株的高效筛选与分析被引量：3: 1; 作者孙凤娇贺羽陈兰明《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第13期79-83,共5页; 本研究建立了一种抗生素平板与分子检测相结合的高效筛选水产品中携带SXT/R391家族整合接合元件(integrative and conjugative elements,ICEs)的多重耐药菌株的方法。采用美国临床与实验室标准研究所标准Kirby-Bauer纸片扩散法、需氧菌... 展开更多; 关键词整合接合元件 SXT/R391家族多重耐药重金属抗性; 在线阅读下载PDF 职称材料

我国东部海域近岸水体中副溶血性弧菌的多元相关性分析被引量：16: 2; 作者孙博怿杨丹丹陈兰明《微生物学杂志》 CAS CSCD 2015年第2期109-112,共4页; 副溶血性弧菌（Vibrio parahemolyticus）是一种重要的水产品食源性致病菌,在我国沿海地区已成为引发细菌性食物中毒的首要风险因子。采集了我国东部海域（18.1°~38.5°N,109.3°~122.5°E）近岸水体样品,测定了水样... 展开更多; 关键词副溶血性弧菌东部海域近岸水体线性回归分析; 在线阅读下载PDF 职称材料

屎肠球菌B21对高脂饮食Wistar大鼠体重、空腹血糖和粪便菌群的影响被引量：1: 3; 作者王严严杨静 +3 位作者邵则淮蒋惠男张江陈兰明《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2018年第17期276-282,共7页; 本研究分析了摄食屎肠球菌(Enterococcus faecium)B21菌株对高脂饮食Wistar大鼠体重和空腹血糖的影响;并运用高通量测序技术分析了大鼠肠道菌群多样性的变化。36只Wistar大鼠随机分为正常对照组(NCD)、高脂饮食组(HFD)和E.faecium B21... 展开更多; 关键词屎肠球菌B21 体重空腹血糖肠道菌群高通量测序; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于间隔二肽组分和递归特征消除法的DNA结合蛋白的鉴定: 4; 作者汤亚东刘潇 +2 位作者刘太岗谢鹭陈兰明《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2018年第4期453-459,共7页; DNA结合蛋白(DNA-binding proteins,DBPs)的鉴定在原核和真核生物的基因和蛋白质功能注释研究中具有十分重要的意义.本研究首次运用间隔二肽组分(gapped-dipeptide composition,Gap DPC)结合递归特征消除法(recursive feature eliminati... 展开更多; 关键词 DNA结合蛋白间隔二肽组分位置特异性得分矩阵递归特征消除法支持向量机分类器; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名携带SXT/R391家族整合接合元件多重耐药菌株的高效筛选与分析被引量：3: 1; 作者孙凤娇贺羽陈兰明; 机构农业部水产品贮藏保鲜质量安全风险评估重点实验室(上海); 出处《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第13期79-83,共5页; 基金国家自然科学基金面上项目(31271830); 文摘本研究建立了一种抗生素平板与分子检测相结合的高效筛选水产品中携带SXT/R391家族整合接合元件(integrative and conjugative elements,ICEs)的多重耐药菌株的方法。采用美国临床与实验室标准研究所标准Kirby-Bauer纸片扩散法、需氧菌液体微量稀释法,以及接合实验,对筛选、鉴定获得的携带SXT/R391家族ICEs的变形杆菌(Proteus vulgaris)进行了抗菌素、重金属抗性以及ICEs元件接合转移活性的分析。结果表明:运用本研究建立的筛选法可有效获得含有多重耐药基因的ICEs元件,其检出率为3%,远高于常规聚合酶链式反应技术的检测水平(<1‰)。受试菌株对六大类10种抗菌素均表现出抗性,并且对重金属镉、铜、锌和汞具有高度耐受性。接合实验证明了受试菌株所携带的ICEs元件在普通变形杆菌与大肠杆菌(Escherichia coli)MG1655之间的自我转移活性。; 关键词整合接合元件 SXT/R391家族多重耐药重金属抗性; Keywords integrative and conjugative elements（ICEs） SXT/R391 family multiple-drug resistance heavy metal tolerance; 分类号 TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名我国东部海域近岸水体中副溶血性弧菌的多元相关性分析被引量：16: 2; 作者孙博怿杨丹丹陈兰明; 机构农业部水产品贮藏保鲜质量安全风险评估重点实验室(上海)上海海洋大学食品科学与技术学院上海市气象与健康重点实验室; 出处《微生物学杂志》 CAS CSCD 2015年第2期109-112,共4页; 基金上海市气象与健康重点实验室项目(QXJK201207); 文摘副溶血性弧菌（Vibrio parahemolyticus）是一种重要的水产品食源性致病菌,在我国沿海地区已成为引发细菌性食物中毒的首要风险因子。采集了我国东部海域（18.1°~38.5°N,109.3°~122.5°E）近岸水体样品,测定了水样的pH、盐度、温度、电导率、溶解性固体总量、溶解氧,以及副溶血性弧菌疑似菌含量,建立了水体环境因素与副溶血性弧菌相关性的模型。初步分析结果显示,水体的盐度是影响我国东部海域近岸水体中副溶血性弧菌丰度的主要环境因素。研究结果可为沿海地区副溶血性弧菌流行预警的研究提供数据参考。; 关键词副溶血性弧菌东部海域近岸水体线性回归分析; Keywords Vibrio parahemolyticus east sea area inshore waters linear regression analysis; 分类号 Q939.97 [生物学—微生物学] TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名屎肠球菌B21对高脂饮食Wistar大鼠体重、空腹血糖和粪便菌群的影响被引量：1: 3; 作者王严严杨静邵则淮蒋惠男张江陈兰明; 机构农业部水产品贮藏保鲜质量安全风险评估重点实验室(上海)上海海洋大学食品学院上海市农林职业技术学院动物科学技术系; 出处《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2018年第17期276-282,共7页; 基金上海市科委项目(B-9500-10-0004); 文摘本研究分析了摄食屎肠球菌(Enterococcus faecium)B21菌株对高脂饮食Wistar大鼠体重和空腹血糖的影响;并运用高通量测序技术分析了大鼠肠道菌群多样性的变化。36只Wistar大鼠随机分为正常对照组(NCD)、高脂饮食组(HFD)和E.faecium B21干预组(HFD+B21)。NCD组大鼠喂食普通饲料,HFD组和HFD+B21组大鼠喂食高脂饲料。自第1周起,给予HFD+B21组每只大鼠每天灌胃0.2 m L E.faecium B21(108CFU/m L)至第7周。收集第7周大鼠粪便,通过高通量测序分析了3组大鼠肠道菌群的结构和组成。结果表明:在第7周时,HFD+B21组(366.51 g)大鼠体重显著高于HFD组(339.43 g,p<0.05)和NCD组(306.84 g,p<0.05),HFD+B21组大鼠(7.63 mmol/L)空腹血糖显著低于HFD组(8.75 mmol/L,p<0.05),且与NCD组无显著性差异(7.08 mmol/L,p>0.05)。HFD+B21组大鼠肠道菌群丰度(ACE值398.12,Chao1值398.49)和多样性最低(Shannon指数3.83),NCD组菌群丰度(ACE值700.57,Chao1值698.07)和多样性(Shannon指数5.06)最高;E.faecium B21的摄入降低了菌群中致病菌属假单胞菌属(Pseudomonas)和脱硫弧菌属(Desulfovibrio)的比率,同时促进了有益菌属布劳特氏菌属(Blautia)的增长。结论:E.faecium B21的摄入能促进高脂饮食Wistar大鼠的体重,降低其空腹血糖且对肠道菌群失衡具有一定的调节作用。; 关键词屎肠球菌B21 体重空腹血糖肠道菌群高通量测序; Keywords Enterococcus faecium B21 body weight fasting blood glucose levels fecal microbiota high-throughput sequencing; 分类号 TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于间隔二肽组分和递归特征消除法的DNA结合蛋白的鉴定: 4; 作者汤亚东刘潇刘太岗谢鹭陈兰明; 机构农业部水产品贮藏保鲜质量安全风险评估重点实验室(上海) 上海海洋大学信息学院上海生物信息技术研究中心; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2018年第4期453-459,共7页; 基金国家自然科学基金(31671946,11601324) 上海市科委基金(17050502200)资助项目; 文摘 DNA结合蛋白(DNA-binding proteins,DBPs)的鉴定在原核和真核生物的基因和蛋白质功能注释研究中具有十分重要的意义.本研究首次运用间隔二肽组分(gapped-dipeptide composition,Gap DPC)结合递归特征消除法(recursive feature elimination,RFE)鉴定DBPs.首先获得待测蛋白质氨基酸序列的位置特异性得分矩阵(position specific scoring matrix,PSSM),在此基础上提取蛋白质的Gap DPC特征,通过RFE法选择最优特征,然后利用支持向量机(support vector machine,SVM)作为分类器,在蛋白质序列数据集PDB396和LB1068中进行夹克刀交叉验证(jackknife cross validation test).研究结果显示,基于PDB396和LB1068数据集,DBPs预测的准确率、Matthews相关系数、敏感性和特异性分别达到93.43%、0.86、89.04%和96.00%,以及86.33%、0.73、86.49%和86.18%,明显优于文献报道中的相关方法,为DBPs的鉴定提供了新的模型.; 关键词 DNA结合蛋白间隔二肽组分位置特异性得分矩阵递归特征消除法支持向量机分类器; Keywords DNA-binding proteins, gapped-dipeptide composition, position specific score matrix, recursive feature elimination algorithm, support vector machine classifier; 分类号 Q71 [生物学—分子生物学] Q81 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	携带SXT/R391家族整合接合元件多重耐药菌株的高效筛选与分析	孙凤娇贺羽陈兰明	《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心	2015	3	在线阅读下载PDF 职称材料
2	我国东部海域近岸水体中副溶血性弧菌的多元相关性分析	孙博怿杨丹丹陈兰明	《微生物学杂志》 CAS CSCD	2015	16	在线阅读下载PDF 职称材料
3	屎肠球菌B21对高脂饮食Wistar大鼠体重、空腹血糖和粪便菌群的影响	王严严杨静邵则淮蒋惠男张江陈兰明	《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心	2018	1	在线阅读下载PDF 职称材料
4	基于间隔二肽组分和递归特征消除法的DNA结合蛋白的鉴定	汤亚东刘潇刘太岗谢鹭陈兰明	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2018	0	在线阅读下载PDF 职称材料