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严重急性呼吸综合征冠状病毒2膜蛋白对宿主细胞pre-mRNA 3'UTR加工的影响 被引量:1
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作者 欧阳歆 曾先燕 +7 位作者 谷斌 娄哲琦 黄进 谭正宗 于倩 车雨 钱昱舟 朱勇 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2022年第10期1866-1873,共8页
目的研究严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)膜蛋白对宿主细胞mRNA前体(pre-mRNA)3’非翻译区(UTR)加工的影响。方法本研究以人肺上皮细胞系A549为模型,利用瞬时转染在细胞内过表达SARS-CoV-2膜蛋白;利用RNA-Seq测序技术及生物信... 目的研究严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)膜蛋白对宿主细胞mRNA前体(pre-mRNA)3’非翻译区(UTR)加工的影响。方法本研究以人肺上皮细胞系A549为模型,利用瞬时转染在细胞内过表达SARS-CoV-2膜蛋白;利用RNA-Seq测序技术及生物信息学分析方法,系统性描绘宿主细胞选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)事件;Metascape数据库对发生显著APA变化的基因进行功能富集分析;RT-qPCR验证靶基因3’UTR长度变化;蛋白质免疫印迹(Western blot)检测目的蛋白表达水平。结果SARS-CoV-2膜蛋白外源表达后宿主细胞内共813个基因发生显著APA变化。GO和KEGG分析显示,差异APA基因广泛参与有丝分裂细胞周期、调节细胞应激等生物过程,涉及病毒感染和蛋白质加工等。从中进一步筛选出AKT1基因,在IGV软件中显示3’UTR延长;RT-qPCR验证AKT1基因的3’UTR长度变化趋势;Western blot结果显示AKT1蛋白磷酸化水平增加。结论SARS-CoV-2膜蛋白潜在影响宿主pre-mRNA的3’UTR加工,其中参与多种病毒性生物过程的AKT1基因3’UTR延长,且其编码的蛋白质功能在细胞内被激活。 展开更多
关键词 严重急性呼吸综合征冠状病毒2膜蛋白 选择性多聚腺苷酸化 pre-mrna 3’非翻译区
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Cyclin L2, a novel RNA polymerase Ⅱ-associated cyclin, is involved in pre-mRNA splicing and induces apoptosis of human hepatocellular carcinoma cells
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作者 YangL LiN WangC YuY YuanL ZhangM CaoX 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第7期801-801,共1页
We report the cloning and functional characterization of human cyclin L2, a novel member of the cyclin family. Human cyclin L2 shares significant homology to cyclin L1, K, T1, T2, and C, which are involved in transcri... We report the cloning and functional characterization of human cyclin L2, a novel member of the cyclin family. Human cyclin L2 shares significant homology to cyclin L1, K, T1, T2, and C, which are involved in transcriptional regulation via phosphorylation of the C-terminal domain of RNA polymerase Ⅱ. The cyclin L2 protein contains an N-terminal "cyclin box" and C-terminal dipeptide repeats of alternating arginines and serines, a hallmark of the SR family of splicing factors. A new isoform and the mouse homologue of human cyclin L2 have also been cloned in this study. Human cyclin L2 is expressed ubiquitously in normal human tissues and tumor cells. We show here that cyclin L2 co-localizes with splicing factors SC-35 and 9G8 within nuclear speckles and that it associates with hyperphosphorylated, but not hypophosphorylated, RNA polymerase Ⅱ and CDK p110 PITSLRE kinase via its N-terminal cyclin domains. It can also associate with the SC-35 and 9G8 through its RS repeat region. Recombinant cyclin L2 protein can stimulate in vitro mRNA splicing. Overexpression of human cyclin L2 suppresses the growth of human hepatocellular carcinoma SMMC 7721 cells both in vitro and in vivo, inducing cellular apoptosis. This process involves up-regulation of p53 and Bax and decreased expression of Bcl-2. The data suggest that cyclin L2 represents a new member of the cyclin family, which might regulate the transcription and RNA processing of certain apoptosis-related factors, resulting in tumor cell growth inhibition and apoptosis. 展开更多
关键词 mRNA associated cyclin is involved in pre-mrna splicing and induces apoptosis of human hepatocellular carcinoma cells Cyclin L2
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大豆干旱胁迫下miRNA与mRNA荧光定量PCR内参基因的筛选 被引量:15
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作者 刘伟灿 王骐 +10 位作者 周永刚 邓宇 赵利旦 王兴超 靳京 董园园 王南 王法微 陈欢 李晓薇 李海燕 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2016年第2期61-67,共7页
【目的】通过分析大豆中候选内参基因的稳定性,筛选大豆干旱胁迫处理条件下适合成熟miRNA、前体miRNA及靶基因mRNA荧光定量PCR的内参基因。【方法】以干旱胁迫处理后的大豆根和叶片为材料,选择了5个成熟miRNAs和5个传统的看家基因作为... 【目的】通过分析大豆中候选内参基因的稳定性,筛选大豆干旱胁迫处理条件下适合成熟miRNA、前体miRNA及靶基因mRNA荧光定量PCR的内参基因。【方法】以干旱胁迫处理后的大豆根和叶片为材料,选择了5个成熟miRNAs和5个传统的看家基因作为候选内参基因,利用GeNorm和NormFinder程序对10个候选内参基因的稳定性进行评价。【结果】在干旱胁迫下,大豆根、叶片中,成熟miRNA定量最合适的单个内参基因分别为miR156a、miR167a,最合适的内参基因组合分别为miR1520d与miR156a、miR1520d与miR167a。前体miRNA和靶基因mRNA定量最合适的单个内参基因分别为Fbox、Act11,最合适的内参基因组合分别为Act11与Fbox、Act11与EF1A。【结论】筛选出大豆干旱胁迫条件下成熟miRNA、前体miRNA及其对应靶基因mRNA的荧光定量PCR的内参基因,最稳定内参基因数目为2个。 展开更多
关键词 大豆 干旱胁迫 荧光定量PCR 内参基因 成熟miRNA 前体miRNA 靶基因mRNA
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前体mRNA剪接蛋白Tra2β1的抗体制备及鉴定 被引量:1
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作者 陈献华 李静 +2 位作者 孙凯华 林万敏 徐平 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期190-194,共5页
Tra2 β1是Tra2 β前体mRNA剪接调节蛋白家族中的一个组织分布最广、表达量最多的成员 ,它在选择性前体mRNA剪接中有调节功能 ,而在基础性剪接中不是必需的 .为便于对该蛋白功能的进一步研究 ,需要制备能特异地检测Tra2 β1蛋白的抗体 ... Tra2 β1是Tra2 β前体mRNA剪接调节蛋白家族中的一个组织分布最广、表达量最多的成员 ,它在选择性前体mRNA剪接中有调节功能 ,而在基础性剪接中不是必需的 .为便于对该蛋白功能的进一步研究 ,需要制备能特异地检测Tra2 β1蛋白的抗体 .选择包含Tra2 β1的N端 12个氨基酸的特异编码序列的Tra2 β2全长编码序列 (共 117个核苷酸 ) ,将其克隆至pGEX 3X表达载体形成GST融合基因 ,并以诱导表达和纯化的该融合蛋白为抗原免疫新西兰兔 ,获得了相应的抗体 .Western印迹和免疫细胞化学分析结果显示 ,获得的抗体能特异地检测Tra2 展开更多
关键词 前体mRNA剪接蛋白 Tra2β1 抗体 制备 鉴定 融合蛋白 免疫细胞化学 SR相关蛋白
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电子细胞模型Analog-Cell中前体mRNA剪接过程的模拟与研究 被引量:1
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作者 欧阳丹彤 王珏 +1 位作者 韩霄松 卢欣华 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2012年第9期2273-2284,共12页
真核细胞前体mRNA的剪接加工包含内含子剪切和外显子拼接两个过程,是真核细胞基因表达过程中的一个重要环节.针对这一环节,提出了一种模拟真核细胞前体mRNA内含子剪切及其选择性剪接的算法,并在自主研发的电子细胞模型Analog-Cell中实... 真核细胞前体mRNA的剪接加工包含内含子剪切和外显子拼接两个过程,是真核细胞基因表达过程中的一个重要环节.针对这一环节,提出了一种模拟真核细胞前体mRNA内含子剪切及其选择性剪接的算法,并在自主研发的电子细胞模型Analog-Cell中实现了该算法,且获得了符合生物学原理的模拟结果.模拟结果表明,该算法可使剪接体高效、准确地模拟内含子的剪接过程,并形成套索结构,同时有选择地将外显子片段拼接起来,最终形成成熟的mRNA. 展开更多
关键词 电子细胞 Analog-Cell 选择性剪接 前体mRNA的剪接
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非编码RNA与RNA组学研究现状及发展态势 被引量:1
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作者 冷方伟 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1051-1053,共3页
人类基因组计划的完成(2001年)宣告了后基因组时代的到来,也掀起新一轮的RNA研究热潮.作为后基因组时代的科学前沿,RNA组学近年来成为生命科学领域的研究热点,各种新型ncRNA的发现,让人们对遗传信息表达调控网络有了新的认识.结合RNA领... 人类基因组计划的完成(2001年)宣告了后基因组时代的到来,也掀起新一轮的RNA研究热潮.作为后基因组时代的科学前沿,RNA组学近年来成为生命科学领域的研究热点,各种新型ncRNA的发现,让人们对遗传信息表达调控网络有了新的认识.结合RNA领域的最新研究进展,《中国科学C辑:生命科学》(Science in China Series C-Life Sciences)2009年第3期的8篇述评,从动植物小分子非编码RNA、miRNA与细胞分化发育、miRNA与肿瘤发生及诊断治疗的靶点、核酶的结构与功能、遗传印记起源、miRNA基因簇的进化等多个方面进行了综述,展现了ncRNA领域的研究现状和发展前景. 展开更多
关键词 NCRNA RNA组学 miRNA RNAI 核酶 TRNA mRNA剪接
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17S U2 snRNP中不可或缺的剪接因子SF3a的研究进展 被引量:1
7
作者 林婵婵 《安徽农业科学》 CAS 2013年第15期6604-6607,6676,共5页
剪接体由snRNPs(small nuclear ribonucleoprotein particles)和非snRNPs蛋白质组成,能通过剪接作用对内含子进行精确切除,形成成熟有活性的mRNA。SF3a是哺乳动物U2型主要剪接体中不可或缺的成分,参与形成有活性的17S U2 snRNP,由SF3a60... 剪接体由snRNPs(small nuclear ribonucleoprotein particles)和非snRNPs蛋白质组成,能通过剪接作用对内含子进行精确切除,形成成熟有活性的mRNA。SF3a是哺乳动物U2型主要剪接体中不可或缺的成分,参与形成有活性的17S U2 snRNP,由SF3a60、SF3a66、SF3a120构成。SF3a120与SF3a60和SF3a66互作,但SF3a60与SF3a66并不互作。文中对17U2 snRNP中的剪接因子SF3a的研究进展进行了阐述,证明了SF3a对于细胞的形态、分化、正常的生长发育具有重要作用。 展开更多
关键词 RNA剪接 剪接因子 SF3a pre-mrna
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前体mRNA剪接蛋白Tra2α特异抗体的制备和鉴定
8
作者 陈献华 林万敏 +3 位作者 孙凯华 黄嘉 汪凌 徐平 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第10期682-686,共5页
目的 :制备用于检测人胚胎组织Tra2α蛋白的特异抗体。方法 :选择Tra2α中特有的一段编码序列 (第 5 2~ 16 5位核苷酸 ) ,通过克隆至pGEX 3x表达载体形成GST融合基因 ,并以诱导表达和纯化的该融合蛋白为抗原免疫新西兰兔 ,获得了抗Tra... 目的 :制备用于检测人胚胎组织Tra2α蛋白的特异抗体。方法 :选择Tra2α中特有的一段编码序列 (第 5 2~ 16 5位核苷酸 ) ,通过克隆至pGEX 3x表达载体形成GST融合基因 ,并以诱导表达和纯化的该融合蛋白为抗原免疫新西兰兔 ,获得了抗Tra2α的血清。结果 :免疫印迹 (Westernblot)检测结果显示 ,该血清能特异地与人胎脑组织中的Tra2α蛋白结合。免疫组织化学结果显示 ,该血清能用于人胎脑组织中Tra2α蛋白分布的检测。结论 :所制备的抗血清具有很好的特异性 ,可用于人胚胎组织中Tra2α蛋白的检测。 展开更多
关键词 制备 鉴定 Tra2α 前体mRNA剪接蛋白 特异性抗原片段 抗体
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SRp38基因在小鼠视网膜细胞中的表达以及对GluR-B小基因可变剪接的调控
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作者 彭正羽 李淑贞 +1 位作者 张薇 陈献华 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第7期772-777,共6页
SR蛋白在前体mRNA可变剪接调控中发挥重要作用.SRp38作为一种新近发现的具有神经及生殖组织特异性的SR蛋白,能够调控一些在神经组织中起重要作用的基因(如GluR-B,Trk-C,NCAML1等)的前体mRNA可变剪接,同时还可以在有丝分裂M期及热休克时... SR蛋白在前体mRNA可变剪接调控中发挥重要作用.SRp38作为一种新近发现的具有神经及生殖组织特异性的SR蛋白,能够调控一些在神经组织中起重要作用的基因(如GluR-B,Trk-C,NCAML1等)的前体mRNA可变剪接,同时还可以在有丝分裂M期及热休克时抑制前体mRNA剪接的发生.利用Western blot以及免疫组织化学方法研究了SRp38蛋白在小鼠视网膜中的表达以及分布情况,结果显示,SRp38蛋白在视网膜中的表达具有区域特异性,在外网层、内核层、内网层以及节细胞层中均有表达,而在外核层无表达.对分离培养的小鼠视网膜细胞进行免疫双标记分析的结果表明,SRp38蛋白在视杆-双极细胞的胞体、轴突、树突中表达.通过瞬时共转染以及RT-PCR分析,发现在R28细胞中,SRp38过表达可以促进GluR-B小基因Flip亚型的剪接.结果提示SRp38蛋白可能通过调控小鼠视网膜内前体mRNA可变剪接、进而在小鼠视网膜功能中发挥重要作用. 展开更多
关键词 SRp38 前体mRNA可变剪接 视网膜 双极细胞 GluR-B小基因
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神经胶质瘤中前体mRNA可变剪接研究进展
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作者 彭正羽 张薇 +1 位作者 陈献华 徐平 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第10期1025-1032,共8页
胶质瘤是最常见的脑肿瘤,前体mRNA可变剪接可能在不同类型胶质瘤的发生、恶化以及侵入中发挥作用.参与调控胶质瘤中前体mRNA可变剪接的因素包括顺式元件如内含子剪接抑制序列(ISS)、外显子剪接抑制序列(ESS)等,反式因子包括SRp55、SC35... 胶质瘤是最常见的脑肿瘤,前体mRNA可变剪接可能在不同类型胶质瘤的发生、恶化以及侵入中发挥作用.参与调控胶质瘤中前体mRNA可变剪接的因素包括顺式元件如内含子剪接抑制序列(ISS)、外显子剪接抑制序列(ESS)等,反式因子包括SRp55、SC35、SF2/ASF、PTB等剪接调节因子.近期的研究进展发现,有多种与胶质瘤相关的基因受到可变剪接的调控,包括肿瘤抑制因子、肿瘤促进因子、酶、受体、离子通道等.因此,研究胶质瘤中的前体mRNA可变剪接将有利于深入了解胶质瘤发生的分子机制、有利于为胶质瘤的早期诊断和治疗提供新的潜在靶点. 展开更多
关键词 胶质瘤 前体MRNA 可变剪接 顺式元件 反式因子
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mRNA成熟调控因子NUDT21对K562细胞转录本选择性剪接的影响
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作者 张岚 张伟华 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期1504-1509,共6页
目的:研究mRNA前体3′端剪接调控因子NUDT21对白血病K562细胞转录本选择性剪接的影响。方法:以白血病K562细胞为研究对象,通过慢病毒敲减Nudix水解酶21(Nudix hydrolase 21,NUDT21)后,应用转录组测序RNA-Seq方法明确干扰前、后转录本的... 目的:研究mRNA前体3′端剪接调控因子NUDT21对白血病K562细胞转录本选择性剪接的影响。方法:以白血病K562细胞为研究对象,通过慢病毒敲减Nudix水解酶21(Nudix hydrolase 21,NUDT21)后,应用转录组测序RNA-Seq方法明确干扰前、后转录本的表达水平。生物信息学方法分析差异表达基因及可变剪接的变化,并用qPCR验证。结果:NUDT21敲减后K562细胞基因差异表达表现:上调5196条,下调3917条;转录本差异表达表现:上调22200条,下调19728条。通过GO和KEGG分析,NUDT21敲减后表达显著差异的转录本主要与细胞粘附分化、造血细胞系及自身免疫等过程相关。差异显著的选择性剪接共有436个,主要涉及细胞增殖、代谢等多个生物学过程的调控。ERBB2、MAPK激酶MKNK2、G蛋白偶联受体GRK6、真核细胞翻译延伸因子EEF1B2、细胞周期蛋白CCNL2、有丝分裂检查点蛋白BUB3等出现m RNA前体3′端的剪接改变。其中ERBB2mRNA变体1的表达减少,变体4的表达增多。结论:NUDT21通过包括mRNA前体3′端可变剪接在内的多种调控方式从较高层面影响细胞的生物学功能。 展开更多
关键词 NUDT21 3′端可变剪接 有选择的多聚腺苷化 MRNA前体 白血病
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NCAM L1小基因模型的建立及其剪接模式研究
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作者 张薇 沈权 彭正羽 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期427-431,共5页
目的:建立可用于前体mRNA可变剪接分析的NCAM L1小基因模型。方法:以人基因组DNA为模板,通过PCR扩增获得NCAM L1小基因片段,并将其克隆至真核表达载体中,构建小基因的质粒。在此基础上,用NCAM L1小基因模型转染HeLa、COS-1、PFSK及R28细... 目的:建立可用于前体mRNA可变剪接分析的NCAM L1小基因模型。方法:以人基因组DNA为模板,通过PCR扩增获得NCAM L1小基因片段,并将其克隆至真核表达载体中,构建小基因的质粒。在此基础上,用NCAM L1小基因模型转染HeLa、COS-1、PFSK及R28细胞,并用RT-PCR进行被剪接的小基因产物的半定量检测。结果:NCAM L1小基因在4种细胞中的剪接模式不同,在PFSK以及Hela细胞中,存在2种剪接亚型,而在COS-1以及R28细胞中只有一种剪接亚型存在。结论:所构建的NCAM L1小基因可用于细胞水平的基因剪接分析。 展开更多
关键词 Hela细胞 质粒 遗传载体 剪接体 NCAML1 小基因 前体MRNA 可变剪接
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UBL5基因的结构与功能研究 被引量:2
13
作者 商书交 周燕 +2 位作者 娄兴亮 高述民 范春霞 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期172-176,共5页
几乎每个真核生物都有UBL5的同源基因。UBL5蛋白在单泛素化H2B、mRNA前体剪接、细胞周期调控、能量代谢以及抗压等方面起着重要的作用。UBL5是近几年发现的一种新类型的类泛素蛋白(UBL),它与泛素及类泛素的三维结构相似,只是C末端的双... 几乎每个真核生物都有UBL5的同源基因。UBL5蛋白在单泛素化H2B、mRNA前体剪接、细胞周期调控、能量代谢以及抗压等方面起着重要的作用。UBL5是近几年发现的一种新类型的类泛素蛋白(UBL),它与泛素及类泛素的三维结构相似,只是C末端的双酪氨酸取代了保守的双甘氨酸。在参考了相关文献资料的基础上,结合本实验室在文冠果UBL5基因克隆及功能鉴定方面所做的初步研究工作,对UBL5基因的克隆、蛋白结构、功能等方面进行了综述。 展开更多
关键词 UBL5 H2B泛素化 mRNA前体剪接 细胞周期
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核前体mRNA的剪接与视网膜色素变性 被引量:3
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作者 赵晨 郝朋 赵堪兴 《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期769-773,共5页
视网膜色素变性(RP)是一组常见的遗传性视网膜变性疾病,具有高度的遗传异质性。在超过40个不同种类的RP致病基因中包括一部分全身广泛表达的基因,最具代表性的为5个核前体mRNA(pre—mRNA)的剪接相关基因。在RP基因的最新研究中,... 视网膜色素变性(RP)是一组常见的遗传性视网膜变性疾病,具有高度的遗传异质性。在超过40个不同种类的RP致病基因中包括一部分全身广泛表达的基因,最具代表性的为5个核前体mRNA(pre—mRNA)的剪接相关基因。在RP基因的最新研究中,人们认识到核前体mRNA剪切缺陷在常染色体显性遗传RP(adRP)病因学中占有非常重要地位,同时也使人们对核前体mRNA剪切这一基本的生物学过程有了更清楚的认识。目前,人们在此领域的研究主要集中在两个方面:(1)adRP相关的核前体mRNA剪切基因(adRP-剪接因子)突变如何影响核前体mRNA剪切功能。(2)这些全身表达的基因变异为何特异性地引起视网膜病变。这两个研究主题也恰恰吻合了此类疾病发病机制中的前后两个重要环节。近年来,人们已经在第一个研究主题中取得了显著的进步,第5个adRP-剪接因子SNRNP200基因的克隆及其相关功能研究是此研究方向的重要进步之一。在第二个研究主题中人们也进行了大量的工作,各种生物模型的建立使得人们对疾病的病理过程有了更清晰的描述,然而在关键的发病机制问题上依然面临着许多令人迷惑的问题。总结adRP-剪接因子的最新研究成果,重点阐述核前体mRNA的剪接缺陷引发RP的分子机制研究中亟待解决的问题。 展开更多
关键词 视网膜色素变性 核前体mRNA 剪切复合体 U4/U6-U5三聚体小细胞核单核苷酸多肽性 SNRNP200基因
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Brr2解旋U4/U6 SnRNAs的调控机制 被引量:1
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作者 仇燕 付育 李俊英 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期378-385,共8页
前体mRNA(precursor messager RNA,pre-mRNA)剪接是去除内含子和将外显子彼此连接形成成熟mRNA的过程。剪接过程在一个呈动态变化的大核糖核蛋白(ribonucleoprotein, RNP)复合体,即剪接体催化作用下完成。DExD/H-box RNA解旋酶在剪接体... 前体mRNA(precursor messager RNA,pre-mRNA)剪接是去除内含子和将外显子彼此连接形成成熟mRNA的过程。剪接过程在一个呈动态变化的大核糖核蛋白(ribonucleoprotein, RNP)复合体,即剪接体催化作用下完成。DExD/H-box RNA解旋酶在剪接体组装、激活及解聚过程中都发挥着重要作用。Brr2(bad response to refrigeration 2)这种DExD/H-box RNA解旋酶是构成U5稳定的亚单位。Brr2含有两个串联解旋酶盒结构,在剪接体激活中负责U4/U6的解旋,还参与剪接体催化及解聚过程,因此Brr2在剪接过程中必需具备严格的调控机制。在剪接过程中,Prp8的C端包含两个连续的RNase H域和Jab1/MPN域,能够正负调控Brr2活性。Snu114在调节Brr2活性中具有非常重要的作用。此外,Brr2通过C端解旋酶盒(C-terminal cassette, CC)与N末端域(N-terminal region)进行分子内的自我活性调节。本文综述了近年来在Brr2的分子间和分子内活性调节机制的研究进展,这些不同的调节机制协同作用才确保真核生物pre-mRNA可变剪接的保真性。 展开更多
关键词 前体MRNA 剪接体 RNA解旋酶 活性调节
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