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iKcr-RG:基于ResNet和BiGRU的双分支策略预测非组蛋白质赖氨酸酰化位点: 1; 作者程航段燕北魏欣《中国生物化学与分子生物学报》北大核心 2025年第2期305-314,共10页; 赖氨酸酰化是一种蛋白质翻译后修饰方式,这种修饰在细胞功能、基因转录以及细胞代谢中发挥着关键作用。同时,赖氨酸酰化还涉及生命体多个生物学过程,其异常可能与多种疾病的发生和发展相关。因此,研究赖氨酸酰化位点的预测对于疾病的诊... 展开更多; 关键词蛋白质翻译后修饰赖氨酸酰化位点深度学习特征提取特征融合; 在线阅读下载PDF 职称材料

三个对“氧化应激”的重新认识被引量：2: 2; 作者陈畅《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第10期2292-2297,共6页; 生命离不开氧,细胞的氧化还原状态直接调控蛋白质等生物大分子功能,介导细胞信号转导以及衰老、神经退行性疾病、代谢病、肿瘤等许多生理和病理过程。鉴于20世纪50年代提出的自由基衰老学说,长期以来氧化应激常与氧化损伤混为一谈,“抗... 展开更多; 关键词氧化应激氧化损伤氧化还原修饰精准氧化还原 5R原则抗氧化衰老; 在线阅读下载PDF 职称材料

蛋白质修饰组学在肉品质研究中的应用被引量：1: 3; 作者蒲强罗嘉 +3 位作者沈林園李学伟张顺华朱砺《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期327-335,共9页; 蛋白质翻译后修饰(Post-translational modifications,PTMs)在生命体中具有十分重要的作用。生命有机体中常见的PTMs有磷酸化、酰化、糖基化、泛素化、乙酰化、氧化和甲基化等。文章主要介绍了蛋白质组学在肉制品科学方面的应用、PTMs... 展开更多; 关键词蛋白质组学肌肉翻译后修饰肉质 post-translational modifications (ptms); 在线阅读下载PDF 职称材料

蛋白质组学及蛋白质翻译后修饰在畜牧领域中的应用研究进展被引量：10: 4; 作者王欣悦张莉《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第4期1063-1073,共11页; 蛋白质组学是一门全方位研究生命结构功能、生理功能及生命活动规律的新兴学科,已成为后基因组时代研究的重要内容,在很多领域得到广泛关注,同时为畜牧科学的发展与创新提供了全新的研究思路和技术手段。目前,蛋白质组学在畜禽生长发育... 展开更多; 关键词蛋白质组学畜牧蛋白质翻译后修饰(ptms); 在线阅读下载PDF 职称材料

酪氨酰蛋白磺基转移酶与植物蛋白质硫酸化修饰被引量：1: 5; 作者何鑫玺钟英丽谢吉勇《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期473-480,共8页; 蛋白质硫酸化是一种翻译后修饰,该修饰使分泌蛋白或膜蛋白具有成熟的生物学功能,在植物的生长发育中发挥重要的作用。催化这一修饰的酶是酪氨酰蛋白磺基转移酶(tyrosylprotein sulfotransferase,TPST),它将底物3'-磷酸腺苷-5'... 展开更多; 关键词翻译后修饰酪氨酰蛋白磺基转移酶蛋白质硫酸化底物; 在线阅读下载PDF 职称材料

组蛋白乙酰基转移酶1在肝癌细胞中介导的蛋白质乙酰化修饰谱分析: 6; 作者袁红凤贠昊林 +6 位作者赵丽娜杨光袁颖耿俞冯恋雲王宇飞张晓东《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期475-486,共12页; 赖氨酸乙酰化是重要的蛋白质翻译后修饰之一,广泛存在于细胞的生理和病理过程。组蛋白乙酰基转移酶1(HAT1)作为第一个被鉴定的蛋白ε-氨基赖氨酸乙酰基转移酶,具有介导组蛋白和非组蛋白乙酰化的作用。然而,在肝癌细胞中HAT1介导的乙酰... 展开更多; 关键词组蛋白乙酰基转移酶1 肝癌赖氨酸乙酰化蛋白质翻译后修饰脂代谢; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名iKcr-RG:基于ResNet和BiGRU的双分支策略预测非组蛋白质赖氨酸酰化位点: 1; 作者程航段燕北魏欣; 机构南昌工学院教务处南昌工学院实验实训中心江西服装学院商学院数理统计教研室; 出处《中国生物化学与分子生物学报》北大核心 2025年第2期305-314,共10页; 基金国家自然科学基金项目(No.61761023) 江西省自然科学基金项目(No.20202BABL202004) 江西省教育厅科研项目(No.GJJ2402711,No.GJJ2402712,No.GJJ2402803)资助。; 文摘赖氨酸酰化是一种蛋白质翻译后修饰方式,这种修饰在细胞功能、基因转录以及细胞代谢中发挥着关键作用。同时,赖氨酸酰化还涉及生命体多个生物学过程,其异常可能与多种疾病的发生和发展相关。因此,研究赖氨酸酰化位点的预测对于疾病的诊断和治疗具有重要意义。尽管生物医学实验可以高精度地检测赖氨酸酰化位点,但其成本高且耗时较长。为了解决这一问题,研究人员开发了更为便捷和高效的计算方法,以替代传统的生物医学实验技术。本研究开发了一个深度学习方法的预测模型iKcr-RG,该模型采用了双分支策略,同时使用ResNet和BiGRU来提取原始序列编码中的局部特征和全局特征信息。为了进一步提升模型的性能,我们创新性地设计了一种特征融合方法。经过这些优化,本研究在非平衡数据中展现出了更强的鲁棒性和稳定性。在独立数据集的结果中,特异性(Sp)、灵敏性(Sn)、准确性(Acc)和马修斯相关系数(MCC)分别为0.8109、0.7902、0.7940和0.4978。iKcr-RG模型在预测赖氨酸酰化位点优于现有方法,这项研究为深度学习在生物信息学领域的应用提供了新的思路和方法。; 关键词蛋白质翻译后修饰赖氨酸酰化位点深度学习特征提取特征融合; Keywords protein post-translational modification(ptm) lysine acylation site deep learning feature extraction feature fusion; 分类号 Q754 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名三个对“氧化应激”的重新认识被引量：2: 2; 作者陈畅; 机构中国科学院生物物理研究所; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第10期2292-2297,共6页; 基金国家重点研发计划(2022YFA1303000) 中国科学院战略性先导科技专项(B类)(XDB39000000)资助。; 文摘生命离不开氧,细胞的氧化还原状态直接调控蛋白质等生物大分子功能,介导细胞信号转导以及衰老、神经退行性疾病、代谢病、肿瘤等许多生理和病理过程。鉴于20世纪50年代提出的自由基衰老学说,长期以来氧化应激常与氧化损伤混为一谈,“抗氧化”一度成为“抗衰老”的代名词。本文结合本实验室相关研究工作及领域前沿,提出三个对“氧化应激”的重新认识:第一,氧化应激不等于氧化损伤,具有重要生理功能;第二,氧化应激不是“万金油”,氧化还原调控具有特异性,氧化还原修饰是其作用机制;第三,不能泛泛抗氧化,氧化还原平衡具有精准属性,抗氧化要考虑5R(Right species,Right place,Right time,Right level,Right target)原则,精准氧化还原医药时代已开启。未来挑战体现在氧化还原生物学与医学基础研究、氧化应激在生理和病理过程及环境胁迫中的特异分子机制研究及精准氧化还原干预三大方面,需要多学科交叉、基础与临床研究深度合作、国际协同攻关,实现对生命过程氧化还原认识的突破、机理的突破、精准干预的突破!; 关键词氧化应激氧化损伤氧化还原修饰精准氧化还原 5R原则抗氧化衰老; Keywords oxidative stress oxidation damage redox-based post-translational modification of protein(redox ptm) precision redox 5R principle antioxidation(antioxidants) aging; 分类号 Q28 [生物学—细胞生物学] Q255 [生物学—细胞生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名蛋白质修饰组学在肉品质研究中的应用被引量：1: 3; 作者蒲强罗嘉沈林園李学伟张顺华朱砺; 机构四川农业大学动物科技学院; 出处《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期327-335,共9页; 基金四川省科技支撑计划项目(编号:2013NZ0041) 国家科技支撑计划项目(编号:2013BAD20B07) 教育部长江学者和创新团队发展计划(编号:IRT13083)资助; 文摘蛋白质翻译后修饰(Post-translational modifications,PTMs)在生命体中具有十分重要的作用。生命有机体中常见的PTMs有磷酸化、酰化、糖基化、泛素化、乙酰化、氧化和甲基化等。文章主要介绍了蛋白质组学在肉制品科学方面的应用、PTMs的主要内容以及分析蛋白修饰特性常见技术的发展,总结了PTMs对肌肉生理特性的影响和蛋白质组学方法在肉质蛋白质修饰研究中的重要性及前景,讨论了利用蛋白质修饰组学技术研究肌肉熟化过程中品质特性变化的特点。; 关键词蛋白质组学肌肉翻译后修饰肉质 post-translational modifications (ptms); Keywords proteomics muscle meat quality; 分类号 S852.23 [农业科学—基础兽医学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名蛋白质组学及蛋白质翻译后修饰在畜牧领域中的应用研究进展被引量：10: 4; 作者王欣悦张莉; 机构中国农业科学院北京畜牧兽医研究所; 出处《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第4期1063-1073,共11页; 基金国家自然基金联合基金重点支持项目"绵羊骨骼肌纤维形成的生物学特征与分子机制研究"(U1503285) 中国农业科学院基本科研业务费重大项目储备计划"肉用绵羊基因组学育种技术优化与应用"(Y2017XM02); 文摘蛋白质组学是一门全方位研究生命结构功能、生理功能及生命活动规律的新兴学科,已成为后基因组时代研究的重要内容,在很多领域得到广泛关注,同时为畜牧科学的发展与创新提供了全新的研究思路和技术手段。目前,蛋白质组学在畜禽生长发育、繁殖、营养、疾病、肉质等方面均有涉及,并通过各种研究手段发掘出一批与畜禽重要经济性状相关的蛋白质,对生产有重要的理论指导意义。蛋白质翻译后修饰(post-translation modifications,PTMs)作为蛋白质组学研究的一个重要分支,在增加蛋白质多样性和进行复杂生理学调控过程中发挥着重要的作用,能更好地揭示生命现象的本质与规律。作者对蛋白质组学及PTMs在畜牧领域中的应用研究进展进行了综述。; 关键词蛋白质组学畜牧蛋白质翻译后修饰(ptms); Keywords proteomics animal husbandry protein post-translation modification(ptms); 分类号 Q816 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名酪氨酰蛋白磺基转移酶与植物蛋白质硫酸化修饰被引量：1: 5; 作者何鑫玺钟英丽谢吉勇; 机构湖南农业大学生物科学技术学院; 出处《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期473-480,共8页; 基金湖南省教育厅科学研究开放平台项目(No.15K059) 湖南省研究生科研创新项目(No.CX2017B387)资助~~; 文摘蛋白质硫酸化是一种翻译后修饰,该修饰使分泌蛋白或膜蛋白具有成熟的生物学功能,在植物的生长发育中发挥重要的作用。催化这一修饰的酶是酪氨酰蛋白磺基转移酶(tyrosylprotein sulfotransferase,TPST),它将底物3'-磷酸腺苷-5'磷酰硫酸(PAPS)的磺酸基团转移到蛋白质的酪氨酸残基上。近年来,随着植物中TPST的克隆,已有3个家族的植物多肽被发现存在硫酸化修饰。本文综述了植物TPST的生化特性与功能,介绍了植物TPST的3个底物多肽家族及其参与的分子信号途径。; 关键词翻译后修饰酪氨酰蛋白磺基转移酶蛋白质硫酸化底物; Keywords post-translational modification （ ptm ） tyrosylprotein sulfotransferase （TPST） protein sulfation substrate; 分类号 R34 [医药卫生—基础医学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名组蛋白乙酰基转移酶1在肝癌细胞中介导的蛋白质乙酰化修饰谱分析: 6; 作者袁红凤贠昊林赵丽娜杨光袁颖耿俞冯恋雲王宇飞张晓东; 机构南开大学生命科学学院肿瘤研究室天津医科大学肿瘤医院肿瘤研究所胃肠肿瘤生物学研究室; 出处《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期475-486,共12页; 基金国家自然科学基金(No.31670769)资助。; 文摘赖氨酸乙酰化是重要的蛋白质翻译后修饰之一,广泛存在于细胞的生理和病理过程。组蛋白乙酰基转移酶1(HAT1)作为第一个被鉴定的蛋白ε-氨基赖氨酸乙酰基转移酶,具有介导组蛋白和非组蛋白乙酰化的作用。然而,在肝癌细胞中HAT1介导的乙酰化蛋白质及其修饰位点目前仍不清楚。本研究首先揭示了HAT1在肝癌组织中呈高表达,并且与预后呈负相关。在建立HAT1敲除HepG2肝癌细胞系的基础上,应用乙酰化修饰蛋白质组学,对肝癌细胞的蛋白质乙酰化修饰谱进行了鉴定和分析,结果鉴定出HepG2肝癌细胞中547种蛋白质上的858个乙酰化修饰位点,发现HAT1影响了68种蛋白质上74个位点的赖氨酸乙酰化修饰。生物信息学分析确定了HAT1修饰的底物蛋白质与多种信号通路有关,涉及疾病发生过程、RNA生物学、剪接体和核小体组装、氧化应激、各种信号通路以及代谢途径等。我们进一步验证了HAT1介导的蛋白质乙酰化修饰能够促进肝癌细胞的异常脂代谢。应用CCK8、克隆形成和Edu细胞增殖检测等方法证实,HAT1对肝癌细胞的增殖具有明显的促进作用。为此,本研究揭示的肝癌细胞中HAT1介导的蛋白质乙酰化修饰位点,对进一步阐明肝癌发病的分子机制具有重要的理论意义,并为开发抗肝癌药物提供了精准的靶标。; 关键词组蛋白乙酰基转移酶1 肝癌赖氨酸乙酰化蛋白质翻译后修饰脂代谢; Keywords histone acetyltransferase 1(HAT1) liver cancer lysine acetylation modification protein post-translational modifications(ptm) lipid metabolism; 分类号 R73 [医药卫生—肿瘤]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	iKcr-RG:基于ResNet和BiGRU的双分支策略预测非组蛋白质赖氨酸酰化位点	程航段燕北魏欣	《中国生物化学与分子生物学报》北大核心	2025	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	三个对“氧化应激”的重新认识	陈畅	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2024	2	在线阅读下载PDF 职称材料
3	蛋白质修饰组学在肉品质研究中的应用	蒲强罗嘉沈林園李学伟张顺华朱砺	《遗传》 CAS CSCD 北大核心	2015	1	在线阅读下载PDF 职称材料
4	蛋白质组学及蛋白质翻译后修饰在畜牧领域中的应用研究进展	王欣悦张莉	《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心	2019	10	在线阅读下载PDF 职称材料
5	酪氨酰蛋白磺基转移酶与植物蛋白质硫酸化修饰	何鑫玺钟英丽谢吉勇	《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心	2018	1	在线阅读下载PDF 职称材料
6	组蛋白乙酰基转移酶1在肝癌细胞中介导的蛋白质乙酰化修饰谱分析	袁红凤贠昊林赵丽娜杨光袁颖耿俞冯恋雲王宇飞张晓东	《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心	2021	0	在线阅读下载PDF 职称材料