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利用种子序列检测山羊皮肤中microRNA靶基因分子方法的建立 被引量:4
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作者 付绍印 赵德超 +2 位作者 赵宏丽 李金泉 张文广 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期919-926,共8页
文章旨在建立一种种子序列介导的可控遗传操作—microRNA靶基因指纹图谱(MicroRNA targets fingerprint,MTFP),用于在基因表达检测中筛选与特定microRNA相关的靶基因。在设定上游种子序列的互补序列和下游锚定序列的基础上添加特殊接头... 文章旨在建立一种种子序列介导的可控遗传操作—microRNA靶基因指纹图谱(MicroRNA targets fingerprint,MTFP),用于在基因表达检测中筛选与特定microRNA相关的靶基因。在设定上游种子序列的互补序列和下游锚定序列的基础上添加特殊接头,通过反转录和特殊二步PCR将microRNA的靶基因扩增;扩增后的microRNA靶基因在聚丙烯酰胺凝胶电泳中检测其片段大小和表达丰度,用于筛选在不同生理状态或试验条件下特异表达的基因;特定的靶基因序列通过DNA回收和测序方法得到。以miR-203为例,在不同生理状态的山羊皮肤样品中获得了5条大小分别为718 bp(JN709494)、349 bp(JN709495)、243 bp(JN709496)、156 bp(JN709497)和97 bp(JN709498)的靶基因序列。MTFP经济适用、可操作性强,可用于探索microRNA调节的靶基因,或用来评估靶基因的表达谱特征。 展开更多
关键词 microrna 表达丰度 基因指纹图谱 山羊 皮肤
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动物microRNA靶基因的筛选与鉴定研究进展 被引量:3
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作者 刘悦 李丹 +6 位作者 张玉 王婵 盛清 吕正兵 陈健 张耀洲 聂作明 《生物学杂志》 CAS CSCD 2014年第2期82-86,共5页
miRNA(microRNA)是一类在生物体内广泛存在的长度约22 nt的小分子非编码RNA,其在转录后水平调控靶基因的表达,在生物体生长发育过程中起重要的调控作用。近年来,miRNA的功能研究越来越受到人们的重视,而miRNA功能研究的关键在于其调控... miRNA(microRNA)是一类在生物体内广泛存在的长度约22 nt的小分子非编码RNA,其在转录后水平调控靶基因的表达,在生物体生长发育过程中起重要的调控作用。近年来,miRNA的功能研究越来越受到人们的重视,而miRNA功能研究的关键在于其调控靶基因的确定。miRNA主要作用于靶基因mRNA的3’UTR区的结合位点,但由于miRNA和靶基因的作用位点并不完全匹配,没有明显的规律可寻,导致应用传统方法鉴定靶基因十分困难。近年来,人们开发了各种特异的、灵敏度高的高通量miRNA靶基因筛选与鉴定方法,极大地促进了miRNA的功能研究。 展开更多
关键词 MIRNA 基因调控 基因 高通量鉴定
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microRNA靶基因检测技术研究进展 被引量:3
3
作者 郭晓琴 孙红正 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2013年第4期11-13,18,共4页
microRNA是真核生物基因表达调控的重要因子,对其靶基因的验证是研究microRNA功能必不可少的环节。验证microRNA与其靶基因的相互作用,可以根据能否进行靶基因切割、能否造成目标靶基因RNA表达量或蛋白表达量降低以及能否形成RISC-mRNA... microRNA是真核生物基因表达调控的重要因子,对其靶基因的验证是研究microRNA功能必不可少的环节。验证microRNA与其靶基因的相互作用,可以根据能否进行靶基因切割、能否造成目标靶基因RNA表达量或蛋白表达量降低以及能否形成RISC-mRNA复合体等特征进行检测。基于此,从以上三方面对验证microRNA靶基因的技术进行了综述。 展开更多
关键词 microrna 5’RLM—RACE target—mimic 基因 降解组 免疫共沉淀
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偏置判别SVM预测microRNA靶基因
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作者 张洪礼 赵培培 +2 位作者 王常武 王宝文 刘文远 《燕山大学学报》 CAS 2013年第2期153-158,共6页
针对靶基因样本数据不平衡导致阳性样本预测准确率较低的问题,提出基于SVM的靶基因预测算法,即偏置判别SVM。算法选取高质量的数据集和最优特征集作为输入,在经验特征空间中以偏置判别分析准则为核优化目标函数,使用核保角变换的方法逐... 针对靶基因样本数据不平衡导致阳性样本预测准确率较低的问题,提出基于SVM的靶基因预测算法,即偏置判别SVM。算法选取高质量的数据集和最优特征集作为输入,在经验特征空间中以偏置判别分析准则为核优化目标函数,使用核保角变换的方法逐步优化核矩阵,用最优核矩阵构造偏置判别SVM,以解决靶基因数据不平衡对预测造成的影响。对比实验分析表明,提出的偏置判别SVM算法具有更高的特异度、敏感度和预测精度。同时,偏置判别SVM具有更强的泛化能力,鲁棒性更好。 展开更多
关键词 MIRNA 基因预测 偏置判别SVM 数据不平衡 核优化
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MicroRNA靶基因的高通量鉴定方法 被引量:4
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作者 陈灵锋 张均平 王明席 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期207-212,共6页
MicroRNAs(miRNAs)是一类内源性非编码小RNA,可在转录后水平调节基因的表达,在细胞生长、发育、疾病发生等过程中发挥着重要作用.明确miRNAs所调控的靶基因对阐明miRNAs的功能及在各种生命过程和疾病发生机制的角色非常关键.目前,鉴定mi... MicroRNAs(miRNAs)是一类内源性非编码小RNA,可在转录后水平调节基因的表达,在细胞生长、发育、疾病发生等过程中发挥着重要作用.明确miRNAs所调控的靶基因对阐明miRNAs的功能及在各种生命过程和疾病发生机制的角色非常关键.目前,鉴定miRNAs的靶基因的方法主要计算机预测方法和生物学实验方法.前者对miRNA靶基因的寻找作出巨大贡献,但常存在很多假阳性,必须通过生物学实验方法加以验证.后者涉及单靶基因鉴定技术和高通量多靶基因鉴定技术,高通量技术又包括基因芯片分析技术、蛋白质组学分析技术、RNA连接酶介导的cDNA末端扩增技术和生物化学法等.本文主要对这些高通量技术的应用、优劣进行归纳,并对其改进方向予以讨论. 展开更多
关键词 微小RNA 基因 高通量鉴定方法
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植物microRNA靶基因的预测与验证技术研究进展 被引量:3
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作者 崔俊霞 魏康宁 +2 位作者 谢伊源 王丽 李用芳 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2018年第7期1-7,共7页
MicroRNA(miRNA)是真核生物中具有重要调控功能的一类小分子RNA。植物miRNA通过碱基互补配对方式引导RNA沉默复合体识别靶基因并介导靶基因mRNA被剪切或蛋白质翻译被抑制,所以对植物miRNA靶基因的分析和验证是研究miRNA功能必不可少的... MicroRNA(miRNA)是真核生物中具有重要调控功能的一类小分子RNA。植物miRNA通过碱基互补配对方式引导RNA沉默复合体识别靶基因并介导靶基因mRNA被剪切或蛋白质翻译被抑制,所以对植物miRNA靶基因的分析和验证是研究miRNA功能必不可少的一部分。植物miRNA靶基因可通过生物信息学方法预测,主要根据miRNA与mRNA的互补程度进行,然而理论上预测的靶基因尚有待于进一步的试验验证。简要介绍了植物miRNA产生过程的最新研究进展以及靶基因的预测方法,重点综述了植物miRNA靶基因的验证方法,包括RLM-5'RACE、降解组测序、瞬时共表达和转基因系统,为更深入地研究植物miRNA介导的调控机制提供参考。 展开更多
关键词 植物MIRNA 基因 剪切 预测 验证
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重度阿尔茨海默病血清差异表达microRNA靶基因功能初步分析 被引量:3
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作者 罗新妮 宁玉萍 +2 位作者 施海珊 侯乐 方子妍 《中国神经精神疾病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期716-721,共6页
目的分析重度阿尔茨海默病(Alzheimer disease,AD)患者血清微小核糖核酸(microRNA,miRNA)表达谱,为深入探讨miRNA与AD发病机制的关联及寻找AD生物标志物提供依据。方法使用高通量测序技术对7例重度AD患者和5名正常对照者血清miRNA表达... 目的分析重度阿尔茨海默病(Alzheimer disease,AD)患者血清微小核糖核酸(microRNA,miRNA)表达谱,为深入探讨miRNA与AD发病机制的关联及寻找AD生物标志物提供依据。方法使用高通量测序技术对7例重度AD患者和5名正常对照者血清miRNA表达谱进行检测,并进行gene ontology(GO)功能富集和Kyoto encyclopedia of gene and genomes(KEGG)通路富集等生物信息学分析。结果与对照相比,重度AD患者血清中差异表达miRNA(differentially expressed miRNA,DEmiRNA)共有112个,其中上调57个,下调55个,差异均有统计学差异(P<0.05)。GO功能富集分析显示DEmiRNA参与蛋白结合、离子结合、转运金属结合、细胞器与细胞膜生物代谢和调节等过程,KEGG通路富集分析发现PI3K-Akt信号通路是靶基因的重要作用通路。结论重度AD患者血清miRNA表达发生变化,其中可能存在AD潜在的生物标志物,并且DEmiRNA的靶基因与AD病理改变密切相关。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 微小核糖核酸 基因
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miR-144-5p在不同体型双峰驼血浆外泌体中的表达及靶基因验证 被引量:1
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作者 斯日古楞 于雯 +3 位作者 降晓薇 李子怡 金君健 白浩宇 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第3期1022-1032,共11页
【目的】探讨双峰驼血浆外泌体中miR-144-5p在脂质代谢中的潜在调控机制。【方法】采用超速离心法分离不同肥瘦程度的两组双峰驼血浆外泌体后,运用透射电子显微镜和纳米颗粒跟踪分析技术对分离的外泌体进行形态学观察与鉴定。提取外泌体... 【目的】探讨双峰驼血浆外泌体中miR-144-5p在脂质代谢中的潜在调控机制。【方法】采用超速离心法分离不同肥瘦程度的两组双峰驼血浆外泌体后,运用透射电子显微镜和纳米颗粒跟踪分析技术对分离的外泌体进行形态学观察与鉴定。提取外泌体总RNA后,进行高通量测序,鉴定筛选出在两组双峰驼血浆外泌体中差异表达的miRNA。应用TargetScan和miRWalk在线软件预测差异表达miRNA的靶基因,并利用DAVID和KEGG在线分析系统对靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。构建含靶位点的野生型载体和突变型表达质粒载体,通过miR-144-5p与293T细胞共转染进行双荧光素酶相对活性检测,验证miR-144-5p与其候选基因的作用关系,探讨其在脂质代谢调控中的作用机制。【结果】双峰驼血浆外泌体呈杯状或圆形,直径约100 nm,粒径分布范围为30~150 nm;两组双峰驼外泌体间共有40个差异表达miRNAs,miR-144-5p是差异最显著的miRNA(P<0.01);miR-144-5p序列在不同物种间高度保守;预测其靶基因是过氧化物酶体增殖受体γ辅激活因子α(PGC-1α),该基因主要参与胆固醇平衡和脂质磷酸化等过程,富集于甘油酯代谢、胆固醇代谢和动脉粥样硬化等信号通路;miR-144-5p对野生型PGC-1α-3′-UTR载体的荧光素酶相对活性具有极显著抑制作用(P<0.01),而在突变型PGC-1α重组质粒组中,转染后48 h时,miR-144-5p的荧光素酶活性与阴性对照组相比无显著差异(P>0.05),表明miR-144-5p通过结合PGC-1α基因种子序列来抑制PGC-1α的表达。【结论】本研究揭示了miR-144-5p在不同体型双峰驼血浆外泌体中的表达差异,并证实其通过调控PGC-1α在脂质代谢中发挥重要作用。 展开更多
关键词 双峰驼 外泌体 miR-144-5p 脂质代谢 基因 双荧光素酶报告系统
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oar-miR-103和oar-miR-107通过靶向IL-1β基因区域调节其表达
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作者 高之煜 顾兰英 +7 位作者 范文雨 曹鑫艳 陈创夫 肖非 易继海 盛金良 张彦兵 孙延鸣 《动物医学进展》 北大核心 2025年第6期31-35,共5页
为确定oar-miR-103和oar-miR-107靶向IL-1β基因的区域及结合能力,验证绵羊oar-miR-103和oar-miR-107对绵羊IL-1β表达的调控作用,用miRanda软件分析oar-miR-103、oar-miR-107靶向IL-1β基因的具体区域和结合能力;将IL-1β基因插入PGL3-... 为确定oar-miR-103和oar-miR-107靶向IL-1β基因的区域及结合能力,验证绵羊oar-miR-103和oar-miR-107对绵羊IL-1β表达的调控作用,用miRanda软件分析oar-miR-103、oar-miR-107靶向IL-1β基因的具体区域和结合能力;将IL-1β基因插入PGL3-promoter荧光素酶报告基因载体XbaⅠ酶切位点,分别将miR-NC、miR-103和miR-107模拟物与荧光素酶质粒共转染,通过双荧光素酶报告试验分析oar-miR-103和oar-miR-107与IL-1β基因区域靶向关系;分离原代绵羊肺泡巨噬细胞,miR-NC、miR-103和miR-107模拟物分别转染原代肺泡巨噬细胞,转染36 h后,通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测各组细胞中IL-1β表达水平。结果显示,oar-miR-103和oar-miR-107分别靶向IL-1β基因2个、3个区域;成功构建了荧光素酶报告载体pGL3-promoter-IL-1β;双荧光素酶试验显示,与miR-NC组相比,oar-miR-103和oar-miR-107两组均使pGL3-promoter-IL-1β活性显著下降(P<0.01);与miR-NC组相比,oar-miR-107显著抑制了巨噬细胞IL-1βmRNA转录表达(P<0.05)。说明oar-miR-103和oar-miR-107可通过靶向IL-1β基因区域调节其表达,为解析IL-1β表达机理积累了资料。 展开更多
关键词 白介素1Β micrornaS MIRANDA 荧光素酶报告基因
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靶向mRNA测序技术在血液病融合基因诊断中的应用
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作者 王曼 张灵 +7 位作者 陈艳 解珺丹 姚红 姚利 岑建农 陈子兴 陈苏宁 沈宏杰 《中国实验血液学杂志》 北大核心 2025年第4期1209-1216,共8页
目的:探讨靶向mRNA测序技术在血液病融合基因诊断中的应用。方法:回顾性分析2015年1月到2023年6月苏州大学附属第一医院收治的105例嗜酸细胞比例异常升高患者、291例急性白血病患者的骨髓或外周血RNA标本,采用实验室自建靶向mRNA测序技... 目的:探讨靶向mRNA测序技术在血液病融合基因诊断中的应用。方法:回顾性分析2015年1月到2023年6月苏州大学附属第一医院收治的105例嗜酸细胞比例异常升高患者、291例急性白血病患者的骨髓或外周血RNA标本,采用实验室自建靶向mRNA测序技术检测结构变异。结果:105例嗜酸细胞比例异常升高患者中检测到结构变异患者6例,其中5例融合基因检测结果可以作为髓系肿瘤伴嗜酸细胞增多症诊断指标,另外在1例非特指型慢性嗜酸性粒细胞白血病患者中检测到IL3∷ETV6融合基因。119例急性髓细胞白血病患者中采用靶向mRNA测序技术检测出结构变异患者占31.9%(38/119),高于多重定量PCR检测检出率的20.2%(24/119)(P<0.05)。在急性髓细胞白血病患者中检测到1例具有罕见双融合基因NUP98∷PRRX2和KCTD5∷JAK2。172例多重定量PCR检测阴性的急性B淋巴细胞白血病患者中采用靶向mRNA测序技术检测出结构变异患者104例,检出率达到60.5%(102/172)。结论:靶向mRNA测序技术能有效检测血液病融合基因,在血液病诊断、分型中具有潜在的临床应用价值。 展开更多
关键词 向mRNA测序 血液病 融合基因 诊断
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MYB调控靶基因参与植物应答重金属胁迫的研究进展
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作者 何锐 兴旺 +1 位作者 刘大丽 鲁振强 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第3期419-430,共12页
镉、铅等重金属对土壤的污染越来越严重,它们不仅干扰植物的生命周期,而且降低作物产量,甚至导致植物死亡。因此,植物自身进化出一系列防御机制来抵抗重金属胁迫。植物的转录因子MYB是逆境胁迫的关键调控因子,它可与下游靶基因共调控来... 镉、铅等重金属对土壤的污染越来越严重,它们不仅干扰植物的生命周期,而且降低作物产量,甚至导致植物死亡。因此,植物自身进化出一系列防御机制来抵抗重金属胁迫。植物的转录因子MYB是逆境胁迫的关键调控因子,它可与下游靶基因共调控来应对重金属胁迫,从而赋予植物对重金属的耐受性,减少重金属对植物的危害。了解植物应对重金属胁迫(尤其是镉胁迫)的分子机制是植物生物技术研究和农业育种的首要目标。本文主要从MYB家族成员的鉴定和特征、MYB的功能及调控靶基因的机制、MYB如何通过光合、激素等调控靶基因参与重金属胁迫应答等方面进行综述;深入探讨在植物对重金属胁迫的适应机制中,MYB转录因子通过信号通路(活性氧稳态、脱落酸、赤霉素信号转导、光合作用等)结合靶基因或启动子元件,参与植物对重金属的吸收调节、运输和螯合的机理。本文为进一步开发和利用MYB转录因子以增强植物对重金属胁迫耐受性提供了理论基础。 展开更多
关键词 MYB 转录因子 基因 调控 重金属胁迫 功能
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gga-miR-1574-5p生物学功能预测及其与G3BP2基因靶向关系验证
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作者 平玉宇 黄烜 +5 位作者 蔡清清 王强州 王佳兴 白皓 陈世豪 常国斌 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第7期2981-2991,共11页
【目的】gga-miR-1574-5p是细胞营养匮乏反应相关的miRNA。本研究旨在分析gga-miR-1574-5p功能并鉴定其与G3BP2基因之间的靶向关系,为进一步解析gga-miR-1574-5p的生物学功能提供科学依据。【方法】通过在线工具miRBase获得gga-miR-1574... 【目的】gga-miR-1574-5p是细胞营养匮乏反应相关的miRNA。本研究旨在分析gga-miR-1574-5p功能并鉴定其与G3BP2基因之间的靶向关系,为进一步解析gga-miR-1574-5p的生物学功能提供科学依据。【方法】通过在线工具miRBase获得gga-miR-1574-5p的成熟序列;使用TargetScan数据库预测gga-miR-1574-5p的靶基因进行GO功能与KEGG通路富集分析,并预测其与G3BP2基因的结合位点;使用双荧光素酶报告基因试验验证gga-miR-1574-5p与G3BP2的靶向关系;运用实时荧光定量PCR检测过表达gga-miR-1574-5p对G3BP2基因表达影响;采用Western blotting检测鸡巨噬细胞中gga-miR-1574-5p对G3BP2蛋白的表达影响。【结果】GO功能富集显示,gga-miR-1574-5p的潜在靶基因主要富集于细胞核、细胞质膜等细胞组分;RNA聚合酶Ⅱ的转录调控、RNA聚合酶Ⅱ的正向转录调控等生物过程;以及蛋白质结合、ATP结合等分子功能。KEGG通路富集显示,靶基因主要富集到卵母细胞减数分裂、TGF-β信号通路和线粒体自噬通路等。TargetScan数据库检测到gga-miR-1574-5p种子区与鸡G3BP2基因3′-非翻译区(3′-UTR)存在结合位点;与G3BP2-3′-UTR野生型质粒和NC-mimics共转染组相比,G3BP2-3′-UTR野生型质粒和gga-miR-1574-5p mimics共转染组的双荧光素酶活性极显著降低(P<0.01)。实时荧光定量PCR结果表明,与NC-mimics组相比,转染20 nmol/L gga-miR-1574-5p mimics后对G3BP2基因表达水平无显著影响(P>0.05),而转染30、50 nmol/L gga-miR-1574-5p mimics组中G3BP2基因表达量显著或极显著降低(P<0.05;P<0.01)。Western blotting结果显示,转染gga-miR-1574-5p mimics(20、30、50 nmol/L)后G3BP2蛋白表达水平均极显著低于转染NC-mimics组(P<0.01)。【结论】gga-miR-1574-5p与G3BP2基因存在靶向关系,且gga-miR-1574-5p能通过与G3BP2-3′-UTR特异性结合抑制鸡巨噬细胞中G3BP2基因及蛋白的表达。 展开更多
关键词 gga-miR-1574-5p 基因 G3BP2基因 应激颗粒
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海南本地抗病小米辣响应象耳豆根结线虫侵染的miRNA鉴定及其靶基因预测
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作者 高畅 张志远 +3 位作者 刘子记 陈梅红 朱婕 曹振木 《热带作物学报》 北大核心 2025年第7期1571-1583,共13页
象耳豆根结线虫(Meloidogyneenterolobii)是一种对辣椒生产危害较大的病原物,使用抗病品种是防治该病害最为经济、环保的手段。深入理解根结线虫抗性调控机理将有利于加速抗病育种进程。本课题组前期研究中对海南本地抗病小米辣种质CF2... 象耳豆根结线虫(Meloidogyneenterolobii)是一种对辣椒生产危害较大的病原物,使用抗病品种是防治该病害最为经济、环保的手段。深入理解根结线虫抗性调控机理将有利于加速抗病育种进程。本课题组前期研究中对海南本地抗病小米辣种质CF25进行了接种前后的转录组数据分析,挖掘了与根结线虫抗性相关的代谢通路。为进一步探索抗性表达调控机理,本研究对CF25接种前后sRNA文库进行了高通量测序,共检测到133个差异表达miRNAs。以P≤0.05和|log2(FC)|≥3为筛选标准,鉴定出33个显著差异表达的miRNAs,其中包括19个已知miRNAs和14个新发现miRNAs。对33个显著差异表达的miRNAs进行靶基因预测,共得到373个靶基因,其中miR5658-z预测靶基因数量最多。GO功能和KEGG代谢通路富集分析显示靶基因主要富集于植物-病原菌互作、信号转导等通路,推测miRNA介导的信号转导及植物防御反应可能是CF25抗象耳豆根结线虫的重要原因。为初步验证差异表达miRNA和靶基因间的调控关系,选取6个差异表达miRNAs及其靶基因进行qRT-PCR表达验证,得出miRNA与靶基因的表达差异趋势与高通量测序结果一致,基本符合miRNA负向调控靶基因表达的规律。以上研究结果表明miRNA可能在辣椒对根结线虫的防御反应中起到了重要作用,为后续深入解析miRNA介导的根结线虫抗性机理奠定基础。 展开更多
关键词 灌木辣椒 抗象耳豆根结线虫 sRNA测序 miRNA 基因
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基于双荧光素酶报告基因的抗炎活性益生菌靶向筛选方法的建立与验证
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作者 苗梦雅 邵君琳 +5 位作者 王光强 宋馨 杨昳津 熊智强 艾连中 夏永军 《食品科学》 北大核心 2025年第15期136-144,共9页
为快速筛选获得具有抗炎活性的益生菌,构建一种双荧光素酶报告基因系统筛选方法。将含有核因子-κB(nuclear factor-kappa B,NF-κB)响应元件的双荧光素酶质粒转染至293T细胞,通过优化转染条件以及脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导... 为快速筛选获得具有抗炎活性的益生菌,构建一种双荧光素酶报告基因系统筛选方法。将含有核因子-κB(nuclear factor-kappa B,NF-κB)响应元件的双荧光素酶质粒转染至293T细胞,通过优化转染条件以及脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导浓度等条件,建立筛选系统。采用该系统对筛选得到的86株菌株抗炎活性进行评价,同时采用巨噬细胞RAW264.7炎症模型进行对比。结果表明,最佳转染条件为:pNF-κB-luc质粒与pRL-TK质粒比50∶1、质粒与转染试剂比1∶1、转染时间24 h、LPS诱导质量浓度100 ng/mL。对比结果显示,本实验建立的双荧光素酶报告系统具有可靠性(Z’=0.6632)与稳定性(R^(2)=0.74699),菌株筛选结果与RAW264.7炎症模型筛选结果一致。通过本方法最终获得植物乳植杆菌x30、发酵粘液乳杆菌x58与融合魏斯氏菌x83共3株具有良好抗炎活性的菌株,可有效抑制NF-κB通路的激活,显著降低白细胞介素(interleukin,IL)-1β、肿瘤坏死因子-α、NF-κB p65炎症因子的表达,提高IL-10的表达。本系统为靶向筛选具有抗炎活性的益生菌提供了新思路。 展开更多
关键词 抗炎活性 向筛选 双荧光素酶报告基因 核因子-ΚB
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大豆gma-miR1514b对靶基因GmNAC120的调控研究
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作者 王嘉玉 倪志勇 于月华 《大豆科学》 北大核心 2025年第3期61-67,共7页
为探究gma-miR1514b与靶基因GmNAC120之间的调控作用,利用生物信息学方法预测gma-miR1514b的靶基因及结合位点,构建野生型和突变型GmNAC120的瞬时转化烟草及双荧光素酶载体,将gma-miR1514b与野生型和突变型GmNAC120分别组合后共转化烟... 为探究gma-miR1514b与靶基因GmNAC120之间的调控作用,利用生物信息学方法预测gma-miR1514b的靶基因及结合位点,构建野生型和突变型GmNAC120的瞬时转化烟草及双荧光素酶载体,将gma-miR1514b与野生型和突变型GmNAC120分别组合后共转化烟草叶片,检测GmNAC120的表达量、双荧光素酶活性及荧光强度。结果显示:成功构建野生型与突变型GmNAC120基因的表达载体;相对表达量结果表明,共转化gma-miR1514b与野生型GmNAC120烟草叶片中GmNAC120的表达量较低,而gma-miR1514b与突变型GmNAC120烟草叶片中GmNAC120基因的表达量较高;双荧光素酶活性及荧光表达结果表明,gma-miR1514b可以降低野生型GmNAC120的双荧光素酶活性和荧光强度,而对于突变型GmNAC120的双荧光素酶活性和荧光强度则没有抑制作用。研究表明gma-miR1514b能够靶向切割GmNAC120 mRNA,并负调控GmNAC120的表达。研究结果可为研究大豆gma-miR1514b调控的抗逆网络提供依据。 展开更多
关键词 gma-miR1514b GmNAC120 基因 烟草瞬时表达 双荧光素酶
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MicroRNA促进基因表达研究进展
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作者 张潇 于燕 +2 位作者 宁勇 洪绮雯 史怀平 《遗传》 北大核心 2025年第7期729-741,共13页
MicroRNA(miRNA)是一类具有调节功能的内源性非编码单链RNA。传统观点认为,miRNA在细胞质中与靶标mRNA 3′UTR结合降解mRNA或抑制翻译,从而发挥负向调控作用。然而,这一模型难以解释许多miRNA在基因表达中的促进作用。越来越多的研究表... MicroRNA(miRNA)是一类具有调节功能的内源性非编码单链RNA。传统观点认为,miRNA在细胞质中与靶标mRNA 3′UTR结合降解mRNA或抑制翻译,从而发挥负向调控作用。然而,这一模型难以解释许多miRNA在基因表达中的促进作用。越来越多的研究表明,增强子或启动子介导的转录激活,以及UTR介导翻译促进,是miRNA正向调控基因表达的主要机制;此外,miRNA的亚细胞分布及具体的生理条件也会影响miRNA的功能。本文综述了内源性动物miRNA正向调控的机制及特点,旨在深入探讨miRNA调控基因表达的分子机制,并为后续研究提供参考。 展开更多
关键词 MIRNA 基因 正向调控
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牛miR-155靶基因预测及其组织表达分析
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作者 何学亮 徐俊杰 +7 位作者 姬小云 丁燕玲 曲畅 周小南 梁嘉豪 魏大为 史远刚 康晓龙 《中国草食动物科学》 北大核心 2025年第1期11-18,共8页
为探究bta-miR-155在牛重要组织中的潜在功能,使用miRDB、TargetScan和miRWalk在线软件预测bta-miR-155靶基因,利用DAVID在线数据库对预测靶基因进行GO注释和KEGG通路富集分析;利用MEGA 11.0软件对牛、人、猪、狗、大鼠、家鼠、山羊和... 为探究bta-miR-155在牛重要组织中的潜在功能,使用miRDB、TargetScan和miRWalk在线软件预测bta-miR-155靶基因,利用DAVID在线数据库对预测靶基因进行GO注释和KEGG通路富集分析;利用MEGA 11.0软件对牛、人、猪、狗、大鼠、家鼠、山羊和恒河猴的miR-155进行保守性分析并进行系统进化树构建;最后利用RT-qPCR技术对bta-miR-155在牛主要组织心、脾、肺、肾、睾丸、股二头肌和背最长肌中的表达进行检测。结果表明,bta-miR-155位于牛基因组1号染色体,其成熟序列在各物种间保守性较高,只有猪、家鼠和大鼠在12 nt或23 nt处不完全保守或缺失,且有24个预测靶基因;GO功能分析发现,bta-miR-155靶基因富集程度高的条目主要有RNA聚合酶Ⅱ启动子对pri-miRNA转录的正向调控、NF-kappaB转录因子活性的正调控、白细胞介素-1β产生的正调控、平滑肌细胞增殖的正向调节和成肌细胞分化的负调控等;KEGG通路显著富集于脂质和动脉粥样硬化、白细胞分化抗原36、固醇调节元件结合蛋白1、NOD样受体、白细胞介素18和脂肪细胞因子等信号通路。bta-miR-155的组织表达分析结果表明,bta-miR-155在成年牛股二头肌中的表达量最高,在心肌中的表达量最低;成年牛背最长肌中bta-miR-155的表达量显著高于犊牛(P<0.05)。综上,btamiR-155在牛肌肉组织中的高表达提示其可能在肌肉生长发育过程中发挥重要作用,为后续开展bta-miR-155在牛肌肉发育、肌纤维类型转化中的分子功能探究奠定了基础。 展开更多
关键词 bta-miR-155 基因预测 组织表达
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非小细胞肺癌靶向药物治疗相关基因检测的临床意义
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作者 朱慧娟 汤惠 +1 位作者 彭会贞 丁伟 《临床与实验病理学杂志》 北大核心 2025年第5期644-647,共4页
目的探讨非小细胞肺腺癌中10个驱动基因EGFR、ALK、ROS1、RET、KRAS、NRAS、BRAF、PIK3CA、HER2和MET的突变情况,探索10个基因联合检测的临床意义。方法收集133例非小细胞肺腺癌,提取DNA和RNA后,运用探针扩增阻碍系统PCR(ARMS-PCR)法对... 目的探讨非小细胞肺腺癌中10个驱动基因EGFR、ALK、ROS1、RET、KRAS、NRAS、BRAF、PIK3CA、HER2和MET的突变情况,探索10个基因联合检测的临床意义。方法收集133例非小细胞肺腺癌,提取DNA和RNA后,运用探针扩增阻碍系统PCR(ARMS-PCR)法对标本进行基因检测。结果非小细胞肺癌中10个驱动基因联合检测的总突变阳性率为74.44%(99/133),各基因突变频率为EGFR 49.62%(66/133),KRAS 9.77%(13/133),ALK融合4.51%(6/133),ROS1融合1.50%(2/133),RET融合1.50%(2/133),MET 14号外显子跳跃3.00%(4/133),HER23.76%(5/133),NRAS 0.75%(1/133),PIK3CA 0.75%(1/133),BRAF基因突变未检测出。结论非小细胞肺腺癌中除EGFR基因突变频率较高外,KRAS及ALK融合突变频率也相对较高,EGFR和KRAS基因突变与性别有关,且KRAS突变与吸烟有关,MET 14号外显子跳跃与年龄密切相关。10个驱动基因联合检测可一次性获得更多基因突变信息,对于临床穿刺样本意义重大,指导非小细胞肺癌靶向药物治疗,NSCLC总生存率获得持续改善。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 驱动基因 基因检测 双突变 分子向治疗
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血浆游离DNA检测对非小细胞肺癌靶向治疗相关基因筛选及患者预后预测的研究
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作者 邓绮玲 宋迪 +3 位作者 奚可欣 谢晓婷 吴小延 赵卫 《中国癌症杂志》 北大核心 2025年第4期355-364,共10页
背景与目的:肿瘤患者血浆游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)高通量检测广泛用于肿瘤靶向治疗相关基因的筛选。本研究探讨cfDNA中Ⅰ类及Ⅱ类靶向治疗相关基因变异类型及数量与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患癌预后的关系... 背景与目的:肿瘤患者血浆游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)高通量检测广泛用于肿瘤靶向治疗相关基因的筛选。本研究探讨cfDNA中Ⅰ类及Ⅱ类靶向治疗相关基因变异类型及数量与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患癌预后的关系。方法:收集2021年—2023年在中山大学肿瘤防治中心进行血浆cfDNA高通量测序项目的NSCLC患者的测序结果及临床资料,并对入组患者从2021年6月1日采集血浆当天开始截至2024年5月27日进行生存随访,并使用GraphPad Prism 8.0及SPSS Statistics 25.0对患者生存期与临床资料及测序结果中Ⅰ类与Ⅱ类靶向治疗相关基因类型及数目进行单因素及多因素统计学分析(伦理批号:B2024-359-01)。结果:313例NSCLC患者中确诊时分期Ⅰ期25例(7.98%)、Ⅱ期20例(6.39%)、Ⅲ期38例(12.14%)和Ⅳ期230例(73.48%);组内NSCLC分型包含腺癌(90.10%),鳞癌(5.11%),大细胞癌(2.87%)及其他分型(1.92%);入组的NSCLC患者血浆cfDNA中Ⅰ类与Ⅱ类靶向治疗相关基因数及占比分别为:0个(25.24%)、1个(17.57%)、2个(19.17%)、3个(14.38%)、4个(8.31%)、5个及以上(15.34%)。患者血浆cfDNA高通量测序检测结果中,突变频率最高的3个基因分别为EGFR、TP53、ERBB2基因,其中EGFR基因突变频率为36.04%,TP53基因突变频率为30.63%,ERBB2基因突变频率为4.95%。患者生存期不仅与热点靶向基因表达情况相关,与血浆cfDNA高通量测序中Ⅰ类和Ⅱ类靶向相关位点基因变异个数也呈正相关。经过治疗后无靶向治疗相关基因的位点变异比有靶向治疗相关基因的位点变异的患者的生存期长,死亡风险可降低63.2%。而单纯一个基因位点变异比多个驱动基因位点变异的患者的生存期长,死亡风险更低,所测得的Ⅰ类及Ⅱ类靶向治疗药物在3个基因数以内,基因数目越少,患者的生存期越长。结论:血浆cfDNA高通量测序中Ⅰ类和Ⅱ类靶向相关位点基因变异个数对经过治疗后的NSCLC患者的生存期有影响。血浆cfDNA高通量测序检测可作为患者预后的评估指标。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 血浆游离DNA 高通量测序 基因突变位点 向治疗药物筛选 生存分析
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microRNA靶向机制及其在动物生产中的研究进展
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作者 郑润韬 吴华 +4 位作者 许恩榕 陈林 刘嘉逸 王文胜 陈自鑫 《饲料工业》 北大核心 2025年第10期151-160,共10页
microRNA(miRNA)通过靶向mRNA的3’-UTR调控基因表达,参与繁殖、泌乳及氧化应激等生物过程。文章综合评述了其生物合成、靶向预测及其基因调控机制,并探讨了其在动物生产中的功能。miRNA研究对提高动物生产性能的分子生物学策略至关重要... microRNA(miRNA)通过靶向mRNA的3’-UTR调控基因表达,参与繁殖、泌乳及氧化应激等生物过程。文章综合评述了其生物合成、靶向预测及其基因调控机制,并探讨了其在动物生产中的功能。miRNA研究对提高动物生产性能的分子生物学策略至关重要,以期为应用、预测与管理开辟新的途径。 展开更多
关键词 MIRNA 向机制 动物生产 生物合成 基因表达调控
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