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TP53-R273H/R273C基因突变数字PCR检测方法研究
1
作者
张洁洁
牛春艳
+2 位作者
王霞
杨靖亚
董莲华
《计量学报》
CSCD
北大核心
2024年第8期1242-1248,共7页
TP53基因是肿瘤的抑制基因,也是癌症中常用的靶向检测基因。R273H和R273C是TP53基因检测中常见的热点突变。为了建立这2个突变的微滴式数字聚合酶链式反应(ddPCR)检测方法,针对突变位点分别设计了2套ddPCR方法,验证了探针的特异性,并对...
TP53基因是肿瘤的抑制基因,也是癌症中常用的靶向检测基因。R273H和R273C是TP53基因检测中常见的热点突变。为了建立这2个突变的微滴式数字聚合酶链式反应(ddPCR)检测方法,针对突变位点分别设计了2套ddPCR方法,验证了探针的特异性,并对退火温度和引物探针浓度进行了优化。结果显示,所建立的方法具有良好的特异性和重复性,ddPCR法与重量法之间的相关系数为0.9997和0.9996。R273H和R273C的检出限均为0.02%,定量限均为0.05%。这2套方法可用于准确检测TP53-R273H和TP53-R273C基因突变,为临床应用提供支持。
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关键词
生物计量
TP53
基因突变
R273H
R273C
核酸检测
数字PCR
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职称材料
SARS-CoV-2基因组RNA标准物质的研制
被引量：
15
2
作者
王迪
王志栋
+4 位作者
吴枭
牛春艳
董莲华
戴新华
高运华
《计量学报》
CSCD
北大核心
2021年第2期259-264,共6页
以灭活的人源新冠病毒基因组RNA为候选材料,采用数字PCR方法对新冠病毒E基因、ORF1ab基因和N基因拷贝数浓度进行确定,研制了高、低两种浓度的SARS-CoV-2基因组RNA标准物质(GBW(E)091098和GBW(E)091099)。高、低浓度标准物质E、ORF1ab和...
以灭活的人源新冠病毒基因组RNA为候选材料,采用数字PCR方法对新冠病毒E基因、ORF1ab基因和N基因拷贝数浓度进行确定,研制了高、低两种浓度的SARS-CoV-2基因组RNA标准物质(GBW(E)091098和GBW(E)091099)。高、低浓度标准物质E、ORF1ab和N基因的拷贝数浓度标准值及扩展不确定度(k=2)分别为:(1.06±0.11)×10^(3) copy/μL,(8.96±0.61)×10^(2) copy/μL,(1.73±0.13)×10^(3) copy/μL;(1.29±0.26)×10^(2) copy/μL,(9.5±1.8)×10^(1) copy/μL,(2.05±0.31)×10^(2) copy/μL。该标准物质涵盖了新冠病毒所有特征基因的全部序列,目前已在新型冠状病毒核酸检测方法开发、检测试剂盒以及检测实验室的质量控制等方面得到了广泛的应用。
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关键词
计量学
新型冠状病毒
标准物质
实时定量PCR
数字PCR
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职称材料
一种模拟游离DNA阳性质控品的制备方法及表征
3
作者
方艳
王霞
+1 位作者
董莲华
杨靖亚
《计量学报》
CSCD
北大核心
2023年第3期361-367,共7页
通过优化一种新型的机理未明确的类酶解作用体系(reaction system, RS),直接作用带有KRAS G12C,KRAS G12D,EGFR L858R和EGFR T790M突变的肿瘤细胞系SW1573,SNU-C2B和NCI-H1975,通过对RS体系作用时间及作用的细胞数量的优化,可以裂解细...
通过优化一种新型的机理未明确的类酶解作用体系(reaction system, RS),直接作用带有KRAS G12C,KRAS G12D,EGFR L858R和EGFR T790M突变的肿瘤细胞系SW1573,SNU-C2B和NCI-H1975,通过对RS体系作用时间及作用的细胞数量的优化,可以裂解细胞基因组DNA制备得到一种可以高度模拟人体血浆游离DNA(cfDNA)阳性质控品。经芯片电泳检测获得的模拟cfDNA片段长度集中于(166±16) BP,与正常人体血浆cfDNA大小一致;通过微滴数字PCR检测显示RS制备的DNA片段和gDNA在目标突变位点处具有一致的突变丰度。表明经RS体系制备得到的DNA片段可以作为一种cfDNA的阳性质控品。
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关键词
计量学
游离DNA
阳性质控品
模拟cfDNA
突变丰度
数字PCR
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职称材料
题名
TP53-R273H/R273C基因突变数字PCR检测方法研究
1
作者
张洁洁
牛春艳
王霞
杨靖亚
董莲华
机构
上海海洋大学食品学院
中国计量科学研究院前沿中心
出处
《计量学报》
CSCD
北大核心
2024年第8期1242-1248,共7页
基金
中国计量科学研究院基本科研业务费重点领域专项(AKYZD202202)。
文摘
TP53基因是肿瘤的抑制基因,也是癌症中常用的靶向检测基因。R273H和R273C是TP53基因检测中常见的热点突变。为了建立这2个突变的微滴式数字聚合酶链式反应(ddPCR)检测方法,针对突变位点分别设计了2套ddPCR方法,验证了探针的特异性,并对退火温度和引物探针浓度进行了优化。结果显示,所建立的方法具有良好的特异性和重复性,ddPCR法与重量法之间的相关系数为0.9997和0.9996。R273H和R273C的检出限均为0.02%,定量限均为0.05%。这2套方法可用于准确检测TP53-R273H和TP53-R273C基因突变,为临床应用提供支持。
关键词
生物计量
TP53
基因突变
R273H
R273C
核酸检测
数字PCR
Keywords
biometrology
TP53
gene mutation
R273H
R273C
nucleic acid testing
ddPCR
分类号
TB99 [机械工程—测试计量技术及仪器]
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职称材料
题名
SARS-CoV-2基因组RNA标准物质的研制
被引量：
15
2
作者
王迪
王志栋
吴枭
牛春艳
董莲华
戴新华
高运华
机构
中国计量科学研究院前沿中心
出处
《计量学报》
CSCD
北大核心
2021年第2期259-264,共6页
基金
国家质量研发重点专项(2017YFF0204604)
中国计量科学研究院基本科研业务费项目(31-AKY1950)。
文摘
以灭活的人源新冠病毒基因组RNA为候选材料,采用数字PCR方法对新冠病毒E基因、ORF1ab基因和N基因拷贝数浓度进行确定,研制了高、低两种浓度的SARS-CoV-2基因组RNA标准物质(GBW(E)091098和GBW(E)091099)。高、低浓度标准物质E、ORF1ab和N基因的拷贝数浓度标准值及扩展不确定度(k=2)分别为:(1.06±0.11)×10^(3) copy/μL,(8.96±0.61)×10^(2) copy/μL,(1.73±0.13)×10^(3) copy/μL;(1.29±0.26)×10^(2) copy/μL,(9.5±1.8)×10^(1) copy/μL,(2.05±0.31)×10^(2) copy/μL。该标准物质涵盖了新冠病毒所有特征基因的全部序列,目前已在新型冠状病毒核酸检测方法开发、检测试剂盒以及检测实验室的质量控制等方面得到了广泛的应用。
关键词
计量学
新型冠状病毒
标准物质
实时定量PCR
数字PCR
Keywords
metrology
SARS-CoV-2
reference material
real-time quantitative PCR
digital PCR
分类号
TB99 [机械工程—测试计量技术及仪器]
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职称材料
题名
一种模拟游离DNA阳性质控品的制备方法及表征
3
作者
方艳
王霞
董莲华
杨靖亚
机构
上海海洋大学食品学院
中国计量科学研究院前沿中心
出处
《计量学报》
CSCD
北大核心
2023年第3期361-367,共7页
基金
战略性国际科技创新合作重点专项(2018YFE0201602)。
文摘
通过优化一种新型的机理未明确的类酶解作用体系(reaction system, RS),直接作用带有KRAS G12C,KRAS G12D,EGFR L858R和EGFR T790M突变的肿瘤细胞系SW1573,SNU-C2B和NCI-H1975,通过对RS体系作用时间及作用的细胞数量的优化,可以裂解细胞基因组DNA制备得到一种可以高度模拟人体血浆游离DNA(cfDNA)阳性质控品。经芯片电泳检测获得的模拟cfDNA片段长度集中于(166±16) BP,与正常人体血浆cfDNA大小一致;通过微滴数字PCR检测显示RS制备的DNA片段和gDNA在目标突变位点处具有一致的突变丰度。表明经RS体系制备得到的DNA片段可以作为一种cfDNA的阳性质控品。
关键词
计量学
游离DNA
阳性质控品
模拟cfDNA
突变丰度
数字PCR
Keywords
metrology
cell free DNA
positive quality control substance
simulated cfDNA
mutation abundance
ddPCR
分类号
TB99 [机械工程—测试计量技术及仪器]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
TP53-R273H/R273C基因突变数字PCR检测方法研究
张洁洁
牛春艳
王霞
杨靖亚
董莲华
《计量学报》
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
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职称材料
2
SARS-CoV-2基因组RNA标准物质的研制
王迪
王志栋
吴枭
牛春艳
董莲华
戴新华
高运华
《计量学报》
CSCD
北大核心
2021
15
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
一种模拟游离DNA阳性质控品的制备方法及表征
方艳
王霞
董莲华
杨靖亚
《计量学报》
CSCD
北大核心
2023
0
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职称材料
已选择
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