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人类遗传资源与生物大数据
被引量:
10
1
作者
方向东
朱波峰
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第10期921-923,共3页
人类遗传资源是指含有人体基因组、基因及其产物(RNA和蛋白质)的器官、组织、细胞、血液、制备物、DNA构建体等人类遗传资源材料及利用人类遗传资源材料产生的数据等人类遗传资源信息。中国人类遗传资源是国家自然科技资源的重要组成部...
人类遗传资源是指含有人体基因组、基因及其产物(RNA和蛋白质)的器官、组织、细胞、血液、制备物、DNA构建体等人类遗传资源材料及利用人类遗传资源材料产生的数据等人类遗传资源信息。中国人类遗传资源是国家自然科技资源的重要组成部分,是维护公众健康、国家安全和社会公共利益的重要战略资源。2019年3月20日,《中华人民共和国人类遗传资源管理条例》在国务院第41次常务会议上通过,自2019年7月1日起开始施行。中国人类遗传资源在人类进化、种族溯源、法医学和生物医学研究中发挥着不可或缺的重大作用。
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关键词
人类遗传资源
常务会议
自然科技资源
法医学
人类进化
社会公共利益
公众健康
管理条例
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职称材料
痛风的多组学研究进展
被引量:
9
2
作者
时文睿
渠鸿竹
方向东
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期643-657,共15页
痛风是一种由尿酸盐结晶沉积引起的自限性炎症疾病,伴有多种合并症。随着生活水平的提高,痛风在全球的发病率逐年上升,严重影响人民健康。组学技术是研究疾病的有效工具,已被广泛应用于发现痛风的潜在生物标志物和风险因子,其鉴定出的...
痛风是一种由尿酸盐结晶沉积引起的自限性炎症疾病,伴有多种合并症。随着生活水平的提高,痛风在全球的发病率逐年上升,严重影响人民健康。组学技术是研究疾病的有效工具,已被广泛应用于发现痛风的潜在生物标志物和风险因子,其鉴定出的变异位点或差异表达产物为研究痛风的发病机制和疾病进展提供了不同维度的见解和认识。本文通过PubMed检索相关文献,分析和总结了多组学技术在痛风中的应用和研究结果,对近年来多组学技术在痛风领域的相关研究进展进行综述,以期了解痛风患者在不同分子层次上的特异性变化,为今后更深入地研究痛风提供思路和方向。
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关键词
痛风
基因组学
表观基因组学
转录组学
蛋白组学
代谢组学
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职称材料
重症新型冠状病毒肺炎患者遗传易感性研究进展
3
作者
刘文兵
刘丹
+2 位作者
闫进
刘欣
王前飞
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第8期672-681,共10页
新型冠状病毒肺炎是由新型冠状病毒感染引起的全球大流行疾病。患者呈现出无症状感染、轻症到(危)重症不同严重程度的临床表现。部分重症患者因发生细胞因子风暴而出现多器官功能衰竭并最终导致死亡。除性别、年龄、基础疾病(如高血压...
新型冠状病毒肺炎是由新型冠状病毒感染引起的全球大流行疾病。患者呈现出无症状感染、轻症到(危)重症不同严重程度的临床表现。部分重症患者因发生细胞因子风暴而出现多器官功能衰竭并最终导致死亡。除性别、年龄、基础疾病(如高血压、糖尿病)等增加重型感染风险外,宿主先天遗传缺陷也被认为与疾病严重程度(包括细胞因子风暴的发生)密切相关。在重症患者中,相继发现与病毒识别、杀伤等相关的关键基因(如TLR7、UNC13D等)先天遗传变异。本文主要总结了宿主抗病毒免疫应答机制及与新型冠状病毒感染严重程度相关的先天变异基因,以期为新型冠状病毒肺炎的早期干预和分层治疗提供遗传学依据。
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关键词
重症新型冠状病毒肺炎患者
先天遗传变异
免疫缺陷
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职称材料
基于DNA变异在亚欧混合人群中预测男性型脱发
被引量:
2
4
作者
潘思宇
赵雯婷
+8 位作者
冯锐
李琼
景晓溪
高行健
陈燕
李祎
陶现明
刘天资
李彩霞
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2020年第10期1069-1079,共11页
男性型脱发(male pattern baldness,MPB)是一种雄激素依赖性的遗传性脱发疾病,对个人形象、心理产生较大的消极影响.近期欧美人群中进行的大样本全基因组关联分析(genome wide association studies,GWAS)已报道大量与MPB相关的遗传易感...
男性型脱发(male pattern baldness,MPB)是一种雄激素依赖性的遗传性脱发疾病,对个人形象、心理产生较大的消极影响.近期欧美人群中进行的大样本全基因组关联分析(genome wide association studies,GWAS)已报道大量与MPB相关的遗传易感性单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点,但这些位点在东亚人群中的遗传效应尚不清楚.本研究基于我国684个亚欧混合人群(Eurasian)样本,对在英国生物样本库(UK Biobank)205327个欧洲男性GWAS分析发现的624个与MPB相关的SNPs进行人群异质性分析,基于多基因风险打分(polygenic risk scores,PRS)建立预测模型,并对预测因子数量与模型预测性能的关系进行了研究.通过质控的467个SNPs中6.9%与MPB显著相关(P<0.05).结合年龄、体质指数(body mass index,BMI)和25个SNPs建立的线性回归和逻辑回归模型,效果较好(R^2=28.9%,AUC=0.82).年龄对模型效果影响较大(R^2=22.9%,AUC=0.77),结合BMI及68个SNPs时AUC达到最大(约0.89).本研究表明MPB在欧洲和东亚人群中存在较强的遗传异质性,选取SNPs子集能达到与全集相近的预测准确性,预测模型有助于东亚人群MPB遗传机制的理解及疾病的早期诊断和预防.
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关键词
男性型脱发
脱发预测模型
人群异质性
亚欧混合人群
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职称材料
信号蛋白3A对成肌细胞功能的影响及其转录调控机制
被引量:
2
5
作者
李上
徐子瑛
+6 位作者
于子惠
冯韬锦
王中奇
李然
尹鹏滨
张里程
唐佩福
《解放军医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第7期701-708,共8页
目的探讨信号蛋白3A(Sema3A)对成肌细胞功能的影响及其转录调控机制。方法以1.0、0.1、0.01μg/ml重组Sema3A蛋白作用成肌细胞,并设置对照组,采用动态活细胞成像及划痕实验检测细胞的增殖与迁移能力,RT-qPCR检测成肌分化因子的表达。对...
目的探讨信号蛋白3A(Sema3A)对成肌细胞功能的影响及其转录调控机制。方法以1.0、0.1、0.01μg/ml重组Sema3A蛋白作用成肌细胞,并设置对照组,采用动态活细胞成像及划痕实验检测细胞的增殖与迁移能力,RT-qPCR检测成肌分化因子的表达。对1.0μg/ml重组Sema3A蛋白干预的成肌细胞及对照组细胞进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行GO富集分析,对部分差异表达基因通过RT-qPCR进行转录水平验证。结果IncuCyte细胞成像计数显示,Sema3A可促进成肌细胞增殖,其中1.0μg/ml Sema3A组细胞计数较对照组升高17.36%(P<0.001)。划痕实验结果显示,Sema3A可使成肌细胞迁移能力明显增强,其中1.0μg/ml Sema3A组细胞划痕愈合率较对照组升高69.66%(P<0.001)。RT-qRCR检测结果显示,Sema3A可上调部分成肌分化基因的表达,其中1.0μg/ml Sema3A可使Myf5、MyoG基因表达分别升高37.47%±11.67%(P<0.01)、26.57%±11.31%(P<0.05)。生物信息学分析显示,Sema3A可上调成肌细胞转录组中的肌细胞与肌纤维发育、细胞与解剖结构成熟及成骨发育等相关功能通路,下调脂蛋白代谢与乳糜微粒等相关功能通路;RT-qPCR验证了富集通路中的部分差异表达基因,其中Prox1、Myh11表达分别升高22.48%±14.42%(P<0.05)、21.42%±5.81%(P<0.01),LipC、ApoC2表达分别降低23.08%±15.38%(P<0.05)、55.97%±26.51%(P<0.05)。结论外源性Sema3A蛋白可上调成肌细胞分化相关基因Myf5、MyoG的表达,且可能通过对骨骼肌发育、成熟与脂蛋白代谢等相关基因进行转录调控而促进成肌细胞的增殖、迁移。
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关键词
成肌细胞
信号蛋白3A
转录组测序
骨骼肌损伤
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职称材料
组学大数据和医学人工智能
被引量:
10
6
作者
王昕玥
渠鸿竹
方向东
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第10期930-937,共8页
随着高通量测序技术和计算机科学的飞速发展,组学数据量指数倍增长,多组学分析优势逐渐显现,人工智能应用也愈加广泛。本文介绍了近年来多组学数据分析和人工智能各自在医学领域的应用进展,同时也介绍了两者相结合应用的案例以及优势,...
随着高通量测序技术和计算机科学的飞速发展,组学数据量指数倍增长,多组学分析优势逐渐显现,人工智能应用也愈加广泛。本文介绍了近年来多组学数据分析和人工智能各自在医学领域的应用进展,同时也介绍了两者相结合应用的案例以及优势,最后简单阐述多组学分析和人工智能在现阶段面临的挑战,旨在为医学行业提供新的研究思路,助推精准医学发展应用。
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关键词
多组学
人工智能
医学
精准医学
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职称材料
题名
人类遗传资源与生物大数据
被引量:
10
1
作者
方向东
朱波峰
机构
中国科学院
北京
基因组
研究所
(
国家
生物
信息
中心
)
中国科学院
大学
中国科学院
北京
基因组
研究所
(
国家
生物
信息
中心
)
南方医科大学
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第10期921-923,共3页
文摘
人类遗传资源是指含有人体基因组、基因及其产物(RNA和蛋白质)的器官、组织、细胞、血液、制备物、DNA构建体等人类遗传资源材料及利用人类遗传资源材料产生的数据等人类遗传资源信息。中国人类遗传资源是国家自然科技资源的重要组成部分,是维护公众健康、国家安全和社会公共利益的重要战略资源。2019年3月20日,《中华人民共和国人类遗传资源管理条例》在国务院第41次常务会议上通过,自2019年7月1日起开始施行。中国人类遗传资源在人类进化、种族溯源、法医学和生物医学研究中发挥着不可或缺的重大作用。
关键词
人类遗传资源
常务会议
自然科技资源
法医学
人类进化
社会公共利益
公众健康
管理条例
分类号
Q987 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
痛风的多组学研究进展
被引量:
9
2
作者
时文睿
渠鸿竹
方向东
机构
中国科学院
北京
基因组
研究所
(
国家
生物
信息
中心
)
中国科学院
大学
基因组
与精准医学检测技术
北京
市重点实验室
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期643-657,共15页
基金
国家重点研发计划项目(编号:2022YFC2503304)
国家自然科学基金(编号:82220108015)资助。
文摘
痛风是一种由尿酸盐结晶沉积引起的自限性炎症疾病,伴有多种合并症。随着生活水平的提高,痛风在全球的发病率逐年上升,严重影响人民健康。组学技术是研究疾病的有效工具,已被广泛应用于发现痛风的潜在生物标志物和风险因子,其鉴定出的变异位点或差异表达产物为研究痛风的发病机制和疾病进展提供了不同维度的见解和认识。本文通过PubMed检索相关文献,分析和总结了多组学技术在痛风中的应用和研究结果,对近年来多组学技术在痛风领域的相关研究进展进行综述,以期了解痛风患者在不同分子层次上的特异性变化,为今后更深入地研究痛风提供思路和方向。
关键词
痛风
基因组学
表观基因组学
转录组学
蛋白组学
代谢组学
Keywords
gout
genomics
epigenomics
transcriptomics
proteomics
metabolomics
分类号
R589.7 [医药卫生—内分泌]
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职称材料
题名
重症新型冠状病毒肺炎患者遗传易感性研究进展
3
作者
刘文兵
刘丹
闫进
刘欣
王前飞
机构
中国科学院
北京
基因组
研究所
(
国家
生物
信息
中心
)
中国科学院
大学
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第8期672-681,共10页
基金
北京市自然科学基金资助项目(编号:M21022)。
文摘
新型冠状病毒肺炎是由新型冠状病毒感染引起的全球大流行疾病。患者呈现出无症状感染、轻症到(危)重症不同严重程度的临床表现。部分重症患者因发生细胞因子风暴而出现多器官功能衰竭并最终导致死亡。除性别、年龄、基础疾病(如高血压、糖尿病)等增加重型感染风险外,宿主先天遗传缺陷也被认为与疾病严重程度(包括细胞因子风暴的发生)密切相关。在重症患者中,相继发现与病毒识别、杀伤等相关的关键基因(如TLR7、UNC13D等)先天遗传变异。本文主要总结了宿主抗病毒免疫应答机制及与新型冠状病毒感染严重程度相关的先天变异基因,以期为新型冠状病毒肺炎的早期干预和分层治疗提供遗传学依据。
关键词
重症新型冠状病毒肺炎患者
先天遗传变异
免疫缺陷
Keywords
severe COVID-19 patients
germline variants
immunodeficiency
分类号
R563.1 [医药卫生—呼吸系统]
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职称材料
题名
基于DNA变异在亚欧混合人群中预测男性型脱发
被引量:
2
4
作者
潘思宇
赵雯婷
冯锐
李琼
景晓溪
高行健
陈燕
李祎
陶现明
刘天资
李彩霞
机构
中国科学院北京基因组研究所国家生物信息中心
公安部物证鉴定
中心
湖南省公安厅刑侦总队
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2020年第10期1069-1079,共11页
基金
国家重点研发项目(2017YFC080501)
现场物证溯源技术国家工程实验室开放课题(2017NELKFKT05)
+4 种基金
国家自然科学基金(91651507)
中央级公益性科研院所基本科研业务费项目(2018JB046)
中国科学院基因组与精准医学重点实验室开放课题
“万人计划”科技创新领军人才经费(SQ2018RA23120013)
国家科技资源共享服务平台计划(YCZYPT[2017]01-3和2017JB025)资助项目。
文摘
男性型脱发(male pattern baldness,MPB)是一种雄激素依赖性的遗传性脱发疾病,对个人形象、心理产生较大的消极影响.近期欧美人群中进行的大样本全基因组关联分析(genome wide association studies,GWAS)已报道大量与MPB相关的遗传易感性单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点,但这些位点在东亚人群中的遗传效应尚不清楚.本研究基于我国684个亚欧混合人群(Eurasian)样本,对在英国生物样本库(UK Biobank)205327个欧洲男性GWAS分析发现的624个与MPB相关的SNPs进行人群异质性分析,基于多基因风险打分(polygenic risk scores,PRS)建立预测模型,并对预测因子数量与模型预测性能的关系进行了研究.通过质控的467个SNPs中6.9%与MPB显著相关(P<0.05).结合年龄、体质指数(body mass index,BMI)和25个SNPs建立的线性回归和逻辑回归模型,效果较好(R^2=28.9%,AUC=0.82).年龄对模型效果影响较大(R^2=22.9%,AUC=0.77),结合BMI及68个SNPs时AUC达到最大(约0.89).本研究表明MPB在欧洲和东亚人群中存在较强的遗传异质性,选取SNPs子集能达到与全集相近的预测准确性,预测模型有助于东亚人群MPB遗传机制的理解及疾病的早期诊断和预防.
关键词
男性型脱发
脱发预测模型
人群异质性
亚欧混合人群
Keywords
male pattern baldness
hair loss prediction model
population heterogeneity
Eurasian population
分类号
Q3 [生物学—遗传学]
R89 [医药卫生—法医学]
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职称材料
题名
信号蛋白3A对成肌细胞功能的影响及其转录调控机制
被引量:
2
5
作者
李上
徐子瑛
于子惠
冯韬锦
王中奇
李然
尹鹏滨
张里程
唐佩福
机构
解放军医
学院
解放军总医院第四医学
中心
骨科医学部
国家
骨科与运动康复临床医学
研究
中心
首都儿科
研究所
中国科学院
北京
基因组
研究所
(
国家
生物
信息
中心
)
出处
《解放军医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第7期701-708,共8页
基金
军事科技领域青年人才托举工程项目(2020-JCJQ-033)。
文摘
目的探讨信号蛋白3A(Sema3A)对成肌细胞功能的影响及其转录调控机制。方法以1.0、0.1、0.01μg/ml重组Sema3A蛋白作用成肌细胞,并设置对照组,采用动态活细胞成像及划痕实验检测细胞的增殖与迁移能力,RT-qPCR检测成肌分化因子的表达。对1.0μg/ml重组Sema3A蛋白干预的成肌细胞及对照组细胞进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行GO富集分析,对部分差异表达基因通过RT-qPCR进行转录水平验证。结果IncuCyte细胞成像计数显示,Sema3A可促进成肌细胞增殖,其中1.0μg/ml Sema3A组细胞计数较对照组升高17.36%(P<0.001)。划痕实验结果显示,Sema3A可使成肌细胞迁移能力明显增强,其中1.0μg/ml Sema3A组细胞划痕愈合率较对照组升高69.66%(P<0.001)。RT-qRCR检测结果显示,Sema3A可上调部分成肌分化基因的表达,其中1.0μg/ml Sema3A可使Myf5、MyoG基因表达分别升高37.47%±11.67%(P<0.01)、26.57%±11.31%(P<0.05)。生物信息学分析显示,Sema3A可上调成肌细胞转录组中的肌细胞与肌纤维发育、细胞与解剖结构成熟及成骨发育等相关功能通路,下调脂蛋白代谢与乳糜微粒等相关功能通路;RT-qPCR验证了富集通路中的部分差异表达基因,其中Prox1、Myh11表达分别升高22.48%±14.42%(P<0.05)、21.42%±5.81%(P<0.01),LipC、ApoC2表达分别降低23.08%±15.38%(P<0.05)、55.97%±26.51%(P<0.05)。结论外源性Sema3A蛋白可上调成肌细胞分化相关基因Myf5、MyoG的表达,且可能通过对骨骼肌发育、成熟与脂蛋白代谢等相关基因进行转录调控而促进成肌细胞的增殖、迁移。
关键词
成肌细胞
信号蛋白3A
转录组测序
骨骼肌损伤
Keywords
myoblasts
semaphorin 3A
transcriptome sequencing
skeletal muscle injury
分类号
R318 [医药卫生—生物医学工程]
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职称材料
题名
组学大数据和医学人工智能
被引量:
10
6
作者
王昕玥
渠鸿竹
方向东
机构
中国科学院
北京
基因组
研究所
(
国家
生物
信息
中心
)
中国科学院
大学
中国科学院
北京
基因组
研究所
(
国家
生物
信息
中心
)
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第10期930-937,共8页
基金
科技部重点研发计划(编号:2020YFC2003405,2016YFC0901700,2018YFC0910700)资助。
文摘
随着高通量测序技术和计算机科学的飞速发展,组学数据量指数倍增长,多组学分析优势逐渐显现,人工智能应用也愈加广泛。本文介绍了近年来多组学数据分析和人工智能各自在医学领域的应用进展,同时也介绍了两者相结合应用的案例以及优势,最后简单阐述多组学分析和人工智能在现阶段面临的挑战,旨在为医学行业提供新的研究思路,助推精准医学发展应用。
关键词
多组学
人工智能
医学
精准医学
Keywords
multi-omics
artificial intelligence
medicine
precision medicine
分类号
R-05 [医药卫生]
TP311.13 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
TP18 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
人类遗传资源与生物大数据
方向东
朱波峰
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2021
10
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职称材料
2
痛风的多组学研究进展
时文睿
渠鸿竹
方向东
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2023
9
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职称材料
3
重症新型冠状病毒肺炎患者遗传易感性研究进展
刘文兵
刘丹
闫进
刘欣
王前飞
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
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职称材料
4
基于DNA变异在亚欧混合人群中预测男性型脱发
潘思宇
赵雯婷
冯锐
李琼
景晓溪
高行健
陈燕
李祎
陶现明
刘天资
李彩霞
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2020
2
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职称材料
5
信号蛋白3A对成肌细胞功能的影响及其转录调控机制
李上
徐子瑛
于子惠
冯韬锦
王中奇
李然
尹鹏滨
张里程
唐佩福
《解放军医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2022
2
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职称材料
6
组学大数据和医学人工智能
王昕玥
渠鸿竹
方向东
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2021
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