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SHERLOCK-HBA检测方法的建立及其在血液鉴别中的应用 被引量:1
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作者 姚乾威 何红霞 +4 位作者 胡胜 赵一霞 罗雨 季安全 孙启凡 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1971-1982,共12页
目的基于规律成簇的间隔短回文重复(CRISPR)/CRISPR关联蛋白质系统(Cas)技术建立检测血液特异性血红蛋白α(HBA)mRNA的方法,以准确、快速地鉴定血液样本。方法本研究通过设计和筛选血液特异性HBA mRNA上的CRISPR RNA(crRNA)短片段,基于C... 目的基于规律成簇的间隔短回文重复(CRISPR)/CRISPR关联蛋白质系统(Cas)技术建立检测血液特异性血红蛋白α(HBA)mRNA的方法,以准确、快速地鉴定血液样本。方法本研究通过设计和筛选血液特异性HBA mRNA上的CRISPR RNA(crRNA)短片段,基于CRISPR/Cas技术原理建立了SHERLOCK-HBA检测方法,对5种体液(包括外周血、月经血、唾液、阴道分泌液、精液)共79份样本进行检测以评价所建方法鉴别血液的能力,并通过种属特异性实验、灵敏度实验、模拟混合斑检测、模拟降解样本检测、实际案件样本检测等进一步验证实验体系的法医学应用能力。结果该方法检测人源血液的相对荧光单位(RFU)值显著高于非血液(P<0.0001)以及非人源血液样本(P<0.0001),对血液RNA的检出灵敏度可达1×10^(-3) ng,且可成功检测出混合斑迹以及陈旧降解斑迹中的微量血液成分。结论本研究成功建立了一种基于CRISPR/Cas技术的SHERLOCK-HBA检测体系,能准确、灵敏地鉴定血液,操作简单、快速,为快速识别血液类样本提供了新的思路和参考。 展开更多
关键词 法医遗传学 血液鉴定 血红蛋白α CRISPR/Cas sherlock
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Sherlock MIS系统应用于土壤细菌鉴定的研究 被引量:37
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作者 吴愉萍 徐建明 +2 位作者 汪海珍 胡宝兰 吴建军 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期642-647,共6页
以10种已知菌株为例,对Sherlock微生物鉴定系统(Sherlock MIS)的细菌鉴定准确性及培养基、活化时间和取样区域等因素对鉴定结果的影响进行了研究。结果表明该系统对TSBA培养基培养的细菌的鉴定准确率很高,除苏云金杆菌外其他菌株均鉴定... 以10种已知菌株为例,对Sherlock微生物鉴定系统(Sherlock MIS)的细菌鉴定准确性及培养基、活化时间和取样区域等因素对鉴定结果的影响进行了研究。结果表明该系统对TSBA培养基培养的细菌的鉴定准确率很高,除苏云金杆菌外其他菌株均鉴定到种的水平;但选用牛肉膏蛋白胨培养基培养细菌后,系统对供试菌株鉴定效果不理想。不同活化处理中所有样品的鉴定结果均正确,但以菌种活化2次后的SI值(相似指数)更高;取菌在二区或是三区则对鉴定结果影响不大。 展开更多
关键词 sherlock MIS 细菌鉴定 磷脂脂肪酸 土壤
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RAA-DETECTOR布鲁氏菌核酸快速检测方法的建立及应用
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作者 张雲龙 王靖雷 +8 位作者 朱亚杰 张明洁 康澳 周翔 魏凯 曹洪防 李强 王勇 苏峰 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第10期5115-5124,共10页
本研究旨在建立不依赖于专业设备的布鲁氏菌病高效快速检测体系,实现临床样本40 min内快速检测。首先比对不同布鲁氏菌的基因组,找到布鲁氏菌的核心共有序列,以布鲁氏菌S2菌株基因SEQ NO.6(CN 105018489A)为模板构建阳性质粒,用于后续试... 本研究旨在建立不依赖于专业设备的布鲁氏菌病高效快速检测体系,实现临床样本40 min内快速检测。首先比对不同布鲁氏菌的基因组,找到布鲁氏菌的核心共有序列,以布鲁氏菌S2菌株基因SEQ NO.6(CN 105018489A)为模板构建阳性质粒,用于后续试验;通过原核表达的方法分别表达CRISPR/AsCas12a和LwaCas13a蛋白;通过重组酶介导的等温核酸扩增技术(RAA)、体外表达技术结合AsCas12a/LwaCas13a的DETECTOR系统,优化高效检测体系、通过无限稀释法等进行检测。结果发现,设计的RAA引物能够有效扩增样本中的DNA片段,DETECTOR得到最佳反应的AsCas12a浓度为200 nmol·L^(-1),gRNA为200 nmol·L^(-1);Cas13a浓度为300 nmol·L^(-1),crRNA浓度为400 nmol·L^(-1);RAA-AsCas12a和RAA-LwaCas13a的检测体系的最佳反应时间为35 min,侧平流式纸条的最佳检测时间为20 min,细菌最低检测浓度为10 Copies·μL^(-1),且具有较好的检测特异性,临床样本的检测试验表明两种方法均有较好的重复性和检测精度,但LwaCas13a的精测精度更高,但二者无显著差异。该研究建立了2种RAA-CRISPR/Cas布鲁氏菌核酸快速检测体系,在临床上可获得较好的应用,RAA-LwaCas13a的检测方法精度更高。 展开更多
关键词 布鲁氏菌 RAA DETECTOR系统 sherlock系统 AsCas12a LwaLwaCas13a
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Sherlock MIS系统鉴定土壤中大肠杆菌O157∶H7的研究 被引量:1
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作者 顾海萍 姚志远 +3 位作者 张桃香 汪海珍 吴建军 徐建明 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期200-205,共6页
污水灌溉和人畜粪肥施用一直是国内外农业中有机废弃物资源化利用的重要途径,这种现象在我国尤为普遍。然而,生活污水含有大量细菌,工业和医院废水更是富含各种病原体,污泥、垃圾和粪肥均可能携带大量病原微生物和寄生虫卵。
关键词 大肠杆菌O157 H7 sherlock MIS 磷脂脂肪酸 相似指数
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Sherlock领域分析方法抽取软件框架
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作者 李俞峰 莫继红 《科学技术与工程》 2005年第12期835-838,共4页
Sherlock方法是一个专门抽取可复用的软件框架的领域分析方法,是在Proteus方法和FODA领域分析方法的基础上发展而来的。Sherlock方法的输入包括了以领域应用为基础的领域描述、领域文献、用户需求以及领域专家和市场专家的访谈。Sherloc... Sherlock方法是一个专门抽取可复用的软件框架的领域分析方法,是在Proteus方法和FODA领域分析方法的基础上发展而来的。Sherlock方法的输入包括了以领域应用为基础的领域描述、领域文献、用户需求以及领域专家和市场专家的访谈。Sherlock方法的输出是指由一系列有体系结构组件所组成的框架。讨论了Sherlock方法的主要特点,并以商业和管理信息系统的图形用户界面框架开发作为一个实例具体说明。 展开更多
关键词 sherlock方法 领域分析 框架 商业对象
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芽胞杆菌属种类脂肪酸鉴定的可靠性研究 被引量:2
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作者 刘国红 刘波 林乃铨 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期147-154,共8页
选取10种芽胞杆菌模式菌株,分别进行不同重复检测次数的脂肪酸鉴定。从脂肪酸鉴定结果、相似指数SI、脂肪酸含量和聚类分析4个角度研究了芽胞杆菌属种类脂肪酸鉴定的可靠性。通过脂肪酸鉴定,10种芽胞杆菌可以准确地鉴定到种。鉴定指数S... 选取10种芽胞杆菌模式菌株,分别进行不同重复检测次数的脂肪酸鉴定。从脂肪酸鉴定结果、相似指数SI、脂肪酸含量和聚类分析4个角度研究了芽胞杆菌属种类脂肪酸鉴定的可靠性。通过脂肪酸鉴定,10种芽胞杆菌可以准确地鉴定到种。鉴定指数SI与脂肪酸含量具有相关性,与重复检测次数无关,可得出脂肪酸鉴定指数重复性较好。芽胞杆菌属种类的脂肪酸组成和含量基本无变化或者变化很小,聚类分析发现重复检测次数对芽胞杆菌的种分类地位无影响。研究结果表明芽胞杆菌脂肪酸鉴定具有较好的可靠性。 展开更多
关键词 芽胞杆菌 脂肪酸 可靠性 sherlock MIS系统
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SARS-Cov-2实验室检测技术的应用及展望 被引量:14
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作者 肖斌 周泉 +2 位作者 雷婷 何咏茵 李林海 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期601-605,共5页
新型冠状病毒肺炎疫情爆发以来,我国的病毒检测能力不断提高,检测技术也在不断地发展和创新。以实时荧光定量PCR(qRT-PCR)和宏基因组测序为代表的病毒检测技术在辅助疾病确诊、监测病毒变异等方面发挥了关键作用;基于血清/血浆IgM/IgG... 新型冠状病毒肺炎疫情爆发以来,我国的病毒检测能力不断提高,检测技术也在不断地发展和创新。以实时荧光定量PCR(qRT-PCR)和宏基因组测序为代表的病毒检测技术在辅助疾病确诊、监测病毒变异等方面发挥了关键作用;基于血清/血浆IgM/IgG抗体的检测技术是辅助确诊的重要方法;高特异性的逆转录环介导等温扩增技术、能够核酸定量的数字PCR和灵敏度更高的SHERLOCK技术也极具特色与发展潜力。以上检测技术代表了病原微生物检测技术的现在及未来发展方向。本文对新型冠状病毒检测技术的基本原理、技术特点及应用现状进行探讨。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 QRT-PCR 抗体 数字PCR sherlock
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基于CRISPR/Cas13的RNA编辑系统及其在核酸检测中的应用 被引量:4
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作者 张爱霞 朱庆锋 +4 位作者 陈沛 于洋 魏文康 晏石娟 刘文华 《广东农业科学》 CAS 2020年第11期243-251,共9页
核酸检测技术在农业、医药、环境等多个领域均有广泛应用,传统的核酸检测技术存在设备昂贵、操作复杂和灵敏度低等诸多局限性。成簇规律间隔短回文重复序列及其相关基因13(CRISPR/Cas13)是一种只靶向RNA的新型CRISPR系统,能在CRISPR RNA... 核酸检测技术在农业、医药、环境等多个领域均有广泛应用,传统的核酸检测技术存在设备昂贵、操作复杂和灵敏度低等诸多局限性。成簇规律间隔短回文重复序列及其相关基因13(CRISPR/Cas13)是一种只靶向RNA的新型CRISPR系统,能在CRISPR RNA(crRNA)引导下特异切割单链靶RNA,并有非特异性的“附带切割”能力。基于CRISPR/Cas13的核酸检测技术具有灵敏度高、特异性强、操作方便、成本低廉等优点,具有广阔的应用前景。阐述了CRISPR/Cas13系统的类别归属及其亚型,组分特征及其分子作用机制,介绍了基于CRISPR/Cas13系统的特异性高灵敏度酶报告解锁(SHERLOCK)技术的产生和发展,综述了CRISPR/Cas13系统在病原体检测、耐药突变检测、物种识别和转基因鉴定方面的应用,同时指出了目前基于CRISPR/Cas13核酸检测技术存在的问题,并对未来应用进行了展望。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas13 crRNA 核酸检测 sherlock技术 分子机制
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