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MMP14在胰腺癌中的表达及其与肿瘤免疫微环境特征的相关性研究 被引量：3
1
作者 许静轩 杜少倩 +2 位作者 曹源 王红霞 黄伟翼 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期312-322,共11页
目的·探究基质金属蛋白酶14(matrix metalloproteinase 14,MMP14)在胰腺癌组织中的表达及其与临床特征的相关性,并分析其与胰腺癌肿瘤免疫微环境特征的相关性。方法·通过GEPIA(Gene Expression Profiling Interactive Analys... 目的·探究基质金属蛋白酶14(matrix metalloproteinase 14,MMP14)在胰腺癌组织中的表达及其与临床特征的相关性,并分析其与胰腺癌肿瘤免疫微环境特征的相关性。方法·通过GEPIA(Gene Expression Profiling Interactive Analysis)数据平台分析MMP家族成员在30种常见肿瘤组织中的表达情况。通过R语言整合GTEx(Genotype-Tissue Expression)数据库中167例胰腺正常组织和TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库中178例胰腺癌组织及4例配对癌旁组织的转录组数据,比较MMP14在胰腺癌与正常组织及癌旁组织中的表达差异。使用GEPIA数据平台对不同MMP14表达水平胰腺癌患者进行生存分析。从TCGA数据库中下载178例胰腺癌患者的相关临床信息,应用Perl和R语言分析MMP14的表达与临床特征的相关性。应用R语言和GSEA v3.0进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析和基因本体论(Gene Ontology,GO)功能富集分析。采用CIBERSORT反卷积算法计算胰腺癌免疫微环境中各类免疫细胞亚群比例,分析MMP14的表达与各免疫细胞亚群比例的相关性。收集6例新鲜胰腺癌组织和配对癌旁组织,流式细胞术检测各类免疫细胞亚群;通过t-SNE降维与统计学分析,描述胰腺癌免疫微环境的特征。利用胰腺癌组织芯片进行多色荧光免疫组织化学实验,检测MMP14的表达与免疫细胞亚群的比例,验证生物信息学分析结果。结果·在生物信息学数据库中,与MMP家族其他成员相比,MMP14在多种肿瘤中高表达,且胰腺癌中MMP14的表达水平高于其他肿瘤;MMP14在胰腺癌中表达水平显著高于胰腺正常组织和癌旁组织(P=0.000),TNM分期Ⅱ期肿瘤MMP14表达水平显著高于Ⅰ期(P=0.012),病理组织学分级G2和G3期肿瘤MMP14显著高于G1期(均P=0.000)。MMP14低表达组患者生存预后显著优于高表达组(P=0.033)。KEGG和GO分析结果显示MMP14主要富集在胰腺癌和免疫相关通路。MMP14的表达水平与CD8+T细胞、单核细胞的比例呈负相关(均P<0.05),与巨噬细胞的比例呈正相关(P=0.000)。流式细胞实验结果提示胰腺癌肿瘤微环境呈现免疫抑制性。多色荧光免疫组织化学实验结果显示,MMP14在肿瘤组织中表达水平显著高于癌旁组织(P=0.000),TNM分期较晚及病理组织学分级较高的肿瘤MMP14的表达水平也相对较高(均P<0.05)。在MMP14高表达的肿瘤组织中,CD8+T细胞比例降低(P=0.001),巨噬细胞比例升高(P=0.000),与生物信息学分析结果一致。结论·与正常胰腺组织和癌旁组织相比,MMP14在胰腺癌中的表达显著升高且与患者不良预后相关;MMP14高表达的胰腺癌组织中CD8+T细胞比例降低,巨噬细胞比例升高;高表达MMP14的胰腺癌肿瘤微环境呈现高度免疫抑制性。 展开更多
关键词 胰腺癌 基质金属蛋白酶14 肿瘤免疫微环境 生物信息学分析 流式细胞术 多色荧光免疫组织化学法
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CXCL9在乳腺癌中的表达及其与肿瘤免疫浸润特征的相关性研究
2
作者 杜少倩 陶梦玉 +4 位作者 曹源 王红霞 胡孝渠 范广建 臧丽娟 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期860-872,共13页
目的·探究C-X-C模体趋化因子配体9(C-X-C motif chemokine ligand 9,CXCL9)表达对乳腺癌患者预后的影响及其与肿瘤浸润免疫细胞(tumor-infiltrating immune cell,TIIC)的相关性。方法·从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atl... 目的·探究C-X-C模体趋化因子配体9(C-X-C motif chemokine ligand 9,CXCL9)表达对乳腺癌患者预后的影响及其与肿瘤浸润免疫细胞(tumor-infiltrating immune cell,TIIC)的相关性。方法·从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库获得乳腺癌患者的1100例癌组织和112例癌旁组织的转录组数据,并采用CIBERSORT反卷积算法分析乳腺癌免疫微环境中TIIC亚群比例及其对患者的预后影响。分别从TCGA数据库、ImmPort数据库和GEPIA2数据平台下载差异表达基因、免疫相关基因和乳腺癌预后相关基因,运用R语言分析该3类基因集的相交关系,以筛选目的基因。根据已下载的转录组数据,分析CXCL9的正相关基因、CXCL9 mRNA在乳腺癌组织和癌旁组织中的表达差异及其对患者预后的影响。利用STRING数据平台对CXCL9进行蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析,利用R语言对CXCL9正相关基因和PPI网络获得的互作蛋白对应的基因行基因本体数据库(Gene Ontology,GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome,KEGG)通路分析。运用Spearman相关系数分析CXCL9 mRNA表达与TIIC亚群、免疫检查点相关基因的相关性。收集60例乳腺癌患者的石蜡组织样本并制成组织芯片,采用免疫组织化学染色(immunohistochemistry staining,IHC)分析芯片中CXCL9表达和CD8^(+)T细胞浸润的相关性。采用多重荧光免疫组织化学染色(multiplex immunohistochemistry staining,mIHC)分析芯片中乳腺癌组织间质内CXCL9^(+)细胞的类型。采用Kaplan-Meier(KM)生存曲线分析CXCL9 mRNA表达、CD8^(+)T细胞浸润双因素对乳腺癌患者预后的影响。结果·CIBERSORT算法分析显示乳腺癌免疫微环境中TIIC亚群的分布比例差异大,其对患者的预后影响也大不相同。绘制上述3类基因集的韦恩图,筛选出目的基因CXCL9。获得与CXCL9正相关的前150个基因。在乳腺癌4种分子分型中CXCL9 mRNA的表达水平高于癌旁组织(均P=0.000),且其高表达与患者的良好预后相关(HR=0.624,P=0.013)。通过PPI网络分析共获得41个互作蛋白。GO和KEGG分析的结果显示,CXCL9及其相关基因主要富集在免疫调控相关的生物功能和通路。Spearman相关系数分析的结果显示,CXCL9 mRNA表达与CD8^(+)T细胞的浸润比例呈正相关,与M2型巨噬细胞的浸润比例呈负相关,且与多数免疫检查点基因的表达呈正相关(均P<0.05)。IHC实验结果显示,相较于癌旁组织,乳腺癌组织中CXCL9的表达较高,且伴随CD8^(+)T细胞浸润比例增加(P=0.000);mIHC结果发现,乳腺癌间质中CXCL9在部分CD68+肿瘤相关巨噬细胞和CD11c^(+)树突状细胞内表达。KM生存曲线显示,当CXCL9高表达时,CD8^(+)T细胞高浸润才能延长乳腺癌患者的生存期。结论·CXCL9可作为乳腺癌患者良好预后的生物标志物,在乳腺癌微环境中CXCL9的高表达与CD8^(+)T细胞的浸润比例呈正相关并可能激活其抗肿瘤作用。同时,CXCL9的表达可能与肿瘤组织中募集淋巴细胞至肿瘤微环境发挥抗肿瘤免疫应答功能密切相关。 展开更多
关键词 乳腺癌 C-X-C模体趋化因子配体9 肿瘤免疫浸润 生物信息学分析 CD8^(+)T细胞
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PRMT6促进乳腺癌细胞的增殖和迁移
3
作者 韩依杉 徐梓淇 +2 位作者 陶梦玉 范广建 余波 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期999-1010,共12页
目的·研究蛋白质精氨酸甲基转移酶6 (protein arginine methyltransferase 6,PRMT6)在乳腺癌中的表达及其对乳腺癌细胞增殖和迁移能力的影响。方法·通过R语言分析癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中PRMT6m... 目的·研究蛋白质精氨酸甲基转移酶6 (protein arginine methyltransferase 6,PRMT6)在乳腺癌中的表达及其对乳腺癌细胞增殖和迁移能力的影响。方法·通过R语言分析癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中PRMT6mRNA在多种癌症中的表达情况。采用基因表达谱交互分析(GeneExpressionProfilingInteractive Analysis,GEPIA2)在线数据库分析PRMT6在正常乳腺组织和乳腺癌组织中的表达差异。利用人类蛋白质图谱(The Human Protein Atlas,HPA)数据库获得人正常乳腺组织和乳腺癌组织的免疫组织化学数据,分析PRMT6的蛋白表达情况。使用免疫组织化学法(immunohistochemistry,IHC)检测27例乳腺癌组织及配对癌旁组织中PRMT6的表达。通过小干扰RNA (small interfering RNA,siRNA)转染技术在MDA-MB-231和MCF-7细胞系中敲低PRMT6,实时荧光定量PCR (quantitative realtime PCR,qRT-PCR)及Western blotting在转录和蛋白水平验证PRMT6的敲低效率。通过细胞计数试剂盒8 (cell counting kit-8,CCK-8)、克隆形成实验探究PRMT6对乳腺癌细胞增殖能力的影响。通过细胞划痕实验和Transwell实验探究PRMT6对乳腺癌细胞迁移能力的影响。利用基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中GSE210948数据集的转录组测序数据分析对照组和PRMT6低表达组的差异基因,并进行京都基因与基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。使用流式细胞术进行细胞周期分析。采用Western blotting技术检测增殖和迁移相关靶蛋白细胞周期蛋白D1 (cyclin D1)、E-钙黏蛋白(E-cadherin)、N-钙黏蛋白(N-cadherin)和波形蛋白(Vimentin)的表达。结果·生物信息学相关分析显示,PRMT6在乳腺癌组织中的表达高于正常乳腺组织(P=0.000)。IHC结果显示,PRMT6在乳腺癌组织中的表达显著高于配对癌旁组织(P=0.001)。qRT-PCR及Western blotting验证MDA-MB-231和MCF-7细胞系中PRMT6的mRNA及蛋白质表达水平,发现与对照组相比,siRNA (siPRMT6#1、siPRMT6#2)显著降低两种细胞中PRMT6mRNA (P=0.006, P=0.004;P=0.001, P=0.043)和蛋白(P=0.035, P=0.001;P=0.003, P=0.002)的表达水平。敲低PRMT6显著降低MDA-MB-231和MCF-7细胞的增殖(P=0.014,P=0.000;P=0.003,P=0.003)和迁移能力(P=0.000,P=0.000;P=0.000,P=0.002)。KEGG通路富集分析显示,PRMT6的表达影响细胞周期通路。Western blotting结果显示,敲低PRMT6后,与细胞周期通路相关的cyclin D1蛋白水平下降(P=0.021,P=0.000;P=0.034,P=0.014);qRT-PCR结果显示,敲低PRMT6后,cyclin D1转录水平明显下降(P=0.036,P=0.001;P=0.044,P=0.000)。流式细胞术结果显示,敲低PRMT6后,G0/G1期细胞增加(P=0.000;P=0.003), G2/M期细胞减少。下调PRMT6表达后,与细胞迁移相关的Ecadherin表达增加(P=0.002, P=0.012;P=0.043, P=0.003), N-cadherin (P=0.004, P=0.041;P=0.032, P=0.034)和Vimentin (P=0.028,P=0.005;P=0.024,P=0.001)的蛋白表达减少。结论·PRMT6在乳腺癌组织中表达升高,可促进乳腺癌的增殖和迁移。 展开更多
关键词 乳腺癌 蛋白质精氨酸甲基转移酶6 增殖 迁移 细胞周期
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甲基化驱动基因IFFO1在胰腺癌诊断和预后中的作用及对癌细胞生物学行为的影响
4
作者 徐梓淇 胡睿智 +2 位作者 李军建 王红霞 桑友洲 《中国癌症杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期998-1010,共13页
背景与目的:DNA异常甲基化与肿瘤的发生、发展密切相关。本研究旨在探索胰腺癌(pancreatic adenocarcinoma,PAAD)甲基化驱动基因(methylation-driven gene,MDG)中间丝家族孤儿蛋白1(intermediate filament family orphan 1,IFFO1)在PAA... 背景与目的:DNA异常甲基化与肿瘤的发生、发展密切相关。本研究旨在探索胰腺癌(pancreatic adenocarcinoma,PAAD)甲基化驱动基因(methylation-driven gene,MDG)中间丝家族孤儿蛋白1(intermediate filament family orphan 1,IFFO1)在PAAD中的表达、对PAAD细胞侵袭转移的影响,以及作为诊断和预后标志物的潜力。方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库、国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium,ICGC)数据库、高通量基因表达(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库获取PAAD及其癌旁组织的mRNA表达数据(TCGA-PAAD-mRNA)、DNA甲基化芯片数据(TCGA-PAAD-meth、GSE53051、PACA-AU)以及健康人血液的DNA甲基化芯片数据(GSE69270)。通过差异表达分析联合差异甲基化分析筛选PAAD的MDG。在TCGA数据库中,应用Pearson相关性检验验证IFFO1启动子甲基化水平与其表达水平之间的相关性。同时,通过Kaplan-Meier生存分析评估IFFO1启动子甲基化水平、表达水平与PAAD预后的关系。27例PAAD患者的癌组织及其对应癌旁组织的病理切片来自上海交通大学医学院附属第一人民医院。本研究涉及的所有样本均通过上海交通大学医学院附属第一人民医院人类伦理委员会的审核批准(伦理编号:院伦审[2017]53号)。利用免疫组织化学染色(immunohistochemistry staining,IHC)检测27例PAAD患者的癌组织及其对应癌旁组织中IFFO1的表达。根据IFFO1表达的中位值,将TCGA数据库中的患者分为高表达组和低表达组,并进行差异分析、基因本体论(gene ontology,GO)富集分析及基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)。使用蛋白质印迹法(Western blot)及实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,RTFQ-PCR)检验正常胰腺导管上皮细胞系H6C7与PAAD细胞系MIA PaCa2、BxPC-3、AsPC-1和Capan-2中IFFO1的表达差异。通过细胞划痕实验和侵袭实验检测过表达IFFO1对PAAD细胞AsPC-1和Capan-2的迁移和侵袭能力的影响;通过受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线和Kaplan-Meier生存分析评估IFFO1甲基化水平在TCGA泛癌队列中的诊断和预后预测价值。结果:通过对5组数据的交叉筛选,筛选出41个PAAD的MDG。其中,IFFO1与PAAD的预后关系最为密切[风险比(hazard ratio,HR)=0.28,P<0.001]。IFFO1在PAAD中高甲基化而低表达,其启动子的甲基化水平与表达水平呈显著负相关关系(r=-0.55,P<0.001)。IHC结果显示,IFFO1在PAAD组织中的表达显著低于癌旁组织(P<0.05)。TCGA生存分析结果表明,高甲基化或低表达IFFO1的患者总生存期更差(P<0.05)。GO和GSEA富集分析结果均表明,迁移和运动的负向调控通路在IFFO1高表达患者中富集。Western blot和RTFQ-PCR结果显示,IFFO1在正常胰腺导管上皮细胞系H6C7中的表达显著高于PAAD细胞系MIA PaCa2、BxPC-3、AsPC-1和Capan-2。过表达IFFO1可显著抑制PAAD细胞株AsPC-1和Capan-2的迁移和侵袭。进一步泛癌分析结果提示,IFFO1普遍存在启动子高甲基化而低表达的现象,其甲基化水平在多种癌症中均表现出良好的诊断和预后预测价值。结论:启动子高甲基化导致IFFO1在PAAD中低表达,IFFO1能够抑制PAAD细胞的侵袭和迁移能力。IFFO1甲基化有望成为PAAD诊断和预后的新型标志物。 展开更多
关键词 中间丝家族孤儿蛋白1 胰腺癌 侵袭转移 DNA甲基化
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脂肪酸代谢紊乱通过上调ZNF143促进胰腺癌进展的机制研究
5
作者 俞思薇 徐梓淇 +1 位作者 陶梦玉 范广建 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1255-1265,共11页
目的·通过肿瘤转录组学筛选,明确在胰腺癌中因脂肪酸代谢紊乱引起上调的关键基因,并探究其中的锌指蛋白143(zinc finger protein 143,ZNF143)在胰腺癌中的表达及其对胰腺癌细胞迁移、侵袭能力的影响。方法·运用R语言整合Gene ... 目的·通过肿瘤转录组学筛选,明确在胰腺癌中因脂肪酸代谢紊乱引起上调的关键基因,并探究其中的锌指蛋白143(zinc finger protein 143,ZNF143)在胰腺癌中的表达及其对胰腺癌细胞迁移、侵袭能力的影响。方法·运用R语言整合Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中GSE164760数据集、癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中179例胰腺癌组织和4例癌旁组织及GTEx(Genotype-Tissue Expression)数据库中167例胰腺正常组织的转录组数据;筛选分析胰腺癌中脂肪酸紊乱可能会诱导表达的潜在差异基因;qRT-PCR检测使用棕榈酸(palmitic acid,PA)或油酸(oleic acid,OA)处理24 h后胰腺癌细胞中筛选基因的mRNA水平变化。按照筛选基因ZNF143表达水平的中位数,将TCGA数据库中胰腺癌患者分为高低表达2组,并将2组分析所得的差异基因进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路和基因本体论(Gene Ontology,GO)富集分析;通过细胞划痕实验、侵袭实验检测使用siRNA敲低ZNF143对胰腺癌细胞的迁移、侵袭能力的影响;使用蛋白质印迹法(Western blotting)检测敲低ZNF143对上皮-间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)相关蛋白及Wnt/β-catenin通路的影响。结果·分析了胰腺癌和肝癌中脂质代谢紊乱上调的关键基因,其中ZNF143是胰腺癌脂肪酸蓄积诱导的潜在基因之一;体外实验验证棕榈酸或油酸处理胰腺癌细胞后,ZNF143的mRNA水平均明显上调;KEGG和GO富集分析均显示ZNF143相关差异基因主要富集于细胞黏附相关通路;功能实验表明,转染ZNF143 siRNA的胰腺癌细胞迁移与侵袭能力均被下调,且EMT相关蛋白的表达也降低,可能与Wnt/β-catenin通路激活有关。结论·脂肪酸蓄积上调ZNF143在胰腺癌细胞中的mRNA表达含量,且ZNF143可能通过激活Wnt/β-catenin通路介导EMT,进而增强胰腺癌细胞的迁移和侵袭能力。 展开更多
关键词 胰腺癌 锌指蛋白143 脂肪酸蓄积 生物信息学分析 上皮间质-转化
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四次跨膜蛋白1在乳腺癌中的表达及其促进乳腺癌进展的作用机制
6
作者 曹源 王红霞 +1 位作者 朱灜 李军建 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期293-300,共8页
目的·探究四次跨膜蛋白1 (tetraspanin 1,TSPAN1)在乳腺癌中的表达,及其对乳腺癌细胞迁移、侵袭能力的影响。方法·使用免疫组织化学染色(immunohistochemistry staining,IHC)检测106例乳腺癌患者的癌组织及癌旁组织中TSPAN1... 目的·探究四次跨膜蛋白1 (tetraspanin 1,TSPAN1)在乳腺癌中的表达,及其对乳腺癌细胞迁移、侵袭能力的影响。方法·使用免疫组织化学染色(immunohistochemistry staining,IHC)检测106例乳腺癌患者的癌组织及癌旁组织中TSPAN1的表达,并分析其与患者临床特征的相关性。利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库分析TSPAN1 mRNA在乳腺癌及癌旁组织中的表达,及其与患者临床特征的相关性。在乳腺癌细胞MDA-MB-231、SUM159PT中下调TSPAN1后,通过细胞划痕实验、细胞侵袭实验检测TSPAN1对上述细胞迁移、侵袭的影响,并采用蛋白质印迹法(Western blotting)检测细胞上皮-间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)相关蛋白(E-钙黏蛋白、N-钙黏蛋白和波形蛋白)的表达。结果·IHC的结果显示,TSPAN1在乳腺癌组织中的表达高于癌旁组织(P=0.000),且其表达水平与肿瘤的总TNM分期、M分期、N分期和病理学分级显著相关(均P<0.05)。对来自TCGA数据库的转录组测序数据分析的结果显示,TSPAN1 mRNA在乳腺癌组织中的表达高于癌旁组织(P=0.000),其在TNMⅢ~Ⅳ期的乳腺癌组织中的表达高于TNMⅠ~Ⅱ期(P=0.007)。与转染Control siRNA相比,转染TSPAN1 siRNA的MDA-MB-231和SUM159PT细胞的迁移、侵袭能力均有所下降,E-钙黏蛋白的表达增加、N-钙黏蛋白及波形蛋白的表达减少(均P<0.05)。结论·TSPAN1在乳腺癌组织中表达较高,可促进乳腺癌细胞的迁移和侵袭。 展开更多
关键词 乳腺癌 四次跨膜蛋白1 上皮-间质转化
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