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TP53-R273H/R273C基因突变数字PCR检测方法研究
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作者 张洁洁 牛春艳 +2 位作者 王霞 杨靖亚 董莲华 《计量学报》 CSCD 北大核心 2024年第8期1242-1248,共7页
TP53基因是肿瘤的抑制基因,也是癌症中常用的靶向检测基因。R273H和R273C是TP53基因检测中常见的热点突变。为了建立这2个突变的微滴式数字聚合酶链式反应(ddPCR)检测方法,针对突变位点分别设计了2套ddPCR方法,验证了探针的特异性,并对... TP53基因是肿瘤的抑制基因,也是癌症中常用的靶向检测基因。R273H和R273C是TP53基因检测中常见的热点突变。为了建立这2个突变的微滴式数字聚合酶链式反应(ddPCR)检测方法,针对突变位点分别设计了2套ddPCR方法,验证了探针的特异性,并对退火温度和引物探针浓度进行了优化。结果显示,所建立的方法具有良好的特异性和重复性,ddPCR法与重量法之间的相关系数为0.9997和0.9996。R273H和R273C的检出限均为0.02%,定量限均为0.05%。这2套方法可用于准确检测TP53-R273H和TP53-R273C基因突变,为临床应用提供支持。 展开更多
关键词 生物计量 TP53 基因突变 R273H R273C 核酸检测 数字PCR
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基因拷贝数变异检测技术及其应用
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作者 汤艳茹 牛春艳 +1 位作者 董莲华 杨靖亚 《计量学报》 北大核心 2025年第5期769-778,共10页
基因拷贝数变异(CNV)是一种复杂的变异类型,已有多项研究证明CNV与人类遗传病和癌症的发生发展直接相关,准确检测CNV对肿瘤患者早期诊断、靶向治疗、疗效监测、预后评价有重要意义。通过介绍CNV的定义及特点,阐述了荧光原位杂交、荧光定... 基因拷贝数变异(CNV)是一种复杂的变异类型,已有多项研究证明CNV与人类遗传病和癌症的发生发展直接相关,准确检测CNV对肿瘤患者早期诊断、靶向治疗、疗效监测、预后评价有重要意义。通过介绍CNV的定义及特点,阐述了荧光原位杂交、荧光定量PCR、数字PCR、高通量测序、微阵列比较基因组杂交芯片以及核酸质谱6种检测方法的原理及其应用,指出了CNV检测方法在应用过程中的关键点,如统一的判定标准、参考基因的选择、标准物质的应用、数据库的选择、样本前处理及仪器校准对结果的影响等,并总结了不同检测方法的优缺点,为其他研究者选择合适的检测方法提供借鉴意义。 展开更多
关键词 生物计量学 基因突变 拷贝数变异 数字PCR NGS
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循环肿瘤DNA的检测技术及在癌症诊疗中的应用价值 被引量:1
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作者 张洁洁 牛春艳 +3 位作者 董莲华 杨怡 李会杰 杨靖亚 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第2期345-354,共10页
循环肿瘤DNA(ctDNA)来源于肿瘤,能很好地反映肿瘤的基因信息,并且会随着肿瘤的进展发生相应的改变。近年来,ctDNA独特的能力备受人们关注并被广泛研究,本文在总结ctDNA的来源、性质和样品处理的基础上,对ctDNA的检测技术及在癌症诊疗中... 循环肿瘤DNA(ctDNA)来源于肿瘤,能很好地反映肿瘤的基因信息,并且会随着肿瘤的进展发生相应的改变。近年来,ctDNA独特的能力备受人们关注并被广泛研究,本文在总结ctDNA的来源、性质和样品处理的基础上,对ctDNA的检测技术及在癌症诊疗中的应用进行综述,阐述了ctDNA标准物质在二代测序中的作用及重要性,并指出ctDNA样品的收集、存储、定量检测以及数据分析等各个流程中建立统一标准及规范的迫切性。 展开更多
关键词 循环肿瘤DNA 液体活检 检测技术 应用 生物标志物
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SARS-CoV-2基因组RNA标准物质的研制 被引量:16
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作者 王迪 王志栋 +4 位作者 吴枭 牛春艳 董莲华 戴新华 高运华 《计量学报》 CSCD 北大核心 2021年第2期259-264,共6页
以灭活的人源新冠病毒基因组RNA为候选材料,采用数字PCR方法对新冠病毒E基因、ORF1ab基因和N基因拷贝数浓度进行确定,研制了高、低两种浓度的SARS-CoV-2基因组RNA标准物质(GBW(E)091098和GBW(E)091099)。高、低浓度标准物质E、ORF1ab和... 以灭活的人源新冠病毒基因组RNA为候选材料,采用数字PCR方法对新冠病毒E基因、ORF1ab基因和N基因拷贝数浓度进行确定,研制了高、低两种浓度的SARS-CoV-2基因组RNA标准物质(GBW(E)091098和GBW(E)091099)。高、低浓度标准物质E、ORF1ab和N基因的拷贝数浓度标准值及扩展不确定度(k=2)分别为:(1.06±0.11)×10^(3) copy/μL,(8.96±0.61)×10^(2) copy/μL,(1.73±0.13)×10^(3) copy/μL;(1.29±0.26)×10^(2) copy/μL,(9.5±1.8)×10^(1) copy/μL,(2.05±0.31)×10^(2) copy/μL。该标准物质涵盖了新冠病毒所有特征基因的全部序列,目前已在新型冠状病毒核酸检测方法开发、检测试剂盒以及检测实验室的质量控制等方面得到了广泛的应用。 展开更多
关键词 计量学 新型冠状病毒 标准物质 实时定量PCR 数字PCR
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一种模拟游离DNA阳性质控品的制备方法及表征
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作者 方艳 王霞 +1 位作者 董莲华 杨靖亚 《计量学报》 CSCD 北大核心 2023年第3期361-367,共7页
通过优化一种新型的机理未明确的类酶解作用体系(reaction system, RS),直接作用带有KRAS G12C,KRAS G12D,EGFR L858R和EGFR T790M突变的肿瘤细胞系SW1573,SNU-C2B和NCI-H1975,通过对RS体系作用时间及作用的细胞数量的优化,可以裂解细... 通过优化一种新型的机理未明确的类酶解作用体系(reaction system, RS),直接作用带有KRAS G12C,KRAS G12D,EGFR L858R和EGFR T790M突变的肿瘤细胞系SW1573,SNU-C2B和NCI-H1975,通过对RS体系作用时间及作用的细胞数量的优化,可以裂解细胞基因组DNA制备得到一种可以高度模拟人体血浆游离DNA(cfDNA)阳性质控品。经芯片电泳检测获得的模拟cfDNA片段长度集中于(166±16) BP,与正常人体血浆cfDNA大小一致;通过微滴数字PCR检测显示RS制备的DNA片段和gDNA在目标突变位点处具有一致的突变丰度。表明经RS体系制备得到的DNA片段可以作为一种cfDNA的阳性质控品。 展开更多
关键词 计量学 游离DNA 阳性质控品 模拟cfDNA 突变丰度 数字PCR
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