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香蕉乙二醛酶基因MaGLO14的克隆及在非生物胁迫下的功能鉴定 被引量:10
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作者 刘菊华 邓成菊 +4 位作者 金志强 谢学立 贾彩红 张建斌 徐碧玉 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期87-92,共6页
为研究香蕉乙二醛酶基因的功能,根据香蕉果实采后早期成熟的抑制缩减杂交文库(suppression sub-tractive hybridization library,SSH)获得的香蕉乙二醛酶基因片段,首次从香蕉中克隆了乙二醛酶基因的cDNA全长,命名为MaGLO14。该cDNA的OR... 为研究香蕉乙二醛酶基因的功能,根据香蕉果实采后早期成熟的抑制缩减杂交文库(suppression sub-tractive hybridization library,SSH)获得的香蕉乙二醛酶基因片段,首次从香蕉中克隆了乙二醛酶基因的cDNA全长,命名为MaGLO14。该cDNA的ORF全长1074 bp,编码358个氨基酸。BlastX分析表明,该基因cDNA推导的氨基酸序列与云杉(ABK22263)、葡萄(CBI23235)、葡萄柚(CAB09799)、棉花(ACJ11750)和蓖麻(EEF43857)有较高的一致性,分别为82%、83%、82%、80%、82%。组织特异性表达结果显示,该基因在香蕉根、茎、叶、花、果实中均有表达。在NaCl、低温、乙烯利胁迫处理后基因呈现上调表达;在干旱、涝害胁迫处理后基因呈现下调表达。该基因转化烟草显示能够增强转基因烟草离体叶片耐盐性。 展开更多
关键词 香蕉 乙二醛酶 克隆 表达分析 胁迫 转基因
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香蕉3个Tau类谷胱甘肽硫转移酶基因的克隆及序列分析 被引量:15
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作者 王卓 徐碧玉 +4 位作者 贾彩红 张建斌 刘菊华 苗红霞 金志强 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2013年第9期1676-1681,共6页
为了获得香蕉抗逆相关基因,通过随机克隆测序和RACE(rapid-amplification of cDNA ends)的方法从香蕉根系cDNA文库中获得3个谷胱甘肽硫转移酶基因,命名为MaGSTU1、MaGSTU2和MaGSTU3(GenBank登录号分别为:KC261934、KC261935和KC261936)... 为了获得香蕉抗逆相关基因,通过随机克隆测序和RACE(rapid-amplification of cDNA ends)的方法从香蕉根系cDNA文库中获得3个谷胱甘肽硫转移酶基因,命名为MaGSTU1、MaGSTU2和MaGSTU3(GenBank登录号分别为:KC261934、KC261935和KC261936)。经5′RACE获得3个GST基因全长,分别包含1个627、675和699 bp的最大开放阅读框(Open Reading Frame,ORF),分别编码208、224和232个氨基酸的蛋白质。蛋白质序列同源比对发现其含有完整的GST_N_Tau和GST_C_Tau结构域。系统发育树显示所有Tau类GST基因聚成一大支,充分说明本研究克隆的3个基因为Tau类GST基因。这些结果为进一步分析该类基因的功能和今后香蕉抗逆分子育种提供了基础资料。 展开更多
关键词 香蕉 谷胱甘肽硫转移酶 基因克隆 序列分析
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香蕉MYB基因克隆和表达分析 被引量:7
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作者 王卓 徐碧玉 +5 位作者 贾彩红 李健平 刘菊华 张建斌 苗红霞 金志强 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期1085-1092,共8页
【目的】获得香蕉抗逆相关转录因子。【方法】通过随机克隆测序的方法从香蕉根系c DNA文库中获得MYB基因,命名为Ma MYB1。【结果】对扩增获得的c DNA序列进行生物信息学分析,表明Ma MYB1是香蕉MYB基因编码框全长c DNA,包含一个951 bp的... 【目的】获得香蕉抗逆相关转录因子。【方法】通过随机克隆测序的方法从香蕉根系c DNA文库中获得MYB基因,命名为Ma MYB1。【结果】对扩增获得的c DNA序列进行生物信息学分析,表明Ma MYB1是香蕉MYB基因编码框全长c DNA,包含一个951 bp的最大开放阅读框,编码一个长316个氨基酸的蛋白质。蛋白质序列同源比对发现其含有完整的2个保守的MYB结构域R2和R3,属于典型的R2R3-MYB基因。系统进化树比对分析表明,Ma MYB1与海枣(XP_008808341.1)和油棕(XP_010914123.1)的亲缘关系较近。组织特异性研究表明该基因在叶、根和花中的表达量较高。实时荧光定量PCR分析表明Ma MYB1响应干旱、低温、盐和枯萎病菌的侵染等胁迫处理。【结论】Ma MYB1基因在香蕉响应逆境中扮演重要的调控角色。 展开更多
关键词 香蕉 MYB1 基因克隆 表达分析
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龙血树DCDPK2基因的克隆及表达分析 被引量:4
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作者 张浩 蔡文伟 +3 位作者 张树珍 杨学 刘琳 杨本鹏 《热带作物学报》 CSCD 2010年第7期1130-1136,共7页
通过RACE技术克隆龙血树CDPK基因的全长cDNA,并对基因序列进行相关分析与基因表达分析。结果表明:该基因全长为1 810 bp,编码区长度为1 587 bp,编码528个氨基酸,其氨基酸序列具有CDPK基因编码氨基酸的所有典型结构特征;经序列比对发现... 通过RACE技术克隆龙血树CDPK基因的全长cDNA,并对基因序列进行相关分析与基因表达分析。结果表明:该基因全长为1 810 bp,编码区长度为1 587 bp,编码528个氨基酸,其氨基酸序列具有CDPK基因编码氨基酸的所有典型结构特征;经序列比对发现其核酸序列与玉米CDPK基因的同源性高达81%,氨基酸序列与其它植物中的CDPK氨基酸序列同源性很高。该基因命名为DCDPK2基因。对未经血竭诱导和诱导的龙血树组培苗进行半定量RT-PCR表达分析,发现在添加了诱导物的组培苗中DCDPK2基因的表达显著增强。 展开更多
关键词 龙血树 CDPK基因 克隆 RACE技术 表达分析
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香蕉肉桂醇脱氢酶基因的克隆及表达分析 被引量:2
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作者 王卓 徐碧玉 +5 位作者 贾彩红 李健平 刘菊华 张建斌 苗红霞 金志强 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期1305-1310,共6页
肉桂醇脱氢酶(CAD)在木质素合成过程中起关键作用。通过RACE(rapid-amplification of cDNA ends)方法从香蕉根系cDNA均一化全长文库中获得一个肉桂醇脱氢酶基因,命名为MaCAD1(GenBank登录号为KF582533)。MaCAD1是香蕉MYB基因编码框全长c... 肉桂醇脱氢酶(CAD)在木质素合成过程中起关键作用。通过RACE(rapid-amplification of cDNA ends)方法从香蕉根系cDNA均一化全长文库中获得一个肉桂醇脱氢酶基因,命名为MaCAD1(GenBank登录号为KF582533)。MaCAD1是香蕉MYB基因编码框全长cDNA,包含一个1 077bp的最大开放阅读框(ORF),编码358个氨基酸。蛋白质序列同源比对发现,其含有完整的醇脱氧酶的典型保守结构域,属于典型的CAD蛋白。系统进化树比对分析表明,MaCAD1与水稻OsCAD6(CAD39907)的亲缘关系较近。组织特异性研究表明MaCAD1基因组成型表达于香蕉各个组织。在耐病和感病品种中,MaCAD1均上调表达,但在耐病品种中MaCAD1在所有时间点相对于对照增加的倍数均高于感病品种,表明MaCAD1基因在香蕉的抗病性中起着重要作用,MaCAD1可以作为一个新的响应枯萎病侵染的标记基因。 展开更多
关键词 香蕉 肉桂醇脱氢酶 基因克隆 表达分析
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香蕉抗坏血酸过氧化物酶基因的克隆及表达分析 被引量:3
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作者 王卓 徐碧玉 +5 位作者 贾彩红 李健平 刘菊华 张建斌 苗红霞 金志强 《热带农业科学》 2015年第12期44-49,共6页
抗坏血酸过氧化物酶(Ascorbate peroxidase,APX)是植物重要的过氧化氢(Hydrogen peroxide,H_2O_2)清除酶之一。通过RACE(Rapid-amplification of cDNA ends)方法从香蕉根系cDNA均一化全长文库中获得一个抗坏血酸过氧化物酶基因,命名为Ma... 抗坏血酸过氧化物酶(Ascorbate peroxidase,APX)是植物重要的过氧化氢(Hydrogen peroxide,H_2O_2)清除酶之一。通过RACE(Rapid-amplification of cDNA ends)方法从香蕉根系cDNA均一化全长文库中获得一个抗坏血酸过氧化物酶基因,命名为MaAPX2基因。MaAPX2基因是香蕉APX基因编码框全长cDNA,包含一个750 bp的最大开放阅读框(Open Reading Frame,ORF),编码249个氨基酸的蛋白质。蛋白质序列结构域比对发现,在MaAPX2N端具有典型的APX活性位点(APLMLPLAWHSA)和过氧化物酶近端血红素配体序列(DIVALSGGHTL)的保守结构域,属于典型的APX蛋白。系统进化树比对分析表明,MaAPX2与马蹄莲ZaAPX(AAC08576.1)的亲缘关系较近。组织特异性研究表明,MaAPX2基因组成型表达于香蕉各个组织,在叶片中表达量最大。在耐病和感病品种中,MaAPX2基因均上调表达,但在耐病品种中MaAPX2基因在所有时间点相对于对照增加的倍数均高于感病品种,表明该基因在香蕉的抗病性中起着重要作用。MaAPX2基因可以作为一个新的响应枯萎病侵染的标记基因。 展开更多
关键词 香蕉 抗坏血酸过氧化物酶 基因克隆 表达分析
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香蕉NPR1E基因的克隆及表达分析 被引量:1
7
作者 王卓 徐碧玉 +5 位作者 贾彩红 李健平 刘菊华 张建斌 苗红霞 金志强 《热带农业科学》 2015年第6期18-24,28,共8页
NPR1基因可参与调节植物对病原菌的广谱抗性,在植物系统抗性中起着关键的调控作用。通过RACE(rapid-amplification of c DNA ends)方法从香蕉根系中获得NPR1E基因,命名为Ma NPR1E(Gen Bank登录号分别为:KF582550)。Ma NPR1E是香蕉NPR1... NPR1基因可参与调节植物对病原菌的广谱抗性,在植物系统抗性中起着关键的调控作用。通过RACE(rapid-amplification of c DNA ends)方法从香蕉根系中获得NPR1E基因,命名为Ma NPR1E(Gen Bank登录号分别为:KF582550)。Ma NPR1E是香蕉NPR1基因编码框全长c DNA,包含一个1 755 bp的最大开放阅读框,编码一个含584个氨基酸的蛋白质。经蛋白质序列同源比对发现,其含有完整的BTB/POZ结构域、锚蛋白重复ANK序列和NPR1-like-C结构域,属于典型的NPR1蛋白。系统进化树比对分析表明,Ma NPR1E与海枣Pd NPR3(XP_008808341.1)和油棕Eg NPR3(XP_010914123.1)的亲缘关系较近。组织特异性研究表明,该基因组成型表达于香蕉各组织。实时荧光定量PCR分析表明,接种枯萎病菌后Ma NPR1E的表达在感病品种中被抑制,而在抗病品种中被激活;Ma NPR1E的表达受乙烯利和水杨酸的诱导。上述结果表明,Ma NPR1E可能在香蕉抗枯萎病过程中扮演重要的调控角色。 展开更多
关键词 香蕉 MaNPR1E 基因克隆 表达分析
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香蕉延长因子1A(MaEF1A)基因的分离及特征分析
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作者 刘菊华 徐碧玉 +4 位作者 陈敦忠 张静 张建斌 贾彩红 金志强 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期825-830,共6页
采用筛选香蕉果实采后cDNA文库的方法,首次获得了一条长为1 341 bp的cDNA序列,命名为MaEF1A。生物信息学分析结果表明,它与麝香百合延长因子1A 3的mRNA有84%的同源性,与烟草延长因子1A的mRNA有83%的同源性,推测它可能为编码香蕉延长因子... 采用筛选香蕉果实采后cDNA文库的方法,首次获得了一条长为1 341 bp的cDNA序列,命名为MaEF1A。生物信息学分析结果表明,它与麝香百合延长因子1A 3的mRNA有84%的同源性,与烟草延长因子1A的mRNA有83%的同源性,推测它可能为编码香蕉延长因子1A(elongation factor-1 alpha,EF1A)的基因。该基因包含了一个完整的ORF,肽链序列中含有GTP-EFTU、GTP-EFTU-02和GTP-EFTU-03 3个保守结构域。采用RT-PCR的方法对该基因在香蕉不同组织以及果实采后不同时期的表达特征进行了初步的研究。结果表明,该基因在香蕉不同组织以及果实采后各个时期都是差异表达的。该基因在香蕉根和花中的表达量最高,茎叶最低。在香蕉果实采后的表达量开始是呈逐渐升高的趋势,到香蕉果实采后第20天,该基因的表达量达到高峰,随后该基因的表达量就逐渐下降。这一变化过程与香蕉果实采后乙烯释放量的变化进程是一致的。 展开更多
关键词 香蕉 CDNA文库 MaEF1A RT-PCR
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香蕉NPR1基因家族的鉴定及在枯萎病菌胁迫下表达分析 被引量:10
9
作者 任陪娣 谢碧玉 +6 位作者 陈翠 贾彩红 王静毅 张建斌 徐碧玉 王卓 金志强 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1621-1629,共9页
以拟南芥NPR1基因家族成员蛋白序列为查询序列,在香蕉基因组数据库中鉴定香蕉NPR1基因家族成员,并对其进行生物信息学分析及在枯萎病菌侵染下的表达分析。共鉴定得到15个成员,将其命名为MaNPR1~MaNPR15。理化性质、保守功能结构域、重... 以拟南芥NPR1基因家族成员蛋白序列为查询序列,在香蕉基因组数据库中鉴定香蕉NPR1基因家族成员,并对其进行生物信息学分析及在枯萎病菌侵染下的表达分析。共鉴定得到15个成员,将其命名为MaNPR1~MaNPR15。理化性质、保守功能结构域、重要的氨基酸残基及motif分析结果与其他物种所报道的有较高的一致度。香蕉NPR1基因家族成员种内进化树、基因结构及结构域的分类情况呈现出高度一致,表明了香蕉NPR1基因家族成员间有着明确的分工。种间进化树显示香蕉的NPR1基因分为3个分组,每个分组都含有拟南芥NPR1成员。主栽品种巴西蕉(Musa acuminata Colla.AAA group'Brazilian')易感香蕉枯萎病,从巴西蕉CK及巴西蕉受枯萎病侵染2 d的根系转录组数据中综合表达量及表达趋势选定8个成员,并在巴西蕉与抗(耐)Foc TR4品种GCTCV-119中验证其表达模式。基因MaNPR4及MaNPR11在抗感品种中表现出明显的差异表达,在抗病品种GCTCV-119中随着Foc TR4侵染时间延长表达量不断增加,而在感病品种巴西蕉中表达量呈下降趋势。表明MaNPR4及MaNPR11参与香蕉抗枯萎病过程。本研究结果为进一步利用香蕉NPR1基因进行香蕉抗枯萎病遗传改良奠定基础。 展开更多
关键词 香蕉 NPR1 生物信息学分析 香蕉枯萎病 表达分析
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甘蔗液泡ATP酶C亚基基因克隆及序列分析 被引量:2
10
作者 许志宇 王俊刚 +1 位作者 杨本鹏 张树珍 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第9期82-86,共5页
根据筛选文库时获得的EST序列信息,利用RACE技术分离了一个甘蔗ATP酶C亚基基因,命名为ShVHA-C。该基因cDNA全长1 312 bp,含有1 056 bp的完整阅读框架,编码351个氨基酸。序列比对及结构预测分析表明,ShVHA-C编码的氨基酸序列与水稻、小... 根据筛选文库时获得的EST序列信息,利用RACE技术分离了一个甘蔗ATP酶C亚基基因,命名为ShVHA-C。该基因cDNA全长1 312 bp,含有1 056 bp的完整阅读框架,编码351个氨基酸。序列比对及结构预测分析表明,ShVHA-C编码的氨基酸序列与水稻、小麦、苜蓿、绿豆和蓖麻中相应基因氨基酸序列的一致性分别达到94.10%、93.22%、91.15%、91.15%和91.74%,与水稻一致性最高。在整个二级结构中,含有233个α-螺旋(alpha helix),占66.38%;含有5个延伸链(extended strand),占1.42%;含有113个无规则卷曲(random coil),占32.19%。此蛋白不具有导肽。整个多肽链表现为亲水性,没有明显的疏水区域,初步认为甘蔗ShVHA-C编码蛋白是亲水性蛋白。 展开更多
关键词 甘蔗 糖分积累 V-ATPASE RACE 序列分析
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香蕉几丁质酶基因家族的鉴定及在枯萎病侵染时的表达分析 被引量:1
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作者 林秋妹 王霞 +6 位作者 赵东方 贾彩红 王静毅 刘菊华 徐碧玉 张玄兵 王卓 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期272-280,共9页
几丁质酶(CHi,Chitinase)是一种能够催化真菌细胞壁中几丁质水解的病程相关蛋白,在植物与真菌互作中起着重要的作用。本研究以拟南芥几丁质酶基因的蛋白序列为查询序列,在香蕉A基因组数据库中进行BLASTp比对,鉴定出23个香蕉几丁质酶(MaC... 几丁质酶(CHi,Chitinase)是一种能够催化真菌细胞壁中几丁质水解的病程相关蛋白,在植物与真菌互作中起着重要的作用。本研究以拟南芥几丁质酶基因的蛋白序列为查询序列,在香蕉A基因组数据库中进行BLASTp比对,鉴定出23个香蕉几丁质酶(MaCHi,Musa chitinase)基因家族成员。根据其染色体上的位置,分别命名为MaCHi01~MaCHi23。系统进化树分析表明23个MaCHis可分为糖苷水解酶18(GH18,glycosyl hydrolase 18)和糖苷水解酶19(GH19,glycosyl hydrolase 19)2个亚家族。转录组数据分析表明接种尖孢镰刀菌古巴专化型热带4号生理小种(Foc TR4,Fusarium oxysporum f.sp.cubense tropical race 4)后MaCHi05、MaCHi06、MaCHi07、MaCHi11、MaCHi19和MaCHi20基因在感病品种巴西蕉中显著下调或不表达,在抗病品种GCTCV-119中显著上调。利用RT-qPCR技术对MaCHi05、MaCHi06、MaCHi07、MaCHi11和MaCHi19在抗病和感病品种接种Foc TR4中进行表达分析,结果发现在抗病品种中这些基因的表达都被激活,而在感病品种中没有激活,且在抗病品种中的相对表达量远大于感病品种,表明这些基因以正调控方式参与香蕉抗枯萎病过程。本研究结果为进一步解析MaCHi基因家族成员在香蕉抗枯萎病过程中的功能提供理论参考。 展开更多
关键词 香蕉 几丁质酶基因 表达分析 枯萎病
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