用RACE结合cDNA文库筛选的方法获取新的锌指蛋白基因 被引量：8

1

作者 杜占文 刘立仁 张俊武 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期329-331,共3页

大多数有重要功能的蛋白质都含相应的由保守氨基酸顺序组成的功能结构域。本文首先根据蛋白质功能结构域保守氨基酸序列设计简并引物 ,用PCR方法扩增出基因EST序列 ,再利用改进的快速扩增cDNA末端(RACE)方法从cDNA文库中扩增出基因非同... 大多数有重要功能的蛋白质都含相应的由保守氨基酸顺序组成的功能结构域。本文首先根据蛋白质功能结构域保守氨基酸序列设计简并引物 ,用PCR方法扩增出基因EST序列 ,再利用改进的快速扩增cDNA末端(RACE)方法从cDNA文库中扩增出基因非同源部位 ,然后以非同源序列为探针 ,筛选cDNA文库。利用此方法成功地从人骨髓cDNA文库中克隆到几个编码锌指蛋白并代表原有EST的新的全长cDNA。这一策略也应适用于筛选编码具有其他序列保守性功能结构域蛋白的基因。 展开更多

关键词 race cdna文库 筛选 锌指蛋白基因 非同源DNA序列 新基因

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RLM-RACE法扩增獐茅液泡膜Na^+/H^+逆向转运蛋白基因5′-cDNA末端序列 被引量：3

2

作者 王景艳 张高华 +2 位作者 苏乔 安利佳 刘兆普 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期903-907,共5页

根据已获得的盐生植物獐茅(Aeluropus littoralisvar.sinensisDebeaux)液泡膜Na+/H+逆向转运蛋白(Na+/H+antiporter)基因部分cDNA片段,设计2条特异引物(GSP1、GSP2),采用RLM-RACE(RNA ligase-medi-ated rapid amplification of 5′and 3... 根据已获得的盐生植物獐茅(Aeluropus littoralisvar.sinensisDebeaux)液泡膜Na+/H+逆向转运蛋白(Na+/H+antiporter)基因部分cDNA片段,设计2条特异引物(GSP1、GSP2),采用RLM-RACE(RNA ligase-medi-ated rapid amplification of 5′and 3′cDNA ends)法获得了其5-′cDNA末端序列,并找出了转录起始位点。该片段长816 bp,与芦苇液泡膜Na+/H+逆向转运蛋白基因序列同源性最高达91%,与拟南芥、盐角草、水稻、大麦、小麦的同源性分别为81%、82%、86%、87%和81%,为该基因全长的克隆及启动子的研究奠定了基础。与其它测定基因转录起始位点的方法相比,RLM-RACE方法更快捷、简便、准确。 展开更多

关键词 獐茅 NA^+/H^+逆向转运蛋白 RLM-race 5-′cdna末端 转录起始位点

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cDNA文库构建策略及其分析研究进展 被引量：81

3

作者 晏慧君 黄兴奇 程在全 《云南农业大学学报》 CAS CSCD 2006年第1期1-6,共6页

cDNA文库构建和筛选是基因克隆的重要方法之一,它是目前发现新基因和研究基因功能的基本工具。从cDNA文库中可以筛选到目的基因,并直接用于该基因的表达。经典cDNA文库存在克隆的片段短等缺点,而全长cDNA文库则能提供完整的mRNA信息,从... cDNA文库构建和筛选是基因克隆的重要方法之一,它是目前发现新基因和研究基因功能的基本工具。从cDNA文库中可以筛选到目的基因,并直接用于该基因的表达。经典cDNA文库存在克隆的片段短等缺点,而全长cDNA文库则能提供完整的mRNA信息,从而克隆cDNA全长;对文库进行均一化处理即均一化cDNA文库,可以增加克隆低丰度mRNA的机会;差减cDNA文库在研究生物体某一时期基因差异表达上具有重要的意义;改进的固相cDNA很大程度上提高了建库的效率和质量。本文以阐述基本原理为主,介绍几种近年来常用的cDNA构建的方法及其优缺点。 展开更多

关键词 cdna文库 cdna全长 基因克隆 均一化cdna文库 差减cdna文库 固相cdna文库 快速扩增cdna末端(race)

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油茶乙酰CoA酰基转移酶基因cDNA克隆及序列特征分析 被引量：21

4

作者 张琳 谭晓风 +2 位作者 胡姣 姚小华 林萍 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期108-112,共5页

在已知油茶乙酰COA酰基转移酶基因EST序列基础上,设计6条特异引物,以油茶优良无性系‘湘林1号’种仁总RNA为模板,通过反应体系和反应条件优化,最终扩增出一条700 bp左右的目的片段,将该片段回收、克隆、测序,获得718 bp的cDNA序列,将该... 在已知油茶乙酰COA酰基转移酶基因EST序列基础上,设计6条特异引物,以油茶优良无性系‘湘林1号’种仁总RNA为模板,通过反应体系和反应条件优化,最终扩增出一条700 bp左右的目的片段,将该片段回收、克隆、测序,获得718 bp的cDNA序列,将该序列与油茶乙酰COA酰基转移酶基因进行序列拼接,确定了油茶乙酰COA酰基转移酶基因的全长cDNA序列,将该序列提交至GeneBank,登录号为GU594059。油茶乙酰COA酰基转移酶基因全长cDNA序列为1 495 bp,含有一个1 227 bp的ORF,编码408个氨基酸残基。在氨基酸序列水平上,该基因与胡黄连(P.kurrooa)的乙酰COA酰基转移酶基因的相似性最高,为86%,与稻瘟病菌(M.grisea)的最低,为65%。通过在线预测,油茶乙酰COA酰基转移酶基因编码蛋白的等电点pI为6.19,分子量Mw为41 628.6 Da。本研究为揭示油茶油脂合成规律和油茶的分子育种提供了理论依据和科学基础。 展开更多

关键词 油茶 乙酰CoA酰基转移酶 快速扩增cdna末端 生物信息学分析

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谢氏宽漠王β-actin基因cDNA克隆、序列分析及表达量检测 被引量：10

5

作者 唐婷 柳峰松 任国栋 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1210-1215,共6页

β-actin是actin家族的一员,在维持细胞结构、运动和分裂等细胞生理活动方面发挥着重要作用,是基因定量实验中最常用的内参之一。本实验采用同源克隆和RACE技术扩增得到谢氏宽漠王Mantichorula semenowi β-actin基因。序列分析结果表明... β-actin是actin家族的一员,在维持细胞结构、运动和分裂等细胞生理活动方面发挥着重要作用,是基因定量实验中最常用的内参之一。本实验采用同源克隆和RACE技术扩增得到谢氏宽漠王Mantichorula semenowi β-actin基因。序列分析结果表明,该基因cDNA全长1372bp,开放阅读框长1131bp,编码376个氨基酸,5′和3′末端非翻译区域(UTR)分别为66bp和175bp;该序列与其他动物β-actin基因核苷酸序列具有96%～99%高度同源性。β-actin表达量检测结果显示热激后不同恢复时间其表达量无明显变化,且与未经热激处理的对照相比无显著差异。表明β-actin是研究受外界环境胁迫作用下昆虫体内不同基因表达水平的可靠内参基因。 展开更多

关键词 谢氏宽漠王 Β-ACTIN基因 同源克隆 cdna快速末端扩增 分子内标

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高山红景天中糖基转移酶家族cDNA全长基因的克隆 被引量：3

6

作者 于寒松 张继星 +2 位作者 李彦舫 马兰青 胡耀辉 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第21期244-247,共4页

为了获得高山红景天中红景天苷生物合成关键酶——UDP-糖基转移酶家族基因的全长cDNA序列,采用在线简并引物设计软件结合3′-RACE技术获得两个糖基转移酶基因的3′端部分序列,进一步采用不同的5′-RACE试剂盒扩增两个基因的5′端序列,... 为了获得高山红景天中红景天苷生物合成关键酶——UDP-糖基转移酶家族基因的全长cDNA序列,采用在线简并引物设计软件结合3′-RACE技术获得两个糖基转移酶基因的3′端部分序列,进一步采用不同的5′-RACE试剂盒扩增两个基因的5′端序列,结果显示利用Takara公司的试剂盒扩增可以得到cDNA全长序列(GenBank登录号为EF508689和EU567325),而采用Invitrogen公司的试剂盒得到的序列不包括全部开放读码框。实验证明,利用Takara公司的SMARTerTM RACE cDNA Amplification Kit克隆获得基因全长序列的比率更高。 展开更多

关键词 糖基转移酶 基因克隆 cdna末端快速克隆法(race) 高山红景天

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胃癌相关cDNA片段的快速克隆和表达分析 被引量：3

7

作者 李红 王孟薇 +3 位作者 王刚石 陈润生 凌伦奖 王金华 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第4期604-609,共6页

利用差异显示PCR技术获得的一条在胃癌和正常组织有差异表达的表达序列标签 (EST) W 12 3(GenBank登录号为AF15 0 6 31) ,通过与GenBank的dbest库进行电子杂交 ,选取了与其同源度高的若干EST ,在它们共有的保守序列设计了用于扩增的寡... 利用差异显示PCR技术获得的一条在胃癌和正常组织有差异表达的表达序列标签 (EST) W 12 3(GenBank登录号为AF15 0 6 31) ,通过与GenBank的dbest库进行电子杂交 ,选取了与其同源度高的若干EST ,在它们共有的保守序列设计了用于扩增的寡聚核苷酸引物 ,利用cDNA末端快速扩增PCR (RACE)技术得到了7条带有 polyA尾的 3′EST ,进行序列分析后 ,发现它们均是代表新基因或不同剪接体的EST ,且具有共同的保守序列 ,已登录GenBank .采用RNA印迹对目的序列进行初步鉴定 ,并进行了这些基因的组织分布分析 .RACE技术和生物信息学相结合 ,具有快速、高效的特点 ,有助于疾病相关基因的克隆 . 展开更多

关键词 胃癌相关cdna片段 快速克隆 表达分析

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巴西橡胶树(Hevea brasiliensis)微管相关蛋白全长cDNA克隆及表达分析 被引量：5

8

作者 邓柳红 肖苏生 +1 位作者 罗明武 张春发 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期480-484,共5页

从巴西橡胶树Heveabrasiliensis差减cDNA文库中分离到微管相关蛋白(Microtubule-associatedprotein,MAPs)基因片段,根据该基因片段序列信息,设计特异引物,采用cDNA末端快速扩增技术RACE(RapidAmplificationofcDNAEnds)进行差异片段的5’... 从巴西橡胶树Heveabrasiliensis差减cDNA文库中分离到微管相关蛋白(Microtubule-associatedprotein,MAPs)基因片段,根据该基因片段序列信息,设计特异引物,采用cDNA末端快速扩增技术RACE(RapidAmplificationofcDNAEnds)进行差异片段的5’和3’端的扩增,获得了长度为788bp的全长cDNA,该基因在GenBank中的登录号为AY461412。序列分析表明该基因包含完整的开放阅读框,编码144个氨基酸,与微管相关蛋白基因家族具有很高的同源性,推测该基因是微管相关蛋白基因。半定量RT-PCR检测证实它在胶乳中的表达强于叶中,胁迫处理(伤害及乙烯处理)使其表达上调。 展开更多

关键词 巴西橡胶树 微管相关蛋白 cdna末端快速扩增技术 RT-PCR

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人UCA1基因新剪接变异体全长cDNA序列的克隆 被引量：4

9

作者 王宇 陈葳 李旭 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期11-13,28,共4页

目的克隆新的UCA1剪接变异体全长cDNA序列,为研究其可变剪接机制奠定基础。方法用电子克隆技术和cDNA序列末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)扩增细胞系BLZ-211cDNA并进行产物测序和序列拼接。结果新克隆的UCA1... 目的克隆新的UCA1剪接变异体全长cDNA序列,为研究其可变剪接机制奠定基础。方法用电子克隆技术和cDNA序列末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)扩增细胞系BLZ-211cDNA并进行产物测序和序列拼接。结果新克隆的UCA1剪接变异体全长cDNA序列为2 202bp。结论综合采用电子克隆技术与RACE技术是获得全长cDNA序列的有效方法,为该基因的后续可变剪接机制的研究奠定了基础。 展开更多

关键词 uca1 电子克隆 cdna末端快速扩增技术

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人脑红蛋白(NGB)全长cDNA序列的克隆 被引量：7

10

作者 王春丽 张成岗 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第6期946-951,共6页

人脑红蛋白 (neuroglobin ,NGB)是新发现的神经系统特异的携氧蛋白 ,然而其全长cDNA序列一直未见报道 .采用电子序列延伸技术和cDNA序列末端快速扩增技术 (rapidamplificationofcDNAends ,RACE)研究发现 ,人NGB全长cDNA序列为 190 9bp,... 人脑红蛋白 (neuroglobin ,NGB)是新发现的神经系统特异的携氧蛋白 ,然而其全长cDNA序列一直未见报道 .采用电子序列延伸技术和cDNA序列末端快速扩增技术 (rapidamplificationofcDNAends ,RACE)研究发现 ,人NGB全长cDNA序列为 190 9bp,5′非编码区为 375bp ,编码区 (45 6bp)可编码 15 1个氨基酸 ,3′非编码区为 10 78bp,其中含 2 7bp的 poly (A) (GenBank接受号 :AF4 2 2 797) .综合采用电子序列延伸技术与RACE技术是获得全长cDNA序列的有效方法 ,为后续的功能研究提供了重要基础 . 展开更多

关键词 人脑红蛋白 全长cdna序列 克隆 电子序列延伸技术 cdna末端快速扩增技术

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小麦NBS-LRR类抗病基因同源cDNA序列的分离与鉴定 被引量：5

11

作者 张立荣 杨文香 刘大群 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期431-436,共6页

利用抗病基因的保守结构设计引物,从抗叶锈病近等基因系材料TcLr24中扩增出一条703bp的条带RGA1,通过与GenBank比对,选取与RGA1高度同源的若干条带,在它们共有的保守序列位置设计引物,利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术扩增抗病同源基因c... 利用抗病基因的保守结构设计引物,从抗叶锈病近等基因系材料TcLr24中扩增出一条703bp的条带RGA1,通过与GenBank比对,选取与RGA1高度同源的若干条带,在它们共有的保守序列位置设计引物,利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术扩增抗病同源基因cDNA全长。扩增到3条全长cDNA,经BLASTp比较,这些序列都含有NBS保守结构域和多个LRR结构域,与很多已知植物抗病基因的功能相应区域一致。对FRGA-1、FRGA-2和FRGA-3实时定量PCR分析,表明这3个基因在小麦叶片中都是组成型表达。本研究在小麦材料TcLr24中得到3条抗病基因同源cDNA全长,为研究小麦抗病基因奠定了基础。 展开更多

关键词 小麦抗叶锈病基因 cdna末端快速扩增技术 生物信息学 同源基因

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小麦NBS类抗病基因同源cDNA序列的克隆与特征分析 被引量：9

12

作者 张楠 王海燕 刘大群 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期605-610,615,共7页

根据已克隆植物抗病(R)基因NBS保守结构域设计简并引物,采用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术(RACE),在小麦抗叶锈病近等基因系材料TcLr19中进行抗病同源基因cDNA全长的扩增。获得了1个通读的NBS类抗病同源基因S11A11cDNA序列,该序列全长29... 根据已克隆植物抗病(R)基因NBS保守结构域设计简并引物,采用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术(RACE),在小麦抗叶锈病近等基因系材料TcLr19中进行抗病同源基因cDNA全长的扩增。获得了1个通读的NBS类抗病同源基因S11A11cDNA序列,该序列全长2923bp,编码878个氨基酸序列。生物信息学分析结果表明,该片段含有NB-ARC保守结构域和多个LRR结构域。聚类分析表明,S11A11编码的蛋白与小麦抗叶锈病基因Lr1编码的蛋白亲缘关系较近,而与Lr10亲缘关系较远。半定量RT-PCR分析表明,该基因在小麦叶片中为低丰度组成型表达。本研究在TcLr19小麦中成功获得了抗病基因同源序列,为最终克隆小麦抗叶锈病目的基因奠定了基础。 展开更多

关键词 小麦 核苷酸结合位点(NBS) 抗病基因同源序列(RGAs) cdna末端快速扩增技术(race) 半定量RT-PCR

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马尾松苯丙氨酸解氨酶基因cDNA全长克隆与序列分析 被引量：3

13

作者 曹福祥 王猛 龙绛雪 《湖南师范大学自然科学学报》 CAS 北大核心 2010年第1期91-95,共5页

苯丙氨酸解氨酶(Phenylalanine ammonia-lyase,PAL)是连接植物初级代谢和次级代谢途径关键酶、限速酶,催化苯丙氨酸转化为肉桂酸,促进黄酮、木质素等次生代谢产物的合成,在植物抗病过程中有重要意义.采用RT-PCR和RACE技术,从马尾松中克... 苯丙氨酸解氨酶(Phenylalanine ammonia-lyase,PAL)是连接植物初级代谢和次级代谢途径关键酶、限速酶,催化苯丙氨酸转化为肉桂酸,促进黄酮、木质素等次生代谢产物的合成,在植物抗病过程中有重要意义.采用RT-PCR和RACE技术,从马尾松中克隆到PAL基因的cDNA全长.此cDNA全长2 700 bp,包括2 154 bp的完整ORF,编码717个氨基酸的蛋白,相对分子质量与等电点分别为78 200和5.81.其推导的蛋白序列与火炬松(Pinustaeda)、欧洲赤松(Pinus sylvestris)和海岸松(Pinus pinaster)的苯丙氨酸解氨酶同源性分别为98.2%、99.4%和97.8%. 展开更多

关键词 马尾松 苯丙氨酸解氨酶 RT-PCR race 序列分析

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曼氏无针乌贼(Sepiella maindroni)β-肌动蛋白基因的cDNA全长克隆与序列分析 被引量：2

14

作者 李继姬 郭宝英 吴常文 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期787-793,共7页

采用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术首次克隆了曼氏无针乌贼β-肌动蛋白基因的cDNA全序列,该序列全长为2000bp,由长197bp的5’非翻译区(untranslated region,UTR),669bp的3’非翻译区,和1134bp... 采用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术首次克隆了曼氏无针乌贼β-肌动蛋白基因的cDNA全序列,该序列全长为2000bp,由长197bp的5’非翻译区(untranslated region,UTR),669bp的3’非翻译区,和1134bp的开放阅读框(open reading frame,ORF)组成。阅读框共编码377个氨基酸,推算的分子量约为42.0kDa,理论等电点为5.16。曼氏无针乌贼β-actin氨基酸序列中Ile12、Ser172、Ser174、Gln223、His227、Ile231、Gly232、Ser320、Glu328、Thr360等10个氨基酸残基具有特异性,以及2个特殊的氨基酸残基位点和2个软体动物特有的氨基酸残基。曼氏无针乌贼β-actin氨基酸序列与软体动物、节肢动物、脊椎动物的相似性高达97%。NJ法系统进化分析显示曼氏无针乌贼首先与软体动物聚在一起,然后与节肢动物聚在一起,再与鱼类、两栖类、哺乳类聚在一起。 展开更多

关键词 曼氏无针乌贼 cdna 快速扩增cdna末端(race) β-肌动蛋白基因

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克隆与序列分析中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)HSP70基因全长ORF的RACE 被引量：3

15

作者 袁嘉恩 许忠能 +3 位作者 雷腊梅 李慕婵 韩博平 谢数涛 《暨南大学学报（自然科学与医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期516-521,共6页

采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)及cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)的Hsp70基因并进行序列分析.以中华绒螯蟹卵组织cDNA为模板,克隆测序后拼接得到一条长2 429 bp的cDNA序列,序列分析表明其覆盖了完整编码... 采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)及cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)的Hsp70基因并进行序列分析.以中华绒螯蟹卵组织cDNA为模板,克隆测序后拼接得到一条长2 429 bp的cDNA序列,序列分析表明其覆盖了完整编码区,编码649个氨基酸.经antheprot分析发现2个Hsp70基因的签名序列:IFDLGGGTFDVSIL,IVLVGGSTRIPKIQK;Dnak特征基序DLGTT-S-V;非细胞器基序:RARFEEL;核定位信号标签:KKDPSESKRALRRL;胞质Hsp70特征基序GPTIEEVD.经BLASTn和BLASTx软件分析,该编码区核苷酸序列与凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)、斑节对虾(Penaeus monodon)的相似性分别为85.30%和84.89%.根据核苷酸序列所推导出的Hsp70氨基酸序列,其与斑节对虾、罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)的相似性分别为93.23%和93.40%.本研究克隆了中华绒螯蟹的Hsp70基因,为进一步深入研究锯缘青蟹的抗逆机理及其遗传改良奠定了基础. 展开更多

关键词 HSP70基因 cdna末端快速扩增 逆转录聚合酶链反应 中华绒螯蟹

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卵形鲳鲹PPARα基因cDNA序列的克隆、组织表达及生物信息学分析 被引量：3

16

作者 方玲玲 陈刚 +4 位作者 王忠良 汤保贵 张健东 黄建盛 周晖 《广东海洋大学学报》 CAS 2015年第4期1-9,共9页

采用RACE-PCR 克隆卵形鲳鲹（Trachinotus ovatus）过氧化物酶体增殖物激活受体（peroxisome proliferator activated receptors-α,PPAR α）基因的cDNA 序列全长,并应用生物信息学方法分析其编码蛋白质的理化性质和结构特征.结果表明... 采用RACE-PCR 克隆卵形鲳鲹（Trachinotus ovatus）过氧化物酶体增殖物激活受体（peroxisome proliferator activated receptors-α,PPAR α）基因的cDNA 序列全长,并应用生物信息学方法分析其编码蛋白质的理化性质和结构特征.结果表明：卵形鲳鲹PPAR α 基因（GenBank 登录号KP893147） cDNA 全长1 930 bp,开放阅读框（ORF）为1 425 bp,共编码474 个氨基酸,其编码的蛋白质为不稳定蛋白,无信号肽和跨膜结构,二级结构由α 螺旋、β转角、伸展片段和无规则卷曲组成,且α 螺旋占较大比例;预测显示,该蛋白有PPARs 基因家族典型的DNA 结合区（DBD）和配体结合区（LBD）;序列对比表明,卵形鲳鲹PPAR α 基因与尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）、花鲈（Lateolabrax japonicas）、大黄鱼（Larimichthys crocea）、金头鲷（Sparus aurata）、军曹鱼（Rachycentroncanadum）等有较高的同源性（81% - 89%）;蛋白系统进化树分析显示,在人（Homo sapiens）、鼠（Mus musculus）、鸭（Gallus gallus）、花鲈、大黄鱼、军曹鱼等动物中,卵形鲳鲹的PPAR α 蛋白与军曹鱼的进化关系最为密切（94%）,与人（68%）、鼠（68%）、鸭（67%）等的同源性较低.荧光定量分析显示,卵形鲳鲹PPAR α mRNA 在脑、肾脏、肠、脾脏等组织表达水平较高,其次是皮肤、肌肉,在心脏、肝脏中表达量较低. 展开更多

关键词 卵形鲳鲹 过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARα) 基因 克隆 cdna末端快速扩增(race) 生物信息学 组织表达

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珊瑚藻R-藻红蛋白rpeA和rpeB基因全长cDNA克隆与序列分析(英文) 被引量：1

17

作者 王盛 钟伏弟 +2 位作者 吴祖建 林奇英 谢联辉 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期428-433,共6页

依据珊瑚藻 (CorallinaofficinalisL .)藻红蛋白rpeA和rpeB的DNA序列 (AF5 1 0 986 )设计引物 ,通过PCR RACE方法扩增得到rpeA和rpeB的cDNA序列 .序列分析表明 ,该序列采用多顺反子转录策略 ,全长 2 2 5 7bp(AF5 42 5 5 4) ,排布顺序为 ... 依据珊瑚藻 (CorallinaofficinalisL .)藻红蛋白rpeA和rpeB的DNA序列 (AF5 1 0 986 )设计引物 ,通过PCR RACE方法扩增得到rpeA和rpeB的cDNA序列 .序列分析表明 ,该序列采用多顺反子转录策略 ,全长 2 2 5 7bp(AF5 42 5 5 4) ,排布顺序为 5′UTR rpeB 间隔区 rpeA 3′UTR .5′非编码区 4 93bp ,rpeB基因 5 34bp ,基因间隔区 1 0 1bp ,rpeA基因 4 95bp ,3′非编码区 6 34bp .在rpeA和rpeB的基因起始密码子上游均存在类似原核核糖体结合的Shine Dalgarno (SD)序列 .在rpeA基因终止密码子下游 1 1 0bp处还存在着一个可能的开放阅读框架 .经检索GenBank发现 。 展开更多

关键词 珊瑚藻 藻红蛋白 快速分离cdna末端(race)

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新疆巴什拜羊BPI基因cDNA全长的克隆及序列分析 被引量：1

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作者 杨文 沈文 +3 位作者 郭海英 陈冬梅 陈凯丽 孙延鸣 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2015年第5期1-6 11,共7页

【目的】克隆巴什拜羊杀菌/通透性增强蛋白(BPI)的cDNA序列,为研究该蛋白的结构和功能奠定基础。【方法】采集巴什拜羊外周血液,从中分离得到中性粒细胞后提取RNA。根据GenBank中牛BPI基因的cDNA序列设计兼并引物,用RT-PCR方法扩增巴什... 【目的】克隆巴什拜羊杀菌/通透性增强蛋白(BPI)的cDNA序列,为研究该蛋白的结构和功能奠定基础。【方法】采集巴什拜羊外周血液,从中分离得到中性粒细胞后提取RNA。根据GenBank中牛BPI基因的cDNA序列设计兼并引物,用RT-PCR方法扩增巴什拜羊BPI基因部分序列,再根据已知的巴什拜羊BPI基因部分序列设计RACE引物,分别扩增出5′和3′端目的片段,分别回收克隆的目的基因片段,再与pMD18-T载体连接,分别转化到大肠杆菌DH5α中,筛选阳性克隆,将重组菌测序后进行拼接,获得巴什拜羊BPI基因全长cDNA序列,并对序列进行分析。【结果】克隆的巴什拜羊BPI基因cDNA序列全长1 922bp,其中开放阅读框为1 452bp,共编码483个氨基酸;BLAST分析表明,巴什拜羊BPI基因的核苷酸序列与绵羊、牛、虎鲸、野猪、猕猴、人、家兔、小鼠、非洲爪蟾核苷酸的一致性分别为99%,91%,78%,74%,64%,61%,58%,53%和50%;氨基酸进化分析显示,巴什拜羊首先与绵羊聚为一类,其次与牛聚为一类,该聚类分析结果与生物学分类结果表现一致。【结论】通过RACE方法成功地克隆了1 922bp的巴什拜羊BPI基因cDNA全长序列,且基因进化树聚类结果与生物学分类结果相一致。 展开更多

关键词 巴什拜羊 BPI基因 杀菌/通透性增强蛋白 cdna 末端快速扩增

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应用RACE技术扩增驴DGAT1基因3′端及序列分析 被引量：3

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作者 肖海霞 托乎提.阿及德 +2 位作者 田可川 刘明军 陈从英 《中国奶牛》 2011年第20期1-5,共5页

DGAT1(脂酰辅酶A:二脂酰甘油酰基转移酶)基因是产奶性状的一个重要功能侯选基因。由于通过预测奶牛DGAT1基因序列与马属动物DGAT1基因序列具有98%的同源性,本试验从影响牛产奶性状的DGAT1基因出发,以驴乳腺组织的RNA为模板,按照不同物种... DGAT1(脂酰辅酶A:二脂酰甘油酰基转移酶)基因是产奶性状的一个重要功能侯选基因。由于通过预测奶牛DGAT1基因序列与马属动物DGAT1基因序列具有98%的同源性,本试验从影响牛产奶性状的DGAT1基因出发,以驴乳腺组织的RNA为模板,按照不同物种DGAT1基因的相似性设计特异引物,运用PCR和3′RACE技术扩增并获得了特异片断,特异片段回收纯化连接到pUCmT Vector载体后,转化到大肠杆菌中并筛选阳性菌落;提取质粒进行测序,结果发现该段序列与预期的目标一致,通过与其他动物同源性比较分析说明已首次克隆到驴DGAT1基因3′端。 展开更多

关键词 race技术 驴 DGAT1 基因3′端 序列分析

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RACE法克隆湖羊SPLUNC1基因及序列分析 被引量：1

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作者 陈凯丽 孙延鸣 +2 位作者 沈文 陈冬梅 郭海英 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期8-13,共6页

通过克隆湖羊短的上腭、肺及鼻咽上皮克隆1(short palate,lung and nasal epithelium clone 1,SPLUNC1)基因的cDNA序列,为研究其蛋白的结构和功能奠定基础。参照GenBank上牛、山羊的SPLUNC1基因的cDNA序列,设计简并引物,分别扩增出5′和... 通过克隆湖羊短的上腭、肺及鼻咽上皮克隆1(short palate,lung and nasal epithelium clone 1,SPLUNC1)基因的cDNA序列,为研究其蛋白的结构和功能奠定基础。参照GenBank上牛、山羊的SPLUNC1基因的cDNA序列,设计简并引物,分别扩增出5′和3′端目的片段,测序后进行拼接,获得湖羊SPLUNC1基因cDNA全长序列,并对序列进行分析。结果表明:克隆的湖羊SPLUNC1基因cDNA序列全长为1 091bp(GenBank登录号KJ749828),其中开放阅读框为768bp,共编码255个氨基酸。构建的氨基酸进化树结果显示湖羊SPLUNC1与预测绵羊的氨基酸同源性最高,山羊次之。 展开更多

关键词 湖羊 短的上腭、肺及鼻咽上皮克隆1基因 cdna末端快速扩增 序列分析

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