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基于序列和结构特征分析植物TATA和TATA-less启动子
被引量：
5
1
作者
左永春
李前忠
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009年第7期863-871,共9页
分析启动子区域内调控元件是阐明基因转录起始机制的重要前提.利用从PlanPromDB数据库下载的植物Pol-ⅡTATA和TATA-less启动子数据,深入分析了两类启动子GC偏好、位点结构保守性、序列碱基组分、保守模体分布、TATAbox位点分布及关联位...
分析启动子区域内调控元件是阐明基因转录起始机制的重要前提.利用从PlanPromDB数据库下载的植物Pol-ⅡTATA和TATA-less启动子数据,深入分析了两类启动子GC偏好、位点结构保守性、序列碱基组分、保守模体分布、TATAbox位点分布及关联位点保守性等特点,统计出两类植物启动子许多特有的序列组分和结构规律,这些规律对进一步揭示植物Pol-Ⅱ启动子的转录调控机制有一定的帮助.通过构建能够同时考虑位点保守性和关联性的位点关联性权重矩阵扫描模型(PCWM),利用相应打分函数(Score)对两类启动子进行区分,得到了较好结果,说明PCWM的预测性能要优于单碱基的位点权重矩阵(PWM).
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关键词
植物Pol-Ⅱ
启动子
序列组成偏好特征
tata和tata-less启动子
保守模体
位点关联权重矩阵(PCWM)
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职称材料
题名
基于序列和结构特征分析植物TATA和TATA-less启动子
被引量：
5
1
作者
左永春
李前忠
机构
内蒙古大学物理科学与技术学院
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009年第7期863-871,共9页
基金
国家自然科学基金资助项目(30560039)~~
文摘
分析启动子区域内调控元件是阐明基因转录起始机制的重要前提.利用从PlanPromDB数据库下载的植物Pol-ⅡTATA和TATA-less启动子数据,深入分析了两类启动子GC偏好、位点结构保守性、序列碱基组分、保守模体分布、TATAbox位点分布及关联位点保守性等特点,统计出两类植物启动子许多特有的序列组分和结构规律,这些规律对进一步揭示植物Pol-Ⅱ启动子的转录调控机制有一定的帮助.通过构建能够同时考虑位点保守性和关联性的位点关联性权重矩阵扫描模型(PCWM),利用相应打分函数(Score)对两类启动子进行区分,得到了较好结果,说明PCWM的预测性能要优于单碱基的位点权重矩阵(PWM).
关键词
植物Pol-Ⅱ
启动子
序列组成偏好特征
tata和tata-less启动子
保守模体
位点关联权重矩阵(PCWM)
Keywords
plant pol-Ⅱ promoter, features of sequence content bias,
tata
and
tata
less promoter,conservative motifs, position-correlation weight matrix （PCWM）
分类号
Q61 [生物学—生物物理学]
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题名
作者
出处
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被引量
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1
基于序列和结构特征分析植物TATA和TATA-less启动子
左永春
李前忠
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009
5
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参考文献
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