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利用RIP-Seq技术鉴定HepG2细胞中与HuR蛋白结合的lncRNAs 被引量：2: 1; 作者黄亚洲刘叶文 +3 位作者王玲玲金晶陈茜李伟《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期417-426,共10页; 长链非编码RNAs(long noncoding RNAs,lncRNAs)可在表观遗传水平、转录水平和转录后水平调节基因的表达,对细胞功能起着重要的调节作用。RNA结合蛋白可与很多的RNA结合,并在转录后水平发挥重要的调节作用。然而,RNA结合蛋白是否可以在... 展开更多; 关键词人抗原R蛋白长链非编码rna rna结合蛋白免疫沉淀技术-高通量测序测序数据分析 HEPG2细胞; 在线阅读下载PDF 职称材料

紫外交联免疫沉淀技术原理及其应用: 2; 作者杜亚琼王琬瑶 +2 位作者高帆徐旸时文涛《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第1期136-144,共9页; 紫外交联免疫沉淀(UV cross-linking immunoprecipitation,CLIP)技术最初建立于2003年。通过紫外交联、免疫沉淀、逆转录及后续的高通量测序等步骤,可在全转录组范围鉴定特定RNA结合蛋白(RNA-binding proteins,RBP)的靶标RNA序列和结合... 展开更多; 关键词紫外交联免疫沉淀高通量测序 rna结合蛋白; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于RIP-Seq技术检测MRTF-A结合RNA在小鼠MCAO/R模型中表达被引量：1: 3; 作者于志君袁琼 +5 位作者金志刚向梓非龙萍朱明杨越旺胡霞敏《中国实验动物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期765-772,共8页; 目的应用RIP-Seq测序技术检测小鼠MCAO/R模型中心肌素相关转录因子A(MRTF-A)结合RNA的表达差异,探讨MRTF-A潜在的作用机制。方法将C57BL/6小鼠随机分成假手术组及I/R组,线栓法构建MCAO模型,再灌注24 h后,提取脑组织总蛋白,利用MRTF-A抗... 展开更多; 关键词心肌素相关转录因子A rna结合蛋白免疫共沉淀-高通量测序脑缺血再灌注损伤差异基因分析; 在线阅读下载PDF 职称材料

RNA结合蛋白与RNA相互作用鉴定技术被引量：6: 4; 作者陈伟许馨孙绍光《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期103-107,共5页; RNA结合蛋白(RNA binding proteins,RBPs)通过与RNA相互作用,广泛参与到RNA的剪切、转运、编辑、胞内定位及翻译调控等过程中。RNA领域尤其是非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)研究的快速发展,催生了多种RBPs-RNAs相互作用鉴定技术。这... 展开更多; 关键词 rna结合蛋白紫外交联免疫沉淀 CLIP cDNA文库高通量测序光活化核苷增强的CLIP rna结合蛋白免疫沉淀微阵列 TRIBE rna标记相互作用组捕获; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名利用RIP-Seq技术鉴定HepG2细胞中与HuR蛋白结合的lncRNAs 被引量：2: 1; 作者黄亚洲刘叶文王玲玲金晶陈茜李伟; 机构温州医科大学检验医学院、生命科学学院浙江省医学遗传学重点实验室; 出处《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期417-426,共10页; 基金浙江省自然科学基金资助(No.LY13H070006)~~; 文摘长链非编码RNAs(long noncoding RNAs,lncRNAs)可在表观遗传水平、转录水平和转录后水平调节基因的表达,对细胞功能起着重要的调节作用。RNA结合蛋白可与很多的RNA结合,并在转录后水平发挥重要的调节作用。然而,RNA结合蛋白是否可以在细胞内广泛结合lncRNAs对其发挥调节作用,仍需进一步证实。本研究通过RNA结合蛋白免疫沉淀技术联合高通量测序(RNA binding protein immunoprecipitation-high throughput sequencing,RIP-Seq)的方法在人肝癌细胞株HepG2中,鉴定与人抗原R(human antigen R,HuR)蛋白相结合的lncRNA分子,并进行了初步的验证。首先,通过HuR-RIP实验分离与HuR蛋白结合的RNA分子,然后高通量测序及生物信息学分析。根据分析结果,鉴定出HepG2细胞中361条与HuR蛋白结合的lncRNAs分子,包括基因间lncRNA(large intergenic noncoding RNA,LincRNA)、内含子lncRNA、与编码基因正义链有重叠的lncRNA和与编码基因反义链有重叠lncRNA(antisense lncRNA)等。并进一步通过RIP-qPCR技术,对其中20条LincRNA分子进行了定量检测,验证测序结果。在HepG2细胞中敲低HuR基因表达,发现这些LincRNA分子中,11条LincRNA分子表达水平显著降低(P<0.05),2条LincRNA显著升高(P<0.05),剩余7条LincRNA表达量未发生变化(P>0.05)。本研究结果说明,HuR在细胞内可以广泛结合lncRNA分子,并且可能对结合的lncRNA分子的表达量产生影响,这也为进一步研究这些lncRNA的功能和HuR调控网络的研究提供了基础。; 关键词人抗原R蛋白长链非编码rna rna结合蛋白免疫沉淀技术-高通量测序测序数据分析 HEPG2细胞; Keywords human antigen R （HuR） long noncoding rnas （lncrnas） rna binding proteinimmunoprecipitation-high throughput sequencing（RIP-Seq） sequencing data analysis HepG2 cell; 分类号 Q291 [生物学—细胞生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名紫外交联免疫沉淀技术原理及其应用: 2; 作者杜亚琼王琬瑶高帆徐旸时文涛; 机构天津医科大学基础医学院遗传学系南开大学医学院; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第1期136-144,共9页; 基金国家自然科学基金(32170649,81802091)资助项目。; 文摘紫外交联免疫沉淀(UV cross-linking immunoprecipitation,CLIP)技术最初建立于2003年。通过紫外交联、免疫沉淀、逆转录及后续的高通量测序等步骤,可在全转录组范围鉴定特定RNA结合蛋白(RNA-binding proteins,RBP)的靶标RNA序列和结合位点。在近20年的应用过程中,该技术被不断改进和完善,可操作性、实验结果的准确性都有所提升,技术的应用范围也有所拓展。本文对CLIP技术的基本原理、实验方法、实际应用进行介绍,着重比较几种主流CLIP技术的异同,并对如何选择具体的技术路线提出建议。; 关键词紫外交联免疫沉淀高通量测序 rna结合蛋白; Keywords UV cross-linking immunoprecipitation high-throughput sequencing rna-binding protein; 分类号 Q513 [生物学—生物化学] Q522 [生物学—生物化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于RIP-Seq技术检测MRTF-A结合RNA在小鼠MCAO/R模型中表达被引量：1: 3; 作者于志君袁琼金志刚向梓非龙萍朱明杨越旺胡霞敏; 机构武汉科技大学医学院华润武钢总医院上海健康医学院; 出处《中国实验动物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期765-772,共8页; 基金国家自然科学基金(81770377) 湖北省自然科学杰出青年基金(2020CFA076) 湖北省卫生计生委科研项目(WJ2019H164)。; 文摘目的应用RIP-Seq测序技术检测小鼠MCAO/R模型中心肌素相关转录因子A(MRTF-A)结合RNA的表达差异,探讨MRTF-A潜在的作用机制。方法将C57BL/6小鼠随机分成假手术组及I/R组,线栓法构建MCAO模型,再灌注24 h后,提取脑组织总蛋白,利用MRTF-A抗体免疫共沉淀后,进行RNA高通量测序,获得MRTF-A结合RNA的表达谱,继而对差异RNA进行GO、KEGG分析。结果与假手术组相比,I/R组有429个RNA发生差异表达(上调203,下调226),并且在功能元件和染色体分布上均具有显著差异。GO分子功能分析显示,差异表达RNA主要富集RNA结合、Poly(A)RNA结合等注释。KEGG通路分析显示10条通路被显著富集,其中雌激素信号通路富集最显著。结论在脑I/R损伤时MRTF-A结合RNA表达谱发生差异改变,为深入探讨MRTF-A的分子机制提供理论依据。; 关键词心肌素相关转录因子A rna结合蛋白免疫共沉淀-高通量测序脑缺血再灌注损伤差异基因分析; Keywords myocardin-related transcription factor A rna-binding protein immunoprecipitation-high throughput sequencing cerebral ischemia/reperfusion injury differential gene analysis; 分类号 Q95-33 [生物学—动物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名RNA结合蛋白与RNA相互作用鉴定技术被引量：6: 4; 作者陈伟许馨孙绍光; 机构河北医科大学基础医学院临床医学系河北医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室; 出处《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期103-107,共5页; 基金国家自然科学基金项目(No.81670273 No.81200215) +2 种基金河北医科大学大学生创新性实验计划项目(No.USIP2016009)~~; 文摘 RNA结合蛋白(RNA binding proteins,RBPs)通过与RNA相互作用,广泛参与到RNA的剪切、转运、编辑、胞内定位及翻译调控等过程中。RNA领域尤其是非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)研究的快速发展,催生了多种RBPs-RNAs相互作用鉴定技术。这些技术反之又推动了RNA领域的研究进程。本文对紫外交联免疫沉淀(ultraviolet crosslinking and immunoprecipitation,CLIP),CLIP cDNA文库高通量测序(high-throughput sequencing of CLIP cDNA library,HITS-CLIP),光活化核苷增强的CLIP(photoactivatable-ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation,PAR-CLIP),单核苷酸分离CLIP(individual nucleotide resolution CLIP,i CLIP),TRIBE(targets of RNA-binding protein identified by editing),RNA标记,相互作用组捕获(interactome capture,IC)和Ser IC(serial RNA interactome capture)等RBPs-RNAs相互作用鉴定技术的基本原理和优缺点以及应用进行综述。; 关键词 rna结合蛋白紫外交联免疫沉淀 CLIP cDNA文库高通量测序光活化核苷增强的CLIP rna结合蛋白免疫沉淀微阵列 TRIBE rna标记相互作用组捕获; Keywords rna binding proteins ultraviolet crosslinking and immunoprecipitation high-throughput sequencing of CLIP cDNA library photoactivatable-ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation rna binding protein immunoprecipitation-Chip TRIBE rna tagging interactome capture; 分类号 Q503 [生物学—生物化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	利用RIP-Seq技术鉴定HepG2细胞中与HuR蛋白结合的lncRNAs	黄亚洲刘叶文王玲玲金晶陈茜李伟	《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心	2018	2	在线阅读下载PDF 职称材料
2	紫外交联免疫沉淀技术原理及其应用	杜亚琼王琬瑶高帆徐旸时文涛	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2024	0	在线阅读下载PDF 职称材料
3	基于RIP-Seq技术检测MRTF-A结合RNA在小鼠MCAO/R模型中表达	于志君袁琼金志刚向梓非龙萍朱明杨越旺胡霞敏	《中国实验动物学报》 CAS CSCD 北大核心	2020	1	在线阅读下载PDF 职称材料
4	RNA结合蛋白与RNA相互作用鉴定技术	陈伟许馨孙绍光	《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心	2017	6	在线阅读下载PDF 职称材料