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结构域相互作用数据库的产生、发展与应用
被引量：
3
1
作者
欧阳玉梅
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009年第3期280-287,共8页
结构域是进化上的保守序列单元,是蛋白质的结构和功能的标准组件.典型的两个蛋白质间的相互作用涉及特殊结构域间的结合,而且识别相互作用结构域对于在结构域水平上彻底理解蛋白质的功能与进化、构建蛋白质相互作用网络、分析生物学通...
结构域是进化上的保守序列单元,是蛋白质的结构和功能的标准组件.典型的两个蛋白质间的相互作用涉及特殊结构域间的结合,而且识别相互作用结构域对于在结构域水平上彻底理解蛋白质的功能与进化、构建蛋白质相互作用网络、分析生物学通路等十分重要.目前,依赖于对实验数据的进一步挖掘和对各种不同输入数据的计算预测,已识别出了一些相互作用/功能连锁结构域对,并由此构建了内容丰富、日益更新的结构域相互作用数据库.综述了产生结构域相互作用的8种计算预测方法.介绍了5个结构域相互作用公共数据库3DID、iPfam、InterDom、DIMA和DOMINE的有关信息和最新动态.实例概述了结构域相互作用在蛋白质相互作用计算预测、可信度评估,蛋白质结构域注释,以及在生物学通路分析中的应用.
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关键词
蛋白质相互作用(PPI)
蛋白质结构域
结构域相互作用(DDI)
数据库
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职称材料
酵母蛋白质相互作用与基因表达谱和亚细胞定位的相关性
被引量：
1
2
作者
欧阳玉梅
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第10期950-956,共7页
研究酵母(yeast)蛋白质相互作用与基因表达谱和蛋白质亚细胞定位的关系.首先,构建了蛋白质相互作用正样本集、负样本集、随机组对负样本集和混合样本集.然后,对于4个数据集中的所有蛋白质对,通过比较它们的基于距离的基因共表达的分布...
研究酵母(yeast)蛋白质相互作用与基因表达谱和蛋白质亚细胞定位的关系.首先,构建了蛋白质相互作用正样本集、负样本集、随机组对负样本集和混合样本集.然后,对于4个数据集中的所有蛋白质对,通过比较它们的基于距离的基因共表达的分布以及它们中具有已知亚细胞定位的蛋白质对的共定位出现率,实现了这些高通量数据的交叉量化分析.结果揭示,与非相互作用蛋白质对相比,相互作用蛋白质对的基因表达谱具有较高的相似性;相互作用蛋白质对更倾向于具有相同的亚细胞定位.结果还揭示出这些蛋白质特征相关的总体趋势.
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关键词
蛋白质相互作用
基因表达谱
亚细胞定位
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职称材料
题名
结构域相互作用数据库的产生、发展与应用
被引量：
3
1
作者
欧阳玉梅
机构
伊犁师范学院奎屯校区文理系计算机教研室
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009年第3期280-287,共8页
文摘
结构域是进化上的保守序列单元,是蛋白质的结构和功能的标准组件.典型的两个蛋白质间的相互作用涉及特殊结构域间的结合,而且识别相互作用结构域对于在结构域水平上彻底理解蛋白质的功能与进化、构建蛋白质相互作用网络、分析生物学通路等十分重要.目前,依赖于对实验数据的进一步挖掘和对各种不同输入数据的计算预测,已识别出了一些相互作用/功能连锁结构域对,并由此构建了内容丰富、日益更新的结构域相互作用数据库.综述了产生结构域相互作用的8种计算预测方法.介绍了5个结构域相互作用公共数据库3DID、iPfam、InterDom、DIMA和DOMINE的有关信息和最新动态.实例概述了结构域相互作用在蛋白质相互作用计算预测、可信度评估,蛋白质结构域注释,以及在生物学通路分析中的应用.
关键词
蛋白质相互作用(PPI)
蛋白质结构域
结构域相互作用(DDI)
数据库
Keywords
protein-protein interactions （PPI）, protein domain, domain-domain interactions （ DDI）,database
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
Q503 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
酵母蛋白质相互作用与基因表达谱和亚细胞定位的相关性
被引量：
1
2
作者
欧阳玉梅
机构
伊犁师范学院奎屯校区文理系计算机教研室
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第10期950-956,共7页
文摘
研究酵母(yeast)蛋白质相互作用与基因表达谱和蛋白质亚细胞定位的关系.首先,构建了蛋白质相互作用正样本集、负样本集、随机组对负样本集和混合样本集.然后,对于4个数据集中的所有蛋白质对,通过比较它们的基于距离的基因共表达的分布以及它们中具有已知亚细胞定位的蛋白质对的共定位出现率,实现了这些高通量数据的交叉量化分析.结果揭示,与非相互作用蛋白质对相比,相互作用蛋白质对的基因表达谱具有较高的相似性;相互作用蛋白质对更倾向于具有相同的亚细胞定位.结果还揭示出这些蛋白质特征相关的总体趋势.
关键词
蛋白质相互作用
基因表达谱
亚细胞定位
Keywords
protein interactions
gene expression profiles
subcellular location
分类号
Q591.2 [生物学—生物化学]
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职称材料
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1
结构域相互作用数据库的产生、发展与应用
欧阳玉梅
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009
3
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职称材料
2
酵母蛋白质相互作用与基因表达谱和亚细胞定位的相关性
欧阳玉梅
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008
1
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职称材料
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