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基于水稻种粒高光谱的品质性状预测方法 被引量：4
1
作者 赵爽 宋京燕 +3 位作者 陈国兴 宋鹏 冯慧 杨万能 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期211-219,共9页
为探究作物种子品质性状无损检测方法,以100份水稻核心种质资源为试验材料,基于近红外高光谱相机采集水稻种粒的透射、反射光谱数据并提取光谱参数,水稻种粒脱壳后使用近红外谷物分析仪测定米粒品质;以水稻种粒光谱参数为自变量、米粒... 为探究作物种子品质性状无损检测方法,以100份水稻核心种质资源为试验材料,基于近红外高光谱相机采集水稻种粒的透射、反射光谱数据并提取光谱参数,水稻种粒脱壳后使用近红外谷物分析仪测定米粒品质;以水稻种粒光谱参数为自变量、米粒品质指标为因变量,建立米粒品质预测模型。结果显示,使用单一光谱建模时,透射光谱建模效果优于反射光谱建模效果;结合透射-反射特征光谱集合建模可使粗蛋白预测模型R2从0.74提高至0.91,可使直链淀粉预测模型R2从0.40提高至0.69,可使水分预测模型R2从0.53提高至0.68。结果表明,使用水稻种粒光谱参数可无损预测稻米品质,同时利用透射、反射光谱可提升建模效果。 展开更多
关键词 水稻 稻米品质 无损检测 高光谱 预测模型
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基于高光谱的水稻精米品质参数测量技术研究 被引量：7
2
作者 戴国新 陈国兴 +1 位作者 杨万能 冯慧 《农业大数据学报》 2019年第2期51-63,共13页
【目的】水稻精米直链淀粉和蛋白质含量,是衡量稻米加工特性的重要参数。本研究旨在使用高光谱技术来无损检测其含量。【方法】以水稻核心种质资源材料中106个材料为研究对象,使用可见光-近红外高光谱成像技术获取各波段下光谱指数。【... 【目的】水稻精米直链淀粉和蛋白质含量,是衡量稻米加工特性的重要参数。本研究旨在使用高光谱技术来无损检测其含量。【方法】以水稻核心种质资源材料中106个材料为研究对象,使用可见光-近红外高光谱成像技术获取各波段下光谱指数。【结果】高光谱数据经过数据重整、图像提取及分析等一系列操作后,可以得到初级指数和复杂指数。初级指数与直链淀粉和蛋白质含量模型的R2分别为0.823和0.837,五倍交叉验证结果显示模型稳定性良好。同时,通过复杂指数与直链淀粉和蛋白质含量的相关系数结果也可以看出,500-800nm区域间,高光谱复杂指数与直链淀粉和蛋白质含量相关系数较高。【结论】基于高光谱成像技术可以同时准确估测精米直链淀粉和蛋白质含量,为后续水稻种质资源批量品质分析打下研究基础。 展开更多
关键词 高光谱 水稻 精米 直链淀粉 蛋白质 线性回归 相关系数 植物表型组学
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癌症发生发展中的表观遗传学研究 被引量：24
3
作者 张競文 续倩 李国亮 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期567-581,共15页
癌症是由细胞恶性增殖和扩散引发的一类复杂疾病,解析其致病机制是人类目前面临的重大挑战之一。表观遗传学机制对维持基因特定的表达模式和生命个体的正常发育生长至关重要。表观遗传图谱的紊乱如组蛋白修饰、DNA/RNA甲基化和染色质三... 癌症是由细胞恶性增殖和扩散引发的一类复杂疾病,解析其致病机制是人类目前面临的重大挑战之一。表观遗传学机制对维持基因特定的表达模式和生命个体的正常发育生长至关重要。表观遗传图谱的紊乱如组蛋白修饰、DNA/RNA甲基化和染色质三维构象的变化等均能在一定程度上干扰正常基因的表达和功能,进而诱导癌症等多种疾病的发生发展。为促进对表观遗传学在癌症中作用机制的理解,本文概述了表观遗传学研究内容,聚焦其与癌症发生发展之间的关联,同时展望了表观遗传学在癌症临床诊治中的应用。 展开更多
关键词 癌症 表观遗传学 DNA/RNA甲基化 组蛋白修饰 核小体定位 非编码RNA 染色质三维结构
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基于全基因组SNP构建甘蓝型油菜指纹图谱 被引量：8
4
作者 王升博 黄一鸣 +2 位作者 梁聪园 王静 杨庆勇 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期966-972,共7页
甘蓝型油菜是世界上重要的油料作物,可用作油料、饲料以及食品等,具有较高的经济价值。为了高效快速地鉴定并区分油菜品种,加强油菜品种管理,本试验利用505份油菜种质的重测序数据进行SNP鉴定,根据杂合率、位点缺失率以及多态性等指标对... 甘蓝型油菜是世界上重要的油料作物,可用作油料、饲料以及食品等,具有较高的经济价值。为了高效快速地鉴定并区分油菜品种,加强油菜品种管理,本试验利用505份油菜种质的重测序数据进行SNP鉴定,根据杂合率、位点缺失率以及多态性等指标对SNP集合进行筛选,得到了能够高效鉴定油菜种质的核心SNP位点组合,构建了DNA指纹图谱。该套核心位点组合包括897个位点,其MAF、PIC的平均值分别为0.41、0.474。使用该套SNP位点组合进行品种区分,每两个材料之间的差异位点数目90%为357~508。对核心SNP位点进行精简,最少用17个SNP标记可完全鉴定该套种质。本研究使用高质量的油菜重测序数据,筛选出了897个核心SNP位点,并利用该套核心SNP组合构建了油菜的特征指纹图谱,为油菜遗传多样性分析、品种鉴定以及种质管理提供数据参考。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 群体基因组重测序 SNP DNA指纹图谱
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甘蓝型油菜MAGIC群体结构分析
5
作者 罗开 周金枝 +2 位作者 杨植全 杨庆勇 周永明 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期746-753,共8页
MAGIC(multi-parent advanced generation inter-cross)群体是新一代遗传作图及育种群体。为了探究异源四倍体甘蓝型油菜的MAGIC群体的结构,利用60对SSR引物分析包括554个株系的甘蓝型油菜MAGIC群体的遗传多样性和遗传距离。60对SSR共... MAGIC(multi-parent advanced generation inter-cross)群体是新一代遗传作图及育种群体。为了探究异源四倍体甘蓝型油菜的MAGIC群体的结构,利用60对SSR引物分析包括554个株系的甘蓝型油菜MAGIC群体的遗传多样性和遗传距离。60对SSR共检测到261个位点,平均4.35个位点/对,多态性信息量平均为0.48。用STRUCTURE 2.3.4进行群体结构分析,显示MAGIC群体可划分为2个亚群,其中303个株系归属亚群1,234个株系归属亚群2,剩下的17个株系无特定亚群归属,属混合亚群。研究结果表明该群体具有较高的遗传多样性。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 MAGIC群体 群体结构 遗传多样性
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CTCF在介导三维基因组形成及调控基因表达中的研究进展 被引量：4
6
作者 周聪 周强伟 +1 位作者 成盛 李国亮 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期816-821,共6页
真核细胞间期的染色质在细胞核中经过复杂的盘曲折叠,形成高级拓扑结构,这样的染色质结构空间组织对基因表达有重要影响。CTCF(CCCTC-binding factor)作为关键的染色质高级结构架构蛋白,对三维基因组结构的形成起到了重要作用。CTCF还... 真核细胞间期的染色质在细胞核中经过复杂的盘曲折叠,形成高级拓扑结构,这样的染色质结构空间组织对基因表达有重要影响。CTCF(CCCTC-binding factor)作为关键的染色质高级结构架构蛋白,对三维基因组结构的形成起到了重要作用。CTCF还可以与基因组内大量的绝缘子结合,影响染色质远程交互,实现对增强子和基因转录调控的绝缘效应。本文主要对近期美国圣裘德儿童研究医院Chunliang Li团队对于CTCF完全降解后发现染色质可及性发生变化的研究结果,上海交通大学系统生物医学研究院吴强团队、美国加州路德维希癌症研究所任兵团队对于CTCF结合位点充当绝缘子作用机制的最新结果进行部分点评及讨论。 展开更多
关键词 CTCF 绝缘子 三维基因组 基因表达调控
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深度挖掘肝细胞癌中遗传变异对可选择性多聚腺苷酸化的影响 被引量：1
7
作者 武肖红 余展晖 +2 位作者 牛晓辉 杨彦波 龚静 《华中科技大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期741-751,共11页
目的通过整合组学和临床信息,深度挖掘肝细胞癌中重要的可选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)数量性状基因位点(alternative polyadenylation quantitative trait locus,apaQTL),并研究这些重要位点相关的下游靶基因... 目的通过整合组学和临床信息,深度挖掘肝细胞癌中重要的可选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)数量性状基因位点(alternative polyadenylation quantitative trait locus,apaQTL),并研究这些重要位点相关的下游靶基因及上游RNA结合蛋白(RNA-binding protein,RBP)。方法从SNP2APA数据库下载泛癌顺式和反式apaQTL数据,用R语言分析肝细胞癌apaQTL的分布特征。根据位置提取apaQTL上下游50 bp范围内的序列,使用STREME进行特征基序富集,进一步结合肝细胞癌临床信息,筛选改变基序和临床预后相关的apaQTL。利用Tomtom挖掘潜在调控APA的上游RBP,并通过ENCODE以及TCGA预后数据分别验证RBP在APA调控和肝细胞癌发生发展中的重要性。将apaQTL和表达数量性状位点(expression quantitative trait locus,eQTL)进行共定位,并结合差异表达和预后分析,筛选影响表达和预后的apaQTL和下游靶基因。结果通过对肝细胞癌apaQTL进行特征分析,发现肝细胞癌顺式apaQTL在其他癌症中广泛出现,而反式apaQTL在肝细胞癌中具有特异性。通过对apaQTL进行基序分析,筛选出20个可以改变多聚腺苷酸化基序的apaQTL。其中rs16742可以生成新的多聚腺苷酸化基序,从而导致赖氨酰-tRNA合成酶(leucyl-tRNA synthetase,LARS)基因的转录本增长。进一步分析表明,rs16742与肝细胞癌的预后相关。通过预测新的apaQTL基序和上游靶基因,并结合外部数据验证,发现RBP聚(RC)结合蛋白2[poly(RC)binding protein 2,PCBP2]参与肝细胞癌APA事件的调控,并与预后相关。进一步分析表明,预后显著的apaQTL rs115865883和rs150628203可能影响PCBP2与转录本的结合。通过apaQTL和eQTL共定位分析,筛选出30个潜在的影响表达和肝细胞癌发生发展的apaQTL和下游靶基因。结论研究发现了一系列功能性肝细胞癌apaQTL及下游靶基因,基于apaQTL相关分析,发现RBP PCBP2可调控肝细胞癌的APA事件及预后。 展开更多
关键词 肝细胞癌 可选择性多聚腺苷酸化 遗传变异 RNA结合蛋白
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紫外辐照恢复早期耐辐射奇球菌的转录组学分析
8
作者 张彩云 邱秦天 马彬广 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2023年第7期1701-1715,共15页
目的耐辐射奇球菌是一种对紫外线、电离、干燥和化学试剂具有较强抗性的极端微生物。然而,该菌在紫外辐照后恢复早期的分子响应还不完全清楚。本文的目的是揭示耐辐射奇球菌在这一阶段的转录组响应。方法本研究采用RNA-seq技术,测定了... 目的耐辐射奇球菌是一种对紫外线、电离、干燥和化学试剂具有较强抗性的极端微生物。然而,该菌在紫外辐照后恢复早期的分子响应还不完全清楚。本文的目的是揭示耐辐射奇球菌在这一阶段的转录组响应。方法本研究采用RNA-seq技术,测定了正常和紫外辐照培养条件下耐辐射奇球菌的转录组。为确定关键的差异表达基因及其调控关系,进行了功能富集分析。选取部分关键差异表达基因,进行实时定量PCR实验验证。利用以往研究中的转录组数据,寻找紫外辐照、电离辐射和干燥胁迫条件下公共的差异表达基因。构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络;对蛋白质互作网络中的枢纽基因和主要模块进行了鉴定;对这些枢纽基因和模块进行了功能富集分析。结果紫外辐照后的恢复早期,上调基因数量是下调基因数量的2倍以上,且多数与应激反应和DNA修复有关。恢复早期的修复途径主要有单链退火(SSA)途径(涉及基因:ddrA-D)、非同源端连接(NHEJ)途径(涉及基因:ligB、pprA)和核苷酸切除修复(NER)途径(涉及基因:uvrA-C),前两种途径为同源重组(HR)做准备,而NER途径去除紫外线照射带来的嘧啶二聚体。通过比较紫外辐照、电离辐射和干燥胁迫下的转录组数据,发现公共的差异表达基因主要涉及奇球菌属特异性基因和DNA/RNA代谢相关基因。从差异表达基因的蛋白质互作网络中发现了几个重要的枢纽基因和相互作用模块,其功能集中在双链断裂修复、DNA拓扑改变和复制。结论在紫外辐照后的早期恢复阶段,耐辐射奇球菌的多种基因发生了转录组水平的分子响应,并启动了多个修复途径来应对这种胁迫,其中一些修复途径在其他应激条件下同样存在。 展开更多
关键词 耐辐射奇球菌 RNA-SEQ 紫外辐照 DNA损伤修复 蛋白质-蛋白质相互作用网络
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兵团规模养殖场智慧化技术应用现状与思考
9
作者 钱姝含 李闯 +1 位作者 王梦芝 杨庆勇 《新疆农垦科技》 2022年第5期41-44,共4页
随着信息技术的发展和农业现代化进程的加快,畜牧养殖场向着集约化、规模化和智慧化发展,精准畜牧是畜牧业高质量发展的基础。本文主要对新疆生产建设兵团规模化养殖场智慧化技术应用和国内外智慧化畜牧业发展现状方面进行调研与总结,... 随着信息技术的发展和农业现代化进程的加快,畜牧养殖场向着集约化、规模化和智慧化发展,精准畜牧是畜牧业高质量发展的基础。本文主要对新疆生产建设兵团规模化养殖场智慧化技术应用和国内外智慧化畜牧业发展现状方面进行调研与总结,探讨新疆生产建设兵团规模化养殖产业存在的问题与发展趋势,并提出一系列建议,以期为新疆生产建设兵团推行智慧化养殖提供思路。 展开更多
关键词 新疆生产建设兵团 农业现代化 智慧化 畜牧业 发展现状 存在的问题 建议
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