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基于16S rRNA高通量测序的驻岛人员肠道菌群分析
1
作者 吴浩 谢沛 +4 位作者 张菂 黄文 李兆申 薛芊 鞠金涛 《海军军医大学学报》 北大核心 2025年第3期400-405,共6页
目的分析驻岛人员肠道菌群特征,为维护驻岛人员的肠道微生态平衡及提供精准的医疗保障奠定基础。方法采用随机抽样的方法纳入驻岛人员若干,同时纳入沿海地区人员若干作为对照,对人员粪便标本进行16S rRNA高通量测序。比较两组人员肠道... 目的分析驻岛人员肠道菌群特征,为维护驻岛人员的肠道微生态平衡及提供精准的医疗保障奠定基础。方法采用随机抽样的方法纳入驻岛人员若干,同时纳入沿海地区人员若干作为对照,对人员粪便标本进行16S rRNA高通量测序。比较两组人员肠道菌群多样性及菌群组成差异。结果肠道菌群alpha多样性分析显示驻岛人员肠道菌群丰度较沿海地区人员升高,beta多样性分析提示驻岛人员肠道微生物群落构成与沿海地区人员相比差异有统计学意义(P=0.001)。驻岛人员肠道内拟杆菌门丰度低于沿海地区人员(30.8%vs 48.3%,P<0.001),而肠道内变形菌门丰度高于沿海地区人员(28.3%vs 10.2%,P<0.001)。经多重假设检验校正后发现,驻岛人员肠道内拟杆菌属、罗斯氏菌属、另枝菌属、副拟杆菌属丰度显著下降,普雷沃氏菌属、大肠埃希菌-志贺菌属、柠檬酸杆菌属、产粪甾醇真杆菌属丰度显著提升。结论海岛特殊环境影响驻岛人员肠道菌群特征,肠道微生态健康亟需精准保障。 展开更多
关键词 驻岛人员 海岛 肠道菌群 16s rRNA 高通量测序
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基于16S rDNA序列对蓖麻蚕肠道细菌多样性的研究 被引量：6
2
作者 李刚 吴柯成 +4 位作者 郝长富 钱荷英 张月华 赵国栋 徐安英 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期867-874,共8页
蓖麻蚕(Philosamia cynthia ricini)是一种无滞育多化性、广食性、完全变态的吐丝昆虫,研究蓖麻蚕肠道菌群结构及多样性对了解其广食性分子基础具有十分重要的意义。选用蓖麻蚕品种B7,按蛾区半分法收蚁,分别喂食蓖麻叶和臭椿叶至5龄盛食... 蓖麻蚕(Philosamia cynthia ricini)是一种无滞育多化性、广食性、完全变态的吐丝昆虫,研究蓖麻蚕肠道菌群结构及多样性对了解其广食性分子基础具有十分重要的意义。选用蓖麻蚕品种B7,按蛾区半分法收蚁,分别喂食蓖麻叶和臭椿叶至5龄盛食期,提取肠道细菌总DNA,对16S rDNA的V3+V4区进行高通量测序,分析不同饲料喂食对蓖麻蚕的肠道微生物的OTU(operational taxonomic units)数量、组成、相似性、以及α和β多样性的影响。结果发现,蓖麻叶育和臭椿叶育的蓖麻蚕肠道优势菌表现相似,均以肠球菌(Enterococcus)、克雷伯氏菌(Klebsiella)、拟杆菌(Bacteroides)、葡萄球菌(Staphylococcus)为优势菌,但其所占比率有所不同;臭椿叶喂食的蓖麻蚕肠道内还检测到棒杆菌(Corynebacterium_1)、梭菌(Clostridium_sensu_stricto_3)、沙雷氏菌(Serratia)、梭状芽胞杆菌(Clostridium_sensu_stricto_12)、发光杆菌(Photobacterium)等菌属,其物种的多样性和丰富度比蓖麻叶喂食的蓖麻蚕更高。结果表明蓖麻蚕肠道内菌群结构和组成与其食性存在一定的关系,这可为研究家蚕的饲料使用方式、利用率及广食性家蚕品系筛选培育等提供借鉴。 展开更多
关键词 蓖麻蚕 16s rdna 肠道菌群多样性 高通量测序
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运用实时定量PCR和16SrDNA测序法分析女性阴道菌群的结果比较 被引量：5
3
作者 张宁 韩阳 +3 位作者 骆菲 朱丽红 秦金红 江滟 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期71-75,共5页
目的·比较实时定量PCR(q PCR)法与16S rDNA测序法分析女性阴道菌群类型的结果。方法·选取45岁以下育龄期健康女性49名,采集阴道上1/3处分泌物,经提取阴道标本全基因组DNA后,分别运用16S rDNA V1V2域测序和基于22种常见阴道细... 目的·比较实时定量PCR(q PCR)法与16S rDNA测序法分析女性阴道菌群类型的结果。方法·选取45岁以下育龄期健康女性49名,采集阴道上1/3处分泌物,经提取阴道标本全基因组DNA后,分别运用16S rDNA V1V2域测序和基于22种常见阴道细菌设计的引物进行q PCR分析各样本菌群类型,比较2种检测结果的异同。结果·参考依据优势菌类型的阴道菌群分类标准,基于q PCR方法分析结果为Ⅰ型(卷曲乳杆菌为优势菌)9例,Ⅲ型(惰性乳杆菌为优势菌)24例,Ⅳ型(无乳杆菌为优势菌)12例,Ⅴ型(詹氏乳杆菌为优势菌)为2例。基于16S rDNA V1V2域进行测序分析的结果为Ⅰ型13例,Ⅱ型(格氏乳杆菌为优势菌)1例,Ⅲ型23例,Ⅳ型8例,Ⅴ型2例。2种方法对阴道菌群分型一致的为38例,一致率为77.6%。结论·2种方法分析得到的阴道菌群分类结果有差异;若采用q PCR对阴道菌群进行分类,还需考虑相关的技术因素对结果的影响。 展开更多
关键词 阴道菌群 实时定量PCR 16s rdna高通量测序
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基于16S rDNA高通量测序分析水牛初乳与常乳中细菌多样性 被引量：4
4
作者 谢芳 谢华德 +4 位作者 唐振华 谢耀锋 郭艳霞 黄钰涵 杨承剑 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2021年第13期125-132,共8页
目的:利用16S rDNA高通量测序研究广西水牛研究所种畜厂三品杂水牛初乳与常乳的细菌多样性。方法:提取当天采集的生水牛乳样本的细菌总DNA,PCR扩增其16S rDNA,利用纯化后的扩增片段构建其菌群的16S rDNA文库,采用Miseq PE300平台进行高... 目的:利用16S rDNA高通量测序研究广西水牛研究所种畜厂三品杂水牛初乳与常乳的细菌多样性。方法:提取当天采集的生水牛乳样本的细菌总DNA,PCR扩增其16S rDNA,利用纯化后的扩增片段构建其菌群的16S rDNA文库,采用Miseq PE300平台进行高通量测序以及BLAST比对。结果:初乳组样本共得到19个门,292个属和437个种。而常乳两组样本共得到7个门,203个细菌属和330个细菌种,初乳组的细菌多样性高于常乳组。初乳组中的优势菌属为金黄杆菌属(Chryseobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseusomonas),而常乳组中的优势菌则为金黄杆菌属(Chryseobacterium)、乳球菌属(Lactococcus)、肠球菌属(Enterococcus)。样本层级聚类显示:初乳组与常乳组组间群落差异不显著。PCA与PLS-DA分析表明:两组样本组间菌群结构差异显著。结论:三品杂水牛初乳与常乳均呈现较丰富的多样性,常乳组中细菌多样性显著高于初乳组。 展开更多
关键词 16s rdna高通量测序 水牛乳 初乳 细菌多样性
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基于16S rDNA高通量测序技术分析水牛原料乳中细菌的多样性 被引量：2
5
作者 谢芳 李孟伟 +4 位作者 唐振华 彭开屏 彭丽娟 梁辛 杨承剑 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2020年第5期10-14,共5页
为研究不同品种水牛原乳中的细菌组成,本研究采用16SrDNA高通量测序技术分析了印摩拉水牛、尼里·拉菲水牛及三品杂水牛原乳中的细菌多样性,结果显示,3品种原料乳样本中的细菌种类覆盖430个种314个属,共540个OTU,其中包括有益菌如... 为研究不同品种水牛原乳中的细菌组成,本研究采用16SrDNA高通量测序技术分析了印摩拉水牛、尼里·拉菲水牛及三品杂水牛原乳中的细菌多样性,结果显示,3品种原料乳样本中的细菌种类覆盖430个种314个属,共540个OTU,其中包括有益菌如乳酸杆菌(Lactobacillus)和致病菌如大肠埃希菌属志贺菌(Escherichia-Shigella);各样本的菌群组成和相对丰度分析结果表明,不同品种原料乳中主要菌群组成和优势菌均呈现明显差异,其中三品杂、摩拉、尼里·拉菲水牛原料乳中的优势菌属分别为肠球菌属(Enterococcus)、籍伏氏菌属(Vogesella)、假单胞菌属(Pseudomonas),样本中还有部分未鉴定的细菌,需要进一步研究。 展开更多
关键词 水牛 原料乳 细菌多样性 16s rdna高通量测序
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基于16S rDNA测序及培养基法探究虹鳟鱼贮藏优势腐败菌 被引量：12
6
作者 周慧 盖园明 +3 位作者 徐超 付绍平 林心萍 张大伟 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2021年第1期25-32,共8页
为探究虹鳟鱼腐败机制,选取新鲜虹鳟鱼鱼片在0 ℃条件下进行贮藏。根据鱼肉样品的菌落总数和挥发性盐基氮(TVB-N)含量,确定虹鳟鱼鱼片的贮藏终点。利用传统培养基分离手段及16S rDNA高通量测序技术相结合的方法鉴定贮藏过程中的优势腐... 为探究虹鳟鱼腐败机制,选取新鲜虹鳟鱼鱼片在0 ℃条件下进行贮藏。根据鱼肉样品的菌落总数和挥发性盐基氮(TVB-N)含量,确定虹鳟鱼鱼片的贮藏终点。利用传统培养基分离手段及16S rDNA高通量测序技术相结合的方法鉴定贮藏过程中的优势腐败菌。采用16S rDNA测序技术,对虹鳟鱼贮藏初期、中期及末期的腐败菌组成进行鉴定。16S rDNA高通量测序结果显示,贮藏末期的优势腐败菌属种类丰富,包括不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)和希瓦氏菌属(Shewanella)等多个菌属。利用培养基法分离的腐败菌为假单胞菌属及希瓦氏菌属,两者均包含在高通量测序菌属内。将分离到的这两个菌属接种到无菌虹鳟鱼鱼汁中进行贮藏,在贮藏过程中监测菌落总数及挥发性盐基氮含量,通过挥发性盐基氮产量因子评价优势腐败菌的致腐能力。腐败菌致腐能力结果显示,希瓦氏菌株S2的致腐能力最强。研究结果可为深入认识虹鳟鱼贮藏过程优势腐败菌提供依据,为进一步开发虹鳟鱼保鲜剂提供参考。 展开更多
关键词 虹鳟鱼 腐败 16s rdna高通量测序技术 培养基法 优势腐败菌 致腐能力
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黄华属根瘤菌的16S rDNA-RFLP分析 被引量：1
7
作者 赵美玲 鞠文庭 +2 位作者 郭军康 冯春生 韦革宏 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期680-685,共6页
采用16S rDNA-RFLP及序列分析方法,对分离自黄华属的披针叶黄华、喀什黄华和光叶黄华根瘤菌进行分析研究.结果表明,分离得到的33株根瘤菌在种水平上具有丰富的遗传多样性,它们分别归属于中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)、中华根瘤菌属(Si... 采用16S rDNA-RFLP及序列分析方法,对分离自黄华属的披针叶黄华、喀什黄华和光叶黄华根瘤菌进行分析研究.结果表明,分离得到的33株根瘤菌在种水平上具有丰富的遗传多样性,它们分别归属于中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)、中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、根瘤菌属(Rhizobium)和土壤杆菌属(Agrobacterium).其中,以CCNWGS0011和CCNWGS0010-1为代表的5株根瘤菌构成独立的分支,可能为潜在的新种. 展开更多
关键词 黄华属 根瘤菌 RFLP 16s rdna序列分析 遗传多样性
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基于16S rDNA测序技术分析异烟肼致大鼠肝损伤中肠道菌群变化特征 被引量：11
8
作者 吴冬雪 李玉红 +7 位作者 裴盛斐 王林 杨璐铭 张咪 王雪 朱晗瑀 郝金奇 冯福民 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2021年第9期1374-1378,共5页
目的采用16S rDNA测序技术分析异烟肼(INH)致大鼠抗结核药物性肝损伤(ADLI)时肠道菌群的变化情况。方法将24只雄性SD大鼠随机均分为对照组(D0组)、INH灌胃10 d组(H10组)、INH灌胃28 d组(H28组),分别于连续灌胃0、10和28 d后收集大鼠新... 目的采用16S rDNA测序技术分析异烟肼(INH)致大鼠抗结核药物性肝损伤(ADLI)时肠道菌群的变化情况。方法将24只雄性SD大鼠随机均分为对照组(D0组)、INH灌胃10 d组(H10组)、INH灌胃28 d组(H28组),分别于连续灌胃0、10和28 d后收集大鼠新鲜粪便进行16S rDNA测序,分析肠道菌群的结构和组成,并取肝组织进行HE染色,观察大鼠肝组织病理学变化。结果与D0组比较,H10组和H28组α多样性未发生改变(均P>0.05),β多样性发生变化(均P<0.05),门水平上Verrucomicrobia丰度减少而Tenericutes丰度增加(均P<0.05),属水平上Lactobacillus、Romboutsia和Akkermansia丰度减少而Ruminococcaceae_UCG-005、Dubosiella、norank_f__norank_o__Mollicutes_RF39、unclassified_f__Ruminococcaceae、Roseburia和Blautia丰度增加(均P<0.05)。结论INH致大鼠ADLI时肠道菌群结构和物种组成均发生变化。 展开更多
关键词 抗结核药物性肝损伤 异烟肼 肠道菌群 高通量测序 16s rdna
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基于16S rDNA高通量测序探讨肠道菌群对疟原虫感染小鼠的保护性作用 被引量：3
9
作者 田爽 吴双 +3 位作者 李欣 廖国燕 杜云婷 陈光 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期99-106,共8页
目的探究Plasmodium berghei ANKA(P.bANKA)感染小鼠肠道菌群特异性改变及其保护性研究。方法C57BL/6小鼠随机分为正常对照组(NC组)和P.bANKA感染组(P.b A组),动态留取粪便进行16S rDNA高通量测序。建立益生菌预处理组(Pre-probiotics+P... 目的探究Plasmodium berghei ANKA(P.bANKA)感染小鼠肠道菌群特异性改变及其保护性研究。方法C57BL/6小鼠随机分为正常对照组(NC组)和P.bANKA感染组(P.b A组),动态留取粪便进行16S rDNA高通量测序。建立益生菌预处理组(Pre-probiotics+P.b A组),伊文思蓝灌注评估血脑屏障(BBB)完整性,苏木精-伊红(HE)染色,观察脑组织病理学改变。结果16S rDNA高通量测序分析,P.bANKA感染小鼠后肠道菌群以乳酸杆菌和罗伊乳酸杆菌明显下降为主要变化趋势,且呈时间依赖性。动物验证实验发现,与P.b A组相比,Pre-probiotics+P.b A组原虫血症水平较低,小鼠于感染后第14 d开始出现死亡且未发生脑疟神经系统症状,BBB完整性较好,脑组织无明显损伤。结论P.bANKA感染可明显改变宿主肠道菌群的结构和功能,其中以乳酸杆菌数量减少最为明显。外源性补充乳酸杆菌后可明显降低ECM小鼠原虫血症水平,提高生存率。其作用机制可能与保护BBB完整性,改善小鼠脑组织病理损伤密切相关。 展开更多
关键词 16s rdna Plasmodium berghei ANKA 肠道菌群 高通量测序 脑疟 乳酸杆菌
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基于16S rDNA测序技术分析利福平致大鼠肝损伤中肠道菌群变化特征 被引量：4
10
作者 杨璐铭 郝金奇 +8 位作者 王林 裴盛斐 郭玉 唐琴艳 李玥 高学磊 李玉红 郝明媛 冯福民 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2022年第9期1469-1474,共6页
目的采用16S rDNA测序技术分析利福平(RFP)致大鼠抗结核药物性肝损伤(ADLI)中肠道菌群的变化。方法将24只雄性SD大鼠随机均分为对照组(D0组)、RFP灌胃10 d组(R10组)、RFP灌胃28 d组(R28组)。用随机数字表法每组选取4只大鼠的粪便标本进... 目的采用16S rDNA测序技术分析利福平(RFP)致大鼠抗结核药物性肝损伤(ADLI)中肠道菌群的变化。方法将24只雄性SD大鼠随机均分为对照组(D0组)、RFP灌胃10 d组(R10组)、RFP灌胃28 d组(R28组)。用随机数字表法每组选取4只大鼠的粪便标本进行16S rDNA测序。结果与D0组比较,R10组和R28组α多样性和β多样性均发生改变(P<0.05),门水平上拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度增加,厚壁菌门(Firmicutes)丰度减少(P<0.05);属水平上unclassified_f_Prevotellaceae、特氏菌属(Blautia)、Prevotellaceae_NK3B31_group、Erysipelotrichaceae_uCG-003、Fournierella丰度增加,乳杆菌属(Lactobacillus)、Romboutsia、Ruminococcaceae_uCG-014丰度减少(P<0.05)。结论RFP致大鼠ADLI过程中,肠道菌群数量减少,结构和组成均发生改变,有益菌减少,致病菌增多,但其菌群多样性未见改变。 展开更多
关键词 抗结核药物性肝损伤 利福平 16s rdna 肠道菌群 高通量测序
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基于16S rRNA测序分析阻塞性睡眠呼吸暂停患者肠道靶标菌群的变化 被引量：2
11
作者 朱继伟 卢曼路 +5 位作者 焦倩倩 孙运良 刘璐 丁红红 于燕 潘磊 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期146-155,共10页
目的分析阻塞性睡眠呼吸暂停(OSA)患者和健康人群肠道菌群的差异,探讨肠道菌群在OSA发病中的作用及意义。方法随机纳入2022年1月~12月就诊于本院诊断为OSA的患者39例作为OSA组,健康志愿者20例作为对照组。收集两组人群的粪便标本,通过16... 目的分析阻塞性睡眠呼吸暂停(OSA)患者和健康人群肠道菌群的差异,探讨肠道菌群在OSA发病中的作用及意义。方法随机纳入2022年1月~12月就诊于本院诊断为OSA的患者39例作为OSA组,健康志愿者20例作为对照组。收集两组人群的粪便标本,通过16SrRNA高通量测序分析其微生物组成,分析两组人群肠道菌群之间的Alpha多样性、Beta多样性、物种差异与标志物种和差异生物功能代谢通路功能预测分析。结果Alpha多样性分析显示,OSA组的物种多样性指数Shannon和Simpson、物种丰度指数Observedspecies及菌群均匀度指数Pielou均低于对照组(P<0.05);Beta多样性分析显示,两组间群落结构存在差异(P<0.05)。OSA组肠道菌群群落结构上与对照组存在差异,潜在致病菌属如假单胞菌属、巨单胞菌属等菌群丰度增加(P<0.05)。LEfSe分析结果显示,与对照组相比,OSA组假单胞菌属、巨单胞菌属、梭杆菌属丰度升高(P<0.05)。关联网络分析结果显示,影响宿主稳态的为差异标志菌群;随机森林分析和ROC曲线结果显示,假单胞菌属是具有重要鉴别意义的生物标志菌属。差异代谢通路预测功能显示,维持肠道菌群稳态起主要作用功能的是生物合成功能,假单胞菌属参与了芳香族生物胺降解和酮葡萄糖酸代谢。结论OSA患者存在肠道菌群紊乱,肠菌中假单胞菌属可能通过参与物质代谢影响OSA发生发展,可望作为防治OSA的潜在肠菌靶标。 展开更多
关键词 阻塞性睡眠呼吸暂停 肠道菌群 16srRNA 多样性 高通量测序
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应用16S rDNA分析撒坝火腿表面和内部微生物多样性 被引量：4
12
作者 张雅靖 舒相华 +8 位作者 黄鑫 吕涛 王余磊 张雅伦 张智慧 罗高 李鑫汉 李向楠 宋春莲 《肉类研究》 北大核心 2020年第10期26-32,共7页
为分析云南撒坝火腿中微生物的菌群构成、物种丰富度和多样性差异,以1年以上的撒坝火腿为研究对象,通过提取DNA,采用Illumina高通量测序方法对火腿表面和内部细菌的16S rDNA V3~V4区和真菌ITS2区进行扩增和测序,并对其菌落构成和多样性... 为分析云南撒坝火腿中微生物的菌群构成、物种丰富度和多样性差异,以1年以上的撒坝火腿为研究对象,通过提取DNA,采用Illumina高通量测序方法对火腿表面和内部细菌的16S rDNA V3~V4区和真菌ITS2区进行扩增和测序,并对其菌落构成和多样性进行分析。结果表明:撒坝火腿中微生物菌群存在差异,细菌丰富度极显著高于真菌(P<0.01),多样性高于真菌,且内部真菌和细菌微生物多样性和丰富度均高于表面;子囊菌门下曲霉菌属是表面和内部真菌中的优势菌群,其次Yamadazyma和青霉菌属也是主要菌群,这些菌属在火腿表面的分布多于内部;厚壁菌门下葡萄球菌属是火腿表面和内部细菌中的优势菌群,色盐杆菌、酸杆菌和链球菌也是表面的主要菌群;放线菌、杆菌属、酸微菌纲及球菌属则是火腿内部的主要菌群,此外火腿内部还存在大量未知微生物。综上所述,曲霉菌和葡萄球菌是撒坝火腿表面和内部的优势菌群。 展开更多
关键词 撒坝火腿 微生物多样性 高通量测序 16s rdna
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基于16S rRNA全长高通量测序分析桶子鸡中细菌多样性
13
作者 许妍妍 董宇 《安徽农业科学》 CAS 2024年第20期148-154,共7页
[目的]研究不同加工过程桶子鸡所携带的微生物多样性及菌落组成。[方法]采用PacBio三代全长高通量测序技术,对桶子鸡样本所携带细菌的16S rRNA的V1-V9区进行测序后进行统计分析。[结果]共获得67287条有效序列,2300个OTU数目,不同加工环... [目的]研究不同加工过程桶子鸡所携带的微生物多样性及菌落组成。[方法]采用PacBio三代全长高通量测序技术,对桶子鸡样本所携带细菌的16S rRNA的V1-V9区进行测序后进行统计分析。[结果]共获得67287条有效序列,2300个OTU数目,不同加工环节的桶子鸡中细菌群落存在差异。在门水平上,共获得15个细菌门,优势菌主要为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)、疣微菌门(Verrucomicrobia);在属水平上,共获得250个细菌属,优势菌属为假单胞菌属(Pseudomonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、环丝菌属(Brochothrix)、中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)、Janthinobacterium、黄杆菌属(Flavobacterium)、希万氏菌属(Shewanella)、Kaistella、冷杆菌属(Psychrobacter);在种水平上,共获得621个细菌种,优势菌种为Sediminibacterium magnilacihabitans、慢生根瘤菌sp011516665、Bradyrhizobium sp011516665、Pseudomonas fragi、干酪巨球菌(Macrococcus caseolyticus)、希瓦氏菌(Shewanella baltica)等。[结论]同一加工环境中获得的老汤复煮桶子鸡、放置12 h桶子鸡和老汤3个样本中携带的优势菌群组成存在一定相似性,但相对丰度存在一定差异。生鲜鸡及另一加工场所制作的刚出锅桶子鸡的优势菌组成与其他样本有很大差异。 展开更多
关键词 桶子鸡 细菌 16s rRNA 三代全长 高通量测序 微生物多样性
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板栗皮结合态多酚对肠道菌群的影响 被引量：1
14
作者 谢辰阳 张文 +2 位作者 李杰 杨芳 张美 《食品科学技术学报》 北大核心 2025年第3期67-77,共11页
为探究板栗外皮和内皮结合态多酚对SD大鼠肠道菌群的影响,构建体外结肠发酵模型,分为板栗外皮结合态多酚(CSBP)组、板栗内皮结合态多酚(CISBP)组和空白(CK)组,使用16S rRNA高通量测序技术对3组样品进行微生物多样性分析比较。结果表明,... 为探究板栗外皮和内皮结合态多酚对SD大鼠肠道菌群的影响,构建体外结肠发酵模型,分为板栗外皮结合态多酚(CSBP)组、板栗内皮结合态多酚(CISBP)组和空白(CK)组,使用16S rRNA高通量测序技术对3组样品进行微生物多样性分析比较。结果表明,相比于CK组,CSBP组与CISBP组的肠道菌群相对丰度整体提高,拟杆菌门(Bacteroidetes)与厚壁菌门(Firmicutes)的比值均有所上升,乳杆菌属(Lactobacillus)、肠单胞菌属(Intestinimonas)等有益菌的相对丰度显著提高;而多尔氏菌属(Dorea)、梭菌属(Clostridiales)等有害菌的相对丰度显著降低。此外,功能预测结果显示,CSBP具有促进细胞生长和重建、维持组织和器官功能的正常运行、清除自由基和有毒物质以及减少细胞损伤和炎症等功能,而CISBP可以促进脂肪代谢、血糖调节、神经递质的合成以及蛋白质的构建。研究结果表明,CSBP和CISBP对肠道菌群产生了影响,通过提高肠道菌群的丰富度,促进有益菌、抑制有害菌,促使SD大鼠肠道菌群向更健康的组成发展。研究可为进一步开发板栗资源以及研发可调节肠道菌群的功能性食品提供参考依据。 展开更多
关键词 板栗皮 结合态多酚 体外厌氧发酵 肠道菌群 16s rRNA高通量测序
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16S rRNA测序技术在肠道微生物中的应用研究进展 被引量：58
15
作者 李东萍 郭明璋 许文涛 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期71-77,共7页
16S rRNA测序是高通量测序依赖的肠道微生物研究方法之一,该方法可以对肠道微生物中的所有菌种进行精确定量,因此正逐渐成为研究肠道微生物菌种丰度变化的主流。肠道微生物16S rRNA测序的应用过程中有两个问题至关重要,一是如何根据需... 16S rRNA测序是高通量测序依赖的肠道微生物研究方法之一,该方法可以对肠道微生物中的所有菌种进行精确定量,因此正逐渐成为研究肠道微生物菌种丰度变化的主流。肠道微生物16S rRNA测序的应用过程中有两个问题至关重要,一是如何根据需要选择测序方案;二是面对高通量测序得到的海量数据,如何进行生物信息学分析,以得到具有生物学意义的结果。从测序平台、测序片段、测序数据量的选择3个方面讨论了如何选择测序方案,并从序列聚类与注释、群落结构分析、关键分类单位的筛选与功能分析等方面对目前常用的生物信息学分析手段进行综述。 展开更多
关键词 肠道微生物 16srRNA 高通量测序
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基于16s rRNAs高通量测序分析糖尿病足骨髓炎感染骨组织中的病原微生物 被引量：9
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作者 胡萍 邹梦晨 +5 位作者 曹瑛 潘彦伶 罗祥蓉 蒋娅 薛耀明 高方 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期1448-1455,共8页
目的利用16s rRNA高通量测序技术分析糖尿病足骨髓炎(DFO)感染骨组织中病原微生物特点,为临床感染病原菌的鉴定及治疗提供快速、准确的方法。方法收取2016年9月~2017年4月于本科室住院的16例DFO患者清创术中获取的感染骨标本,分别利用16... 目的利用16s rRNA高通量测序技术分析糖尿病足骨髓炎(DFO)感染骨组织中病原微生物特点,为临床感染病原菌的鉴定及治疗提供快速、准确的方法。方法收取2016年9月~2017年4月于本科室住院的16例DFO患者清创术中获取的感染骨标本,分别利用16s rRNA高通量测序技术和血培养分析仪进行病原微生物的鉴定,分析16s rRNA测序结果中DFO的菌群特点,并与培养结果相比较。结果 16s rRNA测序显示DFO骨组织病原微生物多样性较大,分布较为均匀,共获得优势菌属20种,占所有菌属的87.00%,其中Prevotella是丰度最大的菌属。两种鉴定方法结果均显示DFO病原菌以革兰氏阴性菌为主。与培养法相比,16s rRNA测序阳性率较高(100%vs 88.24%),平均每个样本病原菌数较多(12.56 vs 1.50),革兰氏阴性菌所占的比例较高(67.16% vs 50.00%)。此外,16s rRNA测序结果覆盖了除Escherichia coli、Serratia marcescens及Enterobacter cloaca外的所有培养病原菌结果,甚至有高达13种菌属不存在于培养结果,其中Anaerococcus、Veillonella、Bacteroides、Fusobacterium、Porphyromonas、Finegoldia、Prevotella、Peptostreptococcus、Parvimonas、Peptoniphilus和Bulleidia均为专性厌氧菌或严格厌氧菌,而培养结果中并无厌氧菌的出现。但培养结果显示,DFO中多重耐药菌的比例高达58.33%。结论 16s rRNA高通量测序能较好展示DFO骨组织中菌群微生态的多样性及丰度特点。DFO骨组织病原微生物多样性大,分布均匀,但优势菌属分布离散,以革兰氏阴性菌为主。与培养法相比,16s rRNA测序对病原菌的鉴定简单而准确,尤其在对革兰氏阴性菌和厌氧菌鉴定方面有显著的优势,可快速而准确地指导DFO感染治疗。 展开更多
关键词 糖尿病足骨髓炎 16s RRNA基因 高通量测序技术 培养 病原菌
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基于16S rRNA高通量测序的西藏农、牧区牦牛酸奶菌群多样性分析 被引量：20
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作者 刘怡萱 许国琪 +3 位作者 曹鹏熙 金彦龙 李小燕 刘星 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第18期92-97,共6页
运用高通量测序技术,对西藏农、牧区牦牛酸奶中细菌多样性及其差异进行分析,并探究环境因素对其差异形成的影响。样本层级聚类及主坐标分析结果显示农、牧区的样本菌群结构具有明显差异;多级物种差异判别分析及组间差异分析表明,农、牧... 运用高通量测序技术,对西藏农、牧区牦牛酸奶中细菌多样性及其差异进行分析,并探究环境因素对其差异形成的影响。样本层级聚类及主坐标分析结果显示农、牧区的样本菌群结构具有明显差异;多级物种差异判别分析及组间差异分析表明,农、牧区牦牛酸奶菌群的优势属均为厚壁菌门(Firmicutes)下的乳杆菌属(Lactobacillus)、乳球菌属(Lactococcus)及链球菌属(Streptococcus),上述3个属及其余7个丰度相对较低的属在不同区域牦牛酸奶中具有显著差异(P<0.05);对环境因子的回归分析和基于距离的冗余分析显示海拔高度对样本间差异的解释度大于年平均气温。本研究为进一步揭示自然环境与青藏高原发酵食品中微生物多样性之间的关系、筛选优良菌种提供参考。 展开更多
关键词 青藏高原 牦牛酸奶 微生物多样性 高通量测序技术 16s rRNA
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基于16S rRNA高通量测序技术的肠道菌群多样性推断死亡时间 被引量：6
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作者 曹洁 李文晋 +5 位作者 王一飞 安国帅 卢晓军 杜秋香 李晋 孙俊红 《法医学杂志》 CAS CSCD 2021年第5期621-626,共6页
目的采用16S rRNA高通量测序技术探究大鼠肠道菌群变化与死亡时间(postmortem interval,PMI)之间的关系。方法大鼠腹腔麻醉致死后置于16℃,提取死后0、1、2、3、5、7、9、12、15、18、21、24、27和30 d共14个时间点的盲肠内容物DNA,采用... 目的采用16S rRNA高通量测序技术探究大鼠肠道菌群变化与死亡时间(postmortem interval,PMI)之间的关系。方法大鼠腹腔麻醉致死后置于16℃,提取死后0、1、2、3、5、7、9、12、15、18、21、24、27和30 d共14个时间点的盲肠内容物DNA,采用16S rRNA高通量测序技术,检测大鼠盲肠内容物中的肠道菌群,对数据进行多样性及差异性分析。结果死后30 d内大鼠肠道微生物菌群总数未发生明显变化,但菌群多样性呈上升趋势。在死后13个时间点共筛选出119个具有显著差异的细菌群落。构建全部时间点、9 d前、12 d后PMI推断的偏最小二乘(partial least squares,PLS)回归模型,其决定系数(R2)分别为0.795、0.767和0.445;交叉验证均方根误差分别为6.57、1.96和5.37 d。结论利用16S rRNA高通量测序技术探究死后30 d内肠道菌群的变化规律,其组成和结构出现了明显的变化,且建立的PLS回归模型表明PMI与肠道菌群之间高度相关,呈一定时序性变化。 展开更多
关键词 法医病理学 16s rRNA 死亡时间推断 肠道菌群 高通量测序 大鼠
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基于16S rRNA技术分析石珍安神汤对脱髓鞘小鼠肠道菌群多样性的影响 被引量：12
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作者 马超 贺毅 +7 位作者 孙作厘 刘鑫垚 冯正田 陈沛 宁艳哲 朱虹 尹冬青 贾竑晓 《首都医科大学学报》 CAS 北大核心 2020年第1期64-70,共7页
目的基于16S rRNA技术研究石珍安神汤(Shi-Zhen-An-Shen-Tang,SZAST)对脱髓鞘模型小鼠肠道菌群多样性的影响,并探讨该复方治疗精神分裂症的作用机制。方法SPF级5周龄雄性C57BL/6小鼠30只,采用数字表法随机分为普通饲料对照组、模型组、... 目的基于16S rRNA技术研究石珍安神汤(Shi-Zhen-An-Shen-Tang,SZAST)对脱髓鞘模型小鼠肠道菌群多样性的影响,并探讨该复方治疗精神分裂症的作用机制。方法SPF级5周龄雄性C57BL/6小鼠30只,采用数字表法随机分为普通饲料对照组、模型组、中药低剂量组、中药中剂量组、中药高剂量组、喹硫平组,每组5只。适应性喂养2周后,对照组正常饮食,其他组食用混合了0.2%(质量分数)双环乙酮草酰二腙(cuprizone,CPZ)的特殊饲料。食用特殊饲料4周后,SZAST组给予SZAST灌胃2周(低浓度组5.5 g·kg^-1·d^-1,中浓度组11.0 g·kg^-1·d^-1,高浓度组16.5 g·kg^-1·d^-1),模型组以0.9%(质量分数)氯化钠注射液灌胃2周(10 mL·kg^-1·d^-1),喹硫平组按10 mg·kg^-1·d^-1给予喹硫平溶液灌胃。2周后小鼠麻醉取盲肠内容物。以Illumina MiSeq为测序平台,对其16S rRNA V3-V4区的肠道菌群可操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)数量,alpha与beta多样性,丰富度指数与多样性指数以及差异菌与菌属进行综合性分析与评价。结果石珍安神汤可改善脱髓鞘小鼠OTUs数量及alpha与beta多样性的失调,对脱髓鞘小鼠的β-变形菌纲、伯克菌目、拟杆菌科、产碱杆菌科、毛螺菌属-NK4A136等差异菌分布结构均产生回调作用。结论石珍安神汤对脱髓鞘模型小鼠的异常菌群多样性起到调节作用,并通过16S rRNA技术揭示了肠道菌群在白质损害导致精神分裂症中的相关病理机制。 展开更多
关键词 精神分裂症 石珍安神汤 双环己酮草酰二腙 肠道菌群 高通量测序 16s rRNA技术 可操作分类单元
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S^(0)/牡蛎壳比例对海水硫自养反硝化性能及微生物群落的影响
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作者 周瑀 李甍 +3 位作者 宋协法 孙佐梁 董登攀 魏元戎 《渔业科学进展》 北大核心 2025年第2期162-172,共11页
本研究以人工海水循环水养殖尾水为处理对象,比较了3个单质硫颗粒(S^(0))/牡蛎壳配比(5∶1、3∶1和1∶1)的硫自养反硝化(SAD)装置在5个水力负荷[HLR,0.19~0.95 m^(3)/(m^(2)·d)]下的脱氮性能。结果显示,S^(0)/牡蛎壳为5∶1和3∶1... 本研究以人工海水循环水养殖尾水为处理对象,比较了3个单质硫颗粒(S^(0))/牡蛎壳配比(5∶1、3∶1和1∶1)的硫自养反硝化(SAD)装置在5个水力负荷[HLR,0.19~0.95 m^(3)/(m^(2)·d)]下的脱氮性能。结果显示,S^(0)/牡蛎壳为5∶1和3∶1装置的脱氮性能较优。HLR为0.19~0.48 m^(3)/(m^(2)·d)时,不同HLR下及同一HLR下3个装置间硝酸盐氮(NO_(3)^(-)-N)去除率无显著差异;最高HLR为0.95 m^(3)/(m^(2)·d)时,3个装置NO_(3)^(-)-N去除率均显著降低,且S^(0)/牡蛎壳为5∶1(61.16%±9.31%)和3∶1(56.62%±7.23%)装置的NO_(3)^(-)-N去除率显著高于S^(0)/牡蛎壳为1∶1(38.98%±10.19%)的装置。S^(0)/牡蛎壳为5∶1和3∶1装置的NO_(3)^(-)-N去除负荷随HLR升高而升高。S^(0)/牡蛎壳为3∶1装置的平均出水亚硝酸盐氮(NO_(2)^(-)-N)最低,为(0.59±0.39)mg/L。装置的出水pH随S^(0)/牡蛎壳的比例和HLR的升高而降低。SAD装置中优势菌门为弯曲杆菌门(Campilobacterota,6.47%~59.73%),优势菌属为具有反硝化功能的硫单胞菌属(Sulfurimonas,2.70%~49.50%)。随着S^(0)/牡蛎壳的比例下降,装置内及装置上部牡蛎壳和S^(0)交接处的硫单胞菌属丰度上升。pH与反硝化基因丰度呈正相关。该研究结果可为海水循环水养殖系统中SAD装置的设计与运行提供基础理论数据。 展开更多
关键词 硫自养反硝化(SAD) 脱氮性能 S^(0) 牡蛎壳 高通量测序
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