检索结果-维普期刊中文期刊服务平台

基于机器学习方法对人类基因组DNA双链断裂位点进行识别: 1; 作者董碧宇刘国庆《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1153-1167,共15页; DNA双链断裂(double-strand break,DSB)是细胞中一种严重的DNA损伤形式,与包括癌症、重组异常、神经元发育异常在内的多种基因组不稳定性疾病密切相关。由于成本和技术门槛的限制,高通量测序技术绘制的高分辨率DSB图谱十分有限,这阻碍... 展开更多; 关键词双链断裂分类预测化学位移 DNA物理性质自相关; 在线阅读下载PDF 职称材料

低品质煤炭原料对提取矿源黄腐酸的影响: 2; 作者夏丽丽马力通李珺《化学与生物工程》北大核心 2025年第1期23-28,共6页; 采用碱溶酸析法从不同低品质煤炭原料(藓类泥炭、草本泥炭、木本泥炭、褐煤、烟煤、风化煤)中提取矿源黄腐酸,采用容量法测定了其纯度,并通过紫外可见吸收光谱(UV-Vis)、傅立叶变换红外光谱(FTIR)、荧光光谱、核磁共振氢谱(^(1)HNMR)、X... 展开更多; 关键词低品质煤炭矿源黄腐酸碱溶酸析法; 在线阅读下载PDF 职称材料

拟南芥不同组织基因表达及可变剪接差异分析被引量：2: 3; 作者邢永强何泽学 +1 位作者刘国庆蔡禄《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1118-1129,共12页; 可变剪接是转录后重要的基因表达调控方式,也是转录组和蛋白质组多样性的重要来源.近年来随着拟南芥、水稻、玉米等植物转录组测序的完成,研究人员发现植物pre-m RNA可变剪接的发生与组织分化、发育等生物学过程密切相关.本工作基于GEO... 展开更多; 关键词拟南芥差异表达基因差异可变剪接组织特异性; 在线阅读下载PDF 职称材料

盐离子作用下组蛋白变体H2A.Z增强核小体结构的稳定性: 4; 作者邵学勤郭明欣 +1 位作者蔡禄赵宏宇《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期372-380,共9页; 真核生物染色质的基本结构组成单元是核小体,基因组DNA被压缩在染色质中,核小体的存在通常会抑制转录、复制、修复和重组等发生在DNA模板上的生物学过程。组蛋白变体H2A.Z可以调控染色质结构进而影响基因的转录过程,但其详细的调控机制... 展开更多; 关键词 Forster共振能量转移荧光热漂移核小体解聚组蛋白变体H2A.Z 核小体结构; 在线阅读下载PDF 职称材料

miR-18a对于成肌细胞胶原蛋白表达的影响: 5; 作者刘戈辉杨玉凤 +2 位作者刘佳夷姜志艳刘春城《科学技术与工程》北大核心 2023年第6期2339-2346,共8页; 细胞外基质是骨骼肌微环境的重要组成,基质中胶原蛋白的过量表达,会导致骨骼肌纤维化,因此研究miR-18a对于成肌细胞胶原蛋白表达的影响具有重要意义。利用实时荧光定量PCR、细胞划痕、组织切片苏木精-伊红染色法(hematoxylin-eosin stai... 展开更多; 关键词细胞外基质 miR-18a 肌肉损伤修复迁移转分化; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于机器学习方法对人类基因组DNA双链断裂位点进行识别: 1; 作者董碧宇刘国庆; 机构内蒙古科技大学生命科学与技术学院生物信息学系内蒙古自治区功能基因组生物信息学重点实验室; 出处《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1153-1167,共15页; 基金国家自然科学基金项目(No.31660322,62161043) 内蒙古科技大学基本科研业务费专项资金支持。; 文摘 DNA双链断裂(double-strand break,DSB)是细胞中一种严重的DNA损伤形式,与包括癌症、重组异常、神经元发育异常在内的多种基因组不稳定性疾病密切相关。由于成本和技术门槛的限制,高通量测序技术绘制的高分辨率DSB图谱十分有限,这阻碍了我们对不同物种基因组中DSB情况的认知。据此,我们建立了以随机森林(RF)、支持向量机(SVM)和逻辑回归(LR)三种分类器为基础算法的分类预测模型,对人类上皮细胞基因组DSB位点进行预测。除了之前预测研究中常用到的表观特征和DNA形状特征外,我们发现DNA序列特征(k-mer频数、GC含量、GC-偏移和互信息)也能表征DSB位点。同时,在考虑DNA物理性质、化学位移和自相关信息后,预测结果得到有效提高。将上述所有特征合并后进行预测,得到了较好的分类预测结果,其中逻辑回归(LR)的分类预测性能是最佳(AUC=0.97),与以往的预测结果相当(AUC=0.964)。另外,通过特征递增搜索方法,得到由294个特征组成的最优特征集,对应的AUC值达到0.974。; 关键词双链断裂分类预测化学位移 DNA物理性质自相关; Keywords double-strand break(DSB) classification prediction chemical shift DNA physical prop-erties autocorrelation; 分类号 Q61 [生物学—生物物理学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名低品质煤炭原料对提取矿源黄腐酸的影响: 2; 作者夏丽丽马力通李珺; 机构内蒙古科技大学生命科学与技术学院内蒙古自治区功能基因组生物信息学重点实验室生物煤化工综合利用内蒙古自治区工程研究中心内蒙古科技大学化学与化工学院; 出处《化学与生物工程》北大核心 2025年第1期23-28,共6页; 基金国家自然科学基金项目(21766025) 内蒙古自治区科技计划项目(2020GG0158) 内蒙古科技大学基本科研业务费专项资金资助项目(2022年度)。; 文摘采用碱溶酸析法从不同低品质煤炭原料(藓类泥炭、草本泥炭、木本泥炭、褐煤、烟煤、风化煤)中提取矿源黄腐酸,采用容量法测定了其纯度,并通过紫外可见吸收光谱(UV-Vis)、傅立叶变换红外光谱(FTIR)、荧光光谱、核磁共振氢谱(^(1)HNMR)、X-射线衍射(XRD)对其结构进行了表征。结果表明,低品质煤炭原料对矿源黄腐酸的产率和纯度有显著影响,其中藓类泥炭矿源黄腐酸的产率和纯度均最高,分别可达10.56%和27.78%;从不同低品质煤炭原料中提取的矿源黄腐酸的化学结构相似,但分子量大小存在差异,其中木本泥炭矿源黄腐酸的分子量最大,风化煤矿源黄腐酸的分子量最小;泥炭(藓类泥炭、草本泥炭、木本泥炭)矿源黄腐酸的官能团种类较多,其中藓类泥炭矿源黄腐酸的羟基、酮基、醛基、羧基等官能团种类最多,且官能团含量最高,烟煤矿源黄腐酸的官能团种类和含量均最少;藓类泥炭、木本泥炭矿源黄腐酸含有更多的脂肪碳,草本泥炭、风化煤矿源黄腐酸含有更多的芳香碳。表明低品质煤炭资源中,藓类泥炭更适合作为提取矿源黄腐酸的原料。; 关键词低品质煤炭矿源黄腐酸碱溶酸析法; Keywords low-quality coal mineral fulvic acid alkali-extraction and acid-precipitation method; 分类号 TQ536.1 [化学工程—煤化学工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名拟南芥不同组织基因表达及可变剪接差异分析被引量：2: 3; 作者邢永强何泽学刘国庆蔡禄; 机构内蒙古科技大学生命科学与技术学院内蒙古自治区功能基因组生物信息学重点实验室; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1118-1129,共12页; 基金国家自然科学基金（61662055,61671256,31660322）内蒙古自然科学基金（2018MS03024）内蒙古自治区高等学校青年科技英才支持计划资助项目~~; 文摘可变剪接是转录后重要的基因表达调控方式,也是转录组和蛋白质组多样性的重要来源.近年来随着拟南芥、水稻、玉米等植物转录组测序的完成,研究人员发现植物pre-m RNA可变剪接的发生与组织分化、发育等生物学过程密切相关.本工作基于GEO数据库的RNA-seq数据,使用高通量测序数据分析常用的Trimmomatic、Salmon、DESeq2、SUPPA2等工具,识别了拟南芥的种子、根、叶、花、花梗、节间、长角果共7种组织的表达基因和可变剪接事件,以及7种组织间的差异表达基因和差异可变剪接事件,并以叶和花为例展示了相应的生物学功能分析.该工作系统地研究了拟南芥基因表达和可变剪接发生的组织特异性,有助于进一步阐明植物基因组的基因表达调控机制.; 关键词拟南芥差异表达基因差异可变剪接组织特异性; Keywords Arabidopsis thaliana differentially expressed gene differential alternative splicing tissue specificity; 分类号 Q6 [生物学—生物物理学] Q94 [生物学—植物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名盐离子作用下组蛋白变体H2A.Z增强核小体结构的稳定性: 4; 作者邵学勤郭明欣蔡禄赵宏宇; 机构内蒙古科技大学内蒙古科技大学; 出处《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期372-380,共9页; 基金国家自然科学基金项目(No.31760247,62071259) 内蒙古自然科学基金项目(No.2021MS03007)资助。; 文摘真核生物染色质的基本结构组成单元是核小体,基因组DNA被压缩在染色质中,核小体的存在通常会抑制转录、复制、修复和重组等发生在DNA模板上的生物学过程。组蛋白变体H2A.Z可以调控染色质结构进而影响基因的转录过程,但其详细的调控机制仍未研究清楚。为了比较含有组蛋白变体H2A.Z的核小体和常规核小体在盐离子作用下的稳定性差异,本文采用F rster共振能量转移的方法检测氯化钠、氯化钾、氯化锰、氯化钙、氯化镁等离子对核小体的解聚影响。实验对Widom 601 DNA序列进行双荧光Cy3和Cy5标记,通过荧光信号值的变化来反映核小体的解聚变化。F rster共振能量转移检测结果显示:在氯化钠、氯化钾、氯化锰、氯化钙和氯化镁作用下,含有组蛋白变体H2A.Z的核小体解聚速度相比于常规核小体要慢,且氯化钙、氯化锰和氯化镁的影响更明显。电泳分析结果表明,在75℃条件下含有组蛋白变体H2A.Z的核小体的解聚速率明显低于常规核小体。采用荧光热漂移检测(fluorescence thermal shift analysis,FTS)进一步分析含有组蛋白变体H2A.Z核小体的稳定性,发现两类核小体的荧光信号均呈现2个明显的增长期,含有组蛋白变体H2A.Z核小体的第1个荧光信号增速期所对应的温度明显高于常规核小体,表明核小体中H2A.Z/H2B二聚体的解聚变性温度要高于常规的H2A/H2B二聚体,含有组蛋白变体H2A.Z核小体的热稳定性高。研究结果均表明,含有组蛋白变体H2A.Z的核小体的结构比常规核小体的结构稳定。; 关键词 Forster共振能量转移荧光热漂移核小体解聚组蛋白变体H2A.Z 核小体结构; Keywords F rster resonance energy transfer(FRET) fluorescence thermal shift analysis(FTS) nucleosome disassembly histone variant H2A.Z nucleosome structure; 分类号 Q533 [生物学—生物化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名miR-18a对于成肌细胞胶原蛋白表达的影响: 5; 作者刘戈辉杨玉凤刘佳夷姜志艳刘春城; 机构内蒙古科技大学生命科学与技术学院内蒙古自治区功能基因组生物信息学重点实验室; 出处《科学技术与工程》北大核心 2023年第6期2339-2346,共8页; 基金国家自然科学基金(61671256,62071259) 内蒙古自治区高等学校科学研究项目(NJZY20096) 内蒙古自治区自然科学项目(2019MS08175,2021MS03007)。; 文摘细胞外基质是骨骼肌微环境的重要组成,基质中胶原蛋白的过量表达,会导致骨骼肌纤维化,因此研究miR-18a对于成肌细胞胶原蛋白表达的影响具有重要意义。利用实时荧光定量PCR、细胞划痕、组织切片苏木精-伊红染色法(hematoxylin-eosin staining, HE)染色等方法检测了肌肉损伤修复模型中miR-18a及胶原蛋白基因的表达变化以及在成肌细胞C2C12中过表达miR-18a模拟物后对胶原蛋白基因表达、细胞迁移和成肌细胞转分化的影响。结果表明,miR-18a及胶原蛋白的表达量会响应骨骼肌的损伤修复过程。在成肌细胞中,miR-18a的过表达会抑制胶原蛋白相关基因的表达。但miR-18a的过表达并不影响成肌细胞的迁移和向骨的转分化。因此miR-18a对于细胞外基质相关基因的研究,可以为骨骼肌损伤修复的治疗提供理论依据。; 关键词细胞外基质 miR-18a 肌肉损伤修复迁移转分化; Keywords ECM(extracellular matrix) miR-18a muscle injury repair migration transdifferentiation; 分类号 Q291 [生物学—细胞生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	基于机器学习方法对人类基因组DNA双链断裂位点进行识别	董碧宇刘国庆	《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心	2023	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	低品质煤炭原料对提取矿源黄腐酸的影响	夏丽丽马力通李珺	《化学与生物工程》北大核心	2025	0	在线阅读下载PDF 职称材料
3	拟南芥不同组织基因表达及可变剪接差异分析	邢永强何泽学刘国庆蔡禄	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2019	2	在线阅读下载PDF 职称材料
4	盐离子作用下组蛋白变体H2A.Z增强核小体结构的稳定性	邵学勤郭明欣蔡禄赵宏宇	《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心	2022	0	在线阅读下载PDF 职称材料
5	miR-18a对于成肌细胞胶原蛋白表达的影响	刘戈辉杨玉凤刘佳夷姜志艳刘春城	《科学技术与工程》北大核心	2023	0	在线阅读下载PDF 职称材料