应用蛋白组学技术筛选硝酸铀酰暴露诱导CHO-K1细胞损伤的差异表达蛋白,为铀毒性机制研究提供数据.CHO-K1细胞经500μmol/L硝酸铀酰染毒24 h,以差异倍数大于1.5倍,差异显著性小于0.05为标准,采用串联质谱标签(tandem mass tag,TMT)标记...应用蛋白组学技术筛选硝酸铀酰暴露诱导CHO-K1细胞损伤的差异表达蛋白,为铀毒性机制研究提供数据.CHO-K1细胞经500μmol/L硝酸铀酰染毒24 h,以差异倍数大于1.5倍,差异显著性小于0.05为标准,采用串联质谱标签(tandem mass tag,TMT)标记蛋白组学技术筛选差异表达蛋白,应用生物信息学技术对差异表达蛋白进行聚类分析、基因本体(Gene Ontology,GO)分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析及蛋白相互作用分析.共鉴定出蛋白4772个,硝酸铀酰染毒组筛选出差异表达1.5倍以上的蛋白309个,其中164个表达上调,145个表达下调.GO分析结果显示差异表达的蛋白主要参与1086种生物过程、282种细胞成分以及377类分子功能.KEGG分析结果显示差异表达蛋白主要富集于40条信号转导通路,参与核糖体生物合成、RNA运输、辅因子代谢、Notch信号通路、吞噬体、染色体及相关蛋白、蛋白质外排、生理节律、IL-17信号通路、类脂物代谢等信号通路.差异蛋白相互作用网络分析结果显示蛋白RPS3A和RPS17的关联度最高.研究结果表明,CHO-K1细胞经500μmol/L硝酸铀酰染毒24 h后,蛋白发生差异表达,核糖体生物合成、RNA运输等多条信号通路发生改变,蛋白RPS3A和RPS17可能是硝酸铀酰暴露致CHO-K1细胞损伤的关键蛋白.展开更多
采用相对和绝对定量的同位素标签技术(Isobaric tags for relative and absolute quantitation,i TRAQ)分析累积受137Csγ射线照射大鼠肝脏组织的蛋白质表达,筛选出差异蛋白质,对差异表达的蛋白质进行GO注释分析及相互作用网络分析,探讨...采用相对和绝对定量的同位素标签技术(Isobaric tags for relative and absolute quantitation,i TRAQ)分析累积受137Csγ射线照射大鼠肝脏组织的蛋白质表达,筛选出差异蛋白质,对差异表达的蛋白质进行GO注释分析及相互作用网络分析,探讨137Csγ射线累积照射对SD大鼠肝脏蛋白质的影响。结果显示,质谱数据经蛋白质数据库搜索,在3组样品中有定量信息的蛋白质有2 220个;0.2 Gy照射组与对照组相比,差异蛋白有149种,52种蛋白上调,97种蛋白下调;2 Gy照射组有243种差异蛋白,123种上调,120种下调;两组共同表达差异的蛋白有122种,其中,52种蛋白表达上调,70种蛋白表达下调;利用GO注释对122个共同差异蛋白质功能进行聚类分析,结果表明:根据分子功能注释,差异蛋白以酶催化、蛋白质结合、核酸结合等功能为主,另外少数蛋白还有翻译调控活性;根据细胞组成注释,多数蛋白参与细胞胞浆、细胞核、细胞膜的组成;根据生物学过程注释,多数蛋白参与代谢调节和生物过程调节。利用PAJEK软件对两个剂量组共同差异表达的蛋白进行相互作用网络分析。结果显示SF3B1、ATP6V1C1是蛋白相互作用网络的重要节点,这两个蛋白直接或间接地与其它差异蛋白存在相互作用。上述研究结果表明,137Csγ射线累积照射可诱导SD大鼠肝脏组织蛋白质组的改变,SF3B1、ATP6V1C1蛋白可能在累积照射的肝脏损伤机制中发挥作用。展开更多
文摘应用蛋白组学技术筛选硝酸铀酰暴露诱导CHO-K1细胞损伤的差异表达蛋白,为铀毒性机制研究提供数据.CHO-K1细胞经500μmol/L硝酸铀酰染毒24 h,以差异倍数大于1.5倍,差异显著性小于0.05为标准,采用串联质谱标签(tandem mass tag,TMT)标记蛋白组学技术筛选差异表达蛋白,应用生物信息学技术对差异表达蛋白进行聚类分析、基因本体(Gene Ontology,GO)分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析及蛋白相互作用分析.共鉴定出蛋白4772个,硝酸铀酰染毒组筛选出差异表达1.5倍以上的蛋白309个,其中164个表达上调,145个表达下调.GO分析结果显示差异表达的蛋白主要参与1086种生物过程、282种细胞成分以及377类分子功能.KEGG分析结果显示差异表达蛋白主要富集于40条信号转导通路,参与核糖体生物合成、RNA运输、辅因子代谢、Notch信号通路、吞噬体、染色体及相关蛋白、蛋白质外排、生理节律、IL-17信号通路、类脂物代谢等信号通路.差异蛋白相互作用网络分析结果显示蛋白RPS3A和RPS17的关联度最高.研究结果表明,CHO-K1细胞经500μmol/L硝酸铀酰染毒24 h后,蛋白发生差异表达,核糖体生物合成、RNA运输等多条信号通路发生改变,蛋白RPS3A和RPS17可能是硝酸铀酰暴露致CHO-K1细胞损伤的关键蛋白.
