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利用ELISA与qRT-PCR技术检测番木瓜PRSV病毒的方法研究 被引量：1
1
作者 谢秀菊 夏启玉 +7 位作者 霍姗姗 杜晓希 麦贤俊 张雨良 郭安平 李峰 孔祥义 赵辉 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2024年第12期2534-2541,共8页
番木瓜环斑病毒(Papaya ringspot virus,PRSV)是番木瓜生产上最严重的病害之一,其发病率高,传播快,危害重。为及时发现感染PRSV的番木瓜植株,本研究建立了分别利用酶联免疫吸附测定(ELISA)技术和荧光定量逆转录PCR(qRT-PCR)技术检测番... 番木瓜环斑病毒(Papaya ringspot virus,PRSV)是番木瓜生产上最严重的病害之一,其发病率高,传播快,危害重。为及时发现感染PRSV的番木瓜植株,本研究建立了分别利用酶联免疫吸附测定(ELISA)技术和荧光定量逆转录PCR(qRT-PCR)技术检测番木瓜植株感染PRSV的方法,利用这2种方法检测多株转基因番木瓜与非转基因番木瓜的PRSV含量,并对结果进行比较分析。结果表明:利用PRSV多肽抗原作为标准品制备的抗体建立的标准曲线拟合度较好,可用于ELISA法检测PRSV;qRT-PCR法中选择的内参基因Cpa03g018830在番木瓜的不同生长阶段均稳定表达,可作为PRSV含量测定的内参基因;ELISA法和qRT-PCR法对多株转基因和非转基因番木瓜植株中PRSV含量的检测结果基本一致,表明这2种方法均可用于番木瓜植株中PRSV含量的检测。利用这2种检测手段,可及时发现并铲除感染了PRSV的番木瓜植株,有效预防与控制PRSV传播。 展开更多
关键词 番木瓜环斑病毒 酶联免疫吸附 荧光定量逆转录PCR
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海南杂草稻的落粒基因SH4和qSH1落粒SNP位点的序列分析
2
作者 夏启玉 孔华 +6 位作者 邹玲敏 吴清娟 姜晓琦 贺萍萍 曹扬 张雨良 赵辉 《热带作物学报》 北大核心 2025年第7期1584-1593,共10页
种子的落粒性是导致杂草稻在水稻田不断自我繁衍和扩散的主要原因。SH4和qSH1基因被认为是控制水稻种子落粒的主效基因,本研究旨在测定海南杂草稻的SH4和qSH1的落粒SNP位点的基因型。本研究以临高县和崖州区水稻田中的杂草稻为研究材料... 种子的落粒性是导致杂草稻在水稻田不断自我繁衍和扩散的主要原因。SH4和qSH1基因被认为是控制水稻种子落粒的主效基因,本研究旨在测定海南杂草稻的SH4和qSH1的落粒SNP位点的基因型。本研究以临高县和崖州区水稻田中的杂草稻为研究材料,采集13块水稻田中的杂草稻及其对应栽培稻种子,从中选择144株表型有差异的杂草稻种子及13株对应栽培稻种子进行萌发种植,测定它们的种子落粒率,并对SH4和qSH1的落粒SNP位点进行PCR扩增及序列分析。结果表明:SH4基因的落粒SNP位点为野生落粒型G的杂草稻有77株,突变难落粒型T的杂草稻有48株,杂合型G/T的有19株;所有栽培稻的SH4的落粒SNP位点均为T。落粒率测定发现,SH4基因的落粒SNP位点为G和G/T的96株杂草稻都具有极高的落粒率,而SH4基因的落粒SNP位点为T的48株杂草稻中,40株为中度落粒率,8株为低落粒率。所有杂草稻和栽培稻样品的qSH1落粒SNP位点均为野生落粒型G。以上结果表明,海南杂草稻和栽培稻之间的落粒率差异与qSH1基因的落粒SNP位点无关,而与SH4基因的落粒SNP位点显著相关;SH4基因的落粒SNP位点均为T型的杂草稻和栽培稻间的落粒率差异可能由其他未知的基因或位点的差异导致。本研究结果可为海南杂草稻种子落粒的分子机制提供分子依据。 展开更多
关键词 杂草稻 SH4 qSH1 落粒SNP位点 序列分析
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南繁地区筛网用于转基因玉米种植隔离距离控制条件的研究 被引量：3
3
作者 谭燕华 谢翔 +6 位作者 周霞 易小平 霍姗姗 张丽丽 曹扬 赵辉 郭安平 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2020年第5期851-858,共8页
筛网作为控制基因漂移的物理隔离屏障早已应用在农业生产中,然而一直缺乏可靠的试验数据供选择。因此,本研究使用筛网作为隔离措施,研究南繁地区转基因玉米基因漂移距离的控制条件,研究期为2 a,分别在2个南繁季节和2个南繁地点进行。结... 筛网作为控制基因漂移的物理隔离屏障早已应用在农业生产中,然而一直缺乏可靠的试验数据供选择。因此,本研究使用筛网作为隔离措施,研究南繁地区转基因玉米基因漂移距离的控制条件,研究期为2 a,分别在2个南繁季节和2个南繁地点进行。结果显示:在基因漂移阈值为0.1%的条件下,250目的筛网在高度高于种植的玉米2.5 m时,可有效地将花粉漂移距离控制在20~30 m,大大缩短了转基因玉米安全监管规定的隔离距离,这对于农用土地越来越少的南繁基地是非常有利的。本研究结果也可适用于南繁地区常规玉米制种过程的基因漂移风险控制。 展开更多
关键词 筛网 转基因玉米 基因漂移 隔离控制 南繁
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番木瓜赖氨酸基序类受体激酶LysM-RLK基因家族鉴定及生物信息学分析 被引量：2
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作者 郭盼 孔华 +6 位作者 王雨 戴云素 贾瑞宗 周瑶 郭安平 纪长绵 马春花 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2023年第5期867-879,共13页
本研究采用生物信息学方法在番木瓜全基因组范围系统鉴定了7个LysM-RLK家族基因,并解析了其染色体分布特征、基因结构特征、蛋白理化性质和亚细胞定位信息。基因家族进化分析表明番木瓜的7个LysM-RLK基因可划分为3个亚组(Lym-II,Lym-III... 本研究采用生物信息学方法在番木瓜全基因组范围系统鉴定了7个LysM-RLK家族基因,并解析了其染色体分布特征、基因结构特征、蛋白理化性质和亚细胞定位信息。基因家族进化分析表明番木瓜的7个LysM-RLK基因可划分为3个亚组(Lym-II,Lym-III,Lym-IV),并分布于4条染色体上。基因复制是番木瓜LysM-RLK家族进化的主要驱动力,基因复制分析鉴定得到7对复制基因。启动子序列调控元件分析发现其包含多个光响应元件及参与低温应答和逆境相关激素信号应答的元件。大规模比较转录组分析系统地解析了LysM-RLK在番木瓜生物胁迫、非生物胁迫条件下及不同组织中的基因表达模式,揭示其特异性的表达模式及潜在的生物学功能。复制基因对的表达分化、结构域组成差异和蛋白质三级结构的变化,暗示其在进化过程中的亚功能化现象。生物和非生物胁迫条件下的核心共表达网络分析鉴定了27个与LysM-RLK3强关联的核心基因,揭示了LysM-RLK3潜在的转录调控模式。相关结果为番木瓜LysM-RLK家族起源演化、功能分化及其在逆境响应和生长发育过程中的角色提供重要依据。 展开更多
关键词 番木瓜 LysM-RLK家族 生物信息分析 基因表达 蛋白三维结构
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一种农杆菌介导的糜子高效遗传转化方法
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作者 夏启玉 降彦苗 +5 位作者 刘亚男 李海权 程汝宏 郭安平 刘国庆 赵辉 《热带作物学报》 北大核心 2025年第1期44-50,共7页
糜子(Panicum miliaceum L.)是我国传统的粮食作物,截至目前,针对糜子遗传转化方法的研究仍较少,本研究旨在建立农杆菌介导的糜子高效遗传转化方法。以糜子品种冀黍5号的成熟种子为外植体,在CIM和MSD诱导培养基上分别诱导糜子的胚性愈伤... 糜子(Panicum miliaceum L.)是我国传统的粮食作物,截至目前,针对糜子遗传转化方法的研究仍较少,本研究旨在建立农杆菌介导的糜子高效遗传转化方法。以糜子品种冀黍5号的成熟种子为外植体,在CIM和MSD诱导培养基上分别诱导糜子的胚性愈伤,以其作为转化受体材料,用含植物表达载体的农杆菌侵染60min并共培养6d,转接至含0.025g/L潮霉素的筛选培养基上筛选出抗性愈伤,接着在含0.015g/L潮霉素的分化培养基上分化,最后在含0.015g/L潮霉素的生根培养基上生根成苗,用载体特异性引物对再生植株进行PCR检测,鉴定其是否为阳性转基因植株。根据多个批次的转化实验统计糜子的抗性再生植株的筛选效率和转化效率。结果表明:CIM和MSD诱导培养基均能诱导出糜子胚性愈伤,但CIM培养基诱导的糜子胚性愈伤效果更好;糜子胚性愈伤在被农杆菌侵染及与农杆菌共培养后,经在含潮霉素的培养基上筛选、分化和生根后获得多株抗性再生糜子植株,3次试验获得的糜子抗性再生植株的PCR鉴定阳性率为100%,平均转化效率为30%以上。本研究成功建立了农杆菌介导的糜子遗传转化方法,操作简单,转化效率高,成本低廉,且转化不受季节限制,能规模化开展,为糜子的遗传改良提供有效的技术手段。 展开更多
关键词 糜子 农杆菌 遗传转化 转化效率
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两种PCR快速检测转基因糜子中外源基因的插入拷贝数
6
作者 董晓静 夏启玉 +3 位作者 降彦苗 刘国庆 程汝宏 赵辉 《热带农业科学》 2025年第2期55-63,共9页
近年来,糜子(Panicum miliaceum L.)的转基因育种研究越来越多,本研究旨在建立简单快速检测转基因糜子中外源基因插入拷贝数的方法。从糜子基因组中筛选了一个单拷贝基因SD1,并以其为内参基因,以潮霉素抗性基因(Hyg)为外源基因,建立了数... 近年来,糜子(Panicum miliaceum L.)的转基因育种研究越来越多,本研究旨在建立简单快速检测转基因糜子中外源基因插入拷贝数的方法。从糜子基因组中筛选了一个单拷贝基因SD1,并以其为内参基因,以潮霉素抗性基因(Hyg)为外源基因,建立了数字PCR检测转基因糜子中外源基因插入拷贝数的方法。并以数字PCR鉴定的一个双拷贝样品为参照样本,建立了荧光定量PCR检测转基因糜子中外源基因插入拷贝数的方法。生物信息学分析表明,SD1为单拷贝基因,可作为转基因糜子中外源基因插入拷贝数检测的内参基因。数字PCR法检测的转基因糜子样品中,9份样品均为单拷贝或双拷贝插入;荧光定量PCR法检测的转基因糜子样品中,10份样品为单拷贝或双拷贝插入,其余13份样品均为多拷贝插入;对其中的4份低拷贝样品也进行了数字PCR检测,结果与荧光定量PCR法的检测结果完全一致,表明荧光定量PCR法检测转基因糜子中外源基因低拷贝时的准确度较高。本研究建立的数字PCR法简单快速,准确度高,适合在样品数量较少时使用,而荧光定量PCR法检测低拷贝插入时准确度较高,且成本低廉,适合从大量转基因株系中初筛出的低拷贝插入株系。这2种方法均可简单快速地检测糜子转基因育种中外源基因插入拷贝数。 展开更多
关键词 转基因糜子 外源基因 插入拷贝数 数字PCR 荧光定量PCR
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基于单分子实时测序的油莎豆全长转录组分析 被引量：16
7
作者 邹智 赵永国 +3 位作者 张丽 孔华 郭运玲 郭安平 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期229-235,共7页
油莎豆以其适应性广、产量和含油量高而成为我国的新型油料作物。为解析油莎豆的遗传基础,服务于育种和分子生物学研究,采用单分子实时测序技术构建了油莎豆高质量的全长转录组,混合样本的组织来源包括块茎、匍匐茎、根、芽、叶片、叶... 油莎豆以其适应性广、产量和含油量高而成为我国的新型油料作物。为解析油莎豆的遗传基础,服务于育种和分子生物学研究,采用单分子实时测序技术构建了油莎豆高质量的全长转录组,混合样本的组织来源包括块茎、匍匐茎、根、芽、叶片、叶鞘、花、花茎等。研究基于23.20 Gb高质量的原始数据提取获得环形一致序列319568条,其平均长度和测序深度分别为2101 bp和43×;通过聚类、校正和去冗余最终得到高质量的序列57849条,合计121.79 Mb;转录组的完整性约为79.58%,其中约有76.20%的为全长转录本;通过比对NR、Swissprot、GO、KOG、eggNOG、Pfam、KEGG等数据库,共获得52424条序列的注释信息,注释比例约为90.62%;此外,研究还预测获得3759条lncRNA、43060个SSR位点以及2300条转录因子序列。这些结果不仅增加了我们对油莎豆遗传特性的认知,同时还为下一步开展基因表达谱分析、功能基因的挖掘与利用等奠定了坚实的基础。 展开更多
关键词 油莎豆 油料作物 全长转录组 单分子实时测序
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数字PCR和荧光定量PCR检测转基因番木瓜中外源基因拷贝数方法的建立及其应用 被引量：3
8
作者 谢秀菊 夏启玉 +7 位作者 刘帅 麦贤俊 贾瑞宗 郭安平 徐志胜 李峰 孔祥义 赵辉 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2024年第4期663-673,共11页
传统的检测转基因植物中外源基因拷贝数的方法是Southern杂交,该方法成本高、周期长,难以满足高通量检测外源基因拷贝数的育种需求,因此,本研究旨在建立快速且高通量检测转基因番木瓜中外源基因拷贝数的方法。本研究从番木瓜基因组中筛... 传统的检测转基因植物中外源基因拷贝数的方法是Southern杂交,该方法成本高、周期长,难以满足高通量检测外源基因拷贝数的育种需求,因此,本研究旨在建立快速且高通量检测转基因番木瓜中外源基因拷贝数的方法。本研究从番木瓜基因组中筛选出2个单拷贝基因Cpa03g018830和Cpa03g018770,以已知外源基因为单拷贝整合的转基因番木瓜为参照,利用数字PCR鉴定其拷贝数,进一步以其为内参基因,以番木瓜转基因育种常用的筛选标记基因NPTⅡ为外源目的基因,建立利用数字PCR和荧光定量PCR技术检测转基因番木瓜中外源基因拷贝数的方法。结果表明:Cpa03g018830和Cpa03g018770均为单拷贝基因;建立的数字PCR方法对转基因番木瓜中的外源基因拷贝数的检测准确可靠,而荧光定量PCR对转基因番木瓜中外源基因单低拷贝整合的检测准确度较高,对外源基因多拷贝整合的检测准确度则较低,因此,荧光定量PCR适合用来在大量转基因植株中初筛出单低拷贝整合的植株。本研究鉴定的单拷贝基因Cpa03g018830和Cpa03g018770可作为转基因番木瓜中外源基因拷贝数检测的内参基因,且建立的利用数字PCR和荧光定量PCR技术检测转基因番木瓜中外源基因拷贝数的方法,操作简单,速度快,适合批量检测,可为番木瓜转基因抗病育种中单低拷贝株系的选育提供新的方法。 展开更多
关键词 转基因番木瓜 拷贝数 内参基因 数字PCR 荧光定量PCR
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橡胶树叶片衰老相关基因HbLEA3的克隆与表达分析 被引量：5
9
作者 邹智 郭运玲 孔华 《西南林业大学学报（自然科学）》 CAS 北大核心 2021年第4期42-48,共7页
为揭示HbLEA3的序列特征和转录调控模式,研究以橡胶树衰老叶片为材料,利用RT−PCR技术克隆了该基因652 bp的cDNA序列,其中包含173 bp的5′UTR、303 bp的ORF以及176 bp的3′UTR。结果表明:基因编码100个氨基酸,理论分子量为11.61 kDa,等... 为揭示HbLEA3的序列特征和转录调控模式,研究以橡胶树衰老叶片为材料,利用RT−PCR技术克隆了该基因652 bp的cDNA序列,其中包含173 bp的5′UTR、303 bp的ORF以及176 bp的3′UTR。结果表明:基因编码100个氨基酸,理论分子量为11.61 kDa,等电点为9.07,GRAVY为−0.498,含有一个LEA_(3)家族特有的保守结构域,线粒体定位;蛋白与木薯、蓖麻、麻疯树和可可树中同源蛋白的相似性均在60%以上,而在拟南芥和水稻中亲缘关系最近为AtLEA3和OsLEA10,相似性分别为36.0%和41.1%;HbLEA3主要在叶片中表达,并随着叶片的成熟而稳步上调,但在衰老早期短暂下调,随后在衰老中期显著上调;此外,基因的表达还受低温、PEG、NaCl、H2O2、ABA、乙烯利、茉莉酸甲酯和水杨酸等多种非生物胁迫和逆境相关植物生长调节剂的诱导。因此,HbLEA3是一个与橡胶树叶片发育和胁迫响应相关的胚胎发育晚期丰富蛋白基因。 展开更多
关键词 橡胶树 基因克隆 HbLEA3 转录 非生物胁迫 植物生长调节剂
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油莎豆5-烯醇式丙酮酰莽草酸-3-磷酸合酶基因CeEPSPS的克隆与分析 被引量：6
10
作者 邹智 肖艳华 +1 位作者 张丽 赵永国 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2023年第1期26-34,共9页
起源于非洲和地中海沿岸的油莎豆以适应性广、产油量高而成为我国的新型油料作物。为促进该物种的开发与利用,研究基于基因组和转录组数据对油莎豆及代表性单子叶植物的EPSPS基因进行系统鉴定。结果表明:与大多数植物类似,油莎豆仅含有1... 起源于非洲和地中海沿岸的油莎豆以适应性广、产油量高而成为我国的新型油料作物。为促进该物种的开发与利用,研究基于基因组和转录组数据对油莎豆及代表性单子叶植物的EPSPS基因进行系统鉴定。结果表明:与大多数植物类似,油莎豆仅含有1个EPSPS基因,其包含7个内含子,命名为CeEPSPS;RT-PCR分离到的CeEPSPS编码区序列为1584 bp,预测编码514个氨基酸,其N端的前70个残基为叶绿体信号肽,77~508位残基为高度保守的EPSP合酶结构域(PF00275);与EPSP合酶结构域相比,信号肽在不同植物中变异较大;CeEPSPS成熟蛋白的理论分子量为47.32 kDa,等电点为5.49,总平均疏水指数为0.069,脂肪族指数为93.76,不稳定系数为31.73,与其他物种相近,均属于稳定的疏水型酸性蛋白;进化分析支持油莎豆划归为禾本目莎草科。序列比对和基因组测序分析结果显示,56份油莎豆种质不存在已报道的草甘膦抗性变异。qRT-PCR分析结果显示,CeEPSPS主要在成熟叶片和块茎中表达,其表达水平显著高于芽、幼嫩叶片、衰老叶片和芽茎。此外,本研究还构建了CeEPSPS的植物过表达载体,这为下一步的草甘膦抗性育种奠定了坚实的基础。 展开更多
关键词 油莎豆 莎草科 油料作物 5-烯醇式丙酮酰莽草酸-3-磷酸合酶 草甘膦
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