2024年10月23日,浙江大学良渚实验室沈宁/刘志红教授团队在《自然·通讯》(Nature Communications)发表了题为“SpliceTransformer predicts tissue-specific splicing linked to human diseases”的研究论文(DOI:10.1038/s41467-02...2024年10月23日,浙江大学良渚实验室沈宁/刘志红教授团队在《自然·通讯》(Nature Communications)发表了题为“SpliceTransformer predicts tissue-specific splicing linked to human diseases”的研究论文(DOI:10.1038/s41467-024-53088-6),开发了基于Transformer架构的多模态深度学习模型SpliceTransformer(简称SpTransformer)。该方法可以用于解析和组织特异性剪接变异相关的疾病,筛选出特异性影响某些人体组织的突变及基因。通过对多个突变数据库,共涉及超过17万个样本的全外显子组测序数据的分析,研究者发现组织特异性剪接和基因的组织特异性表达之间存在相对独立性,即使是在多种组织中普遍表达的基因也可能通过剪接变异对特定组织产生重要影响,进而可能引发相关疾病。该研究为理解疾病背后的遗传因素提供了除基因表达水平以外的重要视角。游宁远博士研究生为论文第一作者。研究得到国家自然科学基因、浙江省重点研发计划等支持。展开更多
蛋白质-蛋白质相互作用在细胞的生化功能中扮演极为重要的角色,深入解析蛋白质相互作用关系是理解细胞生命活动的关键。本研究以高尔基体蛋白73(golgi protein 73,GP73)为研究对象,利用经典的免疫共沉淀联合质谱技术系统挖掘了GP73的相...蛋白质-蛋白质相互作用在细胞的生化功能中扮演极为重要的角色,深入解析蛋白质相互作用关系是理解细胞生命活动的关键。本研究以高尔基体蛋白73(golgi protein 73,GP73)为研究对象,利用经典的免疫共沉淀联合质谱技术系统挖掘了GP73的相互作用蛋白质,力求进一步解析GP73的分子功能。选取肝癌细胞系HepG2,利用慢病毒感染技术构建过表达GP73-3Flag的稳定细胞系,免疫共沉淀联合质谱检测鉴定出78个高置信的GP73相互作用蛋白质,生物信息学分析提示,GP73与近40个细胞核蛋白质存在相互作用,并参与RNA运输、剪接和翻译等生物学过程,进一步的免疫荧光和细胞核蛋白质分离实验证实,GP73在多种肿瘤细胞中的细胞核定位,在78个相互作用蛋白质的基础上进一步筛选出与mRNA剪接相关的蛋白质相互作用网络,并通过免疫共沉淀验证了GP73与HNRNPH3、SMN1、RBM14、NCBP1等7种蛋白质存在相互作用。Minigene剪接实验提示,过表达GP73抑制细胞对pre-mRNA的剪接效率。本研究拓展了对GP73蛋白功能的认识和理解,有助于解释其在细胞生物学中的重要角色及其与疾病的潜在关联。展开更多
文摘2024年10月23日,浙江大学良渚实验室沈宁/刘志红教授团队在《自然·通讯》(Nature Communications)发表了题为“SpliceTransformer predicts tissue-specific splicing linked to human diseases”的研究论文(DOI:10.1038/s41467-024-53088-6),开发了基于Transformer架构的多模态深度学习模型SpliceTransformer(简称SpTransformer)。该方法可以用于解析和组织特异性剪接变异相关的疾病,筛选出特异性影响某些人体组织的突变及基因。通过对多个突变数据库,共涉及超过17万个样本的全外显子组测序数据的分析,研究者发现组织特异性剪接和基因的组织特异性表达之间存在相对独立性,即使是在多种组织中普遍表达的基因也可能通过剪接变异对特定组织产生重要影响,进而可能引发相关疾病。该研究为理解疾病背后的遗传因素提供了除基因表达水平以外的重要视角。游宁远博士研究生为论文第一作者。研究得到国家自然科学基因、浙江省重点研发计划等支持。
文摘蛋白质-蛋白质相互作用在细胞的生化功能中扮演极为重要的角色,深入解析蛋白质相互作用关系是理解细胞生命活动的关键。本研究以高尔基体蛋白73(golgi protein 73,GP73)为研究对象,利用经典的免疫共沉淀联合质谱技术系统挖掘了GP73的相互作用蛋白质,力求进一步解析GP73的分子功能。选取肝癌细胞系HepG2,利用慢病毒感染技术构建过表达GP73-3Flag的稳定细胞系,免疫共沉淀联合质谱检测鉴定出78个高置信的GP73相互作用蛋白质,生物信息学分析提示,GP73与近40个细胞核蛋白质存在相互作用,并参与RNA运输、剪接和翻译等生物学过程,进一步的免疫荧光和细胞核蛋白质分离实验证实,GP73在多种肿瘤细胞中的细胞核定位,在78个相互作用蛋白质的基础上进一步筛选出与mRNA剪接相关的蛋白质相互作用网络,并通过免疫共沉淀验证了GP73与HNRNPH3、SMN1、RBM14、NCBP1等7种蛋白质存在相互作用。Minigene剪接实验提示,过表达GP73抑制细胞对pre-mRNA的剪接效率。本研究拓展了对GP73蛋白功能的认识和理解,有助于解释其在细胞生物学中的重要角色及其与疾病的潜在关联。
