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High-throughput Sequencing Technology and Its Application 被引量:11
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作者 Zhu Qiang-long Liu Shi +1 位作者 Gao Peng Luan Fei-shi 《Journal of Northeast Agricultural University(English Edition)》 CAS 2014年第3期84-96,共13页
Gene sequencing is a great way to interpret life, and high-throughput sequencing technology is a revolutionary technological innovation in gene sequencing researches. This technology is characterized by low cost and h... Gene sequencing is a great way to interpret life, and high-throughput sequencing technology is a revolutionary technological innovation in gene sequencing researches. This technology is characterized by low cost and high-throughput data. Currently, high-throughput sequencing technology has been widely applied in multi-level researches on genomics, transcriptomics and epigenomics. And it has fundamentally changed the way we approach problems in basic and translational researches and created many new possibilities. This paper presented a general description of high-throughput sequencing technology and a comprehensive review of its application with plain, concisely and precisely. In order to help researchers finish their work faster and better, promote science amateurs and understand it easier and better. 展开更多
关键词 high-throughput sequencing data analysis genome sequence transcriptome sequence BIOINforMATICS
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基于高通量测序技术对口腔扁平苔藓患者相关癌变差异LncRNAs的筛选与分析 被引量:1
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作者 董文亮 黄一丹 +2 位作者 郭文卓 杨慧霞 张敬 《实用口腔医学杂志》 北大核心 2025年第1期80-87,共8页
目的:筛选并分析口腔扁平苔藓(OLP)黏膜组织的长链非编码RNAs(LncRNAs)的癌变相关差异性表达谱,并对其功能进行初步分析,探索其在OLP发生发展过程中可能的作用。方法:收集OLP(糜烂型)病损黏膜组织和正常黏膜组织各5例,应用高通量测序技... 目的:筛选并分析口腔扁平苔藓(OLP)黏膜组织的长链非编码RNAs(LncRNAs)的癌变相关差异性表达谱,并对其功能进行初步分析,探索其在OLP发生发展过程中可能的作用。方法:收集OLP(糜烂型)病损黏膜组织和正常黏膜组织各5例,应用高通量测序技术构建OLP中基因差异表达谱,生物信息学分析得到与口腔扁平苔藓癌变关系密切的LncRNAs。结果:筛选获得400个与OLP相关的LncRNAs,其中250个表达上调,150个表达下调,得到5个与口腔扁平苔藓癌变相关的差异表达LncRNAs:54055、100128560、399717、378825、100130231。结论:筛选得到的OLP病损黏膜中差异表达LncRNAs400个,发现其中5个LncRNAs可能与OLP发病、癌变倾向相关。 展开更多
关键词 长链非编码RNAs 口腔扁平苔藓 高通量测序 生物信息学分析 癌变
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低温大曲感官特征及其细菌群落结构解析
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作者 赵恒 蔡文超 +4 位作者 余培荣 陈炜 单春会 张海波 郭壮 《中国酿造》 北大核心 2025年第5期113-119,共7页
该研究采用电子鼻和电子舌技术与Mi Seq高通量测序技术测定山东省梁山地区低温大曲的感官特征和细菌群落结构,并分析两者之间的相关性。将其与襄阳地区低温大曲的细菌类群进行比较,并通过纯培养技术及分子生物学技术从中分离鉴定芽孢杆... 该研究采用电子鼻和电子舌技术与Mi Seq高通量测序技术测定山东省梁山地区低温大曲的感官特征和细菌群落结构,并分析两者之间的相关性。将其与襄阳地区低温大曲的细菌类群进行比较,并通过纯培养技术及分子生物学技术从中分离鉴定芽孢杆菌(Bacillus)菌株。结果表明,梁山低温大曲中的挥发性香气成分主要体现在硫化物、乙醇和醛酮类物质上;咸味和鲜味较为突出,酸味和鲜的回味较弱。优势细菌属主要为片球菌属(Pediococcus)(25.33%)、魏斯氏菌属(Weissella)(21.58%)和伴生乳杆菌属(Companilactobacillus)(5.27%)。Pediococcus、乳植杆菌属(Lactiplantibacillus)和发酵剂乳杆菌属(Levilactobacillus)与苦味或苦的回味呈显著正相关(P<0.05)。与襄阳低温大曲相比,梁山低温大曲中的细菌菌群丰富度较低,芽孢杆菌含量较少,乳酸菌含量较高;共有的细菌类群包括芽孢杆菌、克罗彭斯特德菌属(Kroppenstedtia)和部分乳酸菌。从梁山低温大曲中共分离鉴定出8株芽孢杆菌,包括3株地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)、2株索诺拉沙漠芽孢杆菌(Bacillus sonorensis)、2株副地衣芽孢杆菌(Bacillus paralicheniformis)和1株海恩斯氏芽孢杆菌(Bacillus haynesii)。 展开更多
关键词 低温大曲 电子鼻 电子舌 MiSeq高通量测序 细菌类群 结构解析
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青藏高原不同分布区独一味根际土壤理化性质和微生物群落特征 被引量:1
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作者 路岳衡 耿贵工 +1 位作者 王路昊 乔枫 《草业科学》 北大核心 2025年第3期561-576,共16页
独一味(Lamiophlomis rotata)是青藏高原特有的重要药用植物,探究独一味根际土壤的理化性质及其微生物群落的组成特点,对于开发和推广青藏高原特色生物资源有着重要价值。以青藏高原5个独一味主产区根际土壤为研究对象,测定土壤理化指... 独一味(Lamiophlomis rotata)是青藏高原特有的重要药用植物,探究独一味根际土壤的理化性质及其微生物群落的组成特点,对于开发和推广青藏高原特色生物资源有着重要价值。以青藏高原5个独一味主产区根际土壤为研究对象,测定土壤理化指标。同时采用高通量测序技术,结合Spearman、RDA等方法开展微生物群落组成及多样性研究。结果表明:1)独一味适宜在中性偏碱的土壤中生长。2)Candidatus_Udaeobacter、RB41属和赤芍铁杆属(Ferruginibacter)是独一味根际土壤中的优势细菌属;被孢霉属(Mortierella)、寡囊盘菌属(Thelebolus)和地霉菌属(Geotrichum)为独一味根际土壤中的优势真菌属。3)不同地区独一味根际土壤细菌和真菌群落的多样性和丰富度存在显著差异(P<0.05):杂多地区土壤细菌群落丰度最高,大武地区土壤细菌群落丰度最低;大武地区土壤真菌群落的多样性最为丰富,歇武地区土壤真菌群落多样性最低。4)有机碳与全氮含量是影响独一味根际土壤微生物群落分布的关键土壤环境因子。5)细菌Candidatus_Udaeobacter、Telmatobacter、Flaviaesturariibacter和真菌Seimatosporium、Ochronectria为独一味根际土壤的关键核心菌群。研究结果为筛选独一味促生或生防有益功能菌提供了理论依据。 展开更多
关键词 独一味 根际土壤 高通量测序 微生物多样性 核心微生物 相关性分析 冗余分析
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临床基因组测序解读与报告专家共识
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作者 卢宇蓝 李国壮 +31 位作者 王雅琼 徐可欣 董欣然 蔡继昊 吴冰冰 王慧君 方萍 王剑 王华 孙路明 叶勇裕 李晴 刘雅萍 刘丽 刘宁 刘嘉琦 宋昉 杨琳 邱正庆 陈泽夫 罗华夏 郭丹 郝婵娟 赵森 黄尚志 彭镜 蔡小强 睢瑞芳 李林康 吴南 周文浩 张抒扬 《遗传》 北大核心 2025年第3期314-328,共15页
基因组测序(genome sequencing,GS)是一种全面且系统地检测个体核基因组和线粒体基因组DNA序列的技术,旨在识别遗传变异并研究这些变异在人类健康和疾病发生发展中的作用。作为一种应用越来越广泛的检测技术,GS凭借高通量、高准确性和... 基因组测序(genome sequencing,GS)是一种全面且系统地检测个体核基因组和线粒体基因组DNA序列的技术,旨在识别遗传变异并研究这些变异在人类健康和疾病发生发展中的作用。作为一种应用越来越广泛的检测技术,GS凭借高通量、高准确性和全面性的优势,为临床诊断提供了重要支持。然而,其复杂的数据分析与解读对专业知识和经验提出了较高要求,也带来了诸多挑战。运用GS技术进行遗传病分子诊断会涉及临床应用的伦理与技术问题,包括知情同意、诊断性数据解读、报告范围和内容等。本专家共识总结了临床基因组测序(clinical GS,c GS)的核心流程,明确了检测范围与技术局限性,提供了数据质控、分析、注释及变异解读的关键步骤,并对报告内容和知情同意的争议性问题展开讨论。本共识旨在帮助相关从业人员正确理解和规范使用临床基因组测序技术,提升遗传病诊断的准确性,优化技术的临床效用,推动医学科学研究的进步。 展开更多
关键词 遗传罕见病 基因组测序 高通量测序数据分析 变异解读 遗传检测报告
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高通量测序在柑橘病毒鉴定与种群多样性分析中的应用
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作者 李向 杨进 +2 位作者 黄爱军 周俊 易龙 《果树学报》 北大核心 2025年第3期651-661,共11页
中国柑橘产业在全球占据至关重要的地位,然而,柑橘病毒病却给该产业带来了严重的经济损失。随着病毒种类的不断增多,快速、准确地对病毒进行鉴定及遗传多样性分析变得愈发关键。高通量测序(High-Throughput Sequencing,HTS)技术,具有高... 中国柑橘产业在全球占据至关重要的地位,然而,柑橘病毒病却给该产业带来了严重的经济损失。随着病毒种类的不断增多,快速、准确地对病毒进行鉴定及遗传多样性分析变得愈发关键。高通量测序(High-Throughput Sequencing,HTS)技术,具有高通量、高效快速以及效益高的优势,逐渐成为了鉴定柑橘病毒的核心技术手段。HTS技术的应用不仅成功揭示了多种新病毒的存在,还深入挖掘了已知病毒的全基因组信息,提供了大量的基因序列数据,极大地推动了柑橘病毒在遗传变异、进化关系以及生态系统作用等方面的研究。展望未来,随着技术的发展和优化,HTS将在柑橘病毒鉴定与种群多样性分析中发挥更为重要的作用,为柑橘产业的可持续发展提供坚实的支撑。综述了HTS技术在柑橘病毒检测与鉴定,以及种群多样性分析方面的最新进展,并深入探讨了当前面临的挑战、未来的发展前景及其意义。 展开更多
关键词 柑橘 高通量测序技术 柑橘病毒 种群多样性分析
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血浆游离DNA检测对非小细胞肺癌靶向治疗相关基因筛选及患者预后预测的研究
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作者 邓绮玲 宋迪 +3 位作者 奚可欣 谢晓婷 吴小延 赵卫 《中国癌症杂志》 北大核心 2025年第4期355-364,共10页
背景与目的:肿瘤患者血浆游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)高通量检测广泛用于肿瘤靶向治疗相关基因的筛选。本研究探讨cfDNA中Ⅰ类及Ⅱ类靶向治疗相关基因变异类型及数量与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患癌预后的关系... 背景与目的:肿瘤患者血浆游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)高通量检测广泛用于肿瘤靶向治疗相关基因的筛选。本研究探讨cfDNA中Ⅰ类及Ⅱ类靶向治疗相关基因变异类型及数量与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患癌预后的关系。方法:收集2021年—2023年在中山大学肿瘤防治中心进行血浆cfDNA高通量测序项目的NSCLC患者的测序结果及临床资料,并对入组患者从2021年6月1日采集血浆当天开始截至2024年5月27日进行生存随访,并使用GraphPad Prism 8.0及SPSS Statistics 25.0对患者生存期与临床资料及测序结果中Ⅰ类与Ⅱ类靶向治疗相关基因类型及数目进行单因素及多因素统计学分析(伦理批号:B2024-359-01)。结果:313例NSCLC患者中确诊时分期Ⅰ期25例(7.98%)、Ⅱ期20例(6.39%)、Ⅲ期38例(12.14%)和Ⅳ期230例(73.48%);组内NSCLC分型包含腺癌(90.10%),鳞癌(5.11%),大细胞癌(2.87%)及其他分型(1.92%);入组的NSCLC患者血浆cfDNA中Ⅰ类与Ⅱ类靶向治疗相关基因数及占比分别为:0个(25.24%)、1个(17.57%)、2个(19.17%)、3个(14.38%)、4个(8.31%)、5个及以上(15.34%)。患者血浆cfDNA高通量测序检测结果中,突变频率最高的3个基因分别为EGFR、TP53、ERBB2基因,其中EGFR基因突变频率为36.04%,TP53基因突变频率为30.63%,ERBB2基因突变频率为4.95%。患者生存期不仅与热点靶向基因表达情况相关,与血浆cfDNA高通量测序中Ⅰ类和Ⅱ类靶向相关位点基因变异个数也呈正相关。经过治疗后无靶向治疗相关基因的位点变异比有靶向治疗相关基因的位点变异的患者的生存期长,死亡风险可降低63.2%。而单纯一个基因位点变异比多个驱动基因位点变异的患者的生存期长,死亡风险更低,所测得的Ⅰ类及Ⅱ类靶向治疗药物在3个基因数以内,基因数目越少,患者的生存期越长。结论:血浆cfDNA高通量测序中Ⅰ类和Ⅱ类靶向相关位点基因变异个数对经过治疗后的NSCLC患者的生存期有影响。血浆cfDNA高通量测序检测可作为患者预后的评估指标。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 血浆游离DNA 高通量测序 基因突变位点 靶向治疗药物筛选 生存分析
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中高温大曲贮存期间理化指标及微生物群落动态分析 被引量:1
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作者 孙亮霞 王生艳 +3 位作者 林一心 赵新民 尉军强 唐云 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第7期122-128,共7页
深入了解中高温大曲贮存期间理化指标以及微生物群落的演替规律,对更好地控制大曲的品质以及提高原酒出酒率具有重要意义。该研究从西北某浓香型制曲车间采集了不同贮存期的4个样品,在对其理化指标评价的基础上,通过MiSep高通量测序,解... 深入了解中高温大曲贮存期间理化指标以及微生物群落的演替规律,对更好地控制大曲的品质以及提高原酒出酒率具有重要意义。该研究从西北某浓香型制曲车间采集了不同贮存期的4个样品,在对其理化指标评价的基础上,通过MiSep高通量测序,解析大曲贮存过程中微生物群落的多样性。结果表明,在贮存过程中(0~3个月)大曲的水分含量为11%~12%,酸度在贮存90 d后达到0.75 mmol/10 g,相对刚出房时,其成曲样品提高了66.7%;大曲的微生物丰富度和多样性均先降低再回升:高温放线菌属(Thermoactinomyces,55.33%)、糖多孢菌属(Saccharopolyspora,21.70%)和嗜热真菌属(Thermomyces,59.33%)占主导地位,乳杆菌属(Lactobacillus)和魏斯氏菌属(Weissella)的相对含量随贮存时间的推移总体呈上升趋势。关联性分析表明,乳杆菌属、糖多孢菌属、魏斯氏菌属、曲霉属(Aspergillus)和威克汉姆酵母属(Wickerhamomyces)等与糖化力呈现正相关关系,嗜热真菌属与液化力、发酵力、酯化力呈现正相关关系。由此可见,在大曲贮存过程中,微生物群落结构不断调整、平衡以至稳定,同时这与理化指标也存在相关性,从而直接影响白酒的产量和品质。因此,中高温大曲的贮存是白酒生产中不可缺少的环节。 展开更多
关键词 大曲 贮存 理化指标 高通量测序 微生物群落 关联性分析
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四种复种模式对烟草黑胫病发生及土壤细菌群落多样性的影响
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作者 黄思菁 肖金讯 +4 位作者 杨磊 肖楚文 宋潇瑜 朱丹丹 杨友才 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第3期9-15,49,共8页
本研究采用16S rRNA基因高通量测序,比较分析4种复种模式(烤烟–大豆、烤烟–玉米、烤烟–水稻、烤烟–秋季休耕)下土壤细菌群落结构组成差异及其与烟草黑胫病发病率的关系。结果表明:烤烟–大豆(D)、烤烟–玉米(Y)和烤烟–水稻(S)复种... 本研究采用16S rRNA基因高通量测序,比较分析4种复种模式(烤烟–大豆、烤烟–玉米、烤烟–水稻、烤烟–秋季休耕)下土壤细菌群落结构组成差异及其与烟草黑胫病发病率的关系。结果表明:烤烟–大豆(D)、烤烟–玉米(Y)和烤烟–水稻(S)复种模式下烟草黑胫病发病率分别为59.35%、39.81%和27.17%,均显著低于烤烟–秋季休耕(L)模式的(80.22%);L、D、Y、S复种模式的土壤细菌群落多样性依次增加;变形菌门、绿弯菌门和酸杆菌门是烟田土壤细菌群落中的优势菌门,朱氏杆菌属、罗河杆菌属、非培养酸杆菌和嗜酸杆菌属为共有优势属,不同复种模式的优势菌门和共有优势属相对丰度有差异;相比于L模式,其他3种复种模式下朱氏杆菌属、罗河杆菌属、酸热菌属的相对丰度下降明显;候选物种土源菌属、厌氧绳菌属和嗜盐囊菌属的相对丰度有所上升;朱氏杆菌属、罗河杆菌属、酸热菌属和厚皮杆菌属的丰度与黑胫病发病率呈显著正相关,候选物种土源菌属、厌氧绳菌属和嗜盐囊菌属的丰度与黑胫病发病率呈显著负相关。与烤烟–秋季休耕模式相比,另外3种复种轮作模式可以塑造有利于抵抗病害的土壤细菌群落结构,从而减少烤烟黑胫病的发生。 展开更多
关键词 烤烟 高通量测序 细菌群落 复种模式 多样性分析
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青钱柳水提物对面团发酵的影响
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作者 陈菲菲 孙举志 +3 位作者 李红英 樊奕 樊磊 邹迎春 《粮食与油脂》 北大核心 2025年第3期26-33,54,共9页
以青钱柳水提物为原料,研发一种低血糖生成指数(GI)老面。对含青钱柳水提物的青钱柳老面面团(样品A)、青钱柳老面面团(样品B)、老面面团(样品C)以及干酵母面团(样品D)采用高通量测序的方法进行微生物菌群分析,通过顶空萃取结合GC-MS分... 以青钱柳水提物为原料,研发一种低血糖生成指数(GI)老面。对含青钱柳水提物的青钱柳老面面团(样品A)、青钱柳老面面团(样品B)、老面面团(样品C)以及干酵母面团(样品D)采用高通量测序的方法进行微生物菌群分析,通过顶空萃取结合GC-MS分析发酵过程中挥发性物质的变化,并对二者进行相关性分析。结果表明:样品A的发酵时长比样品B、C短,且风味物质种类比样品D多;青钱柳水提物的添加有利于乳酸杆菌(Lactobacillus)的增殖及挥发性酸类物质的积累,降低了面团细菌菌群的多样性,减少了挥发性物质的种类,却并不影响面团真菌菌群的多样性,且真菌菌群曲霉属(Aspergillus)、毛霉(Mucor)等7种菌属有利于酸类、酮类、醚类及呋喃类挥发性物质的积累。 展开更多
关键词 青钱柳 高通量测序 挥发性物质 相关性分析
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基于高通量测序技术四种不同酒曲发酵酒醅真菌菌群研究
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作者 王佳佳 杨玉玲 +2 位作者 李术钗 张婷婷 杨军 《中国酿造》 北大核心 2025年第4期127-131,共5页
该研究利用苗家酒曲(MJ)、安琪酒曲(AQ)、伍曲香(WQ)、广西中草药酒曲(ZY)发酵酒醅,采用高通量测序技术分析比较不同酒醅的真菌菌群多样性,考察不同酒曲对酒醅真菌菌群的影响。结果表明,4种酒醅中真菌菌群归属于5个门、24个属,优势真菌... 该研究利用苗家酒曲(MJ)、安琪酒曲(AQ)、伍曲香(WQ)、广西中草药酒曲(ZY)发酵酒醅,采用高通量测序技术分析比较不同酒醅的真菌菌群多样性,考察不同酒曲对酒醅真菌菌群的影响。结果表明,4种酒醅中真菌菌群归属于5个门、24个属,优势真菌门(相对丰度>1%)均为毛霉门(Mucoromycota)和子囊菌门(Ascomycota),共有的优势真菌属为根霉属(Rhizopus)和未分类属(unidentified),此外,AQ发酵酒醅中的优势真菌属还包括未分类酵母目(unclassified_Saccharomycetales)、假丝酵母属(Candida)、曲霉属(Aspergillus)、毕赤酵母属(Pichia);MJ发酵酒醅中优势真菌属还包括Cyberlindnera、曲霉属、酵母菌属(Saccharomyces);WQ发酵酒醅的中优势真菌属还包括曲霉属、红曲霉属(Monascus)、横梗霉属(Lichtheima);ZY发酵酒醅中优势真菌属还包括横梗霉属、红曲霉属、假丝酵母菌属。主坐标分析(PCoA)结果表明,MJ和WQ发酵酒醅的真菌菌群结构相似,但与AQ、ZY发酵酒醅差异较大。相关性分析结果表明,unclassified-Fungi、unidentified、Rhizopus、Cyberlindnera与其他物种联系紧密。 展开更多
关键词 酒曲 酒醅 高通量测序 真菌菌群 相关性分析
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不同地区来源浓香型白酒窖泥古菌群落结构分析
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作者 马龙 燕伟 +3 位作者 王淑玉 林一心 尉军强 唐云 《中国酿造》 北大核心 2025年第2期185-190,共6页
该研究以甘肃陇南(JH)、四川宜宾(LZ、YQ、XG)、四川成都(TC)地区浓香型白酒厂的窖泥样品为研究对象,基于高通量测序技术分析窖泥古菌菌群多样性,并采用主成分分析(PCA)和层次聚类分析(HCA)探究不同地区酒厂窖泥古菌菌群的差异性。结果... 该研究以甘肃陇南(JH)、四川宜宾(LZ、YQ、XG)、四川成都(TC)地区浓香型白酒厂的窖泥样品为研究对象,基于高通量测序技术分析窖泥古菌菌群多样性,并采用主成分分析(PCA)和层次聚类分析(HCA)探究不同地区酒厂窖泥古菌菌群的差异性。结果表明,5种窖泥样品的操作分类单元(OTUs)分布情况类似,其中,LZ窖泥样品的古菌菌群丰富度和多样性均最高。在门水平上,5种窖泥样品中的绝对优势菌门均为广古菌门(Euryarchaeota)(相对丰度均>99%)。在属水平上,共有的优势古菌属为甲烷杆菌属(Methanobacterium)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)(相对丰度均≥10%)。此外,样品TC和JH的优势古菌属还包括甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)(相对丰度分别为18.90%、25.18%);样品LZ的优势古菌属还包括甲烷囊菌属(Methanoculleus)(相对丰度为34.25%)和拟甲烷球菌属(Methanomethylophilus)(相对丰度为18.87%)。PCA及HCA结果表明,样品JH、TC之间及样品XG、YQ之间的古菌菌群结构相似,样品LZ的古菌菌群结构与其余窖泥样品存在较大差异。 展开更多
关键词 浓香型白酒 窖泥 古菌群落 高通量测序 层次聚类分析
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基于高通量测序技术的活性干酵母中的微生物多样性分析
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作者 李艳丽 江一飞 +3 位作者 秦磊磊 胡艳 张小骥 韩淑君 《安徽农学通报》 2025年第5期93-96,共4页
为明确酵母产品的菌相构成,本研究采用纯培养法和高通量测序技术对活性干酵母及其原料糖蜜和酵母蛋白胨的微生物多样性进行分析。纯培养法结果表明,活性干酵母的主要微生物菌群为葡萄球菌和乳酸乳球菌。高通量测序结果表明,活性干酵母... 为明确酵母产品的菌相构成,本研究采用纯培养法和高通量测序技术对活性干酵母及其原料糖蜜和酵母蛋白胨的微生物多样性进行分析。纯培养法结果表明,活性干酵母的主要微生物菌群为葡萄球菌和乳酸乳球菌。高通量测序结果表明,活性干酵母的主要微生物菌群为杆菌属、明串珠菌属、魏斯氏菌属、葡萄球菌属以及威克汉姆酵母属;糖蜜的主要微生物菌群为明串珠菌属、威克汉姆酵母属和结合酵母属;酵母蛋白胨的主要微生物菌群为葡萄球菌属、威克汉姆酵母属。研究结果为了解活性干酵母的菌相成分提供参考,为有针对性地在酵母发酵中对杂菌进行精准地抑制提供一定参考。 展开更多
关键词 活性干酵母 菌相分析 高通量测序 微生物多样性
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圈养西太平洋斑海豹口腔菌群多样性分析
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作者 王玉英 杨翠华 +5 位作者 杨敏 程培赛 魏巍 黄大鹏 靳鹏 李超 《中国动物检疫》 2025年第5期45-51,共7页
为分析圈养西太平洋斑海豹口腔菌群的种类与多样性分布特征,采用一次性植绒拭子,采集人工饲养环境下的西太平洋斑海豹口腔菌群样品,提取样品总核酸,然后采用高通量测序方法检测所采集样品中的菌群丰度及种类。结果显示:人工圈养斑海豹... 为分析圈养西太平洋斑海豹口腔菌群的种类与多样性分布特征,采用一次性植绒拭子,采集人工饲养环境下的西太平洋斑海豹口腔菌群样品,提取样品总核酸,然后采用高通量测序方法检测所采集样品中的菌群丰度及种类。结果显示:人工圈养斑海豹口腔中的菌群涵盖28门53纲126目217科418属;丰度较高的有拟杆菌门(33.76%)、变形菌门(28.07%)、梭杆菌门(22.59%)、厚壁杆菌门(8.35%)、放线菌门(2.42%)、髌骨菌门(2.22%)以及弯曲杆菌门(1.00%)等,共计占斑海豹口腔总微生物门数的98%以上。从编号为Xin1、CB1、XB2及DD2的样品中分别鉴别获得858、910、806和892个菌种,其中368个菌种为4个样品共有,约占所有检出菌的10.6%。此外,样品Xin1特有菌种216个,CB1特有菌种330个,XB2特有菌种204个,DD2特有菌种238个。结果表明,人工圈养西太平洋斑海豹口腔中的菌群多样性较高,且在同一人工饲养环境下不同斑海豹口腔中的菌群存在一定的共性和特性。本研究为人工饲养环境下斑海豹口腔疾病的诊断和治疗提供了理论依据。 展开更多
关键词 高通量测序 西太平洋斑海豹 口腔菌群 多样性分析
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基于高通量测序技术分析不同窖龄窖泥真菌群落多样性与空间异质性 被引量:10
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作者 任海伟 李志娟 +7 位作者 刘美琪 蔡早宁 孙一帆 郭晓鹏 范文广 张丙云 李彦涛 尉军强 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第2期178-187,共10页
利用Illumina NovaSeq高通量测序、冗余分析和FUNGuild等方法对甘肃金徽酒10a和50a窖龄窖池及其不同空间位置窖泥的真菌群落结构、真菌菌群与理化因子之间的关系以及真菌功能预测等进行研究。结果表明,随着窖池深度的增加,10 a窖池窖泥... 利用Illumina NovaSeq高通量测序、冗余分析和FUNGuild等方法对甘肃金徽酒10a和50a窖龄窖池及其不同空间位置窖泥的真菌群落结构、真菌菌群与理化因子之间的关系以及真菌功能预测等进行研究。结果表明,随着窖池深度的增加,10 a窖池窖泥的多样性和丰富度呈现降低趋势,50 a窖池窖泥的多样性整体呈现升高趋势,而丰富度则呈现先降低后升高趋势,其中10a窖池窖壁上层的多样性和丰富度均显著高于其他位置(P<0.05),而50a窖池窖底层的多样性和丰富度均显著高于其他位置(P<0.05)。10a窖池窖壁层的多样性和丰富度显著高于50a窖池(P<0.05),而50a窖底层的多样性和丰富度明显高于10a窖池(P<0.05)。所有窖泥样品共检测到21个真菌门和520个真菌属,其中子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、被孢霉门(Mortierellomycota)和罗兹菌门(Rozellomycota)4个优势真菌门以及曲霉属(Aspergillus)和哈萨克斯坦酵母属(Kazachstania)等多数优势真菌属的相对丰度随窖池窖龄和空间位置的变化差异显著(P<0.05)。镰刀霉属(Fusarium)、Aspergillus、Kazachstania和红曲霉属(Monascus)与水分、腐殖质、K^(+)和Ca^(2+)含量呈正相关,枝孢菌属(Cladosporium)、维希尼克氏酵母属(Vishniacozyma)与pH值呈正相关。窖泥真菌营养类型主要有腐生营养型和病理-腐生-共生营养型等7种,功能类群包括4个单一功能群和7个混合功能群。通过系统分析不同窖龄窖池和空间位置的窖泥真菌群落多样性,为明确甘肃金徽酒窖泥的真菌群落结构及空间分布规律奠定了理论基础。 展开更多
关键词 窖泥 高通量测序 真菌群落 冗余分析 功能预测
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不同品种小麦中温大曲真菌群落多样性及其品质分析 被引量:3
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作者 侯小歌 惠明 +6 位作者 王文琪 韩朝阳 郭福利 胡新 孙西玉 李瑞芳 潘春梅 《中国酿造》 CAS 北大核心 2024年第7期162-170,共9页
该研究采用相关国标法测定5个品种小麦的主要品质指标,采用高通量测序技术分析5种小麦中温大曲的真菌菌群多样性,并对其感官品质和理化特性进行测定比较,进一步考察小麦主要品质指标、大曲理化特性与主要真菌属间的相关性。结果表明,中... 该研究采用相关国标法测定5个品种小麦的主要品质指标,采用高通量测序技术分析5种小麦中温大曲的真菌菌群多样性,并对其感官品质和理化特性进行测定比较,进一步考察小麦主要品质指标、大曲理化特性与主要真菌属间的相关性。结果表明,中筋小麦中温大曲具有较高的感官综合评分、优良的理化特性和最高的真菌菌群丰富度。从5种小麦中温大曲中共注释到3个优势真菌门和12个优势真菌属,共有的主要优势真菌属为嗜热真菌属(Thermomyces)、曲霉属(Aspergillus)、伊萨酵母属(Issatchenkia)、Cutaneotrichosporon和假丝酵母属(Candida)。中筋小麦大曲含有丰度较为均衡的4种共有优势真菌属,而粉质率高的强筋小麦大曲含有最低丰度的曲霉属。8个优势真菌属与大曲理化特性存在一定相关性;小麦粗蛋白和湿面筋含量显著正相关于枝孢属(Cladosporium)(P<0.05),而显著负相关于Apiotrichum、节担菌属(Wallemia)、未分类的小囊菌科(unclassified_f_Microascaceae)及子囊菌门(unclassified_p_Ascomycota)(P<0.05),淀粉含量与优势真菌属的相关性则与上述相反,粉质率也影响部分真菌属。 展开更多
关键词 小麦 中温大曲 理化特性 品质指标 真菌群落 高通量测序 相关性分析
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瘤胃酸中毒对山羊胃肠道功能、形态和菌群的影响 被引量:2
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作者 张道亮 丁红研 +8 位作者 王留幸 邰文俊 孔昊 赵畅 冯士彬 王希春 薛艳锋 吴金节 李玉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期4760-4772,共13页
旨在通过诱导瘤胃酸中毒模型,探究瘤胃酸中毒对山羊胃肠道组织和菌群结构的影响。本试验选取8只健康波尔山羊为试验对象,对照组4只,造模后的酸中毒组4只。通过瘤胃插管灌服玉米面的方法构建山羊瘤胃酸中毒模型。取胃肠道组织进行HE染色... 旨在通过诱导瘤胃酸中毒模型,探究瘤胃酸中毒对山羊胃肠道组织和菌群结构的影响。本试验选取8只健康波尔山羊为试验对象,对照组4只,造模后的酸中毒组4只。通过瘤胃插管灌服玉米面的方法构建山羊瘤胃酸中毒模型。取胃肠道组织进行HE染色、RT-qPCR和Western blot检测,探究瘤胃酸中毒对山羊消化道组织形态、功能蛋白的影响。另外分别取瘤胃液和盲肠内容物,应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定样本中细菌的16S rRNA,分析酸中毒对山羊胃肠道细菌群落组成的影响。结果显示:与对照组相比,酸中毒组山羊的瘤胃和小肠的组织形态出现损伤,其结构完整性被破坏;瘤胃和十二指肠中的MCT1 mRNA相对表达量和蛋白质表达量均极显著升高(P<0.01),而SLC5A8 mRNA相对表达量和蛋白表达量均极显著降低(P<0.01)。对瘤胃内容物进行高通量测序后,相较于对照组,酸中毒组Alpha多样性分析中Shannon指数显著低(P<0.05),拟杆菌门(Bacteroidetes)、互养菌门(Synergistetes)的相对丰富度极显著降低(P<0.01),纤维杆菌门(Fibrobacteres)、软壁菌门(Tenericutes)的相对丰度显著升高(P<0.05),瘤球菌属(Ruminococcus)、普雷沃氏菌属(Prevotella)的相对丰富度显著降低(P<0.05)。对盲肠内容物高通量测序后,与对照组相比,酸中毒组的瘤胃球菌属(Ruminococcus)、颤螺旋菌属(Oscillospira)的相对丰富度显著降低(P<0.05),梭菌属(Clostridium)相对丰富度显著升高(P<0.05)。综上可知,瘤胃酸中毒可使山羊消化道组织形态完整性破坏,相关蛋白表达受影响,导致消化道菌群结构发生紊乱。 展开更多
关键词 山羊 瘤胃酸中毒 胃肠道形态 高通量测序 菌群分析
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不同醇化时间对片烟原料附生细菌种群多样性及质量的影响 被引量:1
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作者 崔钰杰 邹克兴 +3 位作者 陈义昌 刘领 王小东 梁伟 《山东农业科学》 北大核心 2024年第2期77-85,共9页
以广西百色、湖南郴州地区醇化不同时间(0、12、24、36个月)的片烟原料为试验材料,利用高通量测序分析技术,对片烟进行微生物群落多样性、群落组成、物种差异及功能分析,并通过近红外光谱法检测其化学质量。结果显示,测序片烟附生细菌... 以广西百色、湖南郴州地区醇化不同时间(0、12、24、36个月)的片烟原料为试验材料,利用高通量测序分析技术,对片烟进行微生物群落多样性、群落组成、物种差异及功能分析,并通过近红外光谱法检测其化学质量。结果显示,测序片烟附生细菌种群丰富,共鉴定出28个门、548个属,优势菌门为变形菌门、厚壁菌门和放线菌门,优势菌属为假单孢属、未分类的产菌科属、硫杆菌属、鞘氨醇单胞菌属、黄色单胞菌属、代尔夫特属、水生微生物属。物种差异化分析显示,鞘氨醇单胞菌属、迪凯亚属、马西利亚属三个菌属在各处理间差异显著,且在醇化0月片烟样本中占比最高。功能分析鉴定出化学异养、好氧化异养、暗氧化硫化合物、暗硫化物氧化、硝酸盐还原功能占主导功能,且两个地区间功能多样性构成类似。化学质量分析显示,随着醇化时间的延长片烟有机成分得到提升,附生微生物加速了烟叶醇化。综上,测序片烟原料附生细菌种群多样性高,醇化0月片烟细菌种群的多样性、群落组成和功能多样性最高,随着醇化时间的延长,微生物与有机成分发生反应加速烟叶的醇化。该结果为进一步复配微生物制剂、探究片烟醇化机理提供参考依据。 展开更多
关键词 醇化时间 片烟原料 高通量测序 多样性分析 质量分析
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巴氏新小绥螨转录组SSR位点分析及开发 被引量:1
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作者 刘辉 李霞 +5 位作者 乌恩 常静 李志平 霍志家 李桂英 武建华 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期689-698,共10页
【目的】开发巴氏新小绥螨(Neoseiulus barkeri)高效氯氟氰菊酯抗药和敏感品系的微卫星(SSR)分子标记,为其抗药性基因遗传分析和抗药性品系的快速鉴定及筛选提供理论基础。【方法】应用MISA对巴氏新小绥螨转录组已注释的Unigenes数据进... 【目的】开发巴氏新小绥螨(Neoseiulus barkeri)高效氯氟氰菊酯抗药和敏感品系的微卫星(SSR)分子标记,为其抗药性基因遗传分析和抗药性品系的快速鉴定及筛选提供理论基础。【方法】应用MISA对巴氏新小绥螨转录组已注释的Unigenes数据进行搜索,高通量挖掘该螨的SSR位点。使用Primer 5.0进行SSR引物设计,随机挑选其中25对引物对巴氏新小绥螨高效氯氟氰菊酯抗性和敏感品系SSR位点基因进行PCR扩增,用重复性和稳定性高的12对引物进行实时荧光定量PCR分析基因表达。【结果】2个品系共获得52741条Unigenes,且SSR位点数量和分布密度一致。共筛选出5483个SSR位点,分布在4276条Unigenes中,发生频率为8.11%。主要重复类型为三核苷酸重复,占SSR总数的43.75%。共发现81种重复基元,其中单核苷酸重复基元A/T出现频率最高,占总量的19.65%。基于筛选出的SSR,共设计出4570对SSR引物,随机挑选的25对引物中有23对可扩增出巴氏新小绥螨高效氯氟氰菊酯抗性和敏感品系的目的基因片段。实时荧光定量PCR扩增结果显示,巴氏新小绥螨高效氯氟氰菊酯抗性品系有8个SSR基因位点的表达量高于敏感品系,其中TRINITY_DN24111_c0_g1基因的相对表达量为4.11,极显著高于敏感品系(1.06)(P<0.001,下同);有4个SSR位点基因的相对表达量低于敏感品系,其中TRINITY_DN20624_c0_g1基因的相对表达量为0.68,极显著低于敏感品系(1.01)。【结论】巴氏新小绥螨转录组SSR位点多态性丰富,已筛选开发出的12对在巴氏新小绥螨抗性和敏感品系中表达量不同的SSR特异性引物可应用于对各地巴氏新小绥螨种群对高效氯氟氰菊酯抗药性的快速检测。 展开更多
关键词 巴氏新小绥螨 SSR 高通量测序 序列分析 表达量
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徐坊中高温大曲发酵过程中理化品质、风味及真菌群落结构变化规律研究 被引量:4
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作者 侯强川 王文航 +2 位作者 徐媛媛 崔梦君 郭壮 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2024年第19期133-141,共9页
中高温大曲是浓香型白酒生产的主要糖化发酵剂,本研究以不同发酵阶段的中高温大曲为研究对象,通过采用国标方法、人工智能传感技术和高通量测序技术,对中高温大曲发酵过程中的理化性质、风味、滋味及真菌群落结构变化进行了综合分析,探... 中高温大曲是浓香型白酒生产的主要糖化发酵剂,本研究以不同发酵阶段的中高温大曲为研究对象,通过采用国标方法、人工智能传感技术和高通量测序技术,对中高温大曲发酵过程中的理化性质、风味、滋味及真菌群落结构变化进行了综合分析,探讨了中高温大曲品质指标与优势真菌属之间的相关关系。研究发现,随着发酵进行,中高温大曲中的水分、有机硫化物、萜烯类、氢氧化物含量以及涩味逐渐降低,而咸味逐渐升高。中高温大曲的真菌群落结构在发酵早期已形成,但是随着发酵进行,真菌群落多样性逐渐降低,同时部分菌属的相对含量亦会发生较大改变。具体而言,复膜孢酵母属(Saccharomycopsis)的相对含量逐渐下降,嗜热子囊菌属(Thermoascus)和假丝酵母属(Candida)的相对含量逐渐升高,并成为了发酵后期的优势菌。普氏分析和相关性分析发现,真菌群落结构与中高温大曲整体的风味指标和滋味指标显著相关(P<0.05)。其中,酿酒酵母与酒曲中芳香类化合物、烷烃芳香成分、乙醇的合成密切相关;嗜热子囊菌属可能具有抑制有机硫化物和萜烯类化合物产生的功能;根霉属(Rhizopus)则具有抑制涩味物质形成的作用。本研究深化了人们对中高温大曲生产过程中真菌群落及品质特性变化规律的认识,同时为相关企业改进产品制作工艺和提高产品品质提供了有益的参考。 展开更多
关键词 中高温大曲 风味品质 高通量测序 真菌群落结构 相关性分析
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