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不同单细胞全基因组扩增方法的比较及MALBAC在辅助生殖中的应用 被引量：16
1
作者 姚雅馨 喇永富 +4 位作者 狄冉 刘秋月 胡文萍 王翔宇 储明星 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期620-631,共12页
单细胞全基因组扩增(whole genome amplification,WGA)是指在单细胞水平对全基因组进行扩增的新技术,其原理是将分离的单个细胞的微量全基因组DNA进行扩增,获得高覆盖率的完整的基因组后进行高通量测序,用于揭示细胞异质性。目前,WGA方... 单细胞全基因组扩增(whole genome amplification,WGA)是指在单细胞水平对全基因组进行扩增的新技术,其原理是将分离的单个细胞的微量全基因组DNA进行扩增,获得高覆盖率的完整的基因组后进行高通量测序,用于揭示细胞异质性。目前,WGA方法主要包括引物延伸预扩增(primer extension preamplification PCR,PEP-PCR)、简并寡核苷酸引物PCR(degenerate oligonucleotide primed PCR,DOP-PCR)、多重置换扩增(multiple displacement amplification,MDA)、多次退火环状循环扩增(multiple annealing and looping-based amplification cycles,MALBAC)等。本文对不同的单细胞WGA方法的原理及应用情况分别进行了阐述,并对其扩增效率进行评价和比较,包括基因组覆盖度、均一性、重现性、SNV(single-nucleotide variants)和CNV(copy number variants)检测力等。综合对比不同单细胞WGA方法后发现,MALBAC的扩增均一性最高、等位基因脱扣率最低、重现性最好,且对于CNV和SNV的检测效果最好。本文还阐述了MALBAC技术在人类单精子减数重组、非整倍体分析以及人类卵细胞基因组研究中的应用。 展开更多
关键词 单细胞全基因组扩增 MALBAC DOP-PCR MDA 单细胞
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低体积PCR扩增用于单细胞分离和检验 被引量：7
2
作者 韩俊萍 李彩霞 +3 位作者 严红 朱典 李艮平 胡兰 《法医学杂志》 CAS CSCD 2012年第2期123-125,共3页
目的优化在单细胞分离检验中应用0.2mL试管做低体积扩增载体的最佳反应条件。方法制备理想口腔上皮细胞悬液,用0.2mL试管分别收集捕获到的5、10个细胞,设置蛋白酶K添加、PCR反应金牌酶用量、循环次数3组条件,用Identifiler誖Plus试剂盒... 目的优化在单细胞分离检验中应用0.2mL试管做低体积扩增载体的最佳反应条件。方法制备理想口腔上皮细胞悬液,用0.2mL试管分别收集捕获到的5、10个细胞,设置蛋白酶K添加、PCR反应金牌酶用量、循环次数3组条件,用Identifiler誖Plus试剂盒进行复合扩增,比较各组的检出率、等位基因丢失率和非特异性扩增情况。结果用0.2mL试管做低体积扩增中,加蛋白酶K裂解、PCR反应金牌酶0.4μL、PCR反应32个循环,这3个条件的检出率较高,等位基因丢失率较低。结论在单细胞分离检验中采用0.2 mL试管进行低体积扩增,可以作为芯片-低体积扩增的有效补充手段。 展开更多
关键词 法医遗传学 核酸扩增技术 单细胞
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激光显微切割分选少量胃癌细胞中PSCA基因的SNP分析 被引量：2
3
作者 杨祎 郭妍 +2 位作者 赵小东 刘炳亚 邵志峰 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期567-573,共7页
随着基因组关联分析方法的应用,越来越多与胃癌相关的易感基因被发现.易感基因的多态性检测已逐步进入胃癌临床诊断和研究.然而,利用少量胃粘膜细胞开展单核苷酸多态性(SNP)分析对胃癌进行早期诊断常遇下述困难,一是少量胃癌细胞混杂在... 随着基因组关联分析方法的应用,越来越多与胃癌相关的易感基因被发现.易感基因的多态性检测已逐步进入胃癌临床诊断和研究.然而,利用少量胃粘膜细胞开展单核苷酸多态性(SNP)分析对胃癌进行早期诊断常遇下述困难,一是少量胃癌细胞混杂在多种细胞中,异常信号常易被淹没,二是细胞量极少,因此获得的基因组DNA量微,进行多位点或全基因组分析存在困难.本文利用激光显微切割技术分选少量胃癌细胞,结合全基因组放大技术,进行胃癌相关的前列腺干细胞抗原基因(PSCA)的SNP分析.通过聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)和克隆测序方法分析,在分选的胃癌细胞中检测到PSCA的rs2976392位点胃癌相关的"A"等位与rs2294008位点胃癌相关的"T"等位.研究结果表明,所采用的全基因组放大方法保真性高,经过分选的胃癌细胞中SNP位点的检测灵敏度和可靠性大为提高.所建立的少量细胞基因多位点检测方法将同样应用于其它肿瘤和组织的少量细胞研究中,全基因组放大产物也可进行高通量的基因芯片和第二代测序研究. 展开更多
关键词 胃癌 少量细胞 全基因组放大 单核苷酸多态性(SNP) 前列腺干细胞抗原基因(PSCA)
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原生动物单细胞PCR应用初探--以天蓝喇叭虫为例 被引量：3
4
作者 刘志新 余育和 《湖泊科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期669-674,共6页
以天蓝喇叭虫(Stentor coeruleus)为研究对象,探索了单细胞单基因PCR扩增及单细胞全基因组PCR扩增技术在原生动物中的应用.经过不断探索和优化条件后,试验取得了理想的结果.在40例单细胞单基因(SSU rDNA基因全序列)PCR的一次性扩增中,... 以天蓝喇叭虫(Stentor coeruleus)为研究对象,探索了单细胞单基因PCR扩增及单细胞全基因组PCR扩增技术在原生动物中的应用.经过不断探索和优化条件后,试验取得了理想的结果.在40例单细胞单基因(SSU rDNA基因全序列)PCR的一次性扩增中,新鲜细胞和经过中性红染色的细胞都获得了100%的成功率,室温下酒精(95%)保存一周的细胞获得了82.5%的成功率.在单细胞全基因组PCR扩增中,采用高效高保真的phi29DNA聚合酶结合随机引物(Random Primer)进行扩增,获得了丰富且质量较高的PCR产物.以全基因组扩增产物(稀释10倍)对四个常用的基因位点(TEF1、SSU rRNA、18S-ITS1-5.8S、a-tubulin)进行扩增,均成功获得相应的基因片断. 展开更多
关键词 单细胞PCR 单细胞全基因组扩增 原生动物 天蓝喇叭虫
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单细胞全基因组扩增技术与应用 被引量：5
5
作者 徐晓丽 吴凌娟 鄢仁祥 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2019年第4期342-352,共11页
同一组织中的细胞往往具有类似的结构和功能,然而通过对单个细胞进行测序分析后,发现每个细胞都具有一定异质性.单细胞全基因组扩增技术是进行单细胞测序的前提,该技术可用于揭示单细胞基因组结构差异,同时在肿瘤研究、发育生物学、微... 同一组织中的细胞往往具有类似的结构和功能,然而通过对单个细胞进行测序分析后,发现每个细胞都具有一定异质性.单细胞全基因组扩增技术是进行单细胞测序的前提,该技术可用于揭示单细胞基因组结构差异,同时在肿瘤研究、发育生物学、微生物学等研究中发挥重要作用,并成为生命科学研究技术的热点之一.单细胞全基因组扩增技术的难点在于单细胞的分离和全基因组的扩增.本文介绍了单细胞全基因组扩增技术中常用的单细胞分离技术和单细胞全基因组扩增技术,并对各技术间的优缺点进行比较,同时着重讨论该技术在肿瘤研究、发育生物学和微生物学研究中的应用. 展开更多
关键词 单细胞分离技术 单细胞全基因组扩增技术 比较 应用
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组织单腺体内单细胞的基因变异分析方法 被引量：2
6
作者 周彦 王超杰 +4 位作者 朱纯超 陈江荣 程酩 邓宇亮 郭妍 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期753-762,共10页
从单细胞尺度进行细胞异质性的分析是深度理解细胞群体关系的关键。组织中的单细胞由于细胞类型不同,尺寸往往相差很大,但是目前常用的基于微孔板和Fluidigm公司的微流控的单细胞组学研究方法,需要入口的单细胞大小相近。本研究以胃组... 从单细胞尺度进行细胞异质性的分析是深度理解细胞群体关系的关键。组织中的单细胞由于细胞类型不同,尺寸往往相差很大,但是目前常用的基于微孔板和Fluidigm公司的微流控的单细胞组学研究方法,需要入口的单细胞大小相近。本研究以胃组织为例,建立了一种组织单细胞的基因变异分析方法,实现了尺寸差异较大的单细胞的基因变异分析。在该方法中,先将胃组织裂解获得单个腺体,再将单个腺体酶解得到不同大小的腺体内单细胞,然后把这些单细胞铺在聚乙烯萘膜载玻片上,进行激光显微切割分选、全基因组放大,最后测其微卫星的长度。利用该方法,成功在肠上皮化生腺体内部检测到微卫星长度的变化,并灵活地对尺寸差异大的组织细胞以及肠化生腺体细胞进行了精细分析。此外,这种单细胞分析方法还可以对带有不同标记的细胞进行低通量和高通量的基因组分析,为单细胞尺度上的组织异质性研究提供了一种高度灵活的分析方法。 展开更多
关键词 单细胞分析方法 全基因组放大 激光显微切割 胃组织 微卫星
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简并寡核苷酸引物PCR扩增单细胞基因组的影响因素研究 被引量：1
7
作者 王晶 乔龙 +3 位作者 孙海翔 胡娅莉 李洁 李朝军 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2008年第16期6675-6677,共3页
[目的]研究影响简并寡核苷酸引物聚合酶链反应(degenerate oligonucleotide primed PCR,DOP-PCR)扩增单细胞全基因组的因素。[方法]以单个人外周血淋巴细胞为材料,进行DOP-PCR,研究新鲜细胞与冷藏细胞及采用新鲜和冻存的细胞裂解物为模... [目的]研究影响简并寡核苷酸引物聚合酶链反应(degenerate oligonucleotide primed PCR,DOP-PCR)扩增单细胞全基因组的因素。[方法]以单个人外周血淋巴细胞为材料,进行DOP-PCR,研究新鲜细胞与冷藏细胞及采用新鲜和冻存的细胞裂解物为模板对扩增产物的均匀性及特异性的影响。[结果]以新鲜的淋巴细胞为模板与以冷藏的淋巴细胞为模板相比,扩增产物的均匀性相当,特异性上新鲜细胞较好。细胞裂解后立即进行扩增的效果在产物的均匀性及特异性方面均明显优于冻存的细胞裂解物。[结论]对单细胞应用DOP-PCR方法进行全基因组扩增时,应尽量选取新鲜细胞进行裂解,裂解后避免冻存以保证扩增的均匀性及特异性。 展开更多
关键词 单细胞 简并寡核苷酸引物PCR 基因扩增 全基因组
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质粒连接克隆法用于提高单细胞全基因组扩增产物覆盖率及质量的初探 被引量：1
8
作者 陈伟珊 黄一芳 +1 位作者 叶昕怡 郑磊 《暨南大学学报（自然科学与医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期643-652,共10页
目的:评估利用质粒连接克隆技术提高稀有细胞全基因组扩增(WGA)产物覆盖率及质量的可行性。方法:以54例宫颈脱落滋养层细胞和循环肿瘤细胞的WGA产物为研究对象,利用质粒连接克隆技术,通过质粒载体pMDTM19-T将单细胞WGA产物转入大肠杆菌... 目的:评估利用质粒连接克隆技术提高稀有细胞全基因组扩增(WGA)产物覆盖率及质量的可行性。方法:以54例宫颈脱落滋养层细胞和循环肿瘤细胞的WGA产物为研究对象,利用质粒连接克隆技术,通过质粒载体pMDTM19-T将单细胞WGA产物转入大肠杆菌DH5α感受态细胞进行增殖获取WGA产物的克隆产物。设计22条常染色体中22个特定位点引物进行扩增,根据扩增阳性率计算单细胞WGA产物克隆前后的覆盖率,并利用配对t检验及散点图进行统计学分析。随机选取样本,利用Sanger测序和短串联重复序列技术进行产物质量验证。结果:克隆后单细胞WGA产物的覆盖率有所提高(克隆前73%、克隆后79%),尤其对宫颈脱落滋养层细胞效果更为显著(克隆前72%、克隆后81%);在随机选取的12例样本中,克隆后样本的Sanger测序峰图质量和成功率均优于克隆前;此外,随机选取的2例克隆后的样本检测出的STR基因座均显著多于克隆前的。结论:质粒连接克隆法在一定程度上能提高单细胞WGA产物覆盖率及质量,有助于更深入地研究稀有细胞的生物学意义及临床价值。 展开更多
关键词 单细胞 全基因组扩增 质粒连接克隆 覆盖率
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