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3种溺死相关浮游生物检验方法用于诊断溺死的比较
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作者 张晓峰 苏秦 +6 位作者 陈晓晖 吴伟斌 郑冬云 赵建 陈玲 徐曲毅 刘超 《法医学杂志》 北大核心 2025年第3期244-251,共8页
目的比较浮游生物多重聚合酶链反应-毛细管电泳检测法(polymerase chain reaction-capillary electrophoresis,PCR-CE)、SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR法(real-time quantitative PCR,qPCR)及微波消解-真空抽滤-自动扫描电子显微镜法(mic... 目的比较浮游生物多重聚合酶链反应-毛细管电泳检测法(polymerase chain reaction-capillary electrophoresis,PCR-CE)、SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR法(real-time quantitative PCR,qPCR)及微波消解-真空抽滤-自动扫描电子显微镜法(microwave digestion-vacuum filtration-automated scanning electron microscopy,MD-VF-Auto SEM)在溺死诊断中的应用效果。方法采用3种溺死相关浮游生物检验方法对212例溺死尸体及30例非溺死尸体的肺、肝、肾组织进行检验,比较3种方法在各组织中浮游生物的检出率。结果对于溺死尸体,PCR-CE法、qPCR法、MD-VF-Auto SEM法在溺死组尸体中的总检出率分别为93.9%、96.2%、95.3%,三者间总检出率差异无统计学意义(P>0.05);MD-VF-Auto SEM法在肺组织中的检出率(100.0%)高于PCR-CE法及qPCR法(P<0.05),3种方法在肝、肾组织中的检出率差异无统计学意义(P>0.05)。对于非溺死尸体,仅MD-VF-Auto SEM法在部分肝、肾组织中检出少量硅藻(小于10个/10 g),其余两种方法检测结果均为阴性。结论3种方法对溺死尸体均有良好的检验效能。MD-VF-Auto SEM法通过扫描电镜直接观察硅藻的形态特征且定性定量分析直观准确,对疑难降解检材的检验具有较大优势。PCR-CE法和qPCR法检材需求量少(0.5 g)、操作简单、检测时间短(4~7 h),易于在基层推广,适用于水中尸体的快速溺死诊断。两种DNA方法与MD-VF-Auto SEM法相结合,可以提高浮游生物的检出率,确保检验结果的可靠性,联合使用在溺死诊断应用中具有重要意义。 展开更多
关键词 法医病理学 溺死 多重聚合酶链反应-毛细管电泳检测法 实时荧光定量PCR 微波消解-真空抽滤-自动扫描电子显微镜法 浮游生物
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IHC与PCR-CE法检测735例肿瘤微卫星不稳定性的一致性分析
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作者 郭颖 程亚林 +2 位作者 赵香宇 杨鑫鑫 孟宏学 《临床与实验病理学杂志》 北大核心 2025年第8期1050-1056,共7页
目的探讨免疫组织化学(immunohistochemistry,IHC)染色与聚合酶链反应-毛细管电泳法(polymerase chain reaction-capillary electrophoresis,PCR-CE)检测微卫星不稳定状态的一致性和可靠性。方法收集行活检或手术切除的735例实体瘤患者... 目的探讨免疫组织化学(immunohistochemistry,IHC)染色与聚合酶链反应-毛细管电泳法(polymerase chain reaction-capillary electrophoresis,PCR-CE)检测微卫星不稳定状态的一致性和可靠性。方法收集行活检或手术切除的735例实体瘤患者的临床资料,采用IHC和PCR-CE法对组织样本进行微卫星状态检测。结果在344例结直肠癌(colorectal carcinoma,CRC)中,IHC结果显示:290例(84.3%)错配修复功能正常(proficient mismatch repair,pMMR),54例(15.7%)错配修复功能缺失(deficient mismatch repair,dMMR);PCR-CE检测结果显示:53例(15.4%)患者高度微卫星不稳定(high microsatellite instability,MSI-H),291例(84.6%)患者微卫星稳定(microsatellite stability,MSS)。IHC和PCR-CE检测结果的一致性分析显示Kappa值为0.923(P<0.001)。在168例子宫内膜癌(endometrial carcinoma,EC)中,IHC结果显示:42例(25.0%)dMMR,126例(75.0%)pMMR;PCR-CE检测结果显示:39例(23.2%)为MSI-H,129例(76.8%)为MSS。两种方法检测结果一致性分析显示Kappa值为0.854(P<0.001)。在165例胃癌中,IHC结果显示:有22例(13.3%)dMMR,143例(86.7%)pMMR;PCR-CE检测结果显示:22例(13.3%)为MSI-H,143例(86.7%)为MSS/微卫星低度不稳定(low microsatellite instability,MSI-L)。IHC和PCR-CE检测结果的一致性分析显示Kappa值为0.843(P<0.001)。58例头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)中,IHC结果显示:有3例(5.2%)dMMR,55例(94.8%)pMMR;PCR-CE检测结果显示:有3例(5.2%)为MSI-H,55例(94.8%)为MSS。两种方法检测一致性分析显示Kappa值为1.000(P<0.001)。结论IHC和PCR-CE在检测CRC、EC、胃癌和HNSCC患者的MSI状态时具有较高的一致性和可靠性,联合两者应用有助于提高实体瘤患者MSI检测的准确率。 展开更多
关键词 微卫星不稳定性 免疫组织化学 聚合酶链反应-毛细管电泳法
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微小RNA-22-3p基因敲除小鼠的构建、繁育和基因鉴定
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作者 王安琪 张慧茹 +3 位作者 周园园 刘崇 陈义昭 涂佳杰 《安徽医科大学学报》 北大核心 2025年第6期1052-1058,共7页
目的采用CRISPR/Cas 9技术构建微小RNA-22-3p(miR-22)基因敲除(miR-22^(-/-))小鼠,繁育miR-22^(-/-)小鼠并鉴定其基因型。方法使用CRISPR/Cas 9技术,构建miR-22^(-/-)基因工程小鼠,基因鉴定F0代miR-22^(-/-)小鼠后,待其性成熟后与同窝... 目的采用CRISPR/Cas 9技术构建微小RNA-22-3p(miR-22)基因敲除(miR-22^(-/-))小鼠,繁育miR-22^(-/-)小鼠并鉴定其基因型。方法使用CRISPR/Cas 9技术,构建miR-22^(-/-)基因工程小鼠,基因鉴定F0代miR-22^(-/-)小鼠后,待其性成熟后与同窝野生型小鼠交配得F1代miR-22^(-/-)小鼠,通过实时荧光定量聚合酶联反应(qPCR)从RNA水平上分析miR-22敲除效率。蛋白质印迹法(Western blot)检测miR-22与靶基因的相互作用。结果利用CRISPR/Cas 9技术成功构建了miR-22^(-/-)小鼠,对繁育获得的小鼠进行了基因鉴定,鉴定出了miR-22^(+/+)、miR-22+/-、miR-22^(-/-)三种稳定的基因型。qPCR检测结果证实miR-22^(-/-)小鼠与同窝野生型小鼠比较,心、肝、肺、肾、脾、胸腺六种组织中几乎不表达miR-22。Western blot检测出miR-22^(-/-)小鼠组织中的NLRP3蛋白的相对表达量低于野生型小鼠。结论成功构建了miR-22^(-/-)小鼠模型,并得到稳定遗传的纯合miR-22^(-/-)小鼠。miR-22对下游靶基因NLRP3有抑制作用。 展开更多
关键词 miR-22 CRISPR/Cas 9 基因敲除 聚合酶链式反应 琼脂糖凝胶电泳 基因型鉴定 NLRP3
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TREM2基因敲除小鼠的构建、繁育和基因鉴定
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作者 黄蓉 赵鑫鑫 +3 位作者 薛慧 朱梦娟 涂佳杰 王鑫铭 《安徽医科大学学报》 北大核心 2025年第6期977-983,共7页
目的采用CRISPR/Cas9技术构建髓细胞触发受体2(TREM2)基因敲除(TREM2^(-/-))小鼠,繁育TREM2^(-/-)小鼠并分析其基因型。方法采用CRISPR/Cas9技术选择性敲除TREM2基因的外显子2~3区域,构建TREM2^(-/-)小鼠模型,所有小鼠的遗传背景均为C57... 目的采用CRISPR/Cas9技术构建髓细胞触发受体2(TREM2)基因敲除(TREM2^(-/-))小鼠,繁育TREM2^(-/-)小鼠并分析其基因型。方法采用CRISPR/Cas9技术选择性敲除TREM2基因的外显子2~3区域,构建TREM2^(-/-)小鼠模型,所有小鼠的遗传背景均为C57BL/6J。采用聚合酶链式反应(PCR)法鉴定小鼠的基因型。实时荧光定量PCR(qPCR)和蛋白质印迹法(Western blot)检测小鼠主要组织中TREM2的表达水平,从mRNA水平和蛋白水平上验证PCR鉴定结果的真实性以及科学性。根据sgRNA序列在CCTop网站预测出可能存在的脱靶位点,提取小鼠尾部DNA经PCR扩增后进行Sanger测序,检测TREM2^(-/-)小鼠有无产生脱靶效应。结果通过CRISPR/Cas9技术成功构建了TREM2^(-/-)小鼠,并对小鼠进行了基因型鉴定,琼脂糖凝胶电泳结果显示,仅扩增出415 bp条带的小鼠基因型为野生型(WT);仅扩增出449 bp条带的小鼠基因型为TREM2^(-/-);扩增出415 bp和449 bp双条带的小鼠基因型为杂合型。qPCR结果显示,与WT小鼠相比,TREM2^(-/-)小鼠的心脏、脑组织中TREM2的mRNA表达水平均下调(P<0.01),胸腺、肺组织中TREM2的mRNA表达也呈现下降趋势(P<0.05)。Western blot结果显示,与WT小鼠相比,TREM2^(-/-)小鼠的心脏、脑、胸腺、肺组织以及外周血单个核细胞(PBMC)中TREM2的蛋白表达水平均降低(P<0.01)。Sanger测序结果表明TREM2^(-/-)小鼠没有产生脱靶效应。结论成功构建并繁育了TREM2^(-/-)小鼠,建立了一种可靠的基因型鉴定方法,并采用qPCR、Western blot以及Sanger测序分析,验证了小鼠模型遗传的稳定性,将为TREM2基因功能的研究提供重要的基因动物模型。 展开更多
关键词 髓细胞触发受体2 CRISPR/Cas9 基因敲除 聚合酶链式反应 琼脂糖凝胶电泳 基因型鉴定
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3种植物精油对调理牛排优势腐败菌的抑菌性
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作者 冉涔晨 崔皓天 +3 位作者 刘雅芝 杨毅 牟俊臣 王庆玲 《肉类研究》 北大核心 2024年第9期29-35,共7页
为明确调理牛排的优势腐败菌并筛选出抑菌性、专一性强的植物精油,通过传统培养基法结合聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术筛选出调理牛排的优势腐败菌,并通过抑菌圈、最小抑菌浓度、最小杀菌浓度及细菌生长曲线,从丁香精油、豆蔻精... 为明确调理牛排的优势腐败菌并筛选出抑菌性、专一性强的植物精油,通过传统培养基法结合聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术筛选出调理牛排的优势腐败菌,并通过抑菌圈、最小抑菌浓度、最小杀菌浓度及细菌生长曲线,从丁香精油、豆蔻精油、黑胡椒精油中选出抑菌性最强的植物精油。结果表明:优势腐败菌为深蓝紫色杆菌(Janthinobacterium lividum)、恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)和热杀索丝菌(Brochothrix thermosphacta);丁香精油的抑菌圈直径均大于10 mm,2~4μL/mL的精油添加量就能明显抑制优势腐败菌的生长繁殖;豆蔻精油抑菌性稍弱;黑胡椒精油对3株优势腐败菌均无明显抑菌效果。 展开更多
关键词 调理牛排 优势腐败菌 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳 植物精油 抑菌性能
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生物炭对农田土壤细菌群落多样性影响的PCR-DGGE分析 被引量:34
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作者 何莉莉 杨慧敏 +4 位作者 钟哲科 公丕涛 刘玉学 吕豪豪 杨生茂 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第15期4288-4294,共7页
为评价生物炭对农田土壤细菌群落多样性的影响,对不同施肥方式农田土壤细菌总DNA进行提取和16S rDNA特异性扩增,运用变性梯度凝胶电泳DGGE的分子生物学技术,对施肥土壤细菌群落的多样性进行表征。DGGE电泳结果表明,不同处理均可得到20... 为评价生物炭对农田土壤细菌群落多样性的影响,对不同施肥方式农田土壤细菌总DNA进行提取和16S rDNA特异性扩增,运用变性梯度凝胶电泳DGGE的分子生物学技术,对施肥土壤细菌群落的多样性进行表征。DGGE电泳结果表明,不同处理均可得到20条以上的电泳条带,说明水稻土土壤细菌群落较丰富。从泳道条带数量及光密度值方面对细菌群落多样性指标比较发现,施加生物炭的土壤(T2、T3、T4)细菌丰富度最高,细菌种群较多,其次为秸秆还田处理土壤(T1),而空白对照处理土壤(CK1)细菌群落丰富度最低,各处理之间的细菌种群均匀度指数差异不显著;对细菌群落的条带信息与土壤理化性质进行相关性分析得到,细菌群落的结构变化与各土壤理化性质的相关性大小依次为速效钾>总有机碳>有效磷>全氮>pH。 展开更多
关键词 细菌菌落 多样性 变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE) 生物炭 秸秆还田
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大豆转基因检测中DNA提取方法的比较研究 被引量:21
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作者 刘欣 祝长青 +4 位作者 王毅谦 沈赟 黄明 蒋原 周光宏 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第4期199-203,共5页
为筛选出用于大豆DNA提取的适宜方法,分别使用Bayer法、DuPont法、Monsanto法、Qiagen和Tiangen试剂盒法提取大豆子粒DNA,并通过紫外分光光度法、琼脂糖凝胶电泳法与实时荧光聚合酶链式反应分析DNA质量。结果显示:Bayer法提取的DNA含有... 为筛选出用于大豆DNA提取的适宜方法,分别使用Bayer法、DuPont法、Monsanto法、Qiagen和Tiangen试剂盒法提取大豆子粒DNA,并通过紫外分光光度法、琼脂糖凝胶电泳法与实时荧光聚合酶链式反应分析DNA质量。结果显示:Bayer法提取的DNA含有较多杂质,抑制实时荧光聚合酶链式反应;Monsanto法提取的DNA纯度差且得率低,不符合检测要求;DuPont法、Qiagen与Tiangen试剂盒法能提取到纯度好、得率高、完整性好的DNA,符合实时荧光聚合酶链式反应的检测要求,但是Qiagen试剂盒法成本过高。因此,DuPont法与Tiangen试剂盒法适用于大豆转基因检测中的DNA提取。 展开更多
关键词 大豆 DNA提取 转基因生物 琼脂糖凝胶电泳 实时荧光聚合酶链式反应
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永川毛霉型豆豉在发酵过程中微生物总量与区系变化规律 被引量:15
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作者 索化夷 赵欣 +4 位作者 骞宇 陈娟 李键 张玉 阚建全 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第19期124-131,共8页
采用巢式聚合酶链式反应配合变性梯度凝胶电泳技术对永川豆豉发酵过程中微生物区系生态演化进行解析。结果表明:永川豆豉在制曲过程中霉菌和细菌呈对数增长,进入后发酵阶段菌落总数快速下降,并保持在较低水平。永川豆豉在制曲前期有多... 采用巢式聚合酶链式反应配合变性梯度凝胶电泳技术对永川豆豉发酵过程中微生物区系生态演化进行解析。结果表明:永川豆豉在制曲过程中霉菌和细菌呈对数增长,进入后发酵阶段菌落总数快速下降,并保持在较低水平。永川豆豉在制曲前期有多种乳酸菌生长,后期乳酸菌受霉菌增长抑制,种类减少。在后发酵阶段奥德赛芽孢杆菌(Bacillus odysseyi)、乳酸杆菌(Lactobacillus oligofermentans)和乳酸杆菌(Lactobacillus lindneri)是优势菌群。同时在制曲初期也发现了费格森埃希菌(Escherichia fergusonii)等杂菌生长。永川豆豉制曲阶段优势霉菌是总状毛霉(Mucor racemosus),同时伴有有性根霉(Rhizopus sexualis)、匍枝根霉(Rhizopus stolonifer)、大孢联轭霉(Syzygites megalocarpus)、米根霉(Rhizopus oryzae)的生长,后发酵阶段有接合酵母(Zygosaccharomyces sp.)的参与。 展开更多
关键词 永川豆豉 微生物区系 巢式聚合酶链式反应 变性梯度凝胶电泳
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酸汤子玉米面团中微生物多样性分析 被引量:10
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作者 乌日娜 张颖 +4 位作者 张红萧 陶冬冰 孙慧君 岳媛媛 武俊瑞 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第12期21-26,共6页
酸汤子是我国北方地区一种营养丰富、风味独特的民族传统食品,深受满族及东北人民的喜爱。多样的微生物在酸汤子玉米面团的营养品质形成过程中,发挥着极其重要的作用,然而到目前为止,对满族传统发酵食品酸汤子面团中的微生物菌群多样性... 酸汤子是我国北方地区一种营养丰富、风味独特的民族传统食品,深受满族及东北人民的喜爱。多样的微生物在酸汤子玉米面团的营养品质形成过程中,发挥着极其重要的作用,然而到目前为止,对满族传统发酵食品酸汤子面团中的微生物菌群多样性,仍不明确。以不同地区采集的酸汤子玉米面团为研究对象,利用聚合酶链式反应结合变性梯度凝胶电泳技术探究了酸汤子中微生物菌群多样性。结果表明:在9份酸汤子面团中共鉴定出14种真菌,分别为Saccharomyces castellii、Geotrichun candidum、Simplicillium lanosoniveum、Rhizochaete sulphurosa、Guehomyces pullulans、Debaryomyces hansenii、Fusarium culmorum、Trichoderma brevicompactum、Oryza lonqistaminata、Geotrichun fraqrans、Galactomyces candidum、G.geotrichum、Geotrichum sp.和Galactomyces sp.。鉴于S.castellii在多数样品中被检测,推测其为酸汤样品中真菌的优势发酵菌种。鉴定出4种细菌,分别是Bacillus pumilu、Lactobacillus tucceti、L.plantarum和Weissella paramesenteroides。由于W.paramesenteroides在多数样品中被检测出,推测其为酸汤样品细菌的优势菌群。 展开更多
关键词 酸汤子 自然发酵 PCR-DGGE 微生物 多样性
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PCR-DGGE分析天源酱园豆酱发酵过程中微生物多样性 被引量:19
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作者 高秀芝 王小芬 +4 位作者 刘慧 仝其根 王晓东 张启增 崔宗均 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第1期112-114,共3页
以天源酱园生产豆酱为研究对象,通过PCR-DGGE指纹图谱技术分析豆酱发酵过程中微生物群落动态变化。结果表明:豆酱发酵过程中的优势细菌为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis,相似率98%)和未培养明串珠菌克隆(uncultured Leuconostoc s... 以天源酱园生产豆酱为研究对象,通过PCR-DGGE指纹图谱技术分析豆酱发酵过程中微生物群落动态变化。结果表明:豆酱发酵过程中的优势细菌为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis,相似率98%)和未培养明串珠菌克隆(uncultured Leuconostoc sp.clone,相似率100%)的近缘种,其中芽孢杆菌协助真菌分解原料中蛋白质和淀粉,明串珠菌有助于豆酱风味物质的形成;豆酱发酵过程中主要真菌为米曲霉(Aspergillus oryzae,相似率99%)的近缘种,在豆酱发酵前期分解原料中蛋白质和淀粉。 展开更多
关键词 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳 豆酱 微生物多样性
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营养注入后油藏微生物群落16S rRNA基因的T-RFLP对比分析 被引量:13
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作者 程海鹰 肖生科 +2 位作者 马光东 汪卫东 王修林 《石油勘探与开发》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2006年第3期356-359,373,共5页
为了监测油藏微生物群落动态,应用不依赖微生物培养与克隆的T-RFLP方法研究了模拟油藏环境中营养物的注入对油藏微生物群落结构的影响。以基因组总DNA为模板,用细菌和古菌的荧光标记引物对16S rRNA基因进行PCR扩增,扩增产物经限制性内切... 为了监测油藏微生物群落动态,应用不依赖微生物培养与克隆的T-RFLP方法研究了模拟油藏环境中营养物的注入对油藏微生物群落结构的影响。以基因组总DNA为模板,用细菌和古菌的荧光标记引物对16S rRNA基因进行PCR扩增,扩增产物经限制性内切酶RsaI和MspI消化,用毛细管凝胶电泳分离酶切产物后利用LIFD检测器精确检测T-RFs,以确定每个片断的长度和丰度。不同时期微生物群落的T-RFLP对比分析表明,营养物注入后,T-RF的数量与丰度都有显著提高,且不同时期呈现出不同的群落结构。在内源微生物驱油研究中,T-RFLP方法是跟踪油藏微生物群落动态和对比分析群落结构的有效方法。 展开更多
关键词 油藏 微生物群落 16S RRNA 分子技术 聚合酶链反应 T-RFLP 毛细管凝胶电泳
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基于PCR-DGGE分析不同品牌郫县豆瓣酱真菌多样性 被引量:16
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作者 朱永清 李治华 +3 位作者 李华佳 王雪涛 董玲 黄巧莲 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第2期104-108,共5页
以不同品牌的郫县豆瓣酱为研究对象,通过聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳免培养技术分析样品中微生物真菌菌群结构,并对典型条带进行测序,构建系统发育进化树。结果表明:郫县豆瓣酱真菌菌群种类较丰富,不同品牌的郫县豆瓣酱真菌菌群既... 以不同品牌的郫县豆瓣酱为研究对象,通过聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳免培养技术分析样品中微生物真菌菌群结构,并对典型条带进行测序,构建系统发育进化树。结果表明:郫县豆瓣酱真菌菌群种类较丰富,不同品牌的郫县豆瓣酱真菌菌群既包含共有菌群又存在一定差异。假丝酵母(Candida sp.)、曲霉(Aspergillus)、鲁氏酵母(Zygosaccharomyces rouxii)、奥默柯达酵母菌(Kodamaea ohmeri)是优势种群,尤其是黄曲霉(Aspergillus flavus)共有10个条带,占整个测序条带32.25%,表明郫县豆瓣酱的生产应特别注意防控黄曲霉。 展开更多
关键词 郫县豆瓣 真菌 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳 多样性
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草鱼与团头鲂肠道菌群结构比较分析 被引量:19
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作者 王纯 倪加加 +3 位作者 颜庆云 李金金 李星浩 余育和 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期868-875,共8页
选取湖泊养殖的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)和团头鲂(Megalobrama amblycephala)为研究对象,通过对其消化道细菌群落16S rDNA进行细菌群落聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)分析,比较了其消化道微生物群落结构。在两种草... 选取湖泊养殖的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)和团头鲂(Megalobrama amblycephala)为研究对象,通过对其消化道细菌群落16S rDNA进行细菌群落聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)分析,比较了其消化道微生物群落结构。在两种草食性鱼类消化道中分别检测到不同的谱带,其中草鱼的平均谱带数为(33.3±2.8)条,团头鲂的平均谱带数为(38.0±2.5)条。基于所得PCR-DGGE指纹图谱谱带丰度值数据的UPGMA聚类分析和PCA排序均显示草鱼消化道微生物群落并没有与团头鲂消化道微生物群落分开;相比于草鱼和团头鲂消化道微生物群落之间的差异,草鱼和团头鲂个体间差异更加明显,而且草鱼消化道微生物群落的个体分化更为明显。对特定条带的切胶回收测序结果显示,草鱼和团头鲂消化道内检测到的菌群都主要来自γ-变形菌门、梭杆菌门和厚壁菌门,另外草鱼消化道中还检出少量拟杆菌门细菌。以上结果表明同一生境中食性相同的野生草鱼与团头鲂消化道微生物群落组成不存在显著差异,条带回收测序检测到相似的微生物种类。研究结果补充了人们在食性对消化道微生物群落结构影响方面的认识,同时也暗示草鱼和团头鲂消化道内微生物群落对营养物质的代谢方式类似,这为深入研究草食性鱼类消化道微生物菌群参与营养物质代谢积累了资料。 展开更多
关键词 草鱼 团头鲂 消化道细菌群落 PCR-DGGE
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中国新疆哈萨克族人群CSF1PO、TH01和TPOX三个STR位点的遗传多态性 被引量:4
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作者 胡晓岩 黄辰 +3 位作者 宋土生 倪磊 陈雪玲 王一理 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期335-337,379,共4页
目的 获得CSF1P0、TPOX和TH0 1三个短串联重复序列 (shorttandemrepeat ,STR)在新疆哈萨克族人群中等位基因频率、基因型频率及相关法医学数据。方法 应用PCR技术、4 0 g·L-1(4% )变性聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染技术对上述三个ST... 目的 获得CSF1P0、TPOX和TH0 1三个短串联重复序列 (shorttandemrepeat ,STR)在新疆哈萨克族人群中等位基因频率、基因型频率及相关法医学数据。方法 应用PCR技术、4 0 g·L-1(4% )变性聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染技术对上述三个STR位点分型。结果 新疆哈萨克族人群CSF1P0位点有 8个等位片段 ,TPOX位点有 8个等位片段 ,TH0 1位点有 7个等位片段 ;3个位点的基因型分布均符合Hardy Weinberg平衡 ;各位点杂合度分别为 0 .875 3、0 .8777、0 .932 1,多态信息量分别为 0 .74 0 1、0 .75 6 8、0 .75 0 9。 展开更多
关键词 短串联重复序列 遗传多态性 聚合酶链反应 电泳 新疆哈萨克族 基因频率
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双生子儿童口腔微生物群组结构分析 被引量:6
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作者 杜芹 王艳 +4 位作者 徐欣 李雨庆 李明云 邹静 周学东 《华西口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期182-185,共4页
目的通过聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)分析双生子儿童中同卵双生子和异卵双生子口腔微生物群组结构的差异。方法选取双生子儿童20对,其中同卵双生子10对,异卵双生子10对;乳牙列10对,混合牙列10对;有龋者17人,无龋者23人。... 目的通过聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)分析双生子儿童中同卵双生子和异卵双生子口腔微生物群组结构的差异。方法选取双生子儿童20对,其中同卵双生子10对,异卵双生子10对;乳牙列10对,混合牙列10对;有龋者17人,无龋者23人。采集唾液样本后,提取细菌DNA,经通用引物扩增16s rRNA基因和PCRDGGE分析后,计算PCR-DGGE条带数及多样性指数。结果同卵双生子与异卵双生子均表现出明显的聚类分布,但同卵双生子与异卵双生子之间无统计学差异(P>0.05)。乳牙列组中,有龋儿童的PCR-DGGE条带数(11.00±1.56)及多样性指数(1.05±0.36)低于无龋儿童(14.00±2.74,1.44±0.37),两者间均具有统计学差异(P<0.05)。混合牙列组中,有龋儿童的PCR-DGGE条带数(11.88±4.05)及多样性指数(1.18±0.36)低于无龋儿童(14.31±5.71,1.28±0.47),但两者间均无统计学差异(P>0.05)。结论亲缘之间口腔微生物组群结构更为相似,环境的影响可能大于遗传的影响。有龋儿童的微生物种类较无龋儿童有所减少。 展开更多
关键词 聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳 双生子 口腔微生物群组
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转基因玉米的多重PCR-毛细管电泳紫外检测技术研究 被引量:8
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作者 张春娇 许文涛 +4 位作者 程国灵 赵维薇 戴蕴青 罗云波 黄昆仑 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期328-332,共5页
建立了转基因玉米Ly038、Mon863和Mon810的品系特异性基因多重PCR产物的毛细管电泳-紫外检测方法。根据三种转基因玉米的基因序列设计多重PCR引物,优化PCR扩增体系和条件,以8.0g/L羟乙基纤维素为筛分介质,用毛细管电泳-紫外检测法同时... 建立了转基因玉米Ly038、Mon863和Mon810的品系特异性基因多重PCR产物的毛细管电泳-紫外检测方法。根据三种转基因玉米的基因序列设计多重PCR引物,优化PCR扩增体系和条件,以8.0g/L羟乙基纤维素为筛分介质,用毛细管电泳-紫外检测法同时检测出三种玉米的品系特异性基因,11.195min内即可完成检测。用Origin软件对电泳结果进行分析并得出不同范围的DNA曲线方程,样品出峰时间的相对误差在1.03%~5.02%之间。并对纯化前后的样品进行了毛细管电泳分离的对照,发现PCR产物纯化后更适于紫外检测的毛细管电泳。多重PCR具有节约模板、节省试剂和缩短检测时间的优点,毛细管相对于传统的琼脂糖凝胶电泳,具有高效、快速、灵敏且经济环保的优点,所以此方法可广泛地应用于食品安全检测和临床检验等领域中。 展开更多
关键词 转基因玉米 多重PCR 毛细管电泳 紫外检测
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微芯片电泳及毛细管电泳在筛查急性髓系白血病FLT3-ITD基因突变中的应用研究 被引量:4
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作者 冷馨 李玲娣 +2 位作者 李金兰 黄晓军 阮国瑞 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期44-49,共6页
本研究旨在比较微芯片电泳及毛细管电泳在急性髓系白血病(AML)FLT3-ITD基因突变检测中的可靠性。应用PCR-微芯片电泳和PCR-毛细管电泳法同时检测214例初治AML患者DNA样本FLT3-ITD基因突变,并通过直接测序法进行序列分析。PCR-微芯片电... 本研究旨在比较微芯片电泳及毛细管电泳在急性髓系白血病(AML)FLT3-ITD基因突变检测中的可靠性。应用PCR-微芯片电泳和PCR-毛细管电泳法同时检测214例初治AML患者DNA样本FLT3-ITD基因突变,并通过直接测序法进行序列分析。PCR-微芯片电泳结果显示,FLT3-ITD突变阴性151例,阳性58例(58/214,27.1%),可疑阳性5例(5/214,2.3%);PCR-毛细管电泳结果显示,FLT3-ITD突变阴性147例,阳性67例(67/214,31.3%)。在毛细管电泳结果为阳性的67例样本中,其中4例微芯片电泳结果为阴性,5例为可疑阳性,用直接测序法进行检测,结果均为突变阳性。这一结果揭示,PCR-毛细管电泳法用于检测FLT3-ITD突变更为准确,虽然微芯片电泳组与毛细管电泳组FLT3-ITD突变检测阳性率并无显著差异(卡方检验,P>0.05)。结论:PCR-微芯片电泳与PCR-毛细管电泳均可作为简便的FLT3-ITD基因突变筛查方法,但作为新的检测手段,PCR-毛细管电泳法准确度与测序法一致、可用,而PCR-微芯片电泳法作为诊断检测的方法,其准确度有待于改进。 展开更多
关键词 急性髓系白血病 FLT3-ITD基因突变 聚合酶链式反应 微芯片电泳 毛细管电泳
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PCR-DGGE法分析西藏传统发酵乳制品中乳酸菌的多样性 被引量:20
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作者 蒋厚阳 陈芝兰 +1 位作者 赵国华 杨吉霞 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第1期167-173,共7页
目的:运用聚合酶链式反应和变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denatured gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术分析西藏传统发酵乳制品中乳酸菌的生物多样性。方法:从西藏8个牧区采集19份样品,提取样品总DNA,用巢式... 目的:运用聚合酶链式反应和变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denatured gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术分析西藏传统发酵乳制品中乳酸菌的生物多样性。方法:从西藏8个牧区采集19份样品,提取样品总DNA,用巢式和降落PCR扩增16S rRNA的V3区段,对扩增产物做变性梯度凝胶电泳,用NTsys 2.10e软件分析条带的相似性,切胶回收条带并测序,鉴定菌种并构建系统进化树、分析优势菌种。结果:19份样品中的乳酸菌菌群组成包括Lactobacillus paracasei、Lactobacillus helveticus、Lactobacillus fermentum、Lactobacillus crispatus、Lactobacillus delbrueckii、Lactobacillus buchneri、Lactococcus raffinolactis、Leuconostoc mesenteroide、Lactobacillus plantarum、Pediococcus pentosaceus、Lactococcus lactis、Streptococcus thermophilus。综合样品和牧区的乳酸菌分布情况,确定Lactobacillus delbrueckii为优势菌种。结论:PCR-DGGE技术能够有效分析西藏地区发酵乳制品中乳酸菌的多样性。 展开更多
关键词 乳酸菌 生物多样性 聚合酶链式反应和变性梯度凝胶电泳 系统进化树 优势菌种
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PCR-DGGE技术分析腌制麻竹笋中微生物多样性 被引量:9
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作者 郑炯 夏雪娟 +2 位作者 叶秀娟 林茂 阚建全 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第21期170-174,共5页
采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术对盐质量浓度5 g/100 m L和19 g/100 m L腌制麻竹笋的微生物区系进行研究。结果表明,经DNA提取、巢式PCR、DGG... 采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术对盐质量浓度5 g/100 m L和19 g/100 m L腌制麻竹笋的微生物区系进行研究。结果表明,经DNA提取、巢式PCR、DGGE电泳和克隆测序后,从低盐质量浓度(5 g/100 m L)腌制笋中分离出4条明显的亮带,经鉴定分别为食窦魏斯氏菌(Weissella cibaria)、乳球菌属(Lactococcus sp.)、魏斯氏菌属(Weissella sp.)和乳酸乳球菌(Lactococcus lactis);从高盐质量浓度(19 g/100 m L)腌制笋中分离出5条明显的亮带,经鉴定分别为绿色气球菌(Aerococcus viridans)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus sp.)、未得到培养的细菌(uncultured bacterium)、厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus sp.)和芽孢杆菌属(Bacillus sp.);低盐腌制笋的优势菌多为益生菌,而高盐腌制笋的优势菌则多为抗性较强的菌。基于16S r DNA的PCR-DGGE技术为分析腌制麻竹笋中微生物多样性提供了一条可靠、快速的有效途径。 展开更多
关键词 腌制麻竹笋 16S RDNA 聚合酶链式反应 变性梯度凝胶电泳 多样性
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芽孢杆菌在肉鸡肠道内的分布及对肠道菌群、消化酶活性的影响 被引量:22
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作者 汤江武 孙宏 +2 位作者 姚晓红 吴逸飞 王新 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期319-325,共7页
考察枯草芽孢杆菌的芽孢在AA肉鸡肠道内的分布和随粪便的排出规律,及对肠道内细菌群落结构变化和肠道内消化酶活性的影响.试验选取240羽1日龄AA肉鸡,随机分为2组,每组6个重复,采用相同的无抗生素基础日粮饲养3 d后,对照组和试验组分别... 考察枯草芽孢杆菌的芽孢在AA肉鸡肠道内的分布和随粪便的排出规律,及对肠道内细菌群落结构变化和肠道内消化酶活性的影响.试验选取240羽1日龄AA肉鸡,随机分为2组,每组6个重复,采用相同的无抗生素基础日粮饲养3 d后,对照组和试验组分别一次性灌喂无菌水或枯草芽孢杆菌的芽孢(1.5×108CFU?mL-1)各0.5 mL;在不同时间采样进行计数和酶活性测定,同时通过聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术分析此过程肉鸡粪便中细菌群落的变化.结果表明:灌喂的芽孢在十二指肠内开始萌发,以空肠的营养体数量最高,盲肠内则以芽孢为主;粪便中的芽孢数量在24 h时最高,达到7.9×104CFU?g-1,而后逐渐降低,在72 h后基本无法检出.PCR-DGGE结合主成分分析(PCA)表明:对照组与试验组鸡粪中的细菌群落结构存在较大差异,其中试验组中肠道有益菌——乳杆菌属(Lactobacillussp.)含量较对照组有明显提高;同时,灌喂芽孢12 h后,十二指肠内淀粉酶、胰蛋白酶和总蛋白酶活性,空肠内的脂肪酶活性和盲肠内的总蛋白酶活性均高于对照,差异有统计学意义(P<0.05).试验证实芽孢能在AA肉鸡肠道内萌发并停留超过72 h,并对提高肠道内消化酶活性和改善菌落结构发挥作用. 展开更多
关键词 芽孢杆菌 肉鸡 肠道菌群 消化酶活性 聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳 主成分分析
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