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基于基因表达变异性的通路富集方法研究
被引量：
1
1
作者
贾晓东
陈秀杰
+5 位作者
吴欣
徐建凯
谭福建
刘香琼
刘磊
杨瑞智
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2013年第12期1256-1264,共9页
当前的通路富集方法主要是基于基因的表达差异,很少有方法从通路变异性(方差)角度对其富集分析.我们注意到用合适的统计量描述通路的变异性时,在疾病表型下一些通路的变异性有明显的上升或者下降.因此本研究假设:通路变异性程度在不同...
当前的通路富集方法主要是基于基因的表达差异,很少有方法从通路变异性(方差)角度对其富集分析.我们注意到用合适的统计量描述通路的变异性时,在疾病表型下一些通路的变异性有明显的上升或者下降.因此本研究假设:通路变异性程度在不同表型中存在差异.本文设计了14种描述通路变异性的统计量与检验方法,检测不同表型下变异性有差异的通路即富集通路,并将富集结果与文献检索结果进行比较,同时,分析不同芯片预处理方法对数据和结果的影响.研究结果表明:5种预处理方法中,多阵列对数健壮算法(RMA)是数据预处理的最优方法;不同表型下通路的变异性程度存在差异;根据文献检索的通路结果,14种基于变异性的通路富集方法中,以通路中各基因欧氏距离的方差做统计量进行permutation检验(方法 11)能有效识别显著通路,其富集结果优于基因集富集分析(GSEA).综上所述,基于通路变异性的通路富集策略具有可行性,不仅对通路富集分析有一定的理论指导意义,而且为人类疾病研究提供新的视角.
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关键词
变异性
通路
富集分析
预处理方法
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职称材料
题名
基于基因表达变异性的通路富集方法研究
被引量：
1
1
作者
贾晓东
陈秀杰
吴欣
徐建凯
谭福建
刘香琼
刘磊
杨瑞智
机构
哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院
哈尔滨医科大学附属第三医院
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2013年第12期1256-1264,共9页
基金
黑龙江省研究生创新基金资助项目(YJSCX2012-205HLJ
YJSCX2011-341HLJ
+5 种基金
YJSCX2012-223HLJ)
黑龙江省教育厅资助项目(11541121
12531227)
哈尔滨市科技局优秀学科带头人资助项目(2010RFXXS053)
黑龙江省自然科学基金资助项目(QC2012C010)
黑龙江省卫生厅科研课题资助项目(2012-798)~~
文摘
当前的通路富集方法主要是基于基因的表达差异,很少有方法从通路变异性(方差)角度对其富集分析.我们注意到用合适的统计量描述通路的变异性时,在疾病表型下一些通路的变异性有明显的上升或者下降.因此本研究假设:通路变异性程度在不同表型中存在差异.本文设计了14种描述通路变异性的统计量与检验方法,检测不同表型下变异性有差异的通路即富集通路,并将富集结果与文献检索结果进行比较,同时,分析不同芯片预处理方法对数据和结果的影响.研究结果表明:5种预处理方法中,多阵列对数健壮算法(RMA)是数据预处理的最优方法;不同表型下通路的变异性程度存在差异;根据文献检索的通路结果,14种基于变异性的通路富集方法中,以通路中各基因欧氏距离的方差做统计量进行permutation检验(方法 11)能有效识别显著通路,其富集结果优于基因集富集分析(GSEA).综上所述,基于通路变异性的通路富集策略具有可行性,不仅对通路富集分析有一定的理论指导意义,而且为人类疾病研究提供新的视角.
关键词
变异性
通路
富集分析
预处理方法
Keywords
variation
,
pathway
,
enrichment analysis
,
preprocessing method
分类号
R318.04 [医药卫生—生物医学工程]
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于基因表达变异性的通路富集方法研究
贾晓东
陈秀杰
吴欣
徐建凯
谭福建
刘香琼
刘磊
杨瑞智
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2013
1
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