酵母基因中转录正调控内含子序列特征的统计分析 被引量：11

1

作者 张静 石秀凡 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第2期231-238,共8页

大量实验研究显示 ,真核基因的许多内含子具有调控转录的功能 ,但是对此问题尚缺乏全面的研究 .观察一些酵母基因的转录频率与基因的内含子序列后 ,发现一个值得注意的现象 :转录频率高的基因内含子序列一般都比较长 ,而转录频率低的基... 大量实验研究显示 ,真核基因的许多内含子具有调控转录的功能 ,但是对此问题尚缺乏全面的研究 .观察一些酵母基因的转录频率与基因的内含子序列后 ,发现一个值得注意的现象 :转录频率高的基因内含子序列一般都比较长 ,而转录频率低的基因内含子一般都比较短 .这提示高效转录基因的较长内含子中可能含有某些增强基因转录的特征性结构 .于是选取两组酵母基因的内含子进行详细研究 ,第一组的基因具有较高的转录频率 (>30 ) ,第二组的基因转录频率较低 (≤ 10 ) .对寡核苷酸 (主要是四核苷酸、五核苷酸 )的出现频率进行统计比较分析 ,探测到一批寡核苷酸 ,它们在第一组内含子中出现的频率显著高于在第二组内含子中出现的频率 ,同时也显著高于与第一组内含子相邻的外显子中的出现频率 .其中一些寡核苷酸与实验研究得到的转录调控元件相同 .从这批寡核苷酸在内含子和外显子序列中的分布看 。 展开更多

关键词 酵母基因 转录 正调控 内含子 序列特征 基因转录频率 寡核苷酸出现频率

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酵母基因内含子中二聚体寡核苷酸转录调控位点的统计分析 被引量：4

2

作者 胡俊 张静 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第5期449-454,共6页

对高效和低效转录酵母基因内含子序列中寡核苷酸的出现频率进行对照分析 ,结果显示高效和低效内含子序列的结构有差异 ,而且高效转录内含子序列含有较多潜在的转录因子结合位点 .观察实验获得的转录调控位点 ,发现许多调控位点不是相邻... 对高效和低效转录酵母基因内含子序列中寡核苷酸的出现频率进行对照分析 ,结果显示高效和低效内含子序列的结构有差异 ,而且高效转录内含子序列含有较多潜在的转录因子结合位点 .观察实验获得的转录调控位点 ,发现许多调控位点不是相邻接的寡核苷酸 ,而是由一对保守寡核苷酸构成 ,这对寡核苷酸被一段长度固定的非保守区域间隔开 .于是对此形式的二聚体寡核苷酸 (dyad)在高效和低效内含子序列中出现的频率进行统计比较分析 ,抽提出在高效内含子组出现的频率显著高于在低效内含子组出现频率的二聚体寡核苷酸 ,分析这些二聚体寡核苷酸在两组内含子序列中的分布特征 ,并对照实验结果 。 展开更多

关键词 酵母 内含子 二聚体寡核苷酸 频率分析 转录调控位点

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空间数据KRIGING估计的小波方法及应用 被引量：1

3

作者 陈励 王学仁 《应用概率统计》 CSCD 北大核心 2002年第1期8-12,共5页

本文利用小波方法处理空间数据模型．通过小波对模型的分解，进而利用ＭＥＹＥＲ小被作最佳空间线性预测ＫＲＩＧＩＮＧ估计，并用二维小波就全球卫星臭氧数据作了拟合，证实了其实用性．

关键词 KRIGING估计 非线性小波预测 空间数据模型 臭氧数据 应用

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酵母内含子在基因序列中的分布对基因转录效率的影响 被引量：10

4

作者 张静 石秀凡 杨恒芬 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第6期945-949,共5页

对酵母中高效转录和低效转录基因内含子序列寡核苷酸使用情况的对照分析 ,显示两类内含子的序列结构有差异 ,并且高效转录基因内含子序列含有较多潜在的转录因子结合位点 ,由此推测内含子可能参与基因转录的调控 .这个结论有待更多的数... 对酵母中高效转录和低效转录基因内含子序列寡核苷酸使用情况的对照分析 ,显示两类内含子的序列结构有差异 ,并且高效转录基因内含子序列含有较多潜在的转录因子结合位点 ,由此推测内含子可能参与基因转录的调控 .这个结论有待更多的数据证实 .对内含子和外显子在两组基因序列中的分布 (长度、位置等 )进行详细比较分析后显示 ,高效转录基因内含子和低效转录基因内含子的长度有比较明显的界限 .两组基因中外显子长度的均值虽然有些差异 ,却没有明显的界限 .基因序列长度与外显子长度的情况相似 .虽然内含子的相对位置在两类基因中都很靠近 5′端 ,但是从实际位置看 ,高效转录基因中比较多的内含子很靠近基因的 5′端 ,有些则位于 5′ UTR区域 .这些结果提示 ,基因的转录效率与内含子的长度有关 ,与外显子及基因序列的长度无关 ,内含子的位置也可能影响转录效率 ,内含子对基因转录的调控可能与基因上游的转录调控有关联 。 展开更多

关键词 酵母 基因转录频率 内含子长度 内含子位置 基因序列 基因转录

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酵母基因上游与内含子可能存在的转录协同作用 被引量：11

5

作者 张昆林 张静 罗静初 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第1期46-52,共7页

前期研究表明,酵母高转录基因内含子与低转录基因内含子的序列结构有较大差异,高转录基因内含子中存在一些潜在的正调控位点,而且这些内含子非常靠近基因上游区,有的内含子甚至位于5'-UTR区. 这些结果提示,高转录基因内含子可能参... 前期研究表明,酵母高转录基因内含子与低转录基因内含子的序列结构有较大差异,高转录基因内含子中存在一些潜在的正调控位点,而且这些内含子非常靠近基因上游区,有的内含子甚至位于5'-UTR区. 这些结果提示,高转录基因内含子可能参与转录调控,并可能与上游转录调控有协同作用. 为探索内含子与上游区的协同作用,将基因上游序列(翻译起始点上游800 bp或两个相邻基因之间部分)取出,仍使用寡核苷酸频率比较方法,抽提出高转录基因上游区可能的转录正调控元件,这些元件与实验所得结果吻合得较好. 然后定义“寡核苷酸对”,其中一个位于上游区,另一个位于内含子,对“最近距离”在一定范围内(84 bp)的寡核苷酸对进行分析,抽提出匹配基因数显著高于随机匹配数的寡核苷酸对(主要是四核苷酸对和五核苷酸对),分析这些寡核苷酸对的相互作用模式(位置分布及可能的作用因子,如RAP1,ABF1和TAF等),获得了酵母基因上游与内含子之间可能存在的一些转录协同作用模式. 这些结果有助于对基因转录调控机制的认识. 展开更多

关键词 基因上游 内含子 寡核苷酸对 协同作用 酵母基因

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不具有3-碱基周期性的编码序列初探 被引量：7

6

作者 张静 石秀凡 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第2期267-272,共6页

对 12 0个较短编码序列 (<12 0 0bp)的Fourier频谱进行分析表明 ,3 碱基周期性在短编码序列中并不是绝对存在的 .统计分析提示 ,编码序列有无 3 碱基周期性与序列的碱基组成和分布、所编码蛋白质氨基酸的选用和顺序以及同义密码子的... 对 12 0个较短编码序列 (<12 0 0bp)的Fourier频谱进行分析表明 ,3 碱基周期性在短编码序列中并不是绝对存在的 .统计分析提示 ,编码序列有无 3 碱基周期性与序列的碱基组成和分布、所编码蛋白质氨基酸的选用和顺序以及同义密码子的使用都有一定的关系 .一般地 ,非周期 3序列中A +U含量高于G +C含量 ,周期 3序列的情况则相反 ;非周期 3序列中碱基在密码子三个位点上的分布比周期 3序列中的分布均匀 ;非周期 3序列密码子和氨基酸的使用偏向没有周期 3序列的大 .在利用Fourier分析方法预测DNA序列中的基因和外显子时 。 展开更多

关键词 编码序列 FOURIER分析 3-碱基周期性 非3-碱基周期性

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Yeast基因下游二级结构与多聚腺苷作用信号 被引量：3

7

作者 张静 石秀凡 刘次全 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第4期523-527,共5页

形成真核生物mRNA 3′末端的多聚腺苷 (poly (A) )作用涉及前体mRNA下游的三个元件 :效率元件(EE)、定位元件 (PE)以及实际的剪切和 poly (A)作用位点 ,实验研究提出了一些EE和PE的碱基序列组成 .对 180个Yeast基因下游 (终止密码子后 2... 形成真核生物mRNA 3′末端的多聚腺苷 (poly (A) )作用涉及前体mRNA下游的三个元件 :效率元件(EE)、定位元件 (PE)以及实际的剪切和 poly (A)作用位点 ,实验研究提出了一些EE和PE的碱基序列组成 .对 180个Yeast基因下游 (终止密码子后 2 0 0个碱基 )二级结构进行的详细分析显示 ,约 86 %的EE、 89%的PE与二级结构中碱基非配对的环 (发夹环、膨胀环、内环或多分支环 )区或连接单链区有关 .这个结果提示 ,反式因子对EE和PE的识别和作用在一定程度上有赖于EE和PE的二级结构特征 . 展开更多

关键词 Yeast基因 多聚腺苷作用信号 MRNA二级结构 蛋白质合成

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两个一元t-分布之间的Kullback-Leibler距离 被引量：15

8

作者 白鹏 《数学物理学报（A辑）》 CSCD 北大核心 2002年第1期121-127,共7页

该文首次求出了两个一元 t-分布之间的 Kullback-

关键词 一元t-分布 Kullback-Leibler距离 随机变量 密度函数

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两个多元t-分布之间的Kullback-Leibler距离 被引量：2

9

作者 白鹏 《数学物理学报（A辑）》 CSCD 北大核心 2005年第5期694-709,共16页

该文将文[1]的结果推广到多元t-分布的情形.结果表明,两个多元t-分布之间的Kullback-Leibler距离与分布中的刻度矩阵之比的最大特征根密切相关.作为应用,文章建立了一种在估计未知正定阵时的熵损失函数.

关键词 多元t-分布 Kullback-Leibler距离 熵损失函数

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非线性再生散度随机效应模型参数置信域的曲率表示

10

作者 张文专 唐年胜 王学仁 《数学物理学报（A辑）》 CSCD 北大核心 2006年第4期547-558,共12页

该文基于Laplace逼近建立了非线性再生散度随机效应模型在Euclid空间中的几何结构,并在此基础上研究了此模型参数和子集参数的置信域,进一步推广和发展了Hamilton,Watts和Bates关于正态非线性回归模型,Wei关于嵌入模型和指数族非线性模... 该文基于Laplace逼近建立了非线性再生散度随机效应模型在Euclid空间中的几何结构,并在此基础上研究了此模型参数和子集参数的置信域,进一步推广和发展了Hamilton,Watts和Bates关于正态非线性回归模型,Wei关于嵌入模型和指数族非线性模型,Zhu,Tang和Wei关于半参数非线性模型,唐年胜、韦博成和王学仁关于非线性再生散度模型,Tang和Wang关于拟似然非线性模型等的结果． 展开更多

关键词 非线性再生散度随机效应模型 Laplace逼近 曲率 SCORE统计量 置信域

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非线性再生散度随机效应模型似然函数的Laplace逼近

11

作者 张文专 唐年胜 王学仁 《高校应用数学学报（A辑）》 CSCD 北大核心 2006年第3期321-331,共11页

首先提出用Lap lace逼近方法对非线性再生散度随机效应模型的边缘对数似然函数进行近似,然后基于近似的边缘对数似然函数利用F isher'sscoring迭代算法得到了模型参数的极大似然估计.模拟研究和实例分析表明了该算法的可行性.

关键词 Fisher's scoring迭代 非线性再生散度随机效应模型 极大似然估计 LAPLACE 逼近方法

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具有Rao简单结构的多元T- 模型的局部影响分析(英文)

12

作者 邹清明 张怀雄 《应用数学》 CSCD 北大核心 2003年第4期8-17,共10页

本文应用以Kullback Leibler散度为基础的Bayesian局部影响方法 ,对具有Rao简单结构的多元T 模型进行了局部影响分析 .在确定了先验分布假设下 ,详细地研究了这个模型的BayesianHessian矩阵 ,作为应用 。

关键词 RAO简单结构 Kullback-Leibler散度 多元T-模型 Bayes局部影响 加权协方差扰动 先验分布 后验分布 Bayes-Hessian矩阵

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