基于纳米操纵和单分子成像及分析技术的DNA与DNase I相互作用的表面机械生化过程和动力学研究

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作者 王鑫艳 王化斌 +5 位作者 周化岚 李海 亓文鹏 李宾 张益 胡钧 《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期141-145,共5页

本文采用了"多步的改进的动态分子梳"纳米操纵技术(multi-step modified dynamic molecular combing,MMDMC)实现样品制备获得不同拉伸程度单个DNA分子,利用原子力显微镜重定位成像和单分子分析,对反应前后不同拉伸程度DNA分子... 本文采用了"多步的改进的动态分子梳"纳米操纵技术(multi-step modified dynamic molecular combing,MMDMC)实现样品制备获得不同拉伸程度单个DNA分子,利用原子力显微镜重定位成像和单分子分析,对反应前后不同拉伸程度DNA分子的DNase I酶切产生缺口情况进行统计,在一定拉伸范围内讨论了在表面上DNaseI酶切反应速率变化的动力学信息。该不同拉伸程度的DNA与DNase I相互作用的表面机械生化过程对于生物分子多次反复相互作用研究体系具有代表性意义。 展开更多

关键词 机械生化现象 原子力显微镜 DNASE I 纳米操纵 单分子研究 表面

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常染色体显性遗传非综合征型耳聋致病基因定位研究 被引量：2

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作者 孙悍军 陶然 +9 位作者 程静 杨淑芝 曹菊阳 于黎明 洪梦迪 冯国鄞 戴朴 袁慧军 韩东一 贺林 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第12期1489-1494,共6页

耳聋具有高度的遗传异质性,迄今已定位了51个常染色体显性遗传非综合征型耳聋(autosomaldominantnon-syndromicsensorineuralhearingloss,DFNA)基因位点,20个DFNA相关基因被克隆。文章收集了一个DFNA巨大家系,家系中有血缘关系的家族成... 耳聋具有高度的遗传异质性,迄今已定位了51个常染色体显性遗传非综合征型耳聋(autosomaldominantnon-syndromicsensorineuralhearingloss,DFNA)基因位点,20个DFNA相关基因被克隆。文章收集了一个DFNA巨大家系,家系中有血缘关系的家族成员共170人,对73名家族成员进行了详细的病史调查、全身检查和耳科学检查,提示39人有不同程度的迟发性感音神经性听力下降,未见前庭及其他系统的异常。应用ABI公司382个常染色体微卫星多态标记进行全基因组扫描连锁分析,将该家系致聋基因定位于14q12-13处D14S1021-D14S70之间约7.6cM(3.18Mb)的区域,最大LOD值为6.69(D14S1040),与已知DFNA9位点有4.7cM(2.57Mb)的重叠区,DFNA9致病基因COCH位于重叠区域内。下一步拟进行COCH基因的突变筛查,以揭示该家系耳聋的分子致病机制。 展开更多

关键词 耳聋 DFNA9 连锁分析 基因定位

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AFM和PCS在RyR研究中的应用

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作者 胡晓芳 陈克樱 +2 位作者 梁鑫 朱培闳 胡钧 《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期341-341,共1页

关键词 RYANODINE受体 钙释放通道 原子力显微镜 动态光散射法 超微结构

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常染色体显性遗传非综合征型耳聋致病基因的定位研究

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作者 孙悍军 陶然 +9 位作者 杨淑芝 秦炜 曹菊阳 冯国鄞 冀飞 郭维 戴朴 袁慧军 贺林 韩东一 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第12期1130-1132,共3页

目的应用连锁分析方法对一个常染色体显性遗传非综合征型耳聋(DFNA)家系进行耳聋基因的定位研究。方法通过进行家系调查、对家系成员进行全面查体及听力学检查,绘制遗传图谱。应用连锁分析的方法,首先排除此家系的遗传位点与表型相似的... 目的应用连锁分析方法对一个常染色体显性遗传非综合征型耳聋(DFNA)家系进行耳聋基因的定位研究。方法通过进行家系调查、对家系成员进行全面查体及听力学检查,绘制遗传图谱。应用连锁分析的方法,首先排除此家系的遗传位点与表型相似的已知DFNA位点连锁,然后进行全基因组扫描。结果该家系致聋基因定位在2号染色体2q13-q14.2上,最大LOD值在D2S363处,为3.22。通过单倍型分析将遗传位点定位于微卫星标记D2S1888和D2S2224之间约8.4cM的区域。对区域内的候选基因PAX8进行突变筛查,没有发现突变。结论本家系的耳聋基因定位在一个新的DFNA位点上。 展开更多

关键词 听力受损者 常染色体显性遗传非综合征型耳聋 连锁分析

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ChIP-seq技术分析突变IHH-GLI1信号传导通路对下游转录调控的影响 被引量：1

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作者 王挺 沈陆 +4 位作者 魏慕筠 周伟 李沫 贺林 秦胜营 《湖南师范大学自然科学学报》 CAS 北大核心 2020年第6期27-35,共9页

为发现IHH/GLI1突变导致的下游转录调控的变化,在小鼠间充质干细胞C3H10T1/2中加入人野生型重组IHH-N蛋白(WT)和突变型蛋白(MT,p.E95K)以激活IHH信号通路,利用染色体免疫沉淀高通量测序(ChIP-seq)技术挖掘GLI1转录因子结合靶点,并对其... 为发现IHH/GLI1突变导致的下游转录调控的变化,在小鼠间充质干细胞C3H10T1/2中加入人野生型重组IHH-N蛋白(WT)和突变型蛋白(MT,p.E95K)以激活IHH信号通路,利用染色体免疫沉淀高通量测序(ChIP-seq)技术挖掘GLI1转录因子结合靶点,并对其进行基因功能注释和KEGG通路分析,再结合前期基因芯片数据进行联合分析。利用ChIP-seq生物信息学分析发现两组间465个不同的GLI1结合靶点,基因注释和KEGG通路分析的结果主要富集于Wnt、刺猬因子(HH)、胰岛素等参与调控长板软骨发育的关键信号通路。联合分析发现了两个数据集中19个共同的候选基因。本研究精确定位了IHH信号蛋白突变导致的GLI1结合靶点差异,为进一步探索由IHH信号介导的BDA1的发病机制和治疗靶点提供理论基础。 展开更多

关键词 A1型短指症 印度刺猬因子(IHH) GLI1 CHIP-SEQ 靶基因

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散发性结直肠癌D10S1265位点的杂合缺失分析 被引量：1

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作者 郑海涛 彭志海 +3 位作者 周崇治 李大鹏 裘国强 贺林 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期121-124,共4页

目的:染色体上某特定位点遗传物质的丢失是肿瘤发生中的常见现象,抑癌基因的杂合缺失是结直肠癌形成中的关键步骤之一。本实验通过对83例散发性结直肠癌中D10S1265位点杂合缺失的研究,探讨其在结直肠癌演变中的作用。方法:荧光标记的多... 目的:染色体上某特定位点遗传物质的丢失是肿瘤发生中的常见现象,抑癌基因的杂合缺失是结直肠癌形成中的关键步骤之一。本实验通过对83例散发性结直肠癌中D10S1265位点杂合缺失的研究,探讨其在结直肠癌演变中的作用。方法:荧光标记的多态性微卫星引物D10S1265与83例结直肠癌的肿瘤和正常组织进行PCR反应。PCR产物在ABIPrism377自动荧光测序仪电泳3h,以GeneScan3.1和Genotyper2.1软件进行扫描以及杂合缺失分析。其结果与临床病理因素进行卡方检验。结果:D10S1265位点(10q24.3)的杂合缺失率是50.0%,肝转移的7例未发现LOH,无肝转移病例达58.97%(23/39,P=0.014),但与淋巴结转移无关。另外,此位点的杂合缺失与Dukes'分期显著相关(P=0.013),与其他临床病理因素无关。结论:D10S1265位点附近可能存在与散发性结直肠癌有关的抑癌基因,此基因与结直肠癌的进展和肝转移相关。 展开更多

关键词 结直肠癌 肿瘤抑制基因 染色体 杂合子

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不同厚度细胞薄切片对AFM图像反差的影响

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作者 李鑫辉 季彤 +2 位作者 孙洁林 张陈平 胡钧 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第6期562-567,共6页

利用原子力显微镜(AFM)观察超薄切片的表面,探索表面形貌与切片厚度、朝向等因素的关系以及对图像反差的影响.选择三种不同类型的细胞,培养后按电镜超薄切片法固定、包埋并切片后,将不同厚度的切片区分上下表面转移到云母上,AFM在空气... 利用原子力显微镜(AFM)观察超薄切片的表面,探索表面形貌与切片厚度、朝向等因素的关系以及对图像反差的影响.选择三种不同类型的细胞,培养后按电镜超薄切片法固定、包埋并切片后,将不同厚度的切片区分上下表面转移到云母上,AFM在空气中以接触模式进行观察.结果发现,切片表面细胞相对包埋介质的凸起与凹陷与切片本身的厚度密切相关,并随切片厚度的不同呈现有规律的变化.实验统计结果显示这种现象可能具有普遍性. 展开更多

关键词 表面形貌 图像反差 超薄切片 原子力显微镜

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超薄切片表面高低起伏反差机制的初步探索

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作者 李鑫辉 季彤 +2 位作者 张晓东 张陈平 胡钧 《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期508-508,共1页

关键词 原子力显微镜 超薄切片 表面高低起伏反差机制 表面成像 细胞观测

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中国人群慢性牙周炎患者龈下菌斑中的细菌群落结构分析 被引量：13

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作者 李沫 沈陆 +2 位作者 漆正楠 唐子圣 秦胜营 《湖南师范大学自然科学学报》 CAS 北大核心 2017年第6期40-43,共4页

为确定6名中国慢性牙周炎患者龈下菌斑的细菌群落结构,将扩增的菌斑中的细菌16S r DNA序列克隆到大肠杆菌.测序后对323条可鉴定的克隆序列进行分析,发现龈下细菌群落主要由6种细菌门类组成,而细菌属类的分布差异较大.这为提高慢性牙周... 为确定6名中国慢性牙周炎患者龈下菌斑的细菌群落结构,将扩增的菌斑中的细菌16S r DNA序列克隆到大肠杆菌.测序后对323条可鉴定的克隆序列进行分析,发现龈下细菌群落主要由6种细菌门类组成,而细菌属类的分布差异较大.这为提高慢性牙周炎发病机制的认识、提供更多的有效预防和治疗措施提供参考. 展开更多

关键词 中国人群 牙周疾病 慢性牙周炎 牙菌斑 16S RDNA

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一种基于单分子纳米操纵的有序化测序策略 被引量：1

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作者 吕鸣 石宝晨 +3 位作者 李雪玲 吕军鸿 陈润生 胡钧 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第7期660-664,共5页

尽管包括人类在内的许多生物物种的基因组测序工作已经完成,但由于现有测序技术的限制,大部分复杂基因组还存在很多大大小小的缺口.缺口的填补以及对其他重复序列区域的测序迫切需要全新的思路和技术.基于在DNA单分子定位切割和拾取方... 尽管包括人类在内的许多生物物种的基因组测序工作已经完成,但由于现有测序技术的限制,大部分复杂基因组还存在很多大大小小的缺口.缺口的填补以及对其他重复序列区域的测序迫切需要全新的思路和技术.基于在DNA单分子定位切割和拾取方面的实验进展,提出了一种基于原子力显微镜纳米操纵技术的单分子有序化测序策略.计算机模拟的结果表明,这一方法和策略是可行的,有助于解决目前测序工作中所遇到的一些棘手问题. 展开更多

关键词 DNA单分子 原子力显微镜 纳米操纵 有序化测序

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首发未服药精神分裂症患者线粒体DNA拷贝数及其与血脂指标的相关性 被引量：2

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作者 李岩 蒋婕 +6 位作者 孙丽雅 青颖 杨旭涵 徐创业 张娟 谭立文 万春玲 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期765-772,共8页

精神分裂症是一种重度的精神疾病,伴发严重的能量代谢失衡。其中,脂代谢的异常近年来受到越来越多的关注。多项研究表明,线粒体在精神分裂症患者代谢异常的过程中发挥重要的作用。线粒体DNA拷贝数是线粒体含量及完整性的重要指标,直接... 精神分裂症是一种重度的精神疾病,伴发严重的能量代谢失衡。其中,脂代谢的异常近年来受到越来越多的关注。多项研究表明,线粒体在精神分裂症患者代谢异常的过程中发挥重要的作用。线粒体DNA拷贝数是线粒体含量及完整性的重要指标,直接参与线粒体的多项重要功能。本研究旨在通过考察首发精神分裂症患者线粒体DNA拷贝数的变化特征及其与相关代谢指标之间的相关性,为阐明精神分裂症代谢异常的机制提供支持。本研究共计纳入82例首发且未服用抗精神病药物的精神分裂症患者和77例健康对照,采用荧光定量PCR技术进行线粒体DNA拷贝数的检测,并进行了临床信息和血脂指标的采集。结果表明,精神分裂症患者组的线粒体DNA拷贝数显著低于健康对照组(P=0.000572,FC=-1.22)。血脂指标中,患者组的HDL-c显著低于健康对照组(P=0.001,FC=-1.12),LDL-c(P=0.009,FC=1.09)、CHOL/HDL-c(P=0.000019,FC=1.17)、TG/HDL-c(P=0.000656,FC=1.31)和LDL-c/HDL-c(P=0.000004,FC=1.30)均显著高于健康对照组。相关性分析表示,在健康对照组中,mtDNA拷贝数与TG显著负相关(r=-0.232,P=0.0499),与TG/HDL-c(r=-0.235,P=0.052)呈负相关,但不显著;在精神分裂症患者组,mtDNA拷贝数与各血脂指标的关系都不显著。本研究为精神分裂症患者的线粒体功能障碍、脂代谢异常提供了证据,提示了线粒体在精神分裂症患者并发心血管代谢疾病高风险中可能的重要作用。 展开更多

关键词 线粒体DNA拷贝数 精神分裂症 线粒体功能障碍 血脂指标 心血管代谢疾病

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SLC22A4和RUNX1基因的单核苷酸多态性与中国汉族类风湿性关节炎和强直性关节炎的关联分析

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作者 程宁 陈蕊雯 +6 位作者 蔡青 段世伟 房萌 郑桂敏 王智华 林经安 孙树汉 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期936-940,共5页

目的:在中国汉族人群中进行功能候选基因SLC22A4(solute carrier family 22 member 4)和RUNX1(runt-relatedtranscription factor 1)与类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)以及强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)的关联分析... 目的:在中国汉族人群中进行功能候选基因SLC22A4(solute carrier family 22 member 4)和RUNX1(runt-relatedtranscription factor 1)与类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)以及强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)的关联分析。方法:在104例RA患者和109名正常对照以及278例AS患者和417名正常对照中,用直接测序法对SLC22A4的3个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点和RUNX1的1个SNP进行基因分型,并分析这些等位基因和基因型是否与RA和AS的发病有关。结果:在RA和AS病例-对照组中均没有发现SLC22A4和RUNX1的SNPs在等位基因以及基因型频率上有显著性差异。结论:在中国汉族人群中,SLC22A4和RUNX1不是RA和AS的易感基因。 展开更多

关键词 类风湿性关节炎 强直性脊柱炎 多态性 单核苷酸 SLC22A4 RUNX1

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赖氨酸乙酰转移酶7的冷冻电镜全长结构分析

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作者 郑国培 曹骎 沈键锋 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1099-1106,共8页

目的·利用冷冻电镜技术分析人源性赖氨酸乙酰转移酶7(lysine acetyltransferase 7,KAT7)的全长蛋白结构,获得人源KAT7的轮廓信息。方法·使用pGEX-4T1载体和人源KAT7全长基因构建重组蛋白表达质粒pGEX-4T1-GST-KAT7,在原核蛋... 目的·利用冷冻电镜技术分析人源性赖氨酸乙酰转移酶7(lysine acetyltransferase 7,KAT7)的全长蛋白结构,获得人源KAT7的轮廓信息。方法·使用pGEX-4T1载体和人源KAT7全长基因构建重组蛋白表达质粒pGEX-4T1-GST-KAT7,在原核蛋白表达体系BL21(DE3)中表达KAT7蛋白,使用GST亲和层析获得GST-KAT7重组蛋白;在利用TEV蛋白酶去除GST蛋白标签后,通过HiLoad 16/600 Superdex 75 pg体积排阻色谱进一步分离纯化KAT7蛋白。将获取的蛋白样品利用蛋白质印迹法(Western blotting)对KAT7进行鉴定,使用负染电镜筛选样品并初步观察蛋白形貌;使用冷冻电镜收集数据,利用冷冻电镜数据分析软件CryoSparc挑选蛋白颗粒并分析KAT7全长蛋白的空间结构;通过UCSF Chimera软件将蛋白质数据库(Protein Data Bank,PDB)中KAT7的MYST结构域模型(5GK9)、AlphaFold预测模型与生成的结构模型进行匹配分析。结果·利用亲和层析成功纯化人源性KAT7的全长蛋白,并通过体积排阻色谱获得高纯度的KAT7蛋白;在通过Western blotting鉴定KAT7后,利用负染电镜、冷冻电镜及单颗粒重构技术初步解析了KAT7全长蛋白的空间结构,并通过三维优化处理获得了分辨率约为10Å的初步三维结构模型;KAT7全长蛋白空间结构呈不规则的半环状,已有的MYST结构域模型(PDB:5GK9)可匹配入KAT7全长模型的C端部分,调整后的AlphaFold预测模型也可匹配KAT7全长结构模型。结论·利用冷冻电镜技术初步分析了人源性KAT7的全长蛋白空间结构模型。 展开更多

关键词 赖氨酸乙酰转移酶 蛋白质翻译后修饰 乙酰化 冷冻电镜技术

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