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应用PRIMER软件进行浮游植物群落结构的多元统计分析 被引量:32
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作者 吴荣军 李瑞香 +2 位作者 朱明远 郑家声 郑有飞 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期316-321,共6页
根据青岛近海进行的一次添加营养盐的围隔实验数据,采用专业软件PRIMER中的多元统计分析方法,进行了浮游植物群落结构的变化研究。结果表明,虽然由于本实验中浮游植物的生长受到Si的限制,硅藻类群不占明显的优势,使得优势种随时间的变... 根据青岛近海进行的一次添加营养盐的围隔实验数据,采用专业软件PRIMER中的多元统计分析方法,进行了浮游植物群落结构的变化研究。结果表明,虽然由于本实验中浮游植物的生长受到Si的限制,硅藻类群不占明显的优势,使得优势种随时间的变化不明显,没有出现明显的群落演替,但用PRIMER软件的聚类分析(Clustering)和多维尺度转换排序(MDS)分析表明,添加营养盐后浮游植物群落结构有较明显的变化,同时,PRIMER软件的相异系数(ANOSIM)分析也表明,在同时添加N、P的围隔内,浮游植物群落结构变化较只添加P的围隔中的变化显著。这显示了PRIMER软件在分析浮游植物群落结构变化和评价水域富营养化中的应用前景。 展开更多
关键词 primer 浮游植物 群落结构 多元统计
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多元统计软件PRIMER在张网渔具种类选择性研究中的运用 被引量:4
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作者 李超 张秀梅 +1 位作者 陈平 李文涛 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期37-46,共10页
本文根据2014年秋季青岛斋堂岛海域双桩竖杆张网的网囊网目选择性试验数据,运用PRIMER软件中的相似性分析、非参数多维标度分析和相似性百分比分析模块分析了张网渔具种类选择性。试验采用平行作业法,以传统网具(2a=16mm的菱形目网囊)... 本文根据2014年秋季青岛斋堂岛海域双桩竖杆张网的网囊网目选择性试验数据,运用PRIMER软件中的相似性分析、非参数多维标度分析和相似性百分比分析模块分析了张网渔具种类选择性。试验采用平行作业法,以传统网具(2a=16mm的菱形目网囊)作为对照网,设计了网目尺寸(2a)为30和35mm的菱形目网囊(以30D和35D表示)和网目尺寸(2a)为20、30和35mm的方形目网囊(以20S、30S和35S表示),进行选择性实验。研究显示:(1)35D、30S和35S渔获组成与对照网存在显著性差异,其余各网之间差异不显著。(2)改良后的试验网具能有效释放舒氏海龙;除20S组外,其余各试验网对方氏云鳚亦有较好的释放效果。(3)方形目网囊较相同尺寸的菱形目网囊具有更好的种类选择性;对相同网目形状的试验网囊进行比较,种类选择性随网目尺寸的增大而增大。(4)综合分析不同网具的渔获物组成和规格,在斋堂岛海域秋季小黄鱼、带鱼渔汛期,推荐使用30mm方形目网囊;方氏云鳚渔汛期,推荐使用20mm方形目网囊进行捕捞作业。研究结果表明,运用多元统计软件PRIMER进行张网渔具种类选择性分析虽然存在待完善之处,但该方法为本领域研究提供了有益参考。 展开更多
关键词 primer 多元统计分析 张网 菱形目网囊 方形目网囊 种类选择性
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利用MPprimer设计引物并优化扩增条件以提高多重PCR效率的实验研究 被引量:27
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作者 王稳 屈武斌 +3 位作者 申志勇 任长虹 刘虎岐 张成岗 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第3期342-346,共5页
多重PCR技术广泛应用于多个研究领域,其中引物设计及扩增条件是提高多重PCR实验效率的关键因素.为探讨优化多重PCR实验的方法,以小鼠5个看家基因为研究对象,使用实验室新近开发的MPprimer程序设计多重PCR引物,并通过改变多种反应条件来... 多重PCR技术广泛应用于多个研究领域,其中引物设计及扩增条件是提高多重PCR实验效率的关键因素.为探讨优化多重PCR实验的方法,以小鼠5个看家基因为研究对象,使用实验室新近开发的MPprimer程序设计多重PCR引物,并通过改变多种反应条件来优化多重PCR实验.结果表明,MPprimer程序能够设计出理想的多重PCR引物,并且通过对退火温度及延伸时间进行优化,可显著提高多重PCR实验效率,对于提高基因表达的规模化检测能力具有积极的促进作用. 展开更多
关键词 PCR 多重PCR 引物设计 MPprimer
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大型多元统计软件PRIMER的方法原理及其在底栖群落生态学中的应用 被引量:244
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作者 周红 张志南 《青岛海洋大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2003年第1期58-64,共7页
本文阐述大型多元统计分析软件 PRIMER的原理及其在底栖生态学中的应用。PRIMER是处理生态和环境多元数据的重要数值分析工具 ,本文从实用的角度对其中包括的技术方法和相应的子程序如 :等级聚类 (CLUSTER)、非度量多维标度 (MDS)、主... 本文阐述大型多元统计分析软件 PRIMER的原理及其在底栖生态学中的应用。PRIMER是处理生态和环境多元数据的重要数值分析工具 ,本文从实用的角度对其中包括的技术方法和相应的子程序如 :等级聚类 (CLUSTER)、非度量多维标度 (MDS)、主分量分析 (PCA)、相似性分析检验(ANOSIM)、相似性百分比分析 (SIMPER)、生物 -环境连接的逐步分析和相关检验 (BIOENV/BVSTEP)等作了较为系统的介绍。 展开更多
关键词 底栖群落 生态学 多元统计分析 丰度 生物量 空间分析
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Primer Extension-DHPLC检测线粒体DNA 12SrRNA常见耳聋相关突变方法的建立~△ 被引量:3
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作者 李琦 刘亚青 +3 位作者 孙晨 黄正华 田涛 戴朴 《听力学及言语疾病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期201-205,共5页
目的建立针对线粒体DNA 12SrRNA基因常见耳聋相关突变的Primer Extension-DHPLC(PE-DHPLC)基因诊断新方法。方法将包含线粒体DNA 12SrRNA 961insC、T1095C、C1494T、A1555G 4种不同突变的4例外周血DNA样本和4例正常对照标本经测序验证,... 目的建立针对线粒体DNA 12SrRNA基因常见耳聋相关突变的Primer Extension-DHPLC(PE-DHPLC)基因诊断新方法。方法将包含线粒体DNA 12SrRNA 961insC、T1095C、C1494T、A1555G 4种不同突变的4例外周血DNA样本和4例正常对照标本经测序验证,PCR扩增靶序列,设计延伸引物,延伸后得到线粒体DNA 12SrRNA基因961insC、T1095C、C1494T、A1555G 4个常见突变的特异性延伸片段,用全变性高效液相色谱分析延伸片段混合物,分离图谱鉴定被检样本的基因型。结果 4例包含线粒体DNA 12SrRNA基因4种耳聋相关突变的DNA样本均扩增出包含4种突变的975 bp特征性条带,PE-DHPLC检测结果显示突变者有引物峰和突变峰两个峰,完全可以鉴别出4种突变,而4例正常对照标本仅显示单个引物峰。结论本实验建立了Primer Extension-DHPLC的线粒体相关耳聋突变分析新方法,可用于耳聋的基因诊断。 展开更多
关键词 线粒体DNA12SrRNA 耳聋 基因突变 变性高效液相色谱 引物延伸
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3'-terminus shifted bases degeneracy primers increasing sensitivity of polymerase chain reaction
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作者 徐文胜 缪晓辉 +1 位作者 吴文雅 郝勇 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期399-402,共4页
目的:通过使用3’末端碱基游移混合引物,减少引物末端错配,提高多变区基因片段的PCR检测阳性率。方法:在HBV DNA P基因区设计一对检测阳性率相对较高的引物(原型引物),在原型引物序列基础上将两根引物的3’末端分别截去1个或2个碱基,设... 目的:通过使用3’末端碱基游移混合引物,减少引物末端错配,提高多变区基因片段的PCR检测阳性率。方法:在HBV DNA P基因区设计一对检测阳性率相对较高的引物(原型引物),在原型引物序列基础上将两根引物的3’末端分别截去1个或2个碱基,设计出两对参数与原型引物近似的突变引物。分别单独用原型引物和原型引物与突变引物组成的混合引物,在相同条件下对27份HBV DNA阳性标本行PCR,比较二者阳性率。用混合引物扩增4例拉米呋丁治疗无效患者血清HBV DNA,将扩增产物测序并评价3’末端错配对PCR的影响。结果:原型引物和混合引物检测阳性率分别为70.4%(19/27)和85.2%(23/27),两者差异非常显著(P<0.05)。引物3’末端错配能导致PCR假阴性。结论:扩增保守性相对较差的基因片段,采用3’末端单个或多个碱基截短的引物,构成3’末端碱基游移混合引物,可以避免因3’末端错配产生的PCR假阴性,提高检测阳性率。 展开更多
关键词 3′末端碱基游移混合引物 多变区基因片段 聚合酶链反应 引物末端 错配 肝炎病毒
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棉花miRNA表达量检测方法Stem-loop RT-PCR的建立 被引量:2
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作者 胡广 王乐 +4 位作者 张振楠 唐叶 周璐璐 彭清忠 吴家和 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期2121-2127,共7页
为建立一套鉴定棉花miRNA表达丰度的分子技术,优化了Stem-loop RT-PCR方法,并通过分析棉花3个miRNA的表达谱来评价分析该技术体系的特性。首先设计3条引物(茎环特异性反转录引物、正向引物和通用反向引物),通过cDNA和RNA梯度稀释,分析... 为建立一套鉴定棉花miRNA表达丰度的分子技术,优化了Stem-loop RT-PCR方法,并通过分析棉花3个miRNA的表达谱来评价分析该技术体系的特性。首先设计3条引物(茎环特异性反转录引物、正向引物和通用反向引物),通过cDNA和RNA梯度稀释,分析引物的扩增效率和检测灵敏度。结果表明,Stem-loop RT-PCR方法中设计的引物具有较高的扩增效率和检测灵敏度,miR156和miR159扩增效率分别为102.0%和103.6%;并对不同miRNA分析其总RNA检测灵敏度,miR156和miR159的总RNA检测灵敏度差异较大,分别为20 ng和2 pg。同时,应用建立的棉花Stem-loop RT-PCR方法,成功地分析了Gh-miR156、Gh-miR159和Gh-miR5658在根茎叶中的表达量。由此可见,棉花Stem-loop RT-PCR方法具有灵敏度高、特异性强、成本较低和适用于一般实验室等优点,为棉花等植物miRNA相关研究提供了技术保证,加快了miRNA及其调控基因功能的研究步伐。 展开更多
关键词 stem-loop RT-PCR 棉花 MIRNA 茎环引物
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基于本地BLAST的高通量引物设计R包(LightPrimer)及其应用 被引量:1
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作者 熊亚俊 陈伊洁 +1 位作者 邹娟 张帆 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期1130-1138,共9页
引物优劣是PCR反应成败的重要影响因素之一,当前引物设计软件存在通量低、操作复杂、开源性不高等不足。本文开发了一款基于R语言和本地BLAST的针对克隆、qRT-PCR、SNP和InDel标记的高通量引物设计软件(LightPrimer)。该软件通过序列信... 引物优劣是PCR反应成败的重要影响因素之一,当前引物设计软件存在通量低、操作复杂、开源性不高等不足。本文开发了一款基于R语言和本地BLAST的针对克隆、qRT-PCR、SNP和InDel标记的高通量引物设计软件(LightPrimer)。该软件通过序列信息从基因组当中提取特定序列,进行片段化处理,然后将片段与基因组进行本地BLAST比对,通过序列特异性指数和比对位点数筛选高特异性片段,然后对Tm值、GC含量、扩增片段长度、引物长度、引物3’末端匹配、末端GC碱基和引物二聚体进行筛选,得到候选引物列表,并通过序列评价诊断图为引物优化提供参考。该软件具有高通量、操作简便、跨平台、开源等特点,可为现有引物设计软件提供有益补充。软件可从github下载(https://github.com/YangtzeSoyGDB/LightPrimer.git)。 展开更多
关键词 本地BLAST 高通量 引物设计 R语言
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Heavy metal free primers: Polymorphism of gadolinium and titanium in the context of GSR glass phase
9
作者 Felice Nunziata 《Defence Technology(防务技术)》 SCIE EI CAS CSCD 2019年第3期272-275,共4页
The possibility of identifying gunshot residue (GSR) particles produced by non-toxic primers containing only titanium and zinc is a very difficult task using SEM/EDX analysis employed in the analysis of GSR originatin... The possibility of identifying gunshot residue (GSR) particles produced by non-toxic primers containing only titanium and zinc is a very difficult task using SEM/EDX analysis employed in the analysis of GSR originating from primers containing lead, barium and antimony. However, Bauer et al. demonstrated that non-toxic (TieZn) primers form a TiZn2O4 spinel crystalline structure using SEM/EDX with EBSD (Electron Back Scatter Diffraction) and TKD (Transmission Kikuchi Diffraction), whereas GSR originating from gadolinium-doped TieZn primers form a non-crystalline glass phase. Here, a possible explanation of these different phenomena is hypothesized. 展开更多
关键词 GSR Heavy metal free primerS GADOLINIUM Glass phase EBSD TKD
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Primers for the Amplification of the Circular Chloroplast DNA from the A-genome Group of Cultivated Cotton
10
作者 IBRAHIM Rashid Ismael Hag AZUMA Jun-Ichi SAKAMOTO Masahiro 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2008年第S1期28-,共1页
The availability of the plastid genome sequences is one of the bases for comparative,functional,and structural genomic studies of plastid-containing living organisms,in addition to the application
关键词 primers for the Amplification of the Circular Chloroplast DNA from the A-genome Group of Cultivated Cotton DNA
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飞机蒙皮用环保防护底漆的制备及性能研究
11
作者 步明升 卫二冬 +6 位作者 汪威 薛玉华 赵乐 阮润琦 张岩 张彪 郭年华 《涂料工业》 北大核心 2025年第8期56-62,69,共8页
【目的】研制满足飞机蒙皮铝合金基材防护需求的环保型防护底漆。【方法】用自制聚氨酯改性环氧树脂作为主要成膜物质,采用无铬颜填料和环保溶剂,开发出一种高性能环保防护底漆,系统评估了树脂、固化剂和防锈颜料对漆膜性能的影响,并探... 【目的】研制满足飞机蒙皮铝合金基材防护需求的环保型防护底漆。【方法】用自制聚氨酯改性环氧树脂作为主要成膜物质,采用无铬颜填料和环保溶剂,开发出一种高性能环保防护底漆,系统评估了树脂、固化剂和防锈颜料对漆膜性能的影响,并探讨了该防护底漆与常用密封剂的相容性。【结果】制备的防护底漆展现出优异的耐冲击性、耐介质性、低温固化以及三防性能。在颜基比为1.1时,选用磷钼酸锌、高纯钼酸锌、有机缓蚀剂作为无毒防锈颜料,通过三者的协同效应,可以提升漆膜的耐腐蚀性。同时,该底漆与密封剂PR1776 MB-2相容性好,配套使用时的剥离强度接近本身内聚强度最大值,底涂MC-115对密封剂与漆膜的剥离强度影响不大;当与密封剂PR2007 B-2配套使用时,采用底涂MC-115可提高剥离强度。【结论】制备的防护底漆可以满足飞机蒙皮铝合金基材的防护需求,具有广阔的应用前景。 展开更多
关键词 飞机蒙皮 环保 防护底漆 聚氨酯改性环氧树脂 密封剂
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南酸枣转录组特征分析及SSR标记开发 被引量:1
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作者 徐梦阳 蔡宇宇 +2 位作者 李婷 吴南生 孙荣喜 《广西植物》 北大核心 2025年第4期641-653,共13页
通过对南酸枣(Choerospondias axillaris)雌雄转录组特征进行分析及SSR标记开发,为其遗传评价和性别分子辅助育种提供理论支撑和科学依据。该文主要分析南酸枣雌雄转录组表达差异,SSR位点的分布及序列特征,在此基础上开展SSR位点挖掘,... 通过对南酸枣(Choerospondias axillaris)雌雄转录组特征进行分析及SSR标记开发,为其遗传评价和性别分子辅助育种提供理论支撑和科学依据。该文主要分析南酸枣雌雄转录组表达差异,SSR位点的分布及序列特征,在此基础上开展SSR位点挖掘,并进行SSR引物的开发和有效性验证。结果表明:(1)南酸枣转录组测序共获得40341条Unigenes序列,总长度、N50长度、平均长度和GC含量分别为52806369 bp、2409 bp、1309 bp和38.75%;共筛选到1949个雌雄差异表达基因,其中雄株比雌株显著上调的基因有1052个,下调的基因有897个。(2)在所有Unigenes中共检测到5251个SSR位点,619条Unigenes序列中含有2个及2个以上位点,SSR发生频率为11.18%,平均分布距离为10.06 kb;在所有SSR位点中,二核苷酸重复所占比例最高(46.95%),其次为三核苷酸重复(34.27%)。(3)经筛选及有效性验证共得到20对SSR多态性引物,在85份资源中共检测到80个等位基因,平均多态性信息含量(PIC)为0.56。综上认为,南酸枣叶片转录组测序质量较高,组装效果较好。20对多态性引物为后期遗传评价、性别辅助育种及指纹图谱构建提供参考。 展开更多
关键词 南酸枣 引物开发 转录组 SSR 位点特征
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23个梨新品种S基因型的鉴定与分析
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作者 王亚楠 张向展 +3 位作者 王苏珂 苏艳丽 王龙 薛华柏 《果树学报》 北大核心 2025年第3期453-461,共9页
【目的】鉴定梨新品种的S基因型可为合理配置授粉树、杂交亲本选配提供理论依据。【方法】为鉴定23个梨新品种的S基因型,设计新的特异引物FTQQYQ-B和anti-GIIWPN,对梨新品种的基因组DNA进行S基因特异扩增,并对扩增片段进行回收、克隆、... 【目的】鉴定梨新品种的S基因型可为合理配置授粉树、杂交亲本选配提供理论依据。【方法】为鉴定23个梨新品种的S基因型,设计新的特异引物FTQQYQ-B和anti-GIIWPN,对梨新品种的基因组DNA进行S基因特异扩增,并对扩增片段进行回收、克隆、测序,对各序列进行同源性搜索比对,最终确定各品种的S基因型。同时,对S基因出现频率和各品种授粉亲和性进行分析。【结果】确定23个梨新品种S基因型为:红香酥S_(22)S_(39);中梨1号S_(1)S_(4);红酥宝、早红玉、红玛瑙、恬心和金香玉S3S_(39);丹霞红、中梨秋香和六月香S_(4)S_(39);红酥蜜S_(4)S_(22);中梨碧玉S5Sd;中梨蜜脆S_(4)S5;中梨291 S_(12)S_(28);阳光蜜露S_(12)S_(22);早白蜜、T109和红玉S5S_(12);红酥脆、满天红和美人酥S_(4)S_(12);中梨金福S5S_(39);秋月S3S_(4);库尔勒香梨S_(22)S_(28)。统计发现S_(4)和S_(39)基因在新品种中出现频率最高。【结论】研究鉴定出23个梨新品种的S基因型,为新品种商业化栽培配置适宜授粉树提供了理论依据。 展开更多
关键词 自交不亲和 S基因型 特异性引物
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四引物扩增受阻突变体系PCR检测水稻白叶枯病抗性基因xa5的优化与应用
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作者 何开碧 武帅民 +4 位作者 尤一航 李瑶 王平 印汉 夏志辉 《种子》 北大核心 2025年第3期222-226,共5页
xa5是水稻抗白叶枯病的隐性基因,其与显性感病等位基因Xa5的功能差异源于Xa5基因开放阅读框116号和117号的TC碱基被替换为AG。为开发稳定且易于识别的共显性功能标记以辅助分子育种,基于四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer ARMS-P... xa5是水稻抗白叶枯病的隐性基因,其与显性感病等位基因Xa5的功能差异源于Xa5基因开放阅读框116号和117号的TC碱基被替换为AG。为开发稳定且易于识别的共显性功能标记以辅助分子育种,基于四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer ARMS-PCR)原理,设计了六组四引物组合。通过优化引物设计及反应体系,筛选出可在1%琼脂糖凝胶电泳中清晰区分xa5纯合子(400/157 bp)、Xa5纯合子(400/289 bp)及杂合子(400/289/157 bp)的共显性标记(组合T5)。该标记经F_(2)群体验证符合孟德尔分离规律(χ^(2)=0.93),且抗病表型与基因型一致。 展开更多
关键词 白叶枯病 xa5 四引物扩增受阻突变体系PCR 功能标记
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基于RPA辅助增强荧光偏振的沙门氏菌检测
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作者 薛鹏鹏 陈伟 +2 位作者 徐建国 涂佳 屈玮 《食品与机械》 北大核心 2025年第6期44-50,共7页
[目的]提出一种新型荧光偏振(FP)检测策略,通过整合重组酶聚合酶扩增(RPA)技术,实现对沙门氏菌(Salmonella)的高灵敏度检测。[方法]该检测机制依赖于靶标DNA与特异性引物的同源序列识别:当沙门氏菌靶标存在时,引物与靶DNA结合并触发链... [目的]提出一种新型荧光偏振(FP)检测策略,通过整合重组酶聚合酶扩增(RPA)技术,实现对沙门氏菌(Salmonella)的高灵敏度检测。[方法]该检测机制依赖于靶标DNA与特异性引物的同源序列识别:当沙门氏菌靶标存在时,引物与靶DNA结合并触发链置换反应,进而启动DNA扩增过程。为提高检测灵敏度,系统采用两项关键设计:在引物5'端修饰6-羧基荧光素(6-FAM)作为荧光报告基团;引入核酸外切酶Ⅰ(ExoⅠ)选择性水解未结合的引物。[结果]在RPA扩增过程中,由于扩增产物的相对分子质量显著增加,6-FAM标记的DNA复合物的旋转自由度受到限制,导致荧光偏振信号显著增强。经条件优化后,该方法对沙门氏菌的检测限可达11 CFU/mL,且表现出优异的特异性。[结论]该方法可高效检测沙门氏菌,其模块化设计原理还可拓展应用于其他食源性病原体的快速诊断。 展开更多
关键词 沙门氏菌 重组酶聚合酶扩增(RPA) 引物修饰 荧光偏振 定量检测
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贝克喜盐草微卫星标记与遗传多样性——基于广西和海南种群的分析
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作者 陈思婷 盘远方 +3 位作者 邱思婷 杨梓暄 苏治南 邱广龙 《广西科学》 北大核心 2025年第4期749-756,共8页
为支持贝克喜盐草(Halophila beccarii)的种群遗传学研究与保护,开发其微卫星标记,本研究基于前期贝克喜盐草单分子实时测序设计的微卫星引物,从中随机选择60个位点合成相应引物。利用3个贝克喜盐草种群(广西沙井、海南花场湾及洋浦种群... 为支持贝克喜盐草(Halophila beccarii)的种群遗传学研究与保护,开发其微卫星标记,本研究基于前期贝克喜盐草单分子实时测序设计的微卫星引物,从中随机选择60个位点合成相应引物。利用3个贝克喜盐草种群(广西沙井、海南花场湾及洋浦种群)24株不同海草个体的基因组DNA,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳对引物进行筛选,对筛选出的具有多态性的引物,进一步采用毛细管电泳进行验证,以确认其多态性,并对3个贝克喜盐草种群进行多样性评价。利用GenAlEx和Powermarker软件计算等位基因数(Number of alleles,N a)、观测杂合度(Observed heterozygosity,H_(O))、期望杂合度(Expected heterozygosity,H_(E))、多态性信息含量(Polymorphism Information Content,PIC)等参数,并采用主坐标分析(Principal Component Analysis,PCoA)探究种群间遗传变异分化格局。结果显示,筛选出6对多态性引物,多样性分析结果表明广西与海南种群间存在极高的遗传分化;主坐标分析结果表明广西和海南种群之间存在显著的遗传差异。本研究为贝克喜盐草的遗传研究提供了丰富的微卫星标记,这将有助于贝克喜盐草海草床的管理及保护。 展开更多
关键词 贝克喜盐草 微卫星 群体遗传学 引物开发 遗传多样性
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珍稀树种望天树ISSR-PCR反应体系的建立和优化
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作者 黎婷演 李婷 +3 位作者 谢乐 梁小春 徐圆圆 杨梅 《西北林学院学报》 北大核心 2025年第4期127-135,146,共10页
为建立适合望天树的ISSR-PCR反应体系,以望天树嫩叶为试验材料,采用L_(16)(4^(5))正交试验设计对ISSR-PCR反应的5个因素即模板DNA浓度、Mg^(2+)浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶含量及引物浓度进行优化,建立适用于望天树的最佳ISSR-PCR... 为建立适合望天树的ISSR-PCR反应体系,以望天树嫩叶为试验材料,采用L_(16)(4^(5))正交试验设计对ISSR-PCR反应的5个因素即模板DNA浓度、Mg^(2+)浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶含量及引物浓度进行优化,建立适用于望天树的最佳ISSR-PCR反应体系,且在此基础上筛选出适合该反应体系的引物和最佳退火温度,最终以望天树5个家系为材料验证反应体系的稳定性。结果表明,望天树ISSR-PCR最佳反应体系(20μL)各组分终浓度为:模板DNA 90 ng,引物浓度0.3μmol/L,dNTPs浓度0.2 mmol/L,Mg^(2+)浓度2.5 mmol/L,Taq DNA聚合酶1.0 U;筛选出3条重复性好、条带清晰、多态性高的ISSR引物,且最佳引物(UBC864)的最适退火温度为56.9℃。采用优化后的反应体系及引物对5个望天树种源样品进行ISSR-PCR条带检测,结果表明上述反应体系稳定可靠。该ISSR-PCR优化体系和候选引物适用于望天树遗传多样性分析,可为望天树种质资源保护与利用研究工作奠定基础。 展开更多
关键词 望天树 ISSR-PCR 正交试验设计 体系优化 引物筛选
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基于麦冬转录组数据的SSR序列特征分析及引物设计 被引量:1
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作者 王钧 戴维 +6 位作者 赖强龙 叶坤浩 陈杰 冯伦 刘媛 何爱坪 赵丹 《西北农业学报》 北大核心 2025年第2期300-308,共9页
采用高通量测序技术获得了麦冬转录组53466条Unigenes,并通过序列分析识别出35832个SSR位点,分布于24539条Unigenes上,SSR出现频率高达67.02%,平均分布距离为4.88 kb。对包含SSR位点的24539条Unigenes进行GO和KEGG注释,结果显示主要集... 采用高通量测序技术获得了麦冬转录组53466条Unigenes,并通过序列分析识别出35832个SSR位点,分布于24539条Unigenes上,SSR出现频率高达67.02%,平均分布距离为4.88 kb。对包含SSR位点的24539条Unigenes进行GO和KEGG注释,结果显示主要集中于生物学过程、植物-病原体互作等基因功能和代谢通路。从SSR重复基元类型来看,单核苷酸重复数目最多,占比57.06%,其中A/T为绝对优势类型,有20193个;五核苷酸重复平均分布距离最高,为4069.34 kb。从重复次数来看,基元重复10次以上的类型数目最多,有20849个,占比61.69%。随机挑选30个不同类型的SSR基元位点并设计引物,对川麦冬、浙麦冬基因组DNA进行PCR扩增,结果显示28对引物可以在两个栽培种中扩增出条带,其中16对引物可扩增出目的条带。 展开更多
关键词 麦冬 转录组 SSR位点 引物设计
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一种地震勘探用数码电子雷管引火药的研究 被引量:1
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作者 段林庆 《爆破器材》 北大核心 2025年第1期46-49,共4页
研发了一种用于地震勘探的数码电子雷管引火药。该引火药由2种药剂以及各种添加剂通过掺杂工艺优化配比、鼓混而成,在发火电阻的弱能量刺激下能够快速、可靠地点燃,从而使另一种药剂快速反应形成爆轰,实现雷管作用时间的微秒级延期。结... 研发了一种用于地震勘探的数码电子雷管引火药。该引火药由2种药剂以及各种添加剂通过掺杂工艺优化配比、鼓混而成,在发火电阻的弱能量刺激下能够快速、可靠地点燃,从而使另一种药剂快速反应形成爆轰,实现雷管作用时间的微秒级延期。结果表明:采用掺杂工艺,通过优化鼓混时间和增加消泡剂的质量,制得了引火药剂,并装配成雷管,起爆后测得雷管作用时间可满足最大延时≤250μs、极差≤80μs的要求。 展开更多
关键词 地震勘探 引火药剂 掺杂工艺 微秒级延期
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水稻OsNF-YC10自然变异及其与谷粒宽度的相关性
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作者 陈嘉乐 于清涛 +6 位作者 郑琛凡 汪庆 谭瑗瑗 陈百翠 李承欣 蒋萌 舒庆尧 《中国水稻科学》 北大核心 2025年第4期552-562,共11页
【目的】水稻谷粒宽度是粒型和粒重的重要决定因子,可影响水稻产量和稻米外观品质。迄今已发现大量基因突变可影响粒宽,但因突变存在其他显著负效应,真正具有育种价值的基因不多,挖掘新的粒宽基因特别是对品质和产量没有负效应的自然变... 【目的】水稻谷粒宽度是粒型和粒重的重要决定因子,可影响水稻产量和稻米外观品质。迄今已发现大量基因突变可影响粒宽,但因突变存在其他显著负效应,真正具有育种价值的基因不多,挖掘新的粒宽基因特别是对品质和产量没有负效应的自然变异具有重要意义。【方法】通过小粒型籼稻(DR610)和大粒型粳稻(哈粳稻7号,HG7)的F_(2)群体极端粒重个体的QTL-seq和已知影响粒型基因的联合分析,发现DR610的OsNF-YC10存在一个无义突变,这可能是其谷粒比HG7窄的原因。为探明Os NF-YC10变异与水稻粒宽的关系,我们对4000余份水稻种质中该基因的自然变异类型及其与粒宽的相关性进行分析。【结果】Os NF-YC10存在10种主要的单倍型,其中,以HG7为代表的单倍型(Hap1)为粳稻中的高频单倍型(1464/1509);以DR610为代表的单倍型(Hap5)在第1048位核苷酸发生了一个C(Hap^(C))→T(Hap^(T))的无义突变,Hap^(C)型品种的粒宽(3.036 mm,n=1596)显著大于Hap^(T)型品种的粒宽(2.938 mm,n=309),表明该基因的自然变异显著影响水稻粒宽。进一步分析发现,Hap1和Hap5单倍型存在明显的籼粳分化,后者主要分布在低纬度地区。最后,利用四引物ARMS-PCR,开发了一个区分C→T变异的分子标记,可用于粒型的分子标记辅助选择。【结论】本研究确定了OsNF-YC10的自然变异及其单倍型与粒宽的相关性,为粒宽的设计育种提供了重要参考。 展开更多
关键词 粒型 粒宽 千粒重 QTL-seq 基因分型 四引物ARMS-PCR
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