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运用Real-time quantification PCR方法建立副溶血性弧菌在即食虾中的生长预测模型 被引量:5
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作者 彭织云 王敬敬 +2 位作者 唐晓阳 潘迎捷 赵勇 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期108-110,共3页
运用Real-time quantification PCR(real-time qPCR)方法建立副溶血性弧菌在即食虾中生长预测模型。首先构建质粒标准品,梯度稀释后建立标准曲线,然后用Real-time qPCR方法检测虾中副溶血性弧菌的数量,最后建立37℃下即食虾中副溶血性... 运用Real-time quantification PCR(real-time qPCR)方法建立副溶血性弧菌在即食虾中生长预测模型。首先构建质粒标准品,梯度稀释后建立标准曲线,然后用Real-time qPCR方法检测虾中副溶血性弧菌的数量,最后建立37℃下即食虾中副溶血性弧菌生长预测模型,并与传统涂布计数方法进行比较。结果表明,Real-time qPCR方法和传统计数方法均可建立Gmopertz模型、Logistic模型和Richards模型,模型拟合的相关系数R2均在0.9以上。基于Real-timeqPCR方法省时省力、特异性好等优点,用Real-time qPCR方法建立微生物预测模型是未来预测微生物学领域的一种发展趋势。 展开更多
关键词 real-time quantification pcr 副溶血性弧菌 生长预测模型
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蜂蜜中嗜渗酵母菌TaqMan实时荧光定量PCR方法的建立
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作者 姜玲玲 罗文菊 +3 位作者 雷露 周景瑞 艾蓉 余波 《贵州农业科学》 2025年第1期70-75,共6页
【目的】建立蜂蜜中嗜渗酵母菌的快速检测方法,为保障蜂蜜品质提供理论基础。【方法】根据GenBank中嗜渗酵母菌26S rDNA D_(1)~D_(2)基因序列设计特异性引物,PCR扩增获得嗜渗酵母D_(1)~D_(2)基因片段,构建重组质粒pMD-18T-JM为阳性标准... 【目的】建立蜂蜜中嗜渗酵母菌的快速检测方法,为保障蜂蜜品质提供理论基础。【方法】根据GenBank中嗜渗酵母菌26S rDNA D_(1)~D_(2)基因序列设计特异性引物,PCR扩增获得嗜渗酵母D_(1)~D_(2)基因片段,构建重组质粒pMD-18T-JM为阳性标准品,对荧光定量PCR反应条件进行优化,建立嗜渗酵母菌TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,并对160份蜂蜜样品进行验证。【结果】建立的蜂蜜中嗜渗酵母菌TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法特异性好,灵敏度达0.004 pg/μL。TaqMan实时荧光定量PCR检测阳性率达98.5%,比普通PCR检测(阳性率84.1%)高14.4百分点,检测敏感性达100%。【结论】嗜渗酵母菌TaqMan探针实时荧光定量PCR方法特异、灵敏、快速、重复性好,适合于蜂蜜中嗜渗酵母菌的快速检测。 展开更多
关键词 蜂蜜 嗜渗酵母菌 探针 荧光定量 pcr
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一种新颖简便的荧光实时RT-PCR相对定量方法的建立 被引量:130
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作者 张驰宇 徐顺高 黄新祥 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第9期883-888,共6页
为建立一种新颖、简便的荧光实时RT-PCR相对定量方法,根据实时定量标准曲线,推导出相对定量基因表达的公式.公式显示相对表达指数只与CT值和标准曲线的斜率相关.构建标准曲线的标准品需要通过克隆和体外转录获得,实验过程繁琐.当人为成... 为建立一种新颖、简便的荧光实时RT-PCR相对定量方法,根据实时定量标准曲线,推导出相对定量基因表达的公式.公式显示相对表达指数只与CT值和标准曲线的斜率相关.构建标准曲线的标准品需要通过克隆和体外转录获得,实验过程繁琐.当人为成比例增减标准品各个稀释度的具体拷贝数时,标准曲线的斜率并不改变,说明标准曲线斜率与标准品的具体拷贝数无关.因此,新的相对定量方法可以用任何一个待测样品的总RNA(或cDNA),经系列稀释后作为标准品,来构建相对定量标准曲线,获得斜率.与绝对定量法比较,新方法获得了基本相同的斜率和非常一致的定量结果(差异小于4%),而传统的2-#$CT法却表现出较大的定量误差.这些结果表明,新的相对定量方法是一种简便、准确和高效的定量基因表达的方法. 展开更多
关键词 荧光实时定量RT-pcr 相对定量 绝对定量 标准曲线 mRNA定量 斜率
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双标准曲线相对定量PCR试验原理与方法 被引量:66
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作者 徐丽华 刘春雷 +4 位作者 常玉梅 梁利群 刘金亮 高国强 韩启霞 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期70-75,共6页
实时荧光定量PCR(FQ-PCR)是一种准确有效的核酸定量分析技术,具有易操作、高通量、高敏感性、高特异性、高度自动化和低污染等优点,并随新定量PCR仪及新操作方法的发展而得到广泛应用,但是,定量PCR的高敏感性特点使得实验操作严格而繁... 实时荧光定量PCR(FQ-PCR)是一种准确有效的核酸定量分析技术,具有易操作、高通量、高敏感性、高特异性、高度自动化和低污染等优点,并随新定量PCR仪及新操作方法的发展而得到广泛应用,但是,定量PCR的高敏感性特点使得实验操作严格而繁琐。阐述了一种改进的相对定量方法——双标准曲线法的试验原理和特点,描述了定量PCR体系的优化方式,探讨了试验误差分析方法及试验操作技巧,并就试验数据的处理方法进行讨论。试验证明,双标准曲线法是一种经济、简单而准确的定量方法。 展开更多
关键词 双标准曲线法 相对定量pcr 荧光扩增曲线 试验误差分析 归一化值
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羊口疮病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR的建立及应用 被引量:11
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作者 鲜思美 张素辉 +4 位作者 杨钰 邓诗 吴健 刘嫒 刘宗胜 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2014年第6期104-108,共5页
为羊口疮(Orf)的分子流行病学调查、早期快速诊断及细胞培养物的检测等提供参考,根据GenBank 发表的羊口疮病毒(OrfV)B2L 基因序列设计合成1对引物,以 pMD18-T-B2L 重组质粒为阳性标准品,建立了检测 OrfV 核酸的 SYBR Green Ⅰ... 为羊口疮(Orf)的分子流行病学调查、早期快速诊断及细胞培养物的检测等提供参考,根据GenBank 发表的羊口疮病毒(OrfV)B2L 基因序列设计合成1对引物,以 pMD18-T-B2L 重组质粒为阳性标准品,建立了检测 OrfV 核酸的 SYBR Green Ⅰ实时荧光定量 PCR 方法,并进行了临床应用。结果表明:建立的 SYBR Green Ⅰ实时荧光定量 PCR 的线性关系良好,标准曲线的相关系数达到-1;最低检测限为1.0x10^3 copies/μL,比常规 PCR 方法高100倍,与山羊痘和口蹄疫疫苗毒均不发生交叉反应;组内变异系数为1.061%-2.873%,组间变异系数为0.397%-3.829%。用该方法检测5例 OrfV 感染临床病例和8份不同代次的 OrfV 细胞培养物,阳性率均为100%。SYBR Green Ⅰ实时荧光定量 PCR 方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可以用于 OrfV 的病原检测及定量分析。 展开更多
关键词 羊口疮病毒 检测方法
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新型鸭呼肠孤病毒TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用 被引量:7
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作者 张博 陈立功 +5 位作者 武华 阴雅洁 孟利佳 郭康康 侯绍华 董世山 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期80-84,共5页
为了快速、准确检测新型鸭呼肠孤病毒(Novel duck reovirus,NDRV),本试验采用NDRVσB基因的序列保守区,设计特异性引物和TaqMan探针,经优化反应条件,建立了NDRV实时荧光定量RT-PCR检测方法标准曲线,并进行特异性试验、敏感性试验、重复... 为了快速、准确检测新型鸭呼肠孤病毒(Novel duck reovirus,NDRV),本试验采用NDRVσB基因的序列保守区,设计特异性引物和TaqMan探针,经优化反应条件,建立了NDRV实时荧光定量RT-PCR检测方法标准曲线,并进行特异性试验、敏感性试验、重复性试验和临床样品检测试验。结果表明:所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法标准曲线方程为y=-3.354x+44.818,扩增效率为98.7%,标准曲线的相关系数为0.999;该方法可以特异性检测NDRV,但对MDRV、ARV、TMUV、DHAV均无反应信号;该方法检测质粒标准品最低检测浓度为10拷贝/μL,是普通PCR方法检测敏感性的1000倍;该方法的组内与组间变异系数均小于2%;用该方法检测临床样品,结果显示NDRV阳性率为45%,而常规RT-PCR阳性率为33%,比常规RT-PCR敏感。说明本研究建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法可为NDRV的监测和早期诊断提供可靠的技术支撑。 展开更多
关键词 新型鸭呼肠孤病毒 σB基因 荧光定量 RT-pcr TAQMAN探针 应用
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荧光定量PCR技术验证Sinofiler试剂盒的适宜模板量 被引量:3
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作者 李成涛 郭宏 +3 位作者 林源 柳燕 阙庭志 李莉 《法医学杂志》 CAS CSCD 2008年第2期129-130,133,共3页
目的探讨Sinofiler试剂盒适合扩增的模板DNA用量。方法选取经Sinofiler试剂盒基因分型且图谱完整、扩增均衡性好的DNA样本,进行荧光定量PCR检测。结果实验结果表明,在12.5μL体系中,1.29~1.51ng的模板DNA能够获得理想的分型结果。结论... 目的探讨Sinofiler试剂盒适合扩增的模板DNA用量。方法选取经Sinofiler试剂盒基因分型且图谱完整、扩增均衡性好的DNA样本,进行荧光定量PCR检测。结果实验结果表明,在12.5μL体系中,1.29~1.51ng的模板DNA能够获得理想的分型结果。结论应用荧光定量PCR技术检测不同试剂盒适合扩增的模板DNA用量是一种准确、有效的方法。 展开更多
关键词 法医生物学 荧光定量pcr技术 定量 Sinofiler试剂盒
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猪瘟病毒PCR-ELISA检测方法的初步应用 被引量:2
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作者 王利平 金前跃 +3 位作者 刘兴友 王选年 谭东鹤 李鹏 《家畜生态学报》 北大核心 2023年第7期64-71,共8页
猪瘟(classicalswinefever,CSF)是危害猪健康的重要传染病之一,具有急性、热性和高度接触性等特性,给世界养猪业造成了巨大的经济损失。PCR-ELISA检测方法是在PCR和ELISA基础上创新的一种新技术,其灵敏性和准确性都高于单纯的PCR检测和E... 猪瘟(classicalswinefever,CSF)是危害猪健康的重要传染病之一,具有急性、热性和高度接触性等特性,给世界养猪业造成了巨大的经济损失。PCR-ELISA检测方法是在PCR和ELISA基础上创新的一种新技术,其灵敏性和准确性都高于单纯的PCR检测和ELISA检测。根据GenBank中猪瘟石门株序列,设计特异性引物,分别在5'端标记生物素和地高辛,经过PCR扩增后,加入到包被有链霉亲和素的ELISA反应板上,然后通过DIG-HRP抗体进行显色反应,建立PCR-ELISA检测方法。结果表明:PCR-ELISA最低检测到1.81×10^(4)拷贝/μL,普通PCR最低检测到1.81×10^(6)拷贝/μL,因此PCR-ELISA灵敏性比普通PCR高约100倍;对27份未知样品进行检测,普通PCR检测出阳性样品15份,阳性率为55.5%,PCR-ELISA检出20份阳性样品,阴性7份,阳性率为74%,阳性检出率增加18.5%;用建立的Real-TimePCR进行验证,检测结果与PCR-ELISA一致,两者的符合度为100%;然后用PK15细胞对普通PCR未检测出的阳性样品进行病毒分离培养,通过间接免疫荧光(IFA)及普通PCR检测,结果显示该5份样品均为阳性。说明本研究所建立的PCR-ELISA方法具有灵敏、特异、准确、快速、安全等优势,可应用于CSFV的快速诊断,为CSFV的流行病学监测提供有力保障。 展开更多
关键词 猪瘟病毒 pcr-ELISA 荧光定量pcr 间接免疫荧光
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以梅花鹿P21基因为模板比较相对和绝对荧光定量PCR的准确性 被引量:3
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作者 王大涛 郭倩倩 +3 位作者 朱宏伟 刘振 王桂武 李春义 《特产研究》 2013年第4期10-13,共4页
实时荧光定量PCR是具有高度灵敏度和特异性的核酸分析技术,以SYBRGreen染料法为基础的相对定量和绝对定量检测方法,由于操作简单、成本较低而倍受青睐。本试验以梅花鹿P21基因为待检测基因,以β-actin作为内参基因,对不同浓度稀释的模... 实时荧光定量PCR是具有高度灵敏度和特异性的核酸分析技术,以SYBRGreen染料法为基础的相对定量和绝对定量检测方法,由于操作简单、成本较低而倍受青睐。本试验以梅花鹿P21基因为待检测基因,以β-actin作为内参基因,对不同浓度稀释的模板进行相对实时荧光定量PCR检测,然后分别对P21基因和β-actin基因进行绝对定量检测。结果表明,绝对定量的结果比相对定量结果更准确可靠,相对定量在模板256倍稀释后出现较大偏差,在模板浓度较低(低于1 000拷贝)时2种方法都会出现较大误差。因此,建议尽量用绝对定量检测目的基因,当模板浓度太低时建议对样品进行浓缩处理。 展开更多
关键词 实时荧光定量pcr 相对定量 绝对定量 P21
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4种致牛腹泻病毒多重荧光定量PCR检测方法的建立及应用 被引量:3
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作者 高睿 徐伟 +3 位作者 罗艳 谢晓刚 李梦磊 张琪 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2023年第10期20-28,共9页
【目的】建立牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛冠状病毒(BCoV)、牛轮状病毒(BRV)、牛恶性卡他热病毒(MCFV)4种致牛腹泻病毒多重荧光定量PCR检测方法,为BVDV、BCoV、BRV和MCFV的鉴别诊断提供技术支持。【方法】根据BVDV的5′UTR基因、BCoV的N... 【目的】建立牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛冠状病毒(BCoV)、牛轮状病毒(BRV)、牛恶性卡他热病毒(MCFV)4种致牛腹泻病毒多重荧光定量PCR检测方法,为BVDV、BCoV、BRV和MCFV的鉴别诊断提供技术支持。【方法】根据BVDV的5′UTR基因、BCoV的N基因、BRV的VP6基因和MCFV的ORF9基因的保守区域设计引物,克隆目的基因构建标准阳性重组质粒,建立可同时检测4种致牛腹泻病毒的多重荧光定量PCR检测方法,并对该方法的特异性、敏感性和重复性进行评价。用建立的多重荧光定量PCR检测方法对76份临床样品进行检测,并与常规PCR检测方法的结果进行比较。【结果】建立了BVDV、BCoV、BRV和MCFV多重荧光定量PCR检测方法,该方法建立的标准曲线线性关系良好,仅可特异性扩增出4种目标基因片段;对BVDV、MCFV、BRV和BCoV的最低检出限分别为9.4×10^(1),1.4×10^(3),9.1×10^(1)和1.2×10^(2)拷贝/μL,与普通PCR相比,灵敏性高出10~1000倍;批内、批间差异均小于5%。76份临床样品检测结果显示,多重荧光定量PCR检测结果与普通PCR检测结果的符合率分别为98.7%(BCoV)、97.4%(BRV)、100.0%(BVDV)和100.0%(MCFV)。【结论】建立了BVDV、BCoV、BRV和MCFV多重荧光定量PCR检测方法,该方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可用于牛腹泻病毒病原的实验室检测。 展开更多
关键词 牛腹泻病 牛病毒性腹泻病毒 牛冠状病毒 牛恶性卡他热病毒 牛轮状病毒 多重荧光定量pcr检测
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基于荧光定量PCR鉴定冷鲜肉制品中羊源性成分及其含量 被引量:6
11
作者 史莹莹 邵俊锋 +1 位作者 郭娟 许慧卿 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2020年第11期146-150,共5页
建立一种快速、准确鉴定羊肉制品中羊源性成分并且量化羊肉成分含量的方法。以羊线粒体细胞色素b基因为靶基因,设计出具有特异性引物。选择真核生物核糖体16S rDNA为内参基因,采用实时荧光相对定量法。羊肉质量百分比的对数值与之对应... 建立一种快速、准确鉴定羊肉制品中羊源性成分并且量化羊肉成分含量的方法。以羊线粒体细胞色素b基因为靶基因,设计出具有特异性引物。选择真核生物核糖体16S rDNA为内参基因,采用实时荧光相对定量法。羊肉质量百分比的对数值与之对应的循环阈值差值ΔCt呈良好线性关系。标准曲线回归公式为y=-3.4057x-0.3112,R^2=0.9916,扩增效率达E达96.62%。本试验中羊源性DNA检测限可达16 pg/μL,回收率在93.07%~106.20%。抽取8份市售羊肉制品进行检测,有3份含量低于50%。本试验中建立的实时荧光PCR检测方法操作方便、特异性强、灵敏度高,所得数据可靠,为肉制品羊源性成分检测提供了参考方法。 展开更多
关键词 实时荧光定量pcr 羊肉 线粒体细胞色素B 相对定量
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一种改良的猪圆环病毒2型荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:2
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作者 张鑫玉 吴琼 +4 位作者 张涛 周波 温海京 崔德凤 张永红 《北京农学院学报》 2022年第1期56-60,共5页
【目的】利用SYBR Green I荧光染料建立一种快速、灵敏的用于检测猪圆环病毒2型的荧光定量PCR方法。【方法】根据猪圆环病毒2型ORF2保守区的基因片段,扩增目的基因645 bp插入至PUC57载体,以重组质粒为模板进行荧光定量PCR反应条件优化... 【目的】利用SYBR Green I荧光染料建立一种快速、灵敏的用于检测猪圆环病毒2型的荧光定量PCR方法。【方法】根据猪圆环病毒2型ORF2保守区的基因片段,扩增目的基因645 bp插入至PUC57载体,以重组质粒为模板进行荧光定量PCR反应条件优化及灵敏度、特异性等验证。【结果】建立的猪圆环病毒2型绝对定量检测方法与猪圆环病毒1型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒、猪细小病毒、猪博卡病毒无交叉反应。检测猪圆环病毒2型的灵敏度是5.0×10^(1) copies/μL,建立的标准曲线回归方程的相关系数0.999,扩增效率105.403%。【结论】成功建立一种特异性强、敏感性高、稳定性良好的绝对定量检测猪圆环病毒2型的荧光定量PCR方法,可以用于临床样品猪圆环病毒2型的检测。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 荧光定量pcr 绝对定量 检测
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支气管肺炎患儿治疗过程中肠道双歧杆菌和大肠杆菌的变化 被引量:4
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作者 姚萍 王艳丽 +5 位作者 黄永坤 刘华 鲁萍 徐静 周丽芳 李海林 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期853-857,共5页
目的研究支气管肺炎患儿治疗过程中肠道双歧杆菌和大肠杆菌的变化,并与同年龄段同性别的健康儿童进行比较。为采用微生态制剂防治抗生素引起的肠道菌群变化提供数据参考。方法收集30例支气管肺炎患儿及30例健康儿童的粪便标本,提取目标... 目的研究支气管肺炎患儿治疗过程中肠道双歧杆菌和大肠杆菌的变化,并与同年龄段同性别的健康儿童进行比较。为采用微生态制剂防治抗生素引起的肠道菌群变化提供数据参考。方法收集30例支气管肺炎患儿及30例健康儿童的粪便标本,提取目标细菌 DNA,测量和比较肺炎患儿和健康儿童标本细菌的 DNA-D(260)值;应用细菌的16S rRNA/DNA 序列设计双歧杆菌和大肠杆菌的引物,行常规 PCR 完成细菌定性;然后取标准定量的两种细菌 DNA 经一序列稀释后行荧光定量 PCR,并制成标准曲线;将待测标本同样行荧光定量 PCR 后与标准曲线进行对比,得出标本中两种细菌含量。结果支气管肺炎患儿治疗后的肠道菌群与健康儿童比较发生了明显的变化(F=50.78,P<0.01);肠道中双歧杆菌数量(拷贝数/克湿便)的对数值,患儿治疗第1天为7.10±0.59,治疗第3天为6.03±0.51,治疗第7天为6.34±0.52,健康儿童为9.48±0.44,经统计学处理差异有统计学意义(P<0.01)。而大肠杆菌数量的对数值,患儿治疗第1天为6.74±0.38,治疗第3天为6.13±0.35,治疗第7天为7.08±0.40,健康儿童为7.54±0.45,经统计学处理差异有统计学意义(P<0.01)。结论支气管肺炎患儿治疗过程中肠道菌群比健康组低。因此在治疗支气管肺炎患儿时采用微生态制剂,调整细菌比例,改善肠道内环境,使肠道内益生菌的数量尽快恢复正常。[临床儿科杂志,2008,26(10):853-857] 展开更多
关键词 肺炎 肠道 双歧杆菌 大肠杆菌 荧光定量 聚合酶链反应
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不同水分含量下黑土硝化反硝化微生物群落结构的变化 被引量:6
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作者 丛兢兢 马君玲 +5 位作者 李顺和 高威 鲍雪莲 朱雪峰 解宏图 王连峰 《植物营养与肥料学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1400-1410,共11页
【目的】阐明土壤水分含量的变化对土壤硝化与反硝化微生物数量的影响,揭示土壤微生物群落结构对土壤水分含量的响应规律,为黑土区农田合理水分管理提供参考。【方法】依托长期定位试验平台,采集典型黑土区表层土壤样品进行室内微宇宙试... 【目的】阐明土壤水分含量的变化对土壤硝化与反硝化微生物数量的影响,揭示土壤微生物群落结构对土壤水分含量的响应规律,为黑土区农田合理水分管理提供参考。【方法】依托长期定位试验平台,采集典型黑土区表层土壤样品进行室内微宇宙试验,设置4个土壤水分含量梯度(40%WHC、60%WHC、80%WHC和100%WHC)模拟土壤湿度环境,土壤样品在(25±1)℃下连续培养7天后,采用实时荧光定量q-PCR和高通量测序技术,分析黑土硝化与反硝化微生物数量,揭示不同土壤水分含量下黑土微生物群落结构的变化规律。【结果】土壤水分对农田黑土硝化与反硝化微生物数量影响显著。硝化微生物AOA基因拷贝数在60%WHC下最低,随着土壤水分含量的升高而显著增加(P<0.05)。AOB基因拷贝数变化随土壤水分状况的变化由多到少依次为100%WHC、60%WHC、80%WHC和40%WHC。反硝化微生物nirS和nosZ基因拷贝数均随土壤含水量的升高而增加,在土壤含水量为100%WHC条件下均达到最高值,分别是40%WHC条件下的38和2.7倍。高通量测序及分析结果表明,不同土壤水分状况下土壤微生物群落结构发生明显分异,微生物物种组间差异分析发现,不同土壤水分状况微生物群落组成差异显著,80%WHC处理条件下土壤微生物群落的物种丰富度和多样性较高,而100%WHC处理条件下土壤微生物群落的多样性较低。低土壤水分(40%WHC和60%WHC)状况下土壤中的优势微生物属为难培养的RB41和硝化螺菌(Nitrospira),高土壤水分(80%WHC和100%WHC)状况下为根瘤杆菌(Rhizobacter)、假单胞菌(Pseudomonas)和黄色土源菌(Flavisolibacter)。土壤水分含量与优势微生物类群的相关分析结果表明,变形菌门(Proteobacteria)与土壤水分含量呈现极强的正相关关系,根瘤杆菌属和假单胞菌属与土壤水分含量呈显著正相关关系。【结论】较低的土壤水分含量增加硝化微生物丰度,而较高特别是饱和土壤水分状况下可显著提高反硝化微生物nirS和nosZ的丰度,土壤水分含量的升高通过增加反硝化nosZ相关微生物的丰度进一步促进N2O还原成N2。土壤水分含量改变了农田黑土的优势微生物类群。硝化螺菌属与土壤水分含量呈现负相关关系,而根瘤杆菌属和假单胞菌属则与土壤水分含量呈现极强的正相关关系,在高土壤水分含量条件下反硝化作用被进一步促进。 展开更多
关键词 黑土 水分含量 实时荧光定量q-pcr 高通量测序 硝化微生物 反硝化微生物
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白砂糖DNA提取方法的比较
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作者 齐玲倩 刘秀 +3 位作者 丁梦璇 李静媛 刘远远 尹建军 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期244-248,共5页
为了得到高效的白砂糖DNA提取方法,以5种白砂糖为研究对象,从前处理方法、裂解液成分及DNA纯化方法等方面对传统CTAB法进行改良,并比较了CTAB法和改良CTAB法的提取效果,结果表明:改良CTAB法提取的白砂糖DNA浓度都在2.60μg/m L以上,纯度... 为了得到高效的白砂糖DNA提取方法,以5种白砂糖为研究对象,从前处理方法、裂解液成分及DNA纯化方法等方面对传统CTAB法进行改良,并比较了CTAB法和改良CTAB法的提取效果,结果表明:改良CTAB法提取的白砂糖DNA浓度都在2.60μg/m L以上,纯度在1.8左右,且通过实时荧光定量PCR能扩增出18Sr DNA基因的对应荧光信号。因此,改良CTAB法能够高效地提取白砂糖的DNA,可为后续的分子检测奠定基础。 展开更多
关键词 白砂糖 DNA提取 改良CTAB法 实时荧光定量pcr(real-time fluorescence quantification pcr qpcr)
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植物病原真菌尖孢镰刀菌检测与定量研究进展 被引量:17
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作者 董超 方香玲 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期1599-1604,共6页
尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)是一种危害严重的土传病原真菌,被列为世界十大植物病原真菌之一。该菌能够侵染棉花(Gossypium hirsutum)、大豆(Glycine max)、西瓜(Citrullus lanatus)、香蕉(Musa nana)、番茄(Lycopersicon esculent... 尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)是一种危害严重的土传病原真菌,被列为世界十大植物病原真菌之一。该菌能够侵染棉花(Gossypium hirsutum)、大豆(Glycine max)、西瓜(Citrullus lanatus)、香蕉(Musa nana)、番茄(Lycopersicon esculentum)和苜蓿(Medicago sativa)等100多种具有重要经济价值的作物,引起枯萎病和根腐病等。对土壤和植物根组织中的尖孢镰刀菌进行检测和定量是病害早期诊断和有效防治的基础。本文对国内外关于尖孢镰刀菌检测和定量方法(主要包括培养基菌落平板稀释法、常规PCR和实时荧光定量PCR等)及其应用进行总结,旨在对农牧业生产中尖孢镰刀菌检测和定量提供理论指导。 展开更多
关键词 尖孢镰刀菌 检测 定量 实时荧光定量pcr
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红麻谷胱甘肽还原酶基因(HcGR)的克隆及盐胁迫下表达分析 被引量:4
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作者 梁国旺 李增强 +3 位作者 周步进 常蒙蒙 陈涛 陈鹏 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期2412-2419,共8页
【目的】克隆红麻谷胱甘肽还原酶基因(HcGR)并分析其组织表达特性及不同盐胁迫下的表达模式,为深入研究HcGR基因在响应盐胁迫的分子调控机制提供理论参考。【方法】基于红麻转录组测序结果,克隆HcGR基因,对其序列进行生物信息学分析,并... 【目的】克隆红麻谷胱甘肽还原酶基因(HcGR)并分析其组织表达特性及不同盐胁迫下的表达模式,为深入研究HcGR基因在响应盐胁迫的分子调控机制提供理论参考。【方法】基于红麻转录组测序结果,克隆HcGR基因,对其序列进行生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR检测HcGR基因在红麻不同组织及不同盐度胁迫[CK(0 mmol/L NaCl)、T1(50 mmol/L NaCl)、T2(100 mmol/L NaCl)和T3(200 mmol/L NaCl)]下的表达情况。【结果】克隆获得的HcGR基因开放阅读(ORF)长度为1698 bp,其编码蛋白相对分子量为60 kD,由555个氨基酸残基组成,理论等电点(pI)为8.46,为亲水性蛋白,定位于叶绿体;HcGR蛋白二级结构以无规则卷曲为主,以α-螺旋、延伸链和β-转角为辅,所占比例分别为44.14%、27.75%、22.16%和5.95%,其三级结构由无规则卷曲、α-螺旋和延伸链3种结构元件相互盘绕而成;该蛋白与榴莲GR蛋白亲缘关系较近。HcGR基因在红麻根、茎和叶中均有表达,且相对表达量存在显著差异(P<0.05,下同),相对表达量排序为叶>根>茎,表明HcGR基因具有明显的组织表达特异性。在红麻的根和叶中,HcGR基因相对表达量随NaCl胁迫浓度增加整体上呈先升高后降低的变化趋势,且均在T1处理下达峰值,显著高于CK、T2和T3处理。HcGR基因在茎中的相对表达量随NaCl胁迫浓度增加呈波动变化趋势,但T1、T2和T3处理均高于CK,其中T1和T3处理显著高于CK。【结论】HcGR基因在红麻根、茎和叶中的表达具有明显组织特异性,且可被不同浓度NaCl诱导响应盐胁迫信号,并通过上调各组织中的转录水平以提高抗盐胁迫能力,故推测该基因在红麻抗盐胁迫机制中发挥重要调控作用。 展开更多
关键词 红麻 谷胱甘肽还原酶(GR) 基因克隆 盐胁迫 实时荧光定量pcr 表达分析
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