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Rep-PCR技术及其应用现状 被引量:1
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作者 赵燕梅 张吉明 许庆方 《上海畜牧兽医通讯》 2014年第3期24-26,共3页
本文着重介绍Rep-PCR技术原理、特点及其在细菌、真菌、环境微生物遗传多样性研究方面的应用。Rep-PCR目前发展迅速并被广泛应用于多种细菌基因分类,此方法操作方便,可以大样本进行,且分辨效果好,可重复性强。现在Rep-PCR可自动化分型,... 本文着重介绍Rep-PCR技术原理、特点及其在细菌、真菌、环境微生物遗传多样性研究方面的应用。Rep-PCR目前发展迅速并被广泛应用于多种细菌基因分类,此方法操作方便,可以大样本进行,且分辨效果好,可重复性强。现在Rep-PCR可自动化分型,并可建立各种细菌REP、ERIC-PCR分型标准数据库。但Rep-PCR也存在一定问题,不同来源或不同批次的引物和酶,对Rep-PCR结果都有一定的影响。 展开更多
关键词 rep—pcr rep—pcr技术特点 rep^pcr应用现状
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鸡舍环境金黄色葡萄球菌气溶胶产生及其传播的REP-PCR鉴定 被引量:17
2
作者 钟召兵 柴同杰 +3 位作者 段会勇 苗增民 姚美玲 袁文 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1395-1401,共7页
采用ANDERSEN-6级空气微生物样品收集器和RCS离心式采样器在山东泰安4个鸡场舍内空气、舍外环境上风向10、50m和下风向10、50、100、200、400m不同距离处收集金黄色葡萄球菌,计算每个采样点的金黄色葡萄球菌浓度;与此同时,收集鸡的... 采用ANDERSEN-6级空气微生物样品收集器和RCS离心式采样器在山东泰安4个鸡场舍内空气、舍外环境上风向10、50m和下风向10、50、100、200、400m不同距离处收集金黄色葡萄球菌,计算每个采样点的金黄色葡萄球菌浓度;与此同时,收集鸡的粪便,分离金黄色葡萄球菌。利用金黄色葡萄球菌DNA基因外重复一致回文序列聚合酶链式反应(Repetitive extragenic palindromic elements PCR,REP—PCR)鉴定技术,扩增不同测量点和粪便分离的金黄色葡萄球菌的DNA图谱。通过每个采样点的金黄色葡萄球菌的浓度变化以及金黄色葡萄球菌遗传相似性分析确认动物舍微生物气溶胶向舍外环境的传播。结果显示:4个鸡场舍内空气中金黄色葡萄球菌的浓度远远高于舍外上风和下风向的金黄色葡萄球菌浓度(P〈0.05或P〈0.01),但是舍外下风不同距离间的金黄色葡萄球菌浓度差异并不显著(P〉0.05)。REP-PCR结果表明,从鸡的粪便中分离的金黄色葡萄球菌与从舍内空气中分离的部分金黄色葡萄球菌(38.7%)相似性可达100%,从鸡场舍外下风方向分离到的多数金黄色葡萄球菌(55.9%)与舍内空气或粪便中分离的金黄色葡萄球菌相似性可达100%。可见,它们分别是由粪便中遗传基因完全相同的菌株繁殖而来。而从鸡舍上风分离到的金黄色葡萄球菌与舍内空气或粪便中分离的金黄色葡萄球菌相似性仅在60%~87%。结果显示,鸡粪便中的金黄色葡萄球菌能够形成气溶胶,进入气悬状态,不仅能在舍内传播,而且还能够借助舍内外气体交换,传播到舍外下风一定的距离。从而说明,来自动物体的金黄色葡萄球菌既能污染舍内空气,对本舍鸡群构成传染威胁,又能传播一定的距离,对周边社区环境空气造成生物污染。 展开更多
关键词 鸡舍 气载金黄色葡萄球菌 rep—pcr 病原菌传播
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REP-PCR技术在平菇栽培菌株鉴定中的应用 被引量:8
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作者 何培新 刘伟 +2 位作者 郭恒 程雁 申进文 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2008年第2期78-81,共4页
研究了REP-PCR技术在平菇栽培菌株分类鉴定中的应用。结果表明,REP-PCR技术对供试平菇菌株扩增出的条带清晰,重复性好,多态性高。聚类分析表明,在聚类重新标定距离为11时,23个供试菌株聚类为六大类群;在聚类重新标定距离为17时,23个菌... 研究了REP-PCR技术在平菇栽培菌株分类鉴定中的应用。结果表明,REP-PCR技术对供试平菇菌株扩增出的条带清晰,重复性好,多态性高。聚类分析表明,在聚类重新标定距离为11时,23个供试菌株聚类为六大类群;在聚类重新标定距离为17时,23个菌株聚类为四大类群:杏鲍菇、白灵菇和秀珍菇为独立的类群,20个糙皮侧耳栽培菌株聚类在一起。因此,REP-PCR技术可以应用于侧耳属种及菌株水平的鉴定。 展开更多
关键词 rep—pcr技术 平菇 菌株鉴定 聚类分析
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rep-PCR指纹图谱技术在乳酸菌鉴定中的应用 被引量:6
4
作者 满朝新 迟涛 +6 位作者 胡博韬 房玉国 王旻 周艳秋 韩琳琳 胡惠秩 姜毓君 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2010年第5期4-6,共3页
采用了rep-PCR指纹图谱技术,对分离自内蒙古通辽地区的传统发酵乳中的乳酸菌进行了鉴定和多样性分析。应用rep-PCR指纹图谱技术能够对实验菌株达到非常好的分辨能力。结果表明,该地区的乳酸菌呈现出非常高的多样性,其中Lactobacillus pl... 采用了rep-PCR指纹图谱技术,对分离自内蒙古通辽地区的传统发酵乳中的乳酸菌进行了鉴定和多样性分析。应用rep-PCR指纹图谱技术能够对实验菌株达到非常好的分辨能力。结果表明,该地区的乳酸菌呈现出非常高的多样性,其中Lactobacillus plantarum和Lactobacillus helveticus等6种菌种是这些传统发酵乳中常见的种,而植物乳杆菌Lactobacillus plantarum为优势种;而且还发现同一乳酸菌种群指纹图谱存在一些特征性的条带,这将为我们快速鉴定乳酸菌提供了理论依据。 展开更多
关键词 乳酸菌 rep—pcr 传统发酵乳制品
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利用rep-PCR技术研究我国9省柑橘溃疡病菌遗传多样性 被引量:12
5
作者 姚廷山 胡军华 +3 位作者 唐科志 冉春 李中安 周常勇 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期819-822,共4页
采用rep-PCR技术,对从我国9省(区)收集、分离、筛选的18株柑橘溃疡病菌株进行遗传多样性研究,并与A菌系标准菌株进行UPGMA聚类分析和相似性分析。结果表明,使用引物BOXA1R扩增供试菌株,可得到不同的条带31条。以遗传相似距离0.4划分,供... 采用rep-PCR技术,对从我国9省(区)收集、分离、筛选的18株柑橘溃疡病菌株进行遗传多样性研究,并与A菌系标准菌株进行UPGMA聚类分析和相似性分析。结果表明,使用引物BOXA1R扩增供试菌株,可得到不同的条带31条。以遗传相似距离0.4划分,供试菌株可划分为5个簇;以遗传相似距离0.5划分,供试菌株可划分为4个簇;15个菌株与标准A菌株遗传相似距离较近,菌株CJX、CZJ1、CGDN2与标准A菌株遗传相似距离较远;来自同一省的少数溃疡病菌株的遗传相似性也较低,说明我国柑橘溃疡病菌基因组存在丰富的遗传多样性。 展开更多
关键词 柑橘溃疡病菌 rep-pcr 遗传多样性
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REP-PCR及ERIC-PCR法对分离自海产品副溶血性弧菌分型分析 被引量:10
6
作者 马月姣 孙晓红 +3 位作者 赵勇 卢瑛 吴启华 潘迎捷 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第10期263-267,共5页
目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软... 目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软件采用Dice系数对指纹图谱进行聚类结果分析。结果:所有供试菌株可通过此两种方法进行分型得到清晰的指纹图谱,并反映出副溶血性弧菌具有丰富的遗传多样性,REP-PCR扩增出5~9条分布在609~4200bp之间的条带,可将副溶血性弧菌分为5个群12类型,分辨指数达0.93,其中tdh+株在相似系数0.86时可聚类在第Ⅰ群;ERIC-PCR扩增出5~11条分布在400~7593bp之间的条带,将副溶血性弧菌分为7个群11个类型,分辨指数为0.94,其中tdh+株在相似系数0.76时可聚类在第Ⅰ群。结论:两种方法均显现出很好的分型能力,能够很好地将环境分离tdh+菌株和标准菌株聚类在一起,其中REP-PCR较ERIC-PCR重复性更好。 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 TDH 肠内细菌基因组间重复序列分析 细菌基因外重复回文序列扩增 分型
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用REP-PCR DNA指纹鉴别Frankia菌 被引量:6
7
作者 彭源东 张忠泽 丁鉴 《微生物学杂志》 CAS CSCD 1998年第1期1-5,共5页
用4种方法提取CPI1菌基因组DNA,并进行了REP-PCR扩增,结果表明,提取方法不影响REP-PCR带型。对14株Frankia菌株作REP-PCRDNA指纹分析,并对之进行比较鉴别,证明REP-PCR指纹法能有效地实现菌株间的差异鉴别,其结果与DNA同源相关性... 用4种方法提取CPI1菌基因组DNA,并进行了REP-PCR扩增,结果表明,提取方法不影响REP-PCR带型。对14株Frankia菌株作REP-PCRDNA指纹分析,并对之进行比较鉴别,证明REP-PCR指纹法能有效地实现菌株间的差异鉴别,其结果与DNA同源相关性所得结果具有良好的相关性。 展开更多
关键词 FRANKIA rep-pcr DNA指纹鉴别 分类学
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幽门螺杆菌临床分离株的REPPCR分析 被引量:2
8
作者 彭颖 吕建新 +1 位作者 叶嗣颖 黄庆华 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2002年第6期684-686,共3页
应用REP PCR对来自20例单纯性胃炎和20例消化性溃疡病人的幽门螺杆菌菌株进行基因分型,并运用SAS软件进行聚类分析。结果显示这些菌株按照基因型被分为两大类,但两种来源的菌株在两大类中的比例无明显差异(P>0.1),提示幽门螺杆菌临... 应用REP PCR对来自20例单纯性胃炎和20例消化性溃疡病人的幽门螺杆菌菌株进行基因分型,并运用SAS软件进行聚类分析。结果显示这些菌株按照基因型被分为两大类,但两种来源的菌株在两大类中的比例无明显差异(P>0.1),提示幽门螺杆菌临床分离株REP PCR基因型与致病性之间不存在明显相关性。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 临床分离株 rep-pcr分析 基因分型
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水稻白叶枯病菌北方菌株遗传多样性rep-PCR分析 被引量:2
9
作者 阙海勇 陈华民 +1 位作者 吴茂森 何晨阳 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期482-487,共6页
为了揭示水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)北方菌株的遗传结构组成,利用rep-PCR技术对103个从辽宁、吉林、河北、山东稻区采集的Xoo菌株、9个标准小种(R1-R9)代表菌株和13个水稻细菌性条斑病菌(X.oryzae pv.oryzicola,... 为了揭示水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)北方菌株的遗传结构组成,利用rep-PCR技术对103个从辽宁、吉林、河北、山东稻区采集的Xoo菌株、9个标准小种(R1-R9)代表菌株和13个水稻细菌性条斑病菌(X.oryzae pv.oryzicola,Xoc)菌株进行了遗传多样性分析。结果表明,ERIC-PCR和BOX-PCR分析均能较好地揭示出测试菌株的遗传多态性,分别获得了84种和90种分子谱型;在相似系数为70%时,ERIC-PCR将所有测试菌株聚类为17个簇群,其中1个为优势簇群;BOX-PCR将测试菌株聚类为10个簇群,其中2个为优势簇群。在相似系数为50%时,Xoo与Xoc测试菌株分别聚类为2个不同的簇群。 展开更多
关键词 水稻白叶枯病菌 rep-pcr 分子谱型 簇群
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蚕豆茎疫病菌rep-PCR初析 被引量:2
10
作者 黄琼 孙启明 +3 位作者 姬广海 钱君 孙跃先 刘凤权 《西南农业学报》 CSCD 2003年第1期74-77,共4页
对分离自云南省 18个县 (市 )的蚕豆细菌性茎疫病菌 34个菌株进行的rep PCR分析结果表明 ,用引物BOX和ERIC分别扩增出 2 5和 2 4条多态性条带 ,分子量大小从 10 0~ 2 12 2 6bp ,大多数条带主要集中在 5 6 4~ 1375bp。蚕豆茎疫病菌菌... 对分离自云南省 18个县 (市 )的蚕豆细菌性茎疫病菌 34个菌株进行的rep PCR分析结果表明 ,用引物BOX和ERIC分别扩增出 2 5和 2 4条多态性条带 ,分子量大小从 10 0~ 2 12 2 6bp ,大多数条带主要集中在 5 6 4~ 1375bp。蚕豆茎疫病菌菌株具有丰富的DNA多态性和较大的遗传变异。 2 4~ 2 5个菌株在 75 %遗传水平上相似。研究发现来自景东、昭通、玉溪、宣威、弥渡、文山、洱源、保山的菌株具有 75 %的同源性 ,与菌株的地理来源有一定相关关系。 展开更多
关键词 蚕豆茎疫病菌 rep-pcr 蚕豆
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Rep-PCR技术及其应用现状 被引量:5
11
作者 赵燕梅 张吉明 许庆方 《中国草食动物科学》 CAS 2014年第3期55-57,共3页
文章着重介绍了Rep-PCR技术原理、特点及其在细菌、真菌、环境微生物遗传多样性研究方面的应用。Rep-PCR目前发展迅速并被广泛应用于多种细菌基因分类,此方法操作方便,可以大样本进行,且Rep-PCR分辨效果好,可重复性强。现在Rep-PCR可自... 文章着重介绍了Rep-PCR技术原理、特点及其在细菌、真菌、环境微生物遗传多样性研究方面的应用。Rep-PCR目前发展迅速并被广泛应用于多种细菌基因分类,此方法操作方便,可以大样本进行,且Rep-PCR分辨效果好,可重复性强。现在Rep-PCR可自动化分型,并可建立各种细菌REP、ERIC-PCR分型标准数据库。但Rep-PCR也存在一定问题,不同来源的或不同批次的引物和酶,对Rep-PCR结果都有一定的影响。 展开更多
关键词 rep-pcr 细菌 真菌 环境微生物 遗传多样性
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沙尘天气气载耐甲氧西林葡萄球菌监测及其REP-PCR指纹图谱分析 被引量:1
12
作者 邱玉玉 崔南南 +2 位作者 李晓霞 王芳 刘玉可心 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期765-771,共7页
目的了解沙尘天气时空气中葡萄球菌浓度及气载MRSA的遗传多样性,为临床葡萄球菌病的防控提供科学依据。方法用LWC-1型离心式空气微生物采样器采集火车站、学校、公园、广场等场所空气并分离鉴定其中的葡萄球菌,采用REP-PCR扩增不同源MRS... 目的了解沙尘天气时空气中葡萄球菌浓度及气载MRSA的遗传多样性,为临床葡萄球菌病的防控提供科学依据。方法用LWC-1型离心式空气微生物采样器采集火车站、学校、公园、广场等场所空气并分离鉴定其中的葡萄球菌,采用REP-PCR扩增不同源MRSA的基因组DNA形成聚类图谱,分析不同源MRSA的相似性。结果气载金黄色葡萄球菌和凝固酶阴性葡萄球菌浓度沙尘天气时浓度均明显增高,与正常天气时的浓度差异有统计学意义(P<0.05);在火车站中最高,浓度分别为116.7CFU/m^3和162.0CFU/m^3。从空气中共分离得到金黄色葡萄球菌111株,其中MRSA20株;凝固酶阴性葡萄球菌179株,其中MRCNS共11株。20株气载MRSA图谱显示菌株相似性在48%~100%之间;气载MRSA与医院临床MRSA分离株之间的相似性在50%~100%之间;与动物源MRSA之间的相似性在40%~100%之间。结论沙尘天气空气中存在着多种葡萄球菌,而且空气中的部分MRSA株与医院临床分离株及动物源的MRSA有着较高的遗传相似性,应加强空气中葡萄球菌尤其是耐药葡萄球菌的监测及防控。 展开更多
关键词 沙尘天气 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 凝固酶阴性葡萄球菌 基因外重复回文序列pcr(rep-pcr)
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用rep-PCR方法研究细菌遗传多样性的探讨 被引量:6
13
作者 李洁 熊智 《西南林学院学报》 2006年第6期1-3,共3页
对大肠杆菌、枯草杆菌、四联球菌、普通变形杆菌、产气肠杆菌基因组DNA进行rep-PCR扩增,并在模板样品中混入植物DNA作对照实验.结果表明:用rep-PCR方法分析细菌基因多样性,能在较大范围内避免植物基因的干扰.模板量梯度实验结果显示:扩... 对大肠杆菌、枯草杆菌、四联球菌、普通变形杆菌、产气肠杆菌基因组DNA进行rep-PCR扩增,并在模板样品中混入植物DNA作对照实验.结果表明:用rep-PCR方法分析细菌基因多样性,能在较大范围内避免植物基因的干扰.模板量梯度实验结果显示:扩增产物多态性与模板量相关. 展开更多
关键词 rep-pcr 细菌 多态性
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红掌细菌性疫病病原菌遗传多样性的RAPD和Rep-PCR分析 被引量:1
14
作者 陈艳梅 高月荣 +1 位作者 尹俊梅 牛俊海 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2018年第9期1813-1819,共7页
由地毯草黄单胞菌花叶万年青致病变种引起的细菌性疫病是红掌生产中最具破坏性的病害。本研究对来自全国8个省市主产区的93个红掌细菌性疫病菌株,采用RAPD和Rep-PCR(ERIC、BOX、REP)分子标记进行了遗传多样性分析。筛选出的13个RAPD引... 由地毯草黄单胞菌花叶万年青致病变种引起的细菌性疫病是红掌生产中最具破坏性的病害。本研究对来自全国8个省市主产区的93个红掌细菌性疫病菌株,采用RAPD和Rep-PCR(ERIC、BOX、REP)分子标记进行了遗传多样性分析。筛选出的13个RAPD引物共扩增出131个清晰、重复性好的条带,而Rep-PCR共扩增出65个条带,所有位点多态性比率为100%。基于RAPD和Rep-PCR结果计算的群体遗传距离显著相关,综合2种标记类型的分型结果进行UPGMA聚类分析,表明我国红掌细菌性疫病具有高度的遗传多样性,在遗传相似性系数范围0.519 1~0.984 7,在0.63水平时可以将所有菌株划分为3个组群,分别包括58、28、7个个体,病菌群体的遗传多样性与其寄主品种、地理来源没有明显相关性。本研究为红掌细菌性疫病监测和抗病育种提供了科学依据。 展开更多
关键词 红掌 细菌性疫病 遗传多样性 RAPD rep-pcr
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挤奶厅气载大肠杆菌的分离鉴定及其REP-PCR指纹图谱分型研究 被引量:1
15
作者 钟召兵 王宁 +1 位作者 孙红华 杨夫会 《中国奶牛》 2020年第4期1-4,共4页
为了解生鲜乳收购站挤奶厅空气中气载大肠杆菌污染情况及不同菌株间遗传相似性,为生鲜乳日常生产实时控制大肠杆菌提供有效技术方法,采用国际标准ANDERSEN-6级空气微生物样品收集器从挤奶厅空气中收集大肠杆菌,利用大肠杆菌DNA基因外重... 为了解生鲜乳收购站挤奶厅空气中气载大肠杆菌污染情况及不同菌株间遗传相似性,为生鲜乳日常生产实时控制大肠杆菌提供有效技术方法,采用国际标准ANDERSEN-6级空气微生物样品收集器从挤奶厅空气中收集大肠杆菌,利用大肠杆菌DNA基因外重复一致回文序列聚合酶链式反应(Repetitive Extragenic Palindromic elements,PCR,REP-PCR)鉴定技术,对分离菌株进行分子多样性分析。共采集95份样品,从23份中分离到大肠杆菌16株。REP-PCR把分离菌株分为13种基因型(A-M),只有6株菌两两同源性≥90%。结果显示,挤奶厅空气中存在大肠杆菌污染,基因型多且同源性较低,需要采取措施从源头上控制其散播。 展开更多
关键词 挤奶厅 气载大肠杆菌 分离鉴定 rep-pcr
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鸽圆环病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用
16
作者 刘存 刘砚涵 +6 位作者 祝夕超 李法凯 张栋 邵新宇 田野 孙圣福 陈静 《动物医学进展》 北大核心 2025年第1期68-73,共6页
为了建立鸽圆环病毒(PiCV)的快速检测方法,依据PiCV Rep基因的保守序列区域设计了荧光定量PCR的引物和探针,并建立了快速检测PiCV的荧光定量PCR方法。结果显示,构建的PiCV荧光定量PCR方法在1.44×10,1~1.44×10^(7)/μL拷贝标... 为了建立鸽圆环病毒(PiCV)的快速检测方法,依据PiCV Rep基因的保守序列区域设计了荧光定量PCR的引物和探针,并建立了快速检测PiCV的荧光定量PCR方法。结果显示,构建的PiCV荧光定量PCR方法在1.44×10,1~1.44×10^(7)/μL拷贝标准品间具有良好的线性关系,线性相关系数达0.9866;该方法具有良好的敏感性,其检测病毒系列含量下限为14.4拷贝/μL;该方法特异性良好,与鸽新城疫病毒、鸽疱疹病毒、鸽腺病毒等病毒及鸽组织DNA不存在交叉反应;该方法重复性较好,批内重复试验变异系数均介于0.454%~0.473%,批间重复试验变异系数均介于0.367%~0.869%。与传统普通PCR方法相比,所建立的PiCV荧光定量PCR方法敏感性更高,临床样品PiCV检出率更高,两者检测符合率为93.75%。结果表明,所建立的PiCV荧光定量PCR方法为临床检测鸽圆环病毒提供了一种快速、灵敏的检测方法,为PiCV的流行病学调查和主动监测提供了技术支撑。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒 荧光定量pcr rep基因 检测
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基于16S-23S rDNA间隔区序列(ITS)、REP序列的基因指纹图谱及UPGMA聚类法的拟诺卡菌属分类方法 被引量:4
17
作者 石楠 张利平 张晓 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期40-47,共8页
拟诺卡菌属(Nocardiopsis)是拟诺卡菌科(Nocardiopsaceae)的唯一属.该属内进行物种鉴别时通常是在多相分类方法基础上,以全基因组杂交同源性在70%以下的为不同物种,此为国际公认的定种标准;但在进行大量菌株的比对时操作比较复杂,于是... 拟诺卡菌属(Nocardiopsis)是拟诺卡菌科(Nocardiopsaceae)的唯一属.该属内进行物种鉴别时通常是在多相分类方法基础上,以全基因组杂交同源性在70%以下的为不同物种,此为国际公认的定种标准;但在进行大量菌株的比对时操作比较复杂,于是多种基于DNA的基因图谱技术发展起来.本实验利用适宜引物,对拟诺卡菌属15株基准株基因组DNA的16S-23S rDNA间隔区序列(ITS)和REP序列进行了扩增,获得了两种基因指纹图谱,同时根据UPGMA聚类法构建了相应的进化距离树图.结果表明,对于拟诺卡菌属中不同物种的区分,两种基因图谱技术的分辨力相当,均可以较好的呈现物种间差异,可以作为拟诺卡菌属菌株多相分类的组成部分,应用于物种水平的分类与鉴定. 展开更多
关键词 拟诺卡菌属 rep-pcr 16S-23S rDNA间隔区序列
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利用基于重复序列PCR的标记和A-PAGE鉴定小麦背景中的黑麦染色体片段 被引量:2
18
作者 何道文 彭正松 伍碧华 《西南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期66-69,共4页
利用基于重复序列PCR的标记和酸性丙烯酰胺凝胶电泳(A-PAGE)对小麦品种中国春与秦岭黑麦杂交后代(BC2F4)共75份材料进行了筛选,鉴定含有黑麦成分的株系.根据黑麦特异重复序列pSc20H设计特异引物,用PCR方法从75个株系中筛选出30份含有黑... 利用基于重复序列PCR的标记和酸性丙烯酰胺凝胶电泳(A-PAGE)对小麦品种中国春与秦岭黑麦杂交后代(BC2F4)共75份材料进行了筛选,鉴定含有黑麦成分的株系.根据黑麦特异重复序列pSc20H设计特异引物,用PCR方法从75个株系中筛选出30份含有黑麦成分的材料.从这30份材料中,用A-PAGE的方法鉴定出10个株系为1RS/1BL易位系.实验结果表明,用基于PCR的标记能快速准确地对小麦背景中外源染色质的鉴定.结合其它方法还能进行小片段移位的鉴定. 展开更多
关键词 小麦 黑麦染色体片段 重复序列pcr 酸性丙烯酰胺凝胶电泳
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猪圆环病毒3型TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:3
19
作者 陈如敬 吴学敏 +4 位作者 陈秋勇 车勇良 王隆柏 严山 周伦江 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期739-745,共7页
【目的】建立检测猪圆环病毒3型(Porcine circovirus 3,PCV3)感染的TaqMan实时荧光定量PCR方法。【方法】通过分析明确PCV3复制相关蛋白Rep基因特征,设计针对Rep基因的特异性引物和探针,经条件优化后建立检测PCV3感染的TaqMan实时荧光定... 【目的】建立检测猪圆环病毒3型(Porcine circovirus 3,PCV3)感染的TaqMan实时荧光定量PCR方法。【方法】通过分析明确PCV3复制相关蛋白Rep基因特征,设计针对Rep基因的特异性引物和探针,经条件优化后建立检测PCV3感染的TaqMan实时荧光定量PCR方法。【结果】建立的TaqMan实时荧光定量PCR方法敏感性好,最低检测限为42.2拷贝·μL-1;特异性强,对常见猪群传染病均无交叉反应;重复性好,组内变异系数和组间变异系数均在1.48%以内。对福建省2014年至2018年保存的193份组织样品进行检测发现,PCV3在福建省猪群中存在较高的阳性感染率(65.80%),且和PCV2混合感染率较高(52.85%)。【结论】本方法的建立为开展Rep基因在PCV3复制和感染过程中的作用机制提供检测方法。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型 rep基因 TaqMan实时荧光定量pcr方法 检测
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鸽圆环病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法的建立及应用 被引量:8
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作者 亓玉卓 梁琳 +4 位作者 朱亚丽 梁瑞英 贾亚雄 单虎 崔尚金 《中国家禽》 北大核心 2021年第3期22-27,共6页
为建立一种针对鸽圆环病毒(PiCV)的快速诊断方法,试验根据PiCV的Rep保守基因序列,设计合成一对特异性引物,建立了PiCV荧光定量PCR检测方法,对其敏感性、特异性、重复性进行评价并利用该方法对临床样本进行检测。结果表明:在最佳反应条件... 为建立一种针对鸽圆环病毒(PiCV)的快速诊断方法,试验根据PiCV的Rep保守基因序列,设计合成一对特异性引物,建立了PiCV荧光定量PCR检测方法,对其敏感性、特异性、重复性进行评价并利用该方法对临床样本进行检测。结果表明:在最佳反应条件下,所建立的PiCV荧光定量PCR方法在1.43×10^(2)~1.43×10^(8)copies/μL标准品范围内具有良好的线性相关性,线性相关系数为0.998;敏感性试验结果显示,该方法最低可检测到1.43×10^(2)copies/μL标准品,是常规PCR检测方法的1000倍;特异性试验结果显示,该方法与其他常见的鸽病病原不发生交叉反应;重复性评价结果显示,批内与批间的变异系数均小于0.8%;所建立PiCV荧光定量PCR方法对临床鸽血清样品检测结果显示,PiCV阳性率达38.7%,高于常规PCR方法的检测阳性率(28.7%),说明该方法具有良好的适用性。研究结果PiCV的流行病学调查、病原学监测及定量研究奠定了基础。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒 实时定量pcr rep基因 检测
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