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甜瓜化感自毒作用响应基因的cDNA-AFLP分析 被引量：11
1
作者 张志忠 孙志浩 +1 位作者 陈文辉 林文雄 《中国生态农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1514-1520,共7页
本研究以甜瓜种质＂新银辉＂为试验材料,利用浓度为0.03 g.mL 1的新鲜甜瓜植株水浸提液处理甜瓜幼苗,通过cDNA-AFLP技术分析甜瓜化感自毒作用相关基因及其表达情况。试验中利用82对引物进行扩增,共获得3 600多条差异表达转录衍生片段（T... 本研究以甜瓜种质＂新银辉＂为试验材料,利用浓度为0.03 g.mL 1的新鲜甜瓜植株水浸提液处理甜瓜幼苗,通过cDNA-AFLP技术分析甜瓜化感自毒作用相关基因及其表达情况。试验中利用82对引物进行扩增,共获得3 600多条差异表达转录衍生片段（TDFs）,平均每个引物组合可扩增出30~50条条带,片段大小集中在50~800 bp之间,根据条带强弱和有无的变化,其表达模式可以分为持续表达、瞬时表达、上调表达和下调表达4种情况。选取其中103条TDFs进行回收、测序,共获得75条有效序列,其中上调表达39条,下调表达21条,瞬时表达15条。BLAST结果分析显示其中55条与已知功能基因具有较高的同源性,选取其中10条TDFs,以甜瓜Actin基因为内参照,对其在不同胁迫处理时间的表达情况进行半定量RT-PCR验证,分析结果与cDNA-AFLP结果基本吻合,表明cDNA-AFLP技术是研究甜瓜化感自毒作用相关基因差异表达的有效方法。55条TDFs的BLAST结果显示,甜瓜自毒作用涉及到的基因表达情况较为复杂,与信号转导、能量代谢、蛋白合成、离子运输、逆境响应和转录调控等过程均有关系,这一结果为探讨甜瓜化感自毒作用的分子机理和相关基因的克隆提供了理论依据。 展开更多
关键词 甜瓜 化感自毒作用 CDNA-AFLP 差异表达转录衍生片段 半定量RT-PCR 化感基因
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盐胁迫下棉属野生种旱地棉(Gossypium aridum)差异表达基因的cDNA-AFLP分析(英文) 被引量：6
2
作者 刘章伟 冯娟 +3 位作者 范昕琦 徐鹏 张香桂 沈新莲 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2012年第5期435-443,共9页
以一个耐盐的二倍体野生种旱地棉和对盐敏感的陆地棉栽培种苏棉12号为材料，运用cDNA—AFLP技术，比较两个材料分别在盐胁迫前后的表达情况，获得了25个仅在旱地棉盐胁迫下特异表达的转录片段（TDF）。将这些片段进行电子克隆，延伸后... 以一个耐盐的二倍体野生种旱地棉和对盐敏感的陆地棉栽培种苏棉12号为材料，运用cDNA—AFLP技术，比较两个材料分别在盐胁迫前后的表达情况，获得了25个仅在旱地棉盐胁迫下特异表达的转录片段（TDF）。将这些片段进行电子克隆，延伸后的序列进行BLAST分析，结果显示23个转录片段推断的氨基酸序列与已知的蛋白同源，这些盐诱导表达的基因主要涉及离子转运、活性氧清除、细胞信号传导、细胞分裂、转录调节、膜保护、渗透调节等功能蛋白。从23个差异表达的转录片段中选择9个进行实时定量PCR（qRT—PCR）分析，结果表明这些基因在盐胁迫后表达显著增强，而且多数在12～24h达到高峰。这些cDNA克隆是开展棉花耐盐性分子基础研究的重要资源。 展开更多
关键词 棉属 盐胁迫 cDNA—AFLP 转录片段(tdfs) 实时定量PCR(qRT—PCR)
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干旱胁迫下割手密基因cDNA-SCoT差异表达分析（英文） 被引量：1
3
作者 吴凯朝 韦莉萍 +8 位作者 徐林 唐仕云 魏源文 黄诚梅 曹辉庆 罗海斌 蒋胜理 邓智年 李杨瑞 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期201-207,共7页
【目的】通过分析割手密叶片在干旱胁迫下的基因表达谱,筛选获得抗旱相关基因,为开展甘蔗抗旱性遗传改良研究提供候选基因。【方法】以割手密GX83-10为材料,构建正常浇灌(对照)及两个干旱处理叶片总RNA混合池,使用cDNA-SCoT构建割手密GX... 【目的】通过分析割手密叶片在干旱胁迫下的基因表达谱,筛选获得抗旱相关基因,为开展甘蔗抗旱性遗传改良研究提供候选基因。【方法】以割手密GX83-10为材料,构建正常浇灌(对照)及两个干旱处理叶片总RNA混合池,使用cDNA-SCoT构建割手密GX83-10伸长期应答干旱胁迫的基因表达谱,筛选、分离转录衍生片段(TDFs)并进行测序,根据NCBI数据库BLAST同源性检索结果推测基因功能,并使用qRT-PCR对抗旱相关TDFs进行表达验证分析。【结果】成功获得120个上调表达TDFs序列,其中53个TDFs序列与NCBI数据库中已录入的基因具有较高相似性,根据同源基因功能可分为10个类群:结合功能蛋白相关基因(20.75%)、新陈代谢相关基因(13.21%)、通信及信号转导相关基因(13.21%)、转录调控因子相关基因(13.21%)、运输途径相关基因(11.32%)、环境互作相关基因(9.43%)、能量代谢相关基因(7.55%)、蛋白质合成相关基因(3.77%)、防御相关基因(3.77%)及细胞成分生物合成相关基因(3.77%)。通过对运输因子家族蛋白、RING/U-box超家族蛋白、22 kD干旱诱导蛋白、微管蛋白alpha-3链和质膜H+-ATPase进行qRT-PCR分析,结果表明,这些基因在干旱胁迫下均呈不同程度的上调表达。【结论】干旱胁迫下,应用cDNA-SCoT构建割手密叶片基因表达谱筛选抗旱相关基因具有可行性。从割手密叶片中挖掘获得的抗旱及水分有效利用相关基因,可为利用野生种质资源开展甘蔗育种研究提供候选基因,改良甘蔗抗旱性,拓宽甘蔗育种基因库。 展开更多
关键词 割手密 cDNA-SCoT 转录衍生片段(tdfs) 基因 干旱胁迫
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甜瓜根分泌物介导自毒作用差异基因表达分析 被引量：1
4
作者 谢新蕊 高强 +1 位作者 奚玉培 张志忠 《山西农业大学学报（自然科学版）》 CAS 2013年第4期332-335,共4页
以甜瓜品种"新银辉"为试验材料,利用甜瓜根系分泌物胁迫处理甜瓜幼苗,通过cDNA-AFLP技术分析甜瓜自毒作用相关基因及其表达情况。结果表明,利用63对引物组合获得约1200条TDFs(Transcription-derived fragments),平均每对引物... 以甜瓜品种"新银辉"为试验材料,利用甜瓜根系分泌物胁迫处理甜瓜幼苗,通过cDNA-AFLP技术分析甜瓜自毒作用相关基因及其表达情况。结果表明,利用63对引物组合获得约1200条TDFs(Transcription-derived fragments),平均每对引物组合扩增出15-30条TDF,长度在50-700bp之间。相关基因的表达模式可分为上调、下调、瞬时和持续表达4类。选取表达差异明显片段进行回收、测序、比对,获得42条同源性高的TDFs序列。甜瓜根系分泌物介导的自毒作用相关差异表达基因涉及能量代谢、物质合成与运输、逆境诱导和基因调控及信号传导等过程,分子调控机制较为复杂。 展开更多
关键词 甜瓜 根系分泌物 自毒作用 差异表达转录衍生片段(tdfs) cDNA—AFLP
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陆地棉苗期低温胁迫下cDNA-AFLP差异表达分析
5
作者 卫珺 王旺华 +3 位作者 樊洪泓 李廷春 蔡永萍 林毅 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2012年第5期386-392,共7页
以陆地棉品系棕彩选1号为材料,利用cDNA-AFLP技术研究棉花低温处理前后基因表达的差异。试验采用64对引物组合进行扩增,共获得2321个条带,从中得到34条表达存在差异的条带。根据表达模式的不同,对其中表达存在差异的22个转录衍生片段(Tr... 以陆地棉品系棕彩选1号为材料,利用cDNA-AFLP技术研究棉花低温处理前后基因表达的差异。试验采用64对引物组合进行扩增,共获得2321个条带,从中得到34条表达存在差异的条带。根据表达模式的不同,对其中表达存在差异的22个转录衍生片段(Transcripts derived fragments,TDFs)进行了克隆、测序和序列分析。结果表明:在低温胁迫条件下获得的18条TDFs中,上调表达2条(11%),下调表达9条(50%),另外7条(39%)为瞬时表达;而在恢复2 d后得到了4条特异表达的TDFs。22个TDFs中,21个TDFs与NCBI中已知功能基因存在同源性,这些基因包括假定蛋白、转座子、线粒体、过氧化物酶体增殖物激活受体和逆境胁迫反应关键基因等。另有1个TDFs无同源序列。 展开更多
关键词 陆地棉 低温胁迫 cDNA—AFLP 基因差异表达 转录衍生片段
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