褪黑激素对内蒙古绒山羊皮肤中let-7家族及其靶基因的影响 被引量：6

1

作者 王建蒙 付绍印 +5 位作者 丽春 白雪 刘斌 季小阳 刘永斌 张文广 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1367-1379,共13页

旨在探索褪黑激素(melatonin, MT)对let-7家族成员及其靶基因在内蒙古绒山羊皮肤周期性表达的影响。本研究选取内蒙古绒山羊罕山型个体6只,分为埋植组(皮下埋植MT,n=3)和对照组(不埋植MT,n=3),连续12个月采集绒山羊个体皮肤组织为试验材... 旨在探索褪黑激素(melatonin, MT)对let-7家族成员及其靶基因在内蒙古绒山羊皮肤周期性表达的影响。本研究选取内蒙古绒山羊罕山型个体6只,分为埋植组(皮下埋植MT,n=3)和对照组(不埋植MT,n=3),连续12个月采集绒山羊个体皮肤组织为试验材料,利用qRT-PCR技术检测皮肤组织中11个let-7家族成员的表达变化,结合RNA-Seq技术分析let-7家族靶基因的表达变化。结果表明:1)在整个皮肤毛囊周期内,MT上调let-7b、let-7e、let-7a-3p的表达,下调let-7f、let-7g、let-7c、let-7a-5p、let-7d、miR-98的表达。2)在4月份,MT上调"let-7g、let-7i、miR-98"的表达,下调PTGS2、PLCG1等靶基因的表达;下调"let-7a-5p、let-7b、let-7c"的表达,上调TGIF2、RBL1等靶基因的表达。3)在6月份,MT下调"let-7g、let-7i、miR-98"的表达,上调PTGS2、PLCG1、SRC等靶基因的表达;上调"let-7a-5p、let-7b、let-7c"的表达,下调GDF5、TGIF2、RBL1等靶基因的表达。4)let-7家族成员的靶基因主要参与VEGF、TGF-β、Oxytocin和NF-kappa B信号通路,在细胞过程、激素调节和转录因子调控方面发挥重要作用。综上表明,MT可能通过改变let-7家族重要成员的表达水平,影响相应靶基因的表达,进而在皮肤毛囊的周期性生长过程中发挥重要作用,研究结果为进一步揭示MT介导miRNAs影响羊绒生长的分子机理提供了理论依据。 展开更多

关键词 内蒙古绒山羊 皮肤 褪黑激素 let-7家族 靶基因

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绵羊骨骼肌生长发育调控基因研究进展 被引量：6

2

作者 孙燕勇 付绍印 +6 位作者 祁云霞 何小龙 孙德欣 方勤圆 陈欣 刘永斌 张文广 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第5期1429-1438,共10页

骨骼肌发育是一个复杂的过程,其中包括肌细胞的形成与增殖、肌管和肌纤维的形成及最后的成熟过程。骨骼肌生长发育直接影响到绵羊的生产性能。随着测序技术的发展,更多人尝试从基因层面来阐述骨骼肌发育过程中系统的调控网络,挖掘与肉... 骨骼肌发育是一个复杂的过程,其中包括肌细胞的形成与增殖、肌管和肌纤维的形成及最后的成熟过程。骨骼肌生长发育直接影响到绵羊的生产性能。随着测序技术的发展,更多人尝试从基因层面来阐述骨骼肌发育过程中系统的调控网络,挖掘与肉品质、产肉性能等重要功能性状相关的分子标记。肌细胞增强因子2(MEF2)是控制肌肉基因表达的保守且功能显著的转录因子,在调节肌肉生成、神经发育与分化等方面起作用。成肌细胞决定因子(myogenic differentiation,MyoD)基因家族调控肌细胞分化和骨骼肌系统的发育成熟。为了更深入地认识与绵羊骨骼肌生长发育相关的调控基因的功能,作者从骨骼肌的结构特点入手,重点介绍MEF2与MyoD基因家族的结构与功能,以及非编码RNA对骨骼肌中基因表达的调控作用。 展开更多

关键词 绵羊 骨骼肌 MEF2基因 MyoD基因 生长发育

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不同产羔数绵羊性腺轴比较转录组研究 被引量：12

3

作者 付绍印 何小龙 +4 位作者 王标 李虎山 储明星 刘永斌 张文广 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第2期488-496,共9页

试验通过对巴美肉羊性腺轴进行转录组分析,旨在挖掘影响多羔性状的关键功能基因。分别选取双羔组巴美肉羊5只、单羔组4只,利用转录组测序(RNA-Seq)技术对下丘脑、垂体、卵巢转录组文库进行测序,然后对得到的测序数据进行生物信息学分析... 试验通过对巴美肉羊性腺轴进行转录组分析,旨在挖掘影响多羔性状的关键功能基因。分别选取双羔组巴美肉羊5只、单羔组4只,利用转录组测序(RNA-Seq)技术对下丘脑、垂体、卵巢转录组文库进行测序,然后对得到的测序数据进行生物信息学分析。测序数据经过质量控制后,27个样品共得到112Gb的有效数据。差异基因分析表明,与单羔组相比,双羔组下丘脑中,上调表达基因111个,下调表达基因106个;垂体组织中,上调表达基因97个,下调表达基因142个;卵巢组织中,上调表达基因182个,下调表达基因67个。功能富集性分析表明,神经活性的配体-受体相互作用信号通路在下丘脑-垂体-卵巢性腺轴调控排卵及卵泡发育方面发挥着重要的调控作用。通过不同产羔数巴美肉羊性腺轴比较转录组研究,提供了全部的转录本信息,筛选了影响产羔数的相关功能基因,丰富和补充了绵羊基因组信息,为进一步阐明绵羊繁殖力差异的分子机制奠定基础。 展开更多

关键词 巴美肉羊 性腺轴 比较转录组

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生物钟基因在绒山羊皮肤中表达模式的比较 被引量：2

4

作者 贾丽丽 金凤 +7 位作者 付绍印 郑竹清 杜琛 季小阳 王志新 李金泉 刘少卿 张文广 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第2期251-257,共7页

文章旨在研究绒山羊皮肤生物钟基因clock、tim、per1和cry1的表达模式,进而分析其在绒山羊皮肤组织中的作用及相互关系。生物钟基因形成一个转录-翻译反馈环,通过钟基因在绒山羊皮肤生长周期进行高表达,激活per1和cry1基因的转录-转化过... 文章旨在研究绒山羊皮肤生物钟基因clock、tim、per1和cry1的表达模式,进而分析其在绒山羊皮肤组织中的作用及相互关系。生物钟基因形成一个转录-翻译反馈环,通过钟基因在绒山羊皮肤生长周期进行高表达,激活per1和cry1基因的转录-转化过程,从而在mRNA和蛋白水平的调控下进行有节律的表达。结果表明,这些生物钟基因在绒山羊皮肤中的表达量依次为:clock>tim>per1>cry1;皮肤次级毛囊兴盛期,高振幅clock、per1、tim、cry1的节律表达分别出现在一天中的04∶00、08∶00、08∶00、16∶00;皮肤次级毛囊休止期,这些基因的高振幅节律表达分别出现在一天中的08∶00、04∶00、04∶00、16∶00。另外,cry1、per1基因的表达在生物钟基因正反馈循环中被激活,tim基因的表达在生物钟基因的负反馈循环中被激活。因此,clock、tim、per1和cry1调控下运行的钟基因反馈环是绒毛生长呈周期性现象的基础。 展开更多

关键词 山羊 CLOCK TIM CRY1 PER1 皮肤 表达模式

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山羊肌内脂肪细胞lncRNA鉴别及特征分析 被引量：16

5

作者 郑竹清 杜琛 +2 位作者 付绍印 阿娜 张文广 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1924-1931,共8页

为了探讨长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)在山羊肌内脂肪细胞分化中的作用。本研究以山羊肌内脂肪细胞成熟前后转录组数据,结合CPC(Coding potential calculator)与CPAT(Coding-potential assessment tool)来预测lncRNA,并... 为了探讨长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)在山羊肌内脂肪细胞分化中的作用。本研究以山羊肌内脂肪细胞成熟前后转录组数据,结合CPC(Coding potential calculator)与CPAT(Coding-potential assessment tool)来预测lncRNA,并对其序列、结构与功能进行了分析。结果表明,通过预测得到1 472个山羊肌内脂肪细胞中表达的lncRNA,其中29个lncRNA在成熟前后具有显著差异。分析发现,山羊lncRNA转录本与开放阅读框(ORF)长度都短于mRNA,保守性低,其近端mRNA在机体免疫系统、脂质及脂质蛋白代谢、脂肪酸与甘油三脂等方面发挥着重要作用。通过生物信息学方法得到山羊肌内脂肪细胞增殖分化过程中差异表达的lncRNA主要在细胞分泌、生长调节和细胞形态变化等方面发挥着重要作用。这对于深入研究山羊lncRNA的生物学功能及其脂肪细胞分化机制具有重要意义。 展开更多

关键词 lncRNA 山羊 转录组 肌内脂肪细胞

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褪黑激素对绒山羊皮肤中毛囊周期相关miRNAs表达模式的影响 被引量：10

6

作者 付绍印 赵宏丽 +2 位作者 郑竹清 李金泉 张文广 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1235-1242,共8页

褪黑激素（Melatonin, MT）和miRNAs在毛囊的生长发育过程中发挥重要的作用，但MT对绒山羊皮肤毛囊miRNAs表达模式的影响尚未见报道。为探索MT从miRNAs层次影响山羊绒生长的机制，文章在内蒙古绒山羊中实施了褪黑激素埋植试验：5只青年... 褪黑激素（Melatonin, MT）和miRNAs在毛囊的生长发育过程中发挥重要的作用，但MT对绒山羊皮肤毛囊miRNAs表达模式的影响尚未见报道。为探索MT从miRNAs层次影响山羊绒生长的机制，文章在内蒙古绒山羊中实施了褪黑激素埋植试验：5只青年母羊作为实验组埋植褪黑激素，另外5只青年母羊作为对照。利用荧光定量 PCR 检测褪黑激素埋植前后毛囊周期相关 miRNAs 的表达变化。结果表明，埋植 MT 明显改变了6个绒毛相关 miRNAs的表达规律：在一个绒毛周期内，除 let-7a外，miR-203、miR-205、miR-96、miR-183和miR-199a的表达量均发生3次跃迁；埋植MT改变了miRNAs之间的共表达模式。对照组各miRNA之间相关系数范围为0.87-0.99（P〈0.01）。与对照组相比，埋植组中 let-7a 与 miR-96、miR-199a、miR-205，miR-203与miR-96、miR-199a，miR-96与miR-183，miR-183与miR-199a之间的相关系数被明显消弱；MT通过下调6月份埋植组各miRNA的表达量提早诱发二次生绒。 展开更多

关键词 褪黑激素 MIRNAS 绒山羊 绒毛周期

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基于RNA-Seq技术挖掘绵羊背最长肌肉质性状相关基因 被引量：10

7

作者 王位 付绍印 +6 位作者 何小龙 王艳欣 王月星 王标 刘斌 刘永斌 张文广 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2018年第1期122-130,共9页

试验通过对小尾寒羊与巴美肉羊背最长肌进行转录组分析,旨在挖掘影响两种绵羊肉质性状的关键基因。分别选取小尾寒羊和巴美肉羊各3只,利用转录组高通量测序(RNA-Seq)技术对其背最长肌转录组文库进行测序,利用生物信息学对测序结果进行分... 试验通过对小尾寒羊与巴美肉羊背最长肌进行转录组分析,旨在挖掘影响两种绵羊肉质性状的关键基因。分别选取小尾寒羊和巴美肉羊各3只,利用转录组高通量测序(RNA-Seq)技术对其背最长肌转录组文库进行测序,利用生物信息学对测序结果进行分析,筛选影响两者肉质相关的候选基因。结果发现,6个样品测序数据经质量控制后共得到120Gb的有效数据,共筛选出333个差异基因,其中上调基因有82个,下调基因有251个。GO功能富集与KEGG Pathway显著性富集分析结果共筛选了6个与肉质性状相关的候选基因:PDK4、MYF6、PPARGC1A、SLCO4A1、FABP4、LEP。试验通过对比小尾寒羊与巴美肉羊背最长肌转录组数据,筛选影响肉质性状的候选基因,丰富了绵羊基因组信息,为进一步阐述不同品种绵羊肉质性状分子机理奠定了基础。 展开更多

关键词 RNA-SEQ 肉质性状 转录组 小尾寒羊 巴美肉羊 背最长肌

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利用种子序列检测山羊皮肤中microRNA靶基因分子方法的建立 被引量：4

8

作者 付绍印 赵德超 +2 位作者 赵宏丽 李金泉 张文广 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期919-926,共8页

文章旨在建立一种种子序列介导的可控遗传操作—microRNA靶基因指纹图谱(MicroRNA targets fingerprint,MTFP),用于在基因表达检测中筛选与特定microRNA相关的靶基因。在设定上游种子序列的互补序列和下游锚定序列的基础上添加特殊接头... 文章旨在建立一种种子序列介导的可控遗传操作—microRNA靶基因指纹图谱(MicroRNA targets fingerprint,MTFP),用于在基因表达检测中筛选与特定microRNA相关的靶基因。在设定上游种子序列的互补序列和下游锚定序列的基础上添加特殊接头,通过反转录和特殊二步PCR将microRNA的靶基因扩增;扩增后的microRNA靶基因在聚丙烯酰胺凝胶电泳中检测其片段大小和表达丰度,用于筛选在不同生理状态或试验条件下特异表达的基因;特定的靶基因序列通过DNA回收和测序方法得到。以miR-203为例,在不同生理状态的山羊皮肤样品中获得了5条大小分别为718 bp(JN709494)、349 bp(JN709495)、243 bp(JN709496)、156 bp(JN709497)和97 bp(JN709498)的靶基因序列。MTFP经济适用、可操作性强,可用于探索microRNA调节的靶基因,或用来评估靶基因的表达谱特征。 展开更多

关键词 MICRORNA 表达丰度 靶基因指纹图谱 山羊 皮肤

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绒山羊计算机辅助育种系统的设计与实现 被引量：9

9

作者 张文广 李金泉 +2 位作者 张永斌 王瑞军 柴局 《中国畜牧兽医》 CAS 2008年第6期152-156,共5页

本研究针对我国现代绒山羊业发展和种羊场育种管理的需要,以提高种羊选种准确性、自动生成LAMS选配方案、改进育种生产效率和种羊质量为目标,运用家畜育种学原理和现代计算机应用技术,以MS Office、DBMS、SAS、MTD-FREML、ZPLAN等软件... 本研究针对我国现代绒山羊业发展和种羊场育种管理的需要,以提高种羊选种准确性、自动生成LAMS选配方案、改进育种生产效率和种羊质量为目标,运用家畜育种学原理和现代计算机应用技术,以MS Office、DBMS、SAS、MTD-FREML、ZPLAN等软件包为工具,构建了运行于Windows 2000/XP平台上的计算辅助选配服务系统——CAMS。该系统能完成不同规模种羊选种、选配的育种要求及生产经营任务。CAMS在内蒙古白绒山羊种羊场实际应用中体现出了技术先进、易于操作等特点,对实现种羊场育种工作和生产管理的自动化,提高育种生产效率,具有极大的促进作用。 展开更多

关键词 绒山羊 育种 计算机 LAMS

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奶山羊PIS遗传缺陷基因的检测及应用 被引量：2

10

作者 杨波 贾丽丽 +5 位作者 赵德超 孟丽云 刘雪锋 张燕军 张文广 李金泉 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期895-900,共6页

文章旨在建立一种奶山羊无角间性综合征(Polled intersex syndrome,PIS)遗传缺陷基因检测方法。根据PIS基因序列(AF404302)分别设计PIS、PIS+、NEI 3对扩增引物,利用PCR技术鉴定奶山羊PIS遗传缺陷基因型。基因型为PIS PIS+与PIS PIS+的... 文章旨在建立一种奶山羊无角间性综合征(Polled intersex syndrome,PIS)遗传缺陷基因检测方法。根据PIS基因序列(AF404302)分别设计PIS、PIS+、NEI 3对扩增引物,利用PCR技术鉴定奶山羊PIS遗传缺陷基因型。基因型为PIS PIS+与PIS PIS+的表型正常个体分别扩增出(141,300 bp)和(141,449,300 bp)的片段组合,隐性纯合间性山羊(PIS+PIS+)扩增出(449,300 bp)的片段组合。利用该方法检测一个224个体的奶山羊群体,结果显示:PIS PIS、PIS PIS+和PIS+PIS+个体分别为70、150和4个。该群体中PIS PIS+基因型频率高达66.9%,PIS+基因频率为35.3%,其子代群体出现间性山羊的可能性将超过12%。文章所开发的奶山羊PIS遗传缺陷基因检测方法可直接准确判别种公羊的基因型,从而避免缺陷基因携带者种公羊的使用。该方法易操作且准确性高,对奶山羊的标记辅助选择及奶山羊产业的健康发展具有重要意义。 展开更多

关键词 无角间性综合征(PIS) 分子遗传检测 基因分型 性别鉴定

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绒山羊次级毛囊基因表达滞后性的转录组分析 被引量：3

11

作者 季小阳 刘斌 +5 位作者 白雪 王宏 付绍印 苍真伟 吴江鸿 张文广 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第7期1694-1701,共8页

毛囊是具有高度的自我更新能力、独特的可再生器官,其周期性变化是一个动态过程,为了研究毛囊差异基因表达变化情况,文章以内蒙古绒山羊生长期毛囊为研究对象,利用Illumina高通量测序技术方法,检测6~10月皮肤毛囊差异基因表达变化情况,... 毛囊是具有高度的自我更新能力、独特的可再生器官,其周期性变化是一个动态过程,为了研究毛囊差异基因表达变化情况,文章以内蒙古绒山羊生长期毛囊为研究对象,利用Illumina高通量测序技术方法,检测6~10月皮肤毛囊差异基因表达变化情况,寻找对绒毛生长及质量具有调控作用的特异表达基因。试验发现,多数差异基因分别在初级毛囊（PF）的7、8月份和次级毛囊的（SF）8、9月份表达;在绒毛生长期的相邻月份中,发现FAM83C、LOC102185501、FYCO1、CTTNBP2 NL、C6orf132、KRTAP29-1和CRYBG3 7个共同差异表达基因呈现相同的表达趋势,且在次级毛囊上的表达变化均比初级毛囊滞后1个月。综上所述,次级毛囊在基因表达调控中存在一定的滞后性,这将为绒毛周期生长发育和分子育种提供重要的理论基础。 展开更多

关键词 绒山羊 毛囊 滞后性 转录组

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