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鸭绿江入海口湿地土壤细菌群落结构和组装机制
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作者 宋宇 高明 +3 位作者 曲贵伟 张春鹏 李晓玲 李富祥 《水生态学杂志》 北大核心 2025年第2期214-222,共9页
为了探究鸭绿江入海口湿地中土壤细菌的群落多样性、结构及其组装机制,利用高通量测序技术对滩涂盐土、碱蓬草盐土、沼泽土、水稻土、草甸土和棕壤等6种典型土壤的细菌群落进行16S rRNA基因扩增子测序,并基于系统发育二进制的零模型分析... 为了探究鸭绿江入海口湿地中土壤细菌的群落多样性、结构及其组装机制,利用高通量测序技术对滩涂盐土、碱蓬草盐土、沼泽土、水稻土、草甸土和棕壤等6种典型土壤的细菌群落进行16S rRNA基因扩增子测序,并基于系统发育二进制的零模型分析(model analysis)解析细菌群落组装机制。结果表明,变形菌门(Proteobacteria)平均相对丰度最高(38.5%),其次为酸杆菌门(Acidobacteria,18.2%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,9.7%)。6种土壤类型细菌群落的α多样性和β多样性整体差异显著(P<0.05)。主要菌门和菌属与环境因子的冗余分析(RDA)结果表明,土壤有机碳(SOC)、全氮(TN)、电导率(EC)、全硫(TS)和pH是主要影响因子。基于零模型的群落组装分析表明,鸭绿江口湿地土壤细菌群落组装以随机性为主导,其中扩散限制贡献最大,在群落组装中占40.52%。研究结果可为鸭绿江口湿地生态管理提供参考。 展开更多
关键词 湿地 细菌多样性 群落结构 组装机制 鸭绿江口
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饲粮添加高蛋白牧草对黔东南小香鸡肠道菌群的影响
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作者 张涛 陶小艳 +6 位作者 冉江 唐远江 卢昱希 文正常 王璇 王庆红 刘艳 《山东农业科学》 北大核心 2025年第3期102-107,共6页
本试验旨在研究黔东南小香鸡在林下养殖过程中饲粮中添加不同牧草对鸡肠道微生物菌群的影响。选择180只60日龄初始体重相近的健康黔东南小香鸡,随机分为3组,每组3个重复,每重复20只鸡。对照组(A组)饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮的基础... 本试验旨在研究黔东南小香鸡在林下养殖过程中饲粮中添加不同牧草对鸡肠道微生物菌群的影响。选择180只60日龄初始体重相近的健康黔东南小香鸡,随机分为3组,每组3个重复,每重复20只鸡。对照组(A组)饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮的基础上分别添加20%白三叶草(B组)和20%光叶紫花苕(C组),预饲期5 d,正式试验期56 d。试验结束后,收集试验鸡盲肠内容物,并通过高通量测序检测盲肠中微生物组成。结果表明,与A组相比较,B组和C组黔东南小香鸡肠道微生物可操作分类单元(OTUs)数量均有所增加,特有OTUs数量分别增加35.36%、3.31%。各处理间Simpson指数、Shannon指数均无差异显著性;B组Chao1指数有所增加,但与A组差异不显著,C组Chao1指数较A组显著增加(P<0.05);C组ACE指数显著高于A组和B组;B、C组Phocaeicola属、拟杆菌属(Bacteroides)、普雷沃氏菌属(Prevotella)和吉米菌属(Gemmiger)相对丰度均有所增加,劳森菌属(Lawsonibacter)相对丰度降低。线性判别分析(LEfSe)得到的标记性物种A组有10个,B组11个,C组5个。综上,本试验条件下,基础饲粮中分别添加20%白三叶草和20%光叶紫花苕可改变黔东南小香鸡肠道微生物区系组成,提高细菌群落丰富度,增加Phocaeicola属、拟杆菌属、普雷沃氏菌属等有益菌相对丰度,进而促进鸡肠道健康。 展开更多
关键词 黔东南小香鸡 牧草 高通量测序 肠道微生物
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碱度对尼罗罗非鱼肝脏免疫、肠道菌群结构和代谢物的影响
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作者 蒋利进 衣萌萌 +6 位作者 可小丽 曹建萌 刘志刚 王章 谭泽加 卢迈新 王淼 《淡水渔业》 北大核心 2025年第1期49-59,共11页
为探索尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)适宜的养殖水体碱度,分析了不同初始碱度(3.90、21.57和48.88 mmol/L)养殖的尼罗罗非鱼的肝脏免疫指标、肠道微生物和肠道代谢物差异。结果显示,21.57 mmol/L碱度组尼罗罗非鱼的肝脏碱性磷酸酶(... 为探索尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)适宜的养殖水体碱度,分析了不同初始碱度(3.90、21.57和48.88 mmol/L)养殖的尼罗罗非鱼的肝脏免疫指标、肠道微生物和肠道代谢物差异。结果显示,21.57 mmol/L碱度组尼罗罗非鱼的肝脏碱性磷酸酶(AKP)活性最高,肝脏免疫球蛋白M(IgM)和补体C3含量最高,肝脏肿瘤坏死因子α(TNFα)含量最低。48.88 mmol/L碱度组尼罗罗非鱼肝脏AKP活性、肝脏IgM和补体C3含量最低,肝脏TNFα含量最高。二元回归分析发现,养殖水体初始碱度为16.32~24.51 mmol/L时,尼罗罗非鱼的免疫性能最高。21.57 mmol/L碱度组尼罗罗非鱼肠道微生物丰富度和多样性最高。与对照组相比,21.57 mmol/L碱度组尼罗罗非鱼丙氨酸、酪氨酸和色氨酸生物合成等途径显著上调,48.88 mmol/L碱度组罗非鱼辅因子生物合成、核酸代谢、苯丙氨酸代谢等途径显著下调。本研究表明尼罗罗非鱼最适初始碱度范围为16.32~24.51 mmol/L,高碱度(48.88 mmol/L)对尼罗罗非鱼的肝脏免疫、肠道菌群结构和代谢产生负面影响。 展开更多
关键词 尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus) 碱度 高通量测序 肠道微生物 代谢组
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苹果枝条堆肥对苹果根区土壤养分及微生物多样性的影响
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作者 王森 何平 +5 位作者 常源升 何晓文 车升国 郑文燕 李林光 王海波 《山东农业科学》 北大核心 2025年第3期95-101,共7页
本研究探讨了苹果枝条堆肥对苹果根区土壤养分、土壤酶活性及土壤微生物多样性的影响,以期为苹果修剪废弃枝条的资源化利用提供理论依据。以果园修剪的枝条为试材,研究添加腐熟发酵枝条(T1)、腐熟发酵兔子粪(T2)、枝条堆肥(T3)以及商品... 本研究探讨了苹果枝条堆肥对苹果根区土壤养分、土壤酶活性及土壤微生物多样性的影响,以期为苹果修剪废弃枝条的资源化利用提供理论依据。以果园修剪的枝条为试材,研究添加腐熟发酵枝条(T1)、腐熟发酵兔子粪(T2)、枝条堆肥(T3)以及商品有机肥(CK)对苹果根区土壤理化性质及酶活性的影响,并采用高通量测序技术,分析土壤细菌、真菌的群落结构组成和多样性的差异。结果表明:施加枝条堆肥后土壤有机质、有效磷、有效钾、有效锌含量较T1、T2均显著增加;土壤过氧化氢酶、蔗糖酶、磷酸酶、脲酶活性分别比CK显著提高40.43%、78.37%、52.36%、83.87%。土壤细菌、真菌的Chao1指数、Shannon指数均较CK显著增加,Simpson指数较CK显著降低,变形菌门、放线菌门和拟杆菌门为优势细菌,其相对丰度共占76.76%~82.23%;真菌由子囊菌门、接合菌门和担子菌门等门类组成,子囊菌门为绝对优势真菌门,其相对丰度在50.20%~67.24%之间。苹果根区细菌群落多样性和结构主要受到土壤中有效铁含量影响,而真菌群落多样性和结构主要受土壤中有效氮含量的影响。综上,在果园中添加枝条堆肥可显著提高土壤有效养分含量,提高土壤酶活性,增加土壤细菌、真菌群落物种丰富度和多样性,改善果园土壤环境。 展开更多
关键词 苹果 枝条堆肥 土壤环境 高通量测序
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基于PacBio测序解析浓香型白酒酒醅发酵过程中细菌群落及其代谢特性变化
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作者 刘瑶 田新惠 +5 位作者 马超 王思思 唐玉明 冯军 刘成元 刘茂柯 《中国酿造》 北大核心 2025年第1期80-84,共5页
利用16S r RNA基因全长测序技术PacBio解析浓香型白酒酒醅发酵过程中细菌群落结构及其代谢特性变化,并对细菌菌群与挥发性风味物质间的相关性进行分析。结果表明,根据细菌群落多样性的变化,浓香型白酒酿造过程可分为变化期(0~14 d)和稳... 利用16S r RNA基因全长测序技术PacBio解析浓香型白酒酒醅发酵过程中细菌群落结构及其代谢特性变化,并对细菌菌群与挥发性风味物质间的相关性进行分析。结果表明,根据细菌群落多样性的变化,浓香型白酒酿造过程可分为变化期(0~14 d)和稳定期(14~80 d)。在种水平上注释到12种优势细菌(相对丰度≥1.00%),其中,金山醋酸乳杆菌(Acetilactobacillus jinshanensis)从酿造14 d开始相对丰度>90%。白酒酿造过程中的微生物与挥发性风味物质之间具有一定的相关性,其中,与未命名的罗尔斯通氏菌(Ralstonia sp.)、丝状菌(Thiothrix eikelboomii)相关的物质数量较多,2,4-二叔丁基苯酚和戊酸乙酯几乎与所有优势细菌种存在显著相关性(P<0.05)。功能预测结果表明,与白酒酿造相关的代谢通路中甘氨酸的生物合成和代谢、脂质代谢、核苷酸代谢的相对丰度在发酵过程中提高,但氨基酸代谢、其他次生代谢产物生物合成、辅因子和维生素代谢的相对丰度呈下降趋势。 展开更多
关键词 酒醅 浓香型白酒 高通量测序 群落结构
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S^(0)/牡蛎壳比例对海水硫自养反硝化性能及微生物群落的影响
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作者 周瑀 李甍 +3 位作者 宋协法 孙佐梁 董登攀 魏元戎 《渔业科学进展》 北大核心 2025年第2期162-172,共11页
本研究以人工海水循环水养殖尾水为处理对象,比较了3个单质硫颗粒(S^(0))/牡蛎壳配比(5∶1、3∶1和1∶1)的硫自养反硝化(SAD)装置在5个水力负荷[HLR,0.19~0.95 m^(3)/(m^(2)·d)]下的脱氮性能。结果显示,S^(0)/牡蛎壳为5∶1和3∶1... 本研究以人工海水循环水养殖尾水为处理对象,比较了3个单质硫颗粒(S^(0))/牡蛎壳配比(5∶1、3∶1和1∶1)的硫自养反硝化(SAD)装置在5个水力负荷[HLR,0.19~0.95 m^(3)/(m^(2)·d)]下的脱氮性能。结果显示,S^(0)/牡蛎壳为5∶1和3∶1装置的脱氮性能较优。HLR为0.19~0.48 m^(3)/(m^(2)·d)时,不同HLR下及同一HLR下3个装置间硝酸盐氮(NO_(3)^(-)-N)去除率无显著差异;最高HLR为0.95 m^(3)/(m^(2)·d)时,3个装置NO_(3)^(-)-N去除率均显著降低,且S^(0)/牡蛎壳为5∶1(61.16%±9.31%)和3∶1(56.62%±7.23%)装置的NO_(3)^(-)-N去除率显著高于S^(0)/牡蛎壳为1∶1(38.98%±10.19%)的装置。S^(0)/牡蛎壳为5∶1和3∶1装置的NO_(3)^(-)-N去除负荷随HLR升高而升高。S^(0)/牡蛎壳为3∶1装置的平均出水亚硝酸盐氮(NO_(2)^(-)-N)最低,为(0.59±0.39)mg/L。装置的出水pH随S^(0)/牡蛎壳的比例和HLR的升高而降低。SAD装置中优势菌门为弯曲杆菌门(Campilobacterota,6.47%~59.73%),优势菌属为具有反硝化功能的硫单胞菌属(Sulfurimonas,2.70%~49.50%)。随着S^(0)/牡蛎壳的比例下降,装置内及装置上部牡蛎壳和S^(0)交接处的硫单胞菌属丰度上升。pH与反硝化基因丰度呈正相关。该研究结果可为海水循环水养殖系统中SAD装置的设计与运行提供基础理论数据。 展开更多
关键词 硫自养反硝化(SAD) 脱氮性能 S^(0) 牡蛎壳 高通量测序
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浓香型白酒酿造老车间四季空气微生物群落结构解析
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作者 康承霞 秦辉 +7 位作者 蔡小波 张宿义 杨平 黄孟阳 廖川 刘怡 杨贵 张轩 《酿酒》 2025年第2期57-63,共7页
本文采用高通量测序技术解析了浓香型白酒酿造老车间四季空气微生物群落结构差异及其演替规律。结果表明,四季空气中夏季细菌丰富度最低,冬季真菌丰富度最低;物种数量细菌(9093种)显著高于真菌(5228种)。春季酿酒车间空气中的优势菌属... 本文采用高通量测序技术解析了浓香型白酒酿造老车间四季空气微生物群落结构差异及其演替规律。结果表明,四季空气中夏季细菌丰富度最低,冬季真菌丰富度最低;物种数量细菌(9093种)显著高于真菌(5228种)。春季酿酒车间空气中的优势菌属为高温放线菌属(Thermoactinomyces)、克罗彭施泰特氏菌属(Kroppenstedtia)、嗜热真菌属(Thermomyces)、枝孢霉属(Cladosporium)、曲霉属(Aspergillus)等;夏季优势菌属为鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜热真菌属、曲霉属等;秋季优势菌属为高温放线菌属、嗜热真菌属、曲霉属、嗜热子囊菌属(Thermoascus)等;冬季优势菌属为芽孢杆菌属(Bacillus)、嗜热真菌属、嗜热子囊菌属、曲霉属等。各季节间微生物群落结构相似性由春季至冬季逐渐增大,冬季低温对空气中的真菌物种具有较强的选择作用。酿酒车间空气的特异性标志物种中,益于大曲和酿酒发酵的功能菌类主要分布于冬季和春季,且部分功能菌群之间呈较强的正相关关系。本研究明析了浓香型白酒酿造老车间空气微生物群落结构及其在四季中的演替规律,从空气微生物的角度为剖析季节对浓香型白酒产质的影响提供了理论依据和数据支撑。 展开更多
关键词 空气微生物 高通量测序 浓香型白酒 酿酒车间 季节
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改变碳输入对亚热带针阔混交林土壤化学性质和微生物群落的影响
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作者 李静凯 朱丽琴 +4 位作者 黄荣珍 刘萍渝 王金平 房焕英 侯斌 《农业环境科学学报》 北大核心 2025年第1期95-104,共10页
为探究有机碳输入改变对土壤微生物群落特征的影响,促进亚热带针阔混交林土壤肥力提升和生态系统恢复,本研究以亚热带红壤退化地恢复形成的木荷与马尾松针阔混交林为研究对象,原位设置凋落物输入+根系输入+菌根输入(LRM,对照)、双倍凋... 为探究有机碳输入改变对土壤微生物群落特征的影响,促进亚热带针阔混交林土壤肥力提升和生态系统恢复,本研究以亚热带红壤退化地恢复形成的木荷与马尾松针阔混交林为研究对象,原位设置凋落物输入+根系输入+菌根输入(LRM,对照)、双倍凋落物输入+根系输入+菌根输入(2LRM)、凋落物去除+根系输入+菌根输入(NRM)、凋落物去除+根系去除+菌根输入(NNM)和凋落物去除+根系去除+菌根去除(NNN)5种处理,利用高通量测序技术研究混交林表层土壤微生物群落特征,并探讨其与土壤化学性质的关系。结果表明:2LRM和NNN处理显著降低了土壤酸性磷酸酶的活性,NRM、NNM和NNN处理显著降低了土壤真菌的丰富度指数和多样性指数,改变有机碳输入对细菌Alpha多样性的影响不显著。混交林土壤优势细菌门为酸杆菌门(15.5%~40.2%)、变形菌门(23.6%~35.5%)和放线菌门(11.2%~17.7%),优势真菌门为担子菌门(32.5%~47.8%)、子囊菌门(26.9%~48.8%)和被孢菌门(12.8%~34.5%)。NRM处理使子囊菌门的相对丰度提高了62.1%,使担子菌门的相对丰度降低了27.6%。NNM处理使放线菌门和被孢菌门的相对丰度分别提高了57.8%和169.8%,使酸杆菌门和担子菌门的相对丰度分别降低了57.7%和22.7%。NNN处理使被孢菌门的相对丰度提高了61.0%。土壤有机质、蔗糖酶和多酚氧化酶是影响土壤细菌群落变化的关键因子,pH和蔗糖酶是影响土壤真菌群落的关键因子。研究表明,有机碳输入增加和减少均降低了真菌Alpha多样性,均未改变细菌Alpha多样性,地上凋落物和地下根系的同时去除对微生物群落组成影响最大。 展开更多
关键词 土壤微生物 有机碳输入 高通量测序 土壤化学性质 木荷与马尾松混交林
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利用高通量测序分析冷鲜羊肉优势腐败菌群及相关抑菌剂效价评定
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作者 温蕾 马艳丽 +6 位作者 柳尧波 王维婷 杜鹏飞 胡鹏 曹建芳 李永生 贺红军 《食品研究与开发》 2025年第4期149-154,共6页
为研究天然抑菌剂对冷鲜羊肉优势腐败菌的抑菌效力并筛选靶向抑菌剂,首先采用高通量测序法分析冷鲜羊肉在4℃贮藏过程中腐败菌的演替规律,然后针对性的选择两种醛类(柠檬醛和肉桂醛)天然抑菌剂,通过测定抑菌圈大小、最小抑菌浓度对比其... 为研究天然抑菌剂对冷鲜羊肉优势腐败菌的抑菌效力并筛选靶向抑菌剂,首先采用高通量测序法分析冷鲜羊肉在4℃贮藏过程中腐败菌的演替规律,然后针对性的选择两种醛类(柠檬醛和肉桂醛)天然抑菌剂,通过测定抑菌圈大小、最小抑菌浓度对比其对冷鲜羊肉腐败菌的抑制效果。结果表明,主要腐败菌为嗜冷假单胞菌(Pseudomonas psychrophila)、热杀索丝菌(Brochothrix thermosphacta)、溶酪葡萄球菌(Macrococcus caseolyticus)、不动杆菌(Acinetobacter)、养料嗜冷杆菌(Psychrobacter cibarius)。肉桂醛对各受试菌的抑菌能力更加显著,最小抑菌浓度为0.08~2.50 mg/mL。 展开更多
关键词 冷鲜羊肉 高通量测序 菌株鉴定 优势腐败菌 柠檬醛 肉桂醛
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青海不同地区传统牦牛酸奶品质差异及菌群结构分析
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作者 任海佳 吴海玥 +3 位作者 胡蓉 闫忠心 胡博 郭娅慧 《青海畜牧兽医杂志》 2025年第1期16-20,51,共6页
为了解青海省不同地区牦牛酸奶品质的差异和菌群微生物资源,本研究对青海省果洛(G)、玉树(Y)、海北(B)和海南(N)4个地区的24份酸奶样品进行理化特性测定。结果表明,不同地区间牦牛酸奶品质存在差异,果洛(G)和海南(N)地区牦牛酸奶样品的p... 为了解青海省不同地区牦牛酸奶品质的差异和菌群微生物资源,本研究对青海省果洛(G)、玉树(Y)、海北(B)和海南(N)4个地区的24份酸奶样品进行理化特性测定。结果表明,不同地区间牦牛酸奶品质存在差异,果洛(G)和海南(N)地区牦牛酸奶样品的pH和酸度普遍较好,玉树(Y)地区样品的黏度和持水性较高,果洛(G)地区6份样品持水性均达40%以上,海北(B)地区只有B5、B6样品的pH和酸度较好;通过16sRNA测序技术,4个地区牦牛酸奶鉴定出22个门和272个属,其中厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为优势菌门,乳杆菌属(Lactobacillus)和链球菌属(Streptococcus)为G地区的优势菌属,而Y、N和B地区优势菌属均为乳杆菌属。本研究旨在为进一步实现传统发酵乳制品菌种的工业化生产奠定理论基础,为更好地调控牦牛乳发酵产品的品质提供理论科学依据,有效提高青海牦牛乳资源的利用率。 展开更多
关键词 牦牛酸奶 理化特性 菌群结构 高通量测序
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不同发酵阶段低温大曲中真菌菌群多样性解析
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作者 李俊薇 侯强川 +4 位作者 李斯琳 项云 董孝元 郭壮 李良 《中国酿造》 北大核心 2025年第1期100-104,共5页
采用Illumina Mi Seq高通量测序技术对不同发酵阶段低温大曲的真菌菌群多样性进行解析,探究低温大曲发酵过程中真菌群落结构的演替规律。结果表明,从入库前到拆曲,低温大曲中真菌菌群的超1指数和香农指数分别从156和2.90上升至376和4.29... 采用Illumina Mi Seq高通量测序技术对不同发酵阶段低温大曲的真菌菌群多样性进行解析,探究低温大曲发酵过程中真菌群落结构的演替规律。结果表明,从入库前到拆曲,低温大曲中真菌菌群的超1指数和香农指数分别从156和2.90上升至376和4.29,均依次在上霉、起潮火和潮火阶段出现显著提升(P<0.05)。马氏距离聚类分析结果显示,在潮火阶段之前,各阶段的低温大曲真菌群落结构各不相同,而在潮火阶段之后,群落结构趋于稳定。低温大曲发酵过程中共注释到9个优势真菌属(平均相对丰度>1.0%),包括覆膜孢酵母菌属(Saccharomycopsis)、威克汉姆酵母菌属(Wickerhamomyces)、曲霉属(Aspergillus)等,入库前,以Wickerhamomyces和Saccharomycopsis为主;上霉后,以Saccharomycopsis和根霉菌属(Rhizopus)为主。整个发酵过程中的核心类群由Wickerhamomyces、Saccharomyces和汉逊酵母菌属(Hanseniaspora)等组成,而入库后的特有类群主要由Rhizopus和Saccharomycopsis等组成。由此可见,上霉、起潮火和潮火阶段对低温大曲中真菌丰富度和多样性的提升具有促进作用,且潮火阶段对大曲中真菌群落结构的稳定亦有着积极影响。 展开更多
关键词 低温大曲 发酵过程 Illumina MiSeq高通量测序 真菌 演替
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闽江河口湿地土壤细菌群落结构与多样性特征
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作者 张马啸 毛梦圆 +4 位作者 陈宇龙 袁宗胜 李树斌 潘辉 周丽丽 《西南林业大学学报(自然科学)》 北大核心 2025年第1期88-95,共8页
以闽江河口典型植被类型(秋茄、芦苇、短叶茳芏)为研究对象,光滩为对照,利用16S rRNA高通量测序技术,探讨不同植被类型湿地土壤表层细菌的多样性特征。结果表明:土壤样品中获得6 410个OTUs,分属97门、191纲、359目、468科、582属和170... 以闽江河口典型植被类型(秋茄、芦苇、短叶茳芏)为研究对象,光滩为对照,利用16S rRNA高通量测序技术,探讨不同植被类型湿地土壤表层细菌的多样性特征。结果表明:土壤样品中获得6 410个OTUs,分属97门、191纲、359目、468科、582属和170种。在门水平上,优势菌门为Proteobacteria、Bacteroidota、Cyanobacteria、Firmicutes等,其中光滩土壤的主导菌门为Cyanobacteria,秋茄群落为Bacteroidota,芦苇群落和短叶茳芏群落为Proteobacteria;在纲水平上,Cyanobacteriia和Bacilli的相对丰度比例均为光滩>秋茄>芦苇>短叶茳芏;在目水平上,秋茄和芦苇群落中占主导地位的目均为Flavobacteriales;在科水平上,Flavobacteriaceae同为秋茄、芦苇和短叶茳芏土壤中的优势菌科,其相对丰度比例分别为29.60%、18.02%和6.17%;在属水平上,Flavobacterium均为3种有植被覆盖土壤中的主要优势菌属;在种水平上,Jeotgalibacillus malaysiensis为光滩中的特有菌种。不同植被群落的物种数量、Shannon指数、Simpson指数均表现为短叶茳芏>芦苇>秋茄>光滩,光滩与3种植被群落的土壤差异显著。闽江河口湿地细菌群落结构与多样性会根据有无植被覆盖及不同类型植被覆盖而表现出特定的环境偏好。 展开更多
关键词 植被类型 湿地 表层土壤 高通量测序 细菌群落结构 多样性
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烟草镰刀菌根腐病根际土壤微生物群落结构及多样性
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作者 何晓冰 黄昆鹏 +7 位作者 李俊营 卜亚艇 赵浪 王明鑫 张富生 阴广宇 杨楠 许跃奇 《浙江农业科学》 2025年第2期411-420,共10页
研究烟草镰刀菌根腐病对根际土壤微生物群落结构及多样性的影响,探讨其与烟草病害发生的关系,为防治病害的发生提供理论依据。利用Illumina MiSeq高通量测序技术,比较健康株与病株烟草根际土壤微生物群落结构及多样性差异。镰刀菌根腐... 研究烟草镰刀菌根腐病对根际土壤微生物群落结构及多样性的影响,探讨其与烟草病害发生的关系,为防治病害的发生提供理论依据。利用Illumina MiSeq高通量测序技术,比较健康株与病株烟草根际土壤微生物群落结构及多样性差异。镰刀菌根腐病使烟株根际土壤真菌种类的丰富程度和种群多样化发生改变,病株根际土壤真菌的辛普森指数、ACE和Chao1等指标均低于健康株;病株和健康株根际土壤微生物种群的优势种群具有明显差异。与对照相比,门水平上,病株绿弯菌门、浮霉菌门、芽单胞菌门和酸杆菌门的相对丰度降低,变形菌门的相对丰度增加;属水平上,细菌属有益菌属链霉菌属、土壤红杆菌属、加氏菌属相对丰度降低。烟草植株根际土壤中真菌群落结构改变及物种多样性降低是烟草镰刀菌根腐病发生的重要特征,为该病害的早期预防提供一定的理论依据。 展开更多
关键词 烟草 镰刀菌根腐病 根际微生物 高通量测序
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市售真空包装玉米热狗肠生产和贮藏过程中菌群结构变化
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作者 陈红 焦依帆 +3 位作者 刘梦瑶 张义平 赵丽丽 姜晓冰 《肉类研究》 北大核心 2025年第2期11-17,共7页
为了解和控制市售真空包装玉米热狗肠生产与贮藏过程中的微生物风险水平,利用高通量测序技术和传统的微生物分离纯化技术分析其生产和贮藏过程中的微生物菌群结构变化。结果表明:在玉米热狗肠的生产过程中,微生物种群均以乳杆菌属(Lacto... 为了解和控制市售真空包装玉米热狗肠生产与贮藏过程中的微生物风险水平,利用高通量测序技术和传统的微生物分离纯化技术分析其生产和贮藏过程中的微生物菌群结构变化。结果表明:在玉米热狗肠的生产过程中,微生物种群均以乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)、不动杆菌属(Acinetobacter)和魏斯氏菌属(Weissella)为主,对真空包装制品进行二次灭菌后,链球菌属相对丰度变化不大,但乳杆菌属和魏斯氏菌属相对丰度明显降低;随着贮藏时间的延长,玉米热狗肠中的物种丰富度和多样性显著下降(P<0.05),而兼性厌氧或专性厌氧型细菌,如链球菌属中嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)和副血链球菌(Streptococcus parasanguinis)及蛋白分解菌速生热分枝菌(Thermobrachium celere)和解蛋白喜热菌(Caloramator proteoclasticus)共同构成贮藏后期玉米热狗肠中的优势菌群。 展开更多
关键词 真空包装 玉米热狗肠 微生物菌群结构 高通量测序 优势菌群
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浓香型中高温大曲制作过程中细菌群落变化研究
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作者 张春英 张子怡 +2 位作者 杨涛 武志强 李国友 《酿酒》 2025年第2期104-108,共5页
本研究采用基于绝对定量的三代扩增子测序方法,研究了浓香型大曲制作过程中的细菌群落变化。结果表明,放线菌门、厚壁菌门和变形菌门为优势细菌门;假诺卡氏菌目、肠杆菌目和乳杆菌目为优势细菌目;假诺卡氏菌科、肠杆菌科、乳杆菌科、芽... 本研究采用基于绝对定量的三代扩增子测序方法,研究了浓香型大曲制作过程中的细菌群落变化。结果表明,放线菌门、厚壁菌门和变形菌门为优势细菌门;假诺卡氏菌目、肠杆菌目和乳杆菌目为优势细菌目;假诺卡氏菌科、肠杆菌科、乳杆菌科、芽孢杆菌科、明串珠菌科、高温放线菌科、葡萄球菌科为优势细菌科;糖多孢菌属、埃希菌属、乳杆菌属、葡萄球菌属、芽孢杆菌属、魏斯氏菌属和高温放线菌属是优势细菌属;发酵初期埃希菌属和乳杆菌属占优势,随着发酵的进行糖多孢菌属的数量开始增加,到发酵后期及储存期演替为以糖多孢菌属为主。并且糖多孢菌属、乳杆菌属、葡萄球菌属和芽孢杆菌属的平均拷贝数在10^(5)copies/g~10^(6)copies/g之间。优势微生物种主要包括发酵乳酸杆菌、融合魏斯氏菌、耐盐芽孢杆菌、赫伦魏斯氏菌、松鼠葡萄球菌。 展开更多
关键词 浓香型中高温大曲 高通量测序 绝对定量 细菌群落 演替规律
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高通量测序分析阿尔茨海默病患者血清circRNA表达谱的研究
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作者 郭清允 崔健 吴睿 《河南医学研究》 2025年第4期598-603,共6页
目的应用高通量测序分析阿尔茨海默病(AD)患者血清circRNA的表达谱差异,结合临床诊断,筛选可辅助诊断AD的分子标志物。方法收集AD患者(AD组)及健康人群(对照组)各28例,用高通量测序将AD组和对照组的全血circRNA进行检测,筛选出差异表达... 目的应用高通量测序分析阿尔茨海默病(AD)患者血清circRNA的表达谱差异,结合临床诊断,筛选可辅助诊断AD的分子标志物。方法收集AD患者(AD组)及健康人群(对照组)各28例,用高通量测序将AD组和对照组的全血circRNA进行检测,筛选出差异表达的circRNA,通过基因本体(GO)富集分析和信号通路的显著性(KEGG)分析选出AD差异基因,通过生物信息学分析检测出表达显著升高的circ_0089972与miR-7,并找出其内在关系,采用双荧光素酶法验证。结果AD患者的血清中有显著性差异表达的circRNA有29个,其中表达上调的20个,表达下调的9个(P<0.05),GO富集分析结果显示,差异表达的circRNA主要富集在细胞代谢过程、蛋白结合、有机物代谢过程、细胞活动调节、氮化合物代谢过程、细胞对刺激反应、有机环化物的结合、离子结合、代谢过程调节、细胞通信、信号传递等生物学过程中。而KEGG分析显示差异基因主要参与癌症通路、PI3K-Akt信号通路、人乳头状瘤病毒感染、微小RNA、MAPK信号通路、Ras信号通路、EB病毒感染等信号通路的调节。生物信息学及双荧光素酶分析显示circ_0089972可作为分子海绵(可与RNA分子相互作用,竞争性吸附microRNA,调节miRNA的水平和/或活性)吸附并下调miR-7表达,从而参与AD的病理生理过程。结论AD患者血清中存在明显差异表达的circRNA,差异表达的circRNA通过其靶基因参与多个AD生物学过程和信号通路调节,其中hsa_circ_0089972等可能成为辅助诊断AD的分子标志物。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 circRNA 高通量测序 差异基因
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青钱柳水提物对面团发酵的影响
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作者 陈菲菲 孙举志 +3 位作者 李红英 樊奕 樊磊 邹迎春 《粮食与油脂》 北大核心 2025年第3期26-33,54,共9页
以青钱柳水提物为原料,研发一种低血糖生成指数(GI)老面。对含青钱柳水提物的青钱柳老面面团(样品A)、青钱柳老面面团(样品B)、老面面团(样品C)以及干酵母面团(样品D)采用高通量测序的方法进行微生物菌群分析,通过顶空萃取结合GC-MS分... 以青钱柳水提物为原料,研发一种低血糖生成指数(GI)老面。对含青钱柳水提物的青钱柳老面面团(样品A)、青钱柳老面面团(样品B)、老面面团(样品C)以及干酵母面团(样品D)采用高通量测序的方法进行微生物菌群分析,通过顶空萃取结合GC-MS分析发酵过程中挥发性物质的变化,并对二者进行相关性分析。结果表明:样品A的发酵时长比样品B、C短,且风味物质种类比样品D多;青钱柳水提物的添加有利于乳酸杆菌(Lactobacillus)的增殖及挥发性酸类物质的积累,降低了面团细菌菌群的多样性,减少了挥发性物质的种类,却并不影响面团真菌菌群的多样性,且真菌菌群曲霉属(Aspergillus)、毛霉(Mucor)等7种菌属有利于酸类、酮类、醚类及呋喃类挥发性物质的积累。 展开更多
关键词 青钱柳 高通量测序 挥发性物质 相关性分析
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家畜反刍动物瘤胃产甲烷菌研究进展
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作者 陶朱林 王玉涛 《中国饲料》 北大核心 2025年第1期15-21,27,共8页
甲烷是温室气体之一,其来源之一是反刍动物瘤胃产甲烷菌利用二氧化碳、氢气、乙酸和甲基类等物质发酵产生;在畜牧业中,甲烷排放量的增加也预示着饲料的利用率降低。研究反刍动物瘤胃产甲烷菌群落结构有助于明确瘤胃产甲烷菌的甲烷代谢机... 甲烷是温室气体之一,其来源之一是反刍动物瘤胃产甲烷菌利用二氧化碳、氢气、乙酸和甲基类等物质发酵产生;在畜牧业中,甲烷排放量的增加也预示着饲料的利用率降低。研究反刍动物瘤胃产甲烷菌群落结构有助于明确瘤胃产甲烷菌的甲烷代谢机理,进而为如何降低养殖中甲烷等温室气体的排放量、提高饲料的利用率提供理论基础。本文主要是对反刍动物瘤胃产甲烷菌群落结构研究方法、菌群群落组成、甲烷代谢机理和影响群落结构因素等方面进行综述,并对未来研究内容提出展望。 展开更多
关键词 反刍动物 古菌 产甲烷菌群落结构 甲烷代谢 高通量测序
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UV-B辐射增强对苦荞叶内生微生物多样性的影响
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作者 肖欢 杨伟亮 +5 位作者 孔祺 龚润林 段玉莲 赵银紫 罗宗龙 冯源 《农业环境科学学报》 北大核心 2025年第2期320-329,共10页
利用高通量测序技术,分析UV-B(280~320nm)辐射增强对苦荞叶内生菌多样性、群落组成及功能的影响,以探讨“苦荞-内生菌”互作系统在UV-B辐射胁迫下的生态适应性,为相关研究奠定理论基础。以云荞2号为研究对象,自然光作为对照(CK),设置2个... 利用高通量测序技术,分析UV-B(280~320nm)辐射增强对苦荞叶内生菌多样性、群落组成及功能的影响,以探讨“苦荞-内生菌”互作系统在UV-B辐射胁迫下的生态适应性,为相关研究奠定理论基础。以云荞2号为研究对象,自然光作为对照(CK),设置2个UV-B辐射强度(2.5、5.0kJ·m^(-2)),处理30d后,通过高通量测序技术分析在UV-B辐射增强条件下苦荞叶内生菌的多样性、群落组成及生物学功能变化。结果表明,在97%的序列相似性水平上,所有测序样本中苦荞叶内生真菌与内生细菌分别获得167个和425个操作分类单元(OTU)。UV-B辐射处理降低了苦荞叶内生真菌与内生细菌的总OTU数量,表现为CK>5.0kJ·m^(-2)>2.5kJ·m^(-2),但对内生菌的多样性及丰富度无显著影响(P>0.05)。3个处理组的内生真菌均以子囊菌门(Ascomycota)为优势真菌门,其相对丰度随UV-B辐射增强而升高;共有的优势细菌门为变形菌门(Proteobacteria)与厚壁菌门(Firmicutes),共有的优势细菌属为未分类产碱杆菌科(unclassified_f_Alcaligenaceae)与假单胞菌属(Pseudomonas),其相对丰度随UV-B辐射增强而显著升高。单因素相关性网络分析表明,增强UV-B辐射可促进苦荞叶内生细菌群落间的协同共生作用、削弱种间竞争,同时减弱内生真菌群落间的相互影响。对内生菌进行功能预测与分析,发现UV-B辐射增强可导致植物病原菌类功能的真菌相对丰度下降,而内生细菌功能基因中参与细胞壁/细胞膜结构的生物合成、脂质转运和代谢以及蛋白质翻译后修饰等相关基因的丰度有所上升。研究表明,UV-B辐射增强导致苦荞叶内生细菌群落组成与生物学功能发生明显改变,优势细菌群种类增加、菌群间的协同共生作用增强,这有助于提升苦荞对于UV-B辐射增强的生态适应性。 展开更多
关键词 UV-B辐射 苦荞 高通量测序 内生菌 微生物多样性
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不同贮藏温度下调理牛排菌群动态变化和相互作用
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作者 史娜 邢超 +7 位作者 宋丽萍 毛婷 杜建萍 李龙 耿健强 孙晓冬 杨丽梅 李黎 《肉类研究》 北大核心 2025年第4期30-39,共10页
为了解不同贮藏温度下调理牛排微生物多样性和细菌之间的相互作用关系,比较分析冷藏(4℃)和脱冷贮藏(15℃)牛排菌群结构。将新鲜调理牛排进行冷藏(4℃)和脱冷贮藏(15℃),基于传统的微生物培养计数和高通量测序技术分析不同贮藏温度下过... 为了解不同贮藏温度下调理牛排微生物多样性和细菌之间的相互作用关系,比较分析冷藏(4℃)和脱冷贮藏(15℃)牛排菌群结构。将新鲜调理牛排进行冷藏(4℃)和脱冷贮藏(15℃),基于传统的微生物培养计数和高通量测序技术分析不同贮藏温度下过保质期牛排菌群动态变化和相互作用。结果表明,牛排4℃贮藏下的菌落总数(7.4×10^(8) CFU/g)极显著低于15℃(5.2×10^(9) CFU/g)(P<0.001)。菌群动态变化结果表明,冷藏或脱冷贮藏不影响牛排菌群组成,但优势菌属发生更替。肉杆菌属(Carnobacterium)、弯曲乳杆菌属(Latilactobacillus)及假单胞菌属(Pseudomonas)是2种贮藏温度下的优势腐败菌属。索丝菌属(Brochothrix)仅为4℃贮藏下的优势菌属,沙雷氏菌属(Serratia)仅为15℃贮藏下的优势菌属。菌属丰度相关性网络中Page Rank>0.4且出现频率最高的菌属分别为不动杆菌属(Acinetobacter)和索丝菌属。不动杆菌属与沙雷氏菌属、假单胞菌属、索丝菌属,沙雷氏菌属与索丝菌属,索丝菌属与假单胞菌属相对丰度在特定贮藏温度和时间下存在相关性,这表明牛排腐败菌之间存在潜在种间相互作用。索丝菌属、弯曲乳杆菌属及假单胞菌属可能是牛排优势腐败菌。 展开更多
关键词 贮藏温度 高通量测序技术 微生物多样性 种间相互作用
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