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分离分析技术在蛋白质组学研究中应用的新进展 被引量:6
1
作者 张养军 张万军 +2 位作者 马岩 彭博 钱小红 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期537-550,共14页
蛋白质组学研究的核心技术之一是分离分析方法。该综述重点评述了分离分析技术在蛋白质组学研究,即在蛋白质组表达谱构建、翻译后修饰蛋白质组研究、蛋白质复合体和相互作用研究、蛋白质组定量研究中应用的新进展,介绍了各种分离分析方... 蛋白质组学研究的核心技术之一是分离分析方法。该综述重点评述了分离分析技术在蛋白质组学研究,即在蛋白质组表达谱构建、翻译后修饰蛋白质组研究、蛋白质复合体和相互作用研究、蛋白质组定量研究中应用的新进展,介绍了各种分离分析方法的优点、应用范围和有待解决的问题。引用文献89篇。 展开更多
关键词 蛋白质组学 分离技术 质谱 定量技术 蛋白质相互作用
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蛋白质组学中质谱数据标准研究进展 被引量:3
2
作者 马海滨 张纪阳 +2 位作者 刘辉 孙汉昌 谢红卫 《质谱学报》 EI CAS CSCD 2011年第3期129-137,共9页
质谱分析是蛋白质组学的一项支撑技术。质谱数据处理过程具有多策略、多处理步骤、多种处理软件的特点,数据处理过程中数据格式不统一的问题给数据交换和整合带来了一定的困难,也给质谱分析平台和质谱数据库的建设带来了挑战。研究质谱... 质谱分析是蛋白质组学的一项支撑技术。质谱数据处理过程具有多策略、多处理步骤、多种处理软件的特点,数据处理过程中数据格式不统一的问题给数据交换和整合带来了一定的困难,也给质谱分析平台和质谱数据库的建设带来了挑战。研究质谱数据分析中的质谱数据标准,不仅可以系统地梳理归纳目前分析方法中需要使用的全部数据信息,而且有利于质谱数据分析平台的建设。本文介绍了近几年制定的一些质谱数据标准,总结这些标准各自的特点、不足及应用情况,并展望质谱数据标准可能的发展方向。 展开更多
关键词 质谱数据标准 mzXML mzML mzIdentML
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开管毛细管色谱柱的制备及其在蛋白质组学研究中的应用进展 被引量:4
3
作者 周珊珊 翟睿 +4 位作者 焦丰龙 郝斐然 吕雅瑶 钱小红 张养军 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期226-231,共6页
近年来随着生命科学等领域的深入发展,人们对微量样本分离分析的需求越来越高,液相色谱系统的微量化受到了更多的关注。由于开管毛细管色谱柱具有较低的反向压力,可通过采用更长的色谱柱提高柱效,从而实现对复杂生物样本的高效分离,因... 近年来随着生命科学等领域的深入发展,人们对微量样本分离分析的需求越来越高,液相色谱系统的微量化受到了更多的关注。由于开管毛细管色谱柱具有较低的反向压力,可通过采用更长的色谱柱提高柱效,从而实现对复杂生物样本的高效分离,因而成为液相色谱柱新的发展方向。本文对开管毛细管色谱柱的制备方法及应用进展进行了综述。 展开更多
关键词 毛细管液相色谱 开管毛细管色谱柱 多孔层 蛋白质组学 综述
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定量蛋白质组学无标记定量方法的研究进展 被引量:13
4
作者 武鹏 贺福初 姜颖 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第3期281-292,共12页
依靠质谱技术的蛋白质组学快速发展,寻求速度快、重复性好以及准确度高的定量方法是该领域的一项艰巨任务,定量蛋白质组学分支领域应运而生.其中,无标记定量方法以其样品制备简单、耗材费用低廉以及结果数据分析便捷等优点渐露锋芒.无... 依靠质谱技术的蛋白质组学快速发展,寻求速度快、重复性好以及准确度高的定量方法是该领域的一项艰巨任务,定量蛋白质组学分支领域应运而生.其中,无标记定量方法以其样品制备简单、耗材费用低廉以及结果数据分析便捷等优点渐露锋芒.无标记定量方法通常分为信号强度法和谱图计数法两大类.本文在这两种无标记定量方法计算原理的基础上,针对各种常用的无标记定量方法及最新进展做一个较为全面的介绍,并将详细讨论两类方法的异同点,以及目前蛋白质组学中无标记定量方法所面临的主要挑战,希望能为这一领域的研究人员在选择无标记定量方法时提供一个合理的参考. 展开更多
关键词 定量蛋白质组学 生物信息学 无标记定量 信号强度 谱图计数 共享肽段
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不同转移潜能的肝癌细胞系定量磷酸化蛋白质组学研究 被引量:1
5
作者 衣泰龙 田苗苗 +3 位作者 翟琳辉 徐忠伟 杨晓明 徐平 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2014年第11期1595-1599,共5页
目的研究具有不同侵袭转移能力的肝癌细胞系的磷酸化蛋白质组的动态变化。方法首先用含有重稳定同位素标记的精氨酸和赖氨酸的培养基对MHCC97-L进行重稳定同位素标记氨基酸的细胞培养(SILAC);用含有轻稳定同位素标记的精氨酸和赖氨酸的... 目的研究具有不同侵袭转移能力的肝癌细胞系的磷酸化蛋白质组的动态变化。方法首先用含有重稳定同位素标记的精氨酸和赖氨酸的培养基对MHCC97-L进行重稳定同位素标记氨基酸的细胞培养(SILAC);用含有轻稳定同位素标记的精氨酸和赖氨酸的培养基对MHCC97-H进行SILAC标记。将完成标记的两种肝癌细胞系的蛋白质按照1∶1混合,并用trypsin进行溶液消化;对消化得到的肽段进行除盐,并通过固相金属离子亲和色谱(IMAC)的方法进行磷酸化肽段的富集。磷酸化肽段通过质谱进行检测,并通过MaxQuant进行鉴定和定量。最后通过Z检验进行统计学分析,并对差异调控的磷酸化肽对应的蛋白质进行基因本体(GO)分析和STRING网络分析。结果最终鉴定了918个磷酸化肽段,其中806个磷酸化肽段的磷酸化位点可以定位和定量。通过Z检验,共得到了91个磷酸化修饰水平发生变化的肽段,对应25个磷酸化蛋白质。通过对这25个蛋白质进行GO分析发现,细胞骨架重塑过程中的蛋白质在MHCC97-L和MHCC97-H中磷酸化修饰形式严重失调。通过STRING分析发现,NES和PRKCA处于网络的重要节点位置。结论细胞骨架重塑这一生物学过程与肝癌侵袭转移能力密切相关;参与细胞骨架重塑的NES蛋白和参与MAPK信号通路和黏合斑信号通路的PRKCA蛋白磷酸化修饰水平的变化是影响低转移潜能MHCC97-L细胞向高转移潜能细胞MHCC97-H变化的重要调控机制。 展开更多
关键词 定量磷酸化蛋白质组学 SILAC 固相金属离子亲和色谱 肝细胞癌 侵袭转移
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蛋白质组技术在中药配伍药理学和毒理学机制研究中的应用 被引量:2
6
作者 程汉兴 孙爱华 姜颖 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期973-978,共6页
配伍用药是中药遣药组方、辨证施治的主要形式和应用特点。组方的宜忌多来自前人经验的总结,大多缺少相应的分子机制研究做配伍的理论支撑。作为规模化研究蛋白质的工具,蛋白质组技术可以从整体水平,较全面地呈现中药多种有效成分进入... 配伍用药是中药遣药组方、辨证施治的主要形式和应用特点。组方的宜忌多来自前人经验的总结,大多缺少相应的分子机制研究做配伍的理论支撑。作为规模化研究蛋白质的工具,蛋白质组技术可以从整体水平,较全面地呈现中药多种有效成分进入机体后发挥的多途径、多靶点调控过程,进而揭示中药配伍发挥宜忌作用的分子机制。本文对近年蛋白质组技术,包括双向电泳、荧光双向差异凝胶电泳技术和基于稳定同位素标记的相对和绝对定量技术在中药配伍宜忌和相应的药理毒理学机制研究中的应用进行综述,为进一步探讨中药配伍宜忌原理,更好地实现中药现代化和实际临床用药发展提供理论指导基础。 展开更多
关键词 中药配伍 蛋白质组 药理学 毒理学
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蛋白质组学在免疫学研究中的应用
7
作者 王晓文 唐丽 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期434-436,共3页
蛋白质组学即应用一系列的技术手段,在基因组规模分析蛋白质表达情况,包括蛋白质表达丰度及其翻译后修饰等。正是因为蛋白质组学关注的对象是蛋白质(本质上催化和控制所有生物学过程的分子),蛋白质组学在众多组学分支中显得尤其引人注... 蛋白质组学即应用一系列的技术手段,在基因组规模分析蛋白质表达情况,包括蛋白质表达丰度及其翻译后修饰等。正是因为蛋白质组学关注的对象是蛋白质(本质上催化和控制所有生物学过程的分子),蛋白质组学在众多组学分支中显得尤其引人注目。而对于高等动物的免疫系统而言,蛋白质除了发挥执行者的作用外,还具有调节免疫系统,清除病毒或微生物病原体感染,恶性肿瘤细胞的转化等重要功能。因此,蛋白质组学的方法是适于在分子水平进行免疫学研究的理想工具。本综述旨在介绍蛋白质组学在免疫学相关研究中的应用以及对免疫学领域热点问题的推动作用。 展开更多
关键词 蛋白质组学 免疫学
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蛋白质泛素化修饰的生物信息学研究进展 被引量:16
8
作者 卢亮 李栋 贺福初 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期17-26,共10页
泛素-蛋白酶体系统(Ubiquitin-proteasome system,UPS)介导了真核生物80%~85%的蛋白质降解,该蛋白质降解途径具有依赖ATP、高效、高度选择性的特点。除参与蛋白质降解之外,泛素化修饰还可以直接影响蛋白质的活性和定位。由于泛素化修... 泛素-蛋白酶体系统(Ubiquitin-proteasome system,UPS)介导了真核生物80%~85%的蛋白质降解,该蛋白质降解途径具有依赖ATP、高效、高度选择性的特点。除参与蛋白质降解之外,泛素化修饰还可以直接影响蛋白质的活性和定位。由于泛素化修饰底物蛋白在细胞中的广泛存在,泛素化修饰可以调控包括细胞周期、细胞凋亡、转录调控、DNA损伤修复以及免疫应答等在内的多种细胞活动。近年来,泛素-蛋白酶体系统相关的蛋白质组学数据不断产出,有效地管理、组织并合理分析这些数据显得尤为必要。文章综述了当前世界范围内针对蛋白质泛素化修饰展开的生物信息学研究,总结了前人的工作结果,包括UPS相关蛋白质数据的收录、泛素化修饰网络的构建和分析、泛素化修饰位点的预测及泛素化修饰motif的研究等方面内容,并对该领域未来的发展方向进行了讨论。 展开更多
关键词 泛素-蛋白酶体系统(UPS) 泛素化修饰 生物信息学
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基于液相色谱质谱联用的蛋白质组非标记定量研究策略的建立及应用 被引量:5
9
作者 陈明 应万涛 +3 位作者 方勤美 孙薇 贺福初 钱小红 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第4期401-409,共9页
定量蛋白质组研究是蛋白质组研究的热点和难点,而液相色谱质谱技术已经被广泛地应用于蛋白质的定性和定量研究.该研究建立和优化了一种基于液相色谱质谱联用技术的蛋白质组非标记定量方法,并对两种肽段质谱检测计数的归一化算法进行了比... 定量蛋白质组研究是蛋白质组研究的热点和难点,而液相色谱质谱技术已经被广泛地应用于蛋白质的定性和定量研究.该研究建立和优化了一种基于液相色谱质谱联用技术的蛋白质组非标记定量方法,并对两种肽段质谱检测计数的归一化算法进行了比较,结果发现ASC法要优于RSC法.最后,将建立的方法应用于肝癌细胞模型HepG2和HepG2-HBx细胞系的差异蛋白质组表达研究.质谱鉴定结果用聚类分析软件Cluster3.0进行分析,最后鉴定出107个重叠蛋白,其中9个蛋白质表达上调(Ratio>1.75),6个蛋白质表达下调(Ratio<0.5),这些蛋白质均与肝癌发生和恶化密切相关.结果表明,该技术操作简单、方便,具有较高的灵敏度和动态范围,利用该方法进行差异蛋白质组研究和发现生物标志物在理论和临床上具有十分重要的意义. 展开更多
关键词 液相色谱质谱联用 非标记定量 生物标志物
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串联质谱肽段断裂新技术--电子转移解离及其在蛋白质组学中的应用 被引量:5
10
作者 刘科辉 钱小红 《质谱学报》 EI CAS CSCD 2008年第2期115-119,共5页
电子转移解离(ETD)作为一种新型的肽段序列测定技术,克服了电子捕获解离技术(ECD)中热电子传递和转移时间长的缺点。双离子源技术将供电子的蒽阴离子引入反应体系,直接快速地完成电子转移等一系列反应步骤,同时保留了ECD不断裂微弱的翻... 电子转移解离(ETD)作为一种新型的肽段序列测定技术,克服了电子捕获解离技术(ECD)中热电子传递和转移时间长的缺点。双离子源技术将供电子的蒽阴离子引入反应体系,直接快速地完成电子转移等一系列反应步骤,同时保留了ECD不断裂微弱的翻译后修饰化学键,得到近乎完全的包含了翻译后各种修饰的肽段序列信息的优势。电子转移解离技术能够分析相对分子质量较大的非酶切肽段,这对于Top-down技术和含有翻译后修饰的大相对分子质量肽段的鉴定具有重要意义。 展开更多
关键词 电子转移解离 蛋白质组学 翻译后修饰 磷酸化修饰
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定量蛋白质组学分析方法 被引量:10
11
作者 钱小红 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期719-723,共5页
精确测量多个不同生理或病理条件下生物样本中蛋白质表达量的变化是定量蛋白质组学(quantitativeproteomics)研究的重要内容。与传统的蛋白质定量方法(见表1)相比,组学规模的蛋白质定量可以实现在一次实验中对成百上千个蛋白质的... 精确测量多个不同生理或病理条件下生物样本中蛋白质表达量的变化是定量蛋白质组学(quantitativeproteomics)研究的重要内容。与传统的蛋白质定量方法(见表1)相比,组学规模的蛋白质定量可以实现在一次实验中对成百上千个蛋白质的定量测定和比较分析,为规模化发现和验证疾病诊断的生物标志物以及发展新的药物靶标提供了重要手段。 展开更多
关键词 定量蛋白质组学 学分 生物标志物 生物样本 精确测量 定量方法 定量测定 药物靶标
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同位素稀释法在绝对定量蛋白质组中的研究进展 被引量:1
12
作者 陆亚丽 孙爱华 +1 位作者 贺福初 姜颖 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1201-1208,共8页
绝对定量蛋白质组是指基于蛋白质组学方法对细胞、组织或体液中的蛋白质进行绝对量或浓度测定.目前,常用的绝对定量方法主要有基于同位素稀释法的蛋白质组学绝对定量方法和基于质谱数据统计分析的非标记方法.基于同位素稀释法的绝对定... 绝对定量蛋白质组是指基于蛋白质组学方法对细胞、组织或体液中的蛋白质进行绝对量或浓度测定.目前,常用的绝对定量方法主要有基于同位素稀释法的蛋白质组学绝对定量方法和基于质谱数据统计分析的非标记方法.基于同位素稀释法的绝对定量方法是用已知量的同位素标记物对与其混合的样本蛋白质浓度进行测定.常见的同位素标记物包括:由AQUA法、QconCAT法产生的特异性水解肽段,由PSAQ法、Absolute SILAC法产生的标记蛋白和由PrESTs-SILAC法产生的蛋白抗原表位标签.由于同位素稀释法可以对蛋白质进行准确和精确定量,对于临床疾病的诊断和治疗具有明显的现实意义.本文对同位素稀释法在绝对定量蛋白质组中的研究进展及其优缺点和最新应用进行了评述. 展开更多
关键词 同位素稀释法 绝对定量 质谱 蛋白质组学
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肺癌转移相关蛋白的比较蛋白质组分析与鉴定 被引量:20
13
作者 蒋代凤 应万涛 +3 位作者 万晶宏 邱宗荫 钱小红 贺福初 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第4期586-593,共8页
采用比较蛋白质组技术对肺巨细胞癌高、低转移株的蛋白质表达谱进行双向电泳分离和MALDI TOF分析 ,并在蛋白质和mRNA水平进行进一步验证 ,成功鉴定了 11个肺癌转移相关蛋白 .其中 ,候选蛋白膜联蛋白1(ANX1)、细胞骨架蛋白 (CK18)、Rho ... 采用比较蛋白质组技术对肺巨细胞癌高、低转移株的蛋白质表达谱进行双向电泳分离和MALDI TOF分析 ,并在蛋白质和mRNA水平进行进一步验证 ,成功鉴定了 11个肺癌转移相关蛋白 .其中 ,候选蛋白膜联蛋白1(ANX1)、细胞骨架蛋白 (CK18)、Rho GDP解离抑制剂 1(GDIR)、原肌球蛋白 3(TPMF)、蛋白谷氨酰胺γ 谷氨酰转移酶 (TGLC)和白介素 18(IL 18)在肺巨细胞癌高转移株显著高表达 ,而候选蛋白核氯离子通道蛋白 1(CLI1)、蛋白质二硫键异构酶 (ER6 0 )、肌酸激酶、硫氧还蛋白过氧化物酶 1(PDX1)和热休克蛋白 6 0(CH6 0 )在肺巨细胞癌高转移株显著低表达 .大多数的候选蛋白可通过调控肿瘤细胞的生长、迁移、粘附、凋亡和肿瘤免疫等环节来影响肿瘤细胞的侵袭和转移能力 .迄今为止 ,还未见候选蛋白CLI1和IL 18与肺癌转移相关的报道 。 展开更多
关键词 肺癌 转移 蛋白质组 核氯离子通道蛋白1 白介素18
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生物医学命名实体识别的研究与进展 被引量:25
14
作者 郑强 刘齐军 +1 位作者 王正华 朱云平 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2010年第3期811-815,832,共6页
为直接高效地获取文献中的知识,命名实体识别用来识别文本中具有特定意义的实体。这是应用文本挖掘技术自动获取知识的关键的第一步,因此受到日益广泛的关注。主要从评测方法、特征选择、机器学习方法和后期处理等方面介绍了近年来生物... 为直接高效地获取文献中的知识,命名实体识别用来识别文本中具有特定意义的实体。这是应用文本挖掘技术自动获取知识的关键的第一步,因此受到日益广泛的关注。主要从评测方法、特征选择、机器学习方法和后期处理等方面介绍了近年来生物医学命名实体识别方面的主要研究方法及成果,并对目前各方面存在的问题进行了分析和讨论,最后对该领域的研究前景进行了展望。 展开更多
关键词 命名实体识别 文本挖掘 特征选择 机器学习
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蛋白质质谱分析的无标记定量算法研究进展 被引量:10
15
作者 张伟 张纪阳 +5 位作者 刘辉 孙汉昌 徐长明 马海滨 朱云平 谢红卫 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第6期506-518,共13页
作为发现疾病相关生物标志物的重要途径,定量研究已成为蛋白质组学的热点问题.随着实验方法的发展和改进,定量数据处理算法也在不断更新和完善.将现有的无标记定量方法归纳为需要/不需要鉴定结果两类方法,分析比较了两类方法的异同及优... 作为发现疾病相关生物标志物的重要途径,定量研究已成为蛋白质组学的热点问题.随着实验方法的发展和改进,定量数据处理算法也在不断更新和完善.将现有的无标记定量方法归纳为需要/不需要鉴定结果两类方法,分析比较了两类方法的异同及优缺点,详细讨论了所涉及的主要算法,总结了一些常用的无标记定量软件及对应的网络资源.展望了无标记定量数据分析的未来研究方向. 展开更多
关键词 定量蛋白质组 质谱 无标记定量 定量算法 统计学分析
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鸟枪法蛋白质鉴定质量控制方法研究进展 被引量:10
16
作者 李宁 吴松锋 +1 位作者 朱云平 杨晓明 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第6期668-675,共8页
鸟枪法串联质谱蛋白质鉴定策略由于其高可靠和高效率而被广泛应用于蛋白质组学研究中,这种方法直接对蛋白质混合物进行酶切,以肽段为鉴定单元,继而推导真实的样品蛋白质.由于利用质谱图推导肽段存在一定的假阳性率,而且直接对蛋白质混... 鸟枪法串联质谱蛋白质鉴定策略由于其高可靠和高效率而被广泛应用于蛋白质组学研究中,这种方法直接对蛋白质混合物进行酶切,以肽段为鉴定单元,继而推导真实的样品蛋白质.由于利用质谱图推导肽段存在一定的假阳性率,而且直接对蛋白质混合物的酶切也导致了肽段和蛋白质之间关联信息的丢失,所鉴定的蛋白质难免存在部分不可靠结果.因此,蛋白质鉴定的质量控制在蛋白质组学研究中极为重要.蛋白质鉴定的质量控制包含两大类主要方法,其一为利用肽段进行蛋白质组装,当前最常用也被证明最有效的方法是使用简约原则,即用最少的蛋白质解释所有鉴定肽段,现有的方法可以分为布尔型和概率型,其二为鉴定蛋白质的可靠性评估,包括单个蛋白质鉴定置信度和蛋白质鉴定整体水平的假阳性率计算.综合各种可辅助蛋白质鉴定的先验信息,构建普适的概率统计模型,是目前蛋白质鉴定质量控制方法的发展趋势. 展开更多
关键词 串联质谱 蛋白质鉴定 蛋白质组装 蛋白质鉴定置信度 鸟枪法
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PNmerger:一个整合生物学通路和蛋白质相互作用网络的Cytoscape插件(英文) 被引量:5
17
作者 孙汉昌 李栋 +4 位作者 王建 刘中扬 朱云平 谢红卫 贺福初 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第12期1613-1616,共4页
Cytoscape是一个广泛应用于分子相互作用网络可视化的软件.发展了一个基于java的Cytoscape插件PNmerger.对于一个蛋白质相互作用网络,PNmerger能够使用KEGG数据库中的通路信息自动注释网络中的蛋白质.并通过网络和通路的比较发现网络中... Cytoscape是一个广泛应用于分子相互作用网络可视化的软件.发展了一个基于java的Cytoscape插件PNmerger.对于一个蛋白质相互作用网络,PNmerger能够使用KEGG数据库中的通路信息自动注释网络中的蛋白质.并通过网络和通路的比较发现网络中已知的通路元件,预测可能的通路元件及通路交联元件.该软件可以可视化网络中存在的通路模块,并将连接不同通路间的潜在交联元件显示出来.PNmerger软件能够有效地帮助实验人员发现网络中重要的功能线索,帮助实验人员进行实验设计.用户可以通过网站http://www.hupo.org.cn/PNmerger下载PNmerger插件. 展开更多
关键词 系统生物学 生物学通路 蛋白质-蛋白质相互作用 交联元件 通路扩展 cytoscape插件
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藜芦人参配伍对大鼠肝功能及肝组织蛋白质表达的影响 被引量:5
18
作者 孙爱华 王宇光 +3 位作者 孟浩 吕永壮 高月 姜颖 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期982-987,共6页
目的利用差异蛋白质组技术,探讨藜芦人参配伍对肝功能及蛋白质表达的影响。方法大鼠雌雄各半,ig给予藜芦0.27 g·kg-1、藜芦0.09 g·kg-1+人参0.24 g·kg-1、藜芦0.27 g·kg-1+人参0.71 g·kg-1、藜芦0.81 g·k... 目的利用差异蛋白质组技术,探讨藜芦人参配伍对肝功能及蛋白质表达的影响。方法大鼠雌雄各半,ig给予藜芦0.27 g·kg-1、藜芦0.09 g·kg-1+人参0.24 g·kg-1、藜芦0.27 g·kg-1+人参0.71 g·kg-1、藜芦0.81 g·kg-1+人参2.13 g·kg-1,每天1次,连续8周。收集血清及肝组织。采用全自动生化仪测定谷草转氨酶(GOT)、谷丙转氨酶(GPT)的水平,并对肝组织进行常规HE染色观察组织病理变化。通过差异凝胶电泳技术(DIGE)分离大鼠肝组织总蛋白,基质辅助激光解吸电离时间飞行串联质谱及数据库查询鉴定差异表达蛋白质。结果血生化指标检测结果表明,只有藜芦0.81 g·kg-1+人参2.13 g·kg-1检测到GOT没有升高的趋势;而GPT明显升高(P<0.05)。病理学结果显示,正常对照、藜芦0.27 g·kg-1、藜芦0.09 g·kg-1+人参0.24 g·kg-1及藜芦0.27 g·kg-1+人参0.71 g·kg-1组大鼠肝组织无明显病理变化;藜芦0.81 g·kg-1+人参2.13 g·kg-1有2例(8.7%)样本分别出现肝窦扩张淤血及淋巴细胞浸润的病理改变。藜芦人参合用前后大鼠肝组织差异蛋白质经DIGE进行分离后,成功获得了分辨率高、重复性好的双向凝胶电泳图谱;经DeCyder6.5软件分析获得差异>1.5倍的蛋白质点共30个;质谱鉴定去冗余后得到4种差异蛋白质,其中二硫键异构酶A3前体和碳酸酐酶Ⅲ明显降低;谷氨酸脱氢酶1及氨甲酰磷酸合成酶1明显升高。结论藜芦0.81 g·kg-1和人参2.13 g·kg-1合用可能影响大鼠肝内与pH自稳、蛋白折叠及氨基酸代谢相关酶的表达。 展开更多
关键词 藜芦 人参 串联质谱法 蛋白质组
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新型亲水聚合物修饰硅胶颗粒固定化酶的制备及在蛋白质组鉴定中的应用 被引量:4
19
作者 范超 宋子凤 +2 位作者 秦伟捷 蔡耘 钱小红 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期423-428,共6页
采用原子转移自由基聚合法制备了亲水聚合物修饰的硅胶颗粒作为一种新型固定化酶载体,在实现胰蛋白酶高密度固定的同时,显著降低了载体材料非特异性吸附导致的样品损失。因此,该固定化酶材料兼具高酶解效率和高回收率的特性。以标准蛋... 采用原子转移自由基聚合法制备了亲水聚合物修饰的硅胶颗粒作为一种新型固定化酶载体,在实现胰蛋白酶高密度固定的同时,显著降低了载体材料非特异性吸附导致的样品损失。因此,该固定化酶材料兼具高酶解效率和高回收率的特性。以标准蛋白质牛血清白蛋白(BSA)为样本,使用该固定化酶1 min即可完成酶解,鉴定到肽段对BSA的氨基酸序列覆盖率可达90%以上。该固定化酶材料成功应用于酵母菌全蛋白质复杂样本的酶解,从3min酶解产物中鉴定到666个蛋白质,超过同样条件下溶液酶解12 h的鉴定结果。 展开更多
关键词 固定化酶 蛋白质组学 原子转移自由基聚合反应
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行波离子迁移质谱技术在蛋白质结构研究中的应用 被引量:5
20
作者 贾伟 赵焱 钱小红 《质谱学报》 EI CAS CSCD 2010年第2期65-71,共7页
离子迁移(ion mobility)是一种在分子离子化后,非溶液环境下的分离技术。与依靠离子质量与电荷比进行分离的质谱技术不同,离子迁移是根据离子形状与电荷比实现分离的。因此,离子迁移技术可以实现对质量相同而形状不同的离子分离,其与质... 离子迁移(ion mobility)是一种在分子离子化后,非溶液环境下的分离技术。与依靠离子质量与电荷比进行分离的质谱技术不同,离子迁移是根据离子形状与电荷比实现分离的。因此,离子迁移技术可以实现对质量相同而形状不同的离子分离,其与质谱技术联用可为研究者提供更加丰富的结构信息。最新发展的行波离子迁移技术大大提高了灵敏度和分离速度,适用于研究天然浓度条件下的蛋白质,其在蛋白质单体折叠与去折叠以及蛋白复合体亚基组装的研究中已崭露头角。 展开更多
关键词 离子迁移 行波离子迁移谱 蛋白折叠 蛋白四级结构
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