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High-throughput Sequencing Technology and Its Application 被引量:11
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作者 Zhu Qiang-long Liu Shi +1 位作者 Gao Peng Luan Fei-shi 《Journal of Northeast Agricultural University(English Edition)》 CAS 2014年第3期84-96,共13页
Gene sequencing is a great way to interpret life, and high-throughput sequencing technology is a revolutionary technological innovation in gene sequencing researches. This technology is characterized by low cost and h... Gene sequencing is a great way to interpret life, and high-throughput sequencing technology is a revolutionary technological innovation in gene sequencing researches. This technology is characterized by low cost and high-throughput data. Currently, high-throughput sequencing technology has been widely applied in multi-level researches on genomics, transcriptomics and epigenomics. And it has fundamentally changed the way we approach problems in basic and translational researches and created many new possibilities. This paper presented a general description of high-throughput sequencing technology and a comprehensive review of its application with plain, concisely and precisely. In order to help researchers finish their work faster and better, promote science amateurs and understand it easier and better. 展开更多
关键词 high-throughput sequencing data analysis genome sequence transcriptome sequence BIOINFORMATICS
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临床基因组测序解读与报告专家共识
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作者 卢宇蓝 李国壮 +31 位作者 王雅琼 徐可欣 董欣然 蔡继昊 吴冰冰 王慧君 方萍 王剑 王华 孙路明 叶勇裕 李晴 刘雅萍 刘丽 刘宁 刘嘉琦 宋昉 杨琳 邱正庆 陈泽夫 罗华夏 郭丹 郝婵娟 赵森 黄尚志 彭镜 蔡小强 睢瑞芳 李林康 吴南 周文浩 张抒扬 《遗传》 北大核心 2025年第3期314-328,共15页
基因组测序(genome sequencing,GS)是一种全面且系统地检测个体核基因组和线粒体基因组DNA序列的技术,旨在识别遗传变异并研究这些变异在人类健康和疾病发生发展中的作用。作为一种应用越来越广泛的检测技术,GS凭借高通量、高准确性和... 基因组测序(genome sequencing,GS)是一种全面且系统地检测个体核基因组和线粒体基因组DNA序列的技术,旨在识别遗传变异并研究这些变异在人类健康和疾病发生发展中的作用。作为一种应用越来越广泛的检测技术,GS凭借高通量、高准确性和全面性的优势,为临床诊断提供了重要支持。然而,其复杂的数据分析与解读对专业知识和经验提出了较高要求,也带来了诸多挑战。运用GS技术进行遗传病分子诊断会涉及临床应用的伦理与技术问题,包括知情同意、诊断性数据解读、报告范围和内容等。本专家共识总结了临床基因组测序(clinical GS,c GS)的核心流程,明确了检测范围与技术局限性,提供了数据质控、分析、注释及变异解读的关键步骤,并对报告内容和知情同意的争议性问题展开讨论。本共识旨在帮助相关从业人员正确理解和规范使用临床基因组测序技术,提升遗传病诊断的准确性,优化技术的临床效用,推动医学科学研究的进步。 展开更多
关键词 遗传罕见病 基因组测序 高通量测序数据分析 变异解读 遗传检测报告
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基于共线性长测序数据的单染色体组装方法
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作者 李梦然 甘祥超 《南京农业大学学报》 北大核心 2025年第4期969-976,共8页
[目的]本文提出一种基于长测序数据的单染色体组装方法,旨在更加准确高效组装出完整的基因组。[方法]利用GALA中的染色体分离算法,将初步组装中的contigs按染色体进行聚类,然后提取测序数据中的reads进行单染色体组装。受到测序数据质... [目的]本文提出一种基于长测序数据的单染色体组装方法,旨在更加准确高效组装出完整的基因组。[方法]利用GALA中的染色体分离算法,将初步组装中的contigs按染色体进行聚类,然后提取测序数据中的reads进行单染色体组装。受到测序数据质量和预组装结果的影响,有时contigs的聚类结果不够完美,导致后续单染色体组装难度增加。为了克服这一问题,提出了一种基于共线性分析辅助聚类的方法。该方法利用同物种或亲缘关系较近物种的参考基因组与GALA聚类生成的scaffolding groups进行共线性分析,根据比对结果将属于同一条染色体的scaffolding groups进行合并,使scaffolding groups中的序列长度与整条染色体相当,再根据合并后的结果提取reads进行单染色体组装。[结果]这套方法被应用在水稻(Oryza sativa)和桃金娘(Rhodomyrtus tomentosa)基因组组装,利用ONT的水稻测序数据组装出了长度379.89 Mb,N50为30.54 Mb,包含12条完整端粒到端粒的染色体。基于HiFi测序数据组装出总长度485.54 Mb,包含11条染色体,N50为46.71 Mb,不存在任何gap的桃金娘基因组。[结论]本文提出的组装方法不仅组装出准确完整的基因组,而且对不同种类的测序数据具有很强的适用性,为后续开展基因组学相关研究提供了可靠数据资源。 展开更多
关键词 基因组组装 长测序数据 单染色体组装 无间隙 共线性分析
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低深度测序数据的基因型填充优化与回归模型性能分析
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作者 向冲 陈璨 《湖北农业科学》 2025年第7期203-206,共4页
通过优化基因型填充算法和筛选最优回归模型,建立适用于低深度测序基因组数据分析的新方法。结果表明,相较于优化前的算法,优化后基因型填充算法的准确率从95%提升至98%,同时通过参数调优与高效算法选择使单次填充时间由24 h缩短至12 h... 通过优化基因型填充算法和筛选最优回归模型,建立适用于低深度测序基因组数据分析的新方法。结果表明,相较于优化前的算法,优化后基因型填充算法的准确率从95%提升至98%,同时通过参数调优与高效算法选择使单次填充时间由24 h缩短至12 h,处理效率明显提高。对于连续型表型分析(如GWAS中的数量性状),岭回归模型、线性回归模型表现较好,在1.0×测序深度下,岭回归模型、线性回归模型的MSE分别为0.07、0.08,Accuracy分别为0.82、0.80。在处理分类问题(如基因组选择)时,Logistic回归模型凭借概率化建模特性展现出明显优势,该模型在分类性能上表现较好(AUC=0.90),明显优于线性回归模型(AUC=0.85)。 展开更多
关键词 低深度测序数据 基因型填充 岭回归模型 性能分析 线性回归模型 LOGISTIC回归模型
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基于频繁序列挖掘的出租车轨迹特性分析
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作者 龙雪琴 王晗 王瑞璇 《华南理工大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第6期24-33,共10页
为进一步厘清不同出租车路径选择行为的差异性,采用频繁序列挖掘方法提取了同一个OD对间的频繁路径,构建路径选择集,分别从静态和动态两个角度分析路径集的相似特性。以西安市出租车的轨迹数据为研究对象,通过栅格划分与路网匹配,获得... 为进一步厘清不同出租车路径选择行为的差异性,采用频繁序列挖掘方法提取了同一个OD对间的频繁路径,构建路径选择集,分别从静态和动态两个角度分析路径集的相似特性。以西安市出租车的轨迹数据为研究对象,通过栅格划分与路网匹配,获得了不同OD对之间的路径集合。重新定义了频繁路径,采用PrefixSpan演变算法,在得到频繁子序列的基础上引入动态阈值和频繁度指标挖掘频繁路径,提取了最短路径和其他路径,完成了3类有效路径集的构建,并分析了路径集的一般属性。其后,将路径上二维时间序列(轨迹)间的相似度表示为动态相似度,将一维有向序列(路段)间的相似度表示为静态相似度,基于改进的最长公共子序列和动态时间规整算法对3类路径进行了相似性分析。结果表明:频繁路径与最短路径的相似度较高,意味着大多数出租车仍然选择具有最低出行时间的路段,但不一定会选择最短路径;时间和距离仍是出行者选择路径时主要考虑的因素,但出行者并不完全追求时间最短或距离最短;试验得到的动态相似度计算结果显著高于静态相似度计算结果,说明路径上的二维时序相似度高于一维形状相似度;两种方法下频繁路径和最短路径的相似度均最高,最短路径和其他路径的相似度均最低,比较结果的一致性说明可以用动态轨迹的相似度来大致度量静态路径的相似度。文中的频繁路径挖掘算法具有一定的可靠性,可为城市交通管理者进行路径推荐、道路规划等提供支持。 展开更多
关键词 交通运输工程 轨迹数据 频繁序列挖掘 路径选择集 相似特性分析
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葡萄基因组测序及应用研究进展 被引量:1
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作者 杨丹妮 王子诚 +4 位作者 刘司瑜 唐美玲 高振 房经贵 上官凌飞 《中外葡萄与葡萄酒》 北大核心 2024年第2期80-91,共12页
葡萄是第一个完成全基因组测序的果树,也是目前完成全基因组测序材料最多的果树。近年来,随着测序成本的下降以及组装算法等的改进,截至2023年4月,共有49份葡萄材料完成了全基因组测序并报道。本文通过对已发表的葡萄基因组测序论文及... 葡萄是第一个完成全基因组测序的果树,也是目前完成全基因组测序材料最多的果树。近年来,随着测序成本的下降以及组装算法等的改进,截至2023年4月,共有49份葡萄材料完成了全基因组测序并报道。本文通过对已发表的葡萄基因组测序论文及其施引情况进行总结和分析,阐述了葡萄基因组测序的概况,分析了利用葡萄基因组测序解决的生物学问题,探讨了基因组测序数据的应用,展望了葡萄基因组测序的研究趋势,旨在为今后利用全基因组测序技术深入开展泛基因组学研究,解析遗传机制形成与性状调控分子机制等提供参考。 展开更多
关键词 葡萄 全基因组测序 基因组数据应用 施引分析
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单细胞DNA甲基化测序数据处理流程与分析方法 被引量:1
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作者 王艳妮 李佳 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期807-819,共13页
单细胞DNA甲基化测序技术近年来取得了飞速发展,在揭示细胞间异质性及表观遗传学调控机制方面发挥着重要作用。随着测序技术的进步,单细胞甲基化数据的质量与数量也在不断提高,标准化的预处理流程与合适的分析方法对确保数据的可比性与... 单细胞DNA甲基化测序技术近年来取得了飞速发展,在揭示细胞间异质性及表观遗传学调控机制方面发挥着重要作用。随着测序技术的进步,单细胞甲基化数据的质量与数量也在不断提高,标准化的预处理流程与合适的分析方法对确保数据的可比性与结果的可靠性尤为关键。然而,目前尚未形成一套完整的数据分析流程来指导研究人员对现有数据进行挖掘。本文系统综述了单细胞甲基化数据预处理步骤和分析方法,简要介绍了相关算法和工具,并探讨了单细胞甲基化技术在脑科学、血细胞分化及癌症研究中的应用前景,旨在为研究人员分析数据时提供指导,推动单细胞甲基化测序技术的发展和应用。 展开更多
关键词 单细胞DNA甲基化测序 表观遗传学 预处理 数据分析
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蛋白质组学数据揭示可变剪接蛋白质变体 被引量:2
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作者 吴怡颖 张炜 孔德志 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第12期3151-3162,共12页
可变剪接使同一个基因产生多种不同的转录本和蛋白质,增加蛋白质多样性和功能复杂性。转录组学和蛋白质组学是鉴定可变剪接的两种主要途径,分别通过分析RNA测序数据和蛋白质测序数据来鉴定可变剪接事件和相应蛋白质产物。尽管RNA水平的... 可变剪接使同一个基因产生多种不同的转录本和蛋白质,增加蛋白质多样性和功能复杂性。转录组学和蛋白质组学是鉴定可变剪接的两种主要途径,分别通过分析RNA测序数据和蛋白质测序数据来鉴定可变剪接事件和相应蛋白质产物。尽管RNA水平的可变剪接研究已经取得了一定的进展,但是对于剪接蛋白亚型的检测和区分仍然不足。本文综述了近年来对可变剪接及其生物功能,可变剪接在不同水平检测的研究进展,详细介绍利用“自下而上”的蛋白质组学数据鉴定可变剪接蛋白质变体的两种主要方法,序列数据库构建和蛋白质鉴定算法开发。鉴定不同的可变剪接蛋白质有利于认识更全面的蛋白质功能,对发现相关生物标志物和关键药物靶点具有重要意义。 展开更多
关键词 可变剪接 质谱数据分析 蛋白质鉴定算法 蛋白质序列数据库
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采用2021年青海玛多地震序列震源机制节面聚类确定发震断裂几何形态 被引量:2
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作者 沈千贺 万永革 《地震工程学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期241-250,共10页
地震断裂带形状是活动构造和地球动力学的重要资料。2021年发生的玛多地震序列提供了丰富的震源机制资料,为统计震源机制节面并估计玛多地震发震断层面形状提供了很好机会。文章对地震的震源机制资料进行基于密度的聚类来确定断层的几... 地震断裂带形状是活动构造和地球动力学的重要资料。2021年发生的玛多地震序列提供了丰富的震源机制资料,为统计震源机制节面并估计玛多地震发震断层面形状提供了很好机会。文章对地震的震源机制资料进行基于密度的聚类来确定断层的几何形态。首先对收集到的玛多地震序列的震源机制解进行中心解求解,从而获得更为精准的数据,然后对其进行DBSCAN方法的聚类分析,得到断层的走向为113.5°,倾角为88.2°,通过震源机制反演应力场,并将应力场投影到断层上,得到断裂带的相对剪应力和相对正应力分别为0.84和-0.79,剪应力强度较大,滑动角为-0.72°。结果表明玛多地震是发震断裂受NE-SW的挤压和NW-SE的拉张,形成了较大的剪切力,从而促使近东西的江错断裂发生左旋走滑错动所致。 展开更多
关键词 断层几何特征 震源机制 有噪声数据的密度聚类分析 2021玛多地震序列
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轻量级多用户可验证隐私保护基因序列分析方案
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作者 胡云舒 周俊 +1 位作者 曹珍富 董晓蕾 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2024年第10期2448-2466,共19页
随着云计算、大数据等新兴网络服务的蓬勃发展,数据要素在智慧医疗、科学研究等领域中占据重要地位.基因组测序技术通过对病人基因组序列进行处理来判断病人的患病原因和类别,在多个领域有广泛应用.由于存储、计算资源受限,本地用户通... 随着云计算、大数据等新兴网络服务的蓬勃发展,数据要素在智慧医疗、科学研究等领域中占据重要地位.基因组测序技术通过对病人基因组序列进行处理来判断病人的患病原因和类别,在多个领域有广泛应用.由于存储、计算资源受限,本地用户通常需要租用资源丰富但工作在不可信环境下的云服务器来完成复杂的大规模基因组测序处理函数计算任务.为了保护用户数据隐私及验证计算结果的正确性,国内外现有工作通常的做法是利用公钥全同态加密或安全多方计算技术实现数据隐私保护;利用Yao混淆电路或双线性配对技术实现计算结果的正确性验证.由于密码原语的计算开销和通信开销巨大,均不适用于基因序列分析系统中存储、计算资源受限的本地用户的客观性能需求.为了解决上述挑战性问题,提出了一个轻量级多用户可验证隐私保护基因序列分析方案.首先,构造了一种高效的可验证多密钥同态数据封装机制VMK-HDEM,该方案支持在密文域上对L个不同输入实例的打包计算,用户端Sen_(i)'s公钥加密的使用次数复杂度为O(L),即与其数据集的大小无关,大大降低了资源受限的本地用户的计算开销;在可验证性方面,云服务器生成的密文计算结果正确性验证证据大小复杂度为O(deg_(F))(其中deg_(F)代表外包计算函数的阶),与用户数据集大小无关.然后,基于所构造的新型密码原语VMK-HDEM,设计了一个轻量级高效的可验证隐私保护基因序列分析方案LWPPGS,有效保护了用户基因数据集的隐私和基因序列分析结果的隐私,并高效验证其分析结果的正确性.最后,通过形式化的安全性证明和实验仿真结果表明了所构造方案VMK-HDEM和LWPPGS的安全性和实用性. 展开更多
关键词 多密钥全同态数据封装机制 可验证 基因序列分析 隐私保护 高效性
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新一代高通量RNA测序数据的处理与分析 被引量:65
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作者 王曦 汪小我 +2 位作者 王立坤 冯智星 张学工 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第8期834-846,共13页
随着新一代高通量DNA测序技术的快速发展,RNA测序(RNA-seq)已成为基因表达和转录组分析新的重要手段.RNA-seq技术产生的海量数据为生物信息学带来了新的机遇和挑战.有效地对测序数据进行针对性的生物信息学处理和分析,成为RNA-seq技术... 随着新一代高通量DNA测序技术的快速发展,RNA测序(RNA-seq)已成为基因表达和转录组分析新的重要手段.RNA-seq技术产生的海量数据为生物信息学带来了新的机遇和挑战.有效地对测序数据进行针对性的生物信息学处理和分析,成为RNA-seq技术能否在科学探索中发挥重大作用的关键.以新一代Illumina/Solexa测序平台所产生的数据为例,在扼要介绍高通量RNA-seq测序流程的基础上,对RNA-seq数据处理和分析的方法和现有软件做一个较为全面的综述,并对其中有待进一步研究的问题进行展望。 展开更多
关键词 高通量RNA测序 转录组 基因表达 数据处理与分析 生物信息学
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基于测井数据小波变换的层序地层对比——以鲁西和济阳地区石炭、二叠系含煤地层为例 被引量:26
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作者 李江涛 李增学 +3 位作者 余继峰 郭建斌 刘晓丽 柳汉丰 《沉积学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期639-645,共7页
测井数据蕴藏着非常丰富的地质信息,是迄今为止能够获得的分辨率最高、连续性最好的地质数据之一。测井信号的时频分析将一维的测井信号变换到二维的时频域,进而使其内部的能量聚集与分布得以清晰展示,利用测井信号沿时间方向上的差异... 测井数据蕴藏着非常丰富的地质信息,是迄今为止能够获得的分辨率最高、连续性最好的地质数据之一。测井信号的时频分析将一维的测井信号变换到二维的时频域,进而使其内部的能量聚集与分布得以清晰展示,利用测井信号沿时间方向上的差异性可以获取地层的旋回性等地质信息。通过连续小波变换对测井信号进行高质量的时频分析,运用小波变换的多尺度、多分辨率的特性进行层序、准层序的划分。同时通过小波时频分析寻找不同类型的体系域与小波时频特征之间的对应关系,分析层序内部的沉积特征及内部精细结构,建立了海侵体系域、高水位体系域和海退体系域的小波变换能谱地质模型,方便、快捷的实现了体系域的划分。最后在测井信号小波变换的基础上对鲁西和济阳凹陷的含煤地层进行了层序对比和分析,基本建立了山东地区晚古生代主要含煤地层的层序地层格架。 展开更多
关键词 测井数据 小波变换 能谱分析 体系域 层序对比
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协议逆向工程研究进展 被引量:21
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作者 潘璠 吴礼发 +1 位作者 杜有翔 洪征 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2011年第8期2801-2806,共6页
首先给出了协议逆向工程的形式化定义,并探讨了主要应用领域的特定需求;然后从报文序列分析和指令执行序列分析两个方面介绍了协议逆向技术的研究现状,并对两类技术的优劣进行了比较;最后结合当前方案的缺陷和实际应用的需求,对协议逆... 首先给出了协议逆向工程的形式化定义,并探讨了主要应用领域的特定需求;然后从报文序列分析和指令执行序列分析两个方面介绍了协议逆向技术的研究现状,并对两类技术的优劣进行了比较;最后结合当前方案的缺陷和实际应用的需求,对协议逆向技术的发展趋势进行了展望。 展开更多
关键词 协议逆向工程 多序列比对 文法推断 动态污点分析 数据流分析
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基因组二代测序数据的自动化分析流程 被引量:9
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作者 李文轲 李丰余 +5 位作者 张思瑶 蔡斌 郑娜 聂宇 周到 赵倩 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期618-624,共7页
二代测序技术的发展对测序数据的处理分析提出了很高的要求。目前二代测序数据分析软件很多,但是绝大多数软件仅能完成单一的分析功能(例如:仅进行序列比对或变异读取或功能注释等),如何能正确高效地选择整合这些软件已成为迫切需求。... 二代测序技术的发展对测序数据的处理分析提出了很高的要求。目前二代测序数据分析软件很多,但是绝大多数软件仅能完成单一的分析功能(例如:仅进行序列比对或变异读取或功能注释等),如何能正确高效地选择整合这些软件已成为迫切需求。文章设计了一套基于perl语言和SGE资源管理的自动化处理流程来分析Illumina平台基因组测序数据。该流程以测序原始序列数据作为输入,调用业界标准的数据处理软件(如:BWA,Samtools,GATK,ANNOVAR等),最终生成带有相应功能注释、便于研究者进一步分析的变异位点列表。该流程通过自动化并行脚本控制流程的高效运行,一站式输出分析结果和报告,简化了数据分析过程中的人工操作,大大提高了运行效率。用户只需填写配置文件或使用图形界面输入即可完成全部操作。该工作为广大研究者分析二代测序数据提供了便利的途径。 展开更多
关键词 二代测序 自动化数据分析 流程 变异检测
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测井信号小波分析在高分辨率层序地层划分中的应用 被引量:32
15
作者 王志坤 王多云 +2 位作者 宋广寿 黄钢 李树同 《大庆石油学院学报》 CAS 北大核心 2005年第6期17-20,共4页
阐明了小波分析的基本原理和步骤,探讨了测井信号小波分析在高分辨率层序地层划分中的适用性.通过对测井信号小波多尺度的分解,可获得不同级次的旋回周期,将钻井岩相标定的各个级别旋回层序界面与测井信号小波旋回周期对应,选取合适的... 阐明了小波分析的基本原理和步骤,探讨了测井信号小波分析在高分辨率层序地层划分中的适用性.通过对测井信号小波多尺度的分解,可获得不同级次的旋回周期,将钻井岩相标定的各个级别旋回层序界面与测井信号小波旋回周期对应,选取合适的尺度因子可进行地层层序划分.按照该步骤,对鄂尔多斯盆地安边地区A16井自然伽马信号做小波变换分析,并依GR曲线的小波分析划分层序.划分结果证明,小波变换适用于中期及其以下级别旋回层序的划分,可提高旋回层序的划分精度与储层评价、预测精度. 展开更多
关键词 小波分析 高分辨率 层序地层学 测井信号 多分辨率
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一种动态数据序列组合预测模型法 被引量:5
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作者 陈晓怀 张勇斌 费业泰 《合肥工业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 2001年第6期1025-1028,共4页
文章综述了灰色模型、谐波分析和时序分析的基本原理和建模方法 ,分析了各种模型的适用性与局限性 ,在此基础上提出了基于上述 3种基本建模方法的组合模型法。组合模型有效地融合了各种基本建模方法的特色与优势 ,弥补了单个基本模型的... 文章综述了灰色模型、谐波分析和时序分析的基本原理和建模方法 ,分析了各种模型的适用性与局限性 ,在此基础上提出了基于上述 3种基本建模方法的组合模型法。组合模型有效地融合了各种基本建模方法的特色与优势 ,弥补了单个基本模型的缺陷与不足 ,尤其适用于对非平稳性动态数据序列的建模。仿真结果表明 ,组合模型法能有效地提高数据序列的预报准确度。 展开更多
关键词 动态数据序列 灰色模型 谐波分析 时序分析 组合模型法 数据预测 建模方法
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时间事件序列数据可视化综述 被引量:9
17
作者 彭燕妮 樊晓平 +1 位作者 赵颖 周芳芳 《计算机辅助设计与图形学学报》 EI CSCD 北大核心 2019年第10期1698-1710,共13页
时间事件序列数据,是由一个或多个记录构成的集合,每个记录由一组带有时间戳的事件类别组成.数据可视化被广泛用于时间事件序列数据的频繁模式发现、相似模式匹配与查询以及潜在阶段模式检测.文中介绍了时间事件序列数据的特征,并重点... 时间事件序列数据,是由一个或多个记录构成的集合,每个记录由一组带有时间戳的事件类别组成.数据可视化被广泛用于时间事件序列数据的频繁模式发现、相似模式匹配与查询以及潜在阶段模式检测.文中介绍了时间事件序列数据的特征,并重点从时间事件序列数据的可视化呈现方法和可视分析2个方面对已有的工作进行了系统的整理.在可视化呈现方式上,将现有的可视化方法分为4个类别,即基于GanttChart、基于Flow、基于StoryLines及基于矩阵的可视化方法,并分别介绍了相关类别的可视化方法的发展;将可视分析任务总结为4类主要任务,即模式发现与探索、可视化查询、对比分析及结果事件分析,并且从这些可视分析任务的角度总结了现有的可视分析工具.最后,对时间事件序列数据可视化面临的挑战以及未来趋势进行了总结和展望,以期为时间事件序列数据分析提供新的思路. 展开更多
关键词 时间事件序列数据 信息可视化 可视分析
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染色质免疫沉淀-测序:全基因组范围研究蛋白质-DNA相互作用的新技术 被引量:5
18
作者 梁芳 徐柯 +5 位作者 龚朝建 李俏 马健 熊炜 曾朝阳 李桂源 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第3期216-227,共12页
染色质免疫沉淀-测序(ChIP-seq)是近年来新兴的将染色质免疫沉淀(ChIP)与深度测序技术相结合,在全基因组范围内分析DNA结合蛋白结合位点、组蛋白修饰、核小体定位和DNA甲基化的高通量技术.在新一代测序(NGS)技术的大力推动下,ChIP-seq... 染色质免疫沉淀-测序(ChIP-seq)是近年来新兴的将染色质免疫沉淀(ChIP)与深度测序技术相结合,在全基因组范围内分析DNA结合蛋白结合位点、组蛋白修饰、核小体定位和DNA甲基化的高通量技术.在新一代测序(NGS)技术的大力推动下,ChIP-seq提供了一种相对于ChIP-chip高分辨率、低噪音、高覆盖率的研究方法.随着测序成本的降低,ChIP-seq逐步成为研究基因调控和表观遗传机制的一种常用手段.本文就该技术的最近研究进展进行综述,并着重介绍ChIP-seq数据分析过程及该技术的实际应用情况. 展开更多
关键词 ChIP—seq 新一代测序技术 基因调控 表观遗传学 数据分析
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突变量保护对风电接入系统的适应性分析 被引量:38
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作者 王晨清 宋国兵 +3 位作者 刘凯 汪冬辉 康小宁 焦在滨 《中国电机工程学报》 EI CSCD 北大核心 2014年第31期5485-5492,共8页
突变量保护在传统电力系统中得到了广泛应用,其对风电系统的适应性值得深入研究。为此,对突变量保护的判据进行分析,得出其最佳适应条件,针对该适用条件结合建模仿真和现场故障录波数据对风电系统进行故障特征分析,进而研究突变量保护... 突变量保护在传统电力系统中得到了广泛应用,其对风电系统的适应性值得深入研究。为此,对突变量保护的判据进行分析,得出其最佳适应条件,针对该适用条件结合建模仿真和现场故障录波数据对风电系统进行故障特征分析,进而研究突变量保护对风电接入系统的适应性。理论分析结果表明,背侧系统正序阻抗稳定或正负序阻抗基本相等是突变量保护的最佳应用条件;在风电系统发生故障时,风场侧等值电源的正负序阻抗不相等,且正序阻抗有较大波动,该特征将使风电系统中的突变量保护元件工作于非最佳应用条件,其保护性能大大降低。突变量保护应用于风电系统时应选择牺牲灵敏度的保守整定。 展开更多
关键词 突变量保护 风电接入系统 适应性 正负序阻抗 录波分析
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复旦大学附属儿科医院高通量测序数据分析流程(第二版)对遗传疾病候选变异基因筛选用时和准确性分析 被引量:28
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作者 杨琳 董欣然 +5 位作者 彭小敏 陈乡 吴冰冰 王慧君 卢宇蓝 周文浩 《中国循证儿科杂志》 CSCD 北大核心 2018年第2期118-123,共6页
目的本研究旨在比较和分析复旦大学附属儿科医院(我院)分子诊断中心(本中心)2015年建立的高通量测序数据分析和临床诊断流程(复旦流程1.0)及其升级后的流程(复旦流程2.0)的临床应用效果。方法以复旦流程1.0和2.0对本中心新生儿重症监护... 目的本研究旨在比较和分析复旦大学附属儿科医院(我院)分子诊断中心(本中心)2015年建立的高通量测序数据分析和临床诊断流程(复旦流程1.0)及其升级后的流程(复旦流程2.0)的临床应用效果。方法以复旦流程1.0和2.0对本中心新生儿重症监护病房送检行二代测序分子诊断的连续样本,进行初步数据分析结果、流程用时和准确性的比较和分析,并以典型病例具体说明复旦流程2.0的主要特点。结果 2017年11月7~14日取得家属的知情同意的、行临床外显子检测的112例进入本文分析,初步数据分析结果的比较,进入人工数据审核的变异数量,复旦流程1.0平均210个,复旦流程2.0平均25个;完成112例从样本送达测序完成到初步报告形成时间,复旦流程1.0为78.8 h,复旦流程2.0为19.8 h;与人工审核后阳性结果判读符合率为63.6%(7/11),阴性结果判读符合率为84.2%(85/101)。结论复旦流程2.0可以更加快速、准确和自动地进行大样本量的数据分析,可以用于临床大样本量的高通量数据分析及解读。 展开更多
关键词 高通量数据分析及解读 全外显子组序列分析 临床外显子组序列分析 表型基因型关联性
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