化疗药物普遍缺乏特异性,开发一种可主动靶向递送化疗药物、对生物体无免疫原性的载体越来越受到人们的关注。本研究通过滚环扩增技术(rolling circle amplification,RCA)将合成的具有串联重复序列的DNA长单链与几条包含适配体AS1411的...化疗药物普遍缺乏特异性,开发一种可主动靶向递送化疗药物、对生物体无免疫原性的载体越来越受到人们的关注。本研究通过滚环扩增技术(rolling circle amplification,RCA)将合成的具有串联重复序列的DNA长单链与几条包含适配体AS1411的短链DNA杂交来构筑含有多价适配体的核酸载体(multivalent aptamer,Multi-Apt),利用其双螺旋结构大量负载抗肿瘤药物阿霉素(doxorubicin,Dox),用于靶向治疗小鼠黑色素瘤细胞(B16细胞)。通过琼脂糖凝胶电泳优化了RCA产物与短链的结合比例,利用酶标仪探究了Dox的负载及释放,并采用荧光显微镜、流式细胞术、酶标仪、CCK-8法和划痕实验考察了Multi-Apt-Dox对B16细胞的靶向性和生长抑制情况。实验结果显示,RCA产物与3条短链的最佳物质的量比为1∶50。荧光显微镜照片、流式细胞术和酶标仪实验结果表明,每个Multi-Apt可负载约200个Dox分子,而且其对B16细胞的亲和性是单价适配体的46倍。细胞实验表明,Multi-Apt在细胞内降解并释放药物后诱导产生选择性细胞毒性,从而极大降低Dox对正常细胞的毒性,为肿瘤治疗的靶向给药提供一种新的策略。展开更多
目的:应用滚环扩增(rolling circle amplification,RCA)技术以DNA芯片为载体建立一种对结核分枝杆菌耐药基因单碱基突变的快速检测方法。方法:根据结核分枝杆菌利福平耐药rpoB基因序列,设计针对该基因常见突变位点的锁式探针,及固定于...目的:应用滚环扩增(rolling circle amplification,RCA)技术以DNA芯片为载体建立一种对结核分枝杆菌耐药基因单碱基突变的快速检测方法。方法:根据结核分枝杆菌利福平耐药rpoB基因序列,设计针对该基因常见突变位点的锁式探针,及固定于基因芯片上的捕获探针。针对临床结核分枝杆菌样本的基因组DNA,PCR扩增含有rpoB基因常见突变位点的特异性DNA片段。将与突变型特异性互补结合并环化的锁式探针与芯片上固定的捕获探针进行杂交,并运用滚环扩增技术,将含有生物素标记的dUTP掺入扩增产物,最后通过与亲和素标记的纳米金反应,并银染增强显色。同时与临床样本的测序结果比较。结果:通过优化反应条件,能特异性的检测出结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因的单碱基突变,通过对临床样本的检测,结果与测序结果一致。结论:该方法结合了DNA芯片和滚环扩增技术,能够快速有效的检测出耐药结核的单碱基突变,具有高特异性、高灵敏度。展开更多
Objective The detection of RNA single nucleotide polymorphism(SNP)is of great importance due to their association with protein expression related to various diseases and drug responses.At present,splintR ligase-assist...Objective The detection of RNA single nucleotide polymorphism(SNP)is of great importance due to their association with protein expression related to various diseases and drug responses.At present,splintR ligase-assisted methods are important approaches for RNA direct detection,but its specificity will be limited when the fidelity of ligases is not ideal.The aim of this study was to create a method to improve the specificity of splintR ligase for RNA detection.Methods In this study,a dualcompetitive-padlock-probe(DCPLP)assay without the need for additional enzymes or reactions is proposed to improve specificity of splintR ligase ligation.To verify the method,we employed dual competitive padlock probe-mediated rolling circle amplification(DCPLP-RCA)to genotype the CYP2C9 gene.Results The specificity was well improved through the competition and strand displacement of dual padlock probe,with an 83.26%reduction in nonspecific signal.By detecting synthetic RNA samples,the method demonstrated a dynamic detection range of 10 pmol/L-1 nmol/L.Furthermore,clinical samples were applied to the method to evaluate its performance,and the genotyping results were consistent with those obtained using the qPCR method.Conclusion This study has successfully established a highly specific direct RNA SNP detection method,and provided a novel avenue for accurate identification of various types of RNAs.展开更多
目的应用滚环扩增(rolling circle amplification)技术建立对结核分枝杆菌耐药基因单碱基突变的快速检测方法。方法以结核分枝杆菌利福平耐药rpoB基因为研究对象,设计针对该基因常见突变位点的锁式探针。通过对突变型模板、野生型模板...目的应用滚环扩增(rolling circle amplification)技术建立对结核分枝杆菌耐药基因单碱基突变的快速检测方法。方法以结核分枝杆菌利福平耐药rpoB基因为研究对象,设计针对该基因常见突变位点的锁式探针。通过对突变型模板、野生型模板、非结核分枝杆菌基因序列模板及不同比例的突变型模板和野生型模板混合样本的检测,研究本实验方法的特异性和灵敏度。建立特异性地检测rpoB基因单碱基突变的滚环扩增方法。通过对临床样本的检测并与测序结果比较,评价该方法的临床应用价值。结果通过优化反应条件,应用滚环扩增技术能特异性的检测出结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因的单碱基突变。通过对含有不同比例突变型模板的混合样本检测,最低能检测出1%突变型/野生型模板的样本。80株临床样本的检测与测序结果一致。结论滚环扩增技术特异性高、灵敏度高,无需特殊昂贵仪器且简单易操作,能够快速有效的检测出耐药结核的单碱基突变,是具有临床应用前景的方法。展开更多
结合恒温滚环扩增(rolling circle amlification,RCA)、单链特异性核酸外切酶Ⅰ(exonucleaseⅠ,ExoⅠ)和阳离子共轭聚合物(Cationic conjugated polymer,CCP)荧光共振能量转移(fluorescence reso-nance energy transfer,FRET)技术,建立...结合恒温滚环扩增(rolling circle amlification,RCA)、单链特异性核酸外切酶Ⅰ(exonucleaseⅠ,ExoⅠ)和阳离子共轭聚合物(Cationic conjugated polymer,CCP)荧光共振能量转移(fluorescence reso-nance energy transfer,FRET)技术,建立了一种特异、灵敏的均相检测microRNA(miRNA)的新方法.该方法应用荧光标记探针与RCA扩增的长链DNA产物杂交,当加入CCP时,其与杂交的标记探针通过静电力结合,发生高效的FRET.未杂交的标记探针利用ExoⅠ水解成单核苷酸,其与CCP相互作用力弱,不能发生有效的FRET.基于此,无需分离和洗涤步骤,实现了RCA扩增miRNA的均相检测.方法特异性好,灵敏度高,线性为0.5～20pmol/L,检出限为0.2pmol/L.方法为miRNA均相检测和原位成像分析以及临床诊断提供了新策略.展开更多
目的:基于滚环扩增技术(rolling circle amplification,RCA)结合免疫反应建立一种蛋白质的高灵敏检测方法。方法:根据双抗体夹心法原理,以链酶亲和素为桥梁,生物素修饰的单链寡核苷酸引物可以高亲和力地链接到生物素标记的免疫复合物上...目的:基于滚环扩增技术(rolling circle amplification,RCA)结合免疫反应建立一种蛋白质的高灵敏检测方法。方法:根据双抗体夹心法原理,以链酶亲和素为桥梁,生物素修饰的单链寡核苷酸引物可以高亲和力地链接到生物素标记的免疫复合物上,建立蛋白质的滚环扩增技术检测平台,并将其用于血管内皮细胞生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)的检测。结果:在优化实验条件下,对VEGF检测的灵敏度达到10fM。结论:与常规的酶标二抗体系ELISA法相比,本方法具有更高的灵敏度,适于低丰度蛋白质的检测,此方法的进一步完善将为疾病新的蛋白标志物的筛选以及临床诊断提供有力的工具。展开更多
目的探讨双循环线性滚环扩增(rolling circle amplification,RCA)检测HBV替诺福韦耐药基因突变位点的可行性。方法以HBV替诺福韦耐药基因突变位点为检测靶点,设计该位点的锁式探针以及包括该位点的HBV野生型、突变性模板。锁式探针与野...目的探讨双循环线性滚环扩增(rolling circle amplification,RCA)检测HBV替诺福韦耐药基因突变位点的可行性。方法以HBV替诺福韦耐药基因突变位点为检测靶点,设计该位点的锁式探针以及包括该位点的HBV野生型、突变性模板。锁式探针与野生型模板特异识别并结合,通过E.coli连接酶连接为闭合环形结构,加入引物启动第1轮RCA;扩增产物用HpaⅠ酶切游离出检测模板,重复上述过程进行第2轮RCA,琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物;并对该方法的特异性、检测限及连接效率的影响因素进行初步探讨。结果探针与模板的杂交温度为45℃时,探针的环化连接效率最高、特异性最好。通过对不同浓度野生型模板的检测,单循环RCA的检测限为50pmol/L,双循环RCA的检测限为5pmol/L,检测灵敏度提高了10倍。结论初步建立了检测HBV替诺福韦基因耐药位点突变的双循环RCA方法。展开更多
文摘化疗药物普遍缺乏特异性,开发一种可主动靶向递送化疗药物、对生物体无免疫原性的载体越来越受到人们的关注。本研究通过滚环扩增技术(rolling circle amplification,RCA)将合成的具有串联重复序列的DNA长单链与几条包含适配体AS1411的短链DNA杂交来构筑含有多价适配体的核酸载体(multivalent aptamer,Multi-Apt),利用其双螺旋结构大量负载抗肿瘤药物阿霉素(doxorubicin,Dox),用于靶向治疗小鼠黑色素瘤细胞(B16细胞)。通过琼脂糖凝胶电泳优化了RCA产物与短链的结合比例,利用酶标仪探究了Dox的负载及释放,并采用荧光显微镜、流式细胞术、酶标仪、CCK-8法和划痕实验考察了Multi-Apt-Dox对B16细胞的靶向性和生长抑制情况。实验结果显示,RCA产物与3条短链的最佳物质的量比为1∶50。荧光显微镜照片、流式细胞术和酶标仪实验结果表明,每个Multi-Apt可负载约200个Dox分子,而且其对B16细胞的亲和性是单价适配体的46倍。细胞实验表明,Multi-Apt在细胞内降解并释放药物后诱导产生选择性细胞毒性,从而极大降低Dox对正常细胞的毒性,为肿瘤治疗的靶向给药提供一种新的策略。
文摘目的:应用滚环扩增(rolling circle amplification,RCA)技术以DNA芯片为载体建立一种对结核分枝杆菌耐药基因单碱基突变的快速检测方法。方法:根据结核分枝杆菌利福平耐药rpoB基因序列,设计针对该基因常见突变位点的锁式探针,及固定于基因芯片上的捕获探针。针对临床结核分枝杆菌样本的基因组DNA,PCR扩增含有rpoB基因常见突变位点的特异性DNA片段。将与突变型特异性互补结合并环化的锁式探针与芯片上固定的捕获探针进行杂交,并运用滚环扩增技术,将含有生物素标记的dUTP掺入扩增产物,最后通过与亲和素标记的纳米金反应,并银染增强显色。同时与临床样本的测序结果比较。结果:通过优化反应条件,能特异性的检测出结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因的单碱基突变,通过对临床样本的检测,结果与测序结果一致。结论:该方法结合了DNA芯片和滚环扩增技术,能够快速有效的检测出耐药结核的单碱基突变,具有高特异性、高灵敏度。
文摘Objective The detection of RNA single nucleotide polymorphism(SNP)is of great importance due to their association with protein expression related to various diseases and drug responses.At present,splintR ligase-assisted methods are important approaches for RNA direct detection,but its specificity will be limited when the fidelity of ligases is not ideal.The aim of this study was to create a method to improve the specificity of splintR ligase for RNA detection.Methods In this study,a dualcompetitive-padlock-probe(DCPLP)assay without the need for additional enzymes or reactions is proposed to improve specificity of splintR ligase ligation.To verify the method,we employed dual competitive padlock probe-mediated rolling circle amplification(DCPLP-RCA)to genotype the CYP2C9 gene.Results The specificity was well improved through the competition and strand displacement of dual padlock probe,with an 83.26%reduction in nonspecific signal.By detecting synthetic RNA samples,the method demonstrated a dynamic detection range of 10 pmol/L-1 nmol/L.Furthermore,clinical samples were applied to the method to evaluate its performance,and the genotyping results were consistent with those obtained using the qPCR method.Conclusion This study has successfully established a highly specific direct RNA SNP detection method,and provided a novel avenue for accurate identification of various types of RNAs.
文摘Bst DNA聚合酶具有热稳定性、链置换活性及聚合酶活性,在体外DNA等温扩增反应中起重要作用.本文利用Bst DNA聚合酶的5'→3'聚合酶、核苷酸(末端)转移酶及链置换酶活性发展了一种新的体外环式DNA扩增技术跨越式滚环等温扩增(saltatory rolling circle amplification,SRCA).在SRCA反应中,Bst DNA聚合酶以上游引物P1为模板合成其互补链RcP1,并和P1形成双链DNA;之后,Bst DNA聚合酶用其核苷酸转移酶活性在其P1的3'末端沿5'→3'方向随机掺入脱氧核糖核苷酸聚合形成寡聚核苷酸(dNMP)m序列,即DNA的合成反应跨越了RcP1与下游引物P2之间的缺口;然后,以下游引物P2为模板形成互补序列(RcP2);接着,Bst DNA聚合酶继续将脱氧核糖核苷酸随机添加到RcP2的3'末端,形成(dNMP)n序列.继而,Bst DNA聚合酶以RcP1为模板,继续催化聚合反应合成互补新链,并通过其链置换酶活性替换P1;如此往复,形成[P1-(dNMP)m-RcP2-(dNMP)n-…]序列.本文通过电泳、酶切、测序等方法对扩增产物进行分析,演绎出上述扩增过程,并就工作原理进行了讨论.该反应可能对开发等温扩增技术检测微生物有一定助益,也为解释环介导等温扩增技术中假阳性反应和滚环等温扩增反应中的背景信号提供了线索.
文摘目的应用滚环扩增(rolling circle amplification)技术建立对结核分枝杆菌耐药基因单碱基突变的快速检测方法。方法以结核分枝杆菌利福平耐药rpoB基因为研究对象,设计针对该基因常见突变位点的锁式探针。通过对突变型模板、野生型模板、非结核分枝杆菌基因序列模板及不同比例的突变型模板和野生型模板混合样本的检测,研究本实验方法的特异性和灵敏度。建立特异性地检测rpoB基因单碱基突变的滚环扩增方法。通过对临床样本的检测并与测序结果比较,评价该方法的临床应用价值。结果通过优化反应条件,应用滚环扩增技术能特异性的检测出结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因的单碱基突变。通过对含有不同比例突变型模板的混合样本检测,最低能检测出1%突变型/野生型模板的样本。80株临床样本的检测与测序结果一致。结论滚环扩增技术特异性高、灵敏度高,无需特殊昂贵仪器且简单易操作,能够快速有效的检测出耐药结核的单碱基突变,是具有临床应用前景的方法。
文摘结合恒温滚环扩增(rolling circle amlification,RCA)、单链特异性核酸外切酶Ⅰ(exonucleaseⅠ,ExoⅠ)和阳离子共轭聚合物(Cationic conjugated polymer,CCP)荧光共振能量转移(fluorescence reso-nance energy transfer,FRET)技术,建立了一种特异、灵敏的均相检测microRNA(miRNA)的新方法.该方法应用荧光标记探针与RCA扩增的长链DNA产物杂交,当加入CCP时,其与杂交的标记探针通过静电力结合,发生高效的FRET.未杂交的标记探针利用ExoⅠ水解成单核苷酸,其与CCP相互作用力弱,不能发生有效的FRET.基于此,无需分离和洗涤步骤,实现了RCA扩增miRNA的均相检测.方法特异性好,灵敏度高,线性为0.5～20pmol/L,检出限为0.2pmol/L.方法为miRNA均相检测和原位成像分析以及临床诊断提供了新策略.
文摘目的探讨双循环线性滚环扩增(rolling circle amplification,RCA)检测HBV替诺福韦耐药基因突变位点的可行性。方法以HBV替诺福韦耐药基因突变位点为检测靶点,设计该位点的锁式探针以及包括该位点的HBV野生型、突变性模板。锁式探针与野生型模板特异识别并结合,通过E.coli连接酶连接为闭合环形结构,加入引物启动第1轮RCA;扩增产物用HpaⅠ酶切游离出检测模板,重复上述过程进行第2轮RCA,琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物;并对该方法的特异性、检测限及连接效率的影响因素进行初步探讨。结果探针与模板的杂交温度为45℃时,探针的环化连接效率最高、特异性最好。通过对不同浓度野生型模板的检测,单循环RCA的检测限为50pmol/L,双循环RCA的检测限为5pmol/L,检测灵敏度提高了10倍。结论初步建立了检测HBV替诺福韦基因耐药位点突变的双循环RCA方法。
