白血病AML1-ETO融合蛋白转录结合位点在基因组水平的分布规律 被引量：1

1

作者 何苗苗 石建涛 +4 位作者 朱雪华 金雯 王萍 张济 王侃侃 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2010年第3期553-558,共6页

本研究探讨白血病t(8;21)染色体易位形成的融合癌蛋白AML1-ETO在2、9、19号3条染色体上基因组水平的结合位点分布,从而探索其在白血病发生发展过程中异常的转录调控模式,为靶向治疗药物研发以及临床治疗方案优化提供理论基础。应用染色... 本研究探讨白血病t(8;21)染色体易位形成的融合癌蛋白AML1-ETO在2、9、19号3条染色体上基因组水平的结合位点分布,从而探索其在白血病发生发展过程中异常的转录调控模式,为靶向治疗药物研发以及临床治疗方案优化提供理论基础。应用染色质免疫沉淀技术与高通量的基因芯片相结合的ChIP-on-chip技术,使用覆盖上述3条染色体上所有基因组信息的瓦式基因芯片,在具有t(8;21)染色体易位的Kasumi细胞株上展开研究。实验分为抗ETO特异抗体组和随机打断基因组DNA对照组。通过MAT方法分析ETO抗体组相对于对照组的富集片段;应用CEAS分析工具分析富集片段在基因组上的分布特征,并进一步通过功能富集分析方法挖掘其中潜藏的生物学意义。结果表明:ETO抗体组在2、9、19号染色体上共得到富集片段588条,这些片段在基因组的定位分布特征如下:5.96%位于基因启动子区域,5.49%位于基因外显子区域,48.86%位于增强子区域,37.35%位于基因内含子区域,1.27%位于即时下游区域,0.87%位于3'UTR,0.2%位于5'UTR。进一步功能富集分析结果显示:参与代谢调节、细胞增殖、信号传导等功能的模块在AML1-ETO的潜在靶基因中富集。结论:AML1-ETO融合蛋白在基因组上的结合位点过半分布在经典转录因子结合区域(启动子、5'UTR和增强子),其余近半分布在非经典的区域,其下游调控的分子网络广泛涉及多种重要功能通路。 展开更多

关键词 急性髓系白血病 基因组分布特征 ChIP—on—chip AML1-ETO

在线阅读 下载PDF 职称材料

一例Ⅰ型成骨不全家系的基因定位及突变检测 被引量：12

2

作者 吴晓林 顾鸣敏 +5 位作者 崔斌 李西华 袁文涛 陆振虞 宋怀东 王铸钢 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期699-702,共4页

目的对国内1例成骨不全(OI)家系进行基因突变及突变效应分析,为研究中国人群的成骨不全基因突变特点提供线索。方法对成骨不全Ⅰ型胶原基因COL1A1和COL1A2所在的17号染色体和7号染色体分别进行连锁分析,对致病基因做初步判断,然后用聚... 目的对国内1例成骨不全(OI)家系进行基因突变及突变效应分析,为研究中国人群的成骨不全基因突变特点提供线索。方法对成骨不全Ⅰ型胶原基因COL1A1和COL1A2所在的17号染色体和7号染色体分别进行连锁分析,对致病基因做初步判断,然后用聚合酶链反应扩增致病基因外显子,并测序检出基因突变。结果该家系为COL1A1基因突变,所有患者在该基因的第8个内含子剪切受体位点处为AG→GG(IVS8-2A>G)突变。结论对比COL1A1基因突变数据库,该突变为一新发现突变。 展开更多

关键词 COL1A1基因 突变分析 成骨不全

在线阅读 下载PDF 职称材料

Adiponectin基因剔除LacZ基因敲入小鼠模型的建立 被引量：6

3

作者 任维华 李西华 +10 位作者 王芳 乔建瓯 党素英 孔辉 王龙 陆顺元 孙霞 徐国江 傅继梁 费俭 王铸钢 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第9期846-853,共8页

adiponectin是脂肪细胞特异分泌的一种活性蛋白质,具有增加胰岛素敏感性、抗炎及抗动脉硬化等活性.建立adiponectin基因剔除β-半乳糖苷酶基因(LacZ)敲入小鼠模型,可为整体动物水平研究adiponectin基因功能及其表达调控机制等提供理想工... adiponectin是脂肪细胞特异分泌的一种活性蛋白质,具有增加胰岛素敏感性、抗炎及抗动脉硬化等活性.建立adiponectin基因剔除β-半乳糖苷酶基因(LacZ)敲入小鼠模型,可为整体动物水平研究adiponectin基因功能及其表达调控机制等提供理想工具.根据生物信息学方法获得adiponectin基因组序列,设计基因剔除及敲入策略,在adiponectin基因第2和第3号外显子剔除的同时,在其ATG和信号肽序列后顺接LacZ基因完整编码序列,构建完成了Adipo-LacZ-XpPNT基因剔除质粒.通过电穿孔将打靶质粒转入ES细胞,以G418和ganciclovir进行药物筛选,获得药物抗性的ES细胞克隆,PCR和DNA印迹鉴定出正确同源重组克隆.将同源重组的ES细胞克隆注入小鼠囊胚得到嵌合体小鼠,嵌合体小鼠与C57BL/6J小鼠交配产生杂合子小鼠,杂合子间交配获得adiponectin基因剔除LacZ基因敲入纯合子小鼠.经RT-PCR、RNA印迹和ELISA检测证实纯合子小鼠脂肪和血清中adiponectin基因表达呈阴性.RT-PCR、RNA印迹及蛋白质印迹检测发现,LacZ基因在突变小鼠脂肪组织中有特异性表达,其表达谱与内源性adiponectin基因的表达谱一致.但在脂肪组织及外周血中未能检测到LacZ活性,且血清中LacZ蛋白亦呈阴性.由此成功建立了adiponectin基因完全灭活及LacZ基因以内源性adiponectin基因表达谱表达的小鼠模型,为进一步研究该基因功能及其表达调控创造了有利条件. 展开更多

关键词 ADIPONECTIN 基因剔除 β-半乳糖苷酶基因(LacZ) 基因敲入

在线阅读 下载PDF 职称材料

重组血管紧张素转换酶2对ApoE基因缺陷小鼠肾脏caspase信号及细胞凋亡的影响 被引量：1

4

作者 张振洲 徐冉 +5 位作者 常青 徐颖乐 金海燕 陈来江 宋蓓 钟久昌 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期1115-1120,共6页

目的·探讨载脂蛋白E（ApoE）基因敲除（KO）小鼠肾脏caspase信号和凋亡水平的改变以及重组血管紧张素转换酶2（ACE2）干预治疗对其的影响。方法·采用11～12周龄的ApoEKO小鼠，每日经微泵输入1.5 mg/kg血管紧张素Ⅱ（Ang Ⅱ）... 目的·探讨载脂蛋白E（ApoE）基因敲除（KO）小鼠肾脏caspase信号和凋亡水平的改变以及重组血管紧张素转换酶2（ACE2）干预治疗对其的影响。方法·采用11～12周龄的ApoEKO小鼠，每日经微泵输入1.5 mg/kg血管紧张素Ⅱ（Ang Ⅱ）和/或2 mg/kg重组人ACE2（rhACE2）治疗，为期2周。分别采用蛋白质印迹法和TUNEL法检测小鼠肾脏组织中细胞凋亡及相关信号改变。结果·与野生型对照组相比，ApoEKO小鼠肾脏细胞凋亡水平升高。Ang Ⅱ输入后促使ApoEKO小鼠收缩压水平升高，肾脏细胞凋亡水平、活化型caspase-3和caspase-8表达以及血浆尿素氮与肌酐水平均明显升高，上述作用可被重组ACE2干预所逆转。结论·重组ACE2治疗在降低Ang Ⅱ输入的ApoEKO小鼠血压水平的同时，可明显改善肾脏细胞凋亡和肾功能，提示ACE2对动脉粥样硬化性肾脏损伤具有一定的功效。 展开更多

关键词 血管紧张素转换酶2 载脂蛋白E 高血压 细胞凋亡 肾脏保护

在线阅读 下载PDF 职称材料

AML1、AML1-ETO对nucb2基因转录调控活性的影响 被引量：1

5

作者 邹蓓 金雯 +3 位作者 李晶 石建涛 张济 王侃侃 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2009年第6期1482-1486,共5页

本研究旨在探讨造血特异转录因子AML1及M2b型急性髓系白血病(AML-M2b)累及的异常融合蛋白AML1-ETO对凋亡相关基因nucb2(nucleobindin-2)启动子转录活性的影响,探索AML1-ETO对AML-M2b型白血病的分子致病机制。利用实时RT-PCR方法在AML1-... 本研究旨在探讨造血特异转录因子AML1及M2b型急性髓系白血病(AML-M2b)累及的异常融合蛋白AML1-ETO对凋亡相关基因nucb2(nucleobindin-2)启动子转录活性的影响,探索AML1-ETO对AML-M2b型白血病的分子致病机制。利用实时RT-PCR方法在AML1-ETO诱导型白血病细胞株中研究AML1-ETO在转录水平对于nucb2的调控情况;利用ChIP-qPCR方法在AML1-ETO阳性白血病细胞株中研究AML1、AML1-ETO与nucb2基因启动子之间直接的体内相互作用情况;采用双荧光素酶报告基因检测方法,研究AML1、AML1-ETO对nucb2启动子转录活性的调节作用。结果表明:AML1-ETO的表达与nucb2的表达呈负相关;nucb2可能是AML1、AML1-ETO的靶基因;AML1、AML1-ETO皆对nucb2启动子具有转录抑制作用,且AML1-ETO对nucb2抑制更强。结论:nucb2是AML1、AML1-ETO的直接靶基因,AML1、AML1-ETO通过抑制nucb2启动子的活性对其进行转录调控。 展开更多

关键词 AML1 AML1-ETO nucb2 转录调控 M2b型白血病

在线阅读 下载PDF 职称材料

PML-RARα对BHLHB2基因转录调控的影响

6

作者 贾小红 杨文涛 +3 位作者 朱雪花 杨贤雯 张济 王侃侃 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2011年第4期1005-1009,共5页

本研究探讨异常转录因子PML-RARα对BHLHB2基因的转录调控机制,进一步揭示急性早幼粒细胞性白血病(APL)的致病机理。利用RT-PCR技术研究PML-RARα融合蛋白及ATRA在APL模式细胞株PR9和APL病人来源的NB4细胞中对BHLHB2转录的影响;利用ChIP... 本研究探讨异常转录因子PML-RARα对BHLHB2基因的转录调控机制,进一步揭示急性早幼粒细胞性白血病(APL)的致病机理。利用RT-PCR技术研究PML-RARα融合蛋白及ATRA在APL模式细胞株PR9和APL病人来源的NB4细胞中对BHLHB2转录的影响;利用ChIP-PCR技术探讨PML-RARα在体内调控BHLHB2转录的作用方式;通过分析病人样本数据,观察BHLHB2在各种急性髓系白血病(AML)中的表达情况。结果表明,随着PML-RARα融合蛋白的表达升高,BHLHB2的转录受到明显抑制,并且无论在APL模式细胞株PR9还是APL病人来源的NB4细胞中,ATRA均能够解除这种抑制,诱导BHLHB2的表达上调;而在不表达PML-RARα的U937细胞株中,ATRA不能诱导BHLHB2的表达上调。研究结果提示,PML-RARα通过结合于BHLHB2的启动子区域抑制其转录。与其他类型的AML和正常的骨髓细胞相比,BHLHB2在APL中表达较低。结论:BHLHB2是PML-RARα的靶基因,PML-RARα通过与其启动子区域结合对其转录进行负调控。 展开更多

关键词 PML-RARΑ BHLHB2 转录调控 急性早幼粒细胞白血病

在线阅读 下载PDF 职称材料

胃癌组织miRNA差异表达的初步分析 被引量：13

7

作者 阳圣 张雯 +3 位作者 杨燕青 张小燕 郜恒骏 张庆华 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第11期1317-1323,共7页

目的分析胃癌组织特异性微小RNA(miRNA)表达谱,为深入研究miRNA与胃癌发生和发展的关系以及寻找新的胃癌分子标志物奠定基础。方法利用miRNA芯片就21对胃癌和癌旁配对正常组织的miRNA表达谱进行检测和初步生物信息学分析,Real-TimePCR验... 目的分析胃癌组织特异性微小RNA(miRNA)表达谱,为深入研究miRNA与胃癌发生和发展的关系以及寻找新的胃癌分子标志物奠定基础。方法利用miRNA芯片就21对胃癌和癌旁配对正常组织的miRNA表达谱进行检测和初步生物信息学分析,Real-TimePCR验证miRNA芯片检测结果。结果 miRNA芯片检测发现,在胃癌及其癌旁配对正常组织中共有88个差异表达miRNA,其中上调最明显的是miR-21、miR-196b、miR-301a、miR-431*、miR-550*、miR-18a和miR-135b;下调最明显的是miR-139-3p、miR-628-3p、miR-596、miR-99b*和miR-638。Real-TimePCR对其中2个上调(miR-181、miR-19b)和2个下调(miR-134、miR-31)miRNA的验证结果与芯片检测所示具有较好的一致性。结论胃癌组织具有特异性的miRNA表达谱,这些差异表达的miRNA有可能成为新的胃癌分子标志物。 展开更多

关键词 微小RNA 表达谱 胃癌 基因芯片 REAL-TIME PCR

在线阅读 下载PDF 职称材料

ACE2/Apelin信号与动脉粥样硬化 被引量：6

8

作者 张振洲 宋蓓 钟久昌 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期917-920,共4页

动脉粥样硬化性疾病已成为人类死亡的首要病因。肾素血管紧张素系统是促进粥样硬化性心血管疾病的发生及发展的重要因素。研究表明ACE2/Apelin信号发挥心血管保护作用。文章就ACE2/Apelin信号研究新进展及其在动脉粥样硬化病程中的调控... 动脉粥样硬化性疾病已成为人类死亡的首要病因。肾素血管紧张素系统是促进粥样硬化性心血管疾病的发生及发展的重要因素。研究表明ACE2/Apelin信号发挥心血管保护作用。文章就ACE2/Apelin信号研究新进展及其在动脉粥样硬化病程中的调控作用作一综述。 展开更多

关键词 动脉粥样硬化 肾素血管紧张素系统 血管紧张素转换酶2 APELIN

在线阅读 下载PDF 职称材料

UGRP1蛋白的表达、纯化、抗体制备及亚细胞定位 被引量：1

9

作者 李圣贤 马勤耘 +2 位作者 刘智 李雪松 宋怀东 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第8期972-976,共5页

目的子宫球蛋白相关蛋白1(UGRP1)是一种功能未知的分泌蛋白。通过表达、纯化蛋白、制备抗体及其在组织中表达的研究,为进一步研究其功能奠定基础。方法从人胎肺组织中克隆得到UGRP1基因,构建重组表达质粒pGEX-5X-1/UGRP1。将此质粒转化... 目的子宫球蛋白相关蛋白1(UGRP1)是一种功能未知的分泌蛋白。通过表达、纯化蛋白、制备抗体及其在组织中表达的研究,为进一步研究其功能奠定基础。方法从人胎肺组织中克隆得到UGRP1基因,构建重组表达质粒pGEX-5X-1/UGRP1。将此质粒转化大肠杆菌BL21(DE3)后用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导,表达含谷胱甘肽-S-转移酶(GST)的GST-UGRP1融合蛋白。此融合蛋白经纯化分离后,免疫新西兰大白兔,制备其多克隆抗体。用Western印迹的方法检测多抗血清。通过构建含增强型绿色荧光蛋白(EGFP)的EGFP-N2-UGRP1载体,转染非洲绿猴肾细胞(COS细胞)表达重组蛋白,对UGRP1的表达进行亚细胞定位。结果成功构建了pGEX-5X-1/UGRP1载体,获得了高纯度的重组蛋白和多克隆抗体。免疫组化分析表明UGRP1表达于肺支气管上皮细胞,亚细胞定位分析证实UGRP1主要表达于细胞浆。结论研究发现UGRP1表达于肺支气管上皮细胞和在COS细胞的胞浆中表达。经纯化获得蛋白并制备抗体,为进一步研究UGRP1的功能奠定了基础。 展开更多

关键词 子宫球蛋白相关蛋白1 GST融合蛋白 多克隆抗体 亚细胞定位

在线阅读 下载PDF 职称材料

ACE2/Apelin信号在血管自噬调控和高血压发病中的作用 被引量：6

10

作者 张艳 程玉文 钟久昌 《上海交通大学学报（医学版）》 CSCD 北大核心 2017年第9期1260-1264,共5页

自噬在维持正常血管结构功能中提供保护功效,但过度自噬可能导致高血压病等血管疾病的发病。血管自噬失衡参与高血压血管重构损伤的发生和发展,且与ACE2/Apelin信号表达或活性异常密切相关。该文主要对ACE2/Apelin信号参与血管自噬调控... 自噬在维持正常血管结构功能中提供保护功效,但过度自噬可能导致高血压病等血管疾病的发病。血管自噬失衡参与高血压血管重构损伤的发生和发展,且与ACE2/Apelin信号表达或活性异常密切相关。该文主要对ACE2/Apelin信号参与血管自噬调控及其在高血压发病过程中的作用作一综述。 展开更多

关键词 高血压 肾素—血管紧张素系统 自噬 血管紧张素Ⅱ

在线阅读 下载PDF 职称材料

c-Myb在急性早幼粒细胞白血病发病过程中的作用 被引量：2

11

作者 王果 邓望龙 张济 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期1475-1479,共5页

目的探讨转录因子c-Myb在急性早幼粒细胞白血病(APL)发病过程中的作用。方法通过分析患者的表达谱数据,比较在正常早幼粒细胞和APL细胞中c-Myb的表达水平;然后通过全反式维甲酸(ATRA)诱导NB4细胞分化和PR9加ZnSO4模拟APL发病,研究c-Myb... 目的探讨转录因子c-Myb在急性早幼粒细胞白血病(APL)发病过程中的作用。方法通过分析患者的表达谱数据,比较在正常早幼粒细胞和APL细胞中c-Myb的表达水平;然后通过全反式维甲酸(ATRA)诱导NB4细胞分化和PR9加ZnSO4模拟APL发病,研究c-Myb是否参与APL发病过程;利用RNAi干扰c-Myb表达的技术,明确c-Myb对逆转APL的作用。结果在APL细胞中c-Myb的表达水平高于正常早幼粒细胞;c-Myb的表达随着ATRA的诱导分化逐渐下降,在ZnSO4诱导PR9模拟APL发病的过程中逐渐上升;c-Myb的敲除可以促进NB4细胞的分化,使NB4细胞的CD11b阳性率增加约20%。结论 APL细胞中c-Myb的表达高于正常早幼粒细胞,它对APL的发病有着重要的作用,对其选择性敲除可以部分逆转APL细胞的分化阻滞。 展开更多

关键词 c—Myb 急性早幼粒细胞白血病 白血病转化

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于非独占式并行计算技术的ChIP-on-chip芯片分析平台

12

作者 杨旭智 石建涛 +4 位作者 韩蓓蓓 王萍 王健 张济 王侃侃 《计算机应用与软件》 CSCD 2009年第8期10-13,共4页

随着"后基因组时代"的到来以及各种高通量组学技术的发展,ChIP-on-chip这一新兴的研究细胞内蛋白质与全基因组DNA之间调控机制的实验技术已逐渐成熟并推广。然而由此产生的海量数据也给生物学意义的整合与数据挖掘带来了严峻... 随着"后基因组时代"的到来以及各种高通量组学技术的发展,ChIP-on-chip这一新兴的研究细胞内蛋白质与全基因组DNA之间调控机制的实验技术已逐渐成熟并推广。然而由此产生的海量数据也给生物学意义的整合与数据挖掘带来了严峻的挑战。针对ChIP-on-chip得到的高通量原始实验数据,探索如何更有效地开展研究工作,实现了由分析模块、监控模块、并行框架三个模块构建的自适应并行计算系统。系统能非独占式地充分利用计算机资源计算,自动生成富集的DNA序列片段并将其映射到基因组用于后续分析;可比较分析多次实验以评估实验条件、分析不同转录因子之间的协同作用等;其包含的监控模块、并行框架很容易移植入其他开发过程。 展开更多

关键词 CHIP-ON-CHIP 并行计算 系统监控

在线阅读 下载PDF 职称材料

PML/RARα抑制GADD45A的转录表达

13

作者 饶玉清 王侃侃 张济 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1466-1471,共6页

目的研究异常转录因子PML/RARα对GADD45A的转录调控机制,为进一步阐释PML/RARα在急性早幼粒细胞白血病(APL)发病中的作用机制提供线索。方法运用ChIP-PCR技术研究PML/RARα与GADD45A的结合情况;采用Real-TimePCR技术检测PR9细胞中GADD... 目的研究异常转录因子PML/RARα对GADD45A的转录调控机制,为进一步阐释PML/RARα在急性早幼粒细胞白血病(APL)发病中的作用机制提供线索。方法运用ChIP-PCR技术研究PML/RARα与GADD45A的结合情况;采用Real-TimePCR技术检测PR9细胞中GADD45A mRNA的表达水平,并分析其与PML/RARα融合蛋白表达的相关性;利用真核细胞表达载体在H1299细胞中过表达PML/RARα和p53蛋白,研究PML/RARα与p53对GADD45A的共调控关系。结果 PML/RARαChIP-qPCR结果显示:PML/RARα特异性抗体能够富集GADD45A基因功能区第3个内含子区的DNA片段,而非特异性IgG不能够富集;在PR9细胞中发现GADD45A mRNA表达水平与PML/RARα蛋白的表达呈负相关,说明在PR9细胞中PML/RARα融合蛋白能够抑制GADD45A的表达;在H1299细胞中单独转染野生型p53表达质粒后,GADD45A在mRNA水平显著上调,而共转染PML/RARα和野生型p53表达质粒后,PML/RARα能够显著抑制p53对GADD45A在mRNA水平的上调作用(P<0.01)。结论 PML/RARα能够结合在GADD45A第3个内含子区域并抑制其转录表达。GADD45A同时也是p53的靶基因,PML/RARα与p53对GADD45A有共调控关系。PML/RARα能够抑制p53对GADD45A的转录激活效应。 展开更多

关键词 PML/RARΑ GADD45A P53 急性早幼粒细胞白血病

在线阅读 下载PDF 职称材料