开放性实验:基于超高效液相色谱-串联质谱法的甲状腺癌组织切片蛋白质组定量分析

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作者 李一岚 袁辉明 +3 位作者 曹竞天 郑怡迪 李兰 高培峰 《色谱》 北大核心 2025年第3期275-282,共8页

开放性实验课程是培养本科生实践能力、创新思维和团队协作精神的重要手段。本项目基于超高效液相色谱-串联质谱法(UHPLC-MS/MS)在蛋白质组前沿领域的研究,设计了一个本科生开放性实验,即基于UHPLC-MS/MS完成甲状腺癌组织切片蛋白质组... 开放性实验课程是培养本科生实践能力、创新思维和团队协作精神的重要手段。本项目基于超高效液相色谱-串联质谱法(UHPLC-MS/MS)在蛋白质组前沿领域的研究,设计了一个本科生开放性实验,即基于UHPLC-MS/MS完成甲状腺癌组织切片蛋白质组定量分析。首先,评价不同蛋白质裂解液对蛋白质的提取能力,以筛选适当的试剂用于蛋白质组样品预处理,可培养学生的动手能力和科研思维。其次,优化液相色谱-质谱采集方法,实现蛋白质组的深度覆盖分析,加深学生对于液相色谱-质谱技术的认识。最后,将该方法用于石蜡包埋甲状腺乳头状癌组织切片样品蛋白质组定量分析,发现了33个差异蛋白质,展示出在疾病分型方面的应用潜力。该开放性实验将仪器分析、分析化学和生物化学三门课程理论与实验相关知识交叉融合在一起,将科研思路和创新理念渗透给本科生。以进行大型仪器操作和创新性实验的形式帮助学生拓展巩固理论知识,有助于学生形成系统化知识体系,增强其对相关领域知识的整体把握,激发本科生科学研究的兴趣,开拓创新思维,增加团队合作精神。 展开更多

关键词 液相色谱 质谱 蛋白质组学 无标记定量 实验教学

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基于label-free定量蛋白质组学方法筛选沉默CHAF1B基因后心肌细胞差异表达蛋白及调控网络分析

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作者 康彦红 顾爱琴 +1 位作者 张莹 黄帅 《首都医科大学学报》 CAS 北大核心 2024年第2期312-321,共10页

目的分析沉默染色质装配因子1亚基B(chromatin assembly factor 1 subunit B,CHAF1B)基因后心肌细胞中差异表达蛋白,预测CHAF1B基因调控网络,为寻找促进心肌细胞修复的潜在治疗靶点提供参考。方法采用转染和蛋白质印迹法筛选沉默CHAF1B... 目的分析沉默染色质装配因子1亚基B(chromatin assembly factor 1 subunit B,CHAF1B)基因后心肌细胞中差异表达蛋白,预测CHAF1B基因调控网络,为寻找促进心肌细胞修复的潜在治疗靶点提供参考。方法采用转染和蛋白质印迹法筛选沉默CHAF1B基因的有效小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)。应用有效siRNA沉默人源心肌AC16细胞CHAF1B基因后,采用细胞活力检测方法检测细胞活力;提取总蛋白质进行定量、还原、烷基化和胰蛋白酶裂解成肽段,利用高效液相串联质谱法鉴定肽段;搜索UniProt蛋白库筛选差异表达的蛋白质进行基因本体(Gene Ontology,GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集和蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks,PPI)分析。结果siRNA有效沉默CHAF1B基因后,心肌细胞存活明显受到抑制;label-free定量蛋白质组学方法鉴定结果显示,共有69个差异表达蛋白质,其中50个表达显著上调(差异倍数≥2,P<0.05),19个表达显著下调(差异倍数≤0.5,P<0.05)。GO分析显示,差异表达蛋白质主要参与大分子复合亚基体、细胞组分生物合成和组装等生物学过程,分布在细胞质和囊泡等区域,发挥蛋白质结合等分子功能。KEGG通路富集和PPI分析显示,差异表达蛋白质参与的信号通路包括蛋白酶体、氨酰tRNA生物合成、胞吞、嘧啶代谢和氨基酸生物合成等10条信号途径;表达显著上调的蛋白质如蛋白酶体亚单位A2和B7、26 S蛋白酶体调节亚单位6B和10B参与蛋白酶体途径,丝氨酸、甘氨酸、谷氨酰胺和赖氨酸tRNA合成酶介导氨酰tRNA生物合成;表达显著下调的蛋白质包括骨架相关蛋白2/3复合体亚单位3和热休克70蛋白1样参与胞吞作用,核糖核苷-二磷酸还原酶大亚基介导嘧啶代谢等通路。实时荧光定量聚合酶链式反应结果证实,转染CHAF1B siRNA后心肌细胞中合成骨架相关蛋白2/3复合体亚单位3的基因ARPC3和氨酰tRNA生物合成关键基因QARS1的mRNA水平均显著降低。结论CHAF1B为心肌细胞存活的关键蛋白质,参与调控心肌细胞的胞吞和氨基酸生物合成等多种生物学过程,参考其调控网络可帮助寻找促进心肌细胞修复的干预环节。 展开更多

关键词 label-free定量蛋白质谱 染色质装配因子1亚基B 基因敲低

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基于生物质谱的蛋白质组学绝对定量方法研究进展 被引量：12

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作者 曹冬 张养军 钱小红 《质谱学报》 EI CAS CSCD 2008年第3期185-191,共7页

蛋白质组学定量方法包括相对定量和绝对定量两部分。相对定量蛋白质组学(也称比较蛋白质组学)是指对不同生理病理状态下细胞、组织或体液蛋白质表达量的相对变化进行比较分析;绝对定量蛋白质组学是测定细胞、组织或体液蛋白质组中每种... 蛋白质组学定量方法包括相对定量和绝对定量两部分。相对定量蛋白质组学(也称比较蛋白质组学)是指对不同生理病理状态下细胞、组织或体液蛋白质表达量的相对变化进行比较分析;绝对定量蛋白质组学是测定细胞、组织或体液蛋白质组中每种蛋白质的绝对量或浓度。目前蛋白质组学的绝对定量方法主要有基于内标法的蛋白质组学绝对定量方法和基于质谱数据统计分析的非标记方法。蛋白质组学定量的信息可以帮助了解蛋白质在相互作用网络中所起的作用;通过对临床生物标记物绝对量的分析,可以帮助直观地判断疾病的发生和发展过程,这对于临床诊断和疾病治疗都具有现实的指导意义。 展开更多

关键词 定量蛋白质组 绝对定量 同位素标记法 非标记定量法 生物质谱

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基于生物质谱的蛋白质定量技术及其在药代动力学研究中的应用 被引量：3

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作者 吴梦秋 陆高远 +5 位作者 邵畅 王单单 孙迪 郝海平 王广基 叶慧 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期129-140,共12页

蛋白质定量技术是指对细胞、组织以至整体生物体内的蛋白质表达水平进行全谱定量分析的手段,其在生物过程机制的探索、生物标志物和药物作用靶标的发现及验证等过程中发挥着重要作用。新兴生物质谱技术和数据采集方法的发展为蛋白质定... 蛋白质定量技术是指对细胞、组织以至整体生物体内的蛋白质表达水平进行全谱定量分析的手段,其在生物过程机制的探索、生物标志物和药物作用靶标的发现及验证等过程中发挥着重要作用。新兴生物质谱技术和数据采集方法的发展为蛋白质定量提供了先进的技术平台,促使了蛋白质研究逐渐从简单定性转变为精确定量。本文综述了基于生物质谱的蛋白分子定量策略及方法,评述了不同方法的特点和适用范围,并阐述了其在药物代谢动力学研究领域,如药物转运体、药物代谢酶的定量和多肽及蛋白类药物的药代动力学研究等方面的应用,为传统的药代动力学研究提供了新的思路与方法。 展开更多

关键词 生物质谱 蛋白质定量技术 药物转运体 代谢酶 蛋白与多肽类药物

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金属标记结合高效液相色谱-选择离子监测质谱的蛋白质绝对定量新方法 被引量：1

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作者 李佳斌 周廉淇 +4 位作者 颜辉 李楠楠 郝斐然 田芳 张养军 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期361-368,共8页

建立了金属标记结合高效液相色谱-选择性离子监测质谱（SIM）的蛋白质绝对定量新方法。实验考察了金属标记效率、金属标记的稳定性、标记后肽段的色谱保留和质谱行为、新定量方法的线性范围和准确度。实验结果表明金属标记具有标记效率... 建立了金属标记结合高效液相色谱-选择性离子监测质谱（SIM）的蛋白质绝对定量新方法。实验考察了金属标记效率、金属标记的稳定性、标记后肽段的色谱保留和质谱行为、新定量方法的线性范围和准确度。实验结果表明金属标记具有标记效率高，稳定性好，色谱保留行为一致等优点。另外，金属标记-选择离子监测质谱绝对定量方法灵敏度高，其定量限低至1 fmol，线性范围为1-500 fmol，线性范围内 R2值大于0.99，具有良好的线性关系；经过测量，标准肽段的回收率为117.01％，说明该方法具有较高的准确度。将该方法应用于腾冲嗜热菌中烯醇酶蛋白的定量分析，相对标准偏差为5.47％，表明该方法的精密度高。以上结果表明该方法可以用于生物样本中的蛋白质的绝对定量分析，为比较简单的生物样本中蛋白质的绝对定量方法提供了一种新的选择。 展开更多

关键词 金属标记 高效液相色谱 选择离子监测质谱 蛋白质 绝对定量

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巴山木竹蛋白质可见/近红外光谱定量分析模型研究 被引量：1

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作者 王逸之 董文渊 《西北林学院学报》 CSCD 北大核心 2017年第4期69-72,110,共5页

探讨了运用可见/近红外光谱分析技术建立巴山木竹蛋白质定量分析模型的可行性。运用传统方法实测了样品蛋白质含量,并运用光谱分析软件建立了样品蛋白质含量与光谱数据的PLS与PCR校正模型。基于主要性能指标对不同光谱预处理与建模方法... 探讨了运用可见/近红外光谱分析技术建立巴山木竹蛋白质定量分析模型的可行性。运用传统方法实测了样品蛋白质含量,并运用光谱分析软件建立了样品蛋白质含量与光谱数据的PLS与PCR校正模型。基于主要性能指标对不同光谱预处理与建模方法进行评价,筛选出最优校正模型并使用验证集样品对校正模型的预测能力进行了验证。巴山木竹竹叶与竹秆蛋白质最优校正模型的决定系数(R_c^2)分别为0.935和0.862,交叉验证均方差(RMSEC)分别为0.351和0.172;经外部验证,预测模型决定系数(R_p^2)分别为0.916和0.874,验证集样品的相对分析误差(RPD)分别为3.562和2.840。表明应用可见/近红外光谱分析技术可以实现巴山木竹蛋白质含量快速检测。 展开更多

关键词 巴山木竹 蛋白质 可见/近红外光谱 定量分析

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基于液相色谱-质谱联用技术的蛋白质类肿瘤标志物定量方法研究进展 被引量：4

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作者 樊小雪 翟睿 +8 位作者 楚占营 朱曼曼 雷喜梅 宋雨蒙 武利庆 江游 戴新华 方向 俞晓平 《质谱学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第3期263-277,共15页

液相色谱-质谱(LC-MS)联用技术因具有高通量、高灵敏度等优点而成为发现、验证生物标志物及对生物标志物进行定量分析的有力工具。近年来,LC-MS在临床应用中,特别是在定量肿瘤生物标志物方面做出了重要贡献。研究人员通过不同的设计原... 液相色谱-质谱(LC-MS)联用技术因具有高通量、高灵敏度等优点而成为发现、验证生物标志物及对生物标志物进行定量分析的有力工具。近年来,LC-MS在临床应用中,特别是在定量肿瘤生物标志物方面做出了重要贡献。研究人员通过不同的设计原理开发出多种定量方法,逐步实现了对高度复杂样品中蛋白质类肿瘤标志物的准确定量。本文从用于定量蛋白质类肿瘤标志物的样品前处理方法及LC-MS分析中的质谱扫描策略两个方面,对近年来的主要定量方法进行总结。 展开更多

关键词 液相色谱-质谱(LC-MS) 蛋白质 肿瘤标志物 定量方法

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基于质谱的蛋白质绝对定量研究策略和建议 被引量：8

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作者 沈枫林 熊悦婷 +1 位作者 刘晓慧 杨芃原 《质谱学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第2期101-117,共17页

科学家已经研究获得了大量的蛋白质/多肽潜在生物标志物,这些生物标志物需要经过验证和确证才能进一步转化到临床应用。针对蛋白质/多肽的绝对定量研究在标志物验证和确证过程中起到关键作用。传统的蛋白质定量方法,如酶联免疫吸附试验(... 科学家已经研究获得了大量的蛋白质/多肽潜在生物标志物,这些生物标志物需要经过验证和确证才能进一步转化到临床应用。针对蛋白质/多肽的绝对定量研究在标志物验证和确证过程中起到关键作用。传统的蛋白质定量方法,如酶联免疫吸附试验(ELISA)技术存在蛋白质抗体难以获得、不同抗体批次之间存在差异、基于抗体的检测存在交叉反应等问题。近年来,随着质谱仪器性能的提升,质谱法已经广泛应用于蛋白质大分子以及代谢物小分子定量研究领域,基于质谱法的蛋白质/多肽定量方法也得到发展,其中靶向蛋白质组学技术,如SRM/MRM、PRM和MRM 3技术结合标准品可对目标蛋白质/多肽进行精确多重定量。因此,基于靶向质谱法的蛋白质/肽段绝对定量的策略应运而生。根据标准品不同,质谱绝对定量方法包括基于合成肽段、基于合成完整蛋白以及基于标记试剂。本文详细介绍了基于质谱法的蛋白质/多肽绝对定量策略的研究进展,对比各种策略的优势和限制,总结其在生物医学研究领域的应用。同时,还总结了目前蛋白质绝对定量面临的挑战,并根据已有研究报道对提高定量的精确度,促进蛋白质/多肽定量技术向临床转化提出建议,包括对标准品肽段的选择、处理、储存,标准曲线的建立,以及对整个流程严格的质控方法。 展开更多

关键词 蛋白质标志物 靶向蛋白质组学 绝对定量 液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)

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液质联用多反应监测法定量目标多肽或蛋白质 被引量：9

9

作者 刘永福 贾小芳 +3 位作者 腾珍林 尹林 刘保池 张丽军 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期86-92,共7页

为建立优化的血浆内源性多肽提取方法,并且构建目标多肽和蛋白质的质谱定量方法,本研究考察了超滤法、有机溶剂沉淀法和固相萃取法对血浆内源性多肽的提取效果,并通过Tricine-SDS-PAGE对提取效果进行比较.通过液相色谱串联质谱多反应监... 为建立优化的血浆内源性多肽提取方法,并且构建目标多肽和蛋白质的质谱定量方法,本研究考察了超滤法、有机溶剂沉淀法和固相萃取法对血浆内源性多肽的提取效果,并通过Tricine-SDS-PAGE对提取效果进行比较.通过液相色谱串联质谱多反应监测(MRM)分析,建立了多肽标准品ESAT-6定量方法,并将ESAT-6定量建立的液相色谱和质谱条件应用于蛋白质的定量,对多肽和蛋白质MRM定量的标准曲线进行了考察.Tricine-SDS-PAGE结果表明,乙腈沉淀法是最佳的血浆内源性多肽提取方法,低分子量的多肽可以得到很好的富集,且能有效地去除高分子蛋白质的污染.液相色谱串联质谱MRM法检测血浆内提取的多肽,标准曲线的线性较好,相关系数为0.999.另外,采用MRM法对胶内分离的蛋白质进行定量,标准曲线的线性相关系数为0.995.综上所述,本研究构建了一种简单有效的血浆多肽提取方法,通过液质联用MRM法成功地实现了目标多肽和蛋白质定量测定.该定量方法可以推广应用于复杂样品中的多肽和蛋白质的定量分析. 展开更多

关键词 多肽 蛋白质 多反应监测 定量 液相色谱串联质谱

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蛋白质定量质谱技术及其在食品加工用酵母中的应用

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作者 胡娜 利佳炜 +2 位作者 闫珍珍 陈雄 李欣 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第3期12-21,共10页

蛋白质是所有生命体生命活动的重要参与者,对蛋白质的精确定性定量研究有助于加深对生命规律的认识。食品加工用酵母作为一类在基础研究、食品酿造和工业发酵等领域广泛应用的真核微生物,其蛋白质组的研究持续引起了许多科研工作者的兴... 蛋白质是所有生命体生命活动的重要参与者,对蛋白质的精确定性定量研究有助于加深对生命规律的认识。食品加工用酵母作为一类在基础研究、食品酿造和工业发酵等领域广泛应用的真核微生物,其蛋白质组的研究持续引起了许多科研工作者的兴趣,其研究结果可促使其在食品加工中得到更加广泛的应用。基于酵母中不同蛋白质之间存在理化性质各异、浓度差异悬殊等特点,质谱法已发展成为目前最有效的酵母蛋白质组鉴定技术手段之一。本文总结了近5年来液相色谱-质谱联用技术在酵母蛋白质组学研究中的进展,探讨了“自下而上”法酵母蛋白质定量技术,重点分析了酵母蛋白质组提取、鉴定及分析技术方面的最新成果,总结了酵母蛋白质组定量技术在食品加工用酵母研究中的应用前景。 展开更多

关键词 蛋白质组 酵母 液相色谱-串联质谱 定量

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色谱保留时间在蛋白质组研究中的应用 被引量：6

11

作者 邵晨 高友鹤 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期128-134,共7页

液相色谱与串联质谱联用(LC-MS/MS)技术是蛋白质组学研究中的常见方法。保留时间作为独立于质谱信息的参数已经被用于蛋白质的鉴定和定量工作中。在多肽鉴定领域,多肽的色谱保留时间预测与常规的二级串联质谱数据库搜索算法结合可以提... 液相色谱与串联质谱联用(LC-MS/MS)技术是蛋白质组学研究中的常见方法。保留时间作为独立于质谱信息的参数已经被用于蛋白质的鉴定和定量工作中。在多肽鉴定领域,多肽的色谱保留时间预测与常规的二级串联质谱数据库搜索算法结合可以提高鉴定的可信度。鉴定的灵敏度也可以通过匹配多次LC-MS实验中具有相同精确质量数和保留时间的峰而提高。另一方面,由于色谱条件的微小改变即会引起保留时间的变化,因此对多次实验结果进行保留时间比对是进行非标记定量的不可或缺的步骤。另外,联合保留时间偏移和质量数信息还可以进行蛋白质翻译后修饰(post-translational modification,PTM)的鉴定。 展开更多

关键词 液相色谱-串联质谱 保留时间预测 保留时间比对 多肽鉴定 非标记定量 翻译后修饰 蛋白质组学

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定量蛋白质组学无标记定量方法的研究进展 被引量：13

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作者 武鹏 贺福初 姜颖 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第3期281-292,共12页

依靠质谱技术的蛋白质组学快速发展,寻求速度快、重复性好以及准确度高的定量方法是该领域的一项艰巨任务,定量蛋白质组学分支领域应运而生.其中,无标记定量方法以其样品制备简单、耗材费用低廉以及结果数据分析便捷等优点渐露锋芒.无... 依靠质谱技术的蛋白质组学快速发展,寻求速度快、重复性好以及准确度高的定量方法是该领域的一项艰巨任务,定量蛋白质组学分支领域应运而生.其中,无标记定量方法以其样品制备简单、耗材费用低廉以及结果数据分析便捷等优点渐露锋芒.无标记定量方法通常分为信号强度法和谱图计数法两大类.本文在这两种无标记定量方法计算原理的基础上,针对各种常用的无标记定量方法及最新进展做一个较为全面的介绍,并将详细讨论两类方法的异同点,以及目前蛋白质组学中无标记定量方法所面临的主要挑战,希望能为这一领域的研究人员在选择无标记定量方法时提供一个合理的参考. 展开更多

关键词 定量蛋白质组学 生物信息学 无标记定量 信号强度 谱图计数 共享肽段

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不同转移潜能的肝癌细胞系定量磷酸化蛋白质组学研究 被引量：1

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作者 衣泰龙 田苗苗 +3 位作者 翟琳辉 徐忠伟 杨晓明 徐平 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2014年第11期1595-1599,共5页

目的研究具有不同侵袭转移能力的肝癌细胞系的磷酸化蛋白质组的动态变化。方法首先用含有重稳定同位素标记的精氨酸和赖氨酸的培养基对MHCC97-L进行重稳定同位素标记氨基酸的细胞培养(SILAC);用含有轻稳定同位素标记的精氨酸和赖氨酸的... 目的研究具有不同侵袭转移能力的肝癌细胞系的磷酸化蛋白质组的动态变化。方法首先用含有重稳定同位素标记的精氨酸和赖氨酸的培养基对MHCC97-L进行重稳定同位素标记氨基酸的细胞培养(SILAC);用含有轻稳定同位素标记的精氨酸和赖氨酸的培养基对MHCC97-H进行SILAC标记。将完成标记的两种肝癌细胞系的蛋白质按照1∶1混合,并用trypsin进行溶液消化;对消化得到的肽段进行除盐,并通过固相金属离子亲和色谱(IMAC)的方法进行磷酸化肽段的富集。磷酸化肽段通过质谱进行检测,并通过MaxQuant进行鉴定和定量。最后通过Z检验进行统计学分析,并对差异调控的磷酸化肽对应的蛋白质进行基因本体(GO)分析和STRING网络分析。结果最终鉴定了918个磷酸化肽段,其中806个磷酸化肽段的磷酸化位点可以定位和定量。通过Z检验,共得到了91个磷酸化修饰水平发生变化的肽段,对应25个磷酸化蛋白质。通过对这25个蛋白质进行GO分析发现,细胞骨架重塑过程中的蛋白质在MHCC97-L和MHCC97-H中磷酸化修饰形式严重失调。通过STRING分析发现,NES和PRKCA处于网络的重要节点位置。结论细胞骨架重塑这一生物学过程与肝癌侵袭转移能力密切相关;参与细胞骨架重塑的NES蛋白和参与MAPK信号通路和黏合斑信号通路的PRKCA蛋白磷酸化修饰水平的变化是影响低转移潜能MHCC97-L细胞向高转移潜能细胞MHCC97-H变化的重要调控机制。 展开更多

关键词 定量磷酸化蛋白质组学 SILAC 固相金属离子亲和色谱 肝细胞癌 侵袭转移

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基于近红外光谱的山核桃蛋白质、脂肪含量的测定 被引量：2

14

作者 汤文涛 徐佳锋 +1 位作者 胡栋 赵超 《粮食与油脂》 北大核心 2022年第12期158-162,共5页

为实现山核桃品质快速鉴定,采集了119份山核桃样品的近红外光谱,并分别测定其蛋白质和脂肪含量。在剔除异常样本后,将110份样本按照3∶1的比例划分为校正集和验证集。使用不同的光谱预处理和特征波段选取方法,结合偏最小二乘法(partial ... 为实现山核桃品质快速鉴定,采集了119份山核桃样品的近红外光谱,并分别测定其蛋白质和脂肪含量。在剔除异常样本后,将110份样本按照3∶1的比例划分为校正集和验证集。使用不同的光谱预处理和特征波段选取方法,结合偏最小二乘法(partial least squares)建立了山核桃蛋白质和脂肪含量的近红外模型。结果表明:使用一阶导数(first derivative)预处理的模型预测性能最佳;经过竞争性自适应权重取样法(competitive adapative reweighted sampling,CARS)处理后,光谱变量数目大大减少,模型的精度有部分提升,可实现对山核桃蛋白质和脂肪含量的快速检测。 展开更多

关键词 山核桃 近红外光谱 定量分析 蛋白质 脂肪

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一种结合生物医学知识的蛋白质组非标记定量分析方法及其应用

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作者 潘超 苏运聪 +2 位作者 杨睿 段会龙 邓宁 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2015年第1期82-90,共9页

基于质谱的非标记定量方法能够对复杂蛋白质组进行规模化分析,同时,在定量分析的基础上理解和解释蛋白质组的功能和相互作用关系更有意义.这需要建立一种有效的兼容定量和定性分析结果的方法.针对这一需求,本文首先借鉴了NSAF(normalize... 基于质谱的非标记定量方法能够对复杂蛋白质组进行规模化分析,同时,在定量分析的基础上理解和解释蛋白质组的功能和相互作用关系更有意义.这需要建立一种有效的兼容定量和定性分析结果的方法.针对这一需求,本文首先借鉴了NSAF(normalized spectral abundance factor)算法采用肽段计数对蛋白质组数据进行定量,进一步结合共享肽对该方法进行优化.以此为基础,通过g:Profiler获取海量蛋白质组的功能注释信息,在定量分析的过程中,同步实现了对蛋白质组数据的功能性分析.本文选择来自人心脏、小鼠心脏、小鼠肝脏的三组线粒体蛋白质组数据对该方法进行验证,按照功能性分析将三组数据划分为若干功能组或信号通路,并进行相关性、功能聚类以及电子传递链分析.结果表明,结合共享肽的优化算法克服了对低丰度蛋白质的错误估计,提高了非标记定量的准确性.同时,结合生物医学知识的分析方法解释了蛋白质组的功能和相互作用关系,为差异比较蛋白质组学、疾病蛋白质组学以及功能蛋白质组学等组学研究提供了新的方法. 展开更多

关键词 蛋白质组学 非标记定量分析 生物质谱 生物医学知识

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iTRAQ技术及其在蛋白质组学中的应用 被引量：63

16

作者 谢秀枝 王欣 +3 位作者 刘丽华 董世雷 皮雄娥 刘伟 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期616-621,共6页

近年来随着蛋白质组学的迅速发展,其相应的方法学研究也取得了巨大的进步,一系列新技术融入了蛋白质组学研究中,极大地促进了这门学科的发展.相对和绝对定量同位素标记(iTRAQ)技术与高度敏感性和准确性的串联质谱及多维液相色谱联用技... 近年来随着蛋白质组学的迅速发展,其相应的方法学研究也取得了巨大的进步,一系列新技术融入了蛋白质组学研究中,极大地促进了这门学科的发展.相对和绝对定量同位素标记(iTRAQ)技术与高度敏感性和准确性的串联质谱及多维液相色谱联用技术已成为蛋白质定性和定量研究的主要工具之一.该技术可对复杂样本、细胞器、细胞裂解液等样本进行相对和绝对定量研究,具有较好的定量效果、较高的重复性.由于其能够同时对多达8种样品进行标记分析,故在生命科学的各个领域得到了广泛的应用.本文对iTRAQ的原理、实验流程、优缺点及近几年的应用进展进行综述. 展开更多

关键词 相对和绝对定量同位素标记(iTRAQ)技术 蛋白质组学 串联质谱 多维液相色谱 生物标记物

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桑树硬枝扦插生根过程基部皮层的差异蛋白质组分析 被引量：5

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作者 杜伟 班月圆 +3 位作者 唐壮 杜小龙 郭锡杰 程嘉翎 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期593-602,共10页

应用同位素标记相对和绝对定量(i TRAQ)技术结合液相色谱-串联质谱法(LC-MS/MS),分析桑树硬枝扦插生根不同阶段插穗基部皮层的蛋白质组差异,为从分子水平研究桑树扦插生根调控机制提供基础信息。在扦插初期、膨大期、发根期3个阶段的插... 应用同位素标记相对和绝对定量(i TRAQ)技术结合液相色谱-串联质谱法(LC-MS/MS),分析桑树硬枝扦插生根不同阶段插穗基部皮层的蛋白质组差异,为从分子水平研究桑树扦插生根调控机制提供基础信息。在扦插初期、膨大期、发根期3个阶段的插穗基部皮层共鉴定到4 427种蛋白质,通过对同位素报告基团相对含量的定量检测,共检出2 875种蛋白质。其中,扦插初期和膨大期的差异蛋白质有595种,扦插初期和发根期的差异蛋白质有660种,膨大期和发根期的差异蛋白质有231种。从表达差异显著的蛋白质中筛选出GDP-D-甘露糖基-3’,5’-异构酶、凝集素KM+、生长素IAA水解酶、热激蛋白hsp70、丙二烯氧化物环氧酶、细胞色素b6、过氧化物酶等可能与生根过程密切相关的蛋白质,通过GO功能注释和KEGG数据库比对分析,这些差异蛋白质在扦插生根中主要执行的功能包括代谢过程、多细胞组织进程、定位系统建立、生物学调控、刺激应答、细胞要素、细胞器要素、催化活性和蛋白质结合等,并主要参与次生代谢产物的生物合成、淀粉和蔗糖代谢、内质网蛋白质加工、苯丙素生物合成、糖酵解和糖异生等代谢通路。 展开更多

关键词 桑树 硬枝扦插 生根 蛋白质组 同位素标记相对和绝对定量技术 液相色谱-串联质谱法

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定量蛋白质组学研究的利器——荧光差异凝胶电泳技术

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作者 齐连权 《生物产业技术》 2009年第6期68-70,共3页

自20世纪90年代后期．随着蛋白质组概念的提出和基因组测序工作的快速进行，尤其是双向电泳技术的改进和生物质谱的大范围应用，蛋白质组学研究进入了一个快速发展的十年。十年间．伴随着对蛋白质组分离技术分辨率和重复性的争论，以双... 自20世纪90年代后期．随着蛋白质组概念的提出和基因组测序工作的快速进行，尤其是双向电泳技术的改进和生物质谱的大范围应用，蛋白质组学研究进入了一个快速发展的十年。十年间．伴随着对蛋白质组分离技术分辨率和重复性的争论，以双向电泳为主的基于凝胶的分离技术和以反相色谱为主的液相色谱质谱技术都取得了迅猛而深入的发展。 展开更多

关键词 定量蛋白质组学 凝胶电泳技术 双向电泳技术 荧光 分离技术 测序工作 生物质谱 质谱技术

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基于凝胶过滤色谱的β2微球蛋白标准品单体定量检测方法

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作者 暴晓博 任军 +1 位作者 王玉凤 贾凌云 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期533-538,共6页

β2微球蛋白(B2M)标准品是研究透析相关淀粉样变和评估血液透析器透过效率的重要试剂。B2M易于聚集的特性导致其作为标准品的单体浓度降低,使得检测结果准确性下降。为了准确评价B2M标准品的质量,该研究建立了基于凝胶过滤色谱的B2M样... β2微球蛋白(B2M)标准品是研究透析相关淀粉样变和评估血液透析器透过效率的重要试剂。B2M易于聚集的特性导致其作为标准品的单体浓度降低,使得检测结果准确性下降。为了准确评价B2M标准品的质量,该研究建立了基于凝胶过滤色谱的B2M样品中非聚集单体的定量检测方法。使用TSKgel SuperSW2000 (30 cm×4.6 mm, 4μm)凝胶筛分色谱柱,流动相为0.01 mol/L磷酸盐缓冲液(PBS, pH 7.2～7.4),流速为0.5 mL/min,柱温为25℃。使用紫外检测器,检测波长为280 nm,外标法定量。在0.05～0.50 g/L的B2M单体质量浓度范围内线性良好,相关系数为0.994 8。定量限(信噪比为10)为0.08 g/L,添加水平为0.10～0.30 g/L时,回收率为85.0%～96.7%,相对标准偏差为1.7%～3.3%。使用该方法对实验室自制重组人B2M标准品进行了质量检测,结果显示,该方法处理简单,准确度高,稳定性好,且不受溶液中B2M二聚体的干扰,适用于B2M标准品的质量分析。 展开更多

关键词 凝胶过滤色谱 Β2微球蛋白 蛋白质定量检测

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高效液相色谱-非特异性同位素稀释质谱联用技术定量分析全血中总血红蛋白含量

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作者 潘梦芸 冯流星 李红梅 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2020年第9期1983-1988,共6页

建立了基于同位素稀释(ID)的高效液相色谱(HPLC)-电感耦合等离子体质谱(ICP-MS)联用技术,通过测量血红蛋白(HGB)中铁(Fe)元素含量实现了全血中总HGB准确定量的策略.该策略包括2种方法,第一种方法为在线HPLC-ID-ICP-MS定量技术:全血中HG... 建立了基于同位素稀释(ID)的高效液相色谱(HPLC)-电感耦合等离子体质谱(ICP-MS)联用技术,通过测量血红蛋白(HGB)中铁(Fe)元素含量实现了全血中总HGB准确定量的策略.该策略包括2种方法,第一种方法为在线HPLC-ID-ICP-MS定量技术:全血中HGB经液相色谱分离后,通过柱后在线添加浓缩54Fe同位素稀释剂的方式,与液相色谱洗脱液经三通混合后进入ICP-MS在线测量54Fe/56Fe的同位素比值,并根据同位素稀释质谱法公式及蛋白中Fe的含量计算HGB的浓度.针对全血样品中存在的其它主要含铁蛋白[如转铁蛋白(Tf)],在实现色谱完全分离的基础上,通过在线优化改变54Fe稀释剂流速实现了HGB和Tf的同时定量.在另一种方法中,先对全血样品进行消解并通过ID-ICP-MS测定其中Fe的总量,然后根据全血样品的HPLC-ICP-MS分析结果,通过计算HGB质谱峰面积占总峰面积的比值从而得到HGB中Fe含量占总Fe含量的比例,实现了其中HGB的准确定量.2种定量方法得到的结果分别为(115.3±2.4)mg/g和(115.5±2.1)mg/g,结果吻合良好,方法的检出限为1.0×10‒7 mg/g,方法精密度RSD均<3%.2种方法均经过HGB标准物质IRMM/IFCC-467进行验证,测量结果在标准值不确定度范围之内,可作为临床检验领域HGB分析的参考测量方法. 展开更多

关键词 蛋白质定量 高效液相色谱-电感耦合等离子体质谱 同位素稀释 血红蛋白 转铁蛋白

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