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鹅星状病毒通用型TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用
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作者 陈立功 穆英丽 +5 位作者 张诚 潘保革 范乐乐 魏忠华 王学静 刘聚祥 《中国家禽》 北大核心 2025年第2期53-59,共7页
为建立用于鹅星状病毒1(GAstV 1)和鹅星状病毒2(GAstV 2)感染快速检测的实时荧光定量RT-PCR方法,试验根据部分GAstV ORF2基因和部分3′非编码区序列设计合成特异性引物和探针,采用矩阵法获得引物和探针的最优浓度,在优化退火温度的基础... 为建立用于鹅星状病毒1(GAstV 1)和鹅星状病毒2(GAstV 2)感染快速检测的实时荧光定量RT-PCR方法,试验根据部分GAstV ORF2基因和部分3′非编码区序列设计合成特异性引物和探针,采用矩阵法获得引物和探针的最优浓度,在优化退火温度的基础上,分别建立扩增GAstV 1和GAstV 2的标准曲线,进一步验证该方法的特异性、敏感性和重复性,建立的方法用于临床样品的检测,并与文献报道的常规RT-PCR方法进行比较。结果显示:优化后的反应体系中最优上、下游引物浓度均为0.40(或0.50)μmol/L,探针浓度均为0.50μmol/L,扩增线性范围分别为3.26×10^(3)~3.26×10^(8)拷贝/μL和7.09×10^(3)~7.09×10^(8)拷贝/μL,相关系数均为0.998;该方法可特异性检出两种GAstV,但对新城疫病毒、H9亚型禽流感病毒、鸭坦布苏病毒、新型鸭呼肠孤病毒、鹅细小病毒和血清4型禽腺病毒6种鹅病相关病毒的核酸均无扩增信号;其检测限分别为3.26×10^(2)拷贝/μL和7.09×10^(1)拷贝/μL;组内变异系数和组间变异系数均低于3%。建立的实时荧光定量RT-PCR方法对临床样品的检测结果显示,GAstV阳性率为90.57%(96/106);而文献报道的常规RT-PCR方法对GAstV 1和GAstV 2的混合阳性率为62.26%。研究表明,建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法为同时检测GAstV 1和GAstV 2提供了快速、敏感、特异且能满足临床样本需求的检测方法。 展开更多
关键词 鹅星状病毒 荧光定量rt-pcr TAQMAN探针
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兔出血症病毒RHDV1和RHDV2一步法双重TaqMan探针荧光定量RT-PCR体系的建立和应用
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作者 陈萌萌 王冠萱 +8 位作者 仇汝龙 范志宇 胡波 宋艳华 魏后军 徐为中 葛雷 李一鸣 王芳 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第5期937-942,共6页
兔出血症病毒(RHDV)引起的兔出血症是一种急性、高度致死性传染病,对养兔业造成严重危害。本研究基于RHDV衣壳蛋白(VP60)基因序列设计引物和TaqMan探针,建立可同时检测RHDV1和RHDV2两种毒株的双重TaqMan荧光定量RT-PCR检测体系。反应体... 兔出血症病毒(RHDV)引起的兔出血症是一种急性、高度致死性传染病,对养兔业造成严重危害。本研究基于RHDV衣壳蛋白(VP60)基因序列设计引物和TaqMan探针,建立可同时检测RHDV1和RHDV2两种毒株的双重TaqMan荧光定量RT-PCR检测体系。反应体系:2×One Step RT-PCR BufferⅢ10.0μL,上下游引物(10μmol/L)各0.6μL,ROX Reference DyeⅡ(50×)0.4μL,两种荧光探针(10μmol/L)各0.8μL,待测样本2.0μL,ddH_(2)O 4.8μL。反应程序:42℃5 min,95℃10 s,95℃5 s,60℃30 s,40个循环。试验结果表明,该体系特异性强,与轮状病毒、兔多杀性巴氏杆菌、兔支气管败血波氏菌、绿脓杆菌、沙门氏菌无交叉反应;灵敏度高,最低检测限为1μL 100拷贝。通过组内重复和组间重复进行重复性分析,Ct值变异系数为0.2%~2.9%,表明该体系稳定性较好。使用该体系对112份临床样本(60份肝脏组织、52份鼻肛拭子)进行检测,RHDV总检出率为69%,而常规RT-PCR体系的检出率仅为51%。本研究建立的双重荧光定量RT-PCR方法具有高灵敏度、强特异性和良好的重复性,可为RHDV的临床快速诊断及定量分析提供可靠技术支持。 展开更多
关键词 兔出血症病毒 荧光定量rt-pcr TAQMAN探针
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口蹄疫病毒O型、A型和AsiaⅠ型三重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用
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作者 王翠 赵雪丽 +7 位作者 王东方 王淑娟 马震原 杨海波 刘影 柴茂 谢彩华 闫若潜 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第2期61-69,共9页
为建立口蹄疫病毒(FMDV)O型、A型和AsiaⅠ型三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,本研究在比对多条FMDV基因的基础上,根据2B基因的最优保守区,设计O型、A型和Asia I型FMDV通用的反转录引物;再根据VP1基因的比对结果,以变异区为扩增靶区域,设... 为建立口蹄疫病毒(FMDV)O型、A型和AsiaⅠ型三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,本研究在比对多条FMDV基因的基础上,根据2B基因的最优保守区,设计O型、A型和Asia I型FMDV通用的反转录引物;再根据VP1基因的比对结果,以变异区为扩增靶区域,设计3对分别针对O型、A型和AsiaⅠ型FMDV的特异性引物和TaqMan MGB探针。经优化反应体系和扩增程序等反应条件,建立基于探针技术的FDMV三重实时荧光定量RT-PCR检测方法。验证该方法的特异性、敏感性和重复性,对15份临床疑似FMDV感染样品进行检测,并与基因测序方法及RT-PCR方法进行比较分析。结果显示:本研究成功建立了FMDV三重FQ-PCR方法,实现了一步法对FMDV O型、A型和AsiaⅠ型病原样品的鉴别检测。该方法可特异性扩增FMDV O型、A型和AsiaⅠ型标准株细胞培养物,但对猪水疱性口炎病毒(VSV)等7种病原及阴性对照未出现扩增,特异性较强;对FMDV O型、A型和AsiaⅠ型阳性重组质粒标准品的最低检出限均可达到10拷贝/μL,敏感性较高;批内/批间试验变异系数为0.48%~1.55%,重复性较好;利用建立的三重FQ-PCR方法对15份临床疑似FMDV感染样品进行检测,检测结果与基因测序结果完全一致,优于RT-PCR方法。本研究建立的三重FQ-PCR方法具有敏感性高、特异性强,在同一反应体系中能同时鉴别检测出FMDV O型、A型和AsiaⅠ型等优点,能满足临床鉴别检测的需求。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 三重实时荧光定量rt-pcr 应用
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H9N2亚型禽流感病毒双重TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用
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作者 刘莉 张贺楠 +4 位作者 莫一群 徐亚亚 金丁丁 齐岩 胡增垒 《中国家禽》 北大核心 2025年第11期154-160,共7页
为建立一种快速、灵敏且特异的H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的双重荧光定量RT-PCR检测方法,试验根据H9N2 AIV的HA基因和NA基因保守区域设计特异性引物及TaqMan探针,通过优化反应体系及条件,建立H9N2亚型AIV的双重荧光定量RT-PCR检测方法,进... 为建立一种快速、灵敏且特异的H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的双重荧光定量RT-PCR检测方法,试验根据H9N2 AIV的HA基因和NA基因保守区域设计特异性引物及TaqMan探针,通过优化反应体系及条件,建立H9N2亚型AIV的双重荧光定量RT-PCR检测方法,进一步对该方法的灵敏度、特异性、重复性进行评估,并将建立的方法用于临床样品的检测,与H9亚型AIV荧光RT-PCR检测试剂盒进行比较。结果显示:该方法与其他亚型AIV、新城疫病毒、传染性喉气管炎病毒、禽白血病病毒、传染性法氏囊病病毒和传染性支气管炎病毒无交叉反应,检测限为0.1 copies/μL,批内和批间变异系数均小于5%,临床样本检测阳性率(24.3%)高于H9亚型AIV荧光RT-PCR检测试剂盒(18.9%)。研究表明,建立的H9N2 AIV双重TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法特异性强,敏感性较高,能够应用于H9N2 AIV的快速检测。 展开更多
关键词 H9N2亚型禽流感病毒 TAQMAN探针 荧光定量rt-pcr HA基因 NA基因
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H3、H4、H6和H9亚型禽流感病毒多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:1
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作者 龙凤 熊陈勇 +11 位作者 施开创 郑敏 林昌华 林宝江 杜忠 韦显凯 冯淑萍 屈素洁 陆文俊 李剑锋 周明旭 尹彦文 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第1期31-38,共8页
为同时鉴别检测H3、H4、H6和H9亚型禽流感病毒(AIV),本研究根据上述4种亚型AIV HA基因的保守区,采用primer6.0设计4对特异性引物和TaqMan探针,经PCR扩增上述4种亚型AIVHA基因后,分别克隆至pMD18-T载体中构建重组质粒p-H3、p-H4、p-H6和p... 为同时鉴别检测H3、H4、H6和H9亚型禽流感病毒(AIV),本研究根据上述4种亚型AIV HA基因的保守区,采用primer6.0设计4对特异性引物和TaqMan探针,经PCR扩增上述4种亚型AIVHA基因后,分别克隆至pMD18-T载体中构建重组质粒p-H3、p-H4、p-H6和p-H9,并均经PCR与测序鉴定正确后作为标准品。通过优化各反应条件,初步建立了检测H3、H4、H6和H9亚型AIV的多重TaqMan荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)方法。分别以H1、H3、H4、H5、H6、H7、H9亚型AIV、传染性喉气管炎病毒(ILTV)、传染性支气管炎病毒(IBV)、鸭坦布苏病毒(DTMUV)、鸭圆环病毒(DuCV)、番鸭细小病毒(MDPV)、番鸭呼肠孤病毒(MDRV)和新城疫病毒(NDV)的RNA或者DNA作为模板,采用本研究建立的多重RT-qPCR检测,评估该方法的特异性;将4个重组质粒标准品等体积混合物10倍倍比稀释后作为模板,采用本研究建立的多重RT-qPCR检测,评估该方法的敏感性;选择3个浓度的重组质粒标准品等体积混合物作为模板,采用本研究建立的多重RT-qPCR分别进行批内和批间重复性试验,评估该方法的重复性。结果显示,该方法仅H3、H4、H6和H9亚型AIV出现扩增曲线,其他相关禽病病原均为阴性,特异性较强;该方法对H3、H4、H6和H9亚型AIV的检测限均为1.0×101拷贝/µL,敏感性较高;批内和批间重复性试验的变异系数为0.06%~1.09%,重复性较好。利用该方法检测来自广西不同地区的3360份临床家禽咽喉、泄殖腔拭子样品,结果显示H3、H4、H6和H9亚型AIV的检出率分别为4.08%(137/3360)、0.21%(7/3360)、1.13%(38/3360)和3.51%(118/3360),与各亚型AIV单一RT-qPCR商品化试剂盒的检测结果均一致,符合率达100%。表明本研究建立的多重RT-qPCR准确性较好,可以用于临床各类样品的检测。本研究建立了一种同时鉴别检测H3、H4、H6和H9亚型AIV的多重RT-qPCR方法,为AIV基因分型和流行病学调查提供便捷的技术手段。 展开更多
关键词 禽流感病毒 荧光定量rt-pcr TAQMAN
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1种牛轮状病毒Taq-Man荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:1
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作者 王秀明 陈君彦 +1 位作者 础鲁 刘艳霞 《现代畜牧兽医》 2025年第3期11-15,共5页
试验旨在建立一种可简便、快速地检测牛轮状病毒(BRV)的Taq-Man荧光定量RT-PCR方法,试验通过分析比对NCBI下载的BRV VP7基因序列,在VP7基因的保守区设计两对特异性引物及Taq-Man探针,经反应条件优化,建立BRV的Taq-Man荧光定量RT-PCR方... 试验旨在建立一种可简便、快速地检测牛轮状病毒(BRV)的Taq-Man荧光定量RT-PCR方法,试验通过分析比对NCBI下载的BRV VP7基因序列,在VP7基因的保守区设计两对特异性引物及Taq-Man探针,经反应条件优化,建立BRV的Taq-Man荧光定量RT-PCR方法。利用建立的检测方法检测标准品,绘制标准曲线,检测方法的特异性、灵敏性和稳定性,并对临床样品及疫苗半成品进行检验。结果显示,建立的Taq-Man荧光定量RT-PCR方法的最低检测限为10 copies/μL,组内和组间重复变异系数(CV)均小于3.50%。检测临床样品和疫苗半成品,疫苗半成品均检测阳性,临床样品检测阳性率69%。研究表明,BRV Taq-Man荧光定量RTPCR检测方法操作简便、特异性强、灵敏度高,对BRV的诊断检测及疫苗生产具有重要的参考价值。 展开更多
关键词 牛轮状病毒(BRV) Taq-Man探针 荧光定量rt-pcr VP7基因
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传染性造血器官坏死病毒和传染性胰脏坏死病毒双重荧光定量RT-PCR检测方法的建立
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作者 张文 徐立蒲 +7 位作者 吕晓楠 潘勇 王小亮 曹欢 王静波 王姝 阴鸿达 王澎 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第5期494-500,共7页
为建立一种快速、高效、敏感的传染性造血器官坏死病毒(IHNV)和传染性胰脏坏死病毒(IPNV)的双重荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)检测方法,本研究参照世界动物卫生组织(WOAH)最新推荐的IHNV RT-qPCR方法,根据IHNV N基因合成1对特异性引物和1条经... 为建立一种快速、高效、敏感的传染性造血器官坏死病毒(IHNV)和传染性胰脏坏死病毒(IPNV)的双重荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)检测方法,本研究参照世界动物卫生组织(WOAH)最新推荐的IHNV RT-qPCR方法,根据IHNV N基因合成1对特异性引物和1条经FAM标记的Taq Man探针;根据本研究室建立的6种基因型IPNV(VP2基因)RT-qPCR方法合成1对特异性引物和1条经VIC标记的Taq Man探针。经优化各反应条件,初步建立了IHNV的和IPNV双重RT-qPCR检测方法。分别以IHNV、IPNV、鲤春病毒血症病毒(SVCV)的cDNA以及病毒性出血性败血症病毒(VHSV)和传染性鲑鱼贫血症病毒(ISAV)的重组质粒作为模板,采用本研究建立的双重RT-qPCR检测,评估该方法的特异性;以终浓度分别为1.0×10^(1)拷贝/μL~1.0×10^(9)拷贝/μL pIHNV和p IPNV质粒标准品的混合物作为模板,采用建立的双重RT-qPCR方法扩增,评估该方法的敏感性;以3个不同终浓度的质粒标准品混合物作为模板,采用本研究建立的双重RT-qPCR分别于同一时间和不同时间检测,评估该方法的重复性。结果显示,该方法仅能特异性扩增IHNV和IPNV及二者的质粒标准品混合物,其他相关水生动物病毒均无扩增曲线,特异性较强;对pIHNV和pIPNV质粒标准品的检测限均为1.25拷贝/μL,敏感性较高;组内和组间的变异系数均小于3%,重复性较好。将本实验室保存的45份虹鳟组织上清液传1~2代后,取出现典型CPE的细胞培养物,采用本实验建立的双重RT-qPCR方法和国标中的IHNV RT-PCR及已报道的IPNV RT-PCR方法同时检测。结果显示,3种方法均检出35份阳性样品,其中,IHNV的阳性检出率均为33.3%(15/45),IPNV的阳性检出率均为44.4%(20/45),3种方法的符合率均达100%。本研究首次建立了同时鉴别检测IHNV和IPNV的双重RT-qPCR方法,其特异性强、敏感性高、重复性和稳定性好,可为IHNV和IPNV的鉴别检测及流行病学调查提供新的技术手段。 展开更多
关键词 传染性造血器官坏死病毒 传染性胰脏坏死病毒 双重荧光定量rt-pcr
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西尼罗病毒数字RT-PCR检测方法的建立
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作者 刘小卓 马萍萍 +5 位作者 常凯 姜帆 赵旭 岳志芹 郑小龙 王群 《中国动物检疫》 2025年第9期57-63,共7页
为建立一种重复性好、灵敏度高、特异性好的西尼罗病毒(West Nile virus,WNV)检测方法,以WNV保守区域NS2A序列为模板,设计引物和探针,建立了检测WNV的数字RT-PCR方法。对该方法引物浓度梯度、扩增反应温度梯度、模板梯度以及灵敏度和模... 为建立一种重复性好、灵敏度高、特异性好的西尼罗病毒(West Nile virus,WNV)检测方法,以WNV保守区域NS2A序列为模板,设计引物和探针,建立了检测WNV的数字RT-PCR方法。对该方法引物浓度梯度、扩增反应温度梯度、模板梯度以及灵敏度和模拟样品检测效果进行评估。结果显示:本方法在引物终浓度900 nmol/L、探针浓度250 nmol/L、退火温度60℃时效率最高;方法的特异性较好,对弓形虫、布鲁氏菌、禽流感病毒、H3N8亚型马流感病毒、尼帕病毒、马疱疹病毒、马动脉炎病毒等病原无交叉反应;对WNV的检测灵敏度可达4 copies/μL,对强阳性及临界阳性模拟样品全部检出。结果表明,建立的WNV数字RT-PCR方法高效、特异、灵敏,较适用于低病毒浓度样品或感染初期动物的检测,对WNV感染防控和口岸检测具有重要意义,具有广阔的应用前景。 展开更多
关键词 西尼罗病毒 检测方法 微滴式数字PCR 荧光定量PCR
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猪瘟病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:7
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作者 任夫波 张志 +5 位作者 张丽丽 杨若松 韩艳 张燕霞 李晓成 单虎 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2011年第5期82-85,共4页
本研究在CSFV 5′端非编码区设计一对引物和一条特异性TaqMan探针,以构建的重组质粒为标准品,建立了一种检测CSFV的荧光定量PCR方法(FQ-PCR),对该方法进行特异性、敏感性和重复性试验。结果显示,可特异地检测CSFV,该方法在101~107拷贝... 本研究在CSFV 5′端非编码区设计一对引物和一条特异性TaqMan探针,以构建的重组质粒为标准品,建立了一种检测CSFV的荧光定量PCR方法(FQ-PCR),对该方法进行特异性、敏感性和重复性试验。结果显示,可特异地检测CSFV,该方法在101~107拷贝/μL范围内具有良好的线性关系,灵敏度可达10拷贝/μL,重复检测的变异系数均小于5%。临床样品检测表明建立的方法与套式PCR灵敏度相近。结果表明该方法重复性良好,可用于临床诊断。 展开更多
关键词 猪瘟病毒 荧光定量PCR TAQMAN探针
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一种新颖简便的荧光实时RT-PCR相对定量方法的建立 被引量:130
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作者 张驰宇 徐顺高 黄新祥 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第9期883-888,共6页
为建立一种新颖、简便的荧光实时RT-PCR相对定量方法,根据实时定量标准曲线,推导出相对定量基因表达的公式.公式显示相对表达指数只与CT值和标准曲线的斜率相关.构建标准曲线的标准品需要通过克隆和体外转录获得,实验过程繁琐.当人为成... 为建立一种新颖、简便的荧光实时RT-PCR相对定量方法,根据实时定量标准曲线,推导出相对定量基因表达的公式.公式显示相对表达指数只与CT值和标准曲线的斜率相关.构建标准曲线的标准品需要通过克隆和体外转录获得,实验过程繁琐.当人为成比例增减标准品各个稀释度的具体拷贝数时,标准曲线的斜率并不改变,说明标准曲线斜率与标准品的具体拷贝数无关.因此,新的相对定量方法可以用任何一个待测样品的总RNA(或cDNA),经系列稀释后作为标准品,来构建相对定量标准曲线,获得斜率.与绝对定量法比较,新方法获得了基本相同的斜率和非常一致的定量结果(差异小于4%),而传统的2-#$CT法却表现出较大的定量误差.这些结果表明,新的相对定量方法是一种简便、准确和高效的定量基因表达的方法. 展开更多
关键词 荧光实时定量rt-pcr 相对定量 绝对定量 标准曲线 mRNA定量 斜率
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猪传染性胃肠炎病毒Taq Man荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:11
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作者 白兴华 冯力 +4 位作者 陈建飞 时洪艳 孙东波 吴波平 高秀春 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期476-481,共6页
根据猪传染性胃肠炎病毒和猪肌动蛋白的基因序列设计合成了引物和探针,通过对荧光定量RT-PCR反应条件的优化,建立了TaqMan荧光定量RT-PCR检测TGEV的方法。同时对37份现地病料进行检测并与常规RT-PCR方法、TGEV抗原快速检测试剂盒比较。... 根据猪传染性胃肠炎病毒和猪肌动蛋白的基因序列设计合成了引物和探针,通过对荧光定量RT-PCR反应条件的优化,建立了TaqMan荧光定量RT-PCR检测TGEV的方法。同时对37份现地病料进行检测并与常规RT-PCR方法、TGEV抗原快速检测试剂盒比较。结果,该方法的检测敏感性达到15.3拷贝/μL,且具有很好的特异性和重复性,而常规RT-PCR方法只能检测到1.53×103拷贝/μL。对37份现地病料的检测结果也表明该法(检出17份)比常规RT-PCR方法(检出12份)和TGEV抗原快速检测试剂盒(免疫层析法,检出10份)的敏感性高。 展开更多
关键词 猪传染性胃肠炎病毒 TAQMAN探针 荧光定量rt-pcr
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猪流感病毒SYBR GreenⅠ定量RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:11
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作者 张鹏超 师小潇 +2 位作者 哈卓 刘永杰 刘惠莉 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期768-772,共5页
为研究猪流感病毒(SIV)感染后SIV在体内的分布规律,本研究设计针对SIV NP基因保守区引物,建立了SIV SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法。该方法对SIV核酸检测灵敏度为30TCID50,对健康猪肺组织cDNA、猪瘟病毒(CSFV)、猪蓝耳病病毒(PRRSV)核酸... 为研究猪流感病毒(SIV)感染后SIV在体内的分布规律,本研究设计针对SIV NP基因保守区引物,建立了SIV SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法。该方法对SIV核酸检测灵敏度为30TCID50,对健康猪肺组织cDNA、猪瘟病毒(CSFV)、猪蓝耳病病毒(PRRSV)核酸呈阴性反应。采用建立的荧光定量RT-PCR方法对人工感染A/swine/Shanghai/1/2007/H1N2(Sw/SH/1/2007)猪进行检测,结果显示:病毒在猪鼻腔粘膜持续存在至感染后第8d;肛门拭子在感染后2d~8d可持续检测到病毒核酸;喉头、气管在感染后第3d可检到病毒核酸,并持续至第10d;肺部淋巴结、脾脏在感染后5d~7d检测到病毒核酸阳性;其它脏器均未检测到病毒核酸,从而确定呼吸道系统及脾脏是SIV定殖的主要场所,SIV感染猪后向外排毒周期约为1周。 展开更多
关键词 猪流感病毒 SYBR GreenI荧光定量PCR方法 组织分布
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鸭坦布苏病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:10
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作者 李庆阳 陈芳艳 +6 位作者 刘平 谢永福 冯金牛 况少祥 陈瑞爱 唐秀英 王林川 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2012年第7期18-22,共5页
根据鸭坦布苏病毒(DTMUV)BYD-1株基因序列设计特异性引物和TaqMan探针,建立了快速检测DTMUV的实时荧光定量RT-PCR方法。特异性结果显示,DTMUV显示阳性,而3株非鸭坦布苏病毒均显示阴性,说明该方法具有高度特异性。其表达式为Ct=-3.32... 根据鸭坦布苏病毒(DTMUV)BYD-1株基因序列设计特异性引物和TaqMan探针,建立了快速检测DTMUV的实时荧光定量RT-PCR方法。特异性结果显示,DTMUV显示阳性,而3株非鸭坦布苏病毒均显示阴性,说明该方法具有高度特异性。其表达式为Ct=-3.32×lg Copy number+41.151,R2=0.998,R循环效率Eff%=100.072,DNA拷贝数在101~108范围内检测曲线有良好的线性关系,对质粒标准品最低检测限为1.0×101拷贝/μL,变异系数低于5%。利用该方法分别对攻毒感染具有典型鸭新型黄病毒病临床症状和病理变化的蛋鸭的脾脏和肝脏组织进行检测,阳性率均为100%,而用本实验室建立的普通RT-PCR方法检测的阳性检测率为85%(17/20)和75%(15/20)。建立的方法具有敏感性高、特异性好、稳定性强的特点,可用DTMUV早期感染的快速诊断和流行病学调查。 展开更多
关键词 鸭坦布苏病毒 TAQMAN探针 荧光定量RT—PCR
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实时荧光定量RT-PCR检测石斑鱼病毒性神经坏死病 被引量:6
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作者 陈信忠 龚艳清 +1 位作者 王军 苏永全 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期431-434,共4页
用TaqMan探针技术设计探针和引物,建立了检测石斑鱼神经坏死病毒(NNV)的实时荧光定量RT-PCR方法.对影响PCR反应的主要因素Mg^2+浓度和退火温度进行了优化,表明当Mg^2+浓度为3.0~3.5 mM,退火温度为58~59℃时可获得最佳的扩增和... 用TaqMan探针技术设计探针和引物,建立了检测石斑鱼神经坏死病毒(NNV)的实时荧光定量RT-PCR方法.对影响PCR反应的主要因素Mg^2+浓度和退火温度进行了优化,表明当Mg^2+浓度为3.0~3.5 mM,退火温度为58~59℃时可获得最佳的扩增和检测效果.应用鞍带石斑鱼(Epinephelus lanceolatus)NNV主衣壳蛋白基因组片段构建的噬菌体假病毒作为阳性质控品,具有很好的稳定性.鞍带石斑鱼NNV的检测试验表明,所建立的实时荧光定量RT-PCR方法是检测石斑鱼神经坏死病毒的一种快速、灵敏、准确的检测方法。 展开更多
关键词 神经坏死病毒 TAQMAN探针 实时荧光定量rt-pcr 石斑鱼
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新型鸭呼肠孤病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:13
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作者 袁远华 吴志新 +3 位作者 王俊峰 黄兴国 贺东生 黄淑坚 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期738-741,共4页
为建立一种快速检测新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)的方法,本研究参考GenBank中登录的NDRV S3基因保守序列设计特异性引物,建立了一种检测NDRV的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法,对其特异性、敏感性和重复性进行检验,并与普通PCR进行比较。结... 为建立一种快速检测新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)的方法,本研究参考GenBank中登录的NDRV S3基因保守序列设计特异性引物,建立了一种检测NDRV的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法,对其特异性、敏感性和重复性进行检验,并与普通PCR进行比较。结果显示,扩增标准曲线相关系数为0.9996,扩增产物的熔解曲线仅出现单特异峰。对番鸭呼肠孤病毒、禽呼肠孤病毒、鸭病毒性肝炎病毒、鸭瘟病毒、鸭新城疫病毒和禽流感病毒均未检测到荧光信号。对NDRV的最小检出量为29拷贝/μL,比普通PCR敏感性高100倍。组内和组间变异系数均小于2%,重复性好。该检测方法的建立为NDRV早期快速检测及定量分析提供新的方法。 展开更多
关键词 新型鸭呼肠孤病毒 SYBR GreenⅠ 实时荧光定量rt-pcr
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qRT-PCR检测柞蚕中肠热休克蛋白基因ApHSC70对微孢子虫入侵的响应 被引量:7
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作者 王勇 刘微 +4 位作者 王斌赫 姜义仁 孙影 杨瑞生 秦利 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期300-307,共8页
为证实柞蚕热休克蛋白在柞蚕防御体系中的作用,利用RT-PCR技术在柞蚕5龄幼虫中肠组织克隆了一个热休克蛋白基因Ap HSC70(Gen Bank登录号:KJ437496),并通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测该基因在感染柞蚕微孢子虫的柞蚕中肠中的表... 为证实柞蚕热休克蛋白在柞蚕防御体系中的作用,利用RT-PCR技术在柞蚕5龄幼虫中肠组织克隆了一个热休克蛋白基因Ap HSC70(Gen Bank登录号:KJ437496),并通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测该基因在感染柞蚕微孢子虫的柞蚕中肠中的表达变化。该基因的开放阅读框(ORF)长1 959 bp,编码652个氨基酸,预测蛋白质分子质量为71.49 k D,等电点(p I)为5.38,具有细胞质特征基序,推测为一种组成型热休克蛋白;Ap HSC70与斜纹夜蛾、棉铃虫同源蛋白质的序列相似度最高,分别达96.94%、96.33%。感染柞蚕微孢子虫后0-9 h的柞蚕5龄幼虫中肠组织中,Ap HSC70基因转录水平变化不大,但感染后12 h该基因的转录水平开始升高,至感染后21 h达到最高值。研究结果表明,柞蚕中肠组织的Ap HSC70基因在柞蚕微孢子虫入侵时的表达变化呈现出一定的应激响应,表达量最高可上调近5倍,推测该基因可能参与了柞蚕的免疫防御过程。 展开更多
关键词 柞蚕 热休克蛋白70 免疫防御 柞蚕微孢子虫 实时荧光定量PCR
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基于M基因的新城疫病毒实时荧光定量RT-PCR的建立及其对临床样品中新城疫病毒检测的研究 被引量:4
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作者 曹军平 胡顺林 +5 位作者 吴双 刘慧谋 刘晓文 王晓泉 吴艳涛 刘秀梵 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第7期1120-1125,共6页
根据新城疫病毒M基因的保守序列,设计合成1对引物和TaqMan探针,以作者实验室构建并保存的鹅源新城疫病毒ZJ1株M基因阳性重组质粒为标准品模板建立荧光定量PCR标准曲线,结合ABI公司的7300型荧光定量PCR仪,建立了一种敏感、特异、重... 根据新城疫病毒M基因的保守序列,设计合成1对引物和TaqMan探针,以作者实验室构建并保存的鹅源新城疫病毒ZJ1株M基因阳性重组质粒为标准品模板建立荧光定量PCR标准曲线,结合ABI公司的7300型荧光定量PCR仪,建立了一种敏感、特异、重复性好的快速检测新城疫病毒核酸载量的TaqMan荧光定量RT-PCR方法。该方法在106~101拷贝范围内具有良好的线性关系,可检测到初始模板中3拷贝.μL-1的病毒核酸,与传统的病毒分离方法具有相近的敏感性,二者对500份临床禽泄殖腔棉拭样品检测结果阳性数?阴性数符合率分别为90.0%、99.8%。经临床应用表明:荧光定量PCR的建立为早期诊断禽新城疫病毒、定量分析禽新城疫病毒感染程度奠定了基础。 展开更多
关键词 新城疫病毒 荧光定量rt-pcr 探针
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实时荧光定量RT-PCR法检测手足口病患儿大便标本中肠道病毒71型 被引量:15
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作者 刘丽艳 叶颖子 +2 位作者 王建设 俞蕙 朱启镕 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期142-145,共4页
目的了解2008年手足口病流行期间住院手足口病患儿是否存在EV71病毒感染,并探讨实时荧光定量RT-PCR法对手足口病患儿大便标本中EV71病毒载量进行定量检测的可行性。方法采用RT-PCR荧光探针体外扩增法对47例住院的手足口病患儿大便标本... 目的了解2008年手足口病流行期间住院手足口病患儿是否存在EV71病毒感染,并探讨实时荧光定量RT-PCR法对手足口病患儿大便标本中EV71病毒载量进行定量检测的可行性。方法采用RT-PCR荧光探针体外扩增法对47例住院的手足口病患儿大便标本中抽提的RNA进行抽样检测。结果22例(46.81%)手足口病患儿大便标本中EV71的病毒载量大于103copies/ml,最高者达1.03×107copies/ml。实时荧光定量RT-PCR法其标准曲线显示,Ct值与病毒拷贝数的对数(log10)之间的相关系数为1.000,相关性较好。结论2008年手足口病流行期间入住儿科医院的手足口病患儿近半数为EV71病毒感染。实时荧光定量RT-PCR法对大便标本中的EV71RNA定量检测较方便快捷,结果直观,为进一步研究病毒载量与临床表现之间的关系打下了基础。 展开更多
关键词 手足口病 肠道病毒71型 实时荧光定量RT—PCR 病毒载量
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荧光定量RT-PCR对猪流行性腹泻病毒在仔猪体内分布规律的研究 被引量:6
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作者 卓秀萍 朱玲 +4 位作者 刘鹏娟 赵军 李萍 黄建波 徐志文 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期790-794,共5页
为研究猪流行性腹泻病毒(PEDV)在感染仔猪各主要器官中的增殖和分布情况,本研究根据PEDV N基因和宿主细胞GAPDH基因建立荧光定量RT-PCR法,并以该方法检测各个发病期的哺乳仔猪各器官内PEDV的病毒载量。结果表明,仔猪感染PEDV后,在49 h^7... 为研究猪流行性腹泻病毒(PEDV)在感染仔猪各主要器官中的增殖和分布情况,本研究根据PEDV N基因和宿主细胞GAPDH基因建立荧光定量RT-PCR法,并以该方法检测各个发病期的哺乳仔猪各器官内PEDV的病毒载量。结果表明,仔猪感染PEDV后,在49 h^72 h出现典型的猪流行性腹泻症状,肠、肠系膜淋巴结、肺等器官出现严重病变。利用本研究建立的检测方法在仔猪体内肠、肠系膜淋巴结、肺、脾、肾、心、肝这些器官中均可以检测到PEDV;其中肠、肠系膜淋巴结、肺中病毒载量最高,而且感染时间早、持续时间长。研究表明,PEDV的感染呈持续性、多脏器性,并对肠和肺有组织嗜性;结合本实验室前期的病理研究,推测其在消化器官、呼吸器官中增殖能够导致功能细胞的损伤,在免疫器官的增殖能够造成免疫抑制和混合感染。本研究为PEDV的感染特性、定植规律和致病机理的研究及分子生物学检测方法的建立奠定了基础。 展开更多
关键词 哺乳仔猪 相对荧光定量rt-pcr PEDV检测 分布规律
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实时荧光定量RT-PCR检测急性白血病患者骨髓HB-1的表达 被引量:7
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作者 王清云 李渊 +4 位作者 戢莉 梁赜隐 刘微 任汉云 邱志祥 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期8-15,共8页
目的:探讨急性淋巴细胞白血病(ALL)患者骨髓细胞HB-1基因的表达水平以及HB-1基因在监测ALL微小残留病(MRD)方面的意义。方法:建立实时荧光定量RT-PCR方法(Taqman探针),检测HB-1基因的表达水平,并对其灵敏度、特异性和重复性进行检测。... 目的:探讨急性淋巴细胞白血病(ALL)患者骨髓细胞HB-1基因的表达水平以及HB-1基因在监测ALL微小残留病(MRD)方面的意义。方法:建立实时荧光定量RT-PCR方法(Taqman探针),检测HB-1基因的表达水平,并对其灵敏度、特异性和重复性进行检测。应用此方法检测了急性淋巴细胞白血病183例次,急性髓系白血病(AML)70例,血液系统非恶性疾病52例和造血干细胞健康供者24例的骨髓细胞HB-1基因的表达水平,并分析33例急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)患者HB-1基因的表达水平与疾病诊断、复发的相关性。结果:构建的实时荧光定量PCR方法的灵敏度达10-4水平,批间变异系数为6.79%,批内变异系数为4.80%。检测到HB-1基因特异性表达于B-ALL细胞:初发/复发B-ALL中HB-1基因表达的中位水平明显高于ALL完全缓解组、初发T-ALL、初发AML、血液系统非恶性病及健康骨髓供者(33.0%vs 0.68%、0.07%、0.02%、0.58%、0,P<0.01),而初发TALL、初发AM L、血液系统非恶性疾病和健康供者HB-1基因的表达水平无统计学差异(P>0.05)。B-ALL患者血液学缓解时HB-1基因水平明显下降至0.68%(0-7.99%),疾病复发时HB-1表达水平再次升高(共3例,HB-1分别为7.69%、8.08%和484.0%),其检测结果与流式细胞学检测结果变化一致。结论:HB-1基因特异性表达于B-ALL细胞,所建立的实时荧光定量RT-PCR法在检测骨髓细胞HB-1基因的表达水平方面具有很好的灵敏度、特异性和重复性。HB-1基因可作为B-ALL患者的临床检测、监测MRD和早期预测复发的分子学标志。 展开更多
关键词 急性白血病 HB-1基因 实时荧光定量rt-pcr
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