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Cloning and Expression Analysis of Mlo Gene from Pericallis hybrida B. Nord.
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作者 Wang Jin-gang Li Wei +3 位作者 Ren Hong-wei Lv Yuan-da Bai Ding Xu Jing 《Journal of Northeast Agricultural University(English Edition)》 CAS 2014年第1期10-15,共6页
The full-length Mlo gene was obtained by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) and RACE. The result of sequence analysis indicated that M/o gene from Pericallis hybrida B. Nord. contained about 12... The full-length Mlo gene was obtained by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) and RACE. The result of sequence analysis indicated that M/o gene from Pericallis hybrida B. Nord. contained about 1296bp open reading frame and encoded 431 amino acids. According to the comparison of the exogenous gene sequences by BLAST analysis and phylogenetic analysis, Mlo gene shared over 85% nucleotide homology and 98% amino acid homology. Finally, through semi-quantitative-PCR and fluorescence quantitative analysis, we found that Mlo gene showed the highest expression levels in leaves and the lowest in roots after inoculated with powdery mildew pathogen for different days. 展开更多
关键词 Pericallis hybrida B. Nord. M/o gene CLONING sequence expression analysis
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星康吉鳗LH基因的克隆、序列特征分析及原核表达 被引量:1
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作者 陈彦 史宝 +5 位作者 王成刚 薄万军 晏科文 陶美君 赵新宇 马晓东 《渔业科学进展》 北大核心 2025年第3期40-52,共13页
促黄体生成素(luteinizing hormone,LH)在鱼类配子成熟、排卵和类固醇激素合成方面发挥重要作用。通过同源克隆获得星康吉鳗(Conger myriaster)LH基因CDS区序列,利用生物信息学软件分析该基因编码蛋白的结构与特征,并成功构建原核表达... 促黄体生成素(luteinizing hormone,LH)在鱼类配子成熟、排卵和类固醇激素合成方面发挥重要作用。通过同源克隆获得星康吉鳗(Conger myriaster)LH基因CDS区序列,利用生物信息学软件分析该基因编码蛋白的结构与特征,并成功构建原核表达重组质粒对LH蛋白进行表达。克隆获得LH基因CDS区为423 bp,编码140个氨基酸。分析LH蛋白理化性质可知,其相对分子质量为15.56 kDa,理论等电点为5.85;经亲疏水性分析发现,LH蛋白为亲水性蛋白;对信号肽和跨膜区分析结果显示,其前1~22个氨基酸为信号肽,无跨膜区;经结构域分析,其存在保守性较强的GHB结构域(由27~132位的105个氨基酸组成);亚细胞定位分析表明,LH蛋白主要定位于细胞核;对糖基化位点及磷酸化位点分析发现,其存在1个N-糖基化位点和3个O-糖基化位点,共含有17个潜在的磷酸化位点;LH蛋白二级结构主要含有α-螺旋(13.6%)、β-折叠(25%)和无规则卷曲(61.4%);通过三级结构分析发现,其与日本鳗鲡(Anguilla japonica)LH蛋白三级结构较为相似,与人(Homo sapiens)LH蛋白的三级结构存在一定差异。多序列比对及系统发育树分析结果显示,LH与欧洲鳗鲡(A.anguilla)、花鳗鲡(A.marmorata)和日本鳗鲡进化关系较近,同源性分别为92.14%、91.43%和90.71%。构建的重组质粒pET-28a-LH在Rosetta(DE3)感受态细胞中成功表达,其表达的可溶性LH重组融合蛋白条带在SDS-PAGE电泳检测及Western Blot结果中约为26.5 kDa,与预期表达的分子量相符。该研究为揭示星康吉鳗LH基因的分子特征及蛋白功能奠定了基础,为后续星康吉鳗人工繁育技术的优化提供了理论参考。 展开更多
关键词 星康吉鳗 促黄体生成素基因 基因克隆 序列特征分析 原核表达
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丽江猪HMOX 2基因扩增、序列分析及组织表达研究
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作者 李天秀 李昕鹏 +3 位作者 董新星 兰国湘 严达伟 朱家位 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第5期2219-2231,共13页
【目的】旨在扩增并探究丽江猪血红素加氧酶2(HMOX2)基因编码区(CDS)序列特征,分析在丽江猪不同生长阶段、不同组织中的表达情况,为利用HMOX 2基因进行分子标记辅助育种奠定基础。【方法】利用PCR扩增丽江猪HMOX 2基因序列,采用生物信... 【目的】旨在扩增并探究丽江猪血红素加氧酶2(HMOX2)基因编码区(CDS)序列特征,分析在丽江猪不同生长阶段、不同组织中的表达情况,为利用HMOX 2基因进行分子标记辅助育种奠定基础。【方法】利用PCR扩增丽江猪HMOX 2基因序列,采用生物信息学软件分析其理化性质和密码子偏好性,预测其蛋白结构;采用实时荧光定量PCR检测HMOX 2基因在2月龄丽江猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和背最长肌,以及2、4、6月龄丽江猪皮下脂肪中的表达水平,并对HMOX 2基因在2月龄丽江猪和杜洛克猪皮下脂肪中的表达水平进行比较分析。【结果】丽江猪HMOX 2基因CDS序列长为951 bp,编码316个氨基酸,密码子偏好以C或G结尾。丽江猪HMOX 2基因与黄牛、水牛、山羊和绵羊的相似性较高(90.1%~91.2%),与原鸡的相似性最低(71.3%)。在6个地方猪种中,除八眉猪和荣昌猪外,丽江猪HMOX 2基因与中国地方猪相似性为100%,与5个外种猪的相似性均为99.8%。与杜洛克猪相比,丽江猪HMOX 2基因CDS区存在两处碱基同义突变。HMOX2蛋白属于稳定的跨膜亲水性蛋白,无信号肽,具有1个跨膜结构,主要在细胞质中发挥作用,含21个磷酸化位点和33个糖基化位点。二级结构主要由α-螺旋(54.43%)和无规则卷曲(42.00%)组成。蛋白互作网络分析表明,HMOX2蛋白可能与FECH、HMOX1等10个蛋白互作,主要在脂质代谢中发挥作用。实时荧光定量PCR结果表明,HMOX 2基因在丽江猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌和皮下脂肪中均有表达,且在皮下脂肪中随月龄增长表达量增加。与杜洛克猪相比,丽江猪HMOX 2基因在皮下脂肪中的表达量显著高于杜洛克猪(P<0.05)。【结论】本研究成功扩增了丽江猪HMOX 2基因并分析了其分子特征,其在肺脏、肝脏和皮下脂肪等7个组织中均有表达,在皮下脂肪组织中随月龄增长表达量显著增加。研究结果可为进一步探究HMOX 2基因在丽江猪脂肪沉积中的作用奠定基础。 展开更多
关键词 丽江猪 血红素加氧酶2基因 序列分析 组织表达
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神经酰胺代谢酶SGMS2对NDV复制和增殖的影响
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作者 冯亦亦 代军 +6 位作者 谭磊 孙英杰 宋翠萍 廖瑛 丁铲 仇旭升 刘秀梵 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第2期146-155,共10页
鞘磷脂(SM)和神经酰胺(Cer)是新城疫病毒(NDV)囊膜的主要磷脂成分。鞘磷脂合成酶2(SGMS2)是SM合成调控酶。前期研究发现NDV感染的DF-1中鸡SGMS2基因显著上调,表明该变化与NDV感染有关。本研究通过克隆获得了鸡SGMS2基因,进行生物信息学... 鞘磷脂(SM)和神经酰胺(Cer)是新城疫病毒(NDV)囊膜的主要磷脂成分。鞘磷脂合成酶2(SGMS2)是SM合成调控酶。前期研究发现NDV感染的DF-1中鸡SGMS2基因显著上调,表明该变化与NDV感染有关。本研究通过克隆获得了鸡SGMS2基因,进行生物信息学分析发现:与人和鼠同源性分别为93.0%和92.4%;跨膜区在不同物种间高度保守,高达96.8%。通过qPCR检测细胞和组织中鸡SGMS2 mRNA表达情况,发现均处于恒定状态。NDV感染后,鸡SGMS2表达水平发生剧烈变动,病毒含量高的组织中,其表达量大幅下调。通过qPCR和Western blot检测转染pCMV6-FLAG-ch-SGMS2质粒的DF-1细胞,发现病毒NP的mRNA和蛋白水平显著下降,说明过量表达SGMS2抑制NDV的增殖作用。本研究为揭示鸡SGMS2蛋白功能奠定理论基础,也为阐明鸡SGMS2对NDV增殖的作用提供理论依据。 展开更多
关键词 鸡鞘磷脂合成酶2 基因克隆与表达 氨基酸序列分析 新城疫病毒
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淇河鲫Runx2b基因克隆、序列分析及时空表达
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作者 闪金研 连凯琪 +5 位作者 马峻 刘玉玲 聂竹兰 李斌顺 彭仁海 魏杰 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第6期2717-2728,共12页
【目的】成骨分化特异转录因子2b(Runx2b)基因在调节鱼类骨骼发育方面具有重要作用。本研究旨在探究淇河鲫(Qihe crucian carp,Carassius auratus)Runx2b基因的特征和表达情况。【方法】参考银鲫Runx2b基因序列(GeneBank登录号:NC_06841... 【目的】成骨分化特异转录因子2b(Runx2b)基因在调节鱼类骨骼发育方面具有重要作用。本研究旨在探究淇河鲫(Qihe crucian carp,Carassius auratus)Runx2b基因的特征和表达情况。【方法】参考银鲫Runx2b基因序列(GeneBank登录号:NC_068415.1)结合本地基因组数据进行BLAST比对设计引物,通过PCR分段克隆Runx2b基因,并分别通过DNAStar和Mega 11.0软件进行序列相似性比对及系统发育树构建。通过ORF finder和ProtParam等在线网站进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR技术检测Runx2b基因在淇河鲫不同发育时期和不同组织中的表达水平。【结果】测序拼接比对后得到Runx2b-A和Runx2b-B基因,其CDS区均为1 392 bp,编码463个氨基酸。两基因的CDS序列相似性为95.33%,Runx2b-A和Runx2b-B氨基酸序列均与银鲫对应的氨基酸序列相似性最高,分别为98.0%和99.1%。系统进化树分析显示,淇河鲫与银鲫亲缘关系最近。生物信息学分析表明,两个Runx2b蛋白分子式分别为C_(2206)H_(3409)N_(637)O_(685)S_(18)和C_(2196)H_(3395)N_(633)O_(695)S_(16),均属于亲水性不稳定蛋白,且蛋白质结构主要以无规则卷曲为主,两个蛋白质序列中都存在Runx家族蛋白特征性的Runt-dom和RunxⅠ保守结构域。实时荧光定量PCR检测结果表明,Runx2b-A和Runx2b-B基因在淇河鲫整个肌间刺发育阶段整体表达趋势较为一致,肌间刺发育前期(1~5 dph)表达量较高,在肌间刺开始发育后(5~13 dph)表达量逐渐降低,在后期表达量出现上升趋势,尤其在肌间刺发育晚期(25~45 dph)仍有较高的表达量;Runx2b-A和Runx2b-B基因在淇河鲫脑、肝脏、背部肌肉、尾部肌肉等9个组织中均有表达,二者均在脑和肝脏中表达量较高,且显著高于其他组织(P<0.05),二者在尾部肌肉中的相对表达量均显著高于背部(P<0.05),但在不同组织中呈现差异表达,具有不同的表达水平。【结论】本研究成功克隆获得两条淇河鲫同源基因Runx2b-A和Runx2b-B的CDS序列,二者氨基酸序列与鲤科鱼类的相似较高,蛋白质序列中存在Runx家族蛋白特征性的Runt-dom和RunxⅠ保守结构域。淇河鲫两个Runx2b基因表达具有广泛的组织分布,但在不同组织中呈现差异表达,具有不同的表达模式;在不同发育时期整体表达趋势较为一致,在肌间刺发育晚期仍有较高的表达量,可为后续深入研究肌间刺发育机制和创制无肌间刺淇河鲫奠定基础。 展开更多
关键词 淇河鲫 Runx2b基因 克隆 序列分析 时空表达
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淇河鲫bmp6基因的克隆及表达特性分析
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作者 马峻 连凯琪 +5 位作者 闪金研 刘玉玲 李晓龙 赵黎明 李学军 彭仁海 《华北农学报》 北大核心 2025年第2期218-229,共12页
骨形态发生蛋白6(bmp6)基因对鱼类肌间刺的形成发育具有重要的调控作用。为探究淇河鲫bmp6基因的序列特征和表达特性,通过克隆获得淇河鲫bmp6基因的编码序列(CDS),并进行生物信息学分析;通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测,分析bmp6基因... 骨形态发生蛋白6(bmp6)基因对鱼类肌间刺的形成发育具有重要的调控作用。为探究淇河鲫bmp6基因的序列特征和表达特性,通过克隆获得淇河鲫bmp6基因的编码序列(CDS),并进行生物信息学分析;通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测,分析bmp6基因在淇河鲫不同组织和发育时期的表达差异。结果显示,淇河鲫bmp6基因由两部分同源基因各3个等位基因组成,分别是bmp6a-1、bmp6a-2、bmp6a-3和bmp6b-1、bmp6b-2、bmp6b-3,其CDS序列全长分别为1245,1257 bp,编码414,418个氨基酸。bmp6a和bmp6b均是含有一个信号肽序列且无跨膜结构的不稳定疏水性分泌蛋白,bmp6a主要分布在线粒体、细胞核和细胞质中,而bmp6b主要分布在细胞核与线粒体上。bmp6a和bmp6b二级结构都以无规则卷曲为主,与三级结构预测的结果一致,且都具有1个TGF-β-rel家族保守结构域。氨基酸序列同源性分析表明,淇河鲫bmp6a氨基酸序列与团头鲂bmp6具有较高的相似性,与哺乳动物的相似性较低,而淇河鲫bmp6b氨基酸序列与鲫鱼和银鲫的bmp6b具有较高的相似性。系统发育树分析显示,淇河鲫bmp6a与鲤鱼bmp6a聚于同一进化支,而淇河鲫bmp6b与鲫鱼和银鲫bmp6b聚于同一进化支。qRT-PCR检测结果表明,bmp6a和bmp6b基因在淇河鲫的脑、肌肉、鳃、脾脏、肠、性腺、肝脏和肾脏组织中均有表达,但在肝脏、鳃组织和肾脏中表达量较高;二者在淇河鲫幼鱼不同发育时期具有相似的表达模式,在肌间刺骨化前,bmp6a和bmp6b的表达量最高,之后随着肌间刺的发育形成,bmp6a和bmp6b的表达量降低。综上,通过克隆获得淇河鲫bmp6基因CDS序列,并进行生物信息学分析和qRT-PCR检测,为进一步创制淇河鲫无肌间刺新品系提供了参考依据。 展开更多
关键词 淇河鲫 骨形态发生蛋白6(bmp6) 基因克隆 序列分析 基因表达
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基于加权基因共表达网络挖掘番茄抗灰霉病的关键基因
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作者 张孟晗 韩鸿宇 +5 位作者 李亚妮 耿梦爽 刘奕飞 刘佳琳 孟宪文 李传友 《中国蔬菜》 北大核心 2025年第6期74-84,共11页
为挖掘番茄抗灰霉病关键基因,以高代自交系E6203为试材,对灰霉病菌侵染前、后的番茄幼苗叶片开展转录组测序,通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选番茄抵御灰霉病菌侵染的关键基因。结... 为挖掘番茄抗灰霉病关键基因,以高代自交系E6203为试材,对灰霉病菌侵染前、后的番茄幼苗叶片开展转录组测序,通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选番茄抵御灰霉病菌侵染的关键基因。结果表明:通过WGCNA分析共获得13个基因共表达模块,其中有2个模块与番茄早期响应灰霉病菌侵染相关,有2个模块与番茄晚期响应灰霉病菌侵染有关。功能富集分析发现,番茄在灰霉病菌侵染后初级代谢过程减弱,而防御响应过程被激活。进一步挖掘模块关键基因,在早、晚期响应模块中共筛选出4个参与调控灰霉病抗性的候选基因CDIP、DJC17、NATA2和NPF6.4。番茄抵御灰霉病菌侵染时主要涉及糖原分解、含吡啶化合物的分解、膜蛋白降解等途径。 展开更多
关键词 番茄 灰霉病 转录组测序 加权基因共表达网络分析 关键基因
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燕麦AsSOS1基因克隆及盐胁迫下的表达分析
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作者 慕平 杨莉 +4 位作者 周向睿 柴继宽 杜文盼 章海龙 赵桂琴 《中国草地学报》 CSCD 北大核心 2024年第10期23-32,共10页
为探索燕麦主要耐盐基因AsSOS1(Na^(+)/H^(+)逆向转运蛋白)的功能,本研究以耐盐品种青永久195为供试材料,在种子实生苗沙培3周后克隆AsSOS1基因,对其蛋白序列进行同源比对并分析理化性质,预测蛋白的跨膜结构和亲/疏水性以及二级和三级结... 为探索燕麦主要耐盐基因AsSOS1(Na^(+)/H^(+)逆向转运蛋白)的功能,本研究以耐盐品种青永久195为供试材料,在种子实生苗沙培3周后克隆AsSOS1基因,对其蛋白序列进行同源比对并分析理化性质,预测蛋白的跨膜结构和亲/疏水性以及二级和三级结构,用qRT-PCR分析100 mmol/L NaCl胁迫下AsSOS1基因在燕麦根、茎、叶中的表达。结果表明,AsSOS1的开放阅读框长度为3411 bp,编码1137个氨基酸;AsSOS1蛋白分子量为126.088 KDa,等电点6.62,属于酸性蛋白,稳定系数45.14,疏水性蛋白;AsSOS1蛋白二级结构中包含48.20%的α-螺旋和33.77%的无规则卷曲,三级结构与二级结构预测结果一致,以α-螺旋为主;跨膜结构域预测结果显示,AsSOS1蛋白中包含胞外结构域、跨膜螺旋结构域和胞内结构域,其中氨基酸序列11~424是Na^(+)/H^(+)逆向转运蛋白的保守序列,预测该区域与植物耐盐性相关;进化分析发现,其与硬直黑麦草的亲缘关系最近,相似度高达96%。正常生长条件下,AsSOS1基因在燕麦根、茎、叶中均有表达;在100 mmol/L NaCl胁迫下,AsSOS1基因在茎和根中的表达量分别增加了171.4%和54.1%,说明AsSOS1受盐胁迫诱导,在燕麦耐盐过程中起重要作用。 展开更多
关键词 燕麦 AsSOS1 基因克隆 序列分析 表达分析
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陆地棉GhUGP1基因的克隆与表达分析
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作者 足木热木·吐尔逊 李晨宇 +5 位作者 陈明 于月华 李晓荣 杨洋 王勇攀 李波 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2038-2047,共10页
为进一步了解UGPase在棉花中的作用,根据全基因组测序结果,筛选且克隆了在陆地棉纤维发育过程中的关键基因GhUGP1。利用生物信息学方法对其核苷酸和氨基酸序列进行分析,通过同源重组技术,将GhUGP1基因的编码序列构建到原核表达载体pMAL-... 为进一步了解UGPase在棉花中的作用,根据全基因组测序结果,筛选且克隆了在陆地棉纤维发育过程中的关键基因GhUGP1。利用生物信息学方法对其核苷酸和氨基酸序列进行分析,通过同源重组技术,将GhUGP1基因的编码序列构建到原核表达载体pMAL-C4x上,通过IPTG诱导蛋白表达来确定IPTG诱导蛋白的最佳条件,最后利用Western Blot鉴定重组蛋白。结果显示,GhUGP1(XP_040931642.1)全长序列6572 bp,编码区1404 bp,编码467个氨基酸,预测分子质量约为51.493 ku,等电点为5.86。氨基酸序列比对分析发现在陆地棉、亚洲棉、木槿等不同物种间UGP序列的相似率为90.63%。进化树分析结果显示GhUGP1蛋白与亚洲棉UGP蛋白亲缘关系最近,同源性最高并在一个分支上。亚细胞定位结果显示该蛋白为核膜共定位。蛋白诱导时由于IPTG浓度梯度结果差别不明显,选择IPTG终浓度为0.3 mmol/L,而温度梯度和时间梯度结果差异明显,确定最佳诱导温度为28℃,最佳诱导时间为6 h,蛋白溶解及纯化的温度和时间为28℃诱导6 h。Western Blot结果表明重组蛋白的大小正确,最终成功获得了大小为95.9 ku的pMAL-C4x-GhUGP1重组蛋白,为后期对GhUGP1功能深度解析提供帮助。 展开更多
关键词 陆地棉 GhUGP1基因 克隆 序列分析 原核表达
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广聚萤叶甲Vg基因的鉴定及表达分析
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作者 周永平 黄玉锋 +4 位作者 张燕 马超 陈红松 桂富荣 周忠实 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期278-286,共9页
卵黄原蛋白(vitellogenin,Vg)作为雌性多功能生殖蛋白,为卵黄发生提供所需的储备能源。为明确Vg基因在广聚萤叶甲Ophraella communa生殖过程中的潜在作用,本研究通过RT-PCR技术克隆得到广聚萤叶甲的3个Vg基因,其OcVg1,OcVg2和OcVg3开放... 卵黄原蛋白(vitellogenin,Vg)作为雌性多功能生殖蛋白,为卵黄发生提供所需的储备能源。为明确Vg基因在广聚萤叶甲Ophraella communa生殖过程中的潜在作用,本研究通过RT-PCR技术克隆得到广聚萤叶甲的3个Vg基因,其OcVg1,OcVg2和OcVg3开放阅读框(ORF)分别为5310、5322 bp和5298 bp,对应编码1768、1772和1764个氨基酸。其OcVgs蛋白具有LLTP超家族的保守结构域:LPD_N、DUF1943和VWD结构域;多位于N-端的多聚丝氨酸区(polyserine domains),保守的GL/ICG、R/KXXR/K、DGXR基序和C-端半胱氨酸残基等。构建系统进化树发现,OcVgs与鞘翅目昆虫聚为一支。时空表达分析发现,OcVgs基因在不同组织及发育阶段的表达动态相似,在脂肪体中特异性高表达(P<0.05);在成虫羽化后的性成熟阶段的表达量最高,幼虫期的表达水平可以忽略不计(P<0.05)。研究结果为深入理解广聚萤叶甲生殖作用的分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 广聚萤叶甲 卵黄原蛋白基因 克隆 序列分析 表达水平
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烟草NtPRR37基因克隆及功能分析
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作者 李亦君 杨小贝 +5 位作者 夏琳 罗朝鹏 徐馨 杨军 宁黔冀 武明珠 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期221-231,共11页
【目的】伪答应基因家族(pseudo response regulators,PRRs)是高等植物调控开花途径的重要基因。克隆烟草NtPRR37基因并分析其对不同光周期的应答及对开花的影响,为烟草开花调控提供靶标基因。【方法】利用同源克隆方法从普通烟草(Nicot... 【目的】伪答应基因家族(pseudo response regulators,PRRs)是高等植物调控开花途径的重要基因。克隆烟草NtPRR37基因并分析其对不同光周期的应答及对开花的影响,为烟草开花调控提供靶标基因。【方法】利用同源克隆方法从普通烟草(Nicotiana tabacum L.)中克隆得到NtPRR37基因,并对其进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)分析其在不同组织中的表达及不同光照时长处理的表达模式。同时利用病毒诱导基因沉默(virus induced gene silence,VIGS)技术降低NtPRR37表达水平并观察表型变化及检测开花相关基因表达变化。【结果】NtPRR37基因全长2472 bp,编码823个氨基酸,相对分子质量90.16 kD,含有PRRs基因家族的典型保守结构域(REC和CCT结构域)。通过同源进化分析发现,烟草NtPRR37与绒毛烟草(Nicotiana tomentosiformis)、林烟草(Nicotiana sylvestris)及本氏烟草(Nicotiana benthamiana)的PRR37在进化上属于同一分支。采用RT-qPCR分析发现,该基因在盛花期烟草各个组织的表达特征存在差异性,在雌蕊中的表达量最高,在侧根的表达量最低;在不同光照时长处理下,NtPRR37随着光照时间的增加表达量呈上升趋势,全黑暗处理下表达量最低,且具有生物节律性;NtPRR37沉默植株中NtPRR37表达量明显下调且沉默植株开花期提前,这可能与诱导开花相关基因(NtFT4、NtAP1、NtCO、NtSOC1)表达量显著上调有关。【结论】NtPRR37的表达受到光周期的调控,且在烟草开花过程中NtPRR37作为开花抑制因子存在。 展开更多
关键词 烟草 伪答应调控蛋白 NtPRR37 序列分析 表达分析 基因沉默 开花
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非洲猪瘟病毒MGF360-13L蛋白的原核表达及多克隆抗体制备
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作者 陈世钰 蒋亚君 +5 位作者 鑫婷 崔帅 王洋 郭晓宇 贾红 朱鸿飞 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2024年第1期194-201,共8页
本研究旨在通过构建非洲猪瘟病毒(ASFV)MGF360-13L基因原核表达系统表达13L蛋白,并制备其鼠源多克隆抗体。利用生物信息学方法,对ASFV MGF360-13L基因进行序列比对,分析其同源性、构建遗传进化树;将非洲猪瘟病毒MGF360-13L基因密码子优... 本研究旨在通过构建非洲猪瘟病毒(ASFV)MGF360-13L基因原核表达系统表达13L蛋白,并制备其鼠源多克隆抗体。利用生物信息学方法,对ASFV MGF360-13L基因进行序列比对,分析其同源性、构建遗传进化树;将非洲猪瘟病毒MGF360-13L基因密码子优化后进行合成,连接至PET32a载体构建重组质粒pET32a-13L,转化至E.coliBL21(DE3)感受态细胞,经IPTG诱导表达获得目的蛋白,采用镍柱纯化法进行蛋白纯化。将纯化后的蛋白乳化后免疫8周龄BALB/c雌鼠制备多克隆抗体,间接ELISA和Western blot检测抗体特异性。SDS-PAGE结果显示,重组蛋白分子量大小为58.2 kDa,主要以包涵体形式存在;Western blot结果显示免疫猪阳性血清可特异性识别该蛋白,具有良好的反应性,表明该重组蛋白获得正确表达。利用该蛋白免疫小鼠制备多克隆抗体进行Western blot,结果显示其能与MGF360-13L重组蛋白发生特异性反应。间接ELISA测定抗体效价高达1∶256000。本研究成功制备非洲猪瘟病毒MGF360-13L重组蛋白,以其为免疫原制备的多克隆抗体具备较高的特异性和反应性,为进一步阐述MGF360-13L蛋白的生物学功能和研制非洲猪瘟新型疫苗奠定了基础。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒 MGF360-13L基因 序列分析 原核表达 多克隆抗体
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鸡皮刺螨羧酸酯酶2基因克隆、序列分析及其表达特征研究
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作者 张学迪 徐楷 +5 位作者 尹硕 刘晶 王仲浩 秦建华 吴鹏远 王传文 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期2973-2983,共11页
【目的】克隆鸡皮刺螨(Dermanyssus gallinae)羧酸酯酶2(CarE2)基因CDS区序列并进行生物信息学分析,同时检测其在鸡皮刺螨中的表达特征,以探究CarE2基因在鸡皮刺螨代谢抗性形成及发展中的作用。【方法】试验选择50只成年鸡皮刺螨雌螨,利... 【目的】克隆鸡皮刺螨(Dermanyssus gallinae)羧酸酯酶2(CarE2)基因CDS区序列并进行生物信息学分析,同时检测其在鸡皮刺螨中的表达特征,以探究CarE2基因在鸡皮刺螨代谢抗性形成及发展中的作用。【方法】试验选择50只成年鸡皮刺螨雌螨,利用PCR扩增CarE2基因CDS区序列并测序,对其编码氨基酸序列进行多序列比对及系统进化树构建,通过生物信息学在线软件预测CarE2蛋白的理化性质及结构功能,并采用实时荧光定量PCR检测CarE2基因在鸡皮刺螨不同发育阶段及不同抗性品系中的表达模式,同时分析高效氯氰菊酯对鸡皮刺螨敏感品系和高效氯氰菊酯抗性品系中CarE2基因的诱导效应。【结果】鸡皮刺螨CarE2基因CDS区序列全长1665 bp,编码554个氨基酸。多序列比对结果显示,CarE2基因氨基酸序列具有高度保守的催化三联体(Ser-Glu-His)和五肽基序(Gly-X-Ser-X-Gly)。系统进化树结果表明,鸡皮刺螨CarE2与黑腹果蝇亲缘关系相近,共同划分为表皮酯酶分支。生物信息学分析结果显示,CarE2蛋白属于稳定的亲水蛋白,存在信号肽切割位点,且具有糖基化位点和多个磷酸化修饰位点,但不具有跨膜结构;CarE2蛋白二级结构以无规则卷曲为主,三级结构预测结果与二级结构一致。实时荧光定量PCR检测结果显示,CarE2基因在鸡皮刺螨若螨时期表达量最高,显著高于其他时期(P<0.05),成螨期表达量次之,在卵和幼螨时期的表达量相对较低;鸡皮刺螨高效氯氰菊酯抗性品系中CarE2基因的相对表达量是敏感品系的2.78倍;经高效氯氰菊酯胁迫处理后,鸡皮刺螨敏感品系中CarE2基因表达量与对照组相比差异不显著(P>0.05),而高效氯氰菊酯抗性品系中CarE2基因表达量与对照组相比显著升高(P<0.05)。【结论】本研究成功克隆鸡皮刺螨CarE2基因CDS区序列,其在鸡皮刺螨各发育阶段均有表达,且在高效氯氰菊酯抗性品系中过量表达。经高效氯氰菊酯处理后CarE2基因表达量显著上调,推测CarE2基因参与鸡皮刺螨对高效氯氰菊酯的羧酸酯酶解毒代谢抗性。 展开更多
关键词 鸡皮刺螨 CarE2基因 克隆 序列分析 表达特征
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缢蛏ABC转运蛋白基因家族成员全基因组鉴定及表达模式分析
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作者 杨凡 李治平 +1 位作者 董迎辉 任建峰 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2024年第1期172-184,共13页
腺苷三磷酸结合盒转运蛋白(ATP binding cassette transporter,ABC transporter)家族是最古老的膜蛋白家族之一,广泛存在于原核生物和真核生物体内,利用ATP水解释放的能量对氨基酸、脂质、抗生素等物质进行跨膜运输,参与生物体内多种生... 腺苷三磷酸结合盒转运蛋白(ATP binding cassette transporter,ABC transporter)家族是最古老的膜蛋白家族之一,广泛存在于原核生物和真核生物体内,利用ATP水解释放的能量对氨基酸、脂质、抗生素等物质进行跨膜运输,参与生物体内多种生理活动。目前,对软体动物ABC转运蛋白家族的鉴定,仅在虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)和长牡蛎(Crassostrea gigas)3种双壳类中有系统研究,对缢蛏(Sinonovacula constricta)ABC转运蛋白家族的鉴定和表达模式分析尚未见报道。利用缢蛏基因组和转录组数据,运用本地及NCBI在线BLAST程序、FGENESH+、SMART、Ex PASy、MEGA X、Mev 4.90和MapInspect等生物信息学分析工具,在全基因组水平系统地鉴定出52个缢蛏ABC转运蛋白,并对转运蛋白基因外显子数目、染色体定位等信息进行分析;通过系统进化分析,将缢蛏ABC转运蛋白家族分为8个亚家族,即ABCA~ABCH;通过比较分析不同物种ABC转运蛋白家族,推测基因串联复制事件对软体动物ABC转运蛋白家族成员数目的增加有影响。ABC转运蛋白基因在缢蛏不同发育时期和组织的表达分析显示,ABCC和ABCG亚家族多个基因在缢蛏稚贝时期表达量达到最高值,ABC转运蛋白基因在鳃、肝胰腺和性腺中表达种类较多。软体动物作为第二大动物类群,目前仅有3个物种的ABC转运蛋白得到了系统分类,缢蛏ABC转运蛋白基因家族的系统鉴定与表达模式分析为研究软体动物ABC转运蛋白基因的进化和缢蛏ABC转运蛋白功能提供了基础资料。 展开更多
关键词 缢蛏 ABC转运蛋白 序列分析 表达模式
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水牛SFRP 1基因序列分析、真核表达载体构建及组织表达分析
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作者 黄丽清 段安琴 +2 位作者 郑海英 杨春艳 尚江华 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1807-1818,共12页
【目的】获取水牛分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)基因CDS区序列,并预测其编码蛋白的结构功能,构建SFRP 1基因真核表达载体,检测SFRP 1基因在水牛不同组织中的表达情况,为探索SFRP 1基因在水牛生长发育中的作用奠定基础。【方法】以水牛卵... 【目的】获取水牛分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)基因CDS区序列,并预测其编码蛋白的结构功能,构建SFRP 1基因真核表达载体,检测SFRP 1基因在水牛不同组织中的表达情况,为探索SFRP 1基因在水牛生长发育中的作用奠定基础。【方法】以水牛卵巢组织cDNA为模板,通过RT-PCR对SFRP 1基因CDS区序列进行扩增并测序,利用生物信息学在线分析软件对水牛SFRP 1基因与不同物种进行比对和系统进化树构建,并预测SFRP1蛋白理化性质、信号肽、跨膜结构等。将获得的目的基因连接至pCMV-HAhyPBase-mcheery载体并转染至水牛颗粒细胞,检测转染后荧光和基因表达情况。通过实时荧光定量PCR检测水牛不同组织中SFRP 1基因表达情况。【结果】水牛SFRP 1基因CDS区长927 bp,共编码308个氨基酸。多重序列比对结果显示,水牛SFRP 1基因氨基酸序列与黄牛、牦牛、山羊、虎鲸、黑猩猩、北极狐、猫、人、小鼠的相似性分别为100%、100%、99.65%、98.58%、98.23%、98.23%、98.58%、98.23%、96.45%,存在CRD_FZ、NTR_like和DUF3367结构域。水牛SFRP 1基因核苷酸序列与黄牛、绵羊、山羊、牦牛、野牛、马鹿、野骆驼、猪、人的相似性分别为97.3%、95.9%、95.8%、94.5%、94.2%、93.7%、80.4%、78.5%和77.3%。系统进化树结果显示,水牛与黄牛、牦牛、野牛聚为一支。生物信息学分析结果显示,SFRP1蛋白呈碱性,为不稳定蛋白;第1—15位氨基酸处存在信号肽,为分泌型蛋白,存在跨膜结构,主要定位于细胞外;存在21个磷酸化位点和8个O-糖基化修饰位点。二级结构主要由α-螺旋、延伸链和无规则卷曲构成;水牛、黄牛、人的SFRP1蛋白三级结构高度相似。成功构建pCMV-mcheery-SFRP1真核表达载体并转染水牛颗粒细胞,转染72 h后pCMV-mcheery-SFRP1重组质粒组细胞内SFRP 1基因表达量极显著高于对照组(P<0.01)。实时荧光定量PCR结果显示,SFRP 1基因在水牛不同组织中均有表达,且在脾脏中表达量最高,极显著高于其他组织(P<0.01)。【结论】SFRP 1基因在不同物种以及遗传进化过程中具有高保守性,在水牛不同组织中广泛表达。研究结果为今后探究SFRP 1基因在水牛生长发育中的功能及分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 水牛 SFRP 1基因 序列分析 真核表达载体 组织表达
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新一代高通量RNA测序数据的处理与分析 被引量:65
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作者 王曦 汪小我 +2 位作者 王立坤 冯智星 张学工 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第8期834-846,共13页
随着新一代高通量DNA测序技术的快速发展,RNA测序(RNA-seq)已成为基因表达和转录组分析新的重要手段.RNA-seq技术产生的海量数据为生物信息学带来了新的机遇和挑战.有效地对测序数据进行针对性的生物信息学处理和分析,成为RNA-seq技术... 随着新一代高通量DNA测序技术的快速发展,RNA测序(RNA-seq)已成为基因表达和转录组分析新的重要手段.RNA-seq技术产生的海量数据为生物信息学带来了新的机遇和挑战.有效地对测序数据进行针对性的生物信息学处理和分析,成为RNA-seq技术能否在科学探索中发挥重大作用的关键.以新一代Illumina/Solexa测序平台所产生的数据为例,在扼要介绍高通量RNA-seq测序流程的基础上,对RNA-seq数据处理和分析的方法和现有软件做一个较为全面的综述,并对其中有待进一步研究的问题进行展望。 展开更多
关键词 高通量RNA测序 转录组 基因表达 数据处理与分析 生物信息学
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猪细小病毒VP_2基因的克隆、测序与原核表达 被引量:15
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作者 赵俊龙 陈焕春 +2 位作者 吕建强 肖少波 周复春 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期195-198,共4页
利用PCR技术从猪细小病毒的RFDNA模板中扩增了含有VP2 全基因的 2 0kb的基因片段 ,将PCR产物克隆至 pMD18 T载体 ,利用双脱氧末端终止法测定了VP2 全基因的核苷酸序列。将所得的核苷酸序列和推导的氨基酸序列分别与GenBank中的相应序... 利用PCR技术从猪细小病毒的RFDNA模板中扩增了含有VP2 全基因的 2 0kb的基因片段 ,将PCR产物克隆至 pMD18 T载体 ,利用双脱氧末端终止法测定了VP2 全基因的核苷酸序列。将所得的核苷酸序列和推导的氨基酸序列分别与GenBank中的相应序列进行同源性比较 ,同源性均在 99%以上 ,从而说明该蛋白的碱基序列和氨基酸序列均具有高度的保守性。将VP2 全基因分别克隆入原核表达载体pET15 (b)、pET17(b)和 pET2 8(b)构建成表达质粒 pET15bVP2 、pET17bVP2 和 pET2 8bVP2 ;将含有VP2 基因起始位点至EcoRⅠ切点间的 0 8kb片段克隆入 pET17(b)中构建成表达质粒 pET17bVP2 f。利用上述四种质粒转化大肠杆菌BL2 1,IPTG诱导后SDS PAGE检测表达情况 ,结果发现 pET17bVP2 f质粒在 45kD处有一特异性表达带 ,而其它几种质粒均未看到特异性表达带 ,推测VP2 基因 3′端的某些结构可能对VP2 全基因的表达有一定影响。这一结果对研究VP2 基因的结构与功能具有重要意义。 展开更多
关键词 猪细小病毒 VP2基因 基因克隆 序列分析 原核表达
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白木香3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合酶(AsHMGS)基因的克隆与表达分析 被引量:12
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作者 刘娟 徐艳红 +6 位作者 杨勇 梁良 高志晖 杨云 张争 隋春 魏建和 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期75-84,共10页
以白木香(Aquilaria sinensis(Lour.)Gilg)茎cDNA为模板,采用反转录PCR及RACE技术分离得到HMGS基因cDNA全长。序列分析表明该基因序列全长1 831 bp,共编码465个氨基酸,推导的蛋白质分子量为51.4 kD,理论等电点6.25,命名为AsHMGS。推导的... 以白木香(Aquilaria sinensis(Lour.)Gilg)茎cDNA为模板,采用反转录PCR及RACE技术分离得到HMGS基因cDNA全长。序列分析表明该基因序列全长1 831 bp,共编码465个氨基酸,推导的蛋白质分子量为51.4 kD,理论等电点6.25,命名为AsHMGS。推导的AsHMGS蛋白质序列具有植物HMGS酶的典型结构,并预测出HMGS酶的活性中心。系统进化树分析表明,AsHMGS蛋白与拟南芥、琴叶拟南芥、芥菜的相应蛋白相似度最高,其次为人参、喜树和野茶树。荧光定量PCR结果显示,茉莉酸甲酯能诱导白木香AsHMGS的表达。 展开更多
关键词 白木香 HMGS基因 序列分析 表达分析
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夏枯草苯丙氨酸解氨酶基因的克隆与表达分析 被引量:15
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作者 许锋 曹腾 +3 位作者 宁迎晶 蒋丽阳 张威威 程水源 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2012年第1期39-44,共6页
苯丙氨酸解氨酶(PAL)是迷迭香酸合成途径中的关键酶之一,根据其他植物PAL基因的保守区域设计特异引物,利用3'-RACE-PCR技术,本研究首次从夏枯草中克隆得到了PAL基因的cDNA片段序列,命名为PvPAL,Gen-Bank登录号为JN65446。PvPAL基因c... 苯丙氨酸解氨酶(PAL)是迷迭香酸合成途径中的关键酶之一,根据其他植物PAL基因的保守区域设计特异引物,利用3'-RACE-PCR技术,本研究首次从夏枯草中克隆得到了PAL基因的cDNA片段序列,命名为PvPAL,Gen-Bank登录号为JN65446。PvPAL基因cDNA片段长1 306 bp,其中编码区域为1 047 bp,编码349个氨基酸。蛋白质序列多重比较结果显示,PvPAL蛋白质序列与丹参、地黄、黄芩、藿香等植物的PAL蛋白质高度同源。PAL系统进化树分析结果表明,PvPAL与唇形科植物的PAL基因亲缘关系最近。组织表达分析结果显示,PvPAL基因在根、茎、叶中均表达,其中根中表达量最高。PvPAL基因的克隆为进一步研究夏枯草迷迭香酸合成的分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 苯丙氨酸解氨酶 表达分析 夏枯草 克隆 酶基因 蛋白质序列 唇形科植物 系统进化树分析
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滇龙胆GrSLS1基因的克隆与原核表达 被引量:12
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作者 张晓东 李彩霞 +2 位作者 王连春 李涛 王元忠 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期1311-1317,共7页
以滇龙胆转录组为基础,采用RT PCR技术克隆了滇龙胆幼叶裂环番木鳖苷合酶基因,命名为GrSLS1(GenBank登录号KF941191).序列分析结果显示,GrSLS1基因开放阅读框长1 560 bp,编码519个氨基酸;GrSLS1蛋白相对分子量为59.33 kD,pI为8.96.生... 以滇龙胆转录组为基础,采用RT PCR技术克隆了滇龙胆幼叶裂环番木鳖苷合酶基因,命名为GrSLS1(GenBank登录号KF941191).序列分析结果显示,GrSLS1基因开放阅读框长1 560 bp,编码519个氨基酸;GrSLS1蛋白相对分子量为59.33 kD,pI为8.96.生物信息学分析结果表明,GrSLS1蛋白属于SLS家族成员,其N端含有一跨膜螺旋区域(10~32);二级结构分析结果表明,GrSLS1蛋白主要由α螺旋和无规则卷曲组成;系统发育分析表明,GrSLS1与帽柱木MsSLS2蛋白亲缘关系最近.构建原核表达载体pGEX 4T GrSLS1,对GrSLS1基因进行原核表达,SDS PAGE结果表明所表达蛋白与预期蛋白大小一致.该研究为进一步研究GrSLS1基因功能及通过在龙胆中过表达该基因提高龙胆苦苷含量奠定基础. 展开更多
关键词 滇龙胆 GrSLS1基因 基因克隆 序列分析 原核表达
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