基于SNP分子标记的95个热带亚热带玉米自交系遗传多样性分析

1

作者 王兵伟 何静丹 +5 位作者 郑加兴 韦绍丽 周步进 覃嘉明 黄安霞 时成俏 《南方农业学报》 北大核心 2025年第5期1545-1553,I0003,共10页

【目的】对95个热带亚热带血缘玉米自交系的群体结构和遗传多样性进行分析,为热带亚热带血缘种质的创新和精准利用提供参考。【方法】利用10K玉米SNP育种芯片对95个玉米自交系进行全基因组分型扫描,所得数据进行质控后利用PowerMarker V... 【目的】对95个热带亚热带血缘玉米自交系的群体结构和遗传多样性进行分析,为热带亚热带血缘种质的创新和精准利用提供参考。【方法】利用10K玉米SNP育种芯片对95个玉米自交系进行全基因组分型扫描,所得数据进行质控后利用PowerMarker V3.25计算遗传多样性指标,利用MEGA X计算遗传距离并采用邻接法进行聚类分析,使用R包计算群体间遗传分化系数(Fst)并进行非度量多维尺度(NMDS)分析。【结果】从95个玉米自交系中检测到7812个高质量SNP分子标记位点,分布于玉米10条染色体上。95个自交系间的遗传距离变化范围为0.001~0.482,平均值为0.356。根据遗传距离信息将95个玉米自交系划分为A、B、C 3个类群,A群有5个自交系,B群有17个自交系,C群有73个自交系;C群又可分为5个亚群,每个亚群均有各自代表性的自交系材料,聚类分析结果与育种实践基本吻合。基于SNP分子标记位点进行统计,95个玉米自交系的平均杂合率为1.4%,基因多样性均值为0.3718,杂合度难测值均值为0.0139,最小等位基因频率均值为0.2886,多态信息含量均值为0.3004。A群的Fst(0.1491)最高,B群和C群的Fst(0.1422和0.1400)接近。NMDS分析也将95个自交系分成3个群,与聚类分析结果相对应。【结论】95个热带亚热带玉米种质具有较丰富的遗传多样性,被划分为3个类群,其中C群可划分为5个亚群,进一步明确了各自交系间的遗传亲缘关系。 展开更多

关键词 玉米 热带亚热带 自交系 snp分子标记 遗传多样性

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于SNP分子标记的128份糯玉米种质遗传多样性和类群结构分析

2

作者 钟昌松 方辉 +7 位作者 卢生乔 覃宏宇 陈坤 周锦国 弓雪 张述宽 刘亚利 黄安霞 《南方农业学报》 北大核心 2025年第5期1379-1389,共11页

【目的】分析不同基因型糯玉米种质的遗传多样性和类群结构,为广西糯玉米种质创新利用提供参考依据。【方法】利用10K芯片对128份糯玉米种质进行全基因组扫描,分析其遗传多样性和类群结构,并调查植株、花期和果穗的13个性状,分析不同类... 【目的】分析不同基因型糯玉米种质的遗传多样性和类群结构,为广西糯玉米种质创新利用提供参考依据。【方法】利用10K芯片对128份糯玉米种质进行全基因组扫描,分析其遗传多样性和类群结构,并调查植株、花期和果穗的13个性状,分析不同类群种质的性状差异。【结果】7561个SNP分子标记基本均匀覆盖整个玉米基因组,主要等位基因频率(MAF)为0.500~0.969,平均为0.702;基因多样性(GD)为0.061~0.500,平均为0.388;多态信息含量(PIC)为0.059~0.375,平均为0.307。聚类分析和PCoA分析均可将128份糯玉米种质划分为3个类群,分别为地方种类群、京科—中糯类群、本地糯类群;地方种类群和本地糯类类群的GD分别为0.354和0.343,PIC分别为0.282和0.280,低于京科—中糯类群的GD(0.377)和PIC(0.298),表明地方种类群和本地糯类类群的遗传多样性较低,且类群划分结果具有一定的地理和生态区域特征;甜糯玉米与糯玉米划分在同一类群,其原因是甜糯玉米是从糯玉米中选育的一种新型鲜食玉米。分子方差分析(AMOVA)结果显示,不同类群间存在明显的遗传变异,占总遗传变异的10.8%,自交系间的遗传变异为73.1%,自交系内的遗传变异为16.1%。相关分析结果显示,花期对京科-中糯类种质具有较突出的负向调控作用,而株高、穗位高等植株性状对本地糯类种质的正向调控作用较大。对于京科-中糯类温带种质,花期延迟对雄花性状及穗行数和穗粗等果穗性状有负调控作用,这可能是亚热带生态气候环境对温带血缘种质影响的结果。而对于本地糯类热带种质,株高、穗位高对果穗穗行数和行粒数正向调控作用更大,但过高的穗位高也易导致产量性状穗粗下降。【结论】不同类型的糯玉米种质遗传多样性存在一定差异,具有一定的地理和生态区域特点,在植株、花期和果穗等性状的相关性和互作机制也存在明显差异。 展开更多

关键词 糯玉米 遗传多样性 snp分子标记

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于全基因组重测序的木犀花期和花色SNP分子标记开发

3

作者 李胜连 朱跃 +4 位作者 张敏 张道梧 张成 王贤荣 段一凡 《植物资源与环境学报》 北大核心 2025年第3期66-78,共13页

基于68个木犀〔Osmanthus fragrans(Thunb.)Lour.〕样品(包括17个四季桂样品、18个银桂样品、12个金桂样品和21个丹桂样品)的全基因组重测序数据,通过全基因组关联分析对木犀花期(四季桂品种群与非四季桂类)和花色(丹桂品种群与非丹桂类... 基于68个木犀〔Osmanthus fragrans(Thunb.)Lour.〕样品(包括17个四季桂样品、18个银桂样品、12个金桂样品和21个丹桂样品)的全基因组重测序数据,通过全基因组关联分析对木犀花期(四季桂品种群与非四季桂类)和花色(丹桂品种群与非丹桂类)单核苷酸多态性(SNP)位点进行了深入挖掘。结果显示:筛选到与木犀花期显著相关的SNP位点489个,与花色显著相关的SNP位点1525个,从中挑选位点进行SNP分子标记开发,并进行分型验证。开发出11个木犀花期SNP分子标记,其中位点HQ-1、HQ-2、HQ-3和HQ-8分型成功率较高,是理想的木犀花期SNP分子标记。开发出12个木犀花色SNP分子标记,其中位点HS-1、HS-2、HS-3、HS-9和HS-10分型成功率较高,是理想的木犀花色SNP分子标记。本研究开发的SNP位点可用于木犀品种鉴定、指纹图谱构建、辅助育种、遗传多样性和亲缘关系等方面的研究。 展开更多

关键词 木犀 全基因组重测序 花期 花色 snp分子标记

在线阅读 下载PDF 职称材料

花椒锈病抗性相关的SNP分子标记筛选

4

作者 张宾珊 阮若玉 +6 位作者 肖欣竹 叶萌 胡映霞 崔慧 尹妍吉 韩珊 贾玉珍 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第1期148-158,共11页

【目的】开发和筛选与花椒锈病抗性相关的SNP分子标记,实现不同花椒品种(系)锈病高效精准的抗性分子鉴定。【方法】基于花椒转录组测序(RNA-Seq)结果,开发出可能与抗性相关的SNP标记,在抗感差异材料中验证与花椒锈病抗性相关的SNP引物... 【目的】开发和筛选与花椒锈病抗性相关的SNP分子标记,实现不同花椒品种(系)锈病高效精准的抗性分子鉴定。【方法】基于花椒转录组测序(RNA-Seq)结果,开发出可能与抗性相关的SNP标记,在抗感差异材料中验证与花椒锈病抗性相关的SNP引物。【结果】以12份抗病株系和感病株系基因组DNA为模板,与人工接种鉴定相结合,获得1个与花椒抗锈病相关的SNP标记,该标记在抗病材料中能够扩增出1条325 bp左右大小的条带(命名为30616-314-2)。使用此引物对现有40份花椒种质资源进行抗性鉴定,获得抗病材料14份,感病材料26份。【结论】筛选出了1个可以用于花椒抗锈病辅助育种选择的SNP分子标记,加速推进花椒抗锈病育种进程。 展开更多

关键词 花椒锈病 snp分子标记 转录组 抗性鉴定

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于SNP分子标记的福建玳瑁山脉茶树种质遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

5

作者 贵文静 于文涛 +6 位作者 刘玲玉 罗华标 罗钦 朱艳宇 王攀 蔡春平 叶乃兴 《南方农业学报》 北大核心 2025年第1期160-168,共9页

【目的】分析福建玳瑁山脉茶树种质资源的亲缘关系和遗传多样性,并构建其DNA指纹图谱,为玳瑁山脉茶树种质资源的保护、鉴定和利用提供参考依据。【方法】利用SNP分子标记对83份玳瑁山脉茶树种质资源进行亲缘关系和遗传多样性分析。利用G... 【目的】分析福建玳瑁山脉茶树种质资源的亲缘关系和遗传多样性,并构建其DNA指纹图谱,为玳瑁山脉茶树种质资源的保护、鉴定和利用提供参考依据。【方法】利用SNP分子标记对83份玳瑁山脉茶树种质资源进行亲缘关系和遗传多样性分析。利用GenAlEx 6.503计算遗传距离,并进行主坐标分析(PCoA)。运用MEGA 5.05和DARwin 6.0构建层次聚类树。利用Structure 2.3.4进行群体结构分析,使用Clumpp 1.1.2和Distruct 1.1绘制种群结构图,并构建DNA指纹图谱。【结果】从83份玳瑁山茶树种质资源中筛选出51个多态性高的SNP位点,用于鉴定玳瑁山脉茶树种质资源的基因分型。83份玳瑁山茶树种质资源的Shannon’s信息指数(I)平均为0.530,观测杂合度(Ho)平均为0.312,期望杂合度(He)平均为0.352,固定指数(F)平均为0.122,次等位基因频率(MAF)平均为0.261。83份玳瑁山脉茶树种质资源可分为4个产区,基本上每个产区茶树种质均可单独聚为组群,新罗产区和漳平产区的茶树种质各自较独立聚集,上杭产区和连城产区的茶树种质交流较密切。不同产区种群间遗传分化系数(F_(st))为0.090~0.165,属于中度遗传分化,上杭产区与漳平产区的茶树群体间F_(st)最大,为0.165,遗传距离最大,为0.189,茶树基因型差异最大,亲缘关系较远,种群间分化较明显;上杭产区与连城产区的茶树群体间遗传距离最小,为0.082,F_(st)最小,为0.090,茶树种质基因型最相近,遗传物质交流最频繁。通过51个有效SNP位点的基因分型,将其扩增位点信息连锁编码构建的DNA指纹图谱,可有效对玳瑁山脉茶树种质资源进行区分。【结论】玳瑁山脉茶树种质资源具有丰富的遗传多样性,利用筛选出的SNP分子标记可有效鉴定玳瑁山脉茶树种质资源的亲缘关系,可用于玳瑁山脉茶树种质资源鉴定及保护。 展开更多

关键词 茶树 遗传多样性 snp分子标记 亲缘关系 玳瑁山脉

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于SNP分子标记技术的杭锦旗甘草指纹图谱构建

6

作者 潘雨晴 赵心阳 +2 位作者 张飞飞 段妍妮 李雅丽 《种子》 北大核心 2025年第4期1-8,共8页

杭锦旗特有的地理环境和气候条件赋予了当地甘草皮色红、粉性足、含酸多、切面光等优良特性,成为我国乌拉尔甘草的典型代表。目前杭锦旗流通的甘草种子50%以上品种混杂,遗传背景不明确,给道地甘草资源的鉴定、保护等工作造成困难。以在... 杭锦旗特有的地理环境和气候条件赋予了当地甘草皮色红、粉性足、含酸多、切面光等优良特性,成为我国乌拉尔甘草的典型代表。目前杭锦旗流通的甘草种子50%以上品种混杂,遗传背景不明确,给道地甘草资源的鉴定、保护等工作造成困难。以在杭锦旗境内不同地理居群收集的野生甘草种子为研究对象,利用全基因组重测序技术以及Illumina测序平台开发SNP位点,获得的测序结果,Q20为97.14%~98.81%,Q30为92.60%~93.80%,经过测序结果与参考基因组比对筛选,共获得25772206个SNP标记位点,这些SNP变异位点次等位基因频率(MAF)平均值为0.16,SNP标记多态性信息含量平均值为0.235。通过多个指标筛选原始SNP位点,最终获得来自28份样本的能够鉴定杭锦旗甘草的368个SNP标记,构建了相应的DNA指纹图谱并进行了相关的遗传进化分析。结合交叉验证错误率结果,认为这28个样本有2个原始祖先。从28个主成分中最终确定3个主成分,分别为PC1、PC2、PC3。 展开更多

关键词 甘草 snp分子标记 遗传进化分析 指纹图谱

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于RAD-seq技术的俄罗斯鲟SNP分子标记开发

7

作者 陈叶雨 赖见生 +3 位作者 罗晓含 吴晓雲 宋明江 龚全 《南方农业学报》 北大核心 2025年第6期1691-1703,共13页

【目的】基于限制性位点相关DNA测序(RAD-seq)开发出俄罗斯鲟(Acipenser gueldenstaedti)的潜在单核苷酸多态性(SNP)分子标记,掌握俄罗斯鲟人工养殖群体的遗传多样性,为深入研究鲟形目鱼类的保护遗传学提供技术支撑。【方法】通过CTAB... 【目的】基于限制性位点相关DNA测序(RAD-seq)开发出俄罗斯鲟(Acipenser gueldenstaedti)的潜在单核苷酸多态性(SNP)分子标记,掌握俄罗斯鲟人工养殖群体的遗传多样性,为深入研究鲟形目鱼类的保护遗传学提供技术支撑。【方法】通过CTAB法提取俄罗斯鲟鳍条DNA,构建DNA文库后利用Illumina NovaSeq 6000测序平台完成RAD-seq,经质控过滤、聚类组装及比对分析等筛选出潜在的SNP位点,并以SNaPshot和Sanger测序对SNP位点进行验证。【结果】5个俄罗斯鲟样本RAD-seq共获得14.24 Gb原始数据(Raw base),平均每个样本的有效数据(Clean base)为2.84 Gb,平均有效数据率为99.54%,Q20均在96.00%以上,GC含量在40.52%~41.36%。数据组装总长度为53211245 bp,组装Contig的平均长度为343 bp,N50为404 bp;各样本测序得到Reads与组装基因组的比对率在59.89%~62.43%,平均测序深度为15.75~23.84倍。5个俄罗斯鲟样本RAD-seq获得的SNPs位点总数在299416~367709个,SNP转换位点数在183070~224458个,SNP颠换位点数在116346~143251个,转换/颠换比(Ts/Tv)平均为1.57;SNP位点的杂合率在82.81%~97.43%,其突变类型可分为6种(T/C、T/A、T/G、C/G、C/A和A/G),以T/C或A/G的出现频率最高。基于Sanger测序从随机挑选的100个潜在SNPs位点中筛选出36个多态性SNPs位点,其突变类型中以A/G的出现频率最高(44.4%),其次是T/C(出现频率为36.1%),A/C、C/G和G/T的出现频率相对较低,分别为8.3%、8.3%和2.7%。36个SNPs位点共检测到72个等位基因,最小等位基因频率(MAF)的范围在0.0147~0.5000,观察杂合度(H_(O))为0.029~0.971,期望杂合度(HE)为0.029~0.523;除Ag18、Ag33、Ag35和Ag36等4个SNPs位点呈低度多态性(PIC≤0.25)外,其他32个SNPs位点均为中度多态性位点(0.25<PIC≤0.50),表明我国西南地区人工养殖的俄罗斯鲟遗传多样性处于较低水平。Hardy-Weinberg平衡性检测结果显示,有19个SNPs位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P_(HWE)>0.05)。【结论】基于RAD-seq开发俄罗斯鲟SNP分子标记是一种切实可行的方法,开发出的SNP分子标记通用性高、数量多、覆盖率广,为俄罗斯鲟群体遗传学研究、遗传连锁图谱构建及分子辅助育种提供了技术支撑。 展开更多

关键词 俄罗斯鲟 snp分子标记 遗传多样性 RAD-seq

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于全基因组关联分析挖掘甘蓝型油菜油酸含量QTL与SNP分子标记

8

作者 李敏 方正 +2 位作者 陈俊锟 梁龙兵 向阳 《种子》 北大核心 2024年第7期53-58,共6页

本研究以国内外收集的300份甘蓝型油菜种质为材料,在2个环境下种植,结合油酸含量的表型和基因型数据,利用EMMAX软件进行全基因组关联分析。结果表明,关联群体的油酸含量分布呈连续性双峰分布,受2个主效基因位点控制;GWAS分析检测到一个... 本研究以国内外收集的300份甘蓝型油菜种质为材料,在2个环境下种植,结合油酸含量的表型和基因型数据,利用EMMAX软件进行全基因组关联分析。结果表明,关联群体的油酸含量分布呈连续性双峰分布,受2个主效基因位点控制;GWAS分析检测到一个控制油酸含量性状的主效QTL位点,位于C03染色体的第53853975~57808820位碱基之间,贡献率为62.51%,与chrC03_53853975(A/G)、chrC03_57808820(C/T)SNP分子标记及峰值SNP分子标记chrC03_56392730(G/T)紧密连锁,对应碱基突变导致多态性。峰值SNP等位基因为TT时,该性状表型效应值为57.93%。本研究首次揭示一种甘蓝型油菜籽油酸含量性状的C03染色体主效QTL位点及其SNP分子标记,贡献率高,为该性状的高效改良与分子标记辅助选择提供了重要理论依据。 展开更多

关键词 甘蓝型油菜 油酸含量 QTL snp分子标记

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于SNP分子标记的221份荔枝品种(品系)的遗传多样性分析及核心种质库构建 被引量：11

9

作者 黄小凤 韦阳连 +3 位作者 袁叶 余金昌 袁志永 王伟山 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期74-84,共11页

以221份荔枝(Litchi chinensis Sonn.)品种(品系)为研究样本,采用SNP分子标记对供试样本的遗传多样性和遗传结构进行分析,在此基础上构建荔枝核心种质库并进行验证和评价。结果表明:19对SNP引物的观测等位基因数均为2,有效等位基因数为1... 以221份荔枝(Litchi chinensis Sonn.)品种(品系)为研究样本,采用SNP分子标记对供试样本的遗传多样性和遗传结构进行分析,在此基础上构建荔枝核心种质库并进行验证和评价。结果表明:19对SNP引物的观测等位基因数均为2,有效等位基因数为1.1~2.0,Shannon s信息指数为0.236~0.692,观测杂合度为0.081~0.561,期望杂合度为0.119~0.499,多态性信息含量为0.112~0.374;根据果实成熟期,供试样本分为晚熟、中熟、早熟和特早熟4个品种(品系)群体,其中,早熟品种(品系)群体的遗传多样性最高,晚熟品种(品系)群体的遗传多样性最低。供试样本个体间的遗传变异贡献率为85%,群体间和群体内的遗传变异贡献率分别为10%和5%;不同群体间的果实成熟时间相差越大,其遗传分化系数和遗传距离越大,其中,晚熟品种(品系)群体与中熟、早熟和特早熟品种(品系)群体间的遗传距离依次增大,遗传距离分别为0.014、0.091和0.352。遗传结构分析和聚类分析结果基本一致,通过遗传结构分析,供试样本被分为2组,a组包含181份样本,主要为中熟和晚熟品种(品系)以及极少量的早熟品种(品系);b组包含40份样本,包括所有特早熟品种(品系)、大部分早熟品种(品系)、少部分中熟品种(品系)及极少部分晚熟品种(品系);a组和b组的绝大部分样本分别对应聚类分析的Ⅲ组及Ⅰ组和Ⅱ组。综合分析结果表明:供试荔枝品种(品系)的遗传多样性水平较高,且遗传变异主要发生在个体间;群体间的遗传分化系数和遗传距离均与果实成熟期相关。按照不同取样比例构建核心种质库,以20%取样比例构建的核心种质库〔包含44份品种(品系)〕的观测等位基因数、有效等位基因数、Shannon s信息指数、观测杂合度、期望杂合度的保留率最高,分别为100%、100%、106%、103%和107%;经检验,构建的核心种质库能充分体现原有品种(品系)的遗传多样性,较全面地保留供试荔枝品种(品系)的相关信息。 展开更多

关键词 荔枝 品种(品系) snp分子标记 遗传多样性 遗传结构 核心种质库

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于家蚕抗血液型脓病新品种的SNP分子标记开发 被引量：8

10

作者 钱荷英 李刚 +2 位作者 李龙 赵国栋 徐安英 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期76-82,共7页

随着家蚕抗血液型脓病新品种‘华康’系列在全国的推广和应用,市面上出现了一些鱼龙混杂现象。针对这一问题,本研究用SLAF-seq(Specific-locus amplified fragment sequencing)技术对15个不同的家蚕品种(7个抗脓病品种和8个非抗脓病品种... 随着家蚕抗血液型脓病新品种‘华康’系列在全国的推广和应用,市面上出现了一些鱼龙混杂现象。针对这一问题,本研究用SLAF-seq(Specific-locus amplified fragment sequencing)技术对15个不同的家蚕品种(7个抗脓病品种和8个非抗脓病品种)进行简化基因组测序,结果共获得所有检测品种的447 359个SNP位点,分析这些SNP标记在家蚕的28条染色体上的分布以及与抗脓病性能的相关性,得到第27群上的50个与抗BmNPV相关的SNP分子标记;经过PCR验证的结果与SLAF-seq测序结果一致,认为这些SNP可以作为鉴定和判别‘华康’系列品种的分子标记。 展开更多

关键词 家蚕 家蚕核型多角体病毒 snp分子标记 SLAF-seq

在线阅读 下载PDF 职称材料

中国南瓜果皮颜色基因连锁的SNP分子标记的开发及应用 被引量：9

11

作者 周洋洋 黄河勋 +3 位作者 李俊星 罗少波 吴廷全 钟玉娟 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期1050-1059,共10页

为了解中国南瓜(Cucurbita moschata Duch.)果皮颜色性状的遗传规律,筛选与皮色性状紧密连锁的SNP分子标记,本试验以中国南瓜墨绿无斑果皮自交系CMO-1(P1)和浅绿有斑果皮自交系CMO-97(P2)为试验材料构建F_2遗传群体,对果皮颜色pc(perica... 为了解中国南瓜(Cucurbita moschata Duch.)果皮颜色性状的遗传规律,筛选与皮色性状紧密连锁的SNP分子标记,本试验以中国南瓜墨绿无斑果皮自交系CMO-1(P1)和浅绿有斑果皮自交系CMO-97(P2)为试验材料构建F_2遗传群体,对果皮颜色pc(pericarp color)基因进行遗传分析和基因定位研究,将定位区间内的SNP分子标记转化为dCAPS分子标记进行开发及应用。结果表明,浅绿有斑果皮对墨绿无斑果皮表现为显性,由1个显性单基因控制。此外,利用前期构建的高密度遗传图谱,在8号连锁群上检测到了1个与中国南瓜果皮颜色性状和斑纹性状连锁的基因位点,2个性状可能由同1个基因控制。将此基因定位在具有最高表型解释概率的标记R1_47757附近,两侧翼标记为R2_47028和R2_63809,遗传距离为1.86 c M,物理距离为145.13 kb。生物信息学分析表明,该区段存在32个预测候选基因。同时,根据检测到的与皮色性状相关基因位点内的SNP分子标记信息,设计dCAPS分子标记引物,经过PCR扩增及酶切验证,开发出2个扩增效率高、稳定性好的dCAPS分子标记,根据酶切带型可以准确的将F_2群体中的墨绿无斑表型和浅绿有斑表型区分开,且可以用于鉴定中国南瓜自交系材料的果皮颜色。本研究结果为南瓜果皮颜色的形成机理及开展南瓜分子标记辅助育种奠定了一定的理论基础。 展开更多

关键词 南瓜 果皮颜色 基因定位 snp分子标记 分子标记辅助育种

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于SNP分子标记的玉米杂交种基因型分析与纯度鉴定 被引量：4

12

作者 尹祥佳 李晶 +4 位作者 王雅琳 王剑虹 翟琛 郝楠 焦珍珍 《现代农业研究》 2021年第6期102-104,132,共4页

为研究SNP分子标记鉴定玉米杂交种纯度的方法,选用甘肃省推广的6份玉米杂交种为试验材料,通过应用SNP分子标记的KASP技术鉴定玉米杂交种的基因型和纯度,试验结果为95.83%-98.96%之间,说明SNP分子标记KASP技术结果可靠,实现了高效率、高... 为研究SNP分子标记鉴定玉米杂交种纯度的方法,选用甘肃省推广的6份玉米杂交种为试验材料,通过应用SNP分子标记的KASP技术鉴定玉米杂交种的基因型和纯度,试验结果为95.83%-98.96%之间,说明SNP分子标记KASP技术结果可靠,实现了高效率、高灵活性、简便快捷、低成本的技术优势,可以作为玉米杂交种纯度检测的新方法,并在今后基于SNP标记的玉米品种分子鉴定中发挥越来越重要的作用,能够有效为我省乡村振兴战略背景下玉米制种品种质量监测技术研究提供技术参考。 展开更多

关键词 snp分子标记 玉米杂交种 基因型分析 纯度鉴定

在线阅读 下载PDF 职称材料

利用转录组测序开发甘蔗SNP分子标记 被引量：5

13

作者 胡小文 孔冉 +2 位作者 刘洋 徐志军 苏俊波 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期2527-2536,共10页

【目的】利用转录组测序开发甘蔗SNP分子标记,为甘蔗建立一种高效和低成本的分子标记开发方法。【方法】以40个甘蔗栽培品种为试验材料,使用高通量测序平台获得其转录组数据,经质控后将其匹配到参考基因组,然后使用GATK软件检测和过滤SN... 【目的】利用转录组测序开发甘蔗SNP分子标记,为甘蔗建立一种高效和低成本的分子标记开发方法。【方法】以40个甘蔗栽培品种为试验材料,使用高通量测序平台获得其转录组数据,经质控后将其匹配到参考基因组,然后使用GATK软件检测和过滤SNP分子标记,并使用snpEff对SNP进行注释及统计分析。利用这些SNP分子标记进行系统发生分析、主成分分析和群体结构分析。最后,开发KASP标记并随机验证其有效性。【结果】转录组数据经质控后平均每个样本获得6.5 Gb的序列。通过变异分析和多重过滤筛选后,共获得220397个注释到染色体上的双等位基因SNP位点,平均密度为3 SNP/kb。SNP类型及分布特征分析结果表明,编码区错义突变与沉默突变的比值(N/S)为1.05,转换类型和颠换类型的比值(Ts/Tv)为1.89,杂合SNP占38.66%~49.91%,位于转录本的SNP比例为44.74%。系统发生分析、主成分分析和群体结构分析结果均表明,甘蔗栽培品种遗传来源较为单一,但群体分化较大。开发了11176个KASP分子标记,并随机合成25组KASP引物进行多态性验证,共有23组(92%)引物能检测到扩增产物,7组(28%)在40个甘蔗材料中呈现多态性,进一步验证了这些标记有效性。【结论】与传统SSR分子标记和基于GBS(Genotyping-by-sequencing)简化基因组测序的SNP分子标记开发方法相比,基于转录组测序的甘蔗SNP分子标记开发方法在保证质量和数量的情况下能获得更大比例的有效SNP,更有利于发掘功能SNP位点,为甘蔗分子SNP标记的开发提供了新的途径。 展开更多

关键词 甘蔗 snp分子标记 转录组 开发 主成分分析 群体结构分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

黄瓜雌性SNP分子标记的实际应用

14

作者 于越 《湖北农机化》 2019年第19期60-61,共2页

作为一种新的遗传标记,SNP分子标记开始逐渐受到重视。黄瓜雌性SNP分子标记以及应用具有重要的意义,其不仅能够使黄瓜的产量和纯度得到显著的提升,并且能够使黄瓜雌性系育种受阻现象得到有效缓解。从黄瓜雌性SNP分子标记的技术背景入手,... 作为一种新的遗传标记,SNP分子标记开始逐渐受到重视。黄瓜雌性SNP分子标记以及应用具有重要的意义,其不仅能够使黄瓜的产量和纯度得到显著的提升,并且能够使黄瓜雌性系育种受阻现象得到有效缓解。从黄瓜雌性SNP分子标记的技术背景入手,对SNP的概念、特点、检测分析技术以及黄瓜雌性SNP分子标记的实际应用进行详细的阐述。研究目的是明确黄瓜雌性SNP分子标记的重要性,从而使得黄瓜雌性SNP分子标记能够得到重视并在实际中被应用。 展开更多

关键词 snp分子标记 黄瓜雌性 遗传标记 应用

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于生长和抗逆功能基因SNP分子标记的凡纳滨对虾野生及选育群体遗传多样性分析 被引量：8

15

作者 申淑慧 戴习林 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期2836-2845,共10页

[目的]分析凡纳滨对虾野生群体与选育群体的遗传多样性及遗传差异,为进一步改良优化凡纳滨对虾种质提供参考依据。[方法]通过凡纳滨对虾转录组测序数据挖掘候选SNP位点,设计扩增引物,采用10尾野生凡纳滨对虾进行直接测序验证,筛选获得1... [目的]分析凡纳滨对虾野生群体与选育群体的遗传多样性及遗传差异,为进一步改良优化凡纳滨对虾种质提供参考依据。[方法]通过凡纳滨对虾转录组测序数据挖掘候选SNP位点,设计扩增引物,采用10尾野生凡纳滨对虾进行直接测序验证,筛选获得11对有效引物及24个位于生长和抗逆功能基因上的SNPs位点,并用于分析2个野生群体(Y1和Y2)和2个选育群体(F1和F2)的遗传多样性。[结果]凡纳滨对虾野生群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态信息含量(PIC)等遗传参数平均值明显高于选育群体。在2个野生群体中,Y2的各项遗传参数平均值均高于Y1;在2个选育群体中,F2的各项遗传参数平均值均高于F1,且在CATL、ANT、Tryptase、Crustin-like和Penaeidin4c等功能基因的某些SNP位点上,2个选育群体的各项遗传参数平均值为0。4个凡纳滨对虾群体中均存在SNP位点不同程度偏离Hardy-Weinberg平衡现象。野生群体Y1与选育群体F1间的近交系数(Fis)最高(0.0875),且基因流(Nm)也较高(4.2728);野生群体Y2与选育群体F1间的遗传分化指数(Fst)最高(0.0947),但Nm最低(2.3886),表明二者间的遗传背景较远。4个凡纳滨对虾群体的遗传变异主要来源于群体内(85.15%),仅有14.85%变异来源于群体间。4个凡纳滨对虾群体的遗传相似性系数为0.9351~0.9747,遗传距离为0.0256~0.0671;基于凡纳滨对虾群体遗传距离的UPGMA聚类分析结果显示,Y1、F1和F2聚为一支,而Y2单独聚为一支。[结论]凡纳滨对虾野生群体在抗逆功能基因SNP分子标记中的遗传多样性显著高于选育群体,且野生群体与选育群体间的遗传距离较远,具有较高的遗传改良潜力。在实际生产中,可通过杂交措施将野生群体的优良抗逆基因引入选育群体,提高凡纳滨对虾选育群体的免疫及抗病能力。 展开更多

关键词 凡纳滨对虾 野生群体 选育群体 snp分子标记 生长功能基因 抗逆功能基因 遗传多样性

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于SLAF-seq技术的苦瓜白粉病SNP分子标记开发 被引量：5

16

作者 冯诚诚 黄如葵 +5 位作者 黄熊娟 陈小凤 黄玉辉 梁家作 刘杏连 王齐旭 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2018年第1期108-115,共8页

以高抗白粉病苦瓜MC18和高感白粉病MC105杂交构建遗传分离群体,利用SLAF-seq技术进行深度测序,开发与抗白粉病性状紧密关联的SNP分子标记。结果表明:测序共获得各样品的有效reads为10.48 Mb,获得高质量的SLAF标签91 856个,其中多态性SLA... 以高抗白粉病苦瓜MC18和高感白粉病MC105杂交构建遗传分离群体,利用SLAF-seq技术进行深度测序,开发与抗白粉病性状紧密关联的SNP分子标记。结果表明:测序共获得各样品的有效reads为10.48 Mb,获得高质量的SLAF标签91 856个,其中多态性SLAF标签5 502个,多态性比例为5.99%。通过对多态性SLAF标签进行关联分析,筛选出与苦瓜白粉病抗病性状紧密关联的SNP位点共29个。根据关联分析结果 ,通过四引物扩增受阻突变体系PCR技术进行SNP位点多态性的验证,其中Marker4542、Marker11188分子标记特异性强、灵敏度高、稳定性好,建立一套简便快捷的苦瓜SNP分型方法。该方法可对苦瓜育种材料进行分子标记辅助选择,以进一步提高苦瓜抗病育种效率。 展开更多

关键词 苦瓜 白粉病 SLAF-seq snp分子标记 ARMS-PCR

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于转录组测序的棘胸蛙SSR和SNP分子标记开发 被引量：7

17

作者 魏朝宇 谢永广 +2 位作者 魏秀英 罗华辉 陈敦学 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期759-767,共9页

【目的】基于转录组开发SSR和SNP分子标记用于评价棘胸蛙(Quasipaa spinosa)遗传多样性,为其种质资源的创新利用提供理论支撑。【方法】采用TRIzol试剂盒提取棘胸蛙肝脏、肌肉和肾脏组织总RNA,构建cDNA文库后利用Illumina HiSeq 2500测... 【目的】基于转录组开发SSR和SNP分子标记用于评价棘胸蛙(Quasipaa spinosa)遗传多样性,为其种质资源的创新利用提供理论支撑。【方法】采用TRIzol试剂盒提取棘胸蛙肝脏、肌肉和肾脏组织总RNA,构建cDNA文库后利用Illumina HiSeq 2500测序平台进行高通量测序,通过MISA对棘胸蛙转录组测序数据进行SSR检索,并以SAMtools和VarScan v.2.2.7进行SNP查找。【结果】棘胸蛙转录组测序共获得93887条非冗余基因(Unigenes),序列总长度达91352712 bp,且所有转录组Q30均超过95.00%。在93887条Unigenes中发现33019个SSRs,其中21966条Unigenes含有SSR,6688条Unigenes含有超过1个SSR;以单核苷酸重复型SSR数最多,达25788个,且出现频率最高(27.47%)。SSR的平均长度以四核苷酸重复型最长,达35.47 bp;棘胸蛙SSR以(A/T)_(n)为绝对优势重复基元,占总SSR的65.51%,然后依次为(C/G)_(n)、(AT/AT)_(n)、(AC/GT)_(n)、(AG/CT)_(n)、(AAT/ATT)_(n)、(AGG/CCT)_(n),分别占总SSR的12.59%、5.66%、5.55%、3.31%、1.55%和1.30%。在33019个SSRs中,核苷酸重复次数主要集中在5~25次,占总SSR的99.91%,且大部分SSR位于非编码区,仅有1633个SSRs位于编码区;长度≥12 bp的SSR共计17244个,占总SSR的58.53%。挑选120对SSR引物进行引物有效性验证,发现有57对引物扩增出单一条带,且条带大小与预期结果一致。对棘胸蛙转录组序列进行SNP检索,共发现87634个SNPs,其中,56300个SNPs属于转换位点、31334个SNPs属于颠换位点,转化/颠换比达1.80,碱基的转换频率明显高于颠换频率。【结论】利用高通量转录组测序开发棘胸蛙SSR和SNP分子标记是一种切实可行的方法,能开发出通用性较高、数量较多、覆盖性较广的分子标记。棘胸蛙具有中度偏高的遗传多样性,可作为种质材料进一步开发利用。 展开更多

关键词 棘胸蛙 SSR分子标记 snp分子标记 分布特征 转录组测序

在线阅读 下载PDF 职称材料

茶树叶绿体基因组SNP分子标记的初步研究 被引量：6

18

作者 罗祥宗 胡云飞 +4 位作者 吴淋慧 赵雅琦 郑伟铭 黎巷汝 李力 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期768-778,共11页

传统的叶绿体基因分子标记在茶组植物分类系统研究中的应用价值相对有限,为了筛选可用于茶树鉴别与母系溯源的SNP(单核苷酸多态性)位点组合,将18个已报道的茶组植物叶绿体全基因组序列进行比对,通过设计通用引物,在169个茶树品种/品系... 传统的叶绿体基因分子标记在茶组植物分类系统研究中的应用价值相对有限,为了筛选可用于茶树鉴别与母系溯源的SNP(单核苷酸多态性)位点组合,将18个已报道的茶组植物叶绿体全基因组序列进行比对,通过设计通用引物,在169个茶树品种/品系中进行候选分子标记扩增与一代测序分析,筛选出16对引物,共含25个SNP位点可用于茶树品种母系溯源与鉴别分析。另外,将SNP位点组成的DNA指纹图谱结合茶树品种资源基本信息进行数字编码,最终形成由30位数字组成的茶树品种资源分子身份证,并构建相应的条形码和二维码用于品种识别。本研究数据为茶树品种的母本溯源与鉴别提供新的思路。 展开更多

关键词 叶绿体基因 snp分子标记 母系溯源 鉴别 身份证

在线阅读 下载PDF 职称材料

SNP分子标记对bmr6和bmr12型褐色中脉高粱种质鉴定

19

作者 张国琴 葛玉彬 张正英 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期996-1003,共8页

高粱(Sorghum bicolor)的褐色中脉(bmr)是由化学诱变引起,与传统的白色中脉相比能有效降低茎秆中木质素的含量,提高反刍动物的消化率。在高粱中已定位出8个bmr基因,其中只有bmr6和bmr12在生物学及分子水平方面得到全面的研究和广泛的应... 高粱(Sorghum bicolor)的褐色中脉(bmr)是由化学诱变引起,与传统的白色中脉相比能有效降低茎秆中木质素的含量,提高反刍动物的消化率。在高粱中已定位出8个bmr基因,其中只有bmr6和bmr12在生物学及分子水平方面得到全面的研究和广泛的应用。目前,有许多褐色中脉高粱种质资源,无法从中脉颜色上区分其基因型。因此,本研究根据bmr6和bmr12单碱基突变位点的DNA序列,利用单核苷酸多态性(SNPs)分子标记,对51份高粱种质中的褐色中脉类型进行鉴定,鉴定出bmr6型褐色中脉高粱种质24份,均为高代自交系材料;鉴定出bmr12型褐色中脉高粱种质2份(TxbmrB和Daka2BF9)。本研究鉴定出的bmr6和bmr12型褐色中脉高粱种质,可以为bmr饲用高粱新品种选育提供bmr性状供体创制相应的bmr亲本系材料,从而加快育种进程。此外,本研究优化了bmr6和bmr12 SNP分子标记体系,通过测序技术可快速准确地对bmr6和bmr12型褐色中脉高粱种质进行鉴定,从而加快bmr分子育种进程。 展开更多

关键词 高粱 褐色中脉 bmr6 bmr12 snp分子标记 分子鉴定 辅助选择

在线阅读 下载PDF 职称材料

SNP分子标记技术在农作物种子检测中的研究与应用 被引量：11

20

作者 李巧英 郑戈文 《中国种业》 2019年第11期16-18,共3页

分子标记方法在农作物种子质量检测中发挥着越来越重要的作用,随着分子标记技术的发展,SNP标记方法逐渐应用到农作物种子检测中。主要介绍了SNP分子标记方法的技术、特点,及其在农作物种子真实性检测、纯度检测和遗传图谱、数据库构建... 分子标记方法在农作物种子质量检测中发挥着越来越重要的作用,随着分子标记技术的发展,SNP标记方法逐渐应用到农作物种子检测中。主要介绍了SNP分子标记方法的技术、特点,及其在农作物种子真实性检测、纯度检测和遗传图谱、数据库构建等方面的应用,并就其今后在种子质量检测中的研究与应用进行了探讨。 展开更多

关键词 snp分子标记技术 农作物种子检测 研究 应用

在线阅读 下载PDF 职称材料