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蛋白质折叠的统计热力学基础——非共价作用的统计热力学原理
被引量：
5
1
作者
孙卫涛
《力学进展》
EI
CSCD
北大核心
2011年第4期427-446,共20页
蛋白质折叠是一个复杂的物理、化学和生物过程,涉及热力学、统计力学、高分子动力学等多个领域的相关知识,单独从宏观或微观角度出发,试图建立蛋白折叠物理模型,都面临着巨大的困难.统计热力学方法是研究蛋白质分子运动规律的重要途径,...
蛋白质折叠是一个复杂的物理、化学和生物过程,涉及热力学、统计力学、高分子动力学等多个领域的相关知识,单独从宏观或微观角度出发,试图建立蛋白折叠物理模型,都面临着巨大的困难.统计热力学方法是研究蛋白质分子运动规律的重要途径,本文从溶液环境下蛋白质折叠的非共价作用出发,介绍了疏水作用、氢键、静电力和范德华力的统计热力学机理,并探讨了这些作用力对蛋白质结构稳定性的影响.通过深入理解微观结构相互作用与系统熵、焓、自由能之间关系,有助于我们发展蛋白质折叠的统计热力学理论,进而为蛋白质结构宏观热力学研究提供重要的微观统计力学机理.
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关键词
蛋白质折叠
自由能
统计热力学
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职称材料
蛋白质与极性配体复合物的绝对结合自由能计算
2
作者
王存新
宋伟
陈慰祖
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2003年第1期143-146,共4页
介绍了用分子动力学模拟与热力学积分法相结合 ,模拟蛋白质与配体的绝对结合自由能的方法 .通过分子转换法 ,使蛋白质分子 (包括水分子 )与配体小分子之间的相互作用逐渐减弱 (或增强 )至完全消失 (或完全出现 ) .运用体约束方法 ,计算...
介绍了用分子动力学模拟与热力学积分法相结合 ,模拟蛋白质与配体的绝对结合自由能的方法 .通过分子转换法 ,使蛋白质分子 (包括水分子 )与配体小分子之间的相互作用逐渐减弱 (或增强 )至完全消失 (或完全出现 ) .运用体约束方法 ,计算了配体与受体结合后平动、转动自由度的丧失即熵效应所引起的自由能变化 .以胰蛋白酶双突变体 (D189G/G2 2 6D)与极性配体苯甲脒为例 ,研究了蛋白质活性部位与极性配体的相互作用对结合自由能的影响 ,该复合物绝对结合自由能的模拟结果 (- 15 5kJ/mol)与实验值 (- 10 5kJ/mol)相近 .
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关键词
蛋白质
极性配体复合物
绝对结合自由能
热力学积分法
分子转换法
计算
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职称材料
题名
蛋白质折叠的统计热力学基础——非共价作用的统计热力学原理
被引量：
5
1
作者
孙卫涛
机构
清华大学周培源应用数学研究中心
出处
《力学进展》
EI
CSCD
北大核心
2011年第4期427-446,共20页
基金
清华大学自主科研计划(20101081751)
林家翘专项捐款资助~~
文摘
蛋白质折叠是一个复杂的物理、化学和生物过程,涉及热力学、统计力学、高分子动力学等多个领域的相关知识,单独从宏观或微观角度出发,试图建立蛋白折叠物理模型,都面临着巨大的困难.统计热力学方法是研究蛋白质分子运动规律的重要途径,本文从溶液环境下蛋白质折叠的非共价作用出发,介绍了疏水作用、氢键、静电力和范德华力的统计热力学机理,并探讨了这些作用力对蛋白质结构稳定性的影响.通过深入理解微观结构相互作用与系统熵、焓、自由能之间关系,有助于我们发展蛋白质折叠的统计热力学理论,进而为蛋白质结构宏观热力学研究提供重要的微观统计力学机理.
关键词
蛋白质折叠
自由能
统计热力学
Keywords
protein folding
,
free energy
,
statistical thermodynamics
分类号
O642.1 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
蛋白质与极性配体复合物的绝对结合自由能计算
2
作者
王存新
宋伟
陈慰祖
机构
北京工业大学生命科学与生物工程研究院
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2003年第1期143-146,共4页
基金
国家自然科学基金 ( 2 9992 5 90 2
30 170 2 30
+1 种基金
10 1740 0 5 )
北京市自然科学基金 ( 5 0 32 0 0 2 )资助项目 .~~
文摘
介绍了用分子动力学模拟与热力学积分法相结合 ,模拟蛋白质与配体的绝对结合自由能的方法 .通过分子转换法 ,使蛋白质分子 (包括水分子 )与配体小分子之间的相互作用逐渐减弱 (或增强 )至完全消失 (或完全出现 ) .运用体约束方法 ,计算了配体与受体结合后平动、转动自由度的丧失即熵效应所引起的自由能变化 .以胰蛋白酶双突变体 (D189G/G2 2 6D)与极性配体苯甲脒为例 ,研究了蛋白质活性部位与极性配体的相互作用对结合自由能的影响 ,该复合物绝对结合自由能的模拟结果 (- 15 5kJ/mol)与实验值 (- 10 5kJ/mol)相近 .
关键词
蛋白质
极性配体复合物
绝对结合自由能
热力学积分法
分子转换法
计算
Keywords
molecular transformation method
thermodynamic integration method
protein
-ligand complex
binding
free energy
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
Q61 [生物学—生物物理学]
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职称材料
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作者
出处
发文年
被引量
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1
蛋白质折叠的统计热力学基础——非共价作用的统计热力学原理
孙卫涛
《力学进展》
EI
CSCD
北大核心
2011
5
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职称材料
2
蛋白质与极性配体复合物的绝对结合自由能计算
王存新
宋伟
陈慰祖
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2003
0
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职称材料
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参考文献
引证文献
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