肿瘤转移相关基因cDNA芯片的制备与应用 被引量：24

1

作者 孙青 丁彦青 +2 位作者 高雪芹 闫实 韩金祥 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2002年第12期1070-1075,共6页

目的建立制备肿瘤转移相关基因cDNA基因芯片的方法,并探讨其在肿瘤转移表达谱应用方面的意义。方法选择了399个已知转移相关基因克隆,经PCR扩增纯化后,以Cartesian Pixsys 5500芯片点样仪点布于多聚赖氨酸包被的玻片上;采用Cy3-dUTP和Cy... 目的建立制备肿瘤转移相关基因cDNA基因芯片的方法,并探讨其在肿瘤转移表达谱应用方面的意义。方法选择了399个已知转移相关基因克隆,经PCR扩增纯化后,以Cartesian Pixsys 5500芯片点样仪点布于多聚赖氨酸包被的玻片上;采用Cy3-dUTP和Cy5-dUTP双重荧光标记人大肠癌和肺癌细胞、正常组织、大肠癌和肺癌组织总RNA并与阵列进行杂交。结果经ScanArrayTM 4000共聚焦荧光扫描仪检测,图像背景均匀,信号清晰,效果满意。对大肠癌细胞系和组织标本及肺癌标本表达基因扫描结果行联合聚类分析发现:两种癌的基因表达大多数相同,仅少数有差别,有30种在两种转移癌中呈持续上调或下调的基因,包括运动因子基因、粘附分子、蛋白水解酶、癌基因、抑癌基因、抑制或促进凋亡基因以及诱导血管增生和信号转导的基因等。结论优化的cDNA基因芯片制备技术用于基因表达分析有较高的效率和可靠的实用性能。检测的肿瘤转移相关基因的表达在两种癌无明显差别,表明不同癌其浸润和转移的分子机制大致相同。 展开更多

关键词 肿瘤转移 生物信息学 肿瘤基因 cdna芯片 肠肿瘤 肺癌 基因表达谱

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利用斑茅cDNA芯片研究甘蔗受黑穗病菌侵染后基因差异表达 被引量：5

2

作者 阙友雄 许莉萍 +4 位作者 林剑伟 徐景升 张积森 张木清 陈如凯 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期940-945,共6页

为了解甘蔗抗黑穗病的分子机制,利用斑茅干旱胁迫cDNA芯片检测了甘蔗受黑穗病菌胁迫后的基因差异表达。经杂交,在cDNA芯片的3860个模板中,有效差异表达(Ratio值≥2.0或≤0.5)的基因为101个,其中上调55个,下调46个。部分基因的定量PCR验... 为了解甘蔗抗黑穗病的分子机制,利用斑茅干旱胁迫cDNA芯片检测了甘蔗受黑穗病菌胁迫后的基因差异表达。经杂交,在cDNA芯片的3860个模板中,有效差异表达(Ratio值≥2.0或≤0.5)的基因为101个,其中上调55个,下调46个。部分基因的定量PCR验证表明,芯片杂交结果可靠。上调表达基因经测序、冗余序列剔除,一共获得36个uniqueESTs。已知功能的22个上调表达基因,涉及多条生理代谢途径,如光合作用、离子转运和核酸代谢途径;以及多种分子水平的进程,如基因转录、蛋白质合成与修饰以及细胞信号转导等。另外,还检测到14个未知功能基因。结果表明,甘蔗对黑穗病的抗性具有复杂的机制。本研究为解释甘蔗受黑穗病菌胁迫后的基因差异表达及其网络构建奠定了基础,还为今后系统研究甘蔗对生物与非生物胁迫的响应机制提供技术支持。 展开更多

关键词 甘蔗 黑穗病菌 斑茅 cdna芯片 差异表达基因

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基于cDNA芯片的梨品种S基因型鉴定及新S-RNase基因进化分析 被引量：5

3

作者 江南 张琳 +2 位作者 谭晓风 谭慧 张靖国 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期520-529,共10页

梨品种S基因型鉴定对梨栽培中授粉品种选择和遗传育种都具有重要意义。本研究利用梨S-RNase基因荧光标记的特异引物PCR扩增获得梨品种荧光标记的cDNA特异产物;进一步完善梨S-RNase基因cDNA芯片,以被检测梨品种cDNA特异序列与梨S-RNase基... 梨品种S基因型鉴定对梨栽培中授粉品种选择和遗传育种都具有重要意义。本研究利用梨S-RNase基因荧光标记的特异引物PCR扩增获得梨品种荧光标记的cDNA特异产物;进一步完善梨S-RNase基因cDNA芯片,以被检测梨品种cDNA特异序列与梨S-RNase基因cDNA芯片杂交检测不同梨品种S基因型,并发现新的S-RNase基因。结果表明:利用梨S-RNase基因cDNA芯片鉴定了泸定王皮梨、兴山24号、弥渡百合等35个未知S基因型梨品种,确定了各品种的S基因型。结合PCRRFLP及DNA克隆和测序等技术,发现了7个新的S-RNase基因资源,获得了新S-RNase基因序列。序列分析表明各新S-RNase基因均具有S-RNase基因特异区域序列的典型特征;进化分析显示7个新S-RNase基因主要属于蔷薇科苹果亚科S-RNase类群,且存在种间和属间比种内和属内进化关系更近的现象。7个新的S基因分别命名为:PpS_(53)(Pyrus pyrifolia S53)、PpS_(54)、PpS_(55)、PpS_(56)、PpS_(57)、PpS_(58)和PpS_(59),GenBank登录号分别为:KX581753、KX581754、KX581755、KX581756、KX581757、KX581751和KX581752。 展开更多

关键词 梨 S-RNASE基因 cdna芯片 S基因型 进化分析

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应用cDNA芯片分析79个新基因的人胚组织表达谱 被引量：4

4

作者 马淑华 王敦成 +2 位作者 邹宗亮 沈倍奋 王升启 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第4期532-536,共5页

大规模cDNA测序和生物信息学技术相结合 ,得到来自于商品化的人胚肾cDNA文库 79个代表新基因的表达序列标签 (EST) .随后 ,采用高速度机械手制备这些cDNA的基因芯片 ,用于鉴定 79个新基因的ESTs在2 0周、 2 6周两个胚胎时期 6种组织中... 大规模cDNA测序和生物信息学技术相结合 ,得到来自于商品化的人胚肾cDNA文库 79个代表新基因的表达序列标签 (EST) .随后 ,采用高速度机械手制备这些cDNA的基因芯片 ,用于鉴定 79个新基因的ESTs在2 0周、 2 6周两个胚胎时期 6种组织中的基因表达状况 ,以研究这些EST片段代表的新基因功能提供线索 .通过芯片杂交及结果分析 ,得到同一个组织两个不同时相 8个差异表达的基因 。 展开更多

关键词 cdna芯片 新基因 表达序列标签 差异表达RNA分析 人胚组织表达谱

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cDNA芯片在卵巢癌早诊及临床病理分期中的初步应用探讨 被引量：7

5

作者 陈颖 赵雨杰 辛彦 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2006年第23期1338-1341,共4页

目的:探讨PTEN,nm23H1,VEGF165,Tiam1,MMP-2,Timp2,HE4和S100A4基因在卵巢癌发生和侵袭中的作用。方法:采用cDNA芯片技术分别检测20例卵巢癌和5例正常卵巢组织中上述基因cDNA表达谱差异。结果:PTEN,Timp2和nm23H1cDNA在卵巢癌组织中表... 目的:探讨PTEN,nm23H1,VEGF165,Tiam1,MMP-2,Timp2,HE4和S100A4基因在卵巢癌发生和侵袭中的作用。方法:采用cDNA芯片技术分别检测20例卵巢癌和5例正常卵巢组织中上述基因cDNA表达谱差异。结果:PTEN,Timp2和nm23H1cDNA在卵巢癌组织中表达下调(CY-3/CY-5<0.5);Tiam1,VEGF165,MMP-2,HE4和S100A4cDNA在卵巢癌组织中表达上调(CY-3/CY-5>2.0);且HE4基因表达上调的最为明显(CY-3/CY-5>5.0)。表达下调和表达上调的上述基因与卵巢癌临床病理分期、组织分化程度关系密切(P<0.01)。结论:上述基因与卵巢癌发生及侵袭关系密切。cDNA基因芯片技术对于探讨卵巢癌分子机制,寻找卵巢癌分子标志物具有重要意义。 展开更多

关键词 基因 cdna芯片 卵巢癌

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SSH与cDNA芯片技术的联合及其在植物基因差异表达研究中的应用 被引量：4

6

作者 康俊梅 孙彦 杨青川 《中国草地学报》 CSCD 2007年第5期89-94,共6页

抑制消减杂交技术(SSH)与cDNA芯片技术是新近发展起来的研究差异表达基因的两种非常有效的方法。近年来,将SSH和cDNA芯片技术结合使用,为分析组织细胞的已知基因表达差异提供了新的手段,也为克隆和鉴定新基因开辟了新的道路,是目前寻找... 抑制消减杂交技术(SSH)与cDNA芯片技术是新近发展起来的研究差异表达基因的两种非常有效的方法。近年来,将SSH和cDNA芯片技术结合使用,为分析组织细胞的已知基因表达差异提供了新的手段,也为克隆和鉴定新基因开辟了新的道路,是目前寻找差异表达基因的适用方法。鉴于此,对SSH和cDNA芯片技术的基本原理、两种方法结合使用的操作流程、克隆差异表达新基因的特点,以及在植物基因差异表达方面的应用进行了概述。 展开更多

关键词 抑制性消减杂交(SSH) cdna芯片 差异表达基因

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cDNA芯片表面核酸固定化的优化 被引量：4

7

作者 马淑华 王升启 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第1期154-158,共5页

cDNA芯片技术表面核酸固定化影响因素众多 ,其中涉及选择载体、固定于玻片的DNA片段浓度、玻片DNA片段的固定方法、玻片预处理方法、DNA片段的变性、溶解DNA片段的点样液等等 .针对这些因素进行了优化筛选实验 ,以便于提高cDNA芯片技术... cDNA芯片技术表面核酸固定化影响因素众多 ,其中涉及选择载体、固定于玻片的DNA片段浓度、玻片DNA片段的固定方法、玻片预处理方法、DNA片段的变性、溶解DNA片段的点样液等等 .针对这些因素进行了优化筛选实验 ,以便于提高cDNA芯片技术检测基因表达的效率 . 展开更多

关键词 cdna芯片核酸固定化 玻片 优化

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用cDNA芯片技术快速鉴定鼻咽癌组织消减文库中的差异基因 被引量：1

8

作者 马英红 张林杰 +3 位作者 王秀清 曾木圣 李冰 曾益新 《中山大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2000年第S2期192-196,共5页

迅速分离、鉴定鼻咽癌组织中差异表达基因是研究其发生、发展分子机制的基础．先用正常鼻咽组织和鼻咽癌组织进行抑制性消减杂交，构建了消减文库再用含有 １４ ０００个基因片段的ｃＤＮＡ芯片，对此库进行了筛选，结果发现了４１７个... 迅速分离、鉴定鼻咽癌组织中差异表达基因是研究其发生、发展分子机制的基础．先用正常鼻咽组织和鼻咽癌组织进行抑制性消减杂交，构建了消减文库再用含有 １４ ０００个基因片段的ｃＤＮＡ芯片，对此库进行了筛选，结果发现了４１７个差异表达的基因，其中在鼻咽癌组织中上调的１７０个，下调的２４７个．抑制性消减杂交提供了一个差异基因的富集库，而利用ｃＤＮＡ芯片同时筛选上万个基因； 展开更多

关键词 鼻咽癌 抑制性消减杂交 cdna芯片

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cDNA芯片研发及其在肥胖患者脂肪基因差异表达研究中的应用 被引量：3

9

作者 赵萸 骆天红 +8 位作者 王侃侃 张济 郑培烝 赵春军 刘优萍 郑升 顾燕云 李果 罗敏 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第12期1067-1078,共12页

为了加快基因功能的研究 ,利用已有的来源于不同组织的cDNA克隆 ,并通过交换和购买补充了低丰度和染色体覆盖不完全的部分cDNA ,研制开发出具有相当代表性、覆盖较完全的高密度cDNA表达型基因芯片 ,每张芯片上含有 384个质控DNA和 12 6... 为了加快基因功能的研究 ,利用已有的来源于不同组织的cDNA克隆 ,并通过交换和购买补充了低丰度和染色体覆盖不完全的部分cDNA ,研制开发出具有相当代表性、覆盖较完全的高密度cDNA表达型基因芯片 ,每张芯片上含有 384个质控DNA和 12 6 30个cDNA探针 ,其中包括 12 5 0 8个Unigene和 12 2个表达序列标签 (EST) .利用这些芯片 ,对肥胖患者及正常人内脏脂肪组织基因表达谱进行了初步研究 ,并发现在肥胖患者内脏脂肪组织差异表达的基因 ,其中上调的有与凋亡相关的基因、与免疫有关的基因以及与能量代谢有关的基因等 ,而下调的主要是与脂肪酸及胆固醇合成有关的基因 。 展开更多

关键词 cdna芯片 肥胖 脂肪组织 差异表达

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应用cDNA芯片技术筛选胰腺癌相关基因 被引量：1

10

作者 蒋业贵 李兆申 +1 位作者 王宇明 刘同华 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期235-238,共4页

目的应用基因芯片技术筛选胰腺癌相关基因。方法将14 000种人类基因PCR产物用CartesianP ix-sys7500点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片。按一步法抽提4例胰腺癌和癌旁正常胰腺组织的总RNA,将等量的RNA分别逆转... 目的应用基因芯片技术筛选胰腺癌相关基因。方法将14 000种人类基因PCR产物用CartesianP ix-sys7500点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片。按一步法抽提4例胰腺癌和癌旁正常胰腺组织的总RNA,将等量的RNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA一链做探针,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用ScanArray3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,每点上两种荧光信号的强度分别代表Cy5-dCTP和Cy3-dCTP的量,获得的荧光信号图像用计算机分析。结果按差异显著性标准,从14 000条基因中筛选出在胰腺癌组织中共同差异表达基因189条,其中已知基因101条,新基因88条。在筛选出的已知基因中,有50条表达上调,51条表达下调,包括原癌及抑癌基因、细胞周期蛋白相关基因、细胞骨架和运动蛋白相关基因、细胞凋亡和应激反应相关基因、DNA合成和修复相关基因、转录因子类基因、细胞受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白相关基因、蛋白翻译和合成相关基因、代谢相关基因等。结论基因芯片技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选胰腺癌相关基因,并高效对基因功能进行研究。胰腺癌基因表达谱的分析有助于认识肿瘤发病机制。 展开更多

关键词 胰腺癌 cdna芯片 基因表达谱

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利用K562红细胞分化模型和cDNA芯片技术筛选参与红细胞分化的新基因(英文)

11

作者 王敦成 马淑华 +1 位作者 王升启 沈倍奋 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第6期681-686,共6页

以氯高铁血红素 (hemin)诱导K5 6 2分化作为体外红细胞分化模型 ,结合cDNA大规模测序、生物信息学分析、基因芯片杂交和NorthernBlot分析等技术 ,筛选红细胞分化相关的新基因 .首先利用大规模测序技术从人胚肾cDNA文库中随机挑选克隆测... 以氯高铁血红素 (hemin)诱导K5 6 2分化作为体外红细胞分化模型 ,结合cDNA大规模测序、生物信息学分析、基因芯片杂交和NorthernBlot分析等技术 ,筛选红细胞分化相关的新基因 .首先利用大规模测序技术从人胚肾cDNA文库中随机挑选克隆测得 192个EST(expressedsequencetags)片段 ,经在线生物信息学分析 ,得到 79个代表新基因的未知EST片段 ,并在NCBI(NationalCenterofBiotechnologyInformation)dbEST库中登录 .利用 79个ESTcDNA片段制备了基因芯片 .提取分化前后的K5 6 2细胞的mRNA作为荧光标记反转录的模板 ,反转录后的探针用于DNA芯片杂交 .分析杂交后的结果 ,得到了 2个差异表达较明显的基因 ,GenBank登录号分别为AF147772 (187bp)和AF4 776 2(6 30bp) ,并分别命名为EDRG1和EDRG2 (erythroiddifferentiationrelatedgene 1and 2 ) ,相似性检索表明它们属全新基因 ,基因组草图测序数据库检索表明了两个基因的染色体定位 .随后的Northern印迹用于验证了在分化前后的K5 6 2细胞中差异表达 .提示这两个基因参与了红细胞分化过程 .RT PCR检测了EDRG1和EDRG2在人胚胎多组织中的表达 .结果提示 ,EDRG1可能与多种胚组织的正常发育相关 ,尤其在胚脑中高丰度表达 ,而EDRG2则可能参与了胚心和胚肾的组织生成 .生物? 展开更多

关键词 cdna芯片 红细胞分化 EST 相关基因 模型

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用cDNA芯片技术筛选中华绒鳌蟹卵巢发育相关基因

12

作者 马长艳 郭豫杰 周开亚 《南京师大学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期76-80,共5页

为了克隆中华绒螯蟹卵巢发育相关基因,我们构建了中华绒螯蟹卵巢差减cDNA文库.本研究用cDNA芯片技术对中华绒螯蟹卵巢差减cDNA文库进行了初步筛选,并从cDNA芯片筛选的正向差减文库中随机选取50个克隆进行序列测定.结果共获得2倍以上差... 为了克隆中华绒螯蟹卵巢发育相关基因,我们构建了中华绒螯蟹卵巢差减cDNA文库.本研究用cDNA芯片技术对中华绒螯蟹卵巢差减cDNA文库进行了初步筛选,并从cDNA芯片筛选的正向差减文库中随机选取50个克隆进行序列测定.结果共获得2倍以上差异表达克隆167个,其中Ⅲ期高表达克隆104个,Ⅱ期高表达克隆63个.正向差减文库中共获得7个独立的EST(expressed sequence tag,EST).同源性分析结果表明,这些EST皆为新的EST,dbEST登录号分别为:CA591892、CA591893、CA591894、CA591895、CA591896、CA591897和CA591898.本研究结果为进一步克隆中华绒螯蟹卵巢发育相关基因的全长cDNA序列并研究其功能,阐明中华绒螯蟹卵巢发育的分子机理奠定了重要的前期工作基础. 展开更多

关键词 中华绒螯蟹 卵巢 抑制性差减杂交 cdna芯片 表达序列标签

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共检猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒和猪轮状病毒的cDNA芯片的技术优化 被引量：2

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作者 胡靖飞 尹人杰 +7 位作者 黄小波 刘志鹏 赵玉佳 曹三杰 文心田 文翼平 赵勤 伍锐 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2019年第4期542-549,578,共9页

【目的】对前期构建的猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和A型猪轮状病毒(PoRVA)共检cDNA芯片进行技术创新和关键参数优化。【方法】根据靶基因PEDV(S和M)、TGEV(N和S)以及PoRVA的(VP7和NSP4)分别设计6对特异性引物,扩... 【目的】对前期构建的猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和A型猪轮状病毒(PoRVA)共检cDNA芯片进行技术创新和关键参数优化。【方法】根据靶基因PEDV(S和M)、TGEV(N和S)以及PoRVA的(VP7和NSP4)分别设计6对特异性引物,扩增探针制备芯片阵列。重点改进了样品标记技术,引物直接标记与不对称PCR扩增结合,确定了不对称PCR扩增体系;并对点样缓冲液、水合时间、探针浓度、杂交时间和温度、清洗和干燥方式等条件进行优化。【结果】当博奥和百傲两种缓冲液比例为1∶1,水合时间为4 s,探针浓度为600 ng/μL,不对称PCR上下游引物比为1∶40,在48℃杂交3 h,用0.2%SDS清洗,1 000 r/min离心,该cDNA芯片效果最佳。【结论】本研究确定了PEDV-TGEV-GAR共检cDNA芯片的关键技术参数,为开展基因芯片的标准化制备和应用奠定了基础。 展开更多

关键词 猪腹泻病毒 cdna芯片 直接标记法 不对称PCR 优化

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检测猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒和猪轮状病毒的cDNA芯片的构建 被引量：14

14

作者 滑翔 胡中凯 +10 位作者 黄小波 文心田 曹三杰 文翼平 伍锐 邓静 赵松 尹人杰 常晓霞 欧阳达 张仙 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期2235-2242,共8页

猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)是三种常见的仔猪病毒性腹泻病原,作者拟构建可同时检测三种病原的cDNA基因芯片。分别根据PEDV基因(S、M)、TGEV基因(S、N)、PoRV基因(VP7、NSP4)的保守区设计引物... 猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)是三种常见的仔猪病毒性腹泻病原,作者拟构建可同时检测三种病原的cDNA基因芯片。分别根据PEDV基因(S、M)、TGEV基因(S、N)、PoRV基因(VP7、NSP4)的保守区设计引物扩增靶基因,进行PEDV-TGEV-PoRV的cDNA阵列设计,建立了扩增标记探针的多重PCR方法,并对所构建cDNA芯片的特异性、灵敏性、重复性进行了评价。确定了该cDNA芯片的阳性判断标准:SNR大于或等于2.0(或信号强度中位值大于等于1 500)。PEDV-TGEV-PoRV诊断cDNA芯片具有良好的特异性,该芯片不与猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒、猪乙型脑炎病毒、猪伪狂犬病病毒发生交叉反应;芯片的最低检测质量浓度为20pg·μL-1;同一张芯片可重复使用至少7次。本研究为鉴别三种仔猪病毒性病的鉴别诊断提供了新的高通量检测技术。 展开更多

关键词 猪流行性腹泻病毒 猪传染性胃肠炎病毒 猪轮状病毒 cdna芯片 构建

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国家自然基金项目《SSH结合cDNA芯片筛选大豆疫霉根腐病抗性相关基因》通过验收

15

《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期121-121,共1页

由张淑珍教授主持的国家自然基金项目《SSH结合cDNA芯片筛选大豆疫霉根腐病抗性相关基因》通过验收。 大豆疫霉根腐病对我国大豆主产区——黑龙江省的大豆生产造成了严重危害,而我国对大豆疫霉根腐病抗性遗传规律及抗性相关基因的研究... 由张淑珍教授主持的国家自然基金项目《SSH结合cDNA芯片筛选大豆疫霉根腐病抗性相关基因》通过验收。 大豆疫霉根腐病对我国大豆主产区——黑龙江省的大豆生产造成了严重危害,而我国对大豆疫霉根腐病抗性遗传规律及抗性相关基因的研究上还是一片空白。本项目以高抗黑龙江省大豆疫霉根腐病1号优势生理小种的大豆品种绥农10为试材配置抗感杂交组合， 展开更多

关键词 大豆疫霉根腐病 抗性相关基因 cdna芯片 基金项目 SSH 筛选 自然 抗性遗传规律

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cDNA芯片重复探针检测值的一致性分析

16

作者 于梁梁 王栋 +5 位作者 吕莹丽 肖会 杨强 王晨光 郭政 李霞 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第1期95-98,共4页

通过SOURCE数据库对4套cDNA数据的探针进行了注释,分析了对应同一条Unigene的多个探针的检测值(即重复检测值)之间的相关性。采用两种常规方法处理了重复检测值,比较了这两种处理方法对筛选差异表达基因的影响。结果显示:Unigene的重复... 通过SOURCE数据库对4套cDNA数据的探针进行了注释,分析了对应同一条Unigene的多个探针的检测值(即重复检测值)之间的相关性。采用两种常规方法处理了重复检测值,比较了这两种处理方法对筛选差异表达基因的影响。结果显示:Unigene的重复检测值之间存在一定比例的负相关;更新探针注释数据后的重复检测值之间的低相关比例减少,高相关比例显著提高;重复点样探针之间的相关性高于其它重复检测值,但是仍有很多低相关;两种处理重复检测值方法对于用基因表达差异显著性分析方法(SAM)与T检验方法筛选差异表达基因影响不大。 展开更多

关键词 cdna基因芯片 差异表达基因 相关系数 探针

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应用cDNA微矩阵基因芯片筛选运动性心肌肥大相关基因的初步研究 被引量：23

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作者 田振军 张志琪 +2 位作者 唐量 郭进 刘健 《中国运动医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期122-126,共5页

目的 :应用cDNAchip(cDNA芯片或微矩阵基因芯片 )技术筛选运动性心肌肥大相关基因。方法 :摘取运动组和对照组小鼠心脏 ,按一步法抽提总RNA并纯化mRNA ,将 2 30 4个点包括10 3个阴性及对照基因和 2 2 0 1条小鼠靶基因的PCR扩增产物 ,按... 目的 :应用cDNAchip(cDNA芯片或微矩阵基因芯片 )技术筛选运动性心肌肥大相关基因。方法 :摘取运动组和对照组小鼠心脏 ,按一步法抽提总RNA并纯化mRNA ,将 2 30 4个点包括10 3个阴性及对照基因和 2 2 0 1条小鼠靶基因的PCR扩增产物 ,按微矩阵 (12× 12点× 16亚矩阵 ,点间距离 375 μm)点制于硅烷化玻片上 ,制备成cDNA芯片。将等量抽提纯化的运动组和对照组小鼠心肌组织mRNA ,分别与掺入的荧光分子Cy3和Cy5经逆转录合成cDNA荧光探针 ,混合后再与cD NA芯片杂交 ,通过芯片扫描仪对荧光信号图像进行扫描 ,经计算机分析比较运动组和安静对照组心肌组织中基因表达谱的变化。结果 :在 2 2 0 1条待研究基因中 ,两组小鼠心肌组织间存在差异表达的基因。具有显著表达差异的基因有 71条 ,其中上调基因有 37条 ,下调基因有 34条。结果显示 :cDNA芯片技术筛选运动性心肌肥大相关基因具有高通量、高敏度、高效率、大规模和并行性等优点。 展开更多

关键词 cdna芯片 cdna微矩阵基因芯片 基因 差异表达 运动性心肌肥大

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应用cDNA表达芯片研究复方黄连对CNE1鼻咽癌移植瘤基因表达的影响 被引量：12

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作者 王光平 唐发清 周金平 《湖南医科大学学报》 CSCD 北大核心 2003年第4期347-352,共6页

目的 :研究复方黄连对鼻咽癌裸鼠移植瘤基因表达的影响。方法 :培养的鼻咽癌细胞系CNE1细胞接种Balb/C裸鼠 ,待移植瘤形成后灌喂复方黄连 ,然后从移植瘤组织提取RNA ,经逆转录标记后的cDNA作为探针 ,与高通量cDNA表达芯片杂交并用激光... 目的 :研究复方黄连对鼻咽癌裸鼠移植瘤基因表达的影响。方法 :培养的鼻咽癌细胞系CNE1细胞接种Balb/C裸鼠 ,待移植瘤形成后灌喂复方黄连 ,然后从移植瘤组织提取RNA ,经逆转录标记后的cDNA作为探针 ,与高通量cDNA表达芯片杂交并用激光共聚焦扫描仪分析基因表达。通过逆转录 聚合酶链式反应 (RT PCR)半定量技术进一步分析差异表达基因的表达。结果 :复方黄连处理移植瘤裸鼠 30d后 ,移植瘤明显减小 ,其抑瘤率为 2 9.5 %。同时 ,移植瘤组织基因表达发生显著变化。用该复方处理的CNE1鼻咽癌移植瘤组织有 147条基因表达发生改变 ,包括 10 2条下调表达的基因和 45条上调表达的基因。RT PCR半定量技术分析证实有 3条基因为真正差异表达 ,它们分别是MAD3,H731和CHK1基因。其中 ,MAD3和H731基因表达上调 ,CHK1基因表达下调。结论 :复方黄连可抑制CNE1鼻咽癌裸鼠移植瘤的生长并可影响其基因的表达 ,它对CNE1鼻咽癌移植瘤的抑制作用与其调节移植瘤基因表达密切相关。 展开更多

关键词 应用 cdna表达芯片 复方黄连 CNE1 鼻咽癌 移植瘤 基因表达 影响

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应用cDNA微阵列芯片技术筛选猪蛔虫性别差异表达基因的研究 被引量：7

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作者 邹丰才 吴绍强 +5 位作者 廖申权 林瑞庆 李明伟 宋慧群 黄翠琴 朱兴全 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期163-167,共5页

采用cDNA微阵列芯片技术,从所构建的猪蛔虫雌、雄成虫cDNA消减文库分别挑取1 044和1 119个克隆,PCR扩增其插入片段,经纯化后点样于预先处理好的基片上(双点杂交),制备成cDNA微阵列芯片。将分别标记荧光素Cy3-dUTP和Cy5-dUTP的雌虫和雄虫... 采用cDNA微阵列芯片技术,从所构建的猪蛔虫雌、雄成虫cDNA消减文库分别挑取1 044和1 119个克隆,PCR扩增其插入片段,经纯化后点样于预先处理好的基片上(双点杂交),制备成cDNA微阵列芯片。将分别标记荧光素Cy3-dUTP和Cy5-dUTP的雌虫和雄虫cDNA探针,与制备好的cDNA芯片杂交(平行进行反标杂交试验)。根据每个点杂交后的Ratio值,筛选出双点杂交和正反标中都同时具有表达差异的基因克隆共1 559个。将表达差异最明显的前831个克隆进行测序,获得720个有效序列,经生物信息学分析发现,雄虫特异表达的主要精子蛋白和雌虫特异表达的卵巢信息蛋白的基因序列多数与新杆属线虫存在同源性,有31个可能是新的ESTs。性别差异表达基因及其相关生物信息的获得为下一步研究基因功能奠定了基础。 展开更多

关键词 猪蛔虫cdna微阵列芯片 性别特异基因 表达谱分析

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cDNA基因芯片对人胶质瘤组织原发性耐药相关基因的筛查 被引量：2

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作者 强兆艳 汤华 +1 位作者 李欣 刘民 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 2008年第4期369-373,共5页

目的:利用cDNA基因芯片筛查与人脑胶质瘤原发性耐药相关的基因,为获取不同个体胶质瘤化疗药物药敏预报基因提供实验依据。方法:收集符合要求的临床手术切除的人脑胶质瘤组织标本共6例,原代培养肿瘤细胞;由MTT法检测替尼泊苷(teniposide,... 目的:利用cDNA基因芯片筛查与人脑胶质瘤原发性耐药相关的基因,为获取不同个体胶质瘤化疗药物药敏预报基因提供实验依据。方法:收集符合要求的临床手术切除的人脑胶质瘤组织标本共6例,原代培养肿瘤细胞;由MTT法检测替尼泊苷(teniposide,VM-26)对胶质瘤细胞生长的抑制率,按VM-2645μg/ml(人血药峰浓度)时抑制率>30%为敏感、≤30%为耐药作为标准,将6例组织细胞分为耐药和敏感2组。cDNA芯片检测结合聚类分析方法筛查瘤细胞中与耐药相关的差异表达基因;以半定量RT-PCR法检测瘤细胞中HDAC1基因表达加以验证。结果:根据VM-26对细胞抑制率将6例胶质瘤细胞分为3例VM-26敏感和3例耐药。cDNA芯片结合聚类分析共筛选出有表达差异的基因21个,其中表达上调的基因6个、表达下调的基因15个。将表达差异明显的HDAC1经半定量RT-PCR验证,该基因在6例组织中都有表达,趋势与芯片结果一致。结论:胶质瘤原发性耐药可能与cDNA芯片筛查到的21个基因相关,其确切的耐药机制需要进一步深入研究。 展开更多

关键词 胶质瘤 替尼泊苷 cdna基因芯片 耐药相关基因 差异表达基因

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