串联质谱图谱从头测序算法研究进展 被引量：9

1

作者 孙汉昌 张纪阳 +5 位作者 刘辉 张伟 徐长明 马海滨 朱云平 谢红卫 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第12期1278-1288,共11页

近年来,基于质谱技术的高通量蛋白质组学研究发展迅速,利用串联质谱图谱鉴定蛋白质是其数据处理中一个基础而又重要的环节.由于不需要利用蛋白质序列数据库,从头测序方法能够分析新物种或者基因组未测序物种的串联质谱数据,具有数据库... 近年来,基于质谱技术的高通量蛋白质组学研究发展迅速,利用串联质谱图谱鉴定蛋白质是其数据处理中一个基础而又重要的环节.由于不需要利用蛋白质序列数据库,从头测序方法能够分析新物种或者基因组未测序物种的串联质谱数据,具有数据库搜索方法不可替代的优势.简要介绍高通量串联质谱图谱从头测序问题及其研究现状.归纳出几种典型的计算策略并分析了各种策略的优缺点.总结常用的从头测序算法和软件,介绍算法评估的各种指标和常用评估数据集,概括各种算法的特点,展望未来研究可能的发展方向. 展开更多

关键词 肽段 串联质谱 从头测序 算法研究 计算蛋白质组学

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高级量子化学从头计算法研究N_2和H_2O分子间相互作用 被引量：7

2

作者 张愚 王一波 +1 位作者 孙泽民 田安民 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2000年第1期99-104,共6页

在 MP2 / 6-3 1 1 + + G(3 d,3 p)电子相关校正水平上 ,对 N2 和 H2 O分子间可能存在的氢键复合物进行全自由度能量梯度优化 ,发现了一个接近于直线的弱氢键总能量极小结构 (1 ) ,进一步在高级电子相关校正的 MP4SDTQ和 CCSD(T)水平 ,用... 在 MP2 / 6-3 1 1 + + G(3 d,3 p)电子相关校正水平上 ,对 N2 和 H2 O分子间可能存在的氢键复合物进行全自由度能量梯度优化 ,发现了一个接近于直线的弱氢键总能量极小结构 (1 ) ,进一步在高级电子相关校正的 MP4SDTQ和 CCSD(T)水平 ,用 6-3 1 1 + + G(3 d,3 p)基组加上 (3 s3 p2 d1 f)键函数 ,用 MP4和 CCSD(T)计算的结构 1的结合能分别为 -5 .0 61 k J/ mol和 -4 .71 5 k J/ mol. 展开更多

关键词 氮气 水分子 量子化学 从头算法 分子间作用

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蛋白质结构从头预测多级个体筛选进化算法 被引量：1

3

作者 李章维 郝小虎 张贵军 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2019年第B06期80-84,97,共6页

针对蛋白质高维构象空间采样多样性问题,文中提出了一种蛋白质结构从头预测多级个体筛选进化算法(MlISEA)。基于进化算法框架,首先采用基于知识的Rosetta粗粒度能量模型作为优化目标函数,以降低构象空间优化变量维数;其次以基于9片段和... 针对蛋白质高维构象空间采样多样性问题,文中提出了一种蛋白质结构从头预测多级个体筛选进化算法(MlISEA)。基于进化算法框架,首先采用基于知识的Rosetta粗粒度能量模型作为优化目标函数,以降低构象空间优化变量维数;其次以基于9片段和3片段的片段组装技术为不同的变异策略,增加同代种群的多样性;同时,设计多级个体筛选方法,进一步增加不同代种群间的多样性;然后利用MonteCarlo算法较强的局部搜索能力对每个个体做局部增强,以得到当前的局部最优解;最后,得到全局最优解以及不同的局部最优解。10个目标蛋白的测试结果表明,所提方法能够有效提高采样多样性,得到TMscore大于0.5的预测构象,为进一步做结构修饰提供便利。 展开更多

关键词 从头预测 进化算法 MONTE Carlo 片段组装 TMscore

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利用二级质谱自动进行聚糖结构解析的从头开始算法

4

作者 董梁 石冰 +1 位作者 李艳博 王冰 《质谱学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第3期206-216,共11页

关于不借助数据库,根据质谱自动地从头开始解析聚糖结构(包括单糖组成、排列信息和单糖之间的连接信息)已有多年研究,然而,如何快速准确地得到结果仍然面临诸多挑战。为了降低时间复杂度,现有的方法要么采用贪心法或者启发式算法,这些... 关于不借助数据库,根据质谱自动地从头开始解析聚糖结构(包括单糖组成、排列信息和单糖之间的连接信息)已有多年研究,然而,如何快速准确地得到结果仍然面临诸多挑战。为了降低时间复杂度,现有的方法要么采用贪心法或者启发式算法,这些算法本身就是不精确的,难以保证得到结果的准确性;要么采用剪枝法或者动态规划之类的精确算法,但是这类算法不仅时间复杂度较高,而且其中大量使用的假设和理想化模型忽视了许多对结果有影响的实验细节。诸如打分函数中对不同候选结构重复使用相同谱峰进行评分的问题,先前的精确算法常常选择回避和无视,这些被忽视的细节最终导致结果的不准确。本工作提出了基于迭代增长的方法"自底向上"地利用谱图解析聚糖结构的算法。与以往迭代方法不同,该算法中增长的单位不再是单糖,而是在算法中产生的子结构,这使得算法的运行速度大大加快。在将各种实验细节纳入算法流程的基础上,通过对20种聚糖的二级质谱图解析以及与先前算法的比较,证实了该算法具有较高的准确性(75%聚糖的正确结构被算法解析为第一)。 展开更多

关键词 二级质谱 聚糖 结构解析 从头开始预测 动态规划算法

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基于RNA-Seq数据集的转录组从头拼接算法

5

作者 武思文 李静 张少强 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2018年第12期308-312,共5页

转录组拼接是基因组测序与功能注解问题的一个重要组成部分。为了提高转录组拼接的精度和效率,文中提出了一种新的转录组从头拼接算法StepLink。该算法的主要创新点是提出了最左k-mer(长度为k的短序)和右k-mer的概念,并运用双重哈希表... 转录组拼接是基因组测序与功能注解问题的一个重要组成部分。为了提高转录组拼接的精度和效率,文中提出了一种新的转录组从头拼接算法StepLink。该算法的主要创新点是提出了最左k-mer(长度为k的短序)和右k-mer的概念,并运用双重哈希表来存储相邻的每对k-mer,使得拼接更加迅速、准确。应用该算法对SRA数据库中人、狗和老鼠的测序数据分别进行拼接,结果表明该算法比其他已有算法更高效。 展开更多

关键词 转录组 RNA-SEQ K-mer 从头拼接算法

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从头算法研究HEDP中质子传导机理

6

作者 张鹏凡 沈春晖 刘超 《材料科学与工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期631-635,共5页

采用软件Hperchem中的从头算法研究HEDP(羟基亚乙基二膦酸)中质子的传递过程。本文选用了STO-3G、3-21G、6-31G、6-31G*、6-31G**为基组来优化HEDP的分子结构,实验结果表明6-31G为最优基组。利用该最优基组优化结构,得到HEDP单重态稳定... 采用软件Hperchem中的从头算法研究HEDP(羟基亚乙基二膦酸)中质子的传递过程。本文选用了STO-3G、3-21G、6-31G、6-31G*、6-31G**为基组来优化HEDP的分子结构,实验结果表明6-31G为最优基组。利用该最优基组优化结构,得到HEDP单重态稳定结构。通过H+与磷酸中P=O、P-O、P-O缔合得到HEDP的双重态稳定结构。分析H^+与上述三种环境中氧原子的结合能,结果表明H+与C-O中氧原子结合时,分子中多个氢原子处于被激活状态,具有较高能量,容易脱离体系形成H^+,这个过程有利于质子的传递。 展开更多

关键词 从头算法 氢键 质子传递 HEDP膦酸

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从头算法对甲基磺酸拉曼光谱振动频率指认

7

作者 周霖 《石油化工》 CAS CSCD 北大核心 2002年第8期648-655,共8页

对液态的甲基磺酸进行了拉曼光谱测定。采取从头算法用各种不同的基组 (最大的基组为MP2 / 6 -311+G( 2d ,2 p) )对甲基磺酸的结构和光谱进行了计算 ,得到了甲基磺酸的结构参数及稳定构象信息。采用一个具有Ci 对称的二聚体模型解释了... 对液态的甲基磺酸进行了拉曼光谱测定。采取从头算法用各种不同的基组 (最大的基组为MP2 / 6 -311+G( 2d ,2 p) )对甲基磺酸的结构和光谱进行了计算 ,得到了甲基磺酸的结构参数及稳定构象信息。采用一个具有Ci 对称的二聚体模型解释了甲基磺酸的液态光谱。对单体和二聚体的甲基磺酸进行了简正坐标计算 ,结果表明二聚体结构是液态甲基磺酸聚积态分子的合理模型。 展开更多

关键词 从头算法 对甲基磺酸 拉曼光谱 振动频率 结构参数 二聚体结构 简正坐标计算

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基于副本交换的局部增强差分进化蛋白质结构从头预测方法 被引量：4

8

作者 李章维 郝小虎 张贵军 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2017年第5期211-217,共7页

针对蛋白质高维构象空间搜索问题,提出一种基于副本交换的局部增强差分进化蛋白质结构从头预测方法(RLDE)。首先,采用基于知识的Rosetta粗粒度能量模型显著降低构象空间优化变量维数;其次,引入基于片段库知识的片段组装技术进一步减小... 针对蛋白质高维构象空间搜索问题,提出一种基于副本交换的局部增强差分进化蛋白质结构从头预测方法(RLDE)。首先,采用基于知识的Rosetta粗粒度能量模型显著降低构象空间优化变量维数;其次,引入基于片段库知识的片段组装技术进一步减小构象搜索空间,有效避免搜索过程中的熵效应;此外,在每个副本层设置构象种群,采用差分进化算法对种群进行更新,然后利用Monte Carlo算法对种群做局部增强,以此得到全局和部分局部最优构象。综上,RLDE利用差分进化算法较强的全局搜索能力可以对构象空间进行有效的全局搜索;借助Monte Carlo算法局部搜索性能对构象空间局部极小区域进行更为充分的采样;副本交换策略保证了副本层中种群的多样性,同时能够增强算法跳出局部极小的能力,从而使得算法对构象空间的搜索能力进一步增强。15个目标蛋白测试结果表明,所提方法能够有效地对构象空间采样,得到高精度的近天然态蛋白质构象。 展开更多

关键词 从头预测 蛋白质结构预测 副本交换 MONTE Carlo 片段组装 差分进化算法

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基于遗传算法的蛋白质二级结构预测方法研究进展 被引量：2

9

作者 孟翔燕 孟军 葛家麒 《农机化研究》 北大核心 2009年第5期72-75,79,共5页

蛋白质二级结构预测方法的研究目前已成为生物信息学研究的重要课题之一。为此,从从头预测、比较建模和混合方法3个方面阐述了近几年遗传算法在蛋白质二级结构预测中的应用研究进展,并分析了算法的效果和特点,最后展望了遗传算法在蛋白... 蛋白质二级结构预测方法的研究目前已成为生物信息学研究的重要课题之一。为此,从从头预测、比较建模和混合方法3个方面阐述了近几年遗传算法在蛋白质二级结构预测中的应用研究进展,并分析了算法的效果和特点,最后展望了遗传算法在蛋白质二级结构预测中应用的前景与方向。 展开更多

关键词 遗传算法 蛋白质二级结构预测 从头预测 比较建模

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对全金属La_4^(2-)团簇芳香性的从头算理论研究

10

作者 刘勇 祁红艳 +3 位作者 罗亚文 胡君 黄晓明 池贤兴 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期66-70,共5页

我们将芳香性扩展到全金属阴离子团簇La2-4.运用从头算方法(B3LYP/LANL2DZ,B3PW91/LANL2DZ and MP2/LANL2DZ)进行了结构优化.计算结果显示,阴离子团簇有两个同分异构体,一个是C2v结构,另一个是正方形D4h结构.进一步对能量的分析得出,D4... 我们将芳香性扩展到全金属阴离子团簇La2-4.运用从头算方法(B3LYP/LANL2DZ,B3PW91/LANL2DZ and MP2/LANL2DZ)进行了结构优化.计算结果显示,阴离子团簇有两个同分异构体,一个是C2v结构,另一个是正方形D4h结构.进一步对能量的分析得出,D4h结构比C2v结构更稳定.对最稳定的D4h结构计算了核独立位移(NICS),结果显示正方形的La2-4环呈现强芳香性.详细的分子轨道(Mos)分析揭示正方形的La2-4环拥有四个独立的离域化成键系统,每一个系统拥有两个电子,分别满足4n+2芳香性电子计算规则,因此呈现四重芳香性. 展开更多

关键词 从头算法 芳香性 磁化率 核独立位移

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H＋NF_2→NF（α）＋HF反应的从头算研究

11

作者 郭敬忠 邓从豪 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 1996年第12期1904-1908,共5页

本文用量子化学从头算法对Ｈ＋ＮＦ_２→ＮＦ（α）＋ＨＦ反应进行了理论研究，采用ＭＰ_２（ＦＵＬＬ）／６－３１Ｇ（ｄ）方法计算了反应物、产物、中间体和过渡态的构型参数和振动频率，然后用Ｇａｕｓｓｉａｎ－２理论计算了各物种... 本文用量子化学从头算法对Ｈ＋ＮＦ_２→ＮＦ（α）＋ＨＦ反应进行了理论研究，采用ＭＰ_２（ＦＵＬＬ）／６－３１Ｇ（ｄ）方法计算了反应物、产物、中间体和过渡态的构型参数和振动频率，然后用Ｇａｕｓｓｉａｎ－２理论计算了各物种的精确能量，计算结果表明：反应在单重态势能面上进行，电子激发态ＮＦ（α）通过复合－消除机理产生，用Ｇ２理论计算２９８Ｋ下反应的焓变为－１１９．４ｋＪ／ｍｏｌ，过渡态比反应物能量低９８．４ｋＪ／ｍｏｌ．中间体ＨＮＦ２是势能面的最低点，比反应物的能量低３１３．５ｋＪ／ｍｏｌ． 展开更多

关键词 从头算法 反应机理 G2理论 NF 自由基

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接触图辅助的过程重采样蛋白质构象空间优化算法

12

作者 李章维 余宝昆 +2 位作者 胡俊 周晓根 张贵军 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2020年第3期491-496,共6页

蛋白质的三维结构是研究其生物功能及活性机理的基础.为了提高蛋白质结构的预测精度,在进化计算的框架下,提出一种接触图辅助的过程重采样蛋白质构象空间优化算法(Contact Map-assistedProcess Resampling Protein Conformation Space O... 蛋白质的三维结构是研究其生物功能及活性机理的基础.为了提高蛋白质结构的预测精度,在进化计算的框架下,提出一种接触图辅助的过程重采样蛋白质构象空间优化算法(Contact Map-assistedProcess Resampling Protein Conformation Space Optimization Algorithm,CM PR). CM PR算法基于残基接触图设计打分模型,用于选择构象以构建过程片段库,使用基于过程重采样策略的片段组装技术执行变异操作,残基接触先验知识和种群进化过程统计知识辅助采样,可以增强近天然态构象区域的搜索能力,提高蛋白质结构预测精度.在12个测试蛋白上的实验结果表明,所提方法具有良好的近天然态构象采样能力和较高的预测精度. 展开更多

关键词 蛋白质结构从头预测 进化算法 接触图 过程重采样 片段组装

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基于接触图残基对距离约束的蛋白质结构预测算法 被引量：7

13

作者 谢腾宇 周晓根 +1 位作者 胡俊 张贵军 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2020年第1期59-65,共7页

从头预测是蛋白质结构建模的一种重要方法,该方法的研究有助于人类理解蛋白质功能,从而进行药物设计和疾病治疗。为了提高预测精度,文中提出了基于接触图残基对距离约束的蛋白质结构预测算法(CDPSP)。基于进化算法框架,CDPSP将构象空间... 从头预测是蛋白质结构建模的一种重要方法,该方法的研究有助于人类理解蛋白质功能,从而进行药物设计和疾病治疗。为了提高预测精度,文中提出了基于接触图残基对距离约束的蛋白质结构预测算法(CDPSP)。基于进化算法框架,CDPSP将构象空间采样分为探索和增强两个阶段。在探索阶段,设计基于残基对距离的变异与选择策略,即根据接触图的接触概率选择残基对,并通过片段组装技术对所选择的残基对的邻近区域进行变异;将残基对距离离散化为多个区域并为其分配期望概率,根据期望概率确定是否选择变异的构象,从而增加种群的多样性。在增强阶段,利用基于接触图信息的评分指标,结合能量函数,衡量构象的质量,从而选择较优的构象,达到增强CDPSP近天然态区域采样能力的效果。为了验证所提算法的性能,通过CASP12中的10个FM组目标蛋白质对其进行了测试,并将其与一些先进算法进行比较。实验结果表明,CDPSP可以预测得到精度较高的蛋白质三维结构模型。 展开更多

关键词 蛋白质结构预测 从头预测 残基对距离 接触图 进化算法 片段组装

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基于Monte Carlo局部增强的多模态优化算法

14

作者 陈先跑 张贵军 +1 位作者 秦传庆 郝小虎 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2015年第S1期61-66,共6页

高维构象空间搜索是蛋白质结构从头预测领域中一个亟需解决的关键问题。基于差分进化算法框架,提出了一种多模态蛋白构象空间优化算法。算法建立基于蛋白质空间特征向量的相似性测度指标,采用排挤更新策略,避免算法早熟,对蛋白质构象空... 高维构象空间搜索是蛋白质结构从头预测领域中一个亟需解决的关键问题。基于差分进化算法框架,提出了一种多模态蛋白构象空间优化算法。算法建立基于蛋白质空间特征向量的相似性测度指标,采用排挤更新策略,避免算法早熟,对蛋白质构象空间模态进行全局搜索;设计基于Monte Carlo局部搜索的片段组装方法,实现模态增强过程,有效平衡算法的收敛速度和种群多样性。采用Rosetta粗粒度能量模型,针对5种测试蛋白的实验结果表明:Monte Carlo局部增强和蛋白质特征向量的相似性测度能够有效地提高算法的性能,与Baker小组和Shehu小组的研究成果相比,提出的算法能够达到较高的预测精度,并得到一系列的亚稳态稳定结构。 展开更多

关键词 多模态 蛋白质结构从头预测 排挤差分进化算法 蛋白质结构特征向量 片段组装

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基于第一性原理的固氦零点振动能的量子理论计算 被引量：6

15

作者 郑兴荣 李高清 +2 位作者 贾利平 孟军霞 李杨 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1100-1106,共7页

基于第一性原理,运用原子团簇理论和Hartree-Fock Self-Consistent-Field从头算法计算了高压固氦hcp结构在平衡位置r=1.75-2.6附近的原子相互作用能,并使用1stOpt软件拟合出固氦的零点振动频率,得到零点振动能、Gruneisen系数及零点振... 基于第一性原理,运用原子团簇理论和Hartree-Fock Self-Consistent-Field从头算法计算了高压固氦hcp结构在平衡位置r=1.75-2.6附近的原子相互作用能,并使用1stOpt软件拟合出固氦的零点振动频率,得到零点振动能、Gruneisen系数及零点振动压强,最后与实验值做了比较.结果表明:固氦晶体在其各自平衡位置附近的运动可近似为简谐振动;固氦晶体的零点振动频率随着摩尔体积的增大而减小;零点振动能占多体相互总能的比例超过5%,已不可忽略,其比例随摩尔体积的增加而增大;零点振动能随原子间距和摩尔体积的增大而减小;Gruneisen系数随着摩尔体积的增大而增大,并始终处于1和2之间;零点振动引起的压强与实验值曲线趋势完全一致,但比实验值稍小,零点振动压强对总压强的贡献随着摩尔体积的增大由8%增大到50%左右,由此引起的零点振动压强值的贡献越来越大. 展开更多

关键词 固氦 HARTREE-FOCK self-consistent-field从头算法 1stOpt软件 零点振动能 零点振动频率 Gruneisen系数 零点振动压强

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浮选剂苯甲羟肟酸的量子化学研究 被引量：15

16

作者 夏启斌 李忠 +1 位作者 邱显扬 戴子林 《矿冶工程》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期30-33,共4页

用量子化学的从头算法 (abinition算法 )计算苯甲羟肟酸和苯甲氧肟酸分子模型 ,计算结果表明 ,苯甲羟肟酸分子为平面分子而苯甲氧肟酸为非平面分子 ,两者可以共存 ,苯甲氧肟酸比苯甲羟肟酸要稳定。当苯甲羟肟酸和苯甲氧肟酸与矿物表面... 用量子化学的从头算法 (abinition算法 )计算苯甲羟肟酸和苯甲氧肟酸分子模型 ,计算结果表明 ,苯甲羟肟酸分子为平面分子而苯甲氧肟酸为非平面分子 ,两者可以共存 ,苯甲氧肟酸比苯甲羟肟酸要稳定。当苯甲羟肟酸和苯甲氧肟酸与矿物表面的金属离子螯合时 ,与金属离子易形成O ,O五元环螯合物 ,而不是O ,N四元环螯合物。相对于乙羟肟酸 (乙氧肟酸 ) ,苯甲羟肟酸 (苯甲氧肟酸 )与矿物静电作用变小 ,正配键的能力降低 ,接受电子形成反馈键能力增强 ,使苯甲羟肟酸 (苯甲氧肟酸 )选择性提高。 展开更多

关键词 苯甲羟肟酸 苯甲氧肟酸 从头算法(ab inifion算法) 选择性

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(BN)_n(n≤12)团簇的结构及成键性质 被引量：14

17

作者 宋燕 陈宏善 +1 位作者 张材荣 王广厚 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第7期735-739,共5页

利用遗传算法和Gastreich提出的经验势函数研究了(BN)n(n≤12)团簇的可能稳定结构,并对能量较低的异构体在HF/6-31G(d)水平进行优化,得到了(BN)n(n≤12)团簇的线状、蒲扇形、单环、双环、三环和笼状结构,讨论了各种结构的特征及相对稳定... 利用遗传算法和Gastreich提出的经验势函数研究了(BN)n(n≤12)团簇的可能稳定结构,并对能量较低的异构体在HF/6-31G(d)水平进行优化,得到了(BN)n(n≤12)团簇的线状、蒲扇形、单环、双环、三环和笼状结构,讨论了各种结构的特征及相对稳定性.分析了BN团簇中原子的成键性质,在单环结构中,N原子以sp2杂化成键,B原子以sp杂化成键,而在节点处B原子以sp2杂化成键.(BN)6是唯一没有张力的单环结构. 展开更多

关键词 (BN)n团簇 遗传算法 HF从头计算 BN键

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CH2O＋O[^3P]→CHO＋OH反应途径和变分速率常数 被引量：4

18

作者 李会英 冯文林 +2 位作者 冀永强 徐振峰 雷鸣 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第5期446-450,共5页

采用QCISD/6-311G犤d,p犦从头算方法,优化了吸氢反应CH2O+O犤3P犦→CHO+OH的反应物、过渡态和产物的几何结构,并用QCISD(t,full)/6-311G//QCISD/6-311G方法对各驻点进行了单点校正,得出正逆反应的活化位垒分别为38.86kJ·mol-1和67.... 采用QCISD/6-311G犤d,p犦从头算方法,优化了吸氢反应CH2O+O犤3P犦→CHO+OH的反应物、过渡态和产物的几何结构,并用QCISD(t,full)/6-311G//QCISD/6-311G方法对各驻点进行了单点校正,得出正逆反应的活化位垒分别为38.86kJ·mol-1和67.23kJ·mol-1.IRC(内禀反应坐标)分析指出,该反应是一个C-H键断裂和H-O键生成协同进行的反应,而且在反应途径上存在一个引导反应进行的振动模式,其引导反应进行s区间为-0.4～0.75(amu)1/2.在1300～2270K温度范围内运用改进的变分过渡态理论(ICVT),计算了反应速率常数,与实验结果相当一致. 展开更多

关键词 反应途径 甲醛 三线态氧 速率常数 从头算法 变分过渡态理论 反应动力学

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用四极矩展开方法计算H_2-H_2的相互作用对势 被引量：2

19

作者 张红 程新路 +2 位作者 孙书祺 李娟 胡栋 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期546-548,共3页

利用四极矩展开方法将H2 -H2 的相互作用对势对几种特殊构型进行展开 ,用从头算分子结构程序计算这些构型下的相互作用势 ,由此近似得出H2 -H2 的相互作用对势 ,并对不同的展开方法进行了比较研究。

关键词 氩分子 对势 四极矩展开方法 从头算法

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高通量DNA测序数据压缩研究进展 被引量：4

20

作者 朱泽轩 张永朋 +2 位作者 尤著宏 姜亮 纪震 《深圳大学学报（理工版）》 EI CAS 北大核心 2013年第4期409-415,共7页

针对高通量DNA测序技术发展产生的DNA测序数据量猛增,数据压缩技术是解决存储和传输高通量DNA序列数据问题的重要方法之一.评述DNA测序数据传统压缩方法包括替代法和统计法,以及基于参考基因组的高通量DNA测序数据压缩方法,介绍并比较... 针对高通量DNA测序技术发展产生的DNA测序数据量猛增,数据压缩技术是解决存储和传输高通量DNA序列数据问题的重要方法之一.评述DNA测序数据传统压缩方法包括替代法和统计法,以及基于参考基因组的高通量DNA测序数据压缩方法,介绍并比较重测序数据压缩、从头测序数据压缩、质量分数压缩和压缩数据检索的代表性算法,研究高通量DNA测序数据压缩面临的挑战及对未来的展望. 展开更多

关键词 计算机应用 DNA测序 下一代测序 重测序 从头测序 高通量测序 数据压缩算法

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