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基于语义网技术的基因和基因产物搜索工具: 1; 作者许庆炜鲁强 +2 位作者曹顺良骆清铭李亦学《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2007年第11期1169-1173,共5页; GORouter运用多种语义网技术和工具构建了一个以基因本体为中心的基因和基因产物相关信息知识库,为生命科学研究人员提供跨物种、跨领域的语义搜索服务。GORouter核心数据集中共集成了27个语义描述框架（RDF）模块,由约7.2百万个三元组... 展开更多; 关键词语义网基因本体(GO) 语义描述框架(RDF) Oracle 生命科学标识(LSID); 在线阅读下载PDF 职称材料

基于MVC架构的基因组序列信息可视化工具: 2; 作者王海沿鲁强 +1 位作者曾绍群李亦学《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2004年第10期27-30,共4页; 探讨了一种基于Model-View-Controller架构开发基因组序列可视化工具的方法。按照模型、视图、控制器的设计思想划分软件架构，在Java平台上开发了具有良好可操作性、可重用性以及可扩展性的基因组序列信息可视化工具。; 关键词 MVC 软件架构信息可视化 MODEL-VIEW-CONTROLLER 可视化工具 JAVA平台可重用性开发可操作性模型; 在线阅读下载PDF 职称材料

一种快速可变剪接模式搜索算法的研究: 3; 作者张欣赵静 +1 位作者王庆康曹志伟《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期1051-1055,共5页; 提出了一种快速可变剪接模式搜索算法--ASDT.该算法通过计算cDNA与基因序列的联配结构来寻找基因的可变剪接模式.ASDT计算中引入已知剪接信息,并采用增强后缀数组、块联配延伸和K最大参考路径等技术和方法来提高计算速度.与国外的BLAT... 展开更多; 关键词可变剪接联配搜索算法 EST; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于分子指纹相似性的药物-药物网络被引量：1: 4; 作者叶浩唐凯临李亦学《华东理工大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期301-306,共6页; 根据分子指纹相似性构建了FDA批准的小分子药物的药物-药物网络,结合药物ATC分类系统中定义的药物治疗功能信息,提出了一种基于网络的药物功能预测方法。预测了1 277个药物-治疗功能关系对,其中有59.44%得到了文献的证实;337个已知ATC... 展开更多; 关键词分子指纹药物-药物网络药物新功能预测; 在线阅读下载PDF 职称材料

图形聚类算法的代谢网络模块化分析被引量：7: 5; 作者侯静宋安平 +3 位作者王卓张武李园园李亦学《应用科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期588-592,共5页; 代谢网络的研究是当今生物学研究中的新热点,使用图形聚类算法对代谢网络进行分析研究是一个有力的手段.文中提出了用图形聚类方法挖掘复杂代谢网络中蕴含的功能信息并进行模块相似性分析的方法,从系统生物学角度揭示光合作用的进化.介... 展开更多; 关键词代谢网络马尔可夫聚类算法模拟退火聚类算法模块相似度; 在线阅读下载PDF 职称材料

一种基于KKT条件和壳向量的SVM增量学习算法被引量：8: 6; 作者茅嫣蕾魏赟贾佳《电子科技》 2016年第2期38-40,44,共4页; 针对传统支持向量机(SVM)增量算法,在学习过程中因基于局部最优解而可能舍弃含隐性信息的非支持向量样本,以及对于新增样本需全部进行训练的缺点,文中提出一种基于KKT条件和壳向量的SVM增量学习算法。该方法利用壳向量的特性保留了训练... 展开更多; 关键词 SVM 增量学习 KKT条件壳向量; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于GPU运算的宏基因组第二代测序模拟软件被引量：1: 7; 作者宣黎明韦朝春李亦学《华东理工大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期472-476,共5页; 提出一个新的宏基因组模拟系统NeSSM(Next-Generation Sequencing Simulator forMetagenomics)。通过结合目前数据库中所有的基因组信息和一些初步的宏基因组测序信息,该系统可以产生一个接近于实际情况的模拟宏基因组测序数据。为了加... 展开更多; 关键词宏基因组 GPU 模拟系统测序平台; 在线阅读下载PDF 职称材料

血吸虫血红蛋白降解途径的重构及关键酶蛋白保守结构域的分析: 8; 作者魏佳李园园 +1 位作者李亦学于复东《华东理工大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期706-714,共9页; 利用生物信息学方法,以疟原虫的血红蛋白降解途径为基础,成功地构建出了日本血吸虫和曼氏血吸虫的血红蛋白降解途径,并对降解途径上的关键酶蛋白的保守结构域进行了序列及结构分析。预测得到的血吸虫血红蛋白降解酶保守结构域,与疟原虫... 展开更多; 关键词日本血吸虫曼氏血吸虫疟原虫血红蛋白降解途径保守结构域; 在线阅读下载PDF 职称材料

1例KCNH2基因突变致长QT综合征病例分析: 9; 作者林舒嘉陈顺 +6 位作者林秋萍赵小佩徐萌贾佳肖婷婷侯翠兰谢利剑《儿科药学杂志》 CAS 2023年第12期38-43,共6页; 目的:探讨长QT综合征的致病基因及其基因突变与临床表型的相关性。方法:回顾分析1例可疑长QT综合征患儿的临床资料,并利用全外显子测序(WES)筛查可能导致长QT综合征的突变。利用致病性评分、遗传模式及Sanger测序验证突变。结果:基因检... 展开更多; 关键词长QT综合征 KCNH2突变全外显子测序心源性猝死生物信息学; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于语义网技术的基因和基因产物搜索工具: 1; 作者许庆炜鲁强曹顺良骆清铭李亦学; 机构华中科技大学湖北省生物信息与分子成像重点实验室上海生物信息技术研究中心; 出处《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2007年第11期1169-1173,共5页; 基金 973计划（2003CB715904）资助项目; 文摘 GORouter运用多种语义网技术和工具构建了一个以基因本体为中心的基因和基因产物相关信息知识库,为生命科学研究人员提供跨物种、跨领域的语义搜索服务。GORouter核心数据集中共集成了27个语义描述框架（RDF）模块,由约7.2百万个三元组组成,涵盖了18个生物学数据库所提供的基因和基因产物注释信息,并通过引入3个相关本体丰富了不同来源数据间的语义联系。; 关键词语义网基因本体(GO) 语义描述框架(RDF) Oracle 生命科学标识(LSID); Keywords semantic web, gene ontology （CA3）, resource description framework （RDF）, Oracle, life science identifier （LSID）; 分类号 TP393 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于MVC架构的基因组序列信息可视化工具: 2; 作者王海沿鲁强曾绍群李亦学; 机构华中科技大学生物医学光子学教育部重点实验室华中科技大学生物医学光子学教育部重点实验室上海生物信息技术研究中心; 出处《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2004年第10期27-30,共4页; 文摘探讨了一种基于Model-View-Controller架构开发基因组序列可视化工具的方法。按照模型、视图、控制器的设计思想划分软件架构，在Java平台上开发了具有良好可操作性、可重用性以及可扩展性的基因组序列信息可视化工具。; 关键词 MVC 软件架构信息可视化 MODEL-VIEW-CONTROLLER 可视化工具 JAVA平台可重用性开发可操作性模型; 分类号 TP393 [自动化与计算机技术—计算机应用技术] TP311 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名一种快速可变剪接模式搜索算法的研究: 3; 作者张欣赵静王庆康曹志伟; 机构上海交通大学微纳科学技术研究院上海交通大学生命科学技术学院上海生物信息技术研究中心; 出处《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期1051-1055,共5页; 基金 973计划（2004CB720103）资助项目; 文摘提出了一种快速可变剪接模式搜索算法--ASDT.该算法通过计算cDNA与基因序列的联配结构来寻找基因的可变剪接模式.ASDT计算中引入已知剪接信息,并采用增强后缀数组、块联配延伸和K最大参考路径等技术和方法来提高计算速度.与国外的BLAT软件的比较结果显示,在达到相同计算精度的前提下,ASDT的搜索速度是BLAT的2到16倍.根据ASDT算法开发的工具可以在以下网址获得： http：//www.scbit.org/ASDT/.; 关键词可变剪接联配搜索算法 EST; Keywords alternative splicing, alignment search, algorithm, EST; 分类号 TP18 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于分子指纹相似性的药物-药物网络被引量：1: 4; 作者叶浩唐凯临李亦学; 机构华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室上海生物信息技术研究中心; 出处《华东理工大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期301-306,共6页; 基金国家重大科技专项(2012ZX10005001) 国家自然科学基金(30900832) 教育部"新世纪优秀人才计划"(NCET-08-0399); 文摘根据分子指纹相似性构建了FDA批准的小分子药物的药物-药物网络,结合药物ATC分类系统中定义的药物治疗功能信息,提出了一种基于网络的药物功能预测方法。预测了1 277个药物-治疗功能关系对,其中有59.44%得到了文献的证实;337个已知ATC分类的药物(占ATC药物的55.89%)的预测功能与已知功能相符;那些尚未有文献支持的药物-治疗功能关系对,很可能暗示了药物潜在的新功能。; 关键词分子指纹药物-药物网络药物新功能预测; Keywords molecular fingerprint drug-drug network drug new indication prediction; 分类号 Q811.4 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名图形聚类算法的代谢网络模块化分析被引量：7: 5; 作者侯静宋安平王卓张武李园园李亦学; 机构上海大学计算机工程与科学学院上海交通大学生物医学仪器研究所上海生物信息技术研究中心; 出处《应用科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期588-592,共5页; 基金国家"973"重点基础研究发展计划(2002CB713807 2004CB518606 +1 种基金 2003CB715900) 上海市科委重大基础(04DZ14003)资助项目; 文摘代谢网络的研究是当今生物学研究中的新热点,使用图形聚类算法对代谢网络进行分析研究是一个有力的手段.文中提出了用图形聚类方法挖掘复杂代谢网络中蕴含的功能信息并进行模块相似性分析的方法,从系统生物学角度揭示光合作用的进化.介绍了马尔可夫聚类算法和模拟退火聚类算法两种图形聚类方法;给出了两种方法对叶绿体和蓝细菌的代谢网络进行聚类的结果;定义了模块相似度评价指标,挖掘叶绿体和蓝细菌间保守的功能模块,并对其网络结构进行了比较分析.; 关键词代谢网络马尔可夫聚类算法模拟退火聚类算法模块相似度; Keywords metabolic network Markov clustering simulated annealing clustering module similarity; 分类号 TP301.6 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名一种基于KKT条件和壳向量的SVM增量学习算法被引量：8: 6; 作者茅嫣蕾魏赟贾佳; 机构上海理工大学光电信息与计算机工程学院上海生物信息技术研究中心; 出处《电子科技》 2016年第2期38-40,44,共4页; 基金国家自然科学基金资助项目(61170277) 上海市教委科研创新基金资助项目(12YZ094); 文摘针对传统支持向量机(SVM)增量算法,在学习过程中因基于局部最优解而可能舍弃含隐性信息的非支持向量样本,以及对于新增样本需全部进行训练的缺点,文中提出一种基于KKT条件和壳向量的SVM增量学习算法。该方法利用壳向量的特性保留了训练样本集中可能含隐性信息的非支持向量,并只将违反KKT条件的增量样本加入新的训练集,从而提高运算效率。通过对公共数据集Abalone和Balance Scale的实验表明,新算法在属性列数较多的数据集上分类效果更明显。; 关键词 SVM 增量学习 KKT条件壳向量; Keywords SVM incremental learning KKT conditions hull vectors; 分类号 TP181 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于GPU运算的宏基因组第二代测序模拟软件被引量：1: 7; 作者宣黎明韦朝春李亦学; 机构华东理工大学生物工程学院上海生物信息技术研究中心; 出处《华东理工大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期472-476,共5页; 基金上海浦江项目(09PJ1407900); 文摘提出一个新的宏基因组模拟系统NeSSM(Next-Generation Sequencing Simulator forMetagenomics)。通过结合目前数据库中所有的基因组信息和一些初步的宏基因组测序信息,该系统可以产生一个接近于实际情况的模拟宏基因组测序数据。为了加快该系统的运行时间,运用了显卡计算(GPU并行化计算),通过并行化运算有效地缩短了程序运行所需时间。目前,NeSSM支持454和Illumina的测序平台。; 关键词宏基因组 GPU 模拟系统测序平台; Keywords metagenomics GPU simulation system sequencing platform; 分类号 Q811.9 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名血吸虫血红蛋白降解途径的重构及关键酶蛋白保守结构域的分析: 8; 作者魏佳李园园李亦学于复东; 机构华东理工大学生物工程学院上海生物信息技术研究中心; 出处《华东理工大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期706-714,共9页; 基金国家自然科学基金(30900834); 文摘利用生物信息学方法,以疟原虫的血红蛋白降解途径为基础,成功地构建出了日本血吸虫和曼氏血吸虫的血红蛋白降解途径,并对降解途径上的关键酶蛋白的保守结构域进行了序列及结构分析。预测得到的血吸虫血红蛋白降解酶保守结构域,与疟原虫相比,在序列上催化位点高度保守,在结构上空间相对位置较一致,为研究血吸虫血红蛋白降解酶,及其与底物或抑制剂在三维结构上的相互作用提供了理论基础。; 关键词日本血吸虫曼氏血吸虫疟原虫血红蛋白降解途径保守结构域; Keywords Schistosoma japonicum Schistosoma mansoni Plasmodium falciparurn hemoglobin degradation pathway conserved domain; 分类号 Q811.4 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名1例KCNH2基因突变致长QT综合征病例分析: 9; 作者林舒嘉陈顺林秋萍赵小佩徐萌贾佳肖婷婷侯翠兰谢利剑; 机构上海交通大学医学院附属儿童医院上海生物信息技术研究中心复旦大学附属金山医院; 出处《儿科药学杂志》 CAS 2023年第12期38-43,共6页; 基金国家自然科学基金项目,编号82170518。; 文摘目的:探讨长QT综合征的致病基因及其基因突变与临床表型的相关性。方法:回顾分析1例可疑长QT综合征患儿的临床资料,并利用全外显子测序(WES)筛查可能导致长QT综合征的突变。利用致病性评分、遗传模式及Sanger测序验证突变。结果:基因检测结果提示患儿存在KCNH2基因c.3100_3109delGACACGGAGC杂合突变,各类预测软件提示该突变是有害突变。Alphafold分析提示该突变会导致蛋白质截短。结论:KCNH2基因c.3100_3109delGACACGGAGC杂合突变是本例患儿的致病突变,并且该突变可能影响了KCNH2蛋白的稳定性。; 关键词长QT综合征 KCNH2突变全外显子测序心源性猝死生物信息学; Keywords long QT syndrome KCNH2 mutation whole exon sequencing sudden cardiac death bioinformatics; 分类号 R725.4 [医药卫生—儿科]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	基于语义网技术的基因和基因产物搜索工具	许庆炜鲁强曹顺良骆清铭李亦学	《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心	2007	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	基于MVC架构的基因组序列信息可视化工具	王海沿鲁强曾绍群李亦学	《高技术通讯》 EI CAS CSCD	2004	0	在线阅读下载PDF 职称材料
3	一种快速可变剪接模式搜索算法的研究	张欣赵静王庆康曹志伟	《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心	2006	0	在线阅读下载PDF 职称材料
4	基于分子指纹相似性的药物-药物网络	叶浩唐凯临李亦学	《华东理工大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心	2012	1	在线阅读下载PDF 职称材料
5	图形聚类算法的代谢网络模块化分析	侯静宋安平王卓张武李园园李亦学	《应用科学学报》 CAS CSCD 北大核心	2006	7	在线阅读下载PDF 职称材料
6	一种基于KKT条件和壳向量的SVM增量学习算法	茅嫣蕾魏赟贾佳	《电子科技》	2016	8	在线阅读下载PDF 职称材料
7	基于GPU运算的宏基因组第二代测序模拟软件	宣黎明韦朝春李亦学	《华东理工大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心	2012	1	在线阅读下载PDF 职称材料
8	血吸虫血红蛋白降解途径的重构及关键酶蛋白保守结构域的分析	魏佳李园园李亦学于复东	《华东理工大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心	2011	0	在线阅读下载PDF 职称材料
9	1例KCNH2基因突变致长QT综合征病例分析	林舒嘉陈顺林秋萍赵小佩徐萌贾佳肖婷婷侯翠兰谢利剑	《儿科药学杂志》 CAS	2023	0	在线阅读下载PDF 职称材料