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扩增子测序技术在牡蛎GⅡ型诺如病毒基因多样性研究中的评估被引量：1: 1; 作者赵璐董蕾 +2 位作者喻勇新靳淼王永杰《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第16期299-305,共7页; 牡蛎中诺如病毒基因多样的研究对病毒的流行传播和疫情防控具有十分重要的意义,二代测序技术(next generation sequencing, NGS)的扩增子测序具有高通量、高准确性等优势,被广泛应用于基因组学、转录组学和表观基因组学等领域。为评估... 展开更多; 关键词诺如病毒贝类扩增子测序引物评估多样性; 在线阅读下载PDF 职称材料

上海市售牡蛎中诺如病毒的污染及基因型和流行趋势分析被引量：4: 2; 作者贾添慧王永杰 +3 位作者杨明树时沙沙董蕾喻勇新《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期38-42,共5页; 为了检测和分析上海市售牡蛎中诺如病毒(Norovirus,NoV)的基因型和流行病学特征,为牡蛎中NoV的风险防控和食用安全评估提供支撑,2017年10月至2019年10月,在上海市随机抽样,采集牡蛎样品,应用巢式RT-PCR方法检测,使用Norovirus genotypin... 展开更多; 关键词诺如病毒牡蛎污染基因型流行病学趋势; 在线阅读下载PDF 职称材料

枸杞岛海域表层水真菌群落多样性研究被引量：2: 3; 作者王雪肖劲洲王永杰《微生物学杂志》 CAS CSCD 2021年第6期11-17,共7页; 通过扩增子测序,分析了枸杞岛附近海域表层水中真菌群落组成及其多样性特征。结果表明,枸杞岛周围海域真菌群落组成稳定,优势真菌菌门为子囊菌门(Ascomycota),优势菌纲为座囊菌纲(Dothideomycetes),优势真菌属包括Hortaea、青霉菌属(Pen... 展开更多; 关键词枸杞岛真菌群落多样性植物病原菌威尼克外瓶霉(Hortaea werneckii); 在线阅读下载PDF 职称材料

洋山港宏病毒组分析揭示CRISPR-Cas系统病毒靶标序列的特异性被引量：1: 4; 作者李聪田敬孜王永杰《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2023年第2期358-370,共13页; 目的为了探究CRISPR-Cas系统的靶标特点。方法运用了包括BALST在内的多种生物信息学分析技术和方法对洋山港宏病毒组数据进行了分析。结果洋山港宏病毒组数据集中共有25 391条双链DNA病毒序列,其中238条序列上的265个开放读码框(ORF)... 展开更多; 关键词 CRISPR 间隔序列功能基因 DNA病毒; 在线阅读下载PDF 职称材料

全球海洋病毒数据库中新型噬病毒体的发现: 5; 作者周亮徐声忠 +1 位作者盛伊建王永杰《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期43-48,共6页; 噬病毒体是寄生于原生生物巨病毒的一类小型双链DNA病毒。带有噬病毒体的巨病毒侵染单细胞真核宿主的能力下降,结果使得真核宿主的存活率上升。噬病毒体最早分离自巨病毒和单细胞真核宿主的共培养体系。随后基于宏基因组学分析表明,噬... 展开更多; 关键词噬病毒体全球海洋病毒数据库宏病毒组; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名扩增子测序技术在牡蛎GⅡ型诺如病毒基因多样性研究中的评估被引量：1: 1; 作者赵璐董蕾喻勇新靳淼王永杰; 机构上海海洋大学食品学院农业农村部水产品质量安全贮藏保鲜风险评估实验室(上海) 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所青岛海洋科学与技术试点国家实验室; 出处《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第16期299-305,共7页; 基金国家自然科学基金(31601570) 上海市科学技术委员会项目(22 N31900700) 徐州市重点研发计划(社会发展)(KC21296)。; 文摘牡蛎中诺如病毒基因多样的研究对病毒的流行传播和疫情防控具有十分重要的意义,二代测序技术(next generation sequencing, NGS)的扩增子测序具有高通量、高准确性等优势,被广泛应用于基因组学、转录组学和表观基因组学等领域。为评估扩增子测序技术对牡蛎中诺如病毒多样性研究的可行性,采用经典的巢式反转录PCR(reverse transcription-PCR, RT-PCR)方法对人为污染诺如病毒的牡蛎样品进行检测并将产物进行扩增子测序,对病毒基因型覆盖度和灵敏度进行分析。结果显示,在覆盖度方面,扩增子测序技术能够检测出人为添加到牡蛎中的6种GⅡ型诺如病毒,覆盖率达到100%;在灵敏度方面,对人为污染有不同数量诺如病毒的牡蛎进行检测及测序分析,证实扩增子测序的灵敏性较高,低于50个病毒粒子也能检测出。综上,扩增子测序技术提高了牡蛎中诺如病毒检测的准确性以及基因型的丰富度。; 关键词诺如病毒贝类扩增子测序引物评估多样性; Keywords norovirus shellfish amplicon sequencing primer evaluation diversity; 分类号 TS254.1 [轻工技术与工程—水产品加工及贮藏工程] TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名上海市售牡蛎中诺如病毒的污染及基因型和流行趋势分析被引量：4: 2; 作者贾添慧王永杰杨明树时沙沙董蕾喻勇新; 机构上海海洋大学食品学院农业农村部水产品质量安全贮藏保鲜风险评估实验室(上海); 出处《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期38-42,共5页; 基金 “十三五”国家重点研发计划重点专项(2017YFC1600703) 国家自然科学基金项目(31601570)。; 文摘为了检测和分析上海市售牡蛎中诺如病毒(Norovirus,NoV)的基因型和流行病学特征,为牡蛎中NoV的风险防控和食用安全评估提供支撑,2017年10月至2019年10月,在上海市随机抽样,采集牡蛎样品,应用巢式RT-PCR方法检测,使用Norovirus genotyping tool结合系统发育分析序列并进行基因分型;从时间分布和基因型分布两个方面进行基因型和流行病学分析。检测牡蛎样品共633只,阳性检出率为22.1%(140/633),11月至次年2月为牡蛎中NoV污染的高峰期。共检出8种基因型:GI.3(62例)、GI.4(21例)、GI.9(1例)、GII.4(30例)、GII.3(29例)、GII.12(13例)、GII.2(6例)和GII.17(4例)。第一年检出基因型以GI型为主(89.4%),主要为GI.3(67.1%)和GI.4(22.4%);第二年以GII型为主(90.1%),分别为GII.3(35.8%)、GII.4(30.9%)、GII.12(12.3%)、GII.2(7.4%)和GII.17(3.7%)。其中,在25份样品中同时检测到GII.3和GII.4的混合污染,1例GI.9和GII.3的混合污染。结果表明在两年内牡蛎源NoV优势基因型发生从GI型到GII型的转变,推测极有可能受到外因即人类活动的影响,呼吁加强对水质和牡蛎养殖区的人类活动的控制以减少NoV食源性疾病发生。NoV的暴发具有很强的冬季季节性,而人中NoV的流行株还在环境中循环;多基因型污染不仅为NoV基因重组创造机会,也加剧了牡蛎的食用风险,因此有关部门应加强宣传,避免在NoV暴发期食用,尤其是避免生食牡蛎。; 关键词诺如病毒牡蛎污染基因型流行病学趋势; Keywords norovirus oysters contamination genotype epidemiological trends; 分类号 R155.5 [医药卫生—营养与食品卫生学] S944.41 [农业科学—水产养殖]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名枸杞岛海域表层水真菌群落多样性研究被引量：2: 3; 作者王雪肖劲洲王永杰; 机构上海海洋大学食品学院农业农村部水产品质量安全贮藏保鲜风险评估实验室(上海); 出处《微生物学杂志》 CAS CSCD 2021年第6期11-17,共7页; 基金国家自然科学基金项目(41376135)。; 文摘通过扩增子测序,分析了枸杞岛附近海域表层水中真菌群落组成及其多样性特征。结果表明,枸杞岛周围海域真菌群落组成稳定,优势真菌菌门为子囊菌门(Ascomycota),优势菌纲为座囊菌纲(Dothideomycetes),优势真菌属包括Hortaea、青霉菌属(Penicillium)、曲霉菌属(Aspergillus)。其中丰度最高的OTU1765属于威尼克外瓶霉(Hortaea werneckii),经FUNGuild功能预测发现这是一种潜在的人类和植物病原真菌。枸杞岛附近海域表层水中真菌群落的生态功能组成比较丰富,主要为植物病原菌和未明确的腐生真菌。研究结果揭示了枸杞岛附近海域表层水中的真菌群落组成特点,为枸杞岛附近海域表层水中微生物资源的开发利用及环境保护提供参考。; 关键词枸杞岛真菌群落多样性植物病原菌威尼克外瓶霉(Hortaea werneckii); Keywords Gouqi Island fungal community diversity plant pathogenic fungi Hortaea wernecki; 分类号 Q939.99 [生物学—微生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名洋山港宏病毒组分析揭示CRISPR-Cas系统病毒靶标序列的特异性被引量：1: 4; 作者李聪田敬孜王永杰; 机构上海海洋大学食品学院农业农村部水产品质量安全贮藏保鲜风险评估实验室(上海) 青岛海洋国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2023年第2期358-370,共13页; 基金国家自然科学基金(41376153,31570112)资助项目。; 文摘目的为了探究CRISPR-Cas系统的靶标特点。方法运用了包括BALST在内的多种生物信息学分析技术和方法对洋山港宏病毒组数据进行了分析。结果洋山港宏病毒组数据集中共有25 391条双链DNA病毒序列,其中238条序列上的265个开放读码框(ORF)与134条规律间隔短回文重复(CRISPR)间隔序列产生了315个匹配。经注释后获得了128个ORF和135个匹配的功能信息,占比前5位的依次为终止酶(terminase)、衣壳蛋白(capsid protein)、门蛋白(portal protein)、肽酶(peptidase)和DNA甲基化转移酶(DNA methyltransferase)。匹配多在病毒特定功能基因的保守域或关键结构域中。这表明,CRISPR-Cas系统发挥免疫功能时表现出针对病毒特定基因、功能和结构域的靶标特异性。此外,属于Class 1门类下的Type_I型系统的CRISPR-Cas间隔序列匹配数量远高于其他类型系统,占总数的89.0%。结论本文的研究结果揭示了CRISPR-Cas系统的靶标偏好,增进了对其的认识,为更好地理解病毒-宿主免疫互作机制提供了新的证据和线索。; 关键词 CRISPR 间隔序列功能基因 DNA病毒; Keywords CRISPR spacer sequence functional gene DNA virus; 分类号 Q71 [生物学—分子生物学] Q936 [生物学—微生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名全球海洋病毒数据库中新型噬病毒体的发现: 5; 作者周亮徐声忠盛伊建王永杰; 机构上海海洋大学食品学院农业农村部水产品质量安全贮藏保鲜风险评估实验室(上海); 出处《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期43-48,共6页; 基金国家自然科学基金项目(41376135,31570112)。; 文摘噬病毒体是寄生于原生生物巨病毒的一类小型双链DNA病毒。带有噬病毒体的巨病毒侵染单细胞真核宿主的能力下降,结果使得真核宿主的存活率上升。噬病毒体最早分离自巨病毒和单细胞真核宿主的共培养体系。随后基于宏基因组学分析表明,噬病毒体广泛分布于全球水环境中(尤其是淡水环境中)。通过深度分析全球海洋病毒数据库(Global Ocean Viromes)序列,挖掘出了3条完整的、新的噬病毒体全基因组序列(Global Ocean Viromes Virophage_1/2/3,GOV_V1/2/3)。系统发育和基因组分析表明,GOV_V1与藻类巨病毒的潜在噬病毒体(如QLV和YSLV1,4,6)亲缘关系最近,GOV2_V2和GOV2_V3则与阿米巴虫巨病毒的噬病体(Sputnik家族)亲缘性最近。结果显示,微藻可能是GOV2_V1的真核宿主,而原生动物可能是GOV2_V2和GOV2_V3的真核宿主。; 关键词噬病毒体全球海洋病毒数据库宏病毒组; Keywords virophage global ocean viromes metavirome; 分类号 Q939.48 [生物学—微生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	扩增子测序技术在牡蛎GⅡ型诺如病毒基因多样性研究中的评估	赵璐董蕾喻勇新靳淼王永杰	《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心	2024	1	在线阅读下载PDF 职称材料
2	上海市售牡蛎中诺如病毒的污染及基因型和流行趋势分析	贾添慧王永杰杨明树时沙沙董蕾喻勇新	《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心	2021	4	在线阅读下载PDF 职称材料
3	枸杞岛海域表层水真菌群落多样性研究	王雪肖劲洲王永杰	《微生物学杂志》 CAS CSCD	2021	2	在线阅读下载PDF 职称材料
4	洋山港宏病毒组分析揭示CRISPR-Cas系统病毒靶标序列的特异性	李聪田敬孜王永杰	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2023	1	在线阅读下载PDF 职称材料
5	全球海洋病毒数据库中新型噬病毒体的发现	周亮徐声忠盛伊建王永杰	《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心	2021	0	在线阅读下载PDF 职称材料